 Prinsip kerja Elektrofoesis

Prinsip kerja dari elektroforesis adalah adanya pergerakan komponen bermuatan

positif (+) pada kutub negatif (-) serta komponen bermuatan negatif (-) pada kutub
positif (+). Pegerakan yang terjadi disebut "elektrokinetik" . Hasil yang
didapatkan dari elektroforesis adalaha elektroforegram yang memberikan
informasi mengenai seberapa cepat perpindahan komponen (tm) atau biasa disebut
kecepatan migrasi. Besaran yang digunakan sama dengan pada proses
kromatografi.

Skema Elektroforesis

Dari gambar diatas dapat dilihat bahwa komponen yang bermuatan

positif akan bergerak searah dengan medan listrik menuju kutub negatif.
Apabila dalam campuran terdapat dua jenis komponen, yakni (1) komponen
negatif (-), dan (2) komponen netral (N), maka komponen negatif akan
bergerak menuju kutub positif (+) sedangkan komponen netral (N) akan tetap
diam. Skema alat elektroforesis secara sederhana dapat dilihat pada gambar di
bawah ini. Pada gambar tersebut dapat dilihat komponen yang bermuatan
positif akan mengalir ke arah kutub negatif, sedangkan komponen bermuatan
negatif akan mengalir ke arah kutub positif.
A. Prosedur kerja elektroforesis DNA
Adapun prosedur kerja dalam melakukan elektroforesis DNA menggunakan
teknik elektroforesis gel agarosa sebagai berikut :
Bahan dan Alat

1. DNA marker, misalnya DNA λ yang dipotong dengan HindIII

2. Sampel DNA, misalnya :
3. DNA kromosom bakteri,
4. DNA plasmid hasil isolasi (uncut)
5. DNA plasmid hasil restriksi (cut)
6. Agarosa
7. Larutan buffer TAE 50x (242 g tris-base; 57,1 g asam asetat glacial; 100 ml
EDTA 0,5 M pH 8; dilarutkan dalam akuades hingga 1000 ml)
8. Akuades
9. Gelas Ukur 1000 ml
10. Labu Erlenmeyer 50 ml
11. Tabung mikrosentrifuga
12. Sarung tangan
13. Seperangkat mikropipet beserta tipnya (Bio-Rad dan Axygen Scientific)
14. Kertas parafilm
15. seperangkat alat elektroforesis
16. Loading dye 6x (0,25% bromophenol blue; 0,25% xylene cyalol; 15% ficoll tipe
4000; EDTA 120 mM)
17. larutan Etidium Bromid (EtBr)
18. UV transluminator
19. Kaca mata UV
20. kamera digital

Cara Kerja

1. Buat 250 ml larutan buffer TAE 1x dengan cara mencampurkan 5 ml TAE 50x ke
dalam 245 ml akuades.
2. Buat gel agarosa 1% dengan cara menimbang agarosa 0,2 g untuk dilarutkan ke
dalam bufer TAE 1x hingga volume 20 ml. Larutan agarosa dididihkan hingga
larut sempurna.
3. Siapkan baki gel agarosa, lekatkan selotip di tiap ujung baki gel agarosa (pastikan
bahwa selotip melekat kuat dan tidak ada lubang pada masing-masing ujung baki)
 4. Pasang sisir elektroforesis di salah satu ujung baki gel agarosa dengan posisi
hampir menyentuh dasar baki
5. Periksalah suhu larutan agarosa dengan cara menempelkan erlenmeyer ke tangan,
jika suhunya sudah turun hingga sekitar 50-60 0C, tambahkan 1 µl etidium bromid
(PERINGATAN KERAS!!, gunakan sarung tangan karena bersifat karsinogenik).
6. Larutan agarosa dihomogenkan sebentar, kemudian tuangkan larutan ke dalam
baki gel agarosa, biarkan hingga larutan berubah menjadi gel yang padat.
7. ambil sisir dengan hati-hati, lepaskan selotip dari ujung-ujung baki.
8. masukkan baki yang telah berisi gel agarosa ke dalam tangki elektroforesis yang
telah diisi dengan larutan bufer TAE 1x (pastikan bahwa gel terendam seluruhnya
dalam TAE).
9. siapkan sekitar 5 cm kertas parafilm di dekat tangki elektroforesis.
10. masukkan 10 µl sampel DNA dan 2 µl loading dye 6x ke dalam sumuran gel
agarosa dengan cara mencampurkan kedua bahan tersebut terlebih dahulu secara
merata pada kertas parafilm menggunakan mikropipet.
11. buatlah catatan mengenai nomor sumuran dan jenis sampel DNA yang
dimasukkan.
12. hubungkan kabel dari sumber arus ke tangki elektroforesis (pastikan bahwa kabel
yang tersambung ke kutub negatif berada di dekat sumuran; jika tidak demikian,
ubahlah posisi baki/gel ke arah sebaliknya).
13. nyalakan sumber arus, aturlah volatase dan waktu running hingga diperoleh angka
70 V dan 45 menit dengan cara menekan tombol yang sesuai pada sumber arus.
14. jalankan elektroforesis (lakukan running) dengan cara menekan tombol run pada
sumber arus.
15. elektroforesis akan berhenti apabila waktu yang ditetapkan sudah habis, yang
ditandai oleh adanya bunyi alarm. Matikan sumber arus dan angkatlah baki dari
tangki elektroforesis.
16. keluarkan gel dan letakkan di atas UV transluminator (letakkan selubung kaca
hitam di atas UV transluminator).
17. nyalakan UV transluminator, amati pita-pita DNA yang tervisualisasi.

Kegunaan Elektroforesis
Kegunaan dari elektroforesis adalah elektroforesis dapat digunakan untuk mendeteksi
muatan partikel koloid. Jika partikel koloid berkumpul di elektrode positif
berarti koloid bermuatan negatif. Jika partikel koloid berkumpul di elektrode negatif berarti
koloid bermuatan positif.