Kinetika enzim 

adalah studi laju reaksi kimia terkatalisis enzim. Pada kinetika

enzim, laju suatu reaksi diukur, serta pengaruh dari berbagai variasi kondisi terhadap
reaksi tersebut diamati. Kajian kinetika suatu enzim dapat menjelaskan mekanisme
katalitik enzim tersebut, perannya dalam metabolisme, bagaimana aktivitasnya dikontrol,
dan bagaimana suatu obat atau suatu ligan pengubah (inhibitor atau aktivator) dapat
memengaruhi lajunya.
Enzim (E) biasanya adalah sebuah molekul protein yang mendorong suatu reaksi dari
molekul lain, substratnya (S). Substrat akan terikat pada sisi aktif enzim untuk
menghasilkan kompleks enzim-substrat ES, yang kemudian berubah menjadi kompleks
enzim-produk EP dan akhirnya menghasilkan produk P, melalui suatu keadaan
transisi ES*. Rentetan tahapan ini dikenal sebagai mekanisme enzimatik:
E + S ⇄ ES ⇄ ES* ⇄ EP ⇄ E + P
Contoh ini mengasumsikan kasus paling sederhana dari suatu reaksi dengan satu
substrat dan satu produk. Contoh kasus tersebut adalah mutase,
seperti fosfoglukomutase mengkatalisis perpindahan gugus fosfat dari satu posisi ke
posisi lain, dan isomerase, yang mana adalah nama umum bagi enzim yang
mengkatalisis reaksi apapun yang melibatkan satu substrat satu produk
(contohnya triosfosfat isomerase. Tetapi, enzim-enzim tersebut tidaklah umum, dan
sangat kalah jumlah jika dibandingkan dengan enzim yang mengkatalisis reaksi dua
substrat dua produk: di antaranya, sebagai contoh, NAD-
dependen dehidrogenase seperti alkohol dehidrogenase, yang mengkatalisis oksidasi
etanol oleh NAD+. Reaksi dengan tiga atau empat substrat atau produk lebih tidak
umum, tetapi ada. Tidak ada keharusan jumlah produk yang dihasilkan sama dengan
jumlah substrat yang digunakan; sebagai contoh, gliseraldehid 3-fosfat
dehidrogenase menggunakan 3 substrat dan menghasilkan 2 produk.
Ketika enzim mengikat banyak substrat, seperti dihidrofolat reduktase (ditampilkan di
sebelah kanan), kinetika enzim juga dapat menunjukkan urutan pengikatan substrat dan
urutan pelepasan produk. Contoh enzim yang mengikat substrat tunggal dan
melepaskan banyak produk adalah protease, ia memecah satu substrat protein menjadi
dua produk polipeptida. Sementara itu, enzim lain mengikat dua substrat menjadi satu,
seperti DNA polimerase yang mengikat nukleotida pada DNA. Meskipun mekanisme-
mekanisme ini sering kali adalah tahapan rentetan yang rutin, terdapat satu “tahapan
penentu laju” yang khas yang menentukan kinetika keseluruhan reaksi. Tahapan
penentu laju ini bisa berupa reaksi kimia atau perubahan konformasi dari enzim atau
substrat, yang mana terlibat dalam proses pelepasan produk dari enzim.
Pengetahuan mengenai struktur enzim sangat membantu dalam menafsirkan data
kinetika. Sebagai contoh, struktur enzim dapat memberikan kemungkinan-kemungkinan
bagaimana substrat dan produk terikat selama katalisis; perubahan apa yang terjadi
selama reaksi; dan bahkan peran residu asam amino tertentu dalam mekanismenya.
Beberapa enzim berubah bentuk secara signifikan selama mekanisme berlangsung;
untuk kasus ini, penentuan struktur enzim dengan dan tanpa analog substrat terikat yang
tidak mengalami reaksi enzimatik akan sangat membantu.
Tidak semua katalis biologis adalah enzim protein:
Katalis RNA seperti ribozim dan ribosom sangat penting untuk banyak fungsi seluler,
seperti penjalinan RNA dan translasi. Perbedaan utama antara ribozim dan enzim adalah
katalis RNA terdiri dari nukleotida-nukleotida, sedangkan enzim terderi dari asam-asam
amino. Ribozim juga mengkatalisis sejumlah reaksi yang terbatas, walaupun mekanisme
reaksi dan kinetikanya dapat dianalisis dan diklasifikasikan dengan metode yang sama.
