BIOKIMIA

PERTEMUAN KE 3
1. Enzim: Mekanisme Kerja
2. Enzim: Kinetika
3. Enzim: Pengendalian Aktivitas
4. Bioinformatika dan Biologi komputasi
 Protein
• Kata protein berasal dari protos atau proteos yang berarti pertama atau utama. Protein merupakan komponen penting atau
komponen utama sel hewan atau manusia.

• Protein adalah senyawa organik kompleks dengan berat molekul tinggi.

• Enzim adalah biomolekul berupa protein yang berfungsi sebagai katalis (senyawa yang mempercepat proses reaksi tanpa
habis bereaksi) dalam suatu reaksi kimia organic.
• Molekul awal yang disebut substrat akan dipercepat perubahannya menjadi molekul lain yang disebut produk. Semua
proses biologis sel memerlukan enzim agar dapat berlangsung dengan cukup cepat dalam suatu arah lintasan
metabolisme.
• Enzim bekerja dengan cara bereaksi dengan molekul substrat untuk menghasilkan senyawa intermediat melalui suatu
reaksi kimia organik yang membutuhkan energi aktivasi lebih rendah, sehingga percepatan reaksi kimia terjadi karena
reaksi kimia dengan energi aktivasi lebih tinggi membutuhkan waktu lebih lama.
 Kesimpulan
• Enzim merupakan senyawa protein yang membantu proses metabolisme
dalam tubuh. Dengan adanya enzim, metabolisme akan berlangsung
dengan cepat karena menurunkan energi (aktivasi) yang diperlukan untuk
berlangsungnya reaksi tersebut.
• Tanpa adanya enzim dalam tubuh, reaksi metabolisme dalam tubuh akan
berlangsung sangat lama.
 ENZIM
Enzim atau fermen (dalam bahasa yunani, en = di dalam dan zyme = ragi) adalah senyawa
organik yang tersusun atas protein, dihasilkan oleh sel, dan berperan sebagai biokatalisator
dalam reaksi kimia.
Enzim adalah biokatalisator organik yang dihasilkan organisme hidup di dalam protoplasma,
yang terdiri atas protein atau suatu senyawa yang berikatan dengan protein, berfungsi sebagai
senyawa yang mempercepat proses reaksi tanpa habis bereaksi dalam suatu reaksi kimia
 Struktur enzim
• Enzim terdiri dari dua komponen, yakni bagian pro (apoenzim) dan bukan bagian dari
protein (gugus prostetik).
• Apoenzim tersusun atas protein dan mudah berubah tergantung faktor lingkungan,
misalnya pH dan suhu.
• Sedangkan, gugus prostetik, zat ini terdiri dari unsur logam, seperti besi, mangan,
magnesium atau natrium yang disebut kofaktor. Namun, gugus prostetik juga dapat
berupa bahan organik dan bukan protein, seperti vitamin B (koenzim).
 Cara kerja enzim
Secara sederhana, enzim bekerja seperti 'kunci dan gembok’.
Pasalnya, dalam materi enzim terdapat tempat yang aktif (active site) yang mana
substrat tertentu dapat bergabung ke dalamnya dan bekerja secara spesifik.
 MEKANISME KERJA ENZIM

• Lock and Key analogy

Enzim memiliki struktur sisi spesifik yang cocok dengan substrat.
Mampu menerangkan spesifitas enzim ttp tidak dapat menerangkan stabilitas
fase transisi enzim
• Induced Fit theory
Mempertimbangkan fleksibilitas protein, sehingga pengikatan suatu substrat
pada enzim menyebabkan sisi aktif mengubah konformasinya sehingga cocok
dgn substratnya.  dpt menerangkan fase transisi ES komplek
 Lock and key model

Induced Fit model

 Faktor-faktor yg mempengaruhi kerja
enzim
• Konsentrasi enzim, pada suatu konsentrasi substrat tertentu, kecepatan reaksi bertambah dengan
bertambahnya konsentrasi enzim.
• Konsentrasi Substrat, hasil eksperimen menunjukkan bahwa dengan konsentrasi enzim yang
tetap, maka pertambahan konsentrasi substrat akan menaikkan kecepatan reaksi. Akan tetapi
pada batas konsentrasi tertentu, tidak terjadi kenaikan kecepatan reaksi walaupun konsentrasi
substrat diperbesar. Dengan demikian konsentrasi kompleks enzim substrat makin besar dan hal
ini menyebabkan makin besarnya kecepatan reaksi. Pada suatu batas konsentrasi substrat
tertentu, semua bagian aktif telah dipenuhi oleh substrat atau telah jenuh dengan substrat. Dalam
keadaan ini, bertambah besarnya konsentrasi substrat tidak menyebabkan bertambah besarnya
kosentrasi kompleks substrat, sehingga jumlah hasil reaksinya pun tidak bertambah besar.
 Faktor-faktor yg mempengaruhi kerja
enzim
• Suhu, pada suhu rendah reaksi kimia berlangsung lambat, sedangkan pada suhu yang lebih tinggi reaksi
berlangsung lebih cepat.
• pH, struktur ion enzim tergantung pada pH lingkungan. Enzim dapat berbentuk ion positif, ion negative
atau ion bermuatan ganda (zwitter ion).
• Produk/hasil reaksi (dapat menghambat enzim)
• Zat penggiat (aktivator), misalnya logam alkali, logam alkali tanah, Mn, Mg, dan Cl.
• Zat penghambat (Inhibitor), yaitu molekul atau ion yang dapat menghambat reaksi pembentukan kompleks
enzim-substrat. Hambatan yang dilakukan oleh inhibitor dapat berupa hambatan tidak revesibel atau
hambatan revesibel.
 Kesimpulan
• Mekanisme enzim dipengaruhi oleh beberapa hal, pertama adalah suhu. Kondisi suhu yang tinggi
membuat kecepatan molekul substrat meningkat sehingga pada saat bertumbukan dengan enzim,
energi molekul akan berkurang.
• Faktor kedua adalah pH. Enzim akan berubah bentuknya dan menyebabkan denaturasi enzim bila
kondisi asam dan basa di sekitar molekul berubah.Pada dasarnya, setiap enzim memiliki pH optimum.
• Ketiga adalah aktivator dan inhibitor. Dengan adanya molekul aktivator kerja enzim akan jauh lebih
mudah. Sedangkan inhibitor adalah molekul yang menghambat ikatan enzim dan substratnya.
• Faktor terakhir adalah konsentrasi enzim dan substrat. Besaran konsentrasi enzim dan substrat
memengaruhi kecepatan reaksi. Semakin besar konsentrasi enzim maka semakin cepat pula reaksi
yang berlangsung.
Kinetika enzim adalah perihal
bagaimana enzim mengikat
substrat dan mengubahnya
menjadi produk.
 Dasar kinetika reaksi enzimatis
• Michaelis –Menten : laju awal reaksi enzimatis dapat ditentukan berdasarkan fungsi terhadap
konsentrasi substrat dan parameter yg berpengaruh dalam enzim
• Henri : pembentukan kompleks enzim substrat reversibel selama reaksi pembentukan produk
dari substrat laju reaksi berbanding lurus dengan konsentrasi kompleks

