Pendahuluan

Hiltner (1) pertama kali memperkenalkan istilah rhizosfer, didefinisikan

sebagai volume tanah sekitar akar di mana pertumbuhan bakteri dirangsang.
Namun Selama bertahun-tahun, ,istilah ini telah didefinisikan ulang beberapa kali,
sebagian besar untuk menggabungkan bagian dari jaringan akar. Mikroorganisme
yang sering menyerang jaringan permukaan akar, di mana mereka dapat
menyebabkan sejumlah penyakit tanaman. mikroorganisme lain pada akar
menyediakan link penting untuk transportasi nutrisi antara tanaman dan tanah.
Istilah endorhizosphere (2) sekarang mungkin tepat digunakan untuk
menggambarkan lingkungan mikro berlapis-lapis, yang meliputi lapisan berlendir
tanaman atau mikroba yang diturunkan polisakarida, yang lapisan epidermis
termasuk rambut akar, dan lapisan kortikal. Rhizoplane (permukaan akar) harus
didefinisikan sebagai lapisan epidermis, termasuk bagian yang terkait
polisakarida.
Sebagai perbandingan, ectorhizosphere terdiri tanah rhizosfer, yang
biasanya memiliki panjang beberapa milimeter dari permukaan akar. Pemisahan
rizosfer dan masaa tanah dapat diperoleh dengan menggetarkan akar tanaman
secara manual. Tanah yang melekat pada akar didefinisikan sebagai rhizosfer.
untuk beberapa tujuan, pemisahan lebih lanjut dari kompartemen tanah rizosfer
dapat diperoleh selama prosedur mencuci berikutnya, dimana tanah longgar
dikendurkan dari akar. Namun, bagian ini sulit ditentukan, karena rhizosfer dan
komponen massa tanah telah dicampur oleh difusi dan motilitas mikroorganisme
dan fauna tanah. Juga, tanaman mungkin mengembangkan rhizosheath padat,
yang merupakan lapisan sangat menyerupai rambut akar, bahan berlendir,
mikroorganisme, dan partikel tanah. Rhizosheath mengembangkan pada segmen
tertentu dari akar, seperti ditunjukkan pada Gambar. 1, tetapi juga dapat
memperpanjang ke sistem akar utuh (3).
Rizosfir adalah lingkungan yang dinamis, tergantung pada perpanjangan
akar, pengembangan rambut akar dan akar adventif, dan berbagai tahap
pematangan dan penuaan, mikroorganisme memenuhi sejumlah besar tantangan
dan risiko kepunahan. Tidak mengherankan, komunitas mikroba adalah terdiri
dari mikroorganisme dengan berbagai jenis metabolisme dan adaptif tanggapan
terhadap pasokan variabel air, oksigen, sumber karbon organik, dan nutrisi. Kita
akan membahas sejumlah mikroorganisme yang dipilih dalam endo-dan
ectorhizospheres dalam kaitannya dengan kolonisasi akar, keragaman, dan
tanggapan terhadap eksudasi tanaman, kelaparan, stres, dan pemangsaan oleh
protozoa dalam lingkungan rizosfer.
Struktur Dan Kimia Rhizosfer Endorhizosphere
Endorhizosphere
The Mucigel (Senyawa Polisakarida Yang Dihasilkan Akar Tanaman)

Karena akar bisa maju dengan cepat melalui tanah, atau karena sel cap
akar adalah sloughed off oleh mekanik geser, puncak biasanya tanpa
mikroorganisme. Namun, peran penting dari tutup root adalah produksi dari lendir
(polisakarida), yang meliputi sel-sel epidermis dan bertindak sebagai pelumas
sementara kemajuan akar melalui tanah. Lendir ini juga sebuah temapt untuk
mikroba dan melindungi terhadap pengeringan, dengan membentuk matriks untuk
penyerapan dan transportasi air antara sel-sel epidermis dan partikel tanah.
Lendir lapisan di epidermis terbaik yang dikembangkan di akar muda dan
mungkin kemudian menjadi sangat tipis kecuali atas sambungan sel. Komposisi
lendir akar dapat bervariasi. Sebagai contoh, pada jagung (Zea mays), lendir kaya
akan karbohidrat galaktosa dan fucose, dengan jumlah yang lebih kecil dari
xylose, arabinose, dan asam galacturonic (4). Sangat menarik bahwa lapisan lendir
pada akar muda mungkin berisi komponen kimia penting dalam inang-patogen
atau sistem pengenalan host-simbion. Komponen fucose pada jagung telah
terbukti terlibat dalam akar awal oleh Azospirillum lipoferum (5). Selama
perpanjangan akar berikutnya, lapisan lendir dapat ditambah oleh sekresi lendir
dari epidermis. Lendir ini mungkin terdiri dari asam polygalacturonic, lendir
pectinlike (6). Gabungan lapisan Lendir yang asalnya berbeda disebut mucigel
oleh Jenny dan Grossenbacher (7).

Bagian luar permukaan-kumpulan mucigel, kemudian lapisan terluar lebih

renggang tak berbentuk lendir berasal dari mikroba. Campuran eksopolisakarida
sekitar sel bakteri atau mucigel setengah terurai sel akar mengelupas-mati sel
tanaman dari mucigel yang menyebar. Pada akar dewasa, mucigel lapisan
mengikat partikel tanah liat, bahan organik, dan mikroorganisme menjadi koheren
matriks sekitar akar (8).

