Nama Kelompok : Sanda Putri Agustin (K100180202)

Itsna Sofia Rahma (K100180206)

Natasya Maula Syadiba (K100180214)

Kelas :C

TUGAS BIOKIMIA

RANGKUMAN JURNAL (METABOLISME NUKLEOTIDA)

SINTESIS DE NOVO NUKLEOTIDA PIRIMIDIN

De novo pirimidin nukleotida yang juga disebut sebagai "jalur orotate" biasanya didefinisikan
sebagai pembentukan UMP dari karbamoil fosfat (CP). Meskipun urutan untuk biosintesis
Pirimidin nukleotida dalam tanaman adalah dasarnya,yang sama seperti pada hewan dan
mikroorganisme. awal reaksi dikatalisis oleh CP sintetase (CPS) yang berfungsi mewarnai
pembentukan CP dengan kombinasi karbonat, ATP dan gugus amino dari glutamin diperlukan
untuk membentuk cincin pirimidin dari CP. Kelompok fosforibosil PRPP ditambahkan ke dasar
pirimidin, orotat, membentuk orotidin 5'-monofosfat (OMP) yang didekarboksilasi untuk
membuat UMP, nukleotida pirimidin pertama. UMP kemudian difosforilasi menjadi UDP
dan UTP. Pemindahan gugus amino dari glutamin ke UTP oleh CTP synthetase mengarah ke
sintesis CTP.
CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE (CPS, EC 6.3.5.5)
CP adalah substrat untuk biosintesis nukleotida pirimidin dan arginin dan karenanya senyawa ini
bukan bahan awal yang unik untuk pembentukan basa pirimidin. Namun demikian, pembentukan
CP adalah langkah pengaturan yang paling penting dalam biosintesis pirimidin. Kebanyakan
eukarium kecuali tanaman memiliki dua jenis CPS. Amonia spesifik CPS (CPS I) berkontribusi
pada biosintesis arginin dan aktivitasnya dirangsang oleh N -asetil-L-glutamat yang diproduksi
sebagai perantara biosintesis ornithine. Pada mamalia, enzim ini terletak di mitokondria hati
ureotelic dan ditujukan terutama pada pembentukan urea. CPS kedua (CPS II), yang lebih
disukai menggunakan glutamin sebagai substrat dan tidak memerlukan N -asetil-L-glutamat
sebagai faktor-ko, berkontribusi pada sintesis pirimidin. Berbeda dengan CSP I, CSP II hadir
dalam sitosol dari semua sel pembagi mamalia (Tatibana, 1978).
Studi biokimia menunjukkan bahwa tanaman yang lebih tinggi hanya memiliki satu bentuk CPS
yang diusulkan untuk memberikan CP untuk biosintesis nukleotida pirimidin dan arginin
(Wasternack, 1982, Sasamoto dan Ashihara)
Dalam kebanyakan eukariota termasuk mamalia, CPS II berada dalam dua superdomain dari
protein multifungsi yang mengandung CPS II, aspartate transcarbamoylase (ATC) DAN
Aktivitas dihydrooratase (DHO) (Christopherson dan Szabados, 1997). 
Protein ini disingkat CAD untuk mencerminkan huruf pertama dari enzim penyusunnya. Namun
tidak ada laporan tentang protein multifungsi serupa yang ada pada tanaman atau E. coli.

TRANSCARBAMOYLASES ASPARTATE (ATC, EC 2.1.3.2)
langkah pertama yang dilakukan dari biosintesis de novo pyrimidine, dikatalisis oleh aspartate
transcarbamoylase (ATC). E. coli ATC tunduk pada regulasi alosterik dan merupakan langkah
pembatas laju untuk sintesis UMP (lihat Henderson dan Patterson, 1973). Namun, langkah ini
tidak mungkin untuk situs tingkat-membatasi utama untuk biosintesis pirimidin pada hewan dan
tanaman karena aktivitas enzim ini sangat berlebihan dibandingkan dengan enzim lain dari jalur
(Henderson dan Patterson, 1973, Kanamori et al. ., 1980). Namun, konsentrasi tinggi UMP
menghambat aktivitas ATC tanaman in  vitro , dengan mengikat langsung ke subunit
katalitik homotrimer tanaman ATC (Cole dan Yon, 1984). Dalam situasi ini sel tidak perlu
menghasilkan UMP, dan CP, substrat ATC, kemudian digunakan untuk biosintesis
arginin. Dengan demikian, integrasi ATC oleh UMP tampaknya penting dalam mempartisi CP
antara sintesis pirimidin dan arginin 

TRANSCARBAMOYLASES ASPARTATE (ATC, EC 2.1.3.2)
langkah pertama yang dilakukan dari biosintesis de novo pyrimidine, dikatalisis oleh aspartate
transcarbamoylase (ATC). E. coli ATC tunduk pada regulasi alosterik dan merupakan langkah
pembatas laju untuk sintesis UMP (lihat Henderson dan Patterson, 1973). Namun, langkah ini
tidak mungkin untuk situs tingkat-membatasi utama untuk biosintesis pirimidin pada hewan dan
tanaman karena aktivitas enzim ini sangat berlebihan dibandingkan dengan enzim lain dari jalur
(Henderson dan Patterson, 1973, Kanamori et al. ., 1980). Namun, konsentrasi tinggi UMP
menghambat aktivitas ATC tanaman in  vitro , dengan mengikat langsung ke subunit
katalitik homotrimer tanaman ATC (Cole dan Yon, 1984). Dalam situasi ini sel tidak perlu
menghasilkan UMP, dan CP, substrat ATC, kemudian digunakan untuk biosintesis
arginin. Dengan demikian, integrasi ATC oleh UMP tampaknya penting dalam mempartisi CP
antara sintesis pirimidin dan arginin 

DIHYDROOROTASE (DHO, EC 3.5.2.3)

Dihydroorotase (DHO) adalah enzim ketiga dalam jalur biosintesis pyrimidine de novo

yang sangat terkonservasi . Enzim ini mengkatalisis konversi reversibel karbamoil aspartat
menjadi asam dihidroorotik. Urutan penyandian DHO telah diisolasi dari berbagai
organisme termasuk A. thaliana (Nasr et al., 1994). Sebagaimana diuraikan di atas,
dihidroorotase mamalia (Simmer et al ., 1990), Drosophila melanogaster (Freund
dan Jarry, 1987) dan Dictyostelium discoideum (Faure et al., 1989), Tiga domain
terpelihara(Guyonvarchetal., 1988)juga ditemukan dalam protein
yang disandikan oleh cDA:Domain A ,Domain B (AIVMPNLKPPVT) Domain C (FLGTDSA
PHERSRK). The histidine dari DomainAdiperkirakan mengkoordinasikan seng katalitik yang
diasosiasikan dengan enzim (Brown dan Collins, 1991). Ini menunjukkan bahwa DHO
tanaman memiliki mekanisme katalitik yang mirip dengan enzim E. coli dan S.
cerevisiae (Zhou et al., 1997).

DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE (DODH; EC 1.3.99.11)

Reaksi keempat dari biosintesis de novo pirimidin adalah konversi DHO menjadi orotate. DODH
diperkirakan menggambarkan reaksi ini (Jones, 1980). DODH ditemukan terletak di permukaan
luar membran dalam mitokondria pada mamalia (Jones, 1980). Meskipun tidak ada studi rinci
tentang enzim yang sama pada tanaman, Miersch et al. (1986) mengemukakan bahwa tomat
DODH juga terletak di mitokondria

