Glutaraldehid yang bersifat asam tidak memliki kemampuan sporisidal, tetapi ketika telah diaktivasi
dengan mengubahnya bersifat basa diketahui akan mengaktivasi kemampuan sporisidal glutaraldehid.
Glutaraldehid juga memiliki beberapa kekurangan seperti paparan glutaraldehid mungkin menyebabkan
iritasi kulit atau dermatitis, iritasi membran mukosa (hidung, mata, mulut), atau gejala paru (epistaksis,
rinitis, asma) terhadap tenaga kesehatan yang terpapar larutan glutaraldehid. Glutaraldehid juga dapat
menyebabkan mual, muntah dan kolitis, memiliki bau yang menyengat, aktifitas mikobakterial yang
lambat, dan dapat membentuk biofilm.
Glutaraldehid juga menyebabkan cross-linking protein serta makromolekul pada lapisan terluar dari
dinding atau membran sel mikroorganisme. Kemudian hal ini menurunkan penyerapan nutrisi serta
interaksi enzim yang penting bagi ketahanan sel mikroorganisme.