LAPORAN BIOKIMIA

“PANDANGAN MEKANISTIK TENTANG EVOLUSI ENZIM”

DISUSUN OLEH :
NAMA : MOHAMAD CAESAR DWI RIZQI ANSARY
NIM : 2111111210005
KELOMPOK : 1(OLFAKTORIUS)

LKMM-TD 2021
FAKULTAS KEDOKTERAN GIGI
UNIVERSITAS LAMBUNG MANGKURAT
 BAB 1
PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Fungsi enzim baru sering berkembang melalui perekrutan dan
optimalisasi aktivitas promiscuous laten. Bagaimana mutasi mengubah
arsitektur molekul enzim untuk meningkatkan aktivitasnya? Bisakah kita
menyimpulkan mekanisme umum yang umum untuk sebagian besar enzim, atau
apakah setiap enzim memerlukan proses optimasi yang unik? Kemampuan
untuk memprediksi lokasi dan jenis mutasi yang diperlukan untuk
meningkatkan aktivitas enzim sangat penting untuk rekayasa protein dan desain
rasional. Dalam ulasan ini, melalui pemeriksaan terperinci dari studi terbaru
yang telah menjelaskan perubahan molekuler yang mendasari optimalisasi
fungsi enzim, kami memberikan perspektif mekanistik evolusi enzim. Kami
pertama-tama menyajikan survei global tentang prevalensi mutasi yang
meningkatkan aktivitas dan distribusinya dalam struktur protein. Kami
kemudian menyelidiki solusi molekuler yang memediasi optimasi fungsional,
secara khusus menyoroti beberapa mekanisme umum yang telah diamati di
beberapa contoh. Karena urutan protein yang berbeda menghadapi hambatan
evolusi yang berbeda, mekanisme yang berbeda kemungkinan akan muncul di
sepanjang lintasan evolusi menuju peningkatan fungsi. Mengidentifikasi
mekanisme spesifik yang perlu ditingkatkan, dan menyesuaikan upaya rekayasa
kami untuk setiap urutan, dapat sangat meningkatkan peluang kami untuk
berhasil menghasilkan katalis yang sangat efisien di masa depan. mekanisme
yang berbeda cenderung muncul di sepanjang lintasan evolusi menuju
peningkatan fungsi. Mengidentifikasi mekanisme spesifik yang perlu
ditingkatkan, dan menyesuaikan upaya rekayasa kami untuk setiap urutan, dapat
sangat meningkatkan peluang kami untuk berhasil menghasilkan katalis yang
sangat efisien di masa depan. mekanisme yang berbeda cenderung muncul di
sepanjang lintasan evolusi menuju peningkatan fungsi. Mengidentifikasi
mekanisme spesifik yang perlu ditingkatkan, dan menyesuaikan upaya rekayasa
 kami untuk setiap urutan, dapat sangat meningkatkan peluang kami untuk
berhasil menghasilkan katalis yang sangat efisien di masa depan.

1.2 Rumusan Masalah

Berdasarkan latar belakang masalah diatas maka rumusan masalah
penelitian ini adalah
1. Bagimana fungsi katatilik dioptimalkan oleh evolusi?
2. Apa yang meningkatkan mutasi aktivitas katalik?

1.3 Tujuan
Tujuan dari laporan ini adalah untuk meningkatkan pemahaman
tentang evolusi enzim dan meningkatkan keaampuan kita untuk merekaysa
katalis baru

1.4 Manfaat
Manfaat dari laporan ini adalah
1. Menambah wawasan kita dan memajukan pemahaman kita tentang fungsi
dan evolusi enzim
2. Dengan mengamati aksi katalisis, kita lebih tau fungsi evolusi enzim dan
tentang dasar molekuler evolusi enzim
 BAB 2
PEMBAHASAN
21.Pandangan Global Tentang Distribusi Mutasi Peningkat Aktivitas
Berasal dari berbagai upaya rekayasa enzim, fraksi mutasi yang
menguntungkan diperkirakan sangat rendah: penyaringan perpustakaan yang
dimutagenkan biasanya menghasilkan identifikasi kurang dari 10-20 mutasi yang
meningkatkan aktivitas. Perkembangan terbaru dalam platform analisis mutasi
skala besar, yaitu pemindaian mutasi dalam (DMS), sekarang memberikan
gambaran yang sistematis dan lebih statistik tentang distribusi efek kebugaran
(DFE) dalam protein. 59 , 60 DFE keseluruhan yang diukur selama beberapa
percobaan DMS di berbagai enzim target konsisten dengan pengamatan yang
disimpulkan dari kampanye evolusi enzim: ~60–70% mutasi bersifat merusak, 30–
40% bersifat netral, dan kurang dari 5% mutasi memberikan perbaikan dalam
fungsi. Perlu dicatat bahwa tekanan seleksi yang diterapkan selama DMS sering
digabungkan dengan pertumbuhan sel, sehingga DFE tidak hanya mencerminkan
perubahan aktivitas katalitik tetapi juga dalam ekspresi protein, stabilitas, dan
kelarutan. Namun, pengamatan ini harus dimasukkan ke dalam perspektif: dengan
asumsi urutan protein yang mencakup ratusan asam amino, bahkan persentase yang
sangat kecil dari semua substitusi yang tersedia masih dapat menghasilkan
keragaman mutasi yang menguntungkan. Misalnya, hampir 2% dari semua
kemungkinan substitusi titik tunggal dalam enzim 300 asam amino (5.700 varian)
masih akan sesuai dengan 114 mutasi menguntungkan yang tersedia. Memang,
dalam studi DMS dengan VIM-2 -laktamase, lebih dari seratus mutasi yang
menguntungkan dan mengubah spesifisitas diidentifikasi di 25 posisi berbeda,
Sementara fraksi mutasi menguntungkan sebagian besar konsisten terlepas dari
model enzim, distribusi mutasi menguntungkan pada struktur tersier tampaknya
sangat bervariasi di antara enzim. Dalam beberapa kasus, mutasi menguntungkan
mengelompok di sekitar situs aktif, misalnya, dalam studi DMS VIM-2 -laktamase,
23 dari 25 posisi yang mengandung setidaknya 1 spesifisitas mengubah mutasi
terletak dalam 15 dari ion seng katalitik.
 Secara keseluruhan, distribusi yang luas dari mutasi peningkatan aktivitas
pada struktur protein kemungkinan merupakan cerminan dari keberadaan beberapa
solusi untuk meningkatkan interaksi antara situs aktif enzim dan substratnya.
Mutasi di situs aktif dapat menghasilkan residu kritis yang berinteraksi dengan
substrat dan menstabilkan TS; namun, mutasi kulit kedua juga dapat membantu
menyempurnakan residu kunci di situs aktif dan/atau kantong pengikat agar lebih
melengkapi substrat target. Selain itu, mutasi permukaan dapat berfungsi dengan
mengubah dinamika konformasi menjadi konformasi yang lebih aktif secara
katalitik.
Selain itu, peningkatan katalitik di sepanjang lintasan evolusi sering kali
menunjukkan “hasil yang semakin berkurang”, suatu ciri dari proses optimasi
evolusioner di mana peningkatan kebugaran per mutasi besar pada putaran awal
evolusi tetapi kemudian menjadi lebih bertahap. efek mutasi dapat berubah dari
menguntungkan menjadi merugikan (atau timbal balik), tergantung pada ada
tidaknya mutasi lain. Jadi, ketika epistasis mengubah sifat mutasi, itu membatasi
aksesibilitas substitusi yang tersedia dan karenanya berdampak pada hasil evolusi.
Salah satu solusi yang dapat diakses untuk evolusi enzim adalah penciptaan
interaksi baru dengan substrat baru. Pengenalan residu baru di situs aktif dapat
mengubah interaksi elektrostatik dengan substrat dan meningkatkan katalisisnya.
Dalam beberapa kasus, pembentukan kelompok katalitik esensial diperlukan untuk
mencapai transisi fungsional radikal.
2.2.Mekanisme Molekuler Mutasi Peningkat Akivitas
Mekanisme evolusioner yang lebih umum untuk meningkatkan katalisis
adalah pembentukan kembali situs aktif. Mekanisme ini biasanya melibatkan
penyesuaian interaksi enzim-substrat untuk mempromosikan komplementaritas
geometris. Dalam hal ini, mutasi biasanya terjadi di sekitar situs aktif untuk
mengubah bentuk dan ukurannya secara keseluruhan, tanpa harus mempengaruhi
lingkungan elektrostatik atau mesin katalitik. Modifikasi situs aktif ini, tentu saja,
spesifik kasus: beberapa enzim memerlukan penyempitan rongga situs aktif untuk
mempromosikan kecocokan yang pas dengan substrat yang lebih kecil.
 Semakin banyak penelitian telah melaporkan evolusi enzim yang
dilakukan di laboratorium atau di alam. Di sini, kami menyoroti lebih dari 30
contoh yang memberikan wawasan molekuler terperinci tentang mekanisme
evolusi enzim Tak perlu dikatakan, masing-masing kasus ini menghadirkan solusi
genetik dan molekuler yang unik dan berbeda yang dihasilkan dari keragaman
atribut enzim yang luar biasa, misalnya, perancah dan arsitektur situs aktif, jenis
dan tingkat aktivitas asli, dan/atau penerimaan promiscuous laten. substrat.
Meskipun demikian, kami mengamati beberapa mekanisme menonjol yang umum
di antara contoh-contoh evolusi enzim ini. Sebagian besar contoh di sini tidak
bergantung pada mekanisme tunggal; sebaliknya, beberapa strategi tampaknya
diperlukan untuk menghasilkan enzim yang efisien. Dalam beberapa kasus, urutan
peristiwa yang ditentukan di sepanjang lintasan tampaknya penting: mutasi awal
terjadi di situs aktif untuk menghasilkan interaksi baru dengan substrat, sementara
kemudian dalam proses evolusi, Urutan peristiwa mutasi seperti itu sangat terkait
dengan epistasis; efek menguntungkan dari mutasi kemudian hanya menjadi nyata
setelah mutasi awal diperbaiki, yang dapat sangat membatasi aksesibilitas lintasan
evolusi. Untuk merekayasa dan merancang enzim baru dan efisien secara rasional,
sangat penting untuk dapat mengidentifikasi hambatan spesifik yang sedang
dihadapi, dan karenanya, menyesuaikan kebutuhan kita untuk mengatasi masalah
tersebut.

Solusi molekuler lain yang tidak dijelaskan dalam ulasan ini mungkin ada. Oleh
karena itu, penting untuk terus mengeksplorasi sistem enzim, menggunakan
evolusi terarah dan ASR, untuk memperluas pengetahuan kita tentang mekanisme
molekuler evolusi enzim. Secara khusus, studi tentang transisi fungsional yang
luas, seperti transisi yang menjembatani mekanisme katalitik yang berbeda atau
penelusuran kembali evolusi katalisis dari fungsi nonkatalitik, harus membuktikan
wawasan. Hal ini juga menarik untuk secara komprehensif mengeksplorasi
beberapa transisi evolusioner dalam superfamili enzim untuk mempelajari
bagaimana beragam fungsi telah muncul dari perancah yang sama. Sampai saat
ini, sebagian besar penelitian berfokus pada sistem enzim tunggal, namun,
memahami dinamika koevolusi di antara sistem enzim multimerik tetap
menantang. Selanjutnya, pengembangan teknologi baru yang berkelanjutan untuk
evolusi terarah, seperti generasi perpustakaan baru dan strategi sintesis, akan
memungkinkan kita untuk lebih efisien menghasilkan lintasan evolusi yang lebih
panjang dalam berbagai kondisi, dan karenanya, untuk menjelajahi area yang
lebih luas dari ruang urutan. Strategi ini termasuk penggabungan yang efektif dari
penyisipan dan penghapusan, 117 metode penyaringan throughput tinggi 118 ,
119 dan sistem evolusi berkelanjutan 120 , 121. Akhirnya, perluasan terus
menerus dari informasi urutan yang tersedia, termasuk sampel DNA
metagenomik, secara progresif mengisi celah kritis antara transisi fungsional yang
diamati di alam, yang hingga saat ini, hampir tidak mungkin untuk ditelusuri
kembali. Yang penting, analisis yang lebih mendalam sangat dibutuhkan untuk
meningkatkan pemahaman kita tentang mekanisme yang mendasari transisi
fungsional. Enzimologi tradisional dan teknik struktural seperti plot Brønsted, plot
Arrhenius, kinetika aliran berhenti, profil pH, efek isotop kinetik, kristalografi,
dan resonansi magnetik nuklir semuanya dapat digunakan untuk menghasilkan
pandangan resolusi atom yang diinformasikan secara kimiawi tentang bagaimana
mutasi secara langsung mempengaruhi fungsi protein. Di sisi lain, teknik biokimia
dan biofisik mutakhir, seperti kemajuan terbaru dalam MD, 97 , 122 femtosecond,
kristalografi multitemperature dan time-resolved dan single enzyme kinetics ,
harus memberikan penggambaran resolusi atom dari heterogenitas konformasi dan
katalitik dalam enzim, dan menginformasikan sejauh mana pengambilan sampel
dinamis. Dengan mengamati aksi katalisis, kita mungkin dapat memperoleh
wawasan luar biasa tentang dasar molekuler evolusi enzim dan menantang
pandangan klasik katalisis enzim. Kombinasi eksplorasi ruang urutan yang lebih
besar, peningkatan putaran evolusi terarah, dan karakterisasi molekuler terperinci
dari varian yang diperoleh di sepanjang lintasan, akan memberikan pandangan
komprehensif tentang hambatan evolusi yang perlu diatasi selama optimalisasi
fungsi enzim. Fungsi enzim baru sering berkembang melalui perekrutan dan
optimalisasi aktivitas promiscuous laten. Bagaimana mutasi mengubah arsitektur
molekul enzim untuk meningkatkan aktivitasnya? Bisakah kita menyimpulkan
mekanisme umum yang umum untuk sebagian besar enzim, atau apakah setiap
enzim memerlukan proses optimasi yang unik? Kemampuan untuk memprediksi
lokasi dan jenis mutasi yang diperlukan untuk meningkatkan aktivitas enzim
sangat penting untuk rekayasa protein dan desain rasional. Dalam ulasan ini,
melalui pemeriksaan terperinci dari studi terbaru yang telah menjelaskan
perubahan molekuler yang mendasari optimalisasi fungsi enzim, kami
memberikan perspektif mekanistik evolusi enzim. Kami pertama-tama
menyajikan survei global tentang prevalensi mutasi yang meningkatkan aktivitas
dan distribusinya dalam struktur protein. Kami kemudian menyelidiki solusi
molekuler yang memediasi optimasi fungsional, secara khusus menyoroti
beberapa mekanisme umum yang telah diamati di beberapa contoh. Karena urutan
protein yang berbeda menghadapi hambatan evolusi yang berbeda, mekanisme
yang berbeda kemungkinan akan muncul di sepanjang lintasan evolusi menuju
peningkatan fungsi. Mengidentifikasi mekanisme spesifik yang perlu
ditingkatkan, dan menyesuaikan upaya rekayasa kami untuk setiap urutan, dapat
sangat meningkatkan peluang kami untuk berhasil menghasilkan katalis yang
sangat efisien di masa depan.
 BAB 3
PENUTUP

3.1 Kesimpulan
1. Enzim akan selalu berevolusi dan terus berkembang melalui perekrutan
dan optimalisasi aktitivitas promiscous laten
2. Salah satu solusi yang dapat diakses untuk evolusi enzim adalah
penciptaan interaksi baru dengan substrat baru. Pengenalan residu baru di
situs aktif dapat mengubah interaksi elektrostatik dengan substrat dan
meningkatkan katalisisnya

3.2 Saran
Diharapkan dengan adanya laporan biokimia agar para pembaca dapat
mengetahui lebih banyak lagi tentang Enzim guna menambah wawasan untuk
pembelajaran.
 DAFTAR PUSTAKA

1. Yang G, Miton CM, Tokuriki N. A mechanistic view of enzyme evolution.

Protein Science. 2020; 29(4): 1724–1747.
2. Renata H, Wang ZJ, Arnold FH. Expanding the enzyme universe:
Accessing non‐natural reactions by mechanism‐guided directed evolution.
Angew Chem Int Ed Engl. 2015;54 :3351–3367.
3. Bhabha G, Biel JT, Fraser JS. Keep on moving: Discovering and
perturbing the conformational dynamics of enzymes. Acc Chem Res.
2015;48:423–430.
4. Maria‐Solano MA, Iglesias‐Fernández J, Osuna S. Deciphering the
allosterically driven conformational ensemble in tryptophan synthase
evolution. J Am Chem Soc. 2019;141:13049–13056.

5. Buller AR, Brinkmann‐Chen S, Romney DK, Herger M, Murciano‐Calles

J, Arnold FH. Directed evolution of the tryptophan synthase β‐subunit for
stand‐alone function recapitulates allosteric activation. Proc Natl Acad Sci
USA. 2015;112:14599–14604.

6. Murray RK, et al. Biokimia Harper. Edisi 27. Jakarta : Buku Kedokteran
EGC ; 2012

7. Campbell MK, Farrel SO. Biochemistry. Edisi 7. Belmont : Brooks/Cole

Cengage Learning; 2012.