Enzym

Increasing the temperature make molecules move faster Biological systems are very sensitive to temperature changes. Enzymes can increase the rate of reactions without increasing the temperature. They do this by lowering the activation energy.

Enzim sbg biokatalisator

Enzim merupakan katalis yang dapat mengubah laju reaksi tanpa ikut bereaksi. Enzim bersifat khas (spesifik kerjanya) dan aktivitasnya dapat diatur. Umumnya suatu enzim itu adalah protein, walaupun ada beberapa senyawa yang dapat bertindak sebagai katalis, misalnya RNA.

Energi aktivasi
Agar suatu reaksi kimia dapat berlangsung, energi pembatas diperlukan untuk mengubah molekul substrat menuju pada tahap transisi. Tahap transisi memiliki energi bebas terbesar di dalam tahapan suatu reaksi kimia. Perbedaan dalam energi bebas diantara substrat dan tahap transisi ditentukan oleh energi bebas aktivasi Gibbs (G). Enzim menstabilkan tahapan transisi dibawah (G), selanjutnya meningkatkan laju reaksi.

Protein

Enzim protein sederhana

Enzim

Enzim Konjugasi

Protein + Bukan Protein

Protein = apoenzim

Bukan protein = Gugus prostetik

Organik = Koenzim

Anorganik = kofaktor

KOENZIM : KOFAKTOR Coenzyme A - Zn2+ Flavin mononucleotide - Fe2+ Flavin Adenine dinucleotide Nicotinamide adenine dinucleotide Adinine dinucleotide phosphat Thiamine pyrophosphat Tetrahydrofolate Deoxyadenosyl cobalamin Pyridoxal phosphat

Cara terbentuknya
Enzim konstitutif Enzim yang jumlahnya tetap dalam sel, tidak dipengaruhi subtrat Enzim adapatif Enzim yang pembentukannya dirangsang oleh adanya substrat

Sisi aktif enzim

Sisi aktif enzim (active site) adalah bagian dari molekul enzim tempat berikatannya substrat, untuk membentuk kompleks enzim substrat, dan selanjutnya membentuk produk akhir. Sisi aktif suatu enzim berbentuk tiga dimensi, sering berupa lekukan pada permukaan protein enzim, tempat substrat berikatan secara lemah. Dua model telah diusulkan untuk menjelaskan bagaimana enzim berikatan dengan substrat : 1) model kunci dan anak kunci 2) induced fit model

Kerja enzim
Dalam sistem biologis, kecepatan kerja enzim dapat dipengaruhi oleh kehadiran suatu molekul lain yang dapat berperan sebagai pemicu (activator) sbg penghambat (inhibitor), keduanya biasanya disebut secara bersama-sama sebagai efektor.

Enzim alosterik
Enzim alosterik , adalah enzim yang memiliki titik kontrol lainnya tempat substrat berikatan selain sisi aktif enzim

Sifat enzim
Enzim dibentuk dalam protoplasma sel Enzim beraktifitas di dalam sel tempat sintesisnya (disebut endoenzim) maupun di tempat yang lain diluar tempat sintesisnya (disebut eksoenzim) Sebagian besar enzim bersifat endoenzim

1. 2. 3. 4. 5.

6.

7. 8.

Enzim bersifat koloid, luas permukaan besar, bersifat hidrofil Dapat bereaksi dengan senyawa asam maupun basa, kation maupun anion Enzim sangat peka terhadap faktor-faktor yang menyebabkan denaturasi protein misalnya suhu, pH dll Enzim dapat dipacu maupun dihambat aktifitasnya Enzim merupakan biokatalisator yang dalam jumlah sedikit memacu laju reaksi tanpa merubah keseimbangan reaksi Enzim tidak ikut terlibat dalam reaksi, struktur enzim tetap baik sebelum maupun setelah reaksi berlangsung Enzim bermolekul besar Enzim bersifat khas/spesifik

 Suhu: optimum 300C, minimum 0 0C, maksimum 400C Logam, memacu aktifitas enzim: Mg, Mn, Co, Fe Logam berat, menghambat aktivitas enzim: Pb, Cu, Zn, Cd, Ag pH, tergantung pada jenis enzimnya (pepsin aktif kondisi masam, amilase kondisi netral, tripsin kondisi basa) Konsentrasi substrat, substrat yang banyak mulamula memacu aktifitas enzim, tetapi kemudian menghambat karena: penumpukan produk (feed back effect) Konsentrasi enzim, peningkatan konsentrasi enzim memacu aktifitasnya Air, memacu aktifitas enzim Vitamin, memacu aktifitas enzim

Cara kerja ensim

Model kunci dan anak kunci yang diusulkan oleh EmilFisher pada tahun 1894 menyatakan bahwa bentuk molekul substrat dengan sisi aktif enzim serupa dengan anak kunci dengan kuncinya

Mekanisme kerja enzim

E+S ES E+P

Dua model ikatan enzim

The Lock and Key Hypothesis

S E

E E Enzyme may be used again P P Reaction coordinate

Enzymesubstrate complex

 Induced-fit model diusulkan pada tahun 1958 oleh Daniel E. Koshland, Jr. menyatakan bahwa terikatnya substrat menyebabkan perubahan konformasi pada bagian sisi aktif enzim.

The Induced Fit Hypothesis

Hexokinase (a) without (b) with glucose substrate

http://www.biochem.arizona.edu/classes/bioc462/462a/NOTES/ENZYMES/enzyme_mechanism.html

Faktor-faktor yg berpengaruh
substrate concentration pH temperature inhibitors

Substrate concentration: Non-enzymic reactions

The increase in velocity is proportional to the substrate concentration

Reaction velocity

Substrate concentration

Substrate concentration: Enzymic reactions

Vmax Reaction velocity

Substrate concentration

The effect of pH

Enzyme activity

Trypsin

Pepsin 1 3 5 7 pH 9 11

The effect of pH
Extreme pH levels will produce denaturation The structure of the enzyme is changed The active site is distorted and the substrate molecules will no longer fit in it At pH values slightly different from the enzymes optimum value, small changes in the charges of the enzyme and its substrate molecules will occur This change in ionisation will affect the binding of the substrate with the active site

The effect of temperature

Enzyme activity

Q10

Denaturation

10

20 30 40 Temperature / C

50

The effect of temperature

Q10 (the temperature coefficient) = the increase in reaction rate with a 10C rise in temperature. For chemical reactions the Q10 = 2 to 3 (the rate of the reaction doubles or triples with every 10C rise in temperature) Enzyme-controlled reactions follow this rule as they are chemical reactions BUT at high temperatures proteins denature The optimum temperature for an enzyme controlled reaction will be a balance between the Q10 and denaturation.

The effect of temperature

For most enzymes the optimum temperature is about 30C Many are a lot lower, cold water fish will die at 30C because their enzymes denature A few bacteria have enzymes that can withstand very high temperatures up to 100C Most enzymes however are fully denatured at 70C

INHIBITOR
Berdasar ikatan enzim : -inhibitor reversibel -inhibitor irreversibel Berdasar sifat kinetika :

-inhibitor kompetitif -inhibitor nonkompetitif

Penghambatan kompetitif

. Inhibitor kompetitif Senyawa tertentu yang mempunyai struktur mirip dengan substrat saat reaksi enzimatik akan terjadi. Contoh : asam malonat Inhibitor ini dapat diatasi dengan menambah jumlah substrat sampai berlebihan.

. Inhibitor non kompetitif Zat-zat kimia tertentu mempunyai afinitas yang tinggi terhadap ion logam penyusun enzim. Senyawa penghambat untuk enzim yang mengandung Fe, yaitu dengan terjadinya reaksi antara senyawasenyawa tersebut dengan ion Fe yang menyebabkan enzim menjadi tidak aktif. Merkuri (Hg) dan perak (Ag) merupakan penghambat enzim yang mengandung gugusan sulfhidril (-SH).

 Inhibitor irreversible - Senyawa penghambat yang terikat kuat pada sisi aktif enzim - Ikatan tersebut adalah ikatan kovalen - Enzim menjadi inaktif secara permanen

 Feed Back Inhibitor Penghambatan yang disebabkan oleh hasil akhir suatu rangkaian reaksi enzimatik yang menghambat aktifitas enzim pada reaksi pertama. Hasil akhir reaksi juga mempengaruhi pembentukan enzim, yang dapat digambarkan sebagai berikut: Enzim a Enzim b Enzim c Enzim d

X A B C D ABCDX Keterangan: A,B,C,D: substrat enzim a,b,c,d. X: hasil akhir reaksi enzimatik yang menghambat sintesis enzim a.

 Inhibitor Represor - Represor adalah hasil akhir suatu rangkaian reaksi enzimatik yang dapat mempengaruhi atau mengatur pembentukan enzim-enzim pada reaksi sebelumnya. - Gambaran skematik reaksinya adalah sebagai berikut: Enzim a Enzim b Enzim c Enzim d

Keterangan: A,B,C,D: substrat enzim a,b,c,d. X: hasil akhir reaksi enzimatik yang menghambat sintesis enzim a,b,c,d.

 Alosterik inhibitor Penghambat yang dapat mempengaruhi enzim alosterik. - Enzim alosterik adalah enzim yang mempunyai dua bagian aktif, yaitu bagian aktif yang menangkap substrat dan bagian yang menangkap penghambat. - Apabila ada senyawa yang dapat memasuki bagian yang menangkap penghambat maka enzim menjadi tidak aktif, senyawa penghambat tersebut merupakan penghambat alosterik. - Struktur senyawa penghambat alosterik tidak mirip dengan struktur substrat. - Apabila enzim menangkap substrat maka penghambat tidak dapat terikat pada enzim, sehingga enzim dapat aktif mereaksikan substrat menjadi produk.

Enzym activity
Enzyme activity 1 unit = A mount of enzyme which converts one mole of substrate per minute.

Persamaan Michealis-Menten

Vm ax[ S ] v K m [S ]

Lineweaver-Burk

V (mikro mol/mnt) 20 30 40 50 60 70

S (mili mol) 35 45 58 69 78 84

Tulis rumus line weaver-Burk hitung secara grafik kecepatan maksimum Hitung konstanta kecepatan reaksi enzimatisnya