Sifat2 Umum Virus & Penghitungan Virus (B.nanik)
Sifat2 Umum Virus & Penghitungan Virus (B.nanik)
1
SIFAT-SIFAT UMUM VIRUS
Oleh : Nanik Sianita Widjaja
Tujuan Pembelajaran :
Setelah mempelajari bab ini :
Mahasiswa dapat memahami sifat virus
Mahasiswa dapat memahami struktur dan ukuran virus
Mahasiswa dapat memahami susunan kimiawi virus
Dahulu adanya virus hanya dapat dideteksi lewat kemampuannya melalui saringan ultra filter dan
kemampuan menginfeksi binatang yang peka. Kemudian, ditemukan bahwa virus adalah suatu
mikroorganisme yang tidak dapat dilihat dengan mikroskop biasa dan tidak dapat dibiakkan pada
media yang tidak mengandung sel hidup.
Istilah "virus dapat difilter" kemudian menjadi kacau setelah kemudian ternyata bahwa kuman spesies
tertentu mempunyai ukuran lebih kecil dari pada ukuran virus yang paling besar dan terdapat filter
yang dapat menahan partikel virus yang terkecil.
Pada tahun 1940 ditemukan teknik elektron mikroskop yang dapat digunakan untuk melihat
morfologi virus. Kemudian pada tahun 1959 ditemukan metode "pengecatan negatif" (negative
staining) yang memperluas pengetahuan mengenai ultra struktur virus.
1. Definisi:
Virus adalah mikroorganisme penyebab infeksi yang dapat melalui ultrafilter, bersifat intraseluler
obligat parasit dan hanya dapat berkembang biak didalam sel hidup.
Virus dibedakan dengan mikroorganisme lain berdasarkan:
(1) Partikel virus yang lengkap mengandung satu jenis asam nukleat sebagai genom yang terbungkus
dalam selubung protein yang melindungi asam nukleat virus terhadap pengaruh luar dan
mempermudah perlekatan serta kemungkinan penetrasi virus pada sel-sel yang peka.
(2) Genom, asam nukleat mengandung satu jenis asam nukleat DNA atau RNA, beruntai satu (single
stranded) atau beruntai ganda ( double stranded).
(3) Virus tidak mempunyai aktivitas metabolisme dan tidak mempunyai sistem enzim serta lain-lain
unsur pokok untuk hidup bebas dan berkembang biak.
(4) Virus tidak mempunyai ribosom.
(5) Virus tidak dapat tumbuh berkembang melalui pembelahan seperti pada lain-lain mikroorganisme,
tetapi virus berkembang biak dengan unsur genetis pada asam nukleatnya dengan cara biosintesis.
(6) Virus tidak mempunyai metabolisme sehingga virus tidak peka terhadap antibiotika dan lain-lain
bahan yang bekerja pada proses metabolisms mikroorganisme.
(7) Sebagian virus peka tethadap interferon.
(8) Beberapa virus dapat menyebabkan infeksi laten. Pada keadaan ini tercapai keseimbangan antara
virus dengan tuan rumah.
Kapsomer
Asam nukleat
Kapsid nukleokapsid
Ukuran virus bervariasi dari, virus yang terbesar (pox virus) yaitu 300 x 200 nm, kira-kira sebesar
elementary body dari chlamydia; sedangkan ukuran virus yang terkecil (picorna virus) berdiameter
200x 28 nm, lebih kurang sebesar molekul protein yang besar. Bila dibandingkan dengan ukuran
kuman maka secara diagram dapat digambarkan bahwa sekelompok virus besarnya adalah sama
dengan satu sel bakteri E.coli ( gambar 1.2).
Struktur dasar virus dan simetri virus dapat dilihat dengan mikroskop elektron dengan menggunakan
zat warna logam berat misalnya phosphotungstic acid (PTA) untuk mempertegas struktur permukaan
virus melalui "pewarnaan negatif”.
Arsitektur virus dapat dikelompokkan dalam 3 tipe berdasarkan simetri virus: (1) memiliki simetri
helix atau helical symetry; (2) memiliki simetri kubus atau cubic symetry; (3) memiliki struktur
kompleks.
Outline of E.Coli
Orthomyxovirus
Poxvirus
Parvovirus
Paramyxovirus
Papovavirus
Rhabdovirus Leukovirus
Adenovirus
Coronavirus
Herpesvirus
Picornavirus
Reovirus Iridovirus
Togavirus
T-even
bacteriophage
Arenavirus
100 nm
Gambar 1.2 : Diagram skematis. perbandingan antara satu sel bakteri dengan sekelompok virus.
