MAKALAH BIOKIMIA LANJUTAN

REPLIKASI DNA

disusun oleh:

Anita Rahelea Rangga Bua (H031191031)

Farihah Rayhana Firdausi (H031191033)

A.Fadhillah Aulia Ramadhani (H031191049)

DEPARTEMEN KIMIA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS HASANUDDIN
MAKASSAR
2021
 KATA PENGANTAR

Segala puji bagi Allah ‫ س بحانه و تع الى‬yang telah memberikan kami

kemudahan sehingga kami dapat menyelesaikan makalah ini dengan tepat waktu.

Atas limpahan nikmat sehat-Nya pula, baik itu berupa sehat fisik maupun akal

pikiran, kami mampu menyelesaikan pembuatan makalah ini. Sebagai salah-satu

tugas dari mata kuliah Biokimia Lanjutan dengan judul “Replikasi DNA”.

Sebagaimana yang telah kita ketahui bahwa asam deoksiribonukleat (DNA)

merupakan kode genetik yang menjamin bahwa sel dari anak akan mewarisi

karakteristik yang sama dari sel induknya. Selain itu, DNA juga mengandung

semua pengkodean genetik yang digunakan untuk mengontrol fungsi, perilaku dan

juga pengembangan suatu organisme hidup

Kami tentu menyadari bahwa makalah ini masih jauh dari kata sempurna

dan masih banyak kekurangan di dalamnya. Oleh karena itu, kami mengucapkan

permohonan maaf yang besar dan kami mengharapkan kritik serta saran dari

pembaca agar menjadi makalah yang lebih baik lagi. Tidak lupa pula, kami

mengucapkan terima kasih kepada semua pihak khususnya kepada Bapak dosen

Biokimia Lanjutan.

Makassar, 11 Mei 2021

Penyusun

ii
 DAFTAR ISI

KATA PENGANTAR.......................................................................................ii

DAFTAR ISI.....................................................................................................iii

BAB I PENDAHULUAN..................................................................................1

1.1. Latar Belakang............................................................................................1

1.2. Rumusan Masalah......................................................................................2

1.3. Tujuan.........................................................................................................2

BAB II PEMBAHASAN........................................................ 3

Replikasi DNA.....................................................................................................3

BAB III PENUTUP............................................................................................14

3.1 Kesimpulan..............................................................................................14

3.2 Saran........................................................................................................14

DAFTAR PUSTAKA.........................................................................................15

iii
 BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

DNA adalah makromolekul yang menyimpan segala informasi biologis

yang sangat berperan dalam kehidupan organisme hidup. DNA tersusun atas tiga

macam molekul, yaitu gula pentosa (deoksiribosa), asam fosfat, dan basa nitrogen.

Dalam pembentukan DNA, terdapat berbagai proses yang terjadi di antaranya

sintesis protein, replikasi DNA, dan proses hibridisasi yang diperlukan untuk

membentuk ikatan antara DNA dengan DNA (Aisah dkk., 2017).

Materi genetis perlu diketahui untuk melihat pewarisan sifat. Replikasi

materi genetis perlu diketahui untuk mengetahui cara materi tersebut diperbanyak

dan diwariskan dari satu sel ke sel berikutnya dan dari satu generasi ke generasi

baru makhluk hidup. Model DNA yang ditemukan oleh Watson dan Crick

menunjukkan bahwa pasangan basa dapat menjadi dasar mekanisme penggandaan

molekul DNA. Karena nukleotida berpasangan maka satu untai DNA dapat

menjadi cetakan (template) untuk untai yang lain. Tiga model replikasi yang

diusulkan pada tahun 1950-an, yaitu Conservative model, Semiconservative model,

dan Dispersive model (Kuswandi, 2014).

Pengetahuan mengenai replikasi DNA tidak hanya untuk kebutuhan ilmu

semata namun dapat dijadikan sebagai rujukan penelitian dan penemuan mutakhir

kedepannya. Melalui pengetahuan replikasi DNA tentu diharapkan dapat

menyelesaikan masalah kehidupan yang sebelumnya belum terselesaikan. Oleh

karena itu, disusunlah makalah ini untuk menjelaskan apa dan bagaimana proses

replikasi DNA.

