Laporan Praktikum Genetika

PEMISAHAN BIOKIMIAWI PIGMEN MATA Drosophila melanogaster DENGAN

KROMATOGRAFI LAPIS TIPIS (TLC)
Nafa Febrianti Mutia Dewi*, A.S. Nariswari, D. Sioe, J. Liadi, L. Djamilah, M.N. Latifa, Yosafat, Jesaya

Universitas Indonesia
Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam
Departemen Biologi
Oktober 2019

Abstrak

Warna mata normal Drosophila melanogaster dipengaruhi oleh keberhasilan pembentukan pigmen pteridin yang
menghasilkan warna merah dan ommochrome yang menghasilkan warna coklat. Apabila terjadi kesalahan dalam tahapan
central dogma pengekspresian pigmen membuat gen-gen warna mata Drosophila melanogaster termutasi dan menunjukan
fenotip berbeda dengan mata normal. Pemisahan pigmen mata dilakukan dengan teknik kromatografi, kromatografi yang
digunakan pada praktikum adalah kromatografi lapis tipis (TLC) karena sensitivitas tinggi, dan efektif. Praktikum bertujuan
untuk memahami teknik pemisahan pigmen mata Drosophila melanogaster, mengetahui prisip kerja TLC, membandingkan
kromatogram jantan wild-type, betina wild-type, jantan mutan dan betina mutan serta memahami pengaruh mutasi terhadap
fenotipe. Metode praktikum diawali dengan penggerusan mata Drosophila melanogaster lalu diletakan di TLC, didiamkan
di ruang asam, dan diamati dengan sinar UV. Hasil pengamatan menunjukan bahwa pigmen Drosophila melanogaster
normal tersusun atas komponen biopterin, 2-amino-4-hydroxypteridine dan xantophterin, sedangkan pada Drosophila
melanogaster mutan white pigmen tidak terekspresikan, karena ada kesalahan dalam biosintesis kedua jalur pigmen.

Kata kunci: Drosophila melanogaster; fenotip; kromatografi; mutasi; pigmen mata

1. Pendahuluan

Drosophila melanogaster merupakan salah satu melanogaster sebagai objek pengamatan, seperti yang
spesies yang berperan dalam kemajuan ilmu genetik. Para dilakukan oleh Morgan dalam misi menemukan susunan
peneliti genetika sering sekali menggunakan Drosophila gen di kromosom yang pertama dengan menkontruksi