3. Satuan Ukuran Virus
1). Dalam satuan masa: Dalton. Satu dalton adalah masa dari satu atom hidrogen yaitu sama
dengan 1.67 x 10-24 g. Berat molekul komponen asam nukleat virus dinyatakan dalam dalton.
Untuk memisahkan asam nukleat dari virion dapat dilakukan dengan menambah (1) fenol, (2)
detergen yang akan melisis protein virus misalnya sodium deoksikholat, (3) ensim proteolitik pada
suspensi virus. Setelah pemurnian asam nukleat yang telah bebas dari virion maka dapat
ditentukan berat molekulnya. Berat molekul genom virus RNA berkisar antara 2 x 10 6 dan 4 x 106,
tetapi pada virus RNA beruntai ganda misalnya reovirus berat molekulnya lima kali lebih besar
yaitu kira-kira 15 x 106.
Kebanyakan virus DNA mempunyai berat molekul asam nukleat sangat tinggi dan lebih
bervariasi daripada virus RNA, misalnya virus vaksinia mempunyai berat molekul DNA 160 x 10 6;
virus herpes mempunyai berat molekul DNA 50 – 90 x 106 dalton.
2). Dalam satuan panjang: milimikron (mu) atau nanometer (nm) yaitu sama dengan 10 -6
milimeter (mm). Angstrom (A atau AU) digunakan untuk mengukur struktur yang terkecil dari
virus, misalnya kapsomer. Hubungan antara unit satuan panjang adalah sebagai berikut:
1 meter (m) = 1000 milimeter (mm)
1 milimeter = 1000 mikrometer (um)
1 mikrometer = 1000 nanometer (nm)
1 nanometer = 10 Angstrom unit (A atau AU)
Gambar 1.3
Rumus struktur nitrogen basa (adenin, guanin, thymin, cytosin) pada DNA.
Pada RNA thymin diganti dengan uracil (adenin, guanin, uracil, cytosin). Pentosa pada DNA
dioksiribosa, pada RNA ribosa.
Molekul asam phosphat rnenghubungkan basa dengan gula.
Pertanyaan:
1. Jelaskan apakah yang dimaksud dengan virus merupakan organisme "intraseluler obligat
parasit"?
2. Bagaimana cara memisahkan kontaminan bakteri yang terdapat pada suspensi virus?
3. Bagaimana cara menghilangkan pencemaran bakteri pada suspensi virus?
Bab.VI
PENGHITUNGAN VIRUS
Oleh : Nanik Sianita Widjaja
Tujuan Pembelajaran :
Setelah mempelajari bab ini :
Mahasiswa dapat memahami penghitungan virus secara kimiawi dan alami
Mahasiswa dapat memahami penghitungan virus berdasarkan infektivitas
Penghitungan virus didasarkan atas sifatnya sebagai bahan kimia yang kompleks dan sebagai
mikroorganisme yang hidup. Jadi dapat dihitung secara kimiawi atau alami, atau akibat
interaksinya dengan sel yang hidup yaitu infektivitas.
Virion dapat dihitung secara langsung pada mikroskop elektron. Teknik ini menghitung secara
langsung jumlah partikel virus yang ada; penghitungan ini tidak membedakan antara partikel yang
menular (infeksius) dengan yang tidak menular (non-infeksius).
Hemaglutinasi: Eritrosit manusia, ayam dan lain-lain hewan dapat diaglutinasi oleh
banyak macam virus. Hemaglutinasi ini biasanya disebabkan oleh virionnya sendiri. Pada beberapa
hal, seperti pada pox virus, hemaglutinasi disebabkan oleh hemaglutinin yang dihasilkan selama
pembiakan virus dan bukan oleh virion sendiri. Pecahan-pecahan virion juga dapat menyebabkan
hemaglutinasi, yaitu hemaglutinin yang disebabkan oleh miksovirus yang dipecah oleh eter. Karena
ini positif baik pada virus penyebab infeksi maupun yang tidak menyebabkan infeksi, teknik ini
menentukan seluruh jumlah partikel virus yang ada.
ID 50 (=infektive dose 50) adalah dosis minimal yang masih dapat menginfeksi 50%
dari telur ayam berembrio, perbenihan jaringan atau binatang percobaan yang digunakan. Bila yang
digunakan untuk titrasi adalah telur ayam berembrio maka istilahnya EID 50 (=egg infektive dose 50)
. Penilaian daya infeksi pada telur ayam berembrio adalah khas untuk virus tertentu; reaksi positif
pada virus ND berupa adanya hemaglutinasi; pada virus herpes dan virus cacar berupa lesi pock
pada selaput khorio alantois. Pada titrasi dengan binatang percobaan bila infeksi berakhir dengan
kematian memakai istilah LD50 (= lethal dose 50). TCID50 (= tissue culture infective dose 50) bila titrasi
pada perbenihan jaringan, infeksi yang positif berupa adanya efek sitopatik pada selselnya. Titrasi
pada perbenihan jaringan juga dapat dengan cara membentuk plaque, dengan melapisi sel yang sudah
diinfeksi dengan 1% agar. Titer dari virus dapat dihitung secara langsung dari jumlah plaque yang
terbentuk dan pengenceran virus yang dinyatakan dalam plaque forming unit (=PFU).
