PRESENTASI

BIOKIMIA – ASAM AMINO DAN PROTEIN

ASAM AMINO
Asam Amino merupakan monomer penyusun protein yang berupa
senyawa dengan gugus karboksil dan gugus amina.
Berikut ini adalah struktur umum dari asam amino:
Bisa dilihat disitu ada COO- yang berupa gugus karboksil dan NH3+
yang berupa gugus amina serta yang dibagian bawah adalah R yang
merupakan rantai samping.
Jumlah asam amino di alam ini sebenarnya sangat banyak, namun
yang digunakan untuk menyusun protein itu hanya 20. Dari ke 20
asam amino tersebut hanya berbeda pada rantai samping (R) saja.
Ini adalah salah satu contoh struktur asam amino Lysine
dimana gugus R atau rantai sampingnya itu dimulai dari CH2 (beta
sheet) ke kiri. Kemudian untuk penomorannya atom C nomor 1
dimulai dari atom C karboksil, sehingga di sebelahnya C karboksil itu
berarti atom C 2 3 4 dst, atom C2 biasa juga disebut dengan atom C
alpha.
Pengelompokan Asam Amino:
Pengelompokan asam amino ini bisa dikelompokkan berdasarkan
rantai sampingnya atau gugus R. ada 5 kelompok besar asam amino
yaitu:
1. Asam amino nonpolar alifatik
Struktur amino nonpolar alifatik berarti R nya berupa rantai
lurus
2. Asam amino polar netral
 Asam amino polar netral ini berarti memiliki momen dwi kutub
dari rantai sampinya. Biasanya ciri-cirinya ada atom O dan atom
S. contohnya disitu ada serine, Threonine, dst.
3. Asam amino bermuatan negative
Asam amino bermuatan negative itu biasanya memiliki gugus
karboksil tambahan di bagian rantai sampingnya yaitu COO
sehingga muatannya bisa menjadi negative.
4. Asam amino bermuatan positif
Asam amino positif berarti tambahannya adalah gugus amina
makanya bisa menjadi NH3+
5. Asam amino aromatik
Asam amino aromatik itu berarti rantai sampingnya berupa
senyawa aromatik. Senyawa aromatik itu berarti senyawa
cincin atau siklik yang memiliki ikatan rangkap yang selang
seling atau disebut juga ikatan rangkap terkonjugasi.

Pengelompokka asam amino berdasarkan kemampuan tubuh dalam

mensintesis:
1. Asam amino essensial: asal katanya adalah essensial yang
berarti penting, artinya bahwa asam amino tersebut harus ada
pada makanan yang dikonsumsi. Kenapa harus ada dalam
makanan? Karena pada asam amino essensial ini, tubuh tidak
dapat mensintesis atau memproduksi protein secara alami.
2. Asam amino nonessential: artinya asam amino yang dapat
disintesis atau diproduksi secara alami oleh tubuh.
Daftar asam amino yang essential dan nonessential dapat
dilihat pada tabel disebelahnya.
Penamaan asam amino
Berdasarkan IUPAC asam amino dapat ditulis lengkap atau dalam
singkatan tiga huruf dan singkatan satu huruf. Jika kita merujuk pada
penamaan IUPAC maka nama asam amino tersebut sangatlah
panjang dan sulit untuk diingat, makanya penamaan yang sering
digunakan adalah penamaan umum namun oleh IUPAC sendiri
penamaan umum tersebut telah diakui.
Sifat penting dari asam amino
1. Optis aktif
Optis aktif ini artinya membentuk bayangan cermin. Bayangan
cermin yang terbentuk ini akan menggunakan atom C alpha, C
alpha berarti atom C yang nomor 2 dari pusat kiral atau atom C
pusat.
Akibat dari sifat ini maka kita akan mengenal yang namanya
asam amino L-Alanine misalnya ada konformasi L kemudian
ada juga konformasi D. kalau disitu bisa dilihat L-Alanine dan D-
Alanine.
Khusus untuk glysine itu tidak memiliki isomer optis, karena
glysine itu rantai sampingnya H, sementara syarat untuk
memiliki isomer optis itu harus memiliki atom C kiral (atom C
pusat), smentara atom C kiral itu harus mengikat 4 molekul
yang berbeda. Sedangkan kalau H itu berarti C alpha dari
glysine itu hanya mengikat tiga atom yang berbeda, bukan
mengikat 4 molekul yang berbeda.
2. Zwitter ion
Maksudnya disini adalah asam amino itu bisa berupa ion
positive dan bisa berupa ion negatif. Ion postifnya dari mana?
Yaitu dari gugus amina, kalau ion negatif dari karboksilat. Jika
asam amino berada dilarutan asam, maka yang terbentuk
adalah ion positif. Kenapa ion positif? Karena H+ dari larutan
asam akan berikatan dengan COOH sehingga awalnya COO-
 menjadi COOH, sedangkan NH3+ nya tidak mengalami
perubahan. Sehingga yang tersisa hanya NH3+ saja.
Sebaliknya jika berada pada larutan basa maka asam amino
akan berbentuk ion negative, karena ion OH- dari larutan basa
akan menarik satu H+ dari NH3+, akibatnya nari NH3+ akan
berubah menjadi NH2. Sedangakan COO- tetap, sehingga
muatannya menjadi negative.
3. Berperan sebagai asam dan basa
Ini sama seperti zwitter ion yang sudah saya jelaskan tadi ada
pengaruh larutan asam dan basa.
4. Memiliki pH Isoelektrik
Dimana suatu asam amino berada dalam keseimbangan antara
yang bermuatan positif dan negative.

PEPTIDA
Peptida itu bisa terbentuk dari 2 atau lebih asam amino yang
dihubungkan dengan adanya ikatan peptida, biasanya dikatakan
peptida ketika beratnya masih belum mencapai 10.000 Dalton.
“nah ini bagaimana pembentukan ikatan peptida itu bisa
terjadi. Jadi dari karboksil asam amino pertama dengan amina dari
asam amino ke dua itu akan membentuk ikatan kovalen antara atom
C dan atom N menghasilkan H2O.”
Jika tersusun dari 2 asam amino, maka dikatakan sebagai
dipeptida, jika ada tiga asam amino maka disebut tripeptida, empat
tetrapeptida, lima pentapeptida, dst.
Penamaan Peptida
Kalau misalnya satu asam amino saja kita bisa sebut itu katakanlah
glysine, alanine, dst. Tapi kalo misalnya dipeptida ada gabungan dua
berarti kita butuh tata namanya lagi.
Contoh dari tatanama peptida, misalnya ada lima buah asam amino
dimulai dari ujung N sampai ujung C. ujung N berarti gugus amina,
gugus C berarti gugus karboksil, maka asam aminonya akan
diurutkan dari ujung N ke ujung C, jadi bukan sebaliknya. Misalnya ini
terdiri dari 5 asam amini, ada : Ser – Gly – Tyr – Ala – Leu, maka
penamaan peptidanya menjadi Serilglisiltirosinilalanilleusin. asam
amino yang di awal akan diganti menjadi L, misalnya Serine diganti
menjadi Seril dan seterusnya sampai asam amino terakhir baru tetap
menggunakan nama yang sebenarnya.
Fungsi Peptida
Fungsi peptida sendiri sebenarnya ada banyak, namun disini salah
duanya adalah berfungsi sebagai:
1. Hormon, contoh umunya adalah:
a. Insuline, berfungsi untuk memicu sel untuk menggunakan
glukosa sebagai bahan bakar sel. Insulin = 2 rantai, 30 dan 21
asam amino
b. Glukagen, memiliki fungsi kebalikan dari insulin
c. Bradikin, berfungsi untuk menghambat pembengkakan
jaringa, 9 asam amino.
2. Toxin (racun), ada peptida yang bertindak sebagai racun atau
toxin, biasanya dikenal dengan bioaktive peptida.
a. Antibakteri
b. Antijamur
c. Antivirus

PROTEIN
Polimer alami dari asam amino yang dihubungkan dengan ikatan
peptida dan memiliki berat molekul lebih dari 10.000 Dalton.
Tingkatan Struktur Protein
1. Primer
 Struktur 2D yang hanya berisi urutan asam-asam amino. Jadi
hanya ada ikatan peptida dan ikatan kovalen yang lain.
2. Sekunder
Struktur 3D hasil pelipatan dari protein akibat adanya ikatan
hydrogen antara O-karboksil dan N-amina. Struktur sekunder
terdiri dari 2 jenis yaitu alpha helix dan beta sheet. Beta sheet
sendiri terdiri dari dua yaitu paralel dan antiparalel.
3. Tersier
Struktur 3D hasil pelipatan suati rantai protein akibat adanya
ikatan hidrogen, ion, disulfida, gaya vanderwalls, kemudian
ikatan hirofobik.
4. Kuartener
Struktur 3D hasil pelipatan 2 atau lebih rantai protein akibat
ikatan hidrogen, ion, disulfida, gaya vanderwalls, kemudian
ikatan hirofobik.
Berbedanya dengan struktur tersier, kalau struktur tersier
hanya satu rantai sedangkan kalau struktur kuartener berarti
ada dua rantai atau lebih.

Gambaran dari struktur protein

Struktur primer hanya berisi urutan asam-asam amino,
Struktur sekunder berupa alpha helix dan beta sheet,
Struktur tersier berarti sudah membentuk lipatan yang
sempurna,
Struktur kuartener berarti tersusun dari dua buah rantai, dapat
dilihat dari struktur warna merah dan kuning itu menunjukkan
dua rantai yang berbeda.

Klasifikasi Protein Menurut Fungsinya

- Biokatalisator (enzim)
- Nutrient dan penyimpanan
- Protein struktural
- Protein pertahanan
- Protein penggerak/ kontraktil
- Protein transport, dan
- Protein pengatur.
Klasifikasi Protein Menurut Bentuknya
1. Protein Globular
2. Protein Serabut

THANK YOU