*) kelompok 5B 1
‘peta’ genetik (Saraswathy & Ramalingam 2011:38). molekul penyusun campuran dalam fase diam (stationer)
Alasan terbesar yang mendasari pemilihan Drosophila dan fase gerak. Fase diam (stasioner) merupakan
melanogaster dalam praktikum ini karena fenotip komponen padat atau lapisan cairan yang teradsorpsi di
Drosophila melanogaster normal dan mutan sangat permukaan sebuah medium padat sementara fase gerak
mudah diamati, selain itu jenis mutan yang dimiliki oleh dapat berupa komponen cair ataupun gas. Tujuan dari
spesies ini sangat berlimpah dan beragam. Warna pada teknik kromatografi adalah untuk memisahkan,
mata merupakan salah satu dari sekian banyak mengiidentifikasi, memurnikan, dan menentukan
karakteristik yang dapat menjadi sasaran mutasi pada komponen penyusun campuran sehingga dapat dianalisis
Drosophila melanogaster (Elrod & Stansfield 2007: 153). secara kualitatif dan kuantitatif (Coskun, 2016: 156--
Asal muasal keberagaman warna mata pada 159).
Drosophila melanogaster disebabkan oleh perbedaan Warna mata Drosophila melanogaster telah
komponen kimia penyusun pigmen mata pada setiap menjadi objek penelitian sejak diketahui berlimpahnya
mutan. Penyelidikan komponen kimia penyusun pigmen mutan pada mata spesies tersebut. Terdapat dua pigmen
mata pada Drosophila melanogaster dapat dilakukan yang berperan pada kemunculan fenotipe warna mata
dengan teknik kromatografi. Drosophila melanogaster Drosophila melanogaster normal, yaitu pigmen coklat
menjadi spesies utama dalam penyelidikan mekanisme ommochrome dan pigmen merah pteridine. Jalur
genetik dan molekuler yang bertanggung jawab terhadap biosintetik dari dua pigmen ini berbeda. Pada lajur
evolusi fenotipe (Massey & Wittkopp 2016: 27). ommochrome kemunculan fenotip dimulai dari
Pembentukan pigmen warna mata pada tersintesisnya triptofan, lalu drosopterin disintesis dari
Drosophila melanogaster sangat berkaitan dengan guanosine‐5′-trifosfat (GTP). Sedangkan pigmen
Central Dogma yang merupakan aliran informassi pteridine pertama kali menghasilkan pigmen biru pucat,
genetik yang berjalan satu arah dan terdiri dari tiga kemudian menjadi pigmen kuning, dan akhirnya
tahapan. Pertama adalah replikasi pada tahap ini terjadi menghasilkan pigmen merah terang (drosopterin). Tujuh
transmisi informasi genetik berupa DNA melalui proses pigmen yang dihasilkan pada jalur pteridin terdiri atas
duplikasi sel. Tahap kedua adalah transkripsi dimana drosopterin (merah terang), isoxanthopterin (ungu-biru),
terjadi penyalinan sementara sequence DNA menjadi xanthopterin (hijau-biru), sepiapterin (kuning), 2-amino-
mRNA dalam nukleus. Tahap terakhir adalah translasi, 4-hydroxypteridine (biru), biopterin (biru), dan
pada tahap ini terjadi pembentukan protein spesifik sesuai isosepiapterin (kuning). Drosopterin dan isodrosopterin
dengan kode genetik dengan menerjemahkan sequence umumnya dianggap sebagai komponen utama sedangkan
mRNA oleh ribosom yang membentuk asam amino dalam aurodrosopterin dan neodrosopterin merupakan
sitoplasma (Strasser 2006: 491—496). komponen minor, akan tetapi presentase fraksi e masih
Kromatografi merupakan teknik pemisahan, belum banyak diketahui (Kim et al., 2013: 334).
identifikasi, dan pemurnian komponen suatu campuran Terdapat beberapa teknik pemisahan berdasarkan
berdasarkan perbedaan karakteristik molekul. Prinsip karakteristik molekuler dan jenis interaksi, salah satunya
dasar kromatografi yaitu adanya perbedaan interaksi adalah adsorption chromatography. Prinsip kerja