DEP yaitu pengenceran tertinggi yang masih dapat menimbulkan reaksi positif pada
hewan percobaan, telur ayam berembrio atau perbenihan jaringan. 50% DEP dihitung berdasarkan
rumus; Reed and Muench atau rumus Karber.
Virus yang akan dititrasi terlebih dahulu diencerkan dengan berbagai pengenceran,
untuk mudahnya dibuat kelipatan 10, misalnya pengenceran 10 -1, 10-2, 10-3, dan seterusnya dengan
37
menggunakan pelarut yang umum digunakan untuk virus, yaitu PBS (= phosphat buffer saline) atau
larutan PZ (= physiologis zout, NaCl physiologis) dengan pH netral. Kemudian dari tiap-tiap
pengenceran disuntikkan pada sejumlah hewan percobaan, telur ayam berembrio atau perbenihan
jaringan. Kemudian diinkubasi, selanjutnya dihitung reaksi yang positif dan negatif, titik akhir 50%
(50% DEP) ditentukan dengan rumus.
Sebagai contoh dalam menghitung titer virus dengan cara Reed and Muench tertera pada tabel
berikut:
Tabel 5.1: Data untuk menghitung titer virus (TC1D50) menurut cara Reed and Muench
PENGENCERAN CPE CPE JUMLAH RATIO % POS
POS NEG POS NEG POS
VIRUS
10-1 4 0 13 0 13/13 100
-2
10 4 0 9 0 9/9 100
10-3 3 1 5 1 5/6 83
10-4 2 2 2 3 2/5 40
10-5 0 4 0 7 0/7 0
,-(
Jumlah test yang menunjukkan reaksi positif (CPE positif) didapat dengan jalan menjumlahkan
CPE positif pada pengenceran tertentu dari konsentrasi virus yang terkecil (dari bawah ke atas).
Untuk menghitung jumlah yang menunjukkan reaksi negatif dengan cara sebaliknya yaitu dengan cara
menjumlahkan CPE negatif dimulai dari pengenceran virus dengan konsentrasi terbesar (dari atas ke
bawah), Sehingga dengan demikian 50% end point (titik akhir 50%) dapat ditentukan yaitu antara
pengenceran 10-3 dengan 104, terletak pada jarak sebanding (proportionate distance = PD) yang tertentu
dari 10-3.
PD dapat dihitung dengan rumus berikut:
=10--3,77 x 10-1
= 10-4.77 ml
10-1
10.2 4/4= 1
= -1–1(3,25—0,5)
= -3,75
=10—4,75 ml
Titer virus = 104.75 TCID50 / ml
Contoh soal :
Suspensi 10% dari jaringan paru-paru ayam yang terinfeksi virus ND dititer pada
telur ayam berembrio dan menimbulkan kematian embrio sebagai berikut :
10-3 10-4 10-5 10-6
5/5 4/5 2/5 1/5
Berapa kandungan virus dalam tiap gram jaringan tersebut, bila dosis inokulum 0,1 ml?
Jawab:
Penghitungan titer virus menurut cara Reed and Muench
10-4 4 1 7 0 7/8 88
10-5 2 3 3 1 3/7 43
10-6 1 4 1 4 1/9 11
8
PD= 88 50 —
88 — 43
=0,84
50% DEP = 10-4-0,84 = 10-4,84
ELD50 = 10-4,84 x 10-1 ml = 10-5,84 ml
Titer virus = 105,84 ELD50 / ml
Pertanyaan :
1. Suspensi 10% dari jaringan paru-paru ayam yang terinfeksi virus ND dititer pada telur
ayam berembrio dan memberikan hasil sebagai berikut:
Berapa EID50 yang terkandung dalam tiap gram jaringan, bila dosis inokulum 0,1 ml?
(Kerjakan perhitungan titer virus berdasarkan rumus dari Reed and Muench serta rumus
dari Karber)
2. Satu vial vaksin ND disuspensikan menjadi 10 ml, kemudian vaksin tersebut dititer
pada telur ayam berembrio ( TAB ) dan memberikan hasil sebagai berikut: