PROPOSAL PENELITIAN

ISOLASI DAN KARAKTERISASI BAKTERI TANAH DI

TAMAN WISATA ALAM BAUMATA DESA BAUMATA

Sebagai Salah Satu Syarat Untuk Melakukan Penelitian Tugas

Akhir

KAROLINA VERAONSINARTI ABUL

(1706050082)

PROGRAM STUDI BIOLOGI

FAKULTAS SAINS & TEKNIK
UNIVERSITAS NUSA CENDANA
KUPANG
2021
 LEMBAR PERSETUJUAN

Proposal Penelitian dengan judul ‘Isolasi dan Karakterisasi Bakteri

Tanah di Taman Wisata Alam Baumata Desa Baumata’ yang disusun dan
diajukan oleh Karolina Veraonsinarti Abul , NIM 1706050082 telah diperiksa
dan disetujui untuk diseminarkan.

Disetujui oleh :

Pembimbing I PembimbingII

Dra. Maria. T.L.Ruma, M.Si Dra. Theresia Lete BoroM.Si

NIP.19670416 19993032002 NIP.19630327 199003 2003

Mengetahui,

Ketua Program Studi Biologi Fakultas Sains

dan Teknik Universitas Nusa Cendana

Dr.Refli,M.Sc

Dr. Refli, M. Sc
NIP.19650526 199103 1 002
 KATA PENGANTAR

Puji dan syukur saya panjatkan kepada Tuhan Yang Maha Esa atas Berkat
dan rahmat-Nya sehingga saya dapat menyelesaikan proposal penelitian yang
berjudul “ISOLASI DAN KARAKTERISASI BAKTERI TANAH DI TAMAN
WISATA ALAM BAUMATA DESA BAUMATA” tepat pada waktunya.
Adapun tujuan dari penulisan proposal penelitian ini adalah untuk memenuhi
persyaratan tugas akhir dan mempelajari cara pembuatan skripsi pada Universitas
Nusa Cendana Kupang serta untuk memperoleh gelar Sarjana Sains Program Studi
Biologi.
Pada kesempatan ini, saya hendak menyampaikan terima kasih kepada semua
pihak yang telah memberikan dukungan moril maupun materil sehingga proposal
penelitian ini dapat selesai. Ucapan terima kasih ini saya tujukan kepada:
1. Bapak Dr. Drs. Hery Leo Sianturi, M.Si sebagai Dekan Fakultas Sains dan
Teknik beserta Civitas Akademika yang telah membantu selama penulisan
proposal ini.
2. Bapak Dr. Refli, M.Sc selaku Ketua Program Studi Biologi Fakutas Sains
Dan Teknik dan seluruh staf Program Studi Biologi atas kesempatan dan
bantuan yang diberikan dalam melakukan dan memperoleh informasi yang
diperlukan selama penulisan proposal penelitian ini.
3. Ibu Dra. Maria T.L. Ruma, M.Si selaku Pembimbing I dan Ibu Dra.
Theresia L. Boro, M.Si selaku Pembimbing II yang sudah membimbing dan
memberi banyak masukan dalam penulisan proposal penelitian ini.
4. Ibu Dr. Amor T. Karyawati, S.Si M.Si selaku penguji I yang telah
memberikan masukan dan bimbingan kepada penulis.
5. Bapak Rony S. Mauboy S.Si M.Si selaku penguji II yang telah memberikan
masukan dan bimbingan kepada penulis.
6. Bapak Drs. Djeffry Amalo, M. Pd selaku penguji III yang telah memberikan
masukan dan bimbingan kepada penulis.

i
 7. Yang terkasih Almarhum Bapa Gregorius Abul, Mama Viktoria Nurja, serta
kakakku Novi tersayang yang telah memberikan dukungan dalam doa, moril
maupun materil untuk keberhasilan penulis.
8. Sahabat tercinta yang selalu menemani dan membantu saya dalam
menyelesaikan proposal penelitian ini.
9. Teman-teman angkatan BIG BOS 17 khususnya kelas BRUTAL C yang
telah memberikan motivasi dan semangat dalam menyelesaikan proposal
penelitian ini.
Akhirnya penulis menyadari bahwa penulisan Proposal Penelitian ini, masih
jauh dari kesempurnaan. Untuk itu segala kritik dan saran yang bersifat
membangun sangat diharapkan demi penyempurnaan proposal ini.

Kupang, 25 Juni 2021

Penulis

i
 DAFTAR ISI

HALAMAN JUDUL....................................................................................................
LEMBAR PERSETUJUAN.........................................................................................
KATA PENGANTAR.................................................................................................i
DAFTAR ISI.............................................................................................................iii
DAFTAR TABEL.....................................................................................................iv
DAFTAR GAMBAR..................................................................................................v
DAFTAR LAMBANG DAN SINGKATAN............................................................vi
BAB I PENDAHULUAN...........................................................................................1
A. Latar Belakang................................................................................................1
B. Rumusan Masalah...........................................................................................3
C. Tujuan Penelitian............................................................................................3
D. Manfaat Penelitian .........................................................................................3
BAB II TINJAUAN PUSTAKA................................................................................4
A. Kajian Pustaka................................................................................................4
1. Bakteri Tanah.............................................................................................4
2. Tanah........................................................................................................13
3. Tanah Sebagai Medium Tanah.................................................................15
4. Isolasi Bakteri Tanah................................................................................15
5. Identifikasi Bakteri...................................................................................17
B. Penelitian Yang Relevan...............................................................................23
BAB III METODE PENELITIAN...........................................................................25
A. Waktu dan Tempat........................................................................................25
B. Alat dan Bahan..............................................................................................25
C. Desain Penelitian..........................................................................................25
D. Prosedur Kerja..............................................................................................26
E. Analisis Data.................................................................................................29
BAB IV PENUTUP..................................................................................................30
DAFTAR PUSTAKA...............................................................................................33

i
 DAFTAR TABEL

Tabel 2.1. Penelitian Relevan yang sudah dilaksanakan…………………………23

i
 DAFTAR GAMBAR

Gambar 2.1. Genus Corynebacterium.......................................................................6

Gambar 2.2. Genus Klebsiella...................................................................................7
Gambar 2.3. Genus Alcaligenes................................................................................7
Gambar 2.4. Genus Enterobacter..............................................................................8
Gambar 2.5. Genus Bacillus......................................................................................8
Gambar 2.6. Genus Micrococcus..............................................................................9
Gambar 2.7. Mycobacterium.....................................................................................9
Gambar 2.8. Genus Staphylococcus........................................................................10
Gambar 2.9. Genus Aeromonas...............................................................................10

i
 DAFTAR LAMBANG DAN SINGKATAN

NA Natrium Agar
NB Natrium Broth
LB Lactosa Broth
NaCL Natrium Klorida
atm Atmosfer
ml Mililiter
0
C Derajat Celcius
TSIA Triple Sugar Iron Agar
H2O2 Hidrogen Peroksida
SIM Sulfur Indol Motillity

i
 BAB I

PENDAHULUAN

A. Latar Belakang

Mikroba rhizosfer yang berada di dalam tanah dekat perakaran dapat bersifat
menguntungkan dan ada juga yang merugikan, netral atau variabel terhadap
tanaman. Pengaruh menguntungkan antara lain dalam stabilitas tanah, penyerapan
air dan nutrient, memacu pertumbuhan, fiksasi N2, pengendalian hayati, antibiosis
dan simbiosis. Peran mikroba rhizosfer dalam penyediaan nutrient pada tanaman
adalah dengan cara mengubah sifaf morfologi dan fisiologi akar serta sistem
tanaman, mengubah fase keseimbangan nutrient sehingga mudah ditransport ke
permukaan akar (Sari, 2015).

Bakteri merupakan salah satu kelompok mikroorganisme dalam tanah

yang memiliki peranan menguntungkan bagi pertanian baik secara langsung
maupun tidak langsung. Bakteri pemacu tumbuh secara langsung yang dapat
menginduksi pertumbuhan. Peningkatan pertumbuhan tanaman dapat terjadi ketika
suatu rizobakterium memproduksi metabolit yang berperan sebagai fitohormon
yang secara langsung meningkatkan pertumbuhan tanaman. Cara pandang positif
terhadap bakteri akan membangkitkan minat berpikir tentang potensi bakteri yang
belum banyak diketahui jenisnya. Contohnya bakteri rhizosfer endofitik untuk
memacu pertumbuhan tanaman dengan membentuk enzim dan melindungi akar
dari mikroba patogenik (Maor, 2004 dalam Saraswati dkk, 2007).

Bakteri tanah tidak hanya digunakan dalam bidang pertanian, namun juga
telah dieksplorasi potensi-potensi lainnya seperti kemampuannya dalam
menghasilkan senyawa antimikroba. Beberapa penelitian menunjukkan hal
tersebut diantaranya isolat bakteri tanah yang dapat menghasilkan antibiotik dan
menghambat pertumbuhan Staphylococcus aureus dan spesies Pseudomonas
(Abdulkadir dan Waliyu, 2012). Bakteri tanah juga digunakan dalam remediasi

1
lahan tercemar. Sebuah penelitian menunjukkan bahwa bakteri tanah dapat
mendegradasi senyawa poliaromatik hidrokarbon (Madueno et al, 2011).
Bakteri tanah memiliki potensi yang besar untuk dikembangkan dalam
industri bioteknologi. Potensi tersebut berhubungan dengan kemampuan dari
bakteri tersebut seperti amilolitik, lipolitik, proteolitik, selulolitik antibiosis dan
sebagainya. Potensi ini dapat di manfaatkan untuk industri minuman, pangan,
obat-obatan dan penanganan limbah (Sari, 2014). Berdasarkan penelitian yang
dilakukan oleh (Lambui & Janah, 2017) menyatakan bahwa isolasi bakteri tanah
dari sampel tanah hutan disekitar danau kalimpa’a kawasan Taman Nasional Lore
Lindu (TNLL) berhasil dilakukan dengan diperolehnya 5 isolat terpilih dengan
kode isolat DKL 1, DKL 2, DKL 3, DKL 4, dan DKL 5. Berdasarkan hasil
identifikasi secara fenotipik, isolat terpilih merupakan anggota kelompok bakteri
gram negatif dengan bentuk sel coccus dan bacil. Salah spasi

Taman Wisata Alam (TWA) Baumata merupakan salah satu hutan alami
yang beriklim tropis dan berada di Pulau Timor. Di sekitar kawasan TWA tersebut
terdapat lahan perkebunan dan pertanian. TWA ini merupakan kawasan konservasi
yang memiliki kekayaan sumber daya alam, diantaranya potensi wisata alam dan
jasa lingkungan. Melihat potensi flora, fauna serta keragaman jenis vegetasinya
yang masih alami ini, maka taman wisata (kawasan hutan) ini dapat dijadikan
laboratorium alami yang dapat berguna bagi para peneliti dalam meneliti
keberadaan makluk hidup yang berada di dalamnya dan juga untuk mencari
tingkat keanekaragamannya. Salah satu fungsi dari hutan adalah sebagai habitat
bagi flora dan fauna (Feni, Ledo, & Hendrik, 2019).

Sampel yang digunakan dalam penelitian ini adalah tanah yang diambil
disekitar perakaran tumbuhan yang berada di Baumata. Penelitian bakteri tanah
selama ini belum di NTT, maka peneliti tertarik untuk melakukan penelitian
berkaitan dengan isolasi dan karakterisasi bakteri tanah di laboratoriumdengan
judul penelitian yakni Isolasi Dan Karakterisasi Bakteri Tanah Di Taman
Wisata Alam Baumata Desa Baumata.

2
B. Rumusan Masalah

Berdasarkan latar belakang yang telah diuraikan diatas dapat dirumuskan

masalah dari penelitian ini yaitu :

1. Isolat bakteri apa saja yang terdapat pada Taman Wisata Alam Baumata Desa
Baumata?
2. Bagaimana karakteristik jenis bakteri tanah yang terdapat pada Taman Wisata
Alam Baumata Desa Baumata?
C. Tujuan Penelitian
1. Mengetahui jenis isolat bakteri tanah yang terdapat di Taman Wisata Alam
Baumata Desa Baumata
2. Mengetahui karakteristik jenis isolat bakteri tanah yang terdapat di Taman
Wisata Alam Baumata Desa Baumata

D. Manfaat Penelitian

1. Bagi peneliti : dapat menambah pengetahuan dan pengalaman langsung tentang

bagimana cara mengisolasi dan mengkarakterisasi serta manfaat dari isolate
bakteri tanah tersebut yang terdapat di Taman Wisata Alam Baumata Desa
Baumata dan sebagai syarat bagi peneliti untuk menyelesaikan pendidikan
sarjana.
2. Bagi pembaca : Sebagai bahan informasi bagi pengembangan ilmu mikrobiologi
serta sebagai dasar bagi peneliti dalam melakukan penelitian selanjutnya.
3. Bagi masyarakat : dapat mengetahui bahwa Taman Wisata Alam Baumata tidak
hanya sebagai tempat wisata saja, namun terdapat jenis-jenis isolat bakteri tanah
yang dapat memberikan manfaatnya seperti di biadang pertanian, kesehatan dan
lain-lain.

3
 BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

A. Kajian Pustaka

1. Bakteri Tanah

Mikrobiologi tanah merupakan suatu ilmu yang mempelajari mikroba

tanah yang erat hubungannya dengan mikrobiologi pertanian. Produk buangan
dari aktivitas manusia dan hewan serta sisa-sisa tanaman seringkali dibuang di
tanah. Semua bahan ini pada akhirnya akan diuraikan oleh mikroba tanah dan
berubah menjadi partikel yang merupakan bagian dari tanah dan dapat
bermanfaat pada tanaman atau pertanian. Penguraian berbagai bahan dari bahan
organik kompleks menjadi bahan anorganik yang sederhana dilaksanakan oleh
mikroba. Bahan anorganik yang sederhana tersebut merupakan zat hara bagi
tanaman. Hal ini menunjukkan betapa pentingnya aktivitas mikroba tanah dalam
kehidupan di alam ini (Brock, 2003).
Bakteri merupakan jasad bersel satu, berkembangbiak melalui
pembelahan sel. Pada kondisi ideal pembelahan sel inti dapat terjadi setiap
periode 20 menit, sehingga dalam satu hari saja dari 1 sel dengan waktu
pembelahan 1 jam dapat berkembang menjadi 17 juta bakteri, massa sebesar
bumi dapat dihasilkan hanya dalam waktu 6 hari. Namun kondisi ideal ini
tergantung pada ketersediaan haradan faktor tumbuh lainya yang menjadi
pembatas perkembangbiakan bakteri (Hanafiah, 2010).

4
 Bakteri menjalankan fungsi penting di dalam tanah sebagai decomposer
residu organik dari enzim yang disekresikan ke tanah. Setidaknya terdapat
empat fungsi utama bakteri di dalam tanah yaitu sebagai dekomposer,
bersimbiosis mutualis dengan tanaman dalam memfiksasi nitrogen, bakteri
litotrof dan kemoautotrof dalam tanah berperan penting dalam daur nitrogen dan
degradasi polutan, namun bakteri juga bisa bertindak sebagai patogen pada
tanaman (Horman, 2011).
Elemen-elemen kimia seperti karbon, nitrogen, oksigen, sulfur, dan
fosfor bersifat esensial untuk kehidupan dan jumlahnya sangat banyak, namun
tidak berada dalam bentuk yang dapat digunakan oleh organisme secara
langsung. Mikroorganisme berperan mengubah elemen-elemen tersebut menjadi
bentuk yang dapat digunakan oleh hewan dan tumbuhan, misalnya dengan
mendekomposisi limbah organik menjadi CO2. Nitrogen dari udara harus
diubah menjadi ammonia oleh mikroorganisme untuk dapat digunakan tanaman
dan hewan. Contoh mikroorganisme penambat nitrogen adalah Rhizobium,
Bradyrhizobium, Azorhizobium, Azolla, Frankia, Azotobacter, Azospirillum,
alga hijau biru, dan lain-lain. Mikroorganisme pelarut fosfat dapat mengubah
fosfat yang tidak larut dalamtanah menjadi bentuk yang dapat larut dengan jalan
mensekresikan asam organik seperti asam format, asam asetat, asam propinoat,
asam laktat, asam glikolat, asam fumarat, dan asam suksinat. Contoh
mikroorganisme pelarut fosfat adalah Bacillus, Pseudomonas, Aspergillus,
Penicillium, dan Streptomyces (Pratiwi, 2008).

Berdasarkan cara memperoleh makanan, bakteri tanah dapat dibagi

menjadi dua kelompok yaitu autotrof dan heterotrof. Kelompok autotrof
memperoleh persediaan karbon dari sinar matahari. Pada bentuk heterotrof,
menggunakan bahan-bahan organik yang berbeda-beda yang meliputi gula-gula,
sellulosa, asam-asam organik dan hidrokarbon untuk memenuhi kebutuhan
energi dan karbon. Menurut Buckman dan Brady (1982), menyatakan bahwa
bakteri tanah berdasarkan sumber energi terbagi menjadi dua kelompok besar

5
yaitu bakteri autotropik dan bakteri heterotropik. Bakteri autotropik mendapat
energi dari oksidasi unsur mineral, seperti ammonium, sulfur dan besi serta
karbon dioksida. Sedangkan bakteri heterotropik menghasilkan energi dan
karbon berasal dari bahan organik tanah (Saputra,2016).

Jenis bakteri yang ditemukan di dalam tanah pada umumnya bakteri

berbentuk batang (bacillus) dengan panjang 2-3 μ m dan lebar 1 μ m. Beberapa
diantaranya ada yang mempunyai flagela-flagela yang berguna untuk berenang
bila berada di dalam tanah. Di samping itu pada bakteri sering dijumpai adanya
pembungkus yang berupa kapsul yang merupakan sisa-sisa senyawa kompleks
yang disekresikan pada luar dinding sel yang baru terbentuk. Kapsul berfungsi
untuk melindungi bakteri dari serangan protozoa. Tetapi adanya sejumlah besar
timbunan kapsul bakteri dalam tanah akan meningkatkan stuktur tanah yang
remah, karena adanya peningkatan-peningkatan partikel-partikel humus dan
bahan-bahan mineral. Sel-sel bakteri pada umumya tidak tahan terhadap
temperature yang tinggi dan pengerigan. Tetapi ada beberapa spesies bakteri
yang mampu membentuk endospora yang resisten/tahan sehingga mampu
bertahan terhadap panas dan musim kemarau yang berkepanjangan
(Yulipriyanto, 2010).

Sebuah penelitian yang telah dilakukan (Sari, 2014) Isolasi Dan

Identifikasi Bakteri Tanah Di Kecamatan Pattallassang Kabupaten Gowa, hasil
penelitian menunjukan bahwa tanah Kecamatan Pattallassang Kabupaten Gowa
mengandung beberapa genus bakteri tanah, diperoleh 14 isolat bakteri yang
terdiri dari 9 genus yaitu genus Bacillus, Enterobacter, Corynebacterium,
Klebsiella, Alcaligenes, Micrococcus, Mycobacterium, Staphylococcus dan
Aeromonas.

a. Genus Corynebacterium

6
 Berdasarkan pengamatan makroskopik, isolat RP1 menunjukkan
bahwa koloni berbentuk bulat, elevasi cembung, permukaan mengkilap, tepi
rata dengan warna putih susu. Hasil pengamatan mikroskopik, isolat RP1
memiliki bentuk sel basil (batang), bersifat Gram positif dan tidak memiliki
endospora.

Gambar 2.1. Genus Corynebacterium (Sari, 2014)

b. Genus Klebsiella

Berdasarkan pengamatan makroskopik, isolat RP2 menunjukkan

bahwa koloni berbentuk tidak beraturan, elevasi rata, permukaan koloni
mengkilap, tepi koloni rata dengan warna putih susu. Hasil pengamatan
mikroskopik, isolat RP2 memiliki bentuk sel basil (batang), bersifat Gram
negatif, dan tidak memiliki endospora.

7
 Gambar 2.2. Genus Klebsiella(Sari, 2014)

c. Genus Alcaligenes

Berdasarkan pengamatan makroskopik, isolat RP3 menunjukkan

bahwa koloni berbentuk bulat, elevasi timbul, permukaan koloni mengkilap,
tepi koloni berombak dengan warna putih susu. Hasil pengamatan
mikroskopik, isolat RP3 memiliki bentuk sel basil (batang), bersifat Gram
negatif, dan tidak memiliki endospora.

Gambar 2.3.Genus Alcaligenes(Sari, 2014)

d. Genus Enterobacter

Berdasarkan pengamatan makroskopik menunjukkan bahwa koloni

berbentuk bulat pada isolat RP4 dan berbentuk timbul pada isolat RP5,
elevasi rata pada isolat RP4 dan elevasi timbul pada isolat RP5. Permukaan
mengkilap, tepi koloni rata pada isolat RP4 dan tepi koloni berlekuk pada
isolat RP5, berwarna putih susu. Hasil pengamatan mikroskopik, isolat RP4
dan RP5 memiliki bentuk sel basil (batang), bersifat Gram negatif, dan tidak
memiliki endospora.

8
 Gambar 2.4.Genus Enterobacter(Sari, 2014)
e. Genus Bacillus

Berdasarkan pengamatan makroskopik menunjukkan bahwa koloni

berbentuk bulat, elevasi rata, permukaan mengkilap sedangkan pada isolat
RP6 dan RP9 dan permukaan kasar ditunjukkan pada isolat RP10, RP13,
RP14. Tepi berlekuk pada isolat RP6 dan RP10, tepi koloni berombak
ditunjukkan pada isolat RP9, dan tepi koloni berbentuk beneng-benang pada
isolat RP13 dan RP14. Warna pada semua isolat berwarna putih susu.

9
 Gambar 2.5.Genus Bacillus(Sari, 2014)

f. Genus Micrococcus

Berdasarkan pengamatan makroskopik, isolat RP7 menunjukkan

koloni berbentuk bulat, elevasi timbul, permukaan koloni mengkilap, tepi
koloni berlekuk dengan warna kuning kehijauan. Hasil pengamatan
mikroskopik, isolat RP7 memiliki bentuk sel coccos (bulat), bersifat Gram
negatif dan tidak memiliki endospora.

Gambar 2.6.Genus Micrococcus(Sari, 2014)

g. Mycobacterium

Berdasarkan pengamatan makroskopik, isolat RP8 menunjukkan

bahwa koloni berbentuk bulat, elevasi rata, permukaan koloni mengkilap, tepi
koloni berombak dengan warna putih kekuningan. Hasil pengamatan
mikroskopik memiliki bentuk sel basil (batang), bersifat Gram positif, dan
tidak memiliki endospora.

10
 Gambar 2.7.Mycobacterium(Sari, 2014)
h. Genus Staphylococcus

Berdasarkan pengamatan makroskopik, isolat RP11 menunjukkan

bahwa koloni berbentuk bulat, elevasi timbul, permukaan koloni mengkilap,
tepi koloni rata dengan warna putih susu. Hasil pengamatan mikroskopik
memiliki bentuk sel coccos (bulat), bersifat Gram positif dan tidak memiliki
endospora.

Gambar 2.8.Genus Staphylococcus (Sari, 2014)

i. Genus Aeromonas

Berdasarkan pengamatan makroskopik, isolat RP12 menunjukkan

bahwa koloni berbentuk bulat, elevasi timbul, permukaan koloni kasar, tepi
koloni rata dengan warna putih susu. Hasil pengamatan mikroskopik memiliki
bentuk sel basil (batang), bersifat Gram negatif, dan tidak memiliki
endospora.

11
 Gambar 2.9.Genus Aeromonas (Sari, 2014)

Menurut (Bibiana, 1994) Perbedaan susunan tanah dan sifat fisikanya

dilukiskan pula oleh populasi mikroba dalam tanah. Berbagai faktor yang dapat
mempengaruhi pertumbuhan mikroorganisme dalam tanah ialah :

1) Jumlah dan macam zat hara

2) Kelembaban
3) Tingkatan aerasi
4) Suhu
5) PH
6) Perlakuan pada tanah seperti penambahan pupuk atau banjir
menyebabkan peningkatan jumlah mikroorganisme.

Mikroba tanah dapat menguntungkan bila kehadirannya berperan dalam

siklus mineral, fiksasi nitrogen, perombakan residu pestisida, proses humifikasi,
proses penyuburan tanah, perombakan limbah berbahaya, biodegradasi,
bioremediasi, mineralisasi, dekomposisi, dan lain-lain. Mikroba tanah dapat juga
merugikan bila kehadirannya berperan dalam proses denitrifikasi, sebagai jasad
penyebab penyakit, dan sebagai jasad pengurai pupuk yang tidak diharapkan
(Waluyo, 2008). Bioremediasi merupakan proses perombakan polutan menjadi
substansi yang tidak berbahaya dengan menggunakan mikroorganisme. Beberapa
bekteri dapat mengubah polutan menjadi sumber energi bagi mikroorganisme,

12
atau menghasilkan enzim tertentu yang dapat merombak toksin menjadi
substansi yang tidak berbahaya (Pratiwi, 2008).

Peranan mikroba, khususnya bakteri yang hidup bersimbiosis dan yang

hidup non simbiosis dalam tanah berperan dalam memfiksasi atau menambatkan
nitrogen dari udara. Hal ini memiliki nilai penting dalam pertanian. Bahkan
beberapa jenis kacang-kacangan, misalnya kacang tanah dan kedelai sengaja
dilakukan penambahan secara buatan bakteri Rhizobium dalam bentuk inokulum.
Pemberian inokulum inni agar tanaman membentuk nodula (bintil) yang efektif.
Hal ini berakibat bukan saja terhadap tanaman sebagai pupuk nitrogen, tetapi
tanah bekas tanaman tersebut dapat dipergunakan oleh tanaman lain tanpa
tambahan pupuk nitrogen. Bahkan, sekarang telah diketahui bahwa bakteri
Rhizobium berperan juga sebagai bakteri pemecah atau pengurai sisa pestisida di
dalam tanah. Berarti bahwa bakteri Rhizobium berperan sebagai jasad pengontrol
pencemaran tanah akibat kelebihan penambahan pestisida (Waluyo, 2008).

Menurut (Kusnadi, 2003) Populasi mikroorganisme di dalam tanah terbagi

menjadi tiga golongan besar yaitu :

a) Golongan Autotonus : golongan mikroorganisme yang selalu tetap

didapatkan di dalam tanah dan tidak tergantung pengaruh-pengaruh
lingkungan luar seperti iklim, suhu, dan kelembaban.
b) Golongan Zimogenik : golongan mikroorganisme yang kehadirannya di
dalam tanah diakibatkan oleh adanya pengaruh-pengaruh baru dari luar.
Misalnya karena adanya penambahan senyawa organik.
c) Golongan Transien : golongan mikroorganisme kehadirannya bersamaan
dengan adanya penambahan mikroorganisme secara disengaja, misalnya
dalam bentuk inokulum atau sediaan mikroorganisme hidup berupa
Rhizobium atau Azetobacter ke dalam tanah.

13
 Bakteri tanah dapat ditemukan pada suhu rendah maupun suhu panas, baik
di udara, tanah, air, dan bersimbiosis pada makhluk hidup seperti manusia,
binatang, maupun tanaman. Hingga kini telah dikenal sekitar 1600 spesies
bakteri, 200 diantaranya merupakan bakteri patogen penyebab infeksi pada
manusia. Ada dua golongan besar bakteri, saprofit (yang hidup dari bahan
organik yang sudah mati) dan simbiot (yang hidup dan mendapat makanan dari
manusia, hewan, dan tanaman hidup). Pada manusia bakteri simbiot antara lain
ada pada saluran cerna serta kulit, dan terbagi dalam tiga golongan, yaitu
mutualistik (membantu dalam proses-proses fisiologis sambil hidup pada tuan
rumah), komensalisme (hidup pada tuan rumah tanpa menyebabkan penyakit),
dan patogen potensial atau patogen (dapat menyebabkan penyakit bila ketahanan
tubuh tuan rumah berkurang, misalnya pada pasca bedah besar atau penyakit
berat seperti kanker dan AIDS) (Hafsah, 2011).

Sebuah penelitian telah dilakukan dengan mengisolasi actinomycetes dari

tanah sawah sebagai penghasil antibiotik telah ditemukan sebanyak 35 isolat
yang dapat dikelompokkan menjadi 11 colour group berdasarkan hasil colour
grouping (Ambarwati& Gama, 2009). Penelitian lain telah dilakukan dengan
mengisolasi dan mengidentifikasi dari tambak tanah gambut Delta Tampina,
Luwu Utara, Sulawesi Selatan diperoleh tujuh genus bakteri, yaitu Aeromonas
sp., Acinetobacter sp., Bacillus sp., Flavobacterium sp., Micrococcus sp.,
Pseudomonas sp., dan Vibrio sp,. Enam genus tergolong bakteri pengurai bahan
organik (Nurjanna, 2001).

Penelitian lain mengatakan bahwa kehidupan mikroba di dalam tanah

memegang peranan penting dalam mengendalikan kestabilan ekosistem tanah.
Faktor-faktor yang mempengaruhi struktur komunitas mikroba di dalam tanah
yaitu jenis tanah dan tanaman, serta pengelolaan tanah. Selain ada mikroba tanah
yang bermanfaat bagi tanaman dengan menghasilkan unsur hara dan hormon
tumbuh tanaman, ada pula mikroba dalam tanah yang menyebabkan penyakit
tanaman. Dalam kondisi ekosistem tanah yang stabil, supresiv mikroba patogen

14
 dapat ditekan secara alami. Dengan memahami kondisi lingkungan tanah dengan
baik dari aspek fisis, khemis dan biologis, maka tindakan pengelolaan tanah
untuk memelihara kesuburan lahan dapat dilakukan secara tepat. Pengelolaan
kesuburan tanah secara ekologis lebih memberikan harapan dalam mewujudkan
sistem pertanian berkelanjutan, dengan memperhatikan interaksi antara mikroba
dan tanah maupun mikroba dan tanaman oleh pengaruh waktu dan ruang dalam
tanah. Pemahaman sejauh mana pengaruh tanaman dalam ruang dan waktu akan
menjadi tantangan besar bagi pertanian di masa depan, ditunjang lagi oleh
adanya fluktuasi kondisi abiotik tanah (seperti kadar air dan suhu tanah) yang
berpengaruh terhadap struktur komunitas mikroba (Prihastuti, 2011).
2. Tanah

Tanah merupakan suatu media yang digunakan sebagai tempat hidup dan
pertumbuhan mikroorganisme secara kompleks. Mikroba dapat hidup di tanah
dengan memanfaatkan semua nutrient yang ada di dalamnya dan dapat
dimanfaatkan dalam pertanian ataupun perkebunan. Peranan terpenting mikroba
tanah ialah fungsinya yang membawa perubahan kimiawi pada substansi-
substansi di dalam tanah,terutama perubahan senyawa organik yang mengandung
karbon, nitrogen, sulfur, dan fosfor menjadi senyawa anorganik. Proses ini
disebut dengan mineralisasi, dimana di dalamnya terlibat sejumlah besar
perubahan kimiawi dengan peranan berbagai macam mikroorganisme (Pelczar
dan Chan, dalam Ratna Sari, 2015).

Setiap tanah mempunyai populasi organisme yang berbeda. Berbagai

populasi dan habitat dalam tanah bersama sama membentuk ekosistem.
Dalamsuatu ekosistem tanah, berbagai mikroba hidup, bertahan hidup, dan
berkompetisi dalam memperoleh ruang, oksigen, air, hara, dan kebutuhan hidup
lainnya,baiksecara simbiotik maupun nonsimbiotik sehingga menimbulkan
berbagai bentukinteraksi antar mikroba (Yulipriyanto, 2010).

15
 Tanah juga merupakan tempat hidup yang paling ideal bagi bakteri karena
mengandung bahan organik, anorganik dan mineral yang berlimpah. Setiap
elemen tanah memiliki jenis, populasi dan sifat genetik yang berbeda.
Keanekaragaman mikroorganisme pada tanah: Bakteri, Algae, Protozoa,
Amoeba, Actinomycetes Flagellata, Cilliata. Tanah subur mengandung lebih dari
100 juta mikroba per gram tanah. Produktivitas dan daya dukung tanah
tergantung pada aktivitas mikroba tersebut. Sebagian besar mikroba memiliki
peranan yang menguntungkan bagi pertanian,yaitu berperan dalam
menghancurkan limbah organik, recycling hara tanaman, fiksasi biologis
nitrogen, pelarutan fosfat, merangsang pertumbuhan, biokontrol patogen dan
membantu penyerapan unsur hara. Bioteknologi berbasis mikroba dikembangkan
dengan memanfaatkan peran-peran penting mikroba tersebut (Waluyo, 2008).
Tanah yang subur mengandung lebih dari 100 juta mikroorganisme
pergram tanah. Produktivitas dan daya dukung tanah tergantung pada aktivitas
mikroorganisme tersebut. Selain itu, sebagian besar mikroorganisme tanah
memiliki peranan yang menguntungkan, yaitu berperan dalam menghancurkan
limbah organik, siklus hara tanaman, fiksasi nitrogen, pelarut posfat, merangsang
pertumbuhan, biokontrol patogen, dan membantu penyerapan unsur hara. Jumlah
total mikroorganisme yang terdapat didalam tanah digunakan sebagai indeks
kesuburan tanah (fertility indeks), tanpa mempertimbangkan hal-hal lain (Utami,
2009).

3. Tanah sebagai Medium Tumbuh

Tanah sebagai media pertumbuhan dan perkembangan tanaman tidak

begitu saja menunjang keberhasilan usaha penanaman, ada kalanya hasil usaha
tanaman itu memuaskan, ada kalanya demikian menyedihkan bahkan sampai
pada kegagalan. Hal ini tidak lain karena tanah memberikan berbagai pengaruh
bagi kelangsungan pertumbuhan tanaman. Pengaruh-pengaruh tersebut antara
lain temperatur tanah, permeabilitas, tersedianya unsur hara, kegiatan hidup

16
 jasad renik dan banyak sifat tanah lainnya. Kesemuanya itu demikian menunjang
kehidupan dan perkembangan tanaman (Mulyani, 2002).

Komponen-komponen anorganik maupun organik merupakan substrat

atau medium yang baik bagi kehidupan mikroorganisme. Mikroorganisme
penghuni tanah merupakan campuran populasi dari (a) protozoa seperti amoeba,
flagellate, ciliate, (b) bakteri (Clostridium, Rhizobium) dan sebagainya, (c) alga
(ganggang) seperti alga biru, alga hijau, diatom dan (d) jamur, terutama jamur
bertingkat rendah seperti jamur lendir, berbagai ragi dan berbagai Phycomycetes
dan Ascomysetes. Pada umumnya mikroorganisme tersebut lebih banyak terdapat
atau di dekat permukaan tanah. Makin ke dalam tanah, makin berkuranglah
penghuninya (Dwidjoseputro, 2005).

Tanah terbentuk secara alamiah sebagai hasil dari kombinasi proses fisik,
kimia dan biologi. Walaupun di tanah yang keras dan kering, mikroba bersifat
dorman, yang akan tumbuh ketika ada kelembaban sebagian besar mikroba
tumbuh dan berkembang biak di permukaan tanah, bahkan pada segumpal tanah
dapat tumbuh beraneka ragam mikroorganisme (Panagan, 2011).

4. Isolasi Bakteri Tanah

Mikroba dilingkungan sangat beragam dan memiliki banyak aktivitas

metabolism dan produk-produk yang dapat diaplikasikan dibidang industri.
Namun, >99% mikroba di lingkungan tersebut tidak dapat dikulturkan di bawah
kondisi di laboratorium, sehingga banyak potensi-potensi yang belum dapat
dimanfaatkan (Sing, 2004 dalamNasution, 2011)

Isolasi adalah suatu cara untuk memisahkan mikroorganisme tertentu dari

lingkungan, sehingga diperoleh biakan yang tidak tercampur dengan jenis yang
lain atau biakan murni. Tujuan mengisolasi bakteri adalah untuk mendapatkan
bakteri yang diinginkan dengan cara mengambil sampel mikroba dari lingkungan

17
yang ingin diteliti. Dari sampel tersebut kemudian dikultur/ dibiakkan dengan
menggunakan media universal atau media selektif, tergantung tujuan yang ingin
dicapai (Bambang, 2012).

Bakteri di alam umumnya tumbuh dalam populasi yang terdiri dari

berbagai spesies. Oleh karena itu, untuk mendapatkan biakan murni, sumber
bakteri harus diperlakukan dengan pengenceran agar didapat hanya sekitar 100-
200 bakteri yang ditransfer ke medium, sehingga dapat tumbuh menjadi koloni
yang berasal dari bakteri tunggal (Pelczar, 1999).

Ada berbagai macam cara mengisolasi mikroba.Isolasi harus

memperhatikan beberapa hal penting :

1) Sifat spesies mikroba yang akan diisolasi

2) Tempat hidup atau asal mikroba
3) Medium untuk pertumbuhan yang sesuai
4) Cara menanam mikroba tersebut
5) Cara inkubasi mikroba
6) Cara menguji bahwa mikroba yang diisolasi telah berupa biakan
murni dan sesuai dengan yang dimaksud, dan
7) Cara memelihara agar mikroba yang telah diisolasi tetap merupakan
biakan murni (Waluyo, 2008)

Isolasi dapat dilakukan dengan cara goresan (streak plate method) dan
cara taburan (pour plate method). Cara goresan (streak plate method) cara ini
dasarnya adalah menggoreskan suspensi bahan yang mengandung bakteri pada
permukaan medium agar yang sesuai dalam cawan petri. Setelah inkubasi maka
pada bekas goresan akan tumbuh koloni-koloni terpisah yang mungkin berasal
dari 1 sel bakteri, sehingga dapat diisolasi lebih lanjut. cara taburan (pour plate
method) cara ini dasarnya adalah menginkubasi medium dengan agar yang
sedang mencair pada temperature 500 C dengan suspense bahan yang

18
 mengandung bakteri, kemudian menuangkan ke dalam cawan petri. Setelah
inkubasi akan terlihat koloni-koloni yang tersebar di permukaan agar yang
mungkin berasal dari 1 sel bakteri, sehingga dapat diisolasi lebih lanjut (Waluyo,
2008).
5. Identifikasi bakteri

Identifikasi bakteri meliputi karakteristik morfologi dan biokimia.

Monograf yang dapat digunakan dalam identifikasi bakteri antara lain Bergey’s
Manual Of Determinative Of Systematic Bacteriologi Volume I and Cowan And
Steel’s Manual For The Indentification Of Medical Bacteria (Cappuccino &
Sherman, 2014).

a) Karakteristik morfologi

Saat tumbuh diberbagai media, mikroorganisme akan menunjukkan

perbedaan yang disebut karakteristik kultur yang digunakan sebagai dasar
untuk memisahkan mikroorganisme menjadi kelompok taksonomi.
Karakteristik kultur untuk semua mikroorganisme yang dikenal terkandung
dalam Bergey’s Manual Of Determinative Of Systematic Bacteriologi.
Bakteri ditentukan dalam membiakkan organism pada zat nutrient agar miring
dan lempeng, dalam nutrient broth dan dalam nutrient gelatin (Cappuccino &
Sherman, 2014).

Pola pertumbuhan yang harus diperhatikan pada masing-masing media yaitu :

a) Pertumbuhan pada media agar miring yang diamati yaitu kelimpahan

pertumbuhan, pigmentasi, karakteristik optik, bentuk dan konsistensi.
b) Pertumbuhan media agar lempeng yang diamati yaitu ukuran,
pigmentasi, bentuk, margin, dan elevasi
c) Pertumbuhan pada nutrient broth yaitu uniform fine turbidity,
flocculent, peliclle dan sediment

19
 d) Pertumbuhan pada nutrient gelatin yaitu crateriform, napiform,
infundibuliform, saccate, dan stratifo.
b) Karakteristik biokimia

Bakteri menggunakan nutrient yang ada di lingkungan dengan berbagai

macam aktivitas biokimia. Aktivitas biokimia yang terjadi di dalam dan di
luar sel bekteri dikatalis oleh enzim. Hasil reaksi aktivitas biokimia yang
dilakukan hampir semuanya dapat diamati dan berbeda untuk setiap bakteri,
sehingga hal tersebut dapat digunakan untuk identifikasi dan karakterisasi
bakteri (Harley & Precoutt, 2002).

1) Uji Katalase (Kismiyati dkk., 2009).

Tujuan uji ini adalah untuk menentukan sifat bakteri dalam
menghasilkan enzim katalase. Uji katalase digunakan untuk mengetahui
kemampuan bakteri dalam menghasilkan enzim katalase pada bakteri.
Katalase merupakan enzim yang dapat mengkatalisis penguraian
hidrogen peroksida (H2O2) menjadi air dan oksigen. Cara kerja dari uji
katalase yaitu larutan H2O2 3% diteteskan pada obyek, kemudian
suspensikan koloni bakteri dengan jarum ose. Hasil positif apabila
terbentuk gelembung gas, dan hasil negatif apabila tidak terbentuk
gelembung gas.

2) Uji Triple Sugar Iron Agar (TSIA) (Kismiyati, dkk., 2009).

Uji TSIA bertujuan untuk membedakan jenis bakteri berdasarkan

kemampuan memecahkan glukosa, laktosa, sukrosa dan pembebasan
sulfida.Selain itu uji TSIA berfungsi untuk mengetahui apakah bakteri
tersebut menghasilkan gas hydrogen sulfide (H 2S) atau tidak. Media yang
digunakan mempunyai dua bagian yaitu slant (miring) dan butt (dasar).
Hasil tes yang positif ditunjukkan dengan terjadinya perubahan warna

20
 merah dan kuning di bagian butt dan slant, perubahan warna hitam
menunjukkan terbentuknya gas H2S. Interpretasi hasil :

a) Hanya memfermentasi glukosa : bila pada dasar (butt) media

berwarna kuning, maka bersifat asam dan apabila lereng (slant)
berwarna merah maka bersifat basa. Kode untuk hasil seperti ini
adalah K/A. Begitu sebaliknya, jika warna dasar (butt) tetap merah
serta warna lereng (slant) berwana kuning maka kode untuk hasilnya
adalah A/K,
b) Memfermentasi semua karbohidrat : bila pada dasar (butt) media
bewarna kuning, maka bersifat asam dan apabila lereng (slant)
berwarna kuning, maka bersifat asam. Kode untuk hasil seperti ini
adalah A/A,
c) Tidak memfermentasi semua karbohidrat : bila pada dasar (butt)
media bewarna merah dan lereng (slant) berwarna merah, maka
bersifat basa. Kode untuk hasil seperti ini adalah K/K.

3) Uji Sitrat

Pengujian sitrat ini menggunakan media Simmon Citrate agar

dengan teknik goresan, kemudian diinkubasi pada suhu ruang selama 24
jam. Warna biru menunjukkan reaksi positif dan warna hijau
menunjukkan reaksi negatif pada media Simmon Citrate). Perubahan
warna ini terjadi karena di dalam media Simon’s Citrat terdapat pH
indikator brom thymol blue (Sardiani, dkk., 2015).

4) Uji Methyl Red Dan Voges Proskauer

Media uji MR dan VP mengandung glukosa sebagai bahan uji

kemampuan bakteri dalam mengubah glukosa menjadi asam organik dan
alkohol. Bakteri yang mampu mengubah glukosa menjadi asam organik

21
 dan alkohol, maka setelah ditambahkan reagen MR, media akan berubah
menjadi merah, jika bakteri tidak mampu mengubah glukosa menjadi
asam organik dan alcohol maka media tetap berwarna kuning. Uji voges
proskauer jika bakteri mampu mengubah glukosa asam organik dan
alkohol, maka setelah ditambahkan dengan alfa naftol dan KOH 40%
media akan berubah menjadi merah (Holt et al., 2000).

6. Taman Wisata Alam (TWA) Baumata

Menurut Tallo (2016), berdasarkan survei langsung TWA Baumata

merupakan kawasan konservasi hutan alam yang masih mempertahankan
kealamiannya yang memiliki tipe vegetasi yang baik terutama sebagai tempat
penyimpanan air tanah yang memiliki volume debit air yang cukup banyak.
Pada bagian permukaan tanah TWA Baumata terdapat banyak serasah atau
tumpukan daun-daun kering yang gugur, ranting-ranting kayu kering yang
patah dan jatuh. Ini sangat potensial sebagai substrat alami bagi pertumbuhan
mikroorganisme yang menempati tanah TWA Baumata.
(http://www.batukar.info/wiki/geografis- NTT)
a. Letak geografis dan administrasi wilayah

Secara admnistrasi TWA Baumata termasuk dalam wilayah

Kabupaten Kupang, Kecamatan Taebenu. Kawasan ini dikelilingi oleh
empat desa Yaitu Desa Baumata, Oeltua, Baumata Timur, dan Desa
Baumata Barat (Ledo & Seran, 2019).

Taman Wisata Alam Baumata terletak di daratan Timor. Secara

administratif pemerintahan, kawasan ini berada di Kecamatan Taebenu
Kabupaten Kupang. Kawasan ini terletak sekitar 17 kilometer sebelah
Timur Kota Kupang. Sesuai dengan pembagian administrasi pengelolaan
kawasan konservasi, Taman Wisata Alam Baumata berada dalam wilayah
pemangkuan Resort Konservasi wilayah Bandara Eltari dan Taman Wisata
Alam Baumata, Seksi Konservasi Wilayah II Camplong, Bidang KSDA

22
 Wilayah I Soe pada Balai Besar KSDA NTT. Kawasan Taman Wisata
Alam Baumata memiliki luas 36,21 Ha.

b. Potensi Flora dan Fauna

Taman Wisata Alam Baumata memiliki vegetasi yang merupakan

perwakilan tipe ekosistem hutan daratan sedang terletak pada ketinggian
sekitar 60 meter di atas permukaan laut. Jenis flora yang terdapat di
kawasan ini di antaranya adalah asam (Tamarindus indica), kesambi
(Schleichera oleosa), jati (Tectona grandis), johar (Cassia siamea), Bambu
(Bambusa sp), beringin (Ficus sp).

Jenis satwa liar yang dapat dijumpai antara lain adalah monyet
ekor panjang (Macaca fascicularis), biawak timor (Varanus titnorensis),
Elang (Elanus sp), Ular sanca timor (Phyton timorensis), parkici timor
(Trihcogolossus euteles), perkici dada kuning (Trichoglossus
haematodus), dan srigunting (Dicrurus leucophaeus). Punglor/Anis Timor
(Zoothera peronii).

c. Topografi, Batuan dan Jenis Tanah

Kawasan Taman Wisata Alam Baumata berada pada sekitar 211-

263 mdpl dengan topografi bergelombang dan berbukit dengan kondisi
tanah berkapur atau karst. Berdasarkan peta Geologi Region Phisical
Planning Project on Transmigration (RePPProT) 1989 skala 1 : 2.000.000,
Kecamatan Taebenu termasuk pada Formasi Noele dan Formasi Batu
gamping Koral dengan lapisan solum tanah antara 30-60 Cm.

Sedangkan berdasarkan peta tanah bagan Indonesia skala 1:

1.250.000 (Lembaga Penelitian Tanah Bogor, 1968), jenis-jenis tanah
yang berada di wilayah Kecamatan Taebenu termasuk jenis Latosol
Eutrik, Rensina dan Mediteran Haplik (Rhodustalfs, Calciustolls,
Haplustalfs) dengan ciri-ciri tanah mengalami pelapukan baik, agak

23
 masam sampai netral, kemerahan, drainase sedang sampai baik,
mengandung liat bertekstur halus pada lapisan bawah tanah, tingkat
kejenuhan basa tinggi stres kelembaban musiman liat dengan kaoionit dan
gibsit aktif yang lemah.

d. Hidrologi

Terdapat beberapa mata air yang airnya sangat jernih dan

mempunyai debit yang sangat besar. Sumber mata air tersebut
dimanfaatkan oleh penduduk setempat untuk keperluan sehari-hari seperti
mandi, mencuci, memasak serta kebutuhan air minum. Air yang berasal
dari kawasan TWA Baumata mempunyai debit yang besar dan tetap
mengalir sepanjang tahun. Lahan pertanian dan perkebunan di sekitar
kawasan TWA Baumata sangat bergantung pada air tersebut.

Mata air ini juga dimanfaatkan sebagai sumber air baku bagi
PDAM Kabupaten Kupang. PT. Aguamor Timorindo Baumata merupakan
perusahaan air minum dalam kemasan yang memanfaatkan air dari
kawasan TWA Baumata dengan merek dagang Aguamor.Air minum
kemasan ini dinikmati oleh masyarakat umum terutama Kupang. Kolam
renang yang dikelola oleh Dinas Pariwisata Kabupaten Kupang dalam
menyuplai kebutuhan air berasal dari mata air Baumata. Selain itu, PT
Angkasapura dan AURI pun ikut memanfaatkan jasa dari kawasan ini. Di
batas luar kawasan terdapat sebuah bak penampung air yang disambung
dengan beberapa pipa berbagai ukuran yang mengalirkan air ke masing-
masing pihak pemanfaat tersebut.

B . Penelitian Yang Relevan

Penelitian yang telah dilakukan merupakan penelitian yang dilakukan dengan
mengikuti beberapa penelitian sebelumnya yang memiliki kemiripan dalam judul,
prosedur dan hasil yang hampir sama atau serupa. Penelitian-penelitian ini
dijadikan acuan dalam melakukan penelitian lanjutan.

24
 Tabel 2.1.Penelitian relevan yang sudah dilaksanakan

No Peneliti Judul penelitian Hasil atau kesimpulan

Nama jurnal

Orryani Lambui, Isolasi Dan Identifikasi 1. Diperoleh 5 isolat dengan kode isolate
1 Magfirahtul Jannah, Bakteri Tanah Di Hutan DKL 1, DKL 2, DKL 3. DKL 4, dan DKL
(2017) Sekitar Danau Kalimpa̕̕ a, 5
Kawasan Taman Nasional 2. Isolat terpilih merupakan anggota
(Journal of Natural Lore Lindu, Sulawesi kelompok bakteri gram negative dengan
Science Vol 6(1) :73- Tengah bentuk sel cocus dan bacil, ada yang
82) bersifat motil dan non motil

2 Siti Khadijah Isolasi Bakteri Penghasil Hasil pengujian secara in vitro menunjukkan
Nasution (2011) Antimikroba Dari Sampel bahwa ekstrak methanol dan n-heksana
Tanah Taman Wisata isolate S3T23-3 aktif terhadap E. Coli, C.
Alam Sibolangit Dan albinus, dan G. boninense sedangkan
(Tesis) Kemampuannya terhadap S. aures hanya methanol
Menghambat
Pertumbuhan Mikroba
Patogen, Sumatera Utara,
Medan.

3 Arief Pambudi, Nita Isolasi Dan Karakterisasi o Dari ketiga lokasi, diperoleh 59 isolat dan
Noriko, Endah Bakteri Tanah Sawah Di 5 diantaranya berpotensi sebagai PGPR
Permata Sari (2016) Kecamatan Medan Satria karena kemampuan fiksasi Nitrogen
Dan Bekasi Utara, Kota melarutkan Fosfat, katalase positif, dan
( JurnalAl-Azhar motil.
Indonesia Seri Sains Bekasi, Jawa Barat
o Dari kelima isolate potensial 3 isolat
Dan Teknologi, Vol merupakan bakteri gram positif.
3( 4) : 187-195)
4 Ilham, Ida Bagus Isolasi Dan Identifikasi  Berdasarkan hasil isolate bakteri pada
Gede Darmayasa, I Bakteri Pelarut Fosfat tanah konvensional dan tanah organic di
Gusti Made Oka Potensial Pada Tanah dapatkan 2 isolat bakteri pada tanah
Nurjaya, Retno KonvensionalDan Tanah konvensional dan 4 isolat bakteri pada
Kawuri (2014) Organik tanah organik
Kecamatan Kuta Selatan,  Berdasarkan hasil identifikasi dengan
JURNAL Badung-Bali menggunakan Kit MicrogenTM GnA+B-ID,
SIMBIOSIS Vol system isolate TKO2 teridentifikasi
2(1) : 173-183 sebagai Yersinia sp, dengan cirri
makrokopis koloni tidak teratur berwarna
bening mengkilap dengan tengah koloni
putih, permukaan rata, tepi berombak.

25
5 Nur indah sari Isolasi Dan Identifikasi Hasil penelitian menunjukan bahwa tanah
(2014) Bakteri Tanah Di Kecamatan Pattallassang Kabupaten Gowa
Kecamatan Pattallassang mengandung beberapa genus bakteri tanah,
(Skripsi) Kabupaten Gowa,
diperoleh 14 isolat bakteri yang terdiri dari 9
Makassar
genus .

6 Ni Putu Ristiati, Ida Isolasi Dan Karakterisasi Genus bakteri yang berhasil di identifikasi
Ayu Putu Suryanti, I Bakteri Tanah Pada berjumlah 10 genus bakteri, diantaranya
Made Yogi Indrawan Tempat Pemrosesan Akhir Acetobacter, Paracoccus, Bacillus,
Agrobacterium, Zooglea, Lactobacillus,
Di Desa Bengkala
( Jurnal Matematika, Alcaligenes, Acinetobacter, Microbacterium
Sains, Dan Kabupaten Buleleng, Bali Dan Carnobacterium.
PembelajarannyaVol
12(1) : 64-77)

7 Inherni Marti Abna, Isolasi dan Karakterisasi Berdasarkan penelitian yang telah
Putu Gita Maya Bakteri Tanah Di dilaksanakan didapatkan 4 isolat bakteri
Widyaswari Kelurahan Kampung dengan rata-rata populasi bakteri yaitu sampel
Mahayasih, Mellova Melayu, Jakarta Timur (KMI1) 5,6 x 108 CFU, kemudian sampel
Amir (2020) (KM2) 1,25 x 109CFU, sampel (KM3) 7,9 x
108CFU, dan sampel (KM4) 1,75 x 109CFU.
(Jurnal Archives Setelah dilakukan identifikasi mikrokopis,
pharmacia Vol 2 didapatkan tiga bentuk sel bakteri berbentuk
(2) : 102-111 coccus dan dan satu bentuk bacillus yang
terdiri atas satu bakteri Gram negatif dan tiga
bakteri Gram positif.

BAB III

METODE PENELITIAN

A. Waktu Dan Tempat Penelitian

26
 Proses pengambilan sampel tanah dilakukan di kawasan TWA Baumata,
Desa Baumata, Kecamatan Taebenu, Kabupaten Kupang. Penelitian ini akan
dilaksanakan pada bulan Juni 2021 di laboratorium Bioscience, Universitas Nusa
Cendana Kupang.

B. Alat Dan Bahan

1. Alat

Alat yang digunakan dalam penelitian adalah: ice box, meteran,

kamera, bor, hot plate, buku tulis, gelas beker, oven, autoclaf, inkubator,soil
tester, tabung reaksi, tabung durham, spatula, cawan petri, kaca objek, jarum
ose, pipet, vortex, lampu bunsen,dan mikroskop.

2. Bahan

Bahan yang digunakan untuk penelitian ini meliputi: sampel tanah,

aquades,kertaslabel, kantong pastik, medium Nutrient Agar (NA), Nutrient
Broth (NB), Lactosa Broth (LB), gliserol, alkohol 96%, NaCl Fisiologi,
larutan kristal violet, larutan mordan, dan larutan safranin, Triple Sugar Iron
Agar (TSIA), Simmon Citrate(SC), larutan H2O2.

C. Desain Penelitian

Penelitian ini merupakan penelitian deskriptif yang terdiri dari isolasi, dan
karakterisasi yang meliputi uji mikrobiologis (secara makroskopis dan
mikroskopis) serta uji biokimiawi yang meliputi uji (Uji TSIA, Uji METIL Red,
Uji Sitrat, Uji Katalase).

D. Prosedur Kerja

1. Persiapan

a. Menyiapkan alat dan bahan

27
 Seluruh alat dan bahan yang digunakan dalam mengisolasi dan karakterisasi
disiapkan terlebih dahulu.

b. Sterilisasi alat
Seluruh alat gelas yang digunakan dibungkus dengan kertas, lalu disterilisasi
menggunakan autoklaf pada suhu 121ºC dengan tekanan 2 atm selama 20
menit.
c. Pembuatan Medium
Medium Nutrient Agar (NA), Nutrient Broth (NB) dan Lactosa Broth (LB)
ditakar sesuai kebutuhan, kemudian dipanaskan sampai larut. Medium
disterilisasi menggunakan autoklaf pada suhu 121ºC dengan tekanan 2 atm
selama 15 menit (Cappuccino and Sherman, 2008).
2. Pengambilan sampel tanah (Saraswati dkk, 2007dalamLambui & Janah,
2015)

Pengambilan sampel tanah dilakukan secara random sampling di

beberapa area kecil yaitu tanah disekitar perakaran tumbuhan.
a. Dibersihkanpermukaan tanahdari serasah, kemudian dilakukan
pengukuran PH dan kelembaban tanah menggunakan soil tester.
b. Diambil sampel tanah menggunakan bor dengan kedalaman 5 cm, dan
tanah yang berada dalam bor diambil menggunakan spatula.
c. Dimasukkan kedalam plastik sampel (plastik klip) dan disimpan dalam
ice box di tutup rapat kemudian dibawa ke laboratorium. Seluruh
proses pengambilan sampel dilakukan dalam keadaan steril.

3. Isolasi bakteri tanah

Isolasi bakteri tanah dilakukan dengan metodespread plate (Lambui

dkk, 2015). Sebanyak 10 g sampel tanah dimasukkan ke dalam 90 ml medium
NB, kemudian diinkubasi 1-2 hari pada suhu 37°C, dilanjutkan dengan
pengenceran menggunakan NaCl fisiologis 0,8%. Sebanyak 1 ml sampel

28
 diencerkan terhadap 9 ml NaCl fisiologis 0,8%, kemudian diulang hingga
mencapai tingkat pengenceran 10-12. Masing-masing pengenceran 10-8-10-12
diambil 0,1 ml untuk disurface spread plate pada medium NA dan diinkubasi
pada suhu 370C selama 1-2 hari. Koloni bakteri yang tumbuhterpisah
selanjutnya dimurnikan menggunakan metode streak plate pada medium NA.
Isolat murni kemudian diidentifikasi berdasarkan karakteristik yang mengacu
pada Bergey’s Manual of Determinative of Microorganism (Sneath et al.,
1986).

4. Karakterisasi Isolat (Lambui & Janah, 2015)

a. Uji mikrobiologis meliputi pengamatan morfologi secara makroskopis dan

mikroskopis. Pengamatan makroskopis dilakukan dengan mengamati secara
langsung ciri-ciri koloni bakteri isolate menggunakan mikroskop, meliputi:
ukuran, warna, bentuk, margin, dan elevasi koloni (Lay, 1994). Pengamatan
mikroskopis dilakukan dengan mengamati bentuk sel bakteri yang telah
diwarnai melalui pewarnaan Gram dan uji motilitas.
1) Pewarnaan gram : gelas objek dibersihkan dengan alkohol 96%
kemudian difiksasi diatas lampu spiritus, selanjutnya isolate aktif
diambil secara aseptic dan diletakkan di atas gelas objek lalu
diratakan. Difiksasi kembali di atas lampu spiritus. Setelah dingin
diteteskan larutan kertas violet (Gram A) 2-3 tetes selama 1 menit,
kemudian dicuci dengan air mengalir dan dikeringkan. Setelah itu
ditetesilarutan mordan (Gram B)1 menit, dicuci dengan air mengalir
dan dikeringkan. Kemudian ditetesi dengan larutan asetol-alkohol
(Gram C) 30 detik,dicuci dengan air mengalir dan dikeringkan.
Terakhir ditetesi dengan larutan Safarin (Gram D) 2 menit.
Pengamatan dilakukan di bawah mikroskopdengan pembesaran
objektif 100x10 menggunakan minyak emersi, dimana bakteri Gram
positif berwarna ungu, sedangkan Gram negatif berwarna merah.

29
 2) Uji motilitas : sebanyak 2 ml medium NA (konsentrasi agar 0,5%)
dimasukkan ke dalam tabung dan dipadatkan. Selanjutnya bakteri
isolate diinokulasi dengan cara tusukan tegak menggunakan jarum
ose pada medium NA dan diinokulasi selama 24 jam. Bakteri bersifat
motil jika pertumbuhannya menyebar ke seluruh media, tidak hanya
pada daerah tusukan, sedangkan bakteri non motil ditandai tidak
adanya penyebaran bakteri di daerah sekitar tusukan ose.
b. Uji biokimiawi meliputi uji pembentukan gas dari fermentasi karbohidrat .
Aktivitas biokimia atau metabolism adalah berbagai reaksikimia yang
berlangsung dalam tubuh makhluk hidup untuk mempertahankan hidup (Sari,
2014).
1) Uji TSIA (triple sugar iron agar)
Isolat murni sebanyak satu ose digoreskan pada permukaan agar
miring dan diinkubasi pada suhu 370C selama 1 x 24 jam.
2) Uji Metil Red
Isolat murni diambil sebanyak satu ose dimasukkan ke dalam
medium dan dihomogenkan setelah itu diinkubasi pada suhu 370C
selama 3 x 24 jam dan ditambahkan metil red.
3) Uji Voges Proskauer
Isolat murni diambil sebanyak satu ose dimasukkan ke dalam
medium dan di homogenkan. Diinkubasi pada suhu 37 0C selama 3 x 24
jam kemudian ditambahkan pereaksi alfa-naftol dan KOH.
4) Uji Citrat
Isolat murni sebanyak satu ose digoreskan pada medium agar
miring dan diinkubasi pada suhu 37 0Cselama 1 x 24 jam.
5) Uji Katalase
Isolat murni diletakkan di atas gelas objek kemudian di tetesi
dengan H2O2 , lalu diamati ada tidaknya gelembung gas yang
dihasilkan.

30
 5. Pembuatan Stok Bakteri Isolat

Kultur murni yang berhasil diisolasi kemudian disimpan pada NA miring

dengan 20% gliserol pada suhu 4ºC sebagai koleksi bakteri isolat (Aanniz dkk.,
2015).

D. ANALISA DATA
Data yang diperoleh dianalisis secara deskriptifdanditabulasi dalam bentuk
tabel dan gambaryang mengacu pada buku Bergey’s Manual ofDeterminative of
Microorganism.

31
 BAB IV

PENUTUP

Diagram Alir Penelitian

1. Persiapan

a) Menyiapkan alat dan bahan

b) Sterilisasi alat

Alat gelas

 Alat gelas dibungkus dengan

alumunium foil
 Disiapkan autoklaf

Dimasukan dalam
Alat steril
autoklaf

c) Pembuatan medium

Nutrient agar (NA),

Nutrient Broth (NB)
Lactosa Broth
 Ditakar sesuai kebutuhan
 Dilarutkan dalam aquades

Hot plate

 Dipanaskan
 Dihomogenkan
 Didinginkan

Autoklaf

32
2. Pengambilan sampel tanah

Tanah

 Dibersihkan dari serasah

 Diukur PH, kelembaban menggunkan
soil tester

Sampel tanah

 Diambil menggunakan bor kedalaman 5

cm
 Diambil menggunakan spatula
 Dimasukan dalam plasik klip
 Disimpan dalam ice box

Laboratorium

3. Isolasi bakteri tanah

Sampel tanah

Diambil 10 g sampel tanah

Medium NB

 Dimasukkan
 Diinkubasi1-2 hari

Pengenceran 101-1012

Menggunkan NaCl Fisiologis

0,8%
Pengenceran 108-1012

 Diambil 0,1 ml untuk di surface spread plate

 Diinkubasi pada suhu 370C selama 1-2 hari

33
 Koloni bakteri
4. Karakterisasi isolate
Dimurnikan pada medium NA miring
Karakterisasi isolat
Karakterisasi

Uji Mikrobiologis Uji Biokimiawi

 Uji TSIA
Makroskopik Mikroskopik  Uji SIM
 Uji METIL Red
k
 Uji Sitrat
 Uji Katalase
Meliputi ukuran,  Pewarnaan
warna, bentuk, gram
margin, dan  Uji motilitas
elevasi koloni

34
 DAFTAR PUSTAKA

Aanniz, T., Ouadghiri, M., Melloul, M., Swings, J., Elfahime, E., Ibijbijen, J., Ismaili,
M., and Amar, M. 2015. Thermophilic Bacteria in MoroccanHot
Springs, Salt Marshes and DesertSoils, Braz Journal Microbiol., 46
(2) 443–53.

Abdulkadir, M., Waliyu, S. 2012. Screening and Isolation of the Soil Bacteria for
Ability toProduce Antibiotics, European Journal of Applied Sciences
4 (5) 211-215.

Ambarwati., Gama T. A. 2009. Isolasi Actinomycetes Dari Tanah Sawah

SebagaiPenghasil Antibiotik.Jurnal Penelitian Sains & Teknologi, 10
( 2) 101–111.
Bambang, P.2012. Teknik Bioremedasi Sebagai Alternative Dalam Upaya
Pengendalian Pencemaran Air. Jurnal Ilmu Lingkungan, 10 (1) 38-48
Bibiana, W. L.1994. Analisis Mikroba di Laboratorium.PT. Raja Grafindo
Persada.Jakarta.
Brock, T. D., Madigan, M.T., Martinko,J. 2003. Biology of Microorganisms. Sixth
edition. Prentice Hall. New York.
Cappuccino, J. G., and Sherman, N. 2008.Microbiology: A Laboratory Manual,
Pearson, New York.
Davies, C. and B. Williams.1999. Genus Bacillus in Bergeys manual of systematic
bacteriology sneath. PH. Ed Williams and Wikins Company
Baltimore.

Dwidjoseputro. 2005. Dasar-dasar Mikrobiologi. Djambatan. Yogyakarta

Feni, E., Ledo, M. E., & Hendrik, A. C. 2019. Keanekaragaman Mikrofungi Tanah Di
Taman Wisata Alam Baumata Desa Baumata Kecamatan Taebenu
Kabupaten Kupang. Jurnal Pendidikan Dan Sains Biologi ,2 (1) 21-
33.
Glick, B. R.1995. The Enhancement Of Plant Growht By Free-Living Bacteria, Can.
Journal Microbial., 4 (2) 109-117.
Hafsah. 2011. Mikobiologi umum. Alauddin University Press. Makassar

35
Hanafiah, K. A., Napoleon, A., Nuni, G.2010. Biologi Tanah Ekologi
danMikrobiologi Tanah. PT .Raja Grafindo Persada. Jakarta

Holt, J. G and N. R. Krieg. 2000. Bergey’s Manual Of Determetive Bacteriology. 9th

Edition. Lippicontt Williams & Wilkins. A Wolters Kluwer Company.
Philadelphia. USA .
Horman, J. J. 2011. The Role of Soil Bacteria.The Ohio State University.page 1-4.
Bbksdantt. 2020. Profil TWA. Http://www.batukar.info/wiki/geografis-NTT,Diakses
pada tanggal 10 Maret 2020
Ilham., Mayasa, I. B., Nurjaya, I. G., & Kawuri, R. 2014. Isolasi Dan Identifikasi
Bakteri Pelarut Fosfat Potensial Pada Tanah Konvensional Dan Tanah
Organik. Jurnal Simbiosis , 2 (1) 178-183

Kismiyati, S., Subekti, R.W.N. Yusuf, dan R. Kusdarwati. 2009. Isolasi dan
Identifikasi Bakteri Gram Negatif pada Luka Ikan Maskoki
(CarassiusAuratus) Akibat Infestasi Ektoparasit Argulus sp. Jurnal
Ilmu Perikanandan Kelautan, 1(2): 129-134.
Kloepper, J. W., Mahaffee, J. A., Mcinroy, and Bacman, P. A. 1991.Comparative
Analysis of IsolationMethode for Recovering Root-Colonizing
Bacteria from Roots, In Keel, C., Koller, B., and Defagos, G. (Eds.),
pp.252-255.
Kusnadi, P., Syulasmi, A., Purwianingsih, W., & Diana. 2003. Mikrobiologi. Jurusan
Pendidikan Biologi. FPMIPA-UPI. IMSTEP.
Lambui, O., & Janah, M. 2017. Isolasi dan Identifikasi Bakteri Tanah di Hutan
Sekitar Danau Kalimpa’a, Kawasan Taman Nasional Lore Lindu,
Sulawesi Tengah.Online Journal of Natural Science , 6 (1) 73 – 82.
Lay, B. 1994. Analisis Mikroba di Laboratorium. PT Raja Grafindo Persada.Jakarta
Ledo, S., & Seran, W. 2019. Keanekaragaman Tumbuhan Obat Wisaata Alam
Baumata Serta Pemanfaatanya Oleh Masyarakat Lokal Di Kabupaten
Kupang Nusa Tenggara Timur. Jurnal Agribisnis Perikanan ,11 (2)
299-310.

Madeuno, L., Coppotelli, B. M., Alvarez, H. M., Morelli, I. S. 2011. Isolation and
characterization of indigenous soil bacteria for bioaugmentation of
PAH contaminated soil of semiarid Patagonia, Argentina.
InternationalBiodeterioration & Biodegradation 65(2) 345-351.

Mulyani, 2002. Pupuk dan cara pemupukan. Rineka Cipta. Jakarta

Nasution, S. K. 2011. "Isolasi Bakteri Penghasil Antimikroba Dari Sampel Tanah
Taman Wisata Alam Sibolangit Dan Kemampuannya Menghambat

36
 Pertumbuhan Mikroba Patogen". Tesis. FMIPA, Universitas Sumatera
Utara, Medan.

Nurjanna.2001. Isolasi, Identifikasi, Dan Penentuan Jumlah Bakteri Asal Tambak

Tanah Gambut. Buletin Teknik Pertanian Vol. 6. Nomor 2
Pambudi, A., Noriko, N., & Sari, E. P. 2016. Isolasi Dan Karakterisasi Bakteri Tanah
Sawah Di Kecamatan Medan Satria Dan Bekasi Utara, Kota Bekasi,
Jawa Barat. Jurnal Al-Azhar Indonesia Seri Sains Dan Teknologi , 3
(4) 187-195.
Panagan, A. T. 2011. Isolasi Mikroba Penghasil Antibiotika Dari Tanah Kampus
Unsri Indralaya Menggunakan Media Ekstrak Tanah.Jurnal Penelitian
Sains, 14 (3) 37-40
Pratiwi, S . T. 2008. Mikrobiologi Farmasi. Fakultas Farmasi UGM. Yogyakarta

Prihastuti, 2011. Struktur Komunitas Mikroba Tanah Dan Implikasinya Dalam

Mewujudkan Sistem Pertanian Berkelanjutan. Struktur Komunitas
Mikroba :El-Hayah, 1 (4) 174-181
Reid G and Wong P. 2005. Soil Bacteria Basic. Department of Primary Industries.
State of New South Wales.

Saraswati, R., Husen, E., dan Simanungkalit, R. D. M.2007. Pengambilan Contoh

Tanah untukAnalisis Mikroba, Dalam: Metode Analis Biologi Tanah,
Balai BesarPenelitian dan PengembanganSumberdaya Lahan
Pertanian, Bogor.

Sardiani N., Litaaly M., Budji R.G., Priosambodo D., Syahribulan and Dwiyana.,
2015 Potensi Tunikata Rhopaleae sp Sebagai Sumber Inokulum
Bakteri Endosimbion Penghasil Anti Bakteri : 1 Karaktersisasi Isolat,
Jurnal Alam dan Lingkungan, 6-(11):1-10.
Saputra, Y. 2016. Analisis Pengaruh Two Stage Coagulation, Dengan Memakai Biji
Kelor ( Moringga Oleifera) Dalam Menurunkan Kadar Logam FE
dan MN Pada Air Tanah.Skripsi. Program Studi Teknik Lingkungan
Fakultas Teknik. Universitas Andalas. Padang.
Sari, D. R. (2015). Isolation And Identification Soil Bacteria Around Plant Roots.
Jurnal Bio-Site, 1 (1) 21-27.

Sari, N. I. 2014. “Isolasi Dan Karakterisasi Bakteri Tanah di Kecamatan Pattalassang

Kabupaten Gowa”.Skripsi. Biologi, Uin Alauddin Makassar,
Makassar

37
Sneath, P. H. A., Mair, N. S., Sharpe, M. E., and Holt, J. G. (eds), 1986.Bergey’s
Manual of SystematiBacteriology Volume 2, Williams and Wilkins,
Baltimore.
Surakusumo,W.2017.Sumber Belajar Penunjang PLPG 2017 Mata Pelajaran /Paket
Keahlian Teknik Produksi Hasil Hutan, Kementrian Pendidikan dan
Kebudayaan Direktorat Jenderal Guru dan Tenaga Kependidikan.
Jakarta.
Subandi,M. 2014. Mikrobiologi Kajian Dalam Perspektif Islam.PT Remaja
Rosdakarya offset : Bandung, hal. 55
Suriaman, E. 2010. Potensi Bakteri Endofit Dari Akar Tanaman Kentang (Solanum
Tuberosum) Dalam Memfiksasi N2 Di Udara Dan Menghasilkan
Hormon IAA (Indole Acetid Acid) Secara In Vitro. Skripsi. UIN
Maulana MalikIbrahim. Malang.
Tallo, G. R. P. 2016. Analisis Vegetasi Taman Wisata Alam Baumata Kabupaten
Kupang Provinsi Nusa Tenggara Timur. Tesis. Fakultas Kehutanan
Universitas Gadjah Mada, Yogyakarta.
Trimulyono, G.2010.Bakteri Asam Laktat Penghasil Antimikrobia pada Tanaman
Sayur. Tesis. ProgramStudi Biologi Program PascasarjanaFakultas
Biologi Universitas GadjahMada, Yogyakarta.
Waluyo, L. 2008. Teknik Metode Dasar Dalam Mikrobiologi.Universitas
Muhammadiyah Malang. Malang
Winarso. 2005. Dasar-dasar Ilmu Tanah. Rineka Cipta. Jakarta

38