2
adsorption chromatography adalah dengan pemisahan
fase stasioner padat dan fase gerak cair atau gas.
Pemisahan ini terjadi ketika suatu komponen pada
campuran lebih teradsorpsi ke fase padat daripada
komponen lainnya. Teknik ini digunakan untuk
memisahkan molekul-molekul semipolar atau nonpolar.
Adsorption chromatography dapat diterapkan pada
kromatografi kertas atau paper chromatography (PC) dan
kromatografi lapis tipis atau thin-layer chromatography
(TLC) (Wilson & Jacobson 1976: 307).
Alasan penggunaan adsorption chromatography
dalam praktikum karena jenis kromatografi ini prosesnya
lebih praktis, efektif, efesien dan juga adsorption
chromatography memiliki sensitivitas tinggi. Paper
chromatography (PC) memiliki harga yang lebih murah
akan tetapi tingkat kerapatan, kecepatan dan sensitivitas
yang lebih rendah apabila dibandingkan dengan
kromatografi lapis tipis atau thin-layer chromatography
(TLC) yang memiliki harga lebih mahal dan sangat rentan
bermasalah apabila terkena sinar UV. Hal ini karena
kromatografi lapis tipis atau thin-layer chromatography
(TLC) menggunakan absorben yang dilapisi plat silika
atau alumunium sedangkan kromatografi kertas atau
paper chromatography (PC) menggunakan kertas
selulosa sebagai fase stasionernya (Coskun 2016: 156).
Apabila biosintesis berjalan tidak normal makan akan
mempengaruhi fenotip warna mata. Pigmen mata
Drosophila melanogaster yang dipisahkan dengan
kromatografi lapis tipis (TLC) akan bergerak sampai
jarak tertentu pada kromatogram berdasarkan tingkat
kepolarannya. Parameter jarak pergerakan tersebut
dinamakan nilai Rf (Retention factor). Nilai Rf ini
diperoleh dari hasil perbandingan jarak komponen
campuran dari base line kromatogram dengan jarak
pelarut dari base line kromatogram (Coskun, 2016: 158).
3
Contoh: setelah pengukuran ditemukan bahwa jarak
drosopterin dari base line adalah 5,2 cm, sedangkan jarak
pergerakan solvent dari base line adalah 7,6 cm, maka
nilai Rf dapat dikalkulasikan dengan rumus
𝐽𝑎𝑟𝑎𝑘 𝑝𝑒𝑟𝑝𝑖𝑛𝑑𝑎ℎ𝑎𝑛 𝑠𝑎𝑚𝑝𝑒𝑙
Rf = 𝐽𝑎𝑟𝑎𝑘 𝑝𝑒𝑟𝑝𝑖𝑛𝑑𝑎ℎ𝑎𝑛 𝑝𝑒𝑙𝑎𝑟𝑢𝑡
5,2
Rf = = 0,684, jadinilai Rf senilai 0,684.
7,6
Tujuan praktikum pemisahan biokimiawi pigmen
mata Drosophila melanogaster dengan kromatografi
lapis tipis, adalah untuk mengetahui dan memahami
teknik pemisahan pigmen mata Drosophila
melanogaster, mengetahui prinsip kerja kromatografi
lapis tipis, membandingkan kromatogram jantan wild-
type, betina wild-type, jantan mutan white, dan betina
mutan white, serta mengetahui dan memahami pengaruh
mutasi terhadap fenotipe pada mata Drosophila
melanogaster.
2. Metodologi
Alat yang digunakan pada praktikum, terdiri dari
pengaduk atau penggerus kaca, cawan petri, botol selai,
sumber UV, kaca mata pelindung UV, gunting, kuas,
penggaris, pensil, pipet, jarum sonde, pinset, lup, dan
kertas tissue. Bahan yang digunakan dalam praktikum
adalah Drosophila melanogaster normal dan mutan
jantan maupun betina, pelarut berupa campuran 28%
ammonium hidroksida (NH4OH) dan n-propil alkohol
dengan perbandingan (1:1), kertas silika (TLC), dietil eter
serta kertas karbon.
Langkah kerja praktikum pertama dimulai dengan
disiapkannya kertas kromatografi yang diberi garis
dengan jarak 1 cm dari pinggir kertas bagian bawah
sekaligus empat tanda titik dengan interval 1 cm
menggunakan pensil dan diukur harus dengan penggaris.
Kedua, Drosophila melanogaster normal dan mutan
dibius dalam botol selai menggunakan dietil eter yang 3. Hasil dan Pembahasan
