PENERAPAN BAKTERI Rhodopseudomonas palustris DAN

Rhodobacter capsulatus SEBAGAI AGEN BIOREMEDIASI DI

TAMBAK UDANG

WASIATUL MUNA

USULAN PENELITIAN

DEPARTEMEN MANAJEMEN SUMBERDAYA PERAIRAN

FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2019
Judul :Penerapan Bakteri Rhodopseudomonas Palustris dan Rhodobacter
Capsulatus sebagai Agen Bioremediasi di Tambak Udang
Nama : Wasiatul Muna
NIM : C24160009

Disetujui oleh

Aliati Iswantari S.Pi, M.Si Dr. Munti Yuhana, S.Pi, M.Si

Pembimbing I Pembimbing II

Diketahui oleh

Dr. Ir. Niken T.M. Pratiwi, M.Si

Ketua Komisi Pendidikan S1
 DAFTAR ISI

DAFTAR TABEL vi
DAFTAR GAMBAR vi
DAFTAR LAMPIRAN vi
PENDAHULUAN 1
Latar Belakang 1
Perumusan Masalah 2
Tujuan Penelitian 2
TINJAUAN PUSTAKA 3
Senyawa Amonia 3
Senyawa Nitrit 3
Senyawa Nitrat 3
Bakteri Rhodobacter capsulatus 4
Bakteri Rhodopseudomonas palustris 4
METODE 5
Waktu dan Lokasi Penelitian 5
Rancangan Penelitian 5
Tahapan Penelitian 5
Prosedur Analisis Data 6
DAFTAR PUSTAKA 7
 DAFTAR TABEL

1. Parameter kualitas air yang diamati, satuan, metode dan alat ukur yang digunakan
.......................................................................................................................6