Sejarah
Pada tahun 1902 Victor Henri mengusulkan suatu teori kuantitatif mengenai kinetika
enzim,[1] namun signifikansi eksperimental dari konsentrasi ion hidrogen belum dikenal
pada saat itu. Setelah Peter Lauritz Sørensen mendefinisikan skala-pH logaritmik dan
memperkenalkan konsep pendaparan pada tahun 1909[2] kimiawan Jerman Leonor
Michaelis dan Maud Leonora Menten mengulangi eksperimen Henri dan mengkonfirmasi
persamaannya, yang saat ini dikenal secara umum sebagai kinetika Michaelis-
Menten (atau terkadang kinetika Henri-Michaelis-Menten).[3] Karya mereka kemudian
dikembangkan lebih jauh oleh G. E. Briggs dan J. B. S. Haldane, yang menurunkan
persamaan kinetik yang saat ini masih banyak dianggap sebagai titik awal pemodelan
aktivitas enzimatik.[4]
Kontribusi utama dari pendekatan Henri-Michaelis-Menten adalah pemikiran dua tahapan
dalam reaksi enzimatik. Pada tahap pertama, substrat berikatan secara reversibel pada
enzim, membentuk kompleks enzim-substrat. Kompleks ini kadang disebut sebagai
kompleks Michaelis. Enzim kemudian mengkatalisis tahapan kimia dalam reaksi dan
melepaskan produk. Kinetika banyak enzim cukup dijelaskan oleh model sederhana
Michaelis-Menten, tetapi semua enzim memiliki gerakan internal yang tidak
diperhitungkan dalam model dan dapat memberikan kontribusi signifikan terhadap
keseluruhan kinetika reaksi. Hal ini dapat dimodelkan dengan memperkenalkan
beberapa jalur Michaelis-Menten yang terhubung dengan tingkat fluktuasi,[5][6][7] yang
merupakan suatu perpanjangan matematika dari mekanisme dasar Michaelis Menten.[8]
Prinsip umum

Karena sejumlah besar substrat ditambahkan ke dalam reaksi, sisi pengikatan enzim menjadi terisi
sampai batas . Melebihi batas ini, enzim akan jenuh dengan substrat dan laju reaksi akan berhenti
naik.

Reaksi terkatalisis enzim menggunakan reaktan serta menghasilkan produk yang sama
persis dengan reaksi tak terkatalisis. Layaknya katalis lain, enzim tidak mengubah
posisi kesetimbangan antara substrat dan produk.[9] Namun, tidak seperti reaksi tak
terkatalisis, reaksi terkatalisis enzim menunjukkan fenomena kinetika penjenuhan.
[10] Untuk sejumlah konsentrasi enzim dan konsentrasi substrat yang relatif rendah, laju
reaksi meningkat secara linear seiring dengan penambahan konsentrasi substrat;
molekul-molekul enzim sebagian besar bebas mengkatalisis reaksi, dan peningkatan
konsentrasi substrat mengakibatkan peningkatan laju pula akibat pertemuan antara
enzim dan molekul-molekul substrat. Tetapi, pada konsentrasi substrat yang relatif tinggi,
laju reaksi mendekati batas maksimum teoritis secara asimtot; sisi aktif enzim hampir
semuanya terisi oleh substrat menyebabkan penjenuhan, dan laju reaksi menjadi
ditentukan oleh laju pembalikan intrinsik enzim.[11] Konsentrasi substrat di tengah-tengah
dua kejadian pembatas ini disebut KM. Sehingga, KM dapat didefinisikan sebagai
konsentrasi substrat di mana laju reaksi sama dengan setengah laju maksimum.[11]
Dua ciri penting dari kinetika enzim adalah seberapa mudah suatu enzim dijenuhkan oleh
substrat, dan laju maksimum yang dapat enzim tersebut capai. Dengan mengetahui ciri-
ciri tersebut dapat diperkirakan apa peran suatu enzim dalam sistem seluler dan
bagaimana enzim tersebut merespon perubahan-perubahan pada kondisi kerjanya.
Uji aktivitas enzim
Artikel utama: Uji aktivitas enzim
Kurva pergerakan reaksi enzimatik. Gradien pada masa awal laju disebut laju awal
reaksi v. Persamaan Michaelis-Menten menggambarkan bagaimana gradien ini berubah-ubah
seiring dengan perubahan konsentrasi substrat.

Uji aktivitas enzim adalah suatu prosedur di laboratorium yang mengukur laju reaksi
enzimatik. Karena enzim tidak dikonsumsi dalam reaksi yang ia katalisis, uji aktivitas
enzim biasanya melihat perubahan konsentrasi substrat atau produk untuk mengukur
laju reaksinya. Ada berbagai metode pengukuran yang dapat dilakukan.
Uji Spektrometri mengamati perubahan absorbansi cahaya antara produk dan reaktan;
uji radiometri melibatkan inkorporasi atau pelepasan radioaktivitas untuk mengukur
jumlah produk dihasilkan sepanjang waktu. Uji spektrometri dipandang paling
memudahkan karena ia dapat mengukur laju reaksi secara kontinyu. Meskipun uji
radiometri membutuhkan pemindahan dan penghitungan sampel (dengan kata lain ia
adalah uji diskontinyu), uji ini sangat sensitif dan dapat mengukur tingkat aktivitas enzim
yang sangat rendah.[12] Pendekatan analog dari metode ini adalah
menggunakan spektrometri massa untuk memonitor penggabungan atau
pelepasan isotop stabil akibat perubahan substrat menjadi produk. Terkadang, pengujian
yang dilakukan gagal dan pendekatan-pendekatan perlu dilakukan untuk menyelamatkan
kembali pengujian tersebut.
Uji aktivitas enzim yang paling sensitif menggunakan laser yang difokuskan melalu
suatu mikroskop untuk mengamati perubahan molekul enzim tunggal selama ia
mengkatalisis suatu reaksi. Pengukuran ini menggunakan
perubahan fluoresensi dari kofaktor pada mekanisme reaksi enzim, atau zat warna
fluoresen yang ditambahkan pada posisi tertentu di protein tersebut untuk menunjukkan
pergerakan yang terjadi selama katalisis.[13] Kajian ini memberikan pandangan baru pada
kinetika dan dinamika enzim tunggal, yang mana berlawanan dengan kinetika enzim
tradisional yang mengamati perilaku rerata dari jutaan populasi molekul enzim.[14][15]
Contoh kurva pergerakan dari uji aktivitas enzim ditunjukkan di atas. Enzim
menghasilkan produk pada laju awal yang kurang lebih linear untuk sesaat setelah reaksi
dimulai. Seiring berjalannya reaksi dan substrat digunakan, laju reaksi berangsur
melambat (selama substrat tidak berada pada tingkat penjenuhan). Untuk mengukur laju
awal (dan maksimum), uji aktivitas enzim biasanya dilakukan ketika reaksi baru berjalan
beberapa persen menuju penyelesaian total. Panjang rentang laju awal bergantung pada
kondisi pengujian dan dapat terentang dari beberapa milisekon hingga berjam-jam.
Biarpun begitu, alat untuk mencampur larutan dengan cepat dapat membantu
pengukuran kinetika pada laju awal kurang dari satu detik.[16] Pengujian yang luar biasa
cepat ini sangat penting untuk mengukur kinetika pra-keadaan-tunak, yang akan dibahas
di bawah.
Kebanyakan studi kinetika enzim berkonsentrasi pada bagian awal ini, kurang lebih pada
bagian linear dari reaksi enzimatik. Tetapi, pengukuran kurva reaksi lengkap dan
penyesuaian data-data tersebut pada persamaan laju non-linear juga dimungkinkan.
Cara pengukurang reaksi enzimatik ini disebut analisis kurva-progres.[17] Pendekatan ini
 berguna sebagai alternatif dari kinetika sesaat ketika laju awal terlalu cepat untuk diukur
secara akurat.
Reaksi substrat tunggal
Mekanisme katalisis
Artikel utama: Katalisis

Variasi energi sebagai fungsi koordinat reaksi menunjukkan stabilisasi keadaan transisi oleh suatu
enzim.

Model yang lebih disukai pada interaksi enzim–substrat adalah model ketepatan induksi.
[18] Model ini mengusulkan bahwa interaksi awal antara enzim dan substrat relatif lemah,
tetapi interaksi lemah ini secara cepat menginduksi perubahan konformasi di dalam
enzim yang memperkuat pengikatan. Perubahan konformasi ini juga membawa residu
katalitik ke dalam sisi aktif yang dekat dengan ikatan kimia pada substrat yang akan
diubah dalam reaksi ini.[19] Perubahan konformasi dapat diukur menggunakan dikroisme
sirkular atau interferometri polarisasi ganda. Setelah pengikatan berlangsung, satu atau
lebih mekanisme katalisis menurunkan energi dari keadaan transisi reaksi dengan
memberikan jalur kimia alternatif untuk reaksi tersebut. Mekanisme katalisis meliputi
katalisis dengan regangan ikatan; dengan kedekatan dan orientasi; oleh donor atau
akseptor proton aktif; kovalen katalisis dan terowongan kuantum.[20][21]
Kinetika enzim tidak dapat membuktikan mode katalisis yang digunakan oleh enzim.
Namun, beberapa data kinetik dapat menyarankan kemungkinan untuk diperiksa dengan
teknik lain. Sebagai contoh, mekanisme ping-pong dengan kinetika fase pra-keadaan-
tunak akan menyarankan katalisis kovalen mungkin penting dalam mekanisme enzim ini.
Sebagai alternatif, pengamatan efek pH yang kuat pada Vmaks namun bukan Km mungkin
menunjukkan bahwa residu di tempat yang aktif perlu berada dalam
keadaan ionisasi tertentu agar terjadi katalisis.
Perangkat lunak
ENZO
ENZO (Kinetika Enzim) adalah perangkat antarmuka grafis yang digunakan untuk
membangun model kinetika reaksi yang dikatalisis enzim. ENZO secara otomatis
menghasilkan persamaan diferensial yang sesuai dari skema reaksi enzim yang
ditetapkan. Persamaan diferensial ini diproses oleh pemecah bilangan
dan algoritme regresi yang sesuai dengan koefisien persamaan diferensial dengan kurva
waktu pengamatan yang diamati secara eksperimental. ENZO memungkinkan evaluasi
yang cepat terhadap skema reaksi saingan dan dapat digunakan untuk tes rutin pada
kinetika enzim.[22]
Lihat pula

 Dinamika protein
 Difusi terbatas enzim
 Model adsorpsi Langmuir
Referensi
Daftar pustaka
1. ^ Henri V (1902). "Theorie generale de l'action de quelques diastases". Compt. Rend. Acad. Sci.
Paris. 135: 916–9.
2. ^ Sørensen PL (1909). "Enzymstudien {II}. Über die Messung und Bedeutung der
Wasserstoffionenkonzentration bei enzymatischen Prozessen" [Enzyme studies III: About the
measurement and significance of the hydrogen ion concentration in enzymatic
processes]. Biochem. Z. (dalam bahasa German). 21: 131–304.
3. ^ Michaelis L, Menten M (1913). "Die Kinetik der Invertinwirkung" [The Kinetics of Invertase
Action]. Biochem. Z. (dalam bahasa German). 49: 333–369.; Michaelis L, Menten ML, Johnson
KA, Goody RS (2011). "The original Michaelis constant: translation of the 1913 Michaelis-
Menten paper". Biochemistry. 50 (39): 8264–9. doi:10.1021/bi201284u. PMC 3381512 
. PMID 21888353.
4. ^ Briggs GE, Haldane JB (1925). "A Note on the Kinetics of Enzyme Action". The Biochemical
Journal. 19 (2): 339–339. doi:10.1042/bj0190338. PMC 1259181  . PMID 16743508.
5. ^ Flomenbom O, Velonia K, Loos D, Masuo S, Cotlet M, Engelborghs Y, Hofkens J, Rowan AE,
Nolte RJ, Van der Auweraer M, de Schryver FC, Klafter J (Feb 2005). "Stretched exponential
decay and correlations in the catalytic activity of fluctuating single lipase
molecules". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of
America. 102 (7): 2368–
2372. Bibcode:2005PNAS..102.2368F. doi:10.1073/pnas.0409039102. PMC 548972  . PMID 1
5695587.
6. ^ English BP, Min W, van Oijen AM, Lee KT, Luo G, Sun H, Cherayil BJ, Kou SC, Xie XS (Feb
2006). "Ever-fluctuating single enzyme molecules: Michaelis-Menten equation revisited". Nature
Chemical Biology. 2 (2): 87–94. doi:10.1038/nchembio759. PMID 16415859.
7. ^ Lu HP, Xun L, Xie XS (Dec 1998). "Single-molecule enzymatic
dynamics". Science. 282 (5395): 1877–
1882. doi:10.1126/science.282.5395.1877. PMID 9836635.
8. ^ Xue X, Liu F, Ou-Yang ZC (Sep 2006). "Single molecule Michaelis-Menten equation beyond
quasistatic disorder". Physical Review E. 74 (3 Pt 1):
030902. Bibcode:2006PhRvE..74c0902X. doi:10.1103/PhysRevE.74.030902. PMID 17025584.
9. ^ Wrighton MS, Ebbing DD (1993). General chemistry (edisi ke-4th). Boston: Houghton
Mifflin. ISBN 978-0-395-63696-1.
10. ^ Srinivasan, Bharath (2020-09-27). "Words of advice: teaching enzyme kinetics". The FEBS
Journal. 288 (7): 2068–2083. doi:10.1111/febs.15537  . ISSN 1742-464X. PMID 32981225.
11. ^ a b Fromm H.J., Hargrove M.S. (2012) Enzyme Kinetics. In: Essentials of Biochemistry.
Springer, Berlin, Heidelberg
12. ^ Danson M, Eisenthal R (2002). Enzyme assays: a practical approach. Oxford [Oxfordshire]:
Oxford University Press. ISBN 978-0-19-963820-8.
13. ^ Xie XS, Lu HP (June 1999). "Single-molecule enzymology". The Journal of Biological
Chemistry. 274 (23): 15967–70. doi:10.1074/jbc.274.23.15967  . PMID 10347141.
14. ^ Lu HP (June 2004). "Single-molecule spectroscopy studies of conformational change
dynamics in enzymatic reactions". Current Pharmaceutical Biotechnology. 5 (3): 261–
9. doi:10.2174/1389201043376887. PMID 15180547.
15. ^ Schnell JR, Dyson HJ, Wright PE (2004). "Structure, dynamics, and catalytic function of
dihydrofolate reductase". Annual Review of Biophysics and Biomolecular Structure. 33: 119–
40. doi:10.1146/annurev.biophys.33.110502.133613. PMID 15139807.
16. ^ Gibson QH (1969). "[6] Rapid mixing: Stopped flow". Rapid mixing: Stopped flow. Methods in
Enzymology. 16. hlm. 187–228. doi:10.1016/S0076-6879(69)16009-7. ISBN 978-0-12-181873-
9.
17. ^ Duggleby RG (1995). "[3] Analysis of enzyme progress curves by nonlinear
regression". Analysis of enzyme progress curves by non-linear regression. Methods in
Enzymology. 249. hlm. 61–90. doi:10.1016/0076-6879(95)49031-0. ISBN 978-0-12-182150-
0. PMID 7791628.
 18. ^ Koshland DE (February 1958). "Application of a Theory of Enzyme Specificity to Protein
Synthesis". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 44 (2): 98–
104. Bibcode:1958PNAS...44...98K. doi:10.1073/pnas.44.2.98. PMC 335371  . PMID 16590179
.
19. ^ Hammes G (2002). "Multiple conformational changes in enzyme
catalysis". Biochemistry. 41 (26): 8221–8. doi:10.1021/bi0260839. PMID 12081470.
20. ^ Fersht, Alan (1999). Structure and mechanism in protein science: a guide to enzyme catalysis
and protein folding. San Francisco: W.H. Freeman. ISBN 0-7167-3268-8.
21. ^ Sutcliffe M, Scrutton N (2002). "A new conceptual framework for enzyme catalysis. Hydrogen
tunnelling coupled to enzyme dynamics in flavoprotein and quinoprotein enzymes". Eur. J.
Biochem. 269 (13): 3096–102. doi:10.1046/j.1432-1033.2002.03020.x. PMID 12084049.
Diarsipkan dari versi asli tanggal 2006-11-08. Diakses tanggal 2018-01-29.
22. ^ Bevc S.; Konc J.; Stojan J.; Hodošček M.; Penca M.; Matej Praprotnik M.; Janežič D.
(2011). "ENZO: A Web Tool for Derivation and Evaluation of Kinetic Models of Enzyme
Catalyzed Reactions". PLoS ONE. 6 (7):
e22265. doi:10.1371/journal.pone.0022265. PMC 3139599  . PMID 21818304. ENZO server
Catatan kaki
α. ^Tautan: Tutorial interaktif kinetika Michaelis–Menten (Java
diperlukan) Diarsipkan 2007-03-08 di Wayback Machine.
β. ^Tautan: Mekanisme dihidrofolat reduktase (Gif)
γ. ^Tautan: Mekanisme DNA polimerase (Gif)
δ. ^Tautan: Mekanisme kimotripsin (Flash diperlukan)