diteteskan pada kertas tissue lalu kertas tissue tersebut
Metodologi yang dilakukan saat praktikum pemisahan
dimasukan kedalam botol yang berisi Drosophila
biokimiawi pigmen mata Drosophila melanogaster
melanogaster, kemudian apabila objek telah terlihat pasif,
dengan kromatografi lapis tipis memiliki tujuan yang
objek dikeluarkan dan dituangkan kedalam cawan petri
bermanfaat untuk dilakukan seperti dalam pemberian
lalu diamati di bawah lup untuk dipastikan bahwa
jarak pada kromatografi, hal ini dimaksudkan agar setiap
fenotipe normal Drosophila melanogaster sesuai dengan
sampel pigmen mata Drosophila melanogaster yang
literatur, yaitu tubuh keabuan, sayap lurus panjang, dan
memiliki fenotipe berbeda tidak saling bercampur karena
mata berukuran normal berwarna merah bata dan untuk
jarak yang berhimpitan. Selain itu perlu dipastikan juga
Drosophila melanogaster mutan juga dipastikan sesuai
bahwa penggerus mata steril dari pigmen lain atau sisa
dengan label yang tertera pada botol yaitu mutan white
penggerusan yang sebelumnya. Penggerusan mata
dimana mata Drosophila melanogaster berwarna putih.
Drosophila melanogaster harus dilakukan dengan baik,
Ketiga, sampel Drosophila melanogaster dipisahkan
diharapkan praktikan dapat memilah mata Drosophila
antara jantan dan betinanya, untuk memudahkan
melanogaster dengan teliti agar organ lainnya tidak ikut
pemisahan jantan dan betina dapat diamati melalui
tergerus yang dimana akan berakibat pada kualitas hasil
morfologi abdomennya.
yang didapatkan. Pengisolasian mata akan terbantu
Langkah kerja keempat, mata Drosophila
apabila spesies dalam keadaan pasif, oleh karena itu
melanogaster diisolasi menggunakan pinset dan sonde
dibutuhkan dietil eter untuk membius Drosophila
yang kemudian digerus hingga halus dengan penggerus
melanogaster. Pemisahan pigmen mata menggunakan
kaca, lalu mata Drosophila melanogaster yang sudah
TLC dengan fase stasioner berupa lapis tipis alumunium
digerus ditaruh di atas titik pada kertas kromatografi.
serta campuran n-propil alkohol dan amonium hidroksida
Kelima, kertas kromatografi dimasukkan ke dalam botol
digunakan sebagai fase gerak, hal ini karena n-propil
selai yang berisi pelarut ammonium hidroksida (NH4OH)
alkohol memiliki gugus alkohol yang mudah menguap.
dan n-propil alkohol (1:1) dengan konsentrasi 28%.
Sifat ini lah yang dimanfaatkan sebagai transporter
Keenam, botol selai ditutup dengan kertas karbon dan
sehingga komponen-komponen yang dipisahkan akan
disimpan di ruang asam selama 90 menit. Ketujuh, kertas
bermigrasi kemudian terserap ke dalam plat kromatografi
kromatografi diangkat dan diamati di bawah sinar UV,
(Moris, 2012: 6).
saat pengamatan menggunakan sinar UV pengamat
Botol yang digunakan dalam praktikum harus dilapisi
diharuskan memakai kaca mata pelindung UV, apabila
kertas karbon untuk menghindari paparan sinar UV secara
gradasi warna telah muncul hasil didokumentasikan
langsung, karena sinar UV dapat merusak pigmen mata
dengan kamera. Langkah terakhir, jarak pergerakan
Drosophila melanogaster yang peka terhadap rangsangan
larutan dan sampel diukur menggunakan penggaris lalu
cahaya yang dikhawatirkan dapat mempengaruhi
Retention factor (Rf) dari kromatogram dihitung dengan
kromatogram. Botol yang digunakan dalam TLC tersebut
menggunakan rumus yang telah ditentukan.
harus diletakkan dalam ruang asam selama 90 menit.
Kromatogram perlu diamati di bawah sinar UV karena

4
tidak dapat dilihat secara langsung dengan mata
telanjang, hal ini karena tingkat energi cahaya tampak dan
pigmen tidak dan berakibat pigmen tidak dapat diamati
tanpa menggunakan sinar UV. Proses pengamatan dengan
sinar UV ini membutuhkan kacamata pelindung UV dan
sarung tangan untuk menghindari paparan sinar UV
secara langsung dan meminimalisir terjadinya mutasi
(Hilton, 2000: 88).
Thin layer chromatography (TLC) merupakan teknik
pemisahan komponen penyusun campuran senyawa
semipolar atau nonpolar berdasarkan perbedaan
kepolaran terhadap fase diamnya. Alasan digunakannya
teknik ini karena dapat memisahkan molekul komponen
dengan efektif, tingkat sensitivitasnya juga tinggi
sehingga prosedur dapat dilakukan dengan cepat dan
baik. Kromatografi lapis tipis ini lebih murah dibanding
kromatografi lain, namun lebih mahal jika dibandingkan
dengan kromatografi kertas karena dilapisi aluminium
(Coskun 2016: 156).
Hasil pengamatan pemisahan biokimiawi pigmen
mata Drosophila melanogaster betina normal yang
diamati melalui kromatogram memiliki komponen
berwarna berwarna biru dengan Rf 0,6578 dan hijau-biru
dengan Rf 0,829. Sampel mata Drosophila melanogaster
jantan mutan white diamati memiliki komponen hijau-
biru dengan Rf = 0,8157, dan komponen biru dengan Rf
= 0,69. Drosophila melanogaster betina mutan white
diamati memiliki pigmen mata dengan satu komponen
hijau-biru yang memiliki Rf = 0,84.
Pengamatan pigmen mata Drosophila melanogaster
normal hasilnya kurang sesuai dengan lietratur yang
menyatakan bahwa Drosophila melanogaster normal
(wild-type) seharusnya memiliki tujuh macam pigmen
pteridin, yaitu isosepiapterin (kuning), biopterin (biru),
animo-4-hydroxipterin (biru), sepiapterin (kuning-hijau),
5
xanthopterin (hijau-biru), isoxanthopterin (ungu-biru),
dan drosopterin (jingga) (Pollock 2008: 10). Analisis
kesalahan pada hasil Pengamatan pigmen mata
Drosophila melanogaster normal ini dicurigai bersumber
dari penyiapan sampel yang kurang tepat. Banyak pigmen
mata Drosophila melanogaster pada praktikum yang
tidak dapat terlihat karena kromatogram dibiarkan
terbuka sehingga dapat terpapar dengan komponen lain di
udara, ataupun penggerusan kurang teliti sehingga organ
tubuh lalat yang lain ikut tergerus. Hasil pengamatan
Drosophila melanogaster mutan white juga tidak sesuai
dengan literatur yang menyatakan bahwa sel pigmen mata
Drosophila melanogaster mutan white tidak terlihat saat
diamati dibawah sinar UV karena biosintesis kedua jalur
pigmen tidak sempurna sehingga terjadi mutasi dan tidak
ada komponen pigmen penyusunnya (Kim et al., 2013:
337). Analisis kesalahan dipercayai datang dari proses
penggerusan mata mutan yang sudah terkontaminasi
dengan pigmen penggerusan kaca normal (pengaduk kaca
yang tidak steril).
Pigmen mata Drosophila melanogaster berkaitan erat
dengan gen. Gen berada di dalam DNA mengkode protein
berupa pigmen mata melalui aliran central dogma.
Perbedaan komposisi yang terjadi pada pigmen mata ini
disebabkan oleh berhasil atau tidaknya biosintesis pada
masing-masing pigmen. Hal inilah yang menyebabkan
terjadinya mutasi sehingga terbentuk fenotip yang
beragam dan mutasi gen mempengaruhi pembentukkan
enzim pada jalur pteridin atau ommochrome sehingga
menimbulkan kesalahan pada central dogma dan
menyebabkan mutasi fenotip. Oleh karena itu, bisa
dikatakan bahwa gen berperan besar dalam kejadian
mutasi pada pigmen mata Drosophila melanogaster
(Bechtel & Richardson, 2000: 185).
4. Kesimpulan Elrod, S. L. & W. Stansfield. 2007. Schaum’s outlines of
Theory and Problems of Genetics 4th ed. Erlangga,
Pemisahan biokimiawi pigmen mata Drosophila
Jakarta: xxvi+328.
melanogaster dapat dilakukan dengan teknik
Hilton, Ordway. 2000. Scientific examination of
kromatografi, adapun kromatografi terefektif yang
questioned documents. CRC Press, Florida: xvii
digunakan pada praktikum ini adalah jenis kromatografi
+ 417 hlm.
lapis tipis (TLC) hal ini dikarenakan TLC prosesnya tidak
Kim, H. , K. Kim & J. Yim. 2013. Biosynthesis of
membutuhkan waktu yang lama, mudah dilakukan dan
drosopterins, the red eye pigments of Drosophila
juga efisien. Prinsip kerja kromatografi lapis tipis (TLC)
melanogaster. IUBMB Life, 65: 334—340.
berdasar pada perbedaan daya serap fase stasioner padat
Massey, J., & P. J. Wittkopp. 2016. The genetic basis of
dengan fase gerak cair dengan menggunakan kertas silika,
pigmentation differences within and
dimana pigmen warna mata sebagai zat terlarut dan
between Drosophila species. Current Topics in
NH4OH sebagai zat pelarut. Komposisi pigmen yang
Developmental Biology 119: 27—61.
menyusun warna mata Drosophila melanogaster wild-type
Moris, M. P. 2012. Non-volatile, semi-volatile, or
adalah isosepiapterin (kuning), biopterin (biru), animo-4-
volatile: redefining volatile for volatile organic
hydroxipterin (biru), sepiapterin (kuning-hijau),
compounds. South Coast Air Quality
xanthopterin (hijau-biru), isoxanthopterin (ungu-biru),
Management District. 19 hlm.
dan drosopterin (jingga), sedangkan pada Drosophila
Pollock, C. 2008. The Genetics of Eye Color in
melanogaster mutan white pigmen tidak terekspresikan
Drosophila Melanogaster. University of British
dengan baik diduga karena adanya kesalahan dalam
Columbia, Columbia: 15 hlm.
biosintesis di kedua jalur pigmen yang berjalan tidak
Saraswathy, N & Ramalingam, P. 2011. Concepts and
sempurna. Mutasi gen dapat menyebabkan kelainan pada
Techniques Genomics and Proteomics (Woodhead
pembentukan enzim yang diekspresikan sehingga
Publishing Series in Biomedicine). Elsevier,
mempengaruhi fenotipe oleh karena itu individu yang
Netherlands. 268 hlm.
mengalami mutasi tidak memiliki satu atau lebih
Strasser, J. B. 2006. A World in One Dimension: Linus
karakteristik yang dimiliki individu normal.
Pauling, Francis Crick and The Central Dogma of
Molecular Biology. Stazione Zoological Anton Dohrn.
5. Daftar Acuan
Yale University, USA: 491—512 hlm.

Bechtel, W. & R. C. Richardson. 2000. Discovery Wilson, T.G & Jacobson, K. Bruce. 1977. Isolation and

Complexity. Princeton University Press, Characterization of Pteridines from Heads of

Caledonia: xlvii + 281 hlm. Drosophila melanogaster by a Modified Thin-Layer

Coskun, O. 2016. Separation techniques: Chromatography Procedure. Biochemical Genetics

Chromatography. Northern Clin Istanbul, 3(2): 15: 307−309 hlm.

156–-160.

6
LAMPIRAN
Berisi Data Pengamatan Kolektif Per Paralel Kelas

Warna yang Nilai Warna yang Nilai

Kelompok Sampel teramati Rf Kelompok Sampel teramati Rf

Warna tidak
Biru kehijauan 0,81 teramati 0,813
Normal Normal

Warna tidak
Mutan
Tidak ada warna 0 teramati 0,827
White
1 Mutan 4
White

Mutan Warna tidak

Tidak ada warna 0 teramati 0,84
Mutan White

White

Hijau tosca 0,8 Hijau-biru 0,829

biru 0,6578
Normal Normal

2 Mutan Hijau tosca 0,8625 5 Mutan Hijau-biru 0,8421

sepia White

Hijau tosca 0,875

Mutan Hijau-biru 0,8157

Mutan
sepia biru 0,69
White

kuning 0,845 Biru 0,867

Hijau-biru 0,73
3 Normal 6 Normal

7
 kuning 0,887 Biru 0,867
Mutan Mutan
Kuning 0,773
Sepia Scarlet
Hