MAKALAH

METODE REKAYASA GENETIKA TANAMAN

ERIK NANDA PUTRA 20177007

PROGRAM STUDI MAGISTER PENDIDIKAN BIOLOGI

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS NEGERI PADANG
PADANG
2021
 BAB I
PENDAHULUAN

Transgenik adalah tanaman yang telah direkayasa bentuk maupun kualitasnya

melalui penyisipan gen atau DNA binatang, bakteri, mikroba, atau virus untuk tujuan
tertentu. Organisme transgenik adalah organisme yang mendapatkan pindahan gen
dari organisme lain. Gen yang ditransfer dapat berasal dari jenis (spesies) lain seperti
bakteri, virus, hewan, atau tanaman lain. Secara ontologi tanaman transgenik adalah
suatu produk rekayasa genetika melalui transformasi gen dari makhluk hidup lain ke
dalam tanaman yang tujuannya untuk menghasilkan tanaman baru yang memiliki sifat
unggul yang lebih baik dari tanaman sebelumnya. Pembuatan tanaman transgenik
adalah dengan cara gen yang telah diidentikfikasi diisolasi dan kemudian dimasukkan
ke dalam sel tanaman.
Melalui suatu sistem tertentu, sel tanaman yang membawa gen tersebut dapat
dipisahkan dari sel tanaman yang tidak membawa gen. Tanaman pembawa gen ini
kemudian ditumbuhkan secara normal. Tanaman inilah yang disebut sebagai tanaman
transgenik karena ada gen asing yang telah dipindahkan dari makhluk hidup lain ke
tanaman tersebut (Muladno, 2002). Tanaman transgenik merupakan hasil rekayasa
gen dengan cara disisipi satu atau sejumlah gen. Gen yang dimasukkan itu - disebut
transgene - bisa diisolasi dari tanaman tidak sekerabat atau spesies yang lain sama
sekali.
Salah satu alternatif teknologi yang dapat digunakan dalam program
pemuliaan tanaman untuk meningkatkan produksi pertanian adalah teknologi rekayasa
genetika. Teknologi ini telah terbukti menghasilkan tanaman transgenik yang luas
areal penanamannya telah mengalami peningkatan lebih dari 40 kali, yaitu sejak dari
1,7 ha pada saat diintroduksi pada tahun 1996 menjadi 67,7 juta pada tahun 2003
(James 2003). Sepertiga bagian dari total area pertanaman transgenik tersebut, 20 juta
ha ditanam di negara-negara yang sedang berkembang. Pada tahun 2003 lebih dari 10
juta petani di 25 negara telah menanam tanaman transgenik dengan total market value
mencapai US$ 4 miliar.
 BAB II
PEMBAHASAN

A. Metoda Rekayasa Genetika Tanaman

1. Transformasi Genetik Tanaman
a. Definisi Transformasi genetik tanaman
Transformasi genetik pada tanaman adalah mentransfer gen asing yang
diperoleh dari tanaman, virus, bakteri, hewan, atau manusia pada suatu
spesies tanaman tertentu. Atau bisa juga dikatakan suatu proses untuk
mendapatkan tanaman transgenik. Gen asing yang diperoleh dari mahluk
hidup tertentu tersebut direkayasa secara molekuler sehingga bisa disisipkan
ke dalam genom tanaman. Gen asing hasil rekayasa genetika yang disisipkan
pada spesies tanaman tertentu disebut transgen, sehingga tanaman yang
tersisipi transgen disebut tanaman transgenik. Dengan demikian, tanaman
transgenik dapat didifinisikan sebagai tanaman yang telah disisipi gen asing
yang berasal dari mahluk hidup lainnya, bisa sesama tanaman, hewan,
ataupun bakteri.
Tujuan dari pembuatan tanaman transgenik adalah untuk mendapatkan
tanaman unggul yang lebih baik dari tanaman aslinya. Pada awal dibuatnya
tanaman transgenik sebenarnya untuk mengatasi masalah pangan dunia.
Meningkatnya jumlah penduduk menyebabkan produksi pangan tidak dapat
memenuhi kebutuhan pangan mereka. Untuk meningkatkan luas areal
pertanian tidak memungkinkan karena semakin sempitnya luas lahan
pertanian. Sementara intensifikasi budidaya pertanian (melalui penggunaan
pupuk kimia dan pestisida) menimbulkan dampak buruk pada lingkungan dan
dampak residu pada produk yang membahayakan konsumen. Di sisi lain,
diketahui bahwa kehilangan produksi pertanian sebagian besar disebabkan
oleh hama, penyakit dan gulma. Dengan demikian dilakukanlah upaya
pembuatan tanaman transgenik yang tahan terhadap hama, penyakit dan tahan
terhadap herbisida. Jadi tujuan awal utamanya adalah peningkatan produksi
pangan.