DAFTAR GAMBAR

1. Skema perumusan masalah...........................................................................2

 PENDAHULUAN

Latar Belakang

Tambak merupakan salah satu sistem yang digunakan dalam kegiatan

pemeliharaan udang. Manajemen tambak terutama berkaitan dengan kualitas air sangat
diperlukan dalam pemeliharaan udang. Ada beberapa hal yang menyebabkan
menurunnya kualitas air di tambak, antara lain sisa pakan dan sisa metabolisme.
Senyawa yang tertampung dalam dasar tambak terdiri dari dua macam senyawa yaitu
senyawa terlarut dan senyawa tidak terlarut yang mengakibatkan terjadinya
pengendapan pada suatu titik tertentu dan akan terjadi akumulasi yang meningkat
dengan cepat (Pujihastuti 2011).
Usaha yang dilakukan untuk menciptakan kualitas air yang baik, salah satunya
adalah dengan aplikasi bakteri. Penambahan mikroorganisme seperti bakteri
menguntungkan mampu mendegradasi bahan organik, mereduksi penyakit, dan
membantu mempercepat proses siklus nutrien. Selain itu, pemberian bakteri nitrifikasi
dan denitrifikasi berpengaruh positif terhadap perbaikan kualitas air dan pertumbuhan
udang vaname. Nitrifikasi merupakan proses oksidasi amonia (NH3) menjadi nitrit
(NO2) dan nitrat (NO3) oleh organisme nitrifikasi (Herdianti et al. 2015).
Amonia adalah senyawa nitrogen anorganik yang bersifat gas dan cair yang tak
berwarna dan memiliki bau yang khas. Amonia di perairan dapat berasal dari sisa
metabolisme (ekskresi) hewan dan proses dekomposisi bahan organik oleh
mikroorganisme (Suparno 2016). Keberadaan amonia di perairan dapat bersifat toksik.
Amonia dapat menyebabkan kematian organisme perairan, pada kadar rendah amonia
dapat menghambat pertumbuhan organisme (Mayunar 1990).
Nitrit merupakan bentuk peralihan (intermediate) antara amonia dan nitrat serta
antara nitrat dan gas nitrogen atau pada proses nitrifikasi dan denitrifikasi. Nitrit dapat
bersumber dari limbah industri maupun limbah domestik (Effendi 2003). Pengaruh
utama dari keberadaan nitrit adalah perubahan di dalam transpor oksigen, dan oksidasi
senyawa dalam jaringan. Nitrit dapat mengoksidasi ion ferro dalam hemoglobin menjadi
ion ferri yang mengubah menjadi hemoglobin menjadi methemoglobin. Senyawa-
senyawa nitrogen, khususnya nitrit berasal dari atmosfer, persediaan air, sisa makanan,
organisme mati dan hasil metabolisme hewan-hewan air (Mayunar 1990).
Nitrat merupakan bentuk utama nitrogen di perairan alami dan merupakan
nutrien utama bagi makhluk hidup. Nitrat sangat mudah larut dalam air dan bersifat
stabil. Sumber utama nitrat di perairan berasal dari dekomposisi organisme, aktivitas
pertanian, pertambakan, industri dan rumah tangga. Aktivitas pertanian dan
pertambakan banyak menggunakan pupuk yang mengandung unsur N. Tingginya
konsentrasi nitrat pada areal tambak disebabkan oleh adanya pemupukan (penggunaan
pupuk yang mengandung unsur N) dan sisa pemberian pakan (Anisah 2017).
Berdasarkan hal ini, proses nitrifikasi di tambak sangat diperlukan untuk
menjaga kualitas air di media pemeliharaan udang. Proses nitrifikasi sangat tergantung
kepada kemampuan bakteri nitrifikasi yang ada di perairan. Oleh sebab itu, informasi
tentang efektivitas bakteri dalam menurunkan konsentrasi bahan organik menjadi
penting, karena dapat dikembangkan menjadi agen bioremediasi dalam perbaikan
kualitas air tambak dan sekaligus sebagai upaya pengendalian pencemaran perairan
pesisir.
 Perumusan Masalah

Air merupakan media pemeliharaan ikan yang harus selalu diperhatikan

kualitasnya. Tidak seperti di perairan alami yang mempunyai arus, media pemeliharaan
udang di tambak menyebabkan terbentuknya bahan-bahan yang bersifat racun seperti
nitrit dan amonia. Tempat hidup udang merupakan suatu lingkungan yang tertutup,
karena udang menjalani aktivitas kehidupannya termasuk membuang kotoran pada
media air yang sama. Kotoran atau feses yang terdapat dalam media pemeliharaan
merupakan penyebab menurunnya kualitas air.
Bahan organik dan anorganik pada pemeliharaan udang terutama berasal dari
sisa pakan yang tidak termakan dan sisa metabolisme udang. Akumulasi bahan-bahan
organik dan anorganik tersebut menyebabkan terbentuknya senyawa-senyawa beracun
bagi ikan. Proses nitrifikasi dibutuhkan untuk mengubah senyawa toksik (amonia dan
nitrit) menjadi nitrat yang tidak berbahaya dan sebagai sumber nutrien.

- Air
- Kualitas Air
Penurunan konsentrasi
 Amonia amonia, nitrit, nitrat, dan H2S
 Nitrat
(+) Peningkatan
 Nitrit
kualitas air
 H2S

Probiotik
 Rhodobacter
capsulatus
 Rhodopseudomona
s palustris
(-)

Gambar 1 Skema perumusan masalah

Tujuan Penelitian

Penelitian ini bertujuan untuk mengukur perubahan kualitas air melalui penerapan
bakteri Rhodopseudomonas palustris dan Rhodobacter capsulatus sebagai agen
bioremediasi di tambak udang Vannamei.
 TINJAUAN PUSTAKA

Senyawa Amonia

Amonia (NH3) merupakan bagian dari senyawa nitrogen yang berubah menjadi
+
NH4 (ammonium) pada pH rendah. Amoniak dapat menyebabkan kondisi toksik di
lingkungan perairan. Tingkat toksik amonia tergantung dari pH dan temperatur yang
mempengaruhi air. Kadar amonia bebas di perairan meningkat sejalan dengan
peningkatan pH dan temperatur (Herlambang dan Marsidi 2003).
Sifat toksik amonia dapat menimbulkan kerusakan pada organ tubuh organisme
yang ada kaitannya dengan sistem transpor oksigen seperti insang, sel-sel eritrosit dan
jaringan penghasil eritrosit. Konsentrasi amonia yang meningkat dalam darah dan
jaringan akan menyebabkan kerusakan fisiologis pada hewan serta perubahan pH darah
dan interselluler. Hal ini akan mempengaruhi stabilitas membran dan reaksi enzim
katalis, proses berbagai metabolisme yaitu pada otak dan syaraf (Mayunar 1990).

Senyawa Nitrit

Nitrit merupakan perantara dari nitrifikasi dan denitrifikasi, sehingga nitrit dapat
terakumulasi dalam lingkungan aerobik maupun anoksik. Nitrit dapat diproduksi dari
amonium, melalui nitrifikasi, dan dari nitrat, melalui sejumlah jalur reduktif nitrat.
Dalam lambung, nitrit membentuk senyawa karsinogenik N-nitroso yang dapat
berimplikasi pada patologi kanker lambung. Nitrosamin yang dibentuk oleh reaksi nitrit
dengan berbagai protein selama pencernaan diketahui bersifat mutagenik dan
karsinogenik. Aliran nitrit ke dalam aliran darah menghasilkan konversi hemoglobin
menjadi metemoglobin yang ireversibel, sehingga mengurangi kapasitas pengikatan
oksigen, yang menyebabkan defisiensi pernapasan pada hewan air (Philips et al. 2002).
Nitrit mampu mengoksidasi ion ferrous (Fe2+) menjadi ion ferric (Fe3+) di dalam
hemoglobin (Hb), yang dapat mengubah hemoglobin menjadi methaemoglobin (MetHb)
di dalam darah. Ion Fe3+ dalam darah berikatan sangat kuat dengan oksigen, sehingga
transport oksigen tidak dapat terjadi. Hal ini dapat menyebabkan kondisi kekurangan
oksigen pada darah, yang disebut methemoglobinemia (Juliasih et al. 2017).

Senyawa Nitrat

Senyawa nitrat dapat menguntungkan dalam keadaan normal dan bersifat toksik
pada konsentrasi tinggi. Konsentrasi nitrat yang tinggi di perairan dapat memicu
pertumbuhan dan perkembangan organisme perairan dengan ketersediaan nutrien yang
memadai. Toksisitas nitrat secara tidak langsung di perairan adalah karena nitrat dapat
menyebabkan blooming algae yang dapat mengakibatkan kadar oksigen terlarut (DO)
dalam air menurun, sehingga mengganggu keseimbangan ekosistem di perairan
(Juliasih et al. 2017).

Bakteri Rhodobacter capsulatus

Rhodobacter capsulatus yaitu bakteri ungu fototropik non-sulfur yang dapat

tumbuh dengan berbagai sumber nitrogen yang berbeda, seperti amonium, asam amino,
purin (xanthine, hypoxanthine), urea, poliamina (putresin, spermidine) dan dengan
nitrogen molekul. Seperti banyak bakteri lain, amonium adalah sumber nitrogen yang
disukai dalam R. capsulatus, dan akibatnya, proses fiksasi nitrogen yang sangat
menuntut energi diatur oleh ketersediaan amonium. Selain itu, N2 fiksasi dikendalikan
oleh faktor lingkungan molibdenum, cahaya, dan oksigen. Status nitrogen seluler
mengontrol ekspresi gen fiksasi nitrogen, serta sintesis dan aktivitas kedua nitrogenase
pada tiga tingkat. R. capsulatus mengukur status nitrogen seluler dengan sistem regulasi
nitrogen (Ntr) yang mirip dengan bakteri enterik. Dalam kondisi penipisan nitrogen,
NtrC mengaktifkan transkripsi gen nifA1, nifA2, dan anfA re-gulatory. Pada gilirannya,
dengan tidak adanya amonium NifA dan AnfA mengaktifkan ekspresi semua gen nif
dan anf lainnya yang menghasilkan sintesis nitrogenase. Selain kontrol amonium dari
regulasi transkripsional yang dimediasi NtrC, amonium mengarah pada penghambatan
aktivitas NifA dan AnfA dan pada inaktivasi reversibel yang dimediasi DraT / G yang
dimediasi oleh kedua nitrogenase (Masepohl dan Drepper 2002).

Bakteri Rhodopseudomonas palustris

Rhodopseudomonas palustris adalah salah satu bakteri non-sulfur fototrofik

ungu (PNSB) yang termasuk dalam kelas α–proteobacteria. Bakteri ini tersebar luas di
berbagai ekosistem perairan serta di sedimen, tanah lembab, lahan basah alami, dan
sawah. R. palustris mampu tumbuh di bawah kondisi fotoautotropik, fotohetototrofik,
kemoautotrofik, dan kemoheterotrofik dan dapat memainkan peran penting dalam siklus
nutrisi lingkungan alami. Karena metabolisme yang fleksibilitas, bakteri ini telah
banyak digunakan dalam industri untuk bioremediasi dan pengolahan limbah (Wong et
al. 2014). R. palustris menyeimbangkan reaksi reduksi-oksidasi melalui diferensiasi
menjadi subpopulasi yang menerapkan berbagai mode pertumbuhan. Subpopulasi yang
mengonsumsi senyawa aromatik, seperti benzoat, tidak mengoksidasi sepenuhnya
menjadi CO2 tetapi menghasilkan zat antara, seperti asetat atau format, dan melepaskan
zat antara kelingkungan. R. palustris dapat mengikat nitrogen dengan menggunakan
format sebagai sumber karbon. Nitrogen menjadi sumber N yang disukai untuk
pertumbuhan bakteri dan nitrogenase dapat digunakan oleh bakteri untuk mengeluarkan
hidrogen dari sel dan bukan untuk fiksasi N2 (Karpinets et al. 2009).

METODE

Waktu dan Lokasi Penelitian

Penelitian akan dilaksanakan pada bulan Desember 2019. Penelitian akan

dilaksanakan di Laboratorium Bio Mikro Departemen Manajemen Sumberdaya
Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Institut Pertanian Bogor. Analisa
parameter kualitas air, nutrien dan kelimpahan bakteri akan dilaksanakan di
Laboratorium Produktivitas Lingkungan Perairan, Departemen Manajemen Sumberdaya
Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Institut Pertanian Bogor.
 Rancangan Penelitian

Metode yang akan digunakan pada penelitian ini yaitu Rancangan Acak Lengkap
(RAL) in time dengan 3 perlakuan dan 3 ulangan. Perlakuan yang diberikan meliputi
penambahan bakteri secara langsung, penambahan bakteri yang sudah diaktivasi
menggunakan molase dan kontrol. Lama pengamatan perlakuan selama 18 hari.

Tahapan Penelitian

Penelitian Pendahuluan
Penelitian pendahuluan dilakukan untuk melihat dosis molase yang tepat untuk
diterapkan pada bakteri pada penelitian utama. Penelitian pendahuluan ini dilakukan
dengan 3 perlakuan perbedaan dosis yaitu 5 mL/L, 10 mL/L dan 15 mL/L dengan 2 kali
ulangan. Parameter yang diukur pada penelitian pendahuluan yaitu kelimpahan bakteri
pada setiap dosis. Dimana dosis yang memiliki kelimpahan bakteri terbesar akan
digunakan pada penelitian utama.

Tahap Persiapan
Penelitian dipersiapkan dengan 3 perlakuan dan 3 ulangan dan 6 kali pengukuran
selama 18 hari. Akuarium dengan volume 15 L sebanyak 12 buah dimasukkan air laut
sebanyak 5 L dan ditambahkan pakan buatan pada masing-masing akuarium.

Penelitian Utama
Setiap akuarium diukur parameter kualitas air (suhu, pH, dan DO), nutrien
(amonia, nitrit, dan nitrat) serta penghitungan kelimpahan bakteri. Pengukuran dan
perhitungan ini dilakukan sebelum adanya penambahan probiotik. Perlakuan yang
diberikan yaitu penambahan bakteri secara langsung, penambahan bakteri yang sudah
diaktivasi menggunakan molase dan kontrol. Setiap akuarium diukur parameter kualitas
air (suhu, pH, dan DO), nutrien (amonia, nitrit, nitrat, dan H 2S) serta penghitungan
kelimpahan bakteri setelah penambahan bakteri. Pengukuran dilakukan tiga hari sekali
sebanyak 6 kali selama 18 hari. Berikut disajikan tabel parameter kualitas air yang
diamati, satuan, metode dan alat ukur yang digunakan.

Tabel 1 Parameter kualitas air yang diamati, satuan, metode dan alat ukur yang
digunakan
Parameter Satuan Metode Alat Ukur
o
Suhu C - DO meter
pH - - pH meter
DO mg/L - DO meter
Amonia mg/L Indophenol -
Nitrit mg/L Indophenol -
Nitrat mg/L Brucine -
H2S mg/L Iodometri -
Koloni bakteri CFU TPC -

Prosedur Analisis Data

Rancangan Acak Lengkap (RAL) in time

 Rancangan acak lengkap in time merupakan rancangan yang digunakan untuk
mengetahui respon yang diamati pada setiap satuan percobaan yang dilakukan lebih dari
satu kali pada waktu yang berbeda selama penelitian. Rancangan Acak Lengkap (RAL)
in time dapat dimodelkan sebagai berikut:

yijk =μ+ αi+ δik + βj + (αβ)ij + εijk

Keterangan:
yijk : nilai pengamatan pada perlakuan ke-i, waktu ke-j, ulangan ke-k; i=1,2,3,4
(1. Pemberian bakteri 0,1 ppm, 2. Pemberian bakteri 0,2 ppm, 3. Pemberian
bakteri 0,4 ppm, 4. Kontrol); j= 3,6,.....,18; k= 1,2,3
μ : rataan umum
αi : pengaruh perlakuan ke-i
δik : komponen galat (a)
βj : pengaruh waktu ke-j
(αβ)ij : pengaruh interaksi perlakuan ke-i dan waktu ke-j
εijk : pengaruh acak dari interaksi waktu dengan perlakuan menyebar normal (0, ζ2ρ)

Uji lanjut Tukey dilakukan untuk mengetahui perlakuan yang memberikan

respon berbeda.

Analisis pertumbuhan bakteri

Isolat BFA yang telah diremajakan kemudian diperkaya dalam media SWC (Sea
Water Complete) cair dan di inkubasi pada kondisi anaerob dengan penyinaran lampu
Tungsten selama 7 hari pada suhu ruang. Analisis perhitungan bakteri dilakukan dengan
menerapkan metode tuang atau biasa dikenal dengan metode total plate count (TPC).
Total Plate Count merupakan metode penghitungan bakteri dengan menghitung jumlah
koloni bakteri yang hidup. Cara perhitungan bakteri metode TPC menggunakan suatu
standar yang disebut “standard plate count” (SPC) dengan jumlah koloni bakteri yang
dihitung berada dalam kisaran 30 sampai 300 koloni. Jumlah koloni dalam sampel dapat
dihitung dengan persamaan (Sukmawati dan Hardianti 2018):

Jumlah koloni 1
Colony forming units = x
faktor pengenceran faktor pengenceran

DAFTAR PUSTAKA

Anisah S. 2017. Kaitan konsentrasi nitrat (NO3) dan fosfat (PO4) dengan klorofil-a dari
fitoplankton pada kondisi lingkungan perairan yang berbeda di pundata Baji,
Kabupaten Pangkep. [skripsi]. Makassar (ID). Universitas Hasanuddin.
Effendi H. 2003. Telaah Kualitas Air: Bagi Pengelolaan Sumberdaya Alam dan
Lingkungan Perairan. Yogyakarta (ID): Kanisius.
Herdianti L, Hariyadi S, Soewardi K. 2015. Effectiveness on the use of bacteria for
improvement of white shrimp (Litopenaeus vannamei) super intensive culture
media. Jurnal Ilmu Pertanian Indonesia. 20 (3): 265–71.
https://doi.org/10.18343/jipi.20.3.265.
Juliasih, Ratna NLG, Hidayat D, Ersa MP, Rinawati. 2017. Penentuan kadar nitrit dan
nitrat pada perairan Teluk Lampung sebagai indikator kualitas lingkungan
perairan. Analit: Analytical and Environmental Chemistry. 2 (2): 47–56.
Karpinets TV, Pelletier DA, Pan C, Uberbacher EC, Melnichenko GV, Hettich RL,
Samatova NF. 2009. Phenotype Fingerprinting Suggests the Involvement of
Single-Genotype Consortia in Degradation of Aromatic Compounds by
Rhodopseudomonas Palustris. Disunting oleh Mark Isalan. PLoS ONE. 4 (2):
e4615. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0004615.
Masepohl B, Drepper T. 2002. Regulation of Nitrogen Fixation in the Phototrophic
Purple Bacterium Rhodobacter capsulatus. J. Mol. Microbiol. Biotechnol. 4(3):
243–248.
Mayunar. 1990. Pengendalian senyawa nitrogen pada budidaya ikan dengan sistem
resirkulasi. Oseana. 15 (1): 43–55.
Meirinawati H. 2017. Transformasi nitrogen di laut. Oseana. 42 (1): 36–46.
Philips, Sarah, Laanbroek HJ, Verstraete W. 2002. Origin, causes and effects of
increased nitrite concentrations in aquatic environments. Re/Views in
Environmental Science & Bio/Technology. 1: 115–141.
Pujihastuti PY. 2011. Nitrification and denitrification in pond. Jurnal Akuakultur
Indonesia. 10 (1): 89. https://doi.org/10.19027/jai.10.89-98.
Ramadhani R. 2015. Distribusi bakteri nitrifikasi (Nitrosomonas dan Nitrobacter) di
Muara Sungai Tallo Kota Makassar. Makassar (ID). Universitas Hasanuddin.
Setiapermana D. 2006. Siklus nitrogen di laut. Oseana. 31 (2): 13.
Sukmawati, Hardianti F. 2018. Analisis Total Plate Count (TPC) Mikroba pada Ikan
Asin Kakap di Kota Sorong Papua Barat. Jurnal Biodjati. 3 (1): 72.
https://doi.org/10.15575/biodjati.v3i1.2368.
Suparno. 2016. Penentuan kadar amonia di perairan Teluk Lampung dengan
spektrofotometer uv-vis. Bandar Lampung (ID). Universitas Lampung.
Wong WT, Tseng CH, Hsu SH, Lur HS, Mo CW, Huang CN, Hsu SC, Lee KT, Liu CT.
2014. Promoting Effects of a Single Rhodopseudomonas Palustris Inoculant on
Plant Growth by Brassica Rapa Chinensis under Low Fertilizer Input. Microbes
and Environments. 29 (3): 303–13. https://doi.org/10.1264/jsme2.ME14056.