V MAX . [S] Persamaan michaelis menten

V =
Km + [S] V = Vo = kecepatan awal
VMAX = Kecepatan awal maksimum = Vo MAX
[S] = Kadar Substrat
Km = Konstanta Michaelis Menten
 Enzim sebagai
pengendali aktivitas
 Lima cara utama aktivitas enzim dikendalikan dalam sel.
• Produksi enzim ( transkripsi dan translasi enzim gen) dapat ditingkatkan atau dikurangi oleh sel sebagai
respon terhadap perubahan lingkungan sel. Bentuk regulasi gen ini disebut induksi enzim dan
Penghambatan
• Enzim dapat terkompartementasi, dengan jalur metabolisme yang berbeda yang terjadi di berbagai
kompartemen selular.
• Enzim dapat diatur oleh inhibitor dan aktivator . Sebagai contoh, produk akhir (s) dari jalur
metabolisme sering penghambat untuk salah satu enzim pertama dari jalur (biasanya merupakan
langkah ireversibel pertama, disebut berkomitmen langkah ), sehingga mengatur jumlah produk akhir
yang dibuat oleh jalur.
• Enzim dapat diatur melalui modifikasi pasca-translasi. Hal ini dapat mencakup fosforilasi, myristoylationdan
glikosilasi.
• Beberapa enzim dapat diaktifkan bila berpindahke lingkungan yang berbeda (misalnya dari mengurangi
( sitoplasma) ke oksidasi ( periplasma) lingkungan, pdan pH tinggi ke rendah pH dll).
Fenilketonuria
Pengertian
• Fenilketonuria atau yang disebut PKU adalah kelainan genetika langka yang menyebabkan asam amino yang
disebut fenilalanin menumpuk di dalam tubuh.
• Kondisi ini disebabkan oleh terjadinya kecacatan pada gen yang membantu menciptakan enzim yang dibutuhkan
untuk memecah fenilalanin.
• Tanpa enzim tersebut, tubuh tidak bisa memproses fenilalanin, akibatnya fenilalanin akan menumpuk dalam darah
dan otak.

Penyebab
• Mutasi genetika merupakan penyebab dari fenilketonuria.
• Mutasi tersebut kemudian membuat gen fenilalanin hidroksilase tidak memproduksi enzim pengurai fenilalanin
dalam tubuh pengidap. Penyebab di balik mutasi genetika belum diketahui secara pasti. Para pakar percaya bahwa
kondisi ini juga berhubungan erat dengan faktor keturunan. Jika mempunyai ayah dan ibu yang sama-sama
membawa bakat fenilketonuria, anak akan memiliki sekitar 25 persen kemungkinan untuk mengidap kondisi
tersebut.
GEJALA
 • Bioinformatika didefinisikan sebagai cabang komputasi dari
biologi molekuler yang merupakan tekhnologi pengumpulan,
penyimpanan, analisa, interpretasi, penyebaran, dan aplikasi
dari informasi biologi.
• Bioinformatika banyak berhubungan dengan sekluen nukleotida
termasuk desain primer, struktur, fungsi, pembandingan seluruh
genom dan gen.
• Bioinformatika ini mempunyai peranan yang sangat penting ,
diantaranya adalah untuk manajemen data data biologi molekul
terutama sekuen DNA dan informasi genetika.

Pengertian Bioinformatika
• Biologi komputasi = pengembangan dan aplikasi dari data-analitis dan toritis
metode, pemodelan matematika dan simulasi komputasi teknik untuk mempelajari
biologi, perilaku, dan sistem sosial.
• Bidang ini didefinisikan secara luas dan mencakup dasar-dasar dalam ilmu
komputer, matematika, animasi, statistik, biokimia, kimia, biofisika, biologi
molekuler, genetika, ekologi, evolusi, anatomi, neuroscience, dan visualisasi.

Biologi komputasi