b. Tahapan Transformasi genetik Tanaman

Proses transformasi genetik pada tanaman melewati beberapa tahapan
yaitu: Insersi transgen; integrasi transgen ke genom tanaman; dan ekspresi
transgen yang terintegrasi pada genom. Pada tahapan insersi transgen
dibutuhkan suatu metode bagaimana transgen bisa terinsersi ke sel tanaman.
Apabila transgen sudah masuk ke sel tanaman, tahapan selanjutnya adalah
transgen tersebut harus benarbenar terintegrasi ke genom tanaman. Artinya
transgen benar-benar bersatu dengan DNA kromosom yang ada di dalam inti
sel tanaman. Jika transgen benar-benar telah terintegrasi, selanjutnya akan
terekspresi bersama dengan ekspresi gen tanaman. Pada tahapan ini, DNA
sudah ditranskripsi menjadi RNA dan selanjutnya terbentuk protein yang
dikode oleh gen tersebut melalui proses translasi. Pada tahap ini suatu gen
dapat dikatakan secara fungsional sudah berfungsi.
Metode Insersi transgen dapat dilakukan dengan beragam cara,
diantaranya adalah :
1) Agrobacterium-mediated transformation (metode transformasi dengan
bantuan Agrobacterium)
2) Microprojectile bombardment (penembakan dengan peluru mikro)
 3) Electroporation (Elektroforasi)
4) Silicon carbide-mediated transformation (transformasi dengan media
karbid silikon)

c. Trasnformasi genetik melalui Agrobacterium tumefaciens

Agrobacterium tumefaciens adalah bakteri gram negatif yang secara
alamiah menginfeksi tanaman dikotil dan menyebabkan tumor pada batang
tanaman.

Agrobacterium tumefaciens memiliki dua macam DNA, yakni DNA yang

terletak di dalam kromosom dan DNA plasmid yang berbentuk circular
(melingkar) yang terletak di luar kromosom. Pada saat Agrobacterium
tumefaciens menginfeksi sel tanaman, ada sepenggal DNA yang ada pada
plasmid tersebut yang terintegrasi dengan stabil ke genom tanaman,
kemudian terekspresi dan menyebabkan tumor. Sepenggal DNA tersebut
dikenal sebagai T-DNA (Transferred-DNA). Sedangkan plasmid yang
membawa T-DNA disebut Ti plasmid (Ti=tumor inducing). T-DNA ini
dibatasi oleh Left border (LB) serta Right border (RB) yang panjangnya
25bp.

Pada T-DNA terdapat dua tipe gen. Yang pertama adalah gen yang
mengkode pembentukan hormon auksin dan sitokinin. Ketika T-DNA
terintegrasi ke genom tanaman, gen ini terekpresi pada tanaman, maka auksin
dan sitokinin akan diproduksi secara berlebihan oleh tanaman dan
menstimulasi pertumbuhan sel yang tidak terorganisir sehingga terbentuk
tumor. Yang kedua adalah gen untuk sintesis opini. Gen sintesis opini ini
terekspresi pada sel tanaman sehingga sel tanaman mensintesis opini, dan
opini ini selanjutnya digunakan oleh Agrobacterium sebagai sumber karbon /
nitrogen (makanan) untuk pertumbuhan Agrobacterium itu sendiri.
Selain itu plasmid juga membawa sekelompok gen Vir yang membantu
dalam proses transfer namun tidak ikut tertransfer dan terintegrasi ke genom
tanaman. Keberadaan gen Vir ini sangat penting dalam proses transfer. Proses
transfer T-DNA dimediasi oleh kerjasama dari proteinprotein yang dikode
oleh gen-gen Vir tersebut yang terdapat pada virulence region pada Ti
plasmid dan juga oleh gengen yang terdapat pada kromosom bakteri. Secara
alamiah pada pembentukan tumor karena infeksi Agrobacterium tumefaciens,
sel tanaman yang luka menghasilkan asetosiringon (AS) yaitu suatu senyawa
 kimia yang berfungsi sebagai ‘attractant’ bagi Agrobacterium. AS
mengaktifkan sekelompok gen Vir pada plasmid di dalam sel bakteri
sehingga menyebabkan gen Vir terekspresi dan menghasilkan protein Vir.
Protein Vir yang dihasilkan oleh gen Vir ini memungkinkan terjadinya
transfer T-DNA ke genom tanaman. Protein Vir inilah yang membantu
terlepasnya T-DNA sehingga masuk ke sitoplasma, kemudian ke inti sel dan
terintegrasi ke DNA tanaman pada kromosom. Selanjutnya T-DNA
terekspresi dan secara fenotipik terlihat sebagai tumor. Secara skhematis T-
DNA dengan gen-gen yang ada di dalamnya. Sistem transfer T-DNA dari
plasmid bakteri ke genom tanaman inilah yang kemudian diadopsi oleh para
pekerja rekayasa genetika untuk mentransfer gen yang diinginkan (gene of
interest) ke genom tanaman melalui Agrobacterium tumefaciens.