1
1.2 Rumusan Masalah

1. Bagaimana DNA melakukan replikasi?

1.3 Tujuan

1. Mengetahui replikasi DNA.

2
 BAB II

PEMBAHASAN

DNA Melakukan Replikasi Semi Konservatif

Replikasi semi konservatif adalah tiap dupleks DNA keturunan pada dua generasi

sel-sel mengandung satu untaian induk dan satu uantaian yang baru dibuat. Jenis

replikasi ini disebut semikonservatif karena hanya satu untaian induk yang

dipertahankan pada tiap DNA keturunan. Lain halnya dengan replikasi konservatif,

dimana satu dupleks DNA keturunan mempunyai dua untaian baru. Replikasi semi

konservatif meniadakan suatu mekanisema penyebaran di mana tiap untaian

keturunan DNA mengandung potongan pendek dari kedua induk dan DNA baru

yang bergabung bersama secara acak.

DNA Sirkulasi Melangsungkan Replikasi Secara Dua Arah

Replikasi biasanya terjadi secara dua arah, yakni terdapat dua titik awal replikasi.

Keduanya mulai dari titik awal dan bergerak meninggalkan titik secara bersamaan

dalam dua arah sampai keduanya bertemu. Pada titik ini lingkaran dupleks

keturunan yang lengkap berpisah, masing-masing mengandung satu untaian lama

dan satu untaian baru. Replikasi ini misalnya terjadi pada DNA bakteri dan

berbagai jenis virus.

3
DNA Eukariotik Memiliki Banyak Titik Awal Replikasi

Replikasi DNA eukariotik tentu lebih kompleks dibandingkan replikasi DNA

bakteri atau virus. Replikasi suatu DNA eukariotik dimulai pada banyak titik awal

secara serentak, barangkali lebih dari seribu titik awal. Dengan cara ini, replikasi

seluruh kromosom eukariotik dapat diselesaikan dalam waktu yang lebih singkat

daripada replikasi pada kromosom bakteri. Karena sel eukariotik memiliki banyak

kromosom, semuanya harus direplikasi secara serentak, dengan demikian ribuan

titik awal replikasi bekerja secara serentak di dalam inti sel eukarioktik.

4
Kadang-kadang DNA Direplikasikan Oleh Suatu Proses Menggulung

Beberapa DNA virus direplikasikan dengan suatu mekanisme menggulung satu

arah, salah-satu contohnya diperlihatkan pada Gambar 28-5. Satu dari dua untaian

lingkaran DNA induk pertama-tama dipecahkan oleh suatu enzim. Unit-unit

nukleotida baru kemudian ditambahakn ke ujung 3’ untaian. Pertumbuhan untaian

baru di seputar lingkaran cetakan secara terus menerus menggatikan ujung 5’ dari

untaian yang telah terpisah dari lingkaran cetakan yang menggulung. Dengan

berlanjutnya pertumbuhan untai baru, ujung 5’ yang telah terpisah sekarang

menjadi suatu cetakan linier bagi sintesis suatu untai baru yang bersifat

5
komplementer. Ujung 5’ sekarang beberntuk dupleks, diperpanjang sampai

terbentuk untai DNA anak yang bersifat komplementer dengan salah-satu

lingkaran cetakan induk. Ekor dupleks dapat diuraikan oleh suatu enzim dan

potongan lain dari DNA baru dimulai pada ujung 5 dari untaian DNA. Dengan cara

ini, banyak turunan komplementer dari suatu lingkaran untai tunggal DNA yang

dapat dilepaskan dari lingkaran cetakan.

Ekstrak Bakteri Mengandung Polimerase DNA

Sebuah penelitian membuktikan bahwa sejumlah sangat kecil DNA yang baru

dibentuk, mengandung isotop 32P pada gugus fosfatnya. Enzim yang mengkatalisis

reaksi tersebut disebut polimerasi DNA. Polimerasi DNA yang kemudian dapat

dimurnikan dan sifat-sifatnya dapat ditelaah secara terperinci. Polimerase DNA

6
mengkatalisis pengikatan kovelen unit deoksiribonukleotida baru melalui gugus α-

fosfat dengan ujung 3’hidroksil bebas suatu rantai DNA yang telah lebih dulu

terbentuk.

DNA Yang Telah Terbentuk Diperlukan Untuk Kerja Polimerase DNA

DNA yang telah terbentuk memegang dua peranan penting dalam reaksi

polimerase sebagai suatu primer dan sebagai suatu cetakan.

a. Satu unit DNA yang telah terbentuk bertindak sebagai primer (pengawal)

Polimerase DNA menambahkan nukleotida secara berurutan kepada ujung 3’ dari

suatu untaian primer. Dengan demikian, sintesis untaian DNA baru adalah pada

arah 5’-3’. Polimerase DNA tidak dapat memulai untaian DNA baru itu sendiri.

Polimerase DNA hanya dapat menambah untaian yang sudah ada dan bahkan

kemudian dpat menambah residu nukleotida baru hanya bila tersedia untaian

cetakan.

b. Untaian lain DNA yang telah terbentuk bertindak sebagai suatu cetakan

Bila suatu residu guanin terdapat pada untaian cetakan, residu sitosisn dimasukkan

ke dalam untaian keturunan, dan demikian pula sebaliknya. Dengan demikian,

hasil polimerase DNA adalah suatu pasangan basa dupleks.

Satu untai DNA yang Telah Terbentuk Bertindak Sebagai Primer (Pengawal)

Polimerase DNA menambahkan nukleotida secara berurutan kepada ujung 3’ dari

suatu untaian primer dengan demikian sintesa untaian DNA baru adalah pada arah

5’→3’. Polimerase DNA tidak dapat memulai untaian DNA baru itu sendiri.

Polimerase DNA hanya dapat menambah untaian yang sudah ada dan bahkan

kemudian dapat menambah residu nukleotida baru hanya bila tersedia untaian

cetakan.

7
Untaian Lain DNA yang Telah Terbentuk Bertindak sebagai Suatu Cetakan

Nukleotida ditambahkan ke untaian primer sesuai dengan deret basa dari untaian

cetakan, mengikuti pasangan basa Watson-Crick. Bila residu thimin terdapat dalam

untaian cetakan, residu adenin ditambahkan ke untaian keturunan dan demikian

pula sebaliknya. Serupa dengan itu, bila suatu residu guanin terdapat pada untaian

cetakan, residu sitosin dimasukkan ke dalam untaian keturunan dan demikian pula

sebaliknya. Dengan demikian hasil polimerase DNA adalah suatu pasangan basa

dupleks. Karena kebutuhan adanya untaian primer dan untaian cetakan bebas,

polimerase DNA sendiri tidak dapat mereplikasi suatu kromosom alami yang utuh

baik dalam bentuk suatu lingkaran untaian rangkap, lingkaran untaian tunggal atau

suatu dupleks DNA linear yang utuh dengan seluruh pasangan basa.

Replikasi DNA Membutuhkan Berbagai Enzim dan Faktor Protein

Replikasi tidak hanya membutuhkan suatu polimerase DNA tunggal tetapi 20 atau

lebih jenis enzim dan protein, masing-masing melakukan tugas khusus dalam

proses yang rumit, yang melangsungkan replikasi DNA. Replikasi terjadi pada

beberapa tahap yang meliputi pengenalan titik awal, pembukaan dupleks induk,

penjagaan supaya untaian cetakan terpisah, permulaan untaian DNA baru,

perpanjangan DNA baru, penggulung kembali dan pengakhiran replikasi.

Semuanya ini berlangsung pada kecepatan yang sangat tinggi dan proses replikasi

terjadi dengan sangat tepat. Kompleks keseluruhan dari 20 atau lebih enzim

replikasi dan faktor-faktor ini disebut dengan berbagai nama sistem replikasi DNA

atau replisoma.

Terdapat Tiga Polimerase DNA pada E. coli

Sel-sel E. coli mengandung tiga polimerase DNA yang berbeda, yaitu polimerase

I, II dan III. Polimerase I DNA yang terbanyak adalah enzim. Meskipun Kornberg

8
telah memperlihatkan bahwa enzim ini dapat mereplikasi seluruh molekul DNA

sekecil virus dalam tabung reaksi untuk menghasilkan DNA keturunan yang aktif

secara biologis, kita tahu bahwa polimerase I DNA bukan enzim utama yang

biasanya melakukan perpanjangan DNA. Polimerase I DNA ikut berperan dalam

replikasi tetapi dengan suatu cara yang khusus. DNA polimerase III adalah enzim

yang terutama berperan untuk perpanjangan rantai DNA. Enzim ini berfungsi

dalam membentuk suatu kompleks besar dengan berat molekul kira-kira 550.000

yang disebut holoenzim polimerase III DNA. Sistem polimerase III mengandung

Zn2+ dan membutuhkan Mg2+. Sistem ini juga membutuhkan kedua untaian cetakan

dan primer, dan dengan demikian tidak dapat melakukan inisiasi replikasi. Seperti

polimerase I DNA, polimerase III DNA juga memperpanjang DNA dengan arah

5’→3’ dengan penambahan unit baru ke ujung 3’ untaian primer. Holoenzim

mempunyai sejumlah subunit. Subunit β atau kopolimerase III, dibutuhkan untuk

menjadi dan berikatan dengan untaian primer pada DNA induk. Sekali holoenzim

terikat ke posisi awal yang benar, kopolimerase III dilepaskan dalam bentuk bebas.

Perpanjangan untaian DNA anak kemudian dilakukan oleh kompleks polimerase

III DNA. Kedua polimerase I DNA dan polimerase II DNA menunjukkan tiga

aktivitas enzimatik. Selain memiliki aktivitas polimerase, polimerase DNA ini juga

dapat bertindak sebagai eksonuklease 5’→3’ dan sebagai ekonuklease 3’→5’.

Dengan demikian enzim dapat menghidrolisa ujung nukleotida dari tiap ujung

untaian DNA.

Penemuan Fragmen Okazaki

Penyelidikan penting yang dibuat oleh Reiji Okazaki di Jepang menemukan bahwa

selama replikasi DNA pada E. coli dan bakteri lain banyak DNA yang baru

terbentuk, yang dapat diamati dalam bentuk potongan-potongan kecil. Potongan-

9
potongan DNA ini yang sekarang disebut fragmen Okazaki, berukuran kira-kira

1000-2000 basa. Okazaki membuat postulat bahwa fragmen-fragmen ini

menggambarkan DNA pendek yang di replikasi dengan cara tidak

berkesinambungan dan kemudian bergabung bersama. Penemuan ini akhirnya

membawa pada kesimpulan bahwa satu untai DNA direplikasi secara

berkesinambungan pada arah 5’→3’, bergerak dalam arah yang sama dengan garpu

replikasi, DNA ini disebut untaian pengawal. Untaian lain dibuat secara tidak

berkesinambungan dalam potongan-potongan kecil, juga dengan penambahan unit

baru pada ujung 3’, tetapi dengan arah yang berlawanan dengan pergerakan titik

awal replikasi. Fragmen Okazaki kemudian secara enzimatis bergabung bersama

untuk membuat untaian DNA anak yang kedua, yang disebut untaian pengantara.

Fragmen Okazaki juga dibentuk di dalam sel-sel hewan, tetapi jauh lebih pendek

kurang dari 200 nukleotida.

Replikasi memerlukan pemisahan fisik pada dupleks DNA induk

Sulur ganda DNA merupakan struktur gulungan yang kuat dan bahwa basa-basa

penyandi berada di dalam sulur tersebut, maka kedua untaian induk DNA pasti

terpisah pada sekurang-kurangnya sebuah segmen yang pendek sehingga enzim-

enzim replikasi DNA dapat membaca sekuen basa pada cetakan tersebut.

Walaupun DNA bakteri sudah tergulung rapi secara negative, yakni sedikit tidak

terpilin, pelepasan gulungan selanjutnya diperlukan ketika garpu replikasi bergerak

maju.

Pembukaan gulungan sulur ganda dan pemisahan dua untaian sehingga mereka

dapat direplikasikan, dimungkinkan oleh beberapa protein khusus. Enzim yang

dikenal sebagai helikase membuka gulungan potongan-potongan pendek DNA

pada daerah sebelum garpu replikasi. Pembukaan gulungan DNA memerlukan

10
energy untuk memisahkan setiap pasangan basa yang dihasilkan oleh hidrolisa dua

molekul ATP menjadi ADP dan fosfat. Begitu sebuah rangkaian pendek telah

dibuka gulungannya, beberapa molekul protein pengikat DNA mengikat setiap

untaian yang terpisah tersebut secara kuat yang mencegah untaian tersebut kembali

bersama-sama menjadi pasangan-pasangan basa semula sekuen, basa tersebut,

karenanya memasuki system replikasi. Polimerase DNA langsung dapat

memperpanjang untaian pengawal dengan menambahkan nukleotida pada ujung 3’

untaian pengawal. Protein khusus lainnya memungkinkan penggunaan primasi

pada cetakan untaian. Primase kemudian dapat terikat pada untaian membentuk

RNA primer bagi fragmen OKozaki.

System replikasi menyelesaikan tiap sambungan dalam untaian antara, system

enzim ini bergerak di sepanjang DNA yang replikasi. Kedua untaian baru, bersama

dengan untaian cetakan pasangannya membnetuk dupleks keturunan secara

otomatis, masing-masing mengandung satu untaian baru dan satu untaian induk.

Tidak ada energy yang dibutuhkan untuk pembentukan sulur alfa baru, tidak juga

ada enzim penggulung yang dibutuhkan.

Polimerase DNA dapat menyunting dan memperbaiki kesalahan

Telah ditetapkan bahwa replikasi DNA pada E. coli berlangsung dengan banyak

masalah dalam tiap 109 sampai dengan 1010 nukleotida. Karena kira-kira 4,5 x 106

pasangan basa dalam kromosom E. coli, hanya satu nukleotida yang menyimpang

yang akan disisipkan bagi tiap 10.000 sel yang melakukan satu divisi.

Penelitian pada sifat-sifat polymerase DNA yang tinggi kemurniannya telah

menghasilakn:

1. Polymerase 1 dan 3 DNA menunjukkan 3 aktivitas ensimatik yang berada.

11
 2. 2. Enzim berfungsi sebagai suatu polymerase DNA

3. dan juga enzim dapat menghilangkan residu nukleotida dari ujung 5’ suatu

potongan DNA

Replikasi pada sel-sel eukariyotik sangat rumit

Replikasi DNA eukariyotik harusnya lebih rumit dari replikasi E. coli, karena sel-

sel eukaryotic memiliki banyak kromosom yang direplikasi secara serentak dan

eukaryotic jauh lebih besar dari prokaryotic. Bukti bahwa dasar proses enzimatik

dalam replikasi DNA eukaryotik, sekali telah “terbuka” dan menjadi tersedia

adalah sama dengan yang terjadi di dalam prokaryotic juga direplikasi melalui

fragmen Okazaki., yang jau lebih pendek daripada yang ada pada bakteri,

meskipun proses ini juga dimulai dengan RNA primer. Dalam sel mamalia telah

dihitung bahwa kecepatan pergerakan garpu replikasi adalah hanya kira-kira 60

basa per detik, atau kurang dari 1 nanometer/menit. Meskipun demikian, seribu

garpu replikasi atau lebih berfungsi secara serempak pada kromosom eukaryotik.

Gen ditranskrip untuk menghasilkan DNA

Dalam proses ini suatu untaian RNA yang memiliki deret basa yang melengkapi

satu untaian DNA disintesa oleh suatu system enzim. Transkrip harus dilakukan

secara benar bila sel ditunjukkan untuk protein dengan urutan-urutan asam amino

yang telah ditentukan secara genetik.

Terdapat 3 jenis RNA sebagai hasil transkripsi:

1. RNA kurir (mRNA), dikirim ke ribosoma dengan tujuan untuk menyandi

deret asam amino satu polipeptida atau lebih yang dispesifikasiakan oleh

suatu gen atau rangkaian gen-gen dalam kromosom. Ada 90-95% dari

kromosom E. coli yang menyandi mRNA, kemudian sisanya menyandi

12
 2. RNA transfer

3. RNA ribosom dan juga untuk deret pengatur, pengawal, pengantara dan

ekor.

Perbedaan antara replikasi dan transkripsi, yaitu selama replikasi seluruh

kromosom digandakan untuk menghasilkan DNA keturunan yang identic dengan

DNA induk. Sedangkan proses transkripsi tidak seluruh sel DNA perlu ditranskrip.

Biasanya hanya gen-gen peroroangan atau kelompok gen-gen yang ditranskrip.

RNA pembawa pesan menyandi rantai polipeptida

Hipotesis mengenai bentuk RNA membawa pesan genetic untuk biosintesis protein

pertama kali dikemukakan oleh suatu kenyataan bahwa di dalam eukaryotik, DNA

hampri seluruhnya dikurung dalam inti, sedangkan sintesis protein terjadi terutama

pada ribosoma di dalam sitoplasma. Beberapa makromolekul selain DNA oleh

karenanya pasti membawa berita genetik dari nukleus ke ribosoma. Pada tahun

1961, Francois Jacob dan Jaques Monod mengusulakn nama RNA kurir (pembawa

pesan) bagian keseluruhan sel RNA yang membawa informasi genetika dari DNA

ke ribosoma, dimana pembawa tersebut menyediakan dirinya sebagai cetakan

untuk biosintesis rantai-rantai polipeptida dengan sekuen asam amino yang khas.

13
 BAB III

PENUTUP

1.1 Kesimpulan

Tiga model replikasi DNA yang diusulkan adalah konservatif, semikonservatif,

dan dispersif.

1.2 Saran

Untuk lebih memahami mengenai replikasi DNA disarankan untuk banyak

membaca buku besar biokimia dan jurnal-jurnal terbarukan

14
 DAFTAR PUSTAKA

Aisah, I., Fadilah, F.N., Suyudi, M., 2017, Aplikasi Logika Matematika Pada
Aljabar Untaian Dna Dalam Proses Hibridisasi, Sigma-Mu, 9(2): 1-8.
Thenawijaya, M., 2005, Dasar-dasar Biokimia Jilid 3, Erlangga: Jakarta.

15