BIDANG KEGIATAN
PKM-PENELITIAN
Diusulkan oleh :
Yosep Williyana (11171034/2017)
Felia Putri Anggraeni (11171051/2017)
Ryan Khunam Alamhari (11161050/2016)
Menyetujui,
Bandung, 7 Desember 2019
Dekan Fakultas Farmasi Ketua Pelaksana Kegiatan
i
ii
(Agus Mi’raj Darajat, S.Pd, S.Kep, Ners, M.Kes) (Dr. Fauzan Zein M., M.Si., Apt)
NIK. 02005020119 NIP. 20102016
ii
iii
DAFTAR ISI
iii
1
BAB 1. PENDAHULUAN
Reseptor Adenosin A2A berada dalam sistem saraf pusat terdapat dalam basal ganglia,
memiliki peran dalam kontrol aktifitas motorik terutama terhadap reseptor dopamin.
Reseptor Adenosin A2A dapat berinteraksi dengan reseptor D1 dan reseptor D2,
penghambatan reseptor Adenosin A2A dapat mengurangi afinitas terhadap reseptor D2
menyebabkan stimulus aktifitas motorik meningkat, sehingga manjadikan reseptor
Adenosin A2A sebagai target non dopaminergic untuk penyakit parkinson (Annalisa
et al, 2017). Struktur 3D Reseptor Adenosin A2A telah teridentifikasi dengan kode
protein 5IU4 menggunakan metode difraksi sinar X dan memiliki resolusi yang baik
(Elena et al, 2016).
Tanaman obat dapat menghasilkan metabolit sekunder yang dapat berinteraksi dengan
target molekul dalam sel dan jaringan atau fisiologi dalam organisme. Alkaloid
merupakan golongan terbesar dan sangat beragam. Aktifitas farmakalogi alkaloid
ditemukan dapat mempengaruhi sistem saraf (Noureddine, 2018). Imidazol dan indol
adalah salah satu golongan alkaloid yang memiliki aktifitas terhadap sistem saraf dan
berpotensi sebagai kandidat dalam terapi penyakit parkinson (Shalini et al, 2014).
2
Hasil virtual screening data senyawa Zinc Natural Product, imidazol dan indol
memiliki potensi paling baik dalam menghambat reseptor Adenosin A2A (Ramadhanti,
2019).
Pendekatan penghambatan protein target dengan ligan dapat dilakukan dengan simulasi
CADD berbasis stuktur, Docking dan Dinamika Molekul menjadi sebuah metode
pendekatan untuk menentukan afinitas dan interaksi antara ligan dengan protein target
(Sliwoski et al, 2014). Docking dapat memberikan orientasi dan energi dari situs
pengikatan ligan terhadap protein, untuk membentuk kompleks yang stabil. Dinamika
Molekular memberikan kompleks yang stabil antara ligan dengan protein terhadap
waktu, dengan kondisi mendekati fisiologi tubuh manusia (Abraham et al, 2015).
Dalam studi ini, dilakukan uji lebih lanjut dengan pendekatan simulasi CADD berbasis
struktur, terhadap kandidat senyawa alkaloid golongan imidazol dan indol paling
berpotensi dari senyawa Zinc Natural Product (Ramadhanti, 2019), menggunakan
metode Docking dan Dinamika Molekul, untuk mendapatkan pendekatan afinitas dan
interaksi senyawa yang berpotensi lebih baik sebagai antagonis reseptor Adenosin
A2A dalam penyakit parkinson.
2.1 Parkinson
Parkinson adalah penyakit degeneratif jangka panjang dari sistem saraf pusat yang
mempengaruhi sistem motorik, neurotransmiter yang mengalami gangguan adalah
dopamin dan degenerasi neuron. Etiologi degenerasi neuron pada penyakit parkinson
masih belum diketahui (Marie et al, 2016). Penyakit parkinson terjadi ketika fungsi
otak dalam basal ganglia pada substansia nigra pars compacta (SNc) mengalami
gangguan, dan di tandai dengan karakteristik seperti tremor saat istirahat, kekakuan
otot dan sendi, kelambanan gerak dan bicara serta instabilitas posisi tegak (Wan N &
Lin G, 2016).
(a) (b)
Gambar II.1 Mekanisme neuron pada keadaan normal (a), Mekanisme neuron pada
keadaan parkinson (b) (Dipiro et al, 2016).
2.3 Alkaloid
Aktifitas alkaloid sangat beragam terhadap herbivora seperti aktifitas sitotoksik,
mutagenik, karsinogenik, anti bakteri, anti jamur, dan anitivirus. Banyak alkaloid yang
cukup beracun bagi hewan yang dapat menyebabkan kematian. Tumbuhan yang
mengandung alkaloid dilaporkan digunakan sebagai analgesic, antiseptik, dan obat
penenang. Alkaloid kurtener dan turunannya memiliki banyak zat biologis dan efek
terapeutik, di Cina alkaloid tetrahidropalmatin digunkan sebagai analgesik, dan telah
dilaporkan menunjukan aktivitas hipotensi, bradikardi, dan mempengaruhi sistem saraf
(Noureddine, 2018).
metode mekanika molekul (MM) ataupun mekanika kuantum (MK). Pemilihan metode
yang digunakan disesuaikan dengan kebutuhan penelitian (Comba et al, 2009)
2.4.1 DFT
Density Functional Theory (DFT) merupakan metode untuk menghitung energi dari
suatu molekul. Metode DFT mengandalkan densitas elektron sebagai besaran besarnya
sehingga persamaan Scrodinger dapat diselesaikan lebih sederhana. Penggunaan
metode ini memberikan kemudahan karena dapat menghitung dengan tingkat ketelitian
yang lebih akurat, namun waktu yang diperlukan lebih lama dan membutuhkan
spesifikasi komputer yang tinggi. serta dapat memberikan data dalam tingkat
mikroskopik yang berkorelasi signifikan dengan hasil eksperimen laboratorium
(Comba et al, 2009).
2.5 Docking
Docking atau penambatan molekul adalah salah satu metode yang paling sering
digunakan dalam SBDD (Structure Based Drug Design), kemampuan untuk
memprediksi pendekatan posisi ligan dalam reseptor target dengan tingkat akurasi yang
tinggi. Penambatan molekul merupakan metode komputasi untuk memprediksikan
posisi antara reseptor biasanya berupa protein atau molekul asam nukleat (DNA atau
RNA) dan ligan untuk mengetahui afinitasnya, afinitas dan interaksi ikatan antara ligan
dengan protein dapat diprediksi pada posisi terbaik (Simanjuntak, 2015).
Metode yang digunakan pada penelitian ini meliputi metode docking, simulasi
dinamika molekul. Tahapannya antara lain persiapan reseptor, persiapan ligan, validasi
metode docking, simulasi docking senyawa uji dengan reseptor, simulasi dinamika
molekul dan interpretasi hasil.
Persiapan ligan uji alkaloid golongan imdazol dan indol yang diunduh dari
www.zinc.docking.org dan pembuatan struktur senyawa ulang menggunakan
ChemDraw 2D dan 3D, kemudian dilakukan penentuan sifat fisikokimia untuk
mengetahui karakteristik senyawa uji. Optimasi geometri senyawa uji dengan metode
Density Functional Theory (DFT), basis set 6-31G dan fungsi B3LYP menggunakan
Gaussian 09, lalu penentuan nilai HOMO – LUMO dan gap energy.
Validasi metode docking antara reseptor Adenosin A2A dan ligan alami, interpretasi
hasil dilihat dari nilai RMSD, dikatakan valid jika nilai RMSD ≤ 2 Å. Selanjutnya
dilakukan simulasi docking antara reseptor Adenosin A2A dengan senyawa uji
menggunakan parameter yang sudah tervalidasi, kemudian dilakukan interpretasi hasil
antara lain nilai ∆G (energi bebas ikatan), nilai Ki (konstanta inhibisi), afinitas dan
interaksi ikatan yang terbentuk antara ligan dan reseptor.
Senyawa terbaik hasil dari simulasi docking digunakan untuk simulasi dinamika
molekul menggunakan aplikasi AMBER versi 18 untuk melihat kestabilan afinitas
reseptor dengan ligan terhadap waktu dan mensimulasikan interaksi keduanya pada
keadaan yang mendekati fisiologis tubuh manusia, kemudian dilakukan interpretasi
hasil antara lain RMSD, RMSF, nilai ∆G (energi bebas ikatan), dan afinitas antara ligan
uji dengan reseptor Adenosin A2A.
7
Jumlah 5.300.000
DAFTAR PUSTAKA
A. Identitas Ketua
1 Nama Lengkap Yosep Williyana
2 Jenis Kelamin Laki-laki
3 Program Studi S1 Farmasi
4 NIM 11171034
5 Tempat dan Tanggal Lahir Subang, 15 Mei 1999
6 Alamat E-mail Yosepwilliyana15@gmail.com
7 Nomor Telepon/HP 081912363353
B. Kegiatan Kemahasiswaan Yang Sedang/Pernah Diikuti
No Jenis Kegiatan Status dalam Kegiatan Waktu dan Tempat
Semua data yang saya isikan dan tercantum dalam biodata ini adalah benar dan
dapat dipertanggungjawabkan secara hukum. Apabila di kemudian hari ternyata
dijumpai ketidaksesuaian dengan kenyataan, saya sanggup menerima sanksi.
Demikian biodata ini saya buat dengan sebenarnya untuk memenuhi salah satu
persyaratan dalam pengajuan PKM-PE.
(Yosep Williyana)
10
A. Identitas Anggota
1 Nama Lengkap Felia Putri Anggraeni
2 Jenis Kelamin Perempuan
3 Program Studi S1 Farmasi
4 NIM 11171051
5 Tempat dan Tanggal Lahir Tasikmalaya, 23 November 1998
6 Alamat E-mail Feliaputri.fp@gmail.com
7 Nomor Telepon/HP 082218562527
B. Kegiatan Kemahasiswaan Yang Sedang/Pernah Diikuti
No Jenis Kegiatan Status dalam Kegiatan Waktu dan Tempat
1 BPM Anggota UBK, 2019-2020
2 LK 2 Panitia Lembang, 2019
3 Pharma Club Anggota UBK, 2019-2020
4 PKKMB Panitia UBK, 2019
Semua data yang saya isikan dan tercantum dalam biodata ini adalah benar dan
dapat dipertanggungjawabkan secara hukum. Apabila di kemudian hari ternyata
dijumpai ketidaksesuaian dengan kenyataan, saya sanggup menerima sanksi.
Demikian biodata ini saya buat dengan sebenarnya untuk memenuhi salah satu
persyaratan dalam pengajuan PKM-PE.
A. Identitas Anggota
1 Nama Lengkap Ryan Khunam Alamhari
2 Jenis Kelamin Laki-laki
3 Program Studi S1 Farmasi
4 NIM 11161050
5 Tempat dan Tanggal Lahir Bandung, 28 Juni 1998
6 Alamat E-mail ryankhunam@gmail.com
7 Nomor Telepon/HP 081572954531
B. Kegiatan Kemahasiswaan Yang Sedang/Pernah Diikuti
No Jenis Kegiatan Status dalam Kegiatan Waktu dan Tempat
Semua data yang saya isikan dan tercantum dalam biodata ini adalah benar dan
dapat dipertanggungjawabkan secara hukum. Apabila di kemudian hari ternyata
dijumpai ketidaksesuaian dengan kenyataan, saya sanggup menerima sanksi.
Demikian biodata ini saya buat dengan sebenarnya untuk memenuhi salah satu
persyaratan dalam pengajuan PKM-PE.
B. Riwayat Pendidikan
S-1 Apoteker S2 S-3
Nama
Perguruan ITB ITB ITB ITB
Tinggi
Profesi
Bidang Ilmu Farmasi Farmasi Farmasi
Apoteker
Tahun Masuk-
1995-1999 1999-2002 2004-2006 2009-2014
Lulus
Demikian biodata ini saya buat dengan sebenarnya untuk memenuhi salah satu
persyaratan dalam pengajuan PKM-PE.
15
Alokasi
Program Bidang Uraian
No Nama/NIM Waktu
Studi Ilmu Tugas
(jam/minggu)
Pencarian
Yosep S1 50
1 Farmasi sumber
Williyana/11171034 Farmasi jam/minggu
pustaka
Felia Putri S1 50 Penyusunaan
2 Farmasi
Anggraeni/11171052 Farmasi jam/minggu Proposal
Preparasi
ligan,
Ryan Khunam S1 100 docking dan
3 Farmasi
Alamhari/11161050 Farmasi jam/minggu simulasi
dinamika
molekul
18