Sel-Sel Epidermis Dan Rambut Akar

Dalam akar tanaman muda, penyerapan nutrisi dan air terjadi melalui
lapisan epidermis utuh termasuk rambut akar. Biasanya, lapisan ini cukup
berumur pendek (9) sebagai akibat dari ketegangan mekanis atau pengeringan dari
rizosfer. Namun, matriks padat partikel tanah liat, bahan organik, dan
mikroorganisme yang diselenggarakan bersama pembentukan mucigel melindungi
lapisan epidermis, kadang-kadang lebih dulu keluar musim tanam keseluruhan
(9,10).
Hidup sel epidermis dan rambut akar menjadi padat dijajah oleh
mikroorganisme, terutama bakteri, yang tergantung sepenuhnya pada molekul
organik sederhana memancarkan dari sel tumbuhan (lihat nanti diskusi). awal
kolonisasi Kelompok bakteri ini meliputi yang disebut rhizobakteri dari aerobik,
heterotrof gram negatif, misalnya Pseudomonas dan Azospirillum spp. Hubungan
dekat yang dapat berkembang antara rhizobakteri dan akar permukaan
diilustrasikan pada Gambar. 2, yang menunjukkan fluorescens galur Pseudomonas
terletak antara sel-sel epidermis pada permukaan jelai (Hordeum vulgare) akar.
Bakteri tumbuh buruk di tanah massal karena kurangnya substrat organik.
Akibatnya, mereka bersaing kuat dengan satu sama lain dan dengan simbiosis dan
pabrik mikroorganisme patogen selama awal fase kolonisasi akar. Invasi bakteri
hidup sel-sel epidermis dan akar rambut juga dapat terjadi, misalnya, oleh
tumefaciens patogen Agrobacterium atau Rhizobium spp. simbion.

Awal fase penjajahan akar terkadang melibatkan respon chemotactic oleh

bakteri benih eksudat (11), gerakan aktif menuju dan sepanjang akar permukaan
(12,13), dan pengakuan molekul tertentu selama penambahan (14). Penambahan
pertama adalah fase reversibel, di mana bakteri mengatasi serangan, hambatan
energi menjijikkan. Beberapa bakteri yang awalnya dipegang oleh tanaman
tertentu glikoprotein (agglutinins), yang terkena dari sel-sel akar. Bakteri polimer
adhesi yang terlibat dalam fase awal ini mungkin protein urat saraf (fimbriae) (15)
atau lipopolisakarida (LPS) komponen (16). Selanjutnya, kencang dan ireversibel
penahan bakteri mungkin melibatkan exopolysaccharides (EPS) seperti yang
dihasilkan dalam Agrobacterium (17) dan Rhizobium spp. (18).

Lapisan Korteks
Sel tanaman terganggu atau mati di lapisan epidermis adalah tempat umum
dari masuknya patogen serta mikroorganisme saprofit, yang memanfaatkan
berbagai molekul organik kompleks (protein, glikoprotein, lignin, selulosa, atau
lainnya polisakarida). Lubang kecil di epidermis tanaman menyediakan akses
cepat ke sel dinding tipis lainnya di lapisan kortikal. Dari sini, patogen dapat
berkembang lebih biak jauh ke dalam sel kortikal.
Banyak patogen sepenuhnya tergantung pada tanaman untuk luas proliferasi.
Hubungan mereka terhadap lingkungan dan mikroorganisme rizosfir-
menghuni lainnya Oleh karena itu sangat kompleks, karena kehidupan siklus
terjadi antara luar dan sebagian di dalam akar. Selama kolonisasi akar, mereka
harus bersaing kuat dengan rhizobakteria lainnya berkembang biak pada substrat
organik (karbohidrat dan asam amino) dalam eksudat akar. Itu patogen mewakili
sejumlah genera bakteri, termasuk Pseudomonas dan Erwinia spp. Selain itu,
jamur tanah seperti Pythium, Fusarium, dan Rhizoctonia spp. menjadi sangat
penting sebagai patogen di bidang pertanian dan kehutanan.
Jamur mikoriza dan saprophytic seperti Trichoderma sp. (19) dikenal
sebagai penyerbu awal akar dan cepat menempati relung ekologi pada akar.
Sebagai konsekuensi dari kemampuan mereka untuk memanfaatkan substrat yang
kompleks, ini mikroorganisme tidak sepenuhnya bergantung pada tanaman dalam
siklus hidup mereka. juga, mereka mungkin tidak bersaing untuk substrat dengan
rhizobakteria untuk setiap signifikan batas. Namun, baik mikoriza dan
Trichoderma spp. menghasilkan antibiotik seperti peptida dan dengan demikian
dapat melindungi akar dari invasi berikutnya patogen, seperti peptida dan
mungkin menghambat beberapa rhizobakteria, misalnya, Pseudomonas spp.,
terjadi dalam jumlah yang lebih rendah pada akar tanaman dengan mikoriza
(Glomus spp.) (20,21).

Ectorhizosphere
Akar Eksudat Dan Rhizodeposition
Produksi bahan mucilaginous dan eksudasi organik larut senyawa dari sel
tanaman epidermis memainkan peran penting dalam kolonisasi akar dan
pemeliharaan pertumbuhan mikroba dalam rhizosfer. kuantitas terbesar
kehilangan karbon dari akar benar-benar terjadi di ujung akar (sesuai dengan akar
peluruhan topi), tetapi cukup banyak hilang sebagai substrat diffusible dari zona
elongasi (22). Eksudat yang monomer biasanya karbohidrat (gula), asam amino,
dan asam organik, substrat yang cocok untuk berbagai rhizobakteria.
Spesies tanaman yang berbeda atau kultivar bervariasi dalam eksudasi
mereka karbon organik senyawa untuk rhizosfer. Bahan dilepaskan dari akar
jagung yang dimasukkan ke dalam biomassa mikroba tanah ke tingkat yang lebih
tinggi dari bahan-bahan dari akar gandum (Triticum aestivum) (23). Dalam
kultivar tertentu, eksudasi yang lanjut tergantung pada kedua kelembaban (24)
dan suhu (25) di dalam tanah. Akhirnya, tingkat nutrisi N atau P juga dapat
mempengaruhi komposisi dan kuantitas eksudat akar (lihat nanti diskusi).
Aktivitas mikroba diharapkan akan tinggi dalam rhizosfer, di mana
substrat mudah menurun yang memancarkan dari tanaman. Sayangnya, sejauh ini
sulit untuk mengukur aktivitas heterotrofik aktual dalam zona sempit dari
rhizosfer. Seperti ditunjukkan dalam Gambar. 3, pendekatan microsensor oksigen
telah digunakan untuk menentukan microprofiles konsentrasi O2 dan konsumsi O2
mikroba (kegiatan heterotrofik) dalam barley rizosfer gel stabil sistem (26). Studi
ini menunjukkan bahwa aktivitas mikroba eksudat yang didukung bervariasi
secara signifikan sepanjang akar barley muda.