d. Transformasi genetik melalui in vitro

Transformasi in vitro adalah proses transformasi yang dilakukan secara
in vitro di laboratorium. Pada transformasi in vitro dibutuhkan pengetahuan
serta keahlian di bidang kultur jaringan. Keahlian ini dibutuhkan untuk
menghasilkan target transformasi, melakukan transformasi dan
menumbuhkan target menjadi tanaman transgenik.
Target transformasi adalah suatu sel/jaringan tanaman yang dijadikan
target dimana nantinya transgen (yang mengandung gene of interest)
diharapkan bisa terintegrasi pada sel-sel target. Pada transformasi genetik
melalui Agrobacterium tumefaciens, target transformasi ini diinokulasi
dengan suspensi Agrobacterium tumefaciens yang sudah membawa transgen.
Selanjutnya, target yang sudah tersisipi gen inilah yang akan ditumbuhkan
menjadi tanaman transgenik. Target untuk transformasi memiliki beberapa
persyaratan, diantaranya: tidak rekalsitran, artinya memiliki respon terhadap
media tumbuh; suceptible terhadap infeksi Agrobacterium (dapat atau mudah
terinfeksi); serta dapat beregenerasi menjadi tanaman utuh.
Target transformasi untuk transformasi yang dilakukan secara in vitro
dapat berupa:
1) Protocorm / protokorm : adalah bentukan warna kuning / hijau yang
merupakan bentuk perkembangan dari biji anggrek yang disemai.
2) Protocorm like bodies / plb : adalah bentuk yang menyerupai protokorm,
namun berasal dari kultur sel-sel somatik
3) Kalus : struktur yang tidak terdiferensiasi yang muncul dari jaringan /
organ yang mengalami dediferensiasi, misalnya irisan daun yang ditanam
pada media dengan 2,4-D. 2,4-D merupakan ZPT yang sangat penting
dalam pembentukan kalus. Kalus dihasilkan dari kultur organ baru
kemudian dilakukan inokulasi dengan Agrobacterium.
Kalus juga bisa terbentuk setelah suatu organ diinokulasi dengan
Agrobacterium, contohnya adalah metode transformasi dengan leaf disc
seperti terlihat pada gambar dibawah ini.
 Berdasarkan gambar diatas maka prosesnya adalah:
a) Organ tanaman (daun) diambil sebagai eksplan dengan ’cork borrer’
sehingga tampak potongan eksplan yang berbentuk bulat seperti piring
(leaf disc);
b) Eksplan direndam dengan suspensi Agobacterium (diinokulasi);
c) Eksplan kemudian ditanam pada media padat untuk induksi kalus selama
3 hari (ko-kultivasi);
d) Eksplan dicuci bersih dengan antibiotik untuk eliminasi Agrobacterium,
kemudian ditumbuhkan pada media padat untuk induksi kalus
Selanjutnya kalus ditumbuhkan menjadi tunas dengan melakukan sub-
kultur pada media induksi tunas;
e) Tunas, tunas yang tumbuh selanjutnya di sub kultur ke media seleksi
sebagai seleksi awal untuk mendapatkan kandidat transgenik. Seleksi
awal biasanya digunakan antibiotik tertentu tergantung gen selectable
marker yang digunakan. Misalnya untuk gen hpt, digunakan antibiotik
higromisin untuk seleksi awal transgenik;
f) Tunas - runas yang tetap hijau ditumbuhkan menjadi plantlet dan disebut
sebagai kandidat tanaman transgenik. Konfirmasi gen dilakukan dengan
PCR (Polymerase Chain Reaction) dengan suatu primer spesifik yang
bisa digunakan untuk mendeteksi keberadaan transgen dalam genom
tanaman.
Menumbuhkan target transformasi menjadi tanaman secara utuh
merupakan pekerjaan dalam kultur in vitro, sehingga diwajibkan untuk
pekerja di bidang rekayasa genetik untuk memahami serta memiliki keahlian
bidang kultur in vitro.

e. Transformasi genetik dengan metode in planta

Transformasi in planta adalah transformasi dimana proses insersi gen
(inokulasi dengan Agrobacterium) dilakukan tidak secara in vitro, melainkan
di luar laboratorium. Transformasi in planta menjadi lebih efisien
dibandingkan in vitro karena pekerjaan ”menjaga kondisi steril” secara in
vitro dapat dihindari. Menjaga kondisi steril dalam proses transformasi secara
in vitro sangat rumit. Misalnya overgrowth dari Agrobacterium yang sangat
sulit dieliminasi dan pada akhirnya menimbulkan kematian eksplan atau
target transformasi. Selain itu, dalam tahapan eliminasi, beberapa jaringan
eksplan tidak tahan terhadap antibiotik yang digunakan untuk mengurangi
atau menghilangkan Agrobacterium sehingga menimbulkan kematian
jaringan target. Pada transformasi in planta, pekerjaan rumit tersebut dapat
dihindari.
Transformasi in planta dicontohkan oleh Supartana, et al (2005) pada
tanaman padi. Caranya, biji-biji padi direndam selama dua hari dalam air.
Selanjutnya, jarum kecil yang sudah dicelup dengan suspensi Agrobacterium
(yang membawa plasmid dengan gen yang diinginkan) ditusukkan pada baian
biji pada sisi (bagian) pangkal dimanaterdapat embrio. Selanjutnya, biji-biji
yang sudah diinokulasi tersebut ditumbuhkan pada media dalam pot dengan
kondisi tidak steril. Dibiarkan terjadi penyerbukan secara alamiah dan
terbentuk biji. Biji-biji tersebut ditumbuhkan untuk menjadi tanaman padi.
Selanjutnya tanaman padi ini diseleksi awal untuk mendapatkan kandidat
transgenik. Konfirmasi keberadaan transgen pada kandidat transgenik
dilakukan dengan PCR.
Contoh lain dari transformasi in planta diberikan oleh Clough and Bent
(1998) dengan metode ”flower dip” pada tanaman Arabidopsis thaliana.
Tanaman A. thaliana ditumbuhkan dalam pot dalam rumah plastik. Tunas
inflorecence (bakal bunga) yang pertama dibuang untuk merangsang
tumbuhnya banyak bakal bunga yang baru. Selanjutnya bakal bunga yang
masih melekat pada tanaman dicelupkan selama 30 detik pada suspensi
Agrobacterium yang sudah dipersiapkan. Selanjutnya bakal bunga dibiarkan
tumbuh menjadi bunga dan membentuk biji. Biji-biji dikoleksi untuk ditanam
kembali. Tanaman yang tumbuh dari biji tersebut diseleksi awal untuk
mendapatkan kandidat transgenik. Selanjutnya konfirmasi keberadaan
transgen pada genom tanaman dilakukan dengan PCR.
Transformasi Gen Pembungaan dengan metode In Planta pada
Tanaman Anggrek Vanda tricolor Lindl.
Penelitian ini dilakukan oleh penulis, dilatarbelakangi oleh lamanya masa
juvenil anggrek genus Vanda. Padahal sebagai tanaman hias, nilai bunga
sebagai daya tarik estetika amatlah penting artinya. Anggrek genus Vanda
rata-rata berbunga lima sampai tujuh tahun setelah biji disemai, sehingga
upaya perbaikan sifat pembungaan ini sangat dibutuhkan.
Upaya perbaikan sifat tanaman dilakukan rekayasa genetika dengan
pertimbangan waktu yang dibutuhkan lebih singkat karena perbaikan sifat
langsung diarahkan pada DNA tanaman sebagai sumber heretabilitas atau
pembawa sifat yang diturunkan pada tanaman. Overekspresi gen pembungaan
ini diharapkan menghasilkan kultivar baru spesies anggrek V. tricolor Lindl.
yang cepat berbunga. Kultivar baru ini dapat dijadikan induk persilangan
pada pemuliaan konvensional sehingga nantinya dihasilkan Vanda hibrid
yang memiliki sifat unggul yakni berbunga lebih cepat. Mengingat Vanda
hibrid memiliki nilai tinggi secara ekonomis, maka hasil penelitian ini akan
sangat bermanfaat bagi pengembangan agribisnis anggrek khususnya di
Indonesia. Gen pembungaan yang digunakan dalam penelitian ini adalah
PaFT (Phalaenopsis Flowering locus T), yaitu suatu gen pembungaan yang
diisolasi dari tanaman anggrek
2. Pengeboman Mikroproyektil / Biolistik