Uridine 5'-monophosphate synthase

 Orotate dikonversi menjadi UMP dalam dua reaksi berturut-turut dikatalisis oleh orotate
phosphoribosyl transferase (OPRT) dan orotidine 5'-monophosphate decarboxylase
(ODCase). Karena perantara dari langkah-langkah ini, orotidin-5'-monofosfat, tidak terdeteksi
dalam jaringan tanaman, dan kedua aktivitas ini dimurnikan melalui beberapa langkah
pemurnian, disarankan bahwa kedua enzim ini membentuk kompleks in vivo, langkah-
langkah jalur pirimidin de novo pada tanaman dan juga mamaliaStruktur ini meningkatkan
efisiensi reaksi-reaksi ini dengan menyalurkan produk dari reaksi pertama ke enzim kedua tanpa
pemisahan dari kompleks. Dalam sebagian besar organisme, kecuali beberapa protozoa parasit,
bagian N-terminal dari enzim bifungsional ini memiliki identitas urutan dengan OPRT
sedangkan wilayah terminal-C memiliki identitas dengan ODCase . Dalam beberapa protozoa
parasit urutan kegiatan dalam enzim dibalik menunjukkan bahwa sebuah bifunctional umps telah
muncul lebih dari sekali selama evolusi.
Kesimpulan ini sebagian didasarkan pada temuan bahwa klasifikasi filogenetik dari enzim
biosintesis pirimidin tanaman sangat chimaeric. Sebagai contoh, meskipun dua subunit CPS
cluster dengan clade termasuk urutan dari cyanobacteria dan red alga chloroplasts, urutan ACT
tidak termasuk dalam clade dengan cyanobacteria dan kelompok sekuens DHO dalam suatu
clade yang mengandung sekuens proobobakteri. Dalam jamur, DHO dan OPRT cluster
dengan rekan proteobakteri yang sesuai .

Pembentukan uridine-5'-trifosfat (UTP) dan nukleotida sitin dari UMP

UMP merupakan produk dari jalur biosintetik nukleotida nukleotida de novo , selanjutnya

difosforilasi untuk membentuk UTP. Cytidine-5'-trifosfat (CTP) dibentuk oleh aminasi UTP. 
Menurut Hirose dan Ashihara,1984 aktivitas enzim yang berpartisipasi dalam konversi UMP ke
UTP sangat tinggi) dan sebagai hasilnya, tingkat nukleotida urasil diseimbangkan dalam sel dan
jaringan. UMP kinase dan nukleosida difosfat nukleosida non spesifik telah dikarakterisasi pada
tanaman.

UMP kinase

UMPK mengkatalisasi transfer gugus fosforil dari ATP ke UMP atau CMP untuk menghasilkan
UDP dan CDP. Enzim ini telah dipelajari dari berbagai sumber bakteri The ial
bacter- enzim yang allosterically diatur oleh kedua GTP dan UTP. Baru-baru ini, menurut Zhou
et al., 1998, Zhou dan Thornburg, 1998  sebuah bakteri A. thaliana cDNA encod- ing UMPK
diisolasi, dinyatakan dalam E. coli dan rekombinan UMPK ditandai.Di tanaman UMPK  tidak
sensitif terhadap GTP dan UTP. UMPK pada eukariotik semuanya merupakan urutan kaya glisin
yang dilestarikan di daerah N-terminal yang disebut sebagai loop pengikat fosfat dan dapat
berperan dalam pengikatan ATP  atau katalisis enzim. Mutasi spesifik di dalam daerah yang
kaya glisin dari enzim Arabidopsis ini menghasilkan perubahan signifikan
dalam aktivitas katalitiknya . 
 Nucleoside diphosphate kinase

Konversi UDP ke UTP dilakukan oleh NDPK (Spesifisitas substrat NDPK rendah, dan g-
fosfat) kelompok ATP (nukleotida paling banyak dalam sel) dengan cepat didistribusikan
kembali ke nukleotida lain untuk membentuk berbagai trifosfat nukleosida . Dengan
demikian reaksi dari nukleosida difosfatkinase dapat dapat digeneralisasi sebagai berikut: 

NDP + ATP ' NTP + ADP.

Menurut Hirose dan Ashihara, 1984 Aktivitas dari NDPK sangat tinggi di sebagian besar

organisme termasuk tumbuhan,NDPK activity tidak diketahui untuk dapat
diatur oleh setiap efektor alosterik. Selain NDPK hal tersebut  peran utama sebagai katalis.
NDPK memiliki sebuah protein kinase aktivitas, yang terdapat fosfat phorylate baik serin /
treonin dan histidin / aspartat residu . Fungsi lain, seperti mengaktifkan G-protein
Dalam manusia, NDPK itu diidentifikasi sebagai tumor penekan, nm23 mengkloning dan
mengurutkan nukleosida difosfat kinase 2 (ndpk2) dari A. thaliana yang mengkode protein
dari 231 asam amino. Urutan asam amino ini menunjukkan kesamaan tinggi dengan dua gen

NDPK2 tanaman lainnya (73% bayam NDPK2 dan 70% kacang NDPK2).

CTP synthetase (CTPS, EC 6.3.4.2)

Pembentukan CTP dari UTP dikatalisis oleh CTPS dalam reaksi berikut:

UTP + ATP + glutamin à CTP + ADP + glutamat + Pi. 

Menurut Weinfeld et al., 1978 reaksi ini membutuhkan ATP dan glutamin di samping GTP yang
merupakan aktivator kuat dari enzim ini). Sebuah gen yang mengkode protein seperti CTP
synthetase telah dianotasi pada chromo-4 dari A. thaliana tetapi belum dikarakterisasi.

Pirimidin salvage
Karena jalur biosintesis de novo pyrimidine memakan energi, sel-sel tumbuhan, maka
memanfaatkan kembali basis pirimidin dan nukleosida berasal dari nukleotida yang terbentuk
sebelumnya. Dari basa, hanya urasil yang digunakan kembali secara langsung melalui
fosforibosiltransferase spesifik sedangkan nukleosida pirimidin, uridin, sitidin dan deoksisitidin
secara eksklusif diselamatkan ke nukleotida masing-masing, UMP, CMP dan dCMP. Aktivitas
tinggi dari uridin / cytidine kinase dan nucleoside phosphotransferase pada tanaman mungkin
con- upeti yang penyelamatan dari ini nukleosida 
Uracil Phosphoribosyltransferase (UPRT, EC 2.4.2.9)
Urasil dikonversi langsung menjadi UMP oleh aksi UPRT yang mentransfer gugus fosforibosil
dari PRPP ke urasil untuk membentuk UMP (Bressan et al., 1978).Menurut
Zhou et al. (1998) suatu A. thaliana  cDNA encoding UPRT diisolasi dari 198 asam amino yang
secara struktural dan functional mirip dengan phosphoribosyl transferases lain dan diprediksi
akan dilokalisasi dalam sitoplasma. Lokalisasi subseluler ini konsisten dengan enzim yang
mengkatalisasi langkah selanjutnya dalam metabolisme pirimidin, UMP kinase. Perbandingan
urutan UPRT Arabidopsis dengan yang diidentifikasi dari sumber spesies bakteri spesies
eukariota mengungkapkan bahwa urutan dikelompokkan menjadi dua subfamili gen yang
berbeda. A. thaliana UPRT1 paling erat kaitannya dengan enzim Toxoplasma gondii dan S.
cerevisiae .
Uridine kinase

Uridin dan cytidine dikonversi menjadi UMP dan CMP. Aktivitas uridine kinase biasanya lebih
tinggi daripada Uracil Phosphoribosyltransferase dan karenanya uridin lebih efisien diselamatkan
ke UMP daripada urasil.

Timidin kinase

Gen yang mengkode timin kinase telah telah diidentifikasi di prokariota dan mamalia genom,

tetapi belum ditemukan dalam genom dari Saccharomyces cerevisiae,

Nucleoside phosphotransferase

Aktivitas nukleosida fosfotransferase non-spesifik juga berpartisipasi dalam penyelamatan

nukleosida pirimidin dan didistribusikan secara luas pada tanaman. Aktivitas timidin kinase yang
diukur dalam ekstrak tanaman mentah disebabkan, setidaknya sebagian, oleh aktivitas
Nucleoside phosphotransferase dan fosfatase.

Biosintesis nukleotida timidin

Timidin nukleotida disintesis dari dUMP dengan reaksi berikut yang dikatalisis oleh timidilat
sintase. Dalam reaksi ini, methyltetrahydrofolate yang diproduksi oleh dihydrofolate reduktase
bertindak baik sebagai donor dari kelompok metil dan zat pereduksi. Meskipun pada sebagian
besar organisme termasuk jamur dan mamalia, timidilat sintase dan dihydrofolate reductase
adalah protein monofungsional yang berbeda, , timidilat sintase-dihydrofolate reductase
bifungsional telah ditemukan pada protozoa. Pada tanaman, terjadinya polipeptida
monofungsional dan bifungsional telah dijelaskan. Namun, urutan pengkodean hanya polifeptida
timidilat sintase-dihydrofolate reductase bifungsional telah pulih dari genom A. thaliana, Daucus
carota dan Glycine max.

Katabolisme nukleotida pirimidin

Nukleotida pirimidin tampaknya menjadi katabolis menjadi basa pirimidin melalui nukleosida.
Meskipun kedua jalur degradasi reduktif dan oksidatif dari pirimidin telah dibuktikan di alam,
pirimidin, urasil dan timin, sebagian besar di katabolis oleh jalur sebelumnya pada tanaman.
Urasil dan timin dikatabolisme oleh tiga reaksi berurutan yang dikatalisis oleh dihidrourasil
dehidrogenase, dihidroprimrimidinase, dan ß-ureidopropionase. Produk akhir dari jalur ini adalah
ß-alanine atau ß- aminoisobutyrate tergantung pada apakah urasil atau timin di catabolis oleh
jalur ini . Dalam kedua kasus, NH 3 dan CO 2 dilepaskan sebagai produk sampingan.
Katabolisme urasil, mungkin merupakan sumber penting ß-alanin, prekursor untuk bagian
pantotenat dari koenzim A (Wasternack, 1978; Walsh et al., 2001). Karena sitosin bukan
merupakan substrat dari jalur reduksi pirimidin ini dan tanaman tidak memiliki deaminase
sitosin, katabolisme nukleotida sitosin dapat dilanjutkan melalui uridin. Cytidine yang terbentuk
dari CMP dapat dikonversi menjadi uridine melalui cytidine deaminase . Sebuah Arabidopsis
cDNA yang mengkode sitidin deaminase ( AT-CDA1) baru-baru ini dikloning (Vincenzetti et
al., 1999) dan ditemukan untuk menyandikan polipeptida dari 301 asam amino yang diperkirakan
memiliki massa molekul 32,5 kDa. Sebaliknya, massa molekul rekombinan AT-CDA1 yang
diperkirakan dengan filtrasi gel adalah 63 kDa, yang menunjukkan bahwa enzim Arabidopsis
adalah dimer dari dua subunit yang identik (Vincenzetti et al., 1999). Protein yang diprediksi
tidak memiliki sekuens transit untuk kloroplas atau mitokondria, menunjukkan bahwa protein
tersebut terlokalisasi dalam sitosol. Menariknya uridine telah dilaporkan mampu
mempromosikan pembelahan sel dalam akar kacang (Smit et al., 1995), meningkatkan
kemungkinan bahwa CDA dapat berperan dalam nodulasi tanaman legum (Vincenzetti et al.,
1999). Tidak adanya aktivitas cytosine deaminase pada tanaman telah menyebabkan
perkembangannya sebagai penanda seleksi negatif pada beberapa tanaman termasuk Arabidopsis
(Perera et al, 1993).

Sedikit yang diketahui tentang dua enzim pertama katabolisme pirimidin pada tanaman
(Wasternack, 1978). Enzim ketiga , ß-ureidopropionase (ß-UP, EC 3.5.1.6) baru - baru ini
ditandai oleh Walsh et al. (2001). Asli ß-UP

sebagian dimurnikan dari tunas jagung etiolated memiliki K m s dari 11 dan 6 mM untuk ß-
ureidopropionate dan ß-urei-

doisobutylate, masing-masing. PH optimum untuk enzim adalah luas (6.0-7.2) dan massa
molekul aslinya diperkirakan dengan ukuran kromatografi eksklusi adalah sekitar 440 kD. Gen
Arabidopsis yang mengkode protein 405 asam amino yang memiliki homologi 55% dengan ß-
UP dari hati tikus telah dijelaskan