Ketersediaan Hara
Aplikasi pupuk N merangsang eksudasi akar pada tanaman pertanian dan
secara tidak langsung dapat mempengaruhi pertumbuhan mikroba dalam rhizosfer
(27). Namun, dalam kultivar gandum stimulasi pertumbuhan mikroba tampaknya
meningkatkan penggunaan akar eksudat daripada tingkat eksudas (28). Liljeroth et
al. (29) mengamati bahwa aplikasi N mengakibatkan bakteri yang lebih tinggi
kelimpahan di akar tanaman barley muda (bibit 10-hari-tua). Lebih lanjut
mencatat bahwa aplikasi NO3-, terakhir mengakibatkan rendahnya pH rhizosfer
dari pelepasan proton NH4+ yang terkait dengan serapan akar. Atau, pupuk N
terkadang merangsang pertumbuhan atas keluarnya akar dari eksudasi, dan
kultivar dapat merespon secara berbeda dalam hal rangsangan eksudasi atau
pertumbuhan akar meningkat (29).
 Sebagai kesimpulan, pemupukan N mungkin tidak menyebabkan efek
diprediksi pada aktivitas mikroba yang lebih tinggi dan pertumbuhan di rizosfer.
juga diminati. Gambar. 4 menunjukkan contoh dari microdistributions konsentrasi
dan biomassa mikroba di sekitar barley 2-bulan-tua akar. Sampel pada permukaan
akar menampilkan konten yang lebih tinggi dan biomassa dari tanah massal.
Binnerup dan Sørensen (31) kemudian mengembangkan
uji mikro untuk menganalisis (10 mg) sampel kecil rhizosfer dan kedua akumulasi
menunjukkan nitrit pada permukaan akar, mungkin karena aktivitas nitrifikasi
ditingkatkan.
 Akhirnya, pembatasan fosfat karena penyerapan oleh akar juga dapat
terjadi dalam rhizosfer, dan zona P-habis terbentuk di sekitar akar. Satu contoh
interaksi simbiosis antara akar dan mikroorganisme adalah pengembangan
mikoriza, yaitu penangkap P efisien dalam tanah. Itu kemampuan mikoriza
vesikular-arbuskular (VA) untuk merangsang pertumbuhan tanaman dapat dengan
demikian, kebanyakan kasus, dikaitkan dengan peningkatan transportasi P untuk
tanaman. Eksternal hifa memperpanjang beberapa sentimeter ke dalam tanah dan
memberikan P efisien untuk carrier tanaman (32,33).

Pembentukan agregat
Perkembangan Akar ada peningkatan yang signifikan dari biomassa
mikroba tanah di tanah ectorhizosphere, didukung oleh berlanjutnya eksudasi atau
kebocoran substrat organik dari sel-sel akar rusak. Peningkatan ini mungkin
diamati pada akar barley dalam waktu pertumbuhan 1-2 minggu dan dapat
terlokalisasi di segmen akar tertentu (34). Selama periode yang sama, rhizosfer
menunjukkan bertambahnya agregasi Tanah, mungkin hasil dari pembentukan
mucigel. Mikroba exopolysaccharides mengikatkan mineral lempung dan
komponen humat ke microaggregates (sekitar 50 mm), sedangkan hifa jamur
dapat mengikat menjadi (lebih besar) macroaggregates (sekitar 12 mm) (35).
interkoneksi rambut akar dan hifa jamur, termasuk dari Mikoriza,
mempertahankan garis pasokan yang efisien untuk transportasi substrat antara
bakteri microaggregated dan jaringan akar.
Peran tambahan dari microaggregates adalah sebagai pelindung
microhabitats untuk bakteri terhadap predator tanah, seperti amuba tersebut. Pada
sisi lain, beberapa bakteri yang terjadi di rongga kecil dari microaggregates
kehilangan akses ke sumber daya eksternal. Populasi tidak aktif atau bakteri tanah
dormant mungkin karena itu akan dibentuk sebagai agregat tanah rizosfer.

Populasi Mikroba Dalam Rhizosfer

Pencacahan Dan Isolasi.
Jumlah Populasi
Sejumlah penelitian sampel rizosfir menggunakan mikroskop fluoresensi
atau mikroskop elektron (EM) telah mendokumentasikan kolonisasi mikroba
mucigel, epidermis, dan korteks lapisan. Pengamatan langsung seperti itu telah
memberikan berguna informasi tentang microdistributions dan kelimpahan relatif
dari bakteri dan jamur pada akar. Rovira (36,37) dengan demikian disajikan bukti
awal bahwa bakteri didistribusikan dalam rumpun atau potongan pada akar,
diselingi oleh daerah di mana bakteri jarang atau tidak ada. Bahkan mikrokoloni
terkecil bakteri tampaknya terjadi dalam pola tambal sulam, menunjukkan bahwa
segmen akar individu memberikan kondisi yang berbeda untuk pertumbuhan
mikroba (38).
Jumlah total populasi mikroba keseluruhan memberikan informasi tentang
pilihan habitat mikroorganisme, misalnya, dalam percobaan akar-kolonisasi.
Persiapan akar spesimen untuk pewarnaan dan mikroskop lebih mudah daripada
persiapan sampel yang mengandung tanah. Yang terakhir ini dapat diperoleh
dengan sectioning tipis tanah rizosfer setelah menempelkan dalam resin (39).
Sayangnya, fluoresensi mikroskop sulit karena autofluorescence dari jaringan
tanaman, senyawa humat, dan absorbansi cahaya dalam resin. Hal ini menjanjikan
saat ini, meskipun, bahwa teknologi baru confocal laser scanning microscopy
(CLSM) memungkinkan relatif tebal (sekitar 1 mm) spesimen akar untuk
dianalisis dalam neon cahaya, dan bahwa teknik ini menghilangkan masalah yang
terkait dengan autofluorescence (40) (dibahas nanti).
Karena kurangnya teknik yang sesuai untuk memudahkan penentuan total
nomor mikroba atau biomassa dalam rhizosfer, sejumlah langkah langsung telah
lama digunakan. Dengan kesalahan, biomassa mikroba telah sering diasumsikan
untuk mencerminkan kesuburan tanah atau produktivitas tanaman, patut
disayangkan hasilnya telah diperhatian untuk penentuan biomassa dalam tanah.
Relevansi biomassa mikroba untuk kesuburan tanah lebih terkait dengan jumlah
nutrisi tanaman dan waktu mereka menjadi tersedia melalui omset mikroba. Oleh
karena itu, sekarang ada yang lebih besar kebutuhan data omset (mineralisasi
nutrisi) dan untuk lokalisasi dan tempat estimasi tingkat aktivitas (mineralisasi
dan nutrisi lainnya transformasi) terkait dengan fraksi biomassa mikroba aktif.
Menggunakan teknik fumigasi-ekstraksi untuk menentukan biomassa mikroba
(41) dan Metode mikro-diseksi untuk mendapatkan sampel tanah kecil (100 mg),
Stoumann Jensen dan Sørensen (34) baru-baru ini menunjukkan penumpukan
mikroba biomassa di segmen akar barley tertentu. Dengan menggunakan substrat-
induced Metode respirasi Barat dan Sparling (42) untuk menentukan aktif fraksi
respiring biomassa, dasar akar (langsung di bawah benih) dan ujung akar segmen
proksimal khususnya yang ditemukan untuk mendukung biomassa aktif respiring
mikroorganisme.
Subpopulasi Dapat Hidup Dan Culturable Culturability
Mikroorganisme pada media laboratorium telah menjadi dasar untuk
Mayoritas studi pada populasi mikroba dalam rhizosfer. Bahkan sel viabilitas
sering ditentukan dari perkiraan unit pembentuk koloni (CFUs), sebagai
persentase dari total jumlah. Angka ini adalah variabel, tapi perkiraan 10%
viabilitas untuk populasi bakteri dalam tanah rizosfer (43,44). Sebagai
perbandingan, viabilitas jelas jauh lebih rendah, misalnya, 0,1% sampai 2%,
ditemukan di tanah massal (45,46).
Harus diingat bahwa pembentukan CFU terlihat pada pelat agar tidak
menawarkan hitungan lengkap dari populasi yang layak dari bakteri. Hal ini juga
menetapkan bahwa jumlah piring inheren meremehkan jumlah sebenarnya bakteri
hidup karena beberapa alasan. Lampiran fisik bakteri tanah partikel akan
menyebabkan terlalu rendah. Selain itu, beberapa bakteri dapat dibunuh dalam
medium cairan dan lain-lain mungkin gagal untuk tumbuh pada berbagai media
plating. Banyak mikroorganisme diketahui mungkin membutuhkan media atau
pertumbuhan kondisi spesifik, dan beberapa bakteri tidak akan tumbuh pada
media laboratorium kaya nutrisi, terutama setelah periode kelaparan hara dalam
tanah (47). Oleh karena itu Studi menggunakan jumlah CFU terhambat oleh fakta
bahwa bakteri sering memasukkan keadaan tidak aktif di mana mereka layak, tapi
nonculturable (VBNC).
Beberapa studi telah mengambil tantangan untuk meningkatkan teknik
kultur untuk penentuan angka bakteri dalam rhizosfer dan sampel tanah. Satu
metode, teknik microcolony, didasarkan pada mendeteksi mikrokoloni dibentuk
setelah pembelahan sel awal (mikro-CFU) daripada ukuran penuh, koloni terlihat
(CFU) pada media laboratorium (48). Menggunakan isolat rizosfer, Pseudomonas
fluorescens galur DF57, itu menunjukkan bahwa microcolony Pembentukan
memberikan perkiraan yang jauh lebih tinggi dari sel hidup dalam tanah, dan
bahwa jumlah rupanya termasuk subpopulasi yang layak, tetapi sel nonculturable
dari tekanan. Itu tampak bahwa perbaikan dalam teknik pencacahan dan deteksi
dapat diperoleh jika perhatian dibayar untuk stres fisiologis dan pemulihan dari
kondisi tidak tumbuh. Misalnya, energi-kelaparan Pseudomonas aeruginosa
(Kurang pada akseptor elektron untuk respirasi) menunjukkan pemulihan yang
lebih baik dalam media anaerobik dengan NO3 sebagai akseptor elektron terakhir
daripada di aerobik (49).
Sebuah aplikasi khusus dari teknik pelapisan adalah studi koloni-formasi
kurva, yang merupakan kurva kemajuan untuk pembentukan CFU atas inkubasi
diperpanjang periode (50). Nilai lambda (l) dihitung dari persamaan ln (-N) = ln-l
(t-tx), di mana perkiraan jumlah sel mampu membentuk koloni yang terlihat, N
adalah jumlah koloni yang diamati pada waktu t, dan tx adalah interval waktu
antara pelapisan dan inisiasi penampilan koloni. Lambda adalah probabilitas sel
membentuk koloni terlihat per satuan waktu. Baath et al. (44) menggunakan
pendekatan ini untuk menunjukkan bahwa beberapa bakteri memiliki
pertumbuhan yang lebih baik kondisi pada permukaan akar daripada di tanah
rizosfer. Gambar. 5 menunjukkan penerapan uji untuk membedakan antara dua
sub-populasi yang berbeda bakteri dalam rizosfer tanaman barley. Satu populasi
dengan nilai tinggi l (0.41) hilang pada salah satu dari dua tanaman, sedangkan
populasi lain dengan nilai rendah l (0,06) hadir pada kedua tanaman (M.
Neiendam Nielsen dan J. Sørensen, hasil yang tidak dipublikasikan).

Keragaman
Benih Berkecambah Dan Akar Muda
Mikroorganisme rizosfir mungkin timbul dari populasi yang terbawa benih
yang bertahan pada penyimpanan benih dan perkecambahan atau bentuk populasi
tanah-tertanggung. Karakteristik mikrobiologi dari benih berkecambah tidak
sering dibahas tapi bisa menjadi penting untuk pembentukan beberapa
mikroorganisme saprofit di endorhizosphere tersebut. Diperkirakan,
bagaimanapun, bahwa kebanyakan perekrutan mikroorganisme untuk kolonisasi
akar tanaman berikutnya dan tanah rizosfer terjadi setelah stimulasi pertumbuhan
mikroorganisme oleh akar maju. Ujung akar dengan demikian merupakan sumber
titik maju substrat karbon dan bertindak sebagai stimulus untuk kegiatan
berikutnya dan pertumbuhan dengan mikroorganisme aktif dalam tanah massal.
Salah satu bukti mekanisme ini adalah perkecambahan jamur gradien, yang
mengembang tegak lurus dengan akar segera setelah ujung akar (51). Namun,
meski atraktan kimia dalam eksudat akar mungkin terlibat dalam aktivasi spora
jamur atau pertumbuhan di rhizosfer, mekanisme ini jarang diketahui.
Perhatian telah dibayarkan kepada suksesi mikroba di awal rizosfer. Van
Vuurde dan Schippers (52) melaporkan bahwa invasi urutan (dalam urutan
tampilan) berbagai rhizobakteri (tidak termasuk coryneforms dan actinomycetes
benar), coryneforms, actinomycetes benar, dan mikrofungi dikaitkan dengan
timbulnya epidermal dan penuaan sel kortikal dalam akar muda (1 sampai 2
minggu).
 Liljeroth et al. (53) dicuci ujung akar umur 1 - 2-hari- dan akar-umur 8 - 9
hari ke basis bibit gandum sebelum maserasi dan plating 1/10 kekuatan tryptic
agar kedelai pada 20 °C. Penjajah awal permukaan akar (Endorhizosphere) yang
ditandai dalam hal pemanfaatan substrat karbon dan dikelompokkan menjadi 11
kelompok dari kedua gram negatif dan gram-positif bakteri. Menariknya,
pemanfaatan gula sederhana (laktosa, galaktosa, mannose, xylose, dan manitol)
dan karboksilat asam (sitrat dan suksinat) ditemukan signifikan lebih sering pada
populasi dari ujung akar daripada yang berasal dari basis akar. memajukan ujung
akar dianggap tempat penting untuk eksudasi gula sederhana dan asam organik,
yang mungkin memanfaatkan senyawa ini memacu pertumbuhan rhizobakteri. Ini
harus ingat bahwa pertumbuhan bakteri ini pada piring agar-agar juga dapat
terjadi karena eksudat memberikan stimulus untuk meringankan dormansi dan
memperoleh culturability.
Untuk mengisolasi bakteri dari endorhizosphere gandum dan barley,
Kleeberger et al. (54) mencuci dan mensterilkan permukaan segmen akar sebelum
sampel maserasi dan dilusi berlapis pada hitungan agar plate (kasein pepton,
glukosa, dan ekstrak ragi). Di antara gram negatif, Pseudomonas spp neon., milik
P. fluorescens-P. putida kompleks, membentuk kelompok terbesar (Tabel 1).
Pengamatan lebih lanjut bahwa kelompok coryneform bakteri adalah dominan di
antara penjajah rizosfir gram-positif. Namun, kelimpahan rendah coryneforms
dalam sampel akar permukaan disterilkan diindikasikan bahwa mereka terutama
terletak di bagian eksternal dari gandum dan barley endorhizosphere, yaitu,
lapisan lendir.

Akar yang Matang

Beberapa studi telah menunjukkan bahwa keanekaragaman jenis tanah
adat populasi akan mempengaruhi komposisi populasi ectorhizosphere. Adapun
studi endorhizosphere (lihat pembahasan sebelumnya), namun, harus diingat
bahwa pengamatan kelompok dominan dalam tanah rhizosfer mungkin bias oleh
media yang digunakan untuk isolasi mereka.
Suksesi musiman dapat diamati, karena aktivitas mikroba tanah bervariasi
dengan suhu, kadar air, dan nutrisi. Lambert et al. (55,56) memperkenalkan
penyaringan cepat keanekaragaman mikroba, berdasarkan perbandingan dari
seluler komposisi protein dalam dikultur bakteri. Profil protein tersebut,
karakteristik komposisi protein di setiap klon dari bakteri dikultur, digunakan
untuk membedakan cluster regangan spesifik antara cepat tumbuh
rhizobakteria di endorhizosphere jagung dan gula bit. Pertumbuhan mengambil
tempat di 1/10-strength tryptic agar kedelai dan profil protein dalam sel utuh
mencerna dibandingkan setelah gel poliakrilamid elektroforesis (PAGE) (56).
Pseudomonas fluorescens atau Sphingomonas paucimobilis predominan pada
permukaan akar gula bit muda sampai Juni, setelah itu Xanthomonas maltophilia
(sebelumnya P. maltophilia) dan Phyllobacterium sp. (Rhizobiaceae) ditemukan
untuk meningkatkan kepadatan. Tiga mantan spesies memiliki cukup variabilitas
genetik, profil protein dari spesies yang sama atau berbeda diganti
satu sama lain selama pertumbuhan tanaman, bagaimanapun, menunjukkan bahwa
variabilitas memiliki signifikansi ekologis.

Selama musim pertumbuhan tanaman, mikroorganisme menjadi semakin

tergantung pada mobilisasi bahan organik autochtonous. Gram-positif
mikroorganisme, termasuk coryneforms (misalnya, Arthrobacter sp.), dan benar
actinomycetes (misalnya, Streptomyces sp.) menjadi semakin berlimpah di
rizosfir tanaman. Miller et al. (57) menggunakan kedelai tryptic 1/10-strength agar
memperoleh jumlah total bakteri dalam tanah rizosfer untuk 1- 2-bulan-tua
kultivar gandum. Menggunakan dua media yang selektif untuk Pseudomonas
fluorescent spp. (P. fluorescens-P. Putida) disimpulkan bahwa kelompok ini
menyumbang hanya kecil (sekitar 1%) sebagian kecil dari total populasi. Hal ini
mungkin mencerminkan bahwa pseudomonas hanya berlimpah di antara
rhizobakteri selama fase pertumbuhan awal gandum (58). Coryneforms,
disebutkan pada media agar nutrien kompleks diperkaya dengan kasein dan
glukosa, merupakan fraksi yang signifikan dari total populasi. Di dua kultivar
gandum yang berbeda, coryneforms adalah 4% sampai 6% dan 6% sampai 15%
dari total jumlah CFU, masing-masing. Sebagai perbandingan, tanah akar-bebas
terkandung sampai 30%, dan coryneforms tanah-ditanggung jelas menyerbu tanah
rhizosfer dari tanah massal sebagai tanaman menjadi lebih tua (57). Pada
penelitian selanjutnya, Miller dkk. (59) juga menguji kelimpahan relatif
actinomycetes benar dalam tanah rizosfer untuk gandum dua berumur 3 - 10-
minggu- kultivar. Sebuah media selektif, kitin oatmeal agar, memberikan jumlah
yang sangat stabil bakteri ini selama 3 -10 minggu untuk periode pertumbuhan
tanaman. Adapun coryneforms, eksudasi akar tampaknya tidak mengontrol
pembentukan benar actinomycetes di tanah rizosfer. Itu masuk akal bahwa
kapasitas tinggi untuk degradasi polimer (polimer gula dan fenol) atau resistensi
terhadap pengeringan, senyawa beracun, dll, menyediakan mikroorganisme ini
dengan keuntungan selektif ketika akar eksudat menjadi sparser dalam tanaman
dewasa. Sebagai root menjadi semakin bocor, luka dapat terinfeksi oleh patogen,
mikoriza, dan mikrofungi saprophytic lainnya. Sedangkan beberapa jamur yang
paling berlimpah pada permukaan akar dan hanya aktif selama fase awal penuaan
root (misalnya, saprofit Trichoderma viride), yang lain terjadi pada semua lapisan
akar matang dan juga aktif pada tahap akhir dari kerusakan (misalnya, patogen
Fusarium oxysporium) (60).

Aktivitas Dan Pertumbuhan

Kolonisasi Akar
Banyak penelitian kolonisasi akar didasarkan pada inokulasi bibit dengan
spesifik strain bakteri dan penentuan selanjutnya jumlah akar hidup. Untuk
mengikuti pertumbuhan pada media selektif, mikroorganisme tertentu biasanya
dilengkapi dengan satu atau lebih tanda-tanda resistensi antibiotik, misalnya,
kanamisin, rifampisin, atau resistensi streptomisin. Pendekatan lain adalah untuk
melengkapi suatu organisme dengan gen penanda untuk katabolisme substrat
tertentu, dibuat terdeteksi oleh pembelahan pewarna. The lacZ (b-galaktosidase),
gusA (b-glukuronidase), dan xy / E (2,3-katekol dioksigenase) gen semuanya
telah digunakan sebagai gen penanda kromogenik untuk mempelajari nasib
bakteri dalam rhizosfer (61). Perlu dicatat, bagaimanapun, bahwa sebagian besar
penelitian ini masih mengandalkan tambahan gen resitance antibiotik dalam
organisme, untuk mendapatkan perbedaan primer koloni strain rekayasa dari
bakteri rizosfir.
Loper et al. (62) menggunakan mutan yang resistan terhadap rifampisin
Pseudomonas fluorescens-P. putida untuk mengikuti kolonisasi akar kentang
(Solanum tuberosum) (Gambar 6). Potongan benih yang dicelupkan ke dalam
inokulum bakteri (suspensi Budaya umur 2-hari- ditanam di Kings B agar) dan
ditanam di tanah. Setelah 23 minggu pertumbuhan tanaman, CFUs bakteri pada
segmen akar yang berbeda menunjukkan bahwa hanya beberapa strain penjajah
akar yang baik, sebagaimana dinilai dari kehadiran mereka pada segmen ujung
akar-proksimal. Sebuah studi oleh Thompson et al. (63) dari akar gandum
kolonisasi dan kelangsungan hidup dari Arthrobacter sp. (Strain resisten terhadap
streptomisin A109) menggambarkan bahwa coryneforms beradaptasi dengan baik
untuk kelangsungan hidup jangka panjang baik dalam rizosfer dan tanah massal.
Biji Gandum diinokulasi dengan Arthrobacter A 109 dikecambahkan dan tanaman
ditanam selama 3 bulan. Endorhizosphere CFUs diikuti setelah mencuci dan
maserasi akar dan plating ke nutrient agar dengan streptomisin. Angka-angka
konstan sepanjang waktu (dinyatakan per gram akar) menunjukkan bahwa
Arthrobacter Sebuah populasi 109 adalah profilerating atau selalu dilengkapi
dengan sel dari tanah.
Kelangsungan Hidup (Stres)
Karena kadar air tanah pada permukaan akar tanaman aktif transpiring
dapat mencapai tingkat rendah, di bawah tanah nonrhizosphere, perlawanan
bakteri rizosfir untuk kadar air rendah mungkin penting untuk kelangsungan hidup
mereka. Penelitian oleh Loper et al. (62) dari akar-kolonisasi strain Pseudomonas,
ada hubungan yang jelas antara potensi kolonisasi dan in vitro osmotolerance
antara strain, yang menunjukkan bahwa ketahanan kekeringan bisa sangat penting
untuk kelangsungan hidup setelah kolonisasi akar (Gambar 7). Diantara kelompok
utama gram positif dalam rhizosfer, ketahanan kekeringan diperoleh dengan
endospora dan actinospore untuk kulit di Bacillus spp. dan actinomycetes,
sementara arthrospores di Arthrobacter spp. dapat berfungsi sebagai contoh tahan
kekeringan bentuk coryneforms. Bentuk-bentuk spora sepenuhnya layak dan
spontan berkembang biak menjadi sel normal batang terbentuk ketika kondisi
pertumbuhan cocok.

Selain toleransi terhadap potensial matrik rendah (termasuk osmotolerance

dan ketahanan kekeringan), kemampuan bakteri untuk melindungi diri terhadap
stres oksidatif (lihat pembahasan sebelumnya) mungkin penting selama
penjajahan. Sel akar tanaman merespon dengan cepat mendekati mikroorganisme
dengan melepaskan oksigen spesies aktif (superoksida dan hidrogen peroksida)
(64). Perlindungan terhadap spesies oksigen aktif, yang respon oksidatif stres,
telah ditunjukkan dalam bakteri gram negatif untuk memasukkan sintesis
digabungkan dari beberapa enzim baru yang terlibat dalam penyerapan, energi
metabolisme, dan DNA perbaikan, yang menyediakan proteksi-silang terhadap air
rendah konten, jenis pengak oksigen, dan antibiotik tertentu (65). Meskipun
pengetahuan saat respon stres dalam akar-kolonial Pseudomonas spp. terbatas,
seperti proteksi-silang yang merugikan faktor pada tanah baru-baru ini ditemukan
di phytopathogenic Pseudomonas syringae (66) dalam percobaan kultur.

Secara umum, ketahanan terhadap faktor abiotik tanah seperti ketersediaan

air rendah, stres oksidatif, atau kelaparan dapat sangat mempengaruhi kemampuan
gram negatif rhizobakteri untuk bersaing dengan mikroorganisme lain dan
mencocokkan faktor predasi dalam rhizosfer. Upaya untuk memperkenalkan
tanaman menguntungkan Pseudomonas spp. ke dalam tanah rhizosfer
menggambarkan bahwa bakteri menghadapi risiko tinggi kepunahan jika sel-sel
tidak tumbuh beradaptasi dalam rhizosfer atau jika pelindung mikrohabitat tidak
tersedia. Vandenhove et al. (67) menunjukkan bahwa keadaan fisiologis
Pseudomonas fluorescens (strain 88W1) sel diperkenalkan ke dalam tanah
memiliki pengaruh yang nyata pada kelangsungan hidupnya. Sel dari akhir fase
eksponensial dari budaya inokulum bertahan lebih baik dibandingkan dari awal
eksponensial atau fase stasioner. Banyak upaya karena itu telah dimasukkan ke
dalam desain protokol inokulasi, oleh mana tanaman-benefial rhizobakteria
bertahan paparan awal mereka untuk merugikan faktor stres dalam tanah.
Peningkatan kolonisasi akar dan kelangsungan hidup menunjukkan ketika sel-sel
fluoresncens yang dikemas dalam melindungi polimer (Alginat) manik-manik
(68). Perlindungan diperpanjang dikombinasikan dengan slow release sel dari
alginat menghasilkan pertumbuhan yang sukses di lingkungan rizosfer.
Extinction (Predasi Dan Lisis)
Sementara penurunan CFUs dalam studi tergantung waktu kolonisasi dan
kelangsungan hidup mungkin disebabkan pembentukan, tetapi membentuk sel
nonculturable (Dibahas sebelumnya), ada kematian pasti signifikan dan omset
populasi bakteri karena autolisis, lisis oleh bakteriofag, dan dimangsa oleh
protozoa. Yang terakhir, termasuk amuba, flagelata, dan ciliates, adalah
komponen umum dari tanah rizosfer (69,70), dan selektif predasi oleh rumput
amuba dapat mempengaruhi pola dominasi bakteri dan jamur. Stout dan Sembuh
(71) menunjukkan bahwa beberapa amuba tanah lebih memilih untuk merumput
pada bakteri gram negatif seperti Pseudomonas spp.
Meskipun protozoa telah ditunjukkan untuk membatasi jumlah
rhizobakteria (72,73), predator tidak akan diharapkan dapat menghasilkan efek
selektif pada tingkat regangan seperti halnya bakteriofag. Stephens et al. (74)
melaporkan bahwa dua Pseudomonas strain yang berbeda, M11 / 4 dan B2 / 6,
menurun pada tingkat yang berbeda di bawah kolonisasi akar gula bit dalam tanah
steril. Hal ini dijelaskan oleh kehadiran sejumlah besar bakteriofag mampu
melisiskan salah satu strain, B2 / 6 (Gambar 8). Sayangnya, fag waduk tanah
untuk interaksi Pseudomonas spp dengan. dan bakteri akar-kolonisasi lain belum
diselidiki, walaupun beberapa spesies baru fag Pseudomonas besar yang baru-baru
ini diisolasi dari rizosfer jelai (75). Semua fag yang litik dan host oleh beberapa
Pseudomonas spp., namun tingkat perkalian lambat mereka menyarankan
kemungkinan mekanisme seimbang fag-tuan koeksistensi dalam rhizosfer.

Prospek Mikrobiologi Di Rizosfir:

Kebangkitan Mikroskop Scanning dan mikroskop elektron transmisi terus
menjadi penting instrumen untuk penelitian di rizosfer mikrobiologi. Salah satu
contoh adalah Studi menarik oleh Achouak et al. (76), di mana N 2 isolat
Enterobacter agglomerans ditunjukkan untuk membentuk agregat sel pada beras,
tetapi tidak pada akar gandum (Gambar 9). Agregat atau symplasmata, telah
diamati oleh Beijerinck pada tahun 1888 (77), dikemas sel dalam ekstraseluler
umum selubung. Disarankan bahwa selubung yang mengelilingi bakteri dapat
bertindak sebagai penghalang selektif untuk difusi oksigen ke dalam bakteri, yang
memungkinkan keadaan optimal (mikroaerofilik atau lowoxygen) kondisi untuk
aktivitas nitrogenase (pengurangan enzimatik N2 ). Ini akan menarik untuk
menentukan apakah adaptasi tersebut juga terjadi antara lain N2-memperbaiki
rhizobakteria, misalnya, terkait erat tanaman patogen Erwinia herbicola, yang juga
mengandung strain N2 (78). Penelitian oleh Kleeberger et al. (54) lebih lanjut
menunjukkan bahwa dua sub kelompok Enterobacter agglomerans muncul hampir
secara eksklusif dalam sampel permukaan akar disterilkan dan dengan demikian
tampaknya penjajah asli endorhizosphere tersebut. Salah satu kelompok diwakili
anaerob fakultatif, di antaranya sekitar sepertiga N2.
 Imunodeteksi bakteri dengan teknik antibodi fluorescent adalah
diperkenalkan di tanah mikrobiologi lebih dari 20 tahun yang lalu (79). Teknik ini
paling spesifik, jika antibodi mengenali komponen permukaan stabil target
bakteri, biasanya molekul protein membran atau lipopolisakarida (LPS).
Dibandingkan dengan penggunaan jumlah piring membutuhkan organisme
culturable, para immunotechniques juga mengakui bakteri mati dan karena itu
mungkin melebih-lebihkan jumlah sel yang layak. Telah dikemukakan, meskipun,
bahwa bakteri mati hilang dalam beberapa minggu di tanah dan dengan demikian
tidak dapat menjelaskan pencacahan utama perbedaan antara imunofluoresensi
(IF) dan jumlah piring (80).

Dalam beberapa tahun terakhir, perkembangan pesat dari dual-dan

multilabeling teknik menggunakan beberapa fluorochromes seperti fluorescein
dan rhodamine, sebagai serta maju-mikroskop, telah memberikan stimulus baru
untuk rizosfer mikrobiologi. Beberapa percobaan pelabelan mengikuti beberapa
interaksi mikroorganisme pada saat yang sama hanya satu contoh dari arah masa
depan penelitian ini. Deteksi imunofluoresensi telah lebih jauh memperoleh
renaissance oleh pengembangan antibodi monoklonal yang sangat spesifik teknik
untuk mendeteksi produk mikroba seperti enzim dan antibiotik dalam komunitas
kompleks mikroba. Pesatnya perkembangan deteksi baru teknik menggunakan
probe oligonukleotida neon juga telah mengambil nafas-, sebagai probe ini
memungkinkan untuk keduanya sangat spesifik (misalnya, strain) dan deteksi
kurang spesifik (misalnya, spesies atau takson yang lebih tinggi) dari
mikroorganisme atau gen dalam lingkungan. Yang paling penting, sejumlah besar
teknik canggih untuk menentukan lokalisasi dan aktivitas mikroorganisme in situ
memungkinkan untuk mengajukan pertanyaan baru tentang strategi hidup mereka
di tempat lingkungannya. Salah satu contoh teknik mikroskopis baru
ditunjukkan pada Gambar. 2; foto ini dibuat dari gambar tiga dimensi dari
Pseudomonas fluorescens galur DF57 pada akar barley dilakukan dengan
fluoresensi-berlabel monoklonal antibodi pewarnaan dan CLSM. Schloter et al.
(40) dan Assmus et al. (81) digunakan Imunodeteksi dan ribosom ribonukleat
Asam (rRNA) yang ditargetkan probe, masing-masing, dan CLSM untuk
mempelajari suatu Azospirillum saring menjajah permukaan akar gandum.
CLSM ini mengurangi fluoresensi latar belakang (autofluorescence) dari jaringan
tanaman ke minimum, dan, didukung oleh software image analisis canggih,
spasial distribusi bakteri di permukaan tanaman dapat diamati. Pada langkah
berikutnya, di in situ lokalisasi tiga dimensi sel bakteri spesifik dan demonstrasi
satu atau lebih dari fungsinya, protein sel-terkait (Enzim) tentu dalam jangkauan.
Mereka akan memberikan rincian, tidak hanya pada distribusi mikro sel, tetapi
juga pada kondisi fisiologis dan aktivitas.
Akhirnya, teknologi molekuler kini memungkinkan untuk mendeteksi
aktivitas in situ fisiologis dalam sel-sel tertentu diberi label dengan gen reporter
seperti lux. Penyisipan lux gen, yang kode untuk enzim yang terlibat dalam
bioluminescence (82), menjadi strain bakteri tertentu menjanjikan untuk studi sel
tunggal dalam microhabitats rizosfer mereka. Sampai saat ini, tidak ada bakteri
bioluminescent telah dilaporkan sebagai konstituen alami komunitas mikroba
rhizosfer pada dasar teknik kultur, menunjukkan bahwa lux mungkin gen penanda
yang berguna untuk studi bakteri rizosfir (83). Bakteri mengekspresikan gen ini
memancarkan foton yang dapat dideteksi dan diukur dengan mikroskop. De
Weger et al. (84) pertama kali digunakan autophotography dan sensitif detektor
cahaya untuk memvisualisasikan bakteri lux-ditandai pada akar kedelai (Glycine
max). Gambar. 10 menunjukkan lokalisasi lux dilengkapi Pseudomonas
fluorescens ketegangan DF57 pada akar barley. Ketegangan adalah penjajah yang
baik dan tampaknya merata sepanjang akar. Akhirnya, penyisipan lux dalam gen
diatur dalam lingkungan yang akan memfasilitasi dalam tempat analisis ekspresi
fungsi tertentu, seperti produksi enzim atau antibiotik yang dipilih. Akhirnya,
teknologi gen pelapor akan memungkinkan peneliti untuk menentukan baik dalam
tempat microlocalization dan kondisi fisiologis tertentu mikroorganisme in situ
dalam rhizosfer.