Pengeboman mikroproyektil juga dikenal sebagai metode biolistik. Klein

dkk. (1992) adalah yang pertama melaporkan pengiriman DNA ke dalam sel
tanaman menggunakan mikroproyektil berkecepatan tinggi. Partikel terlapis
ditembakkan dengan kecepatan tinggi (300 – 600 m/dt) menggunakan alat khusus
yang disebut particel gun. Dengan kecepetan ini MB dapat berpenetrasi ke
dinding dan membran sel tanaman. Dalam proses ini, proyektil mikro yang
membawa DNA atau RNA donor dipercepat dan menembus dinding sel dan
membran tanpa membunuhnya. Metode ini memungkinkan pengiriman gen di
banyak organel subseluler, jamur, bakteri, sel tumbuhan dan sel hewan serta tidak
memerlukan vektor.

3. Elektroporasi

Serangkaian teknik diuraikan untuk mengirimkan DNA donor ke dalam

protoplas. Metode ini didasarkan pada kapasitas totipotensi sel tumbuhan, yang
memungkinkan regenerasi dari protoplas. Protoplas (sel tumbuhan tanpa dinding
sel) diperoleh dengan menghilangkan dinding sel secara enzimatik dan DNA
 donor (misalnya, plasmid DNA telanjang) dapat dimasukkan menggunakan
elektroporasi dan mikroinjeksi atau transduksi kimia.
Elektroporasi menginduksi pembentukan sementara mikropori di membran
sel di bawah medan listrik. Sel tumbuhan ditransformasikan dalam protoplas
untuk memastikan akses DNA donor ke dalam sel, yang telah ditembus oleh
penerapan impuls listrik. Protoplas tanaman juga dapat mengambil makromolekul
lain (yaitu, lipid dan protein) dari cairan sekitarnya. Elektroporasi dibatasi oleh
kebutuhan regenerasi sel yang ditransformasi dan laju transformasi yang terbatas.

4. Mikroinjeksi

Teknik lain untuk transformasi protoplas termasuk mikro injeksi,di mana

DNA donor disuntikkan langsung ke dalam sel melalui pipet injeksi mikrokapiler
kaca. Transformasi protoplas kelapa sawit (difiksasi dalam substrat alginat)
dengan mikroinjeksi DNA eksogen hanya menunjukkan efisiensi 14%, meskipun
kelompok penelitian lain telah melaporkan efisiensi 20% -53% dalam tembakau.
Namun, metode ini tetap melelahkan dan juga membutuhkan peralatan khusus.

B. Produk-produk Rekayasa Genetika Tanaman

Produk hasil rekayasa genetika terutama dalam bidang tanaman telah banyak
ditemukan. Produk hasil rekayasa genetika tanaman biasanya berupa bahan
pangan yang sangat dibutuhkan dalam kehidupan sehari-hari masyarakat,
diantaranya:
1. Tanaman Jagung
2. Tanaman Canola
3. Tanaman Kedelai
4. Tanaman Tebu
5. Tanaman Padi
 Referensi:
Aldemita, R.R. and Hodges, T.K. 1996. Agobacterium tumefaciens-mediate
transformation of Japonica and Indica rice varieties. Planta 199 (4) : 612-617
https://standarpangan.pom.go.id/produk-standardisasi/produk-rekayasa-genetik

Coralia Bleotu, Lilia Matei, Laura D. Dragu, Liana Grigorescu , Carmen C. Diaconu,
Gabriela Anton. 2018. Methods for Plant Genetic Modification: Genetically
Engineered Foods, 385–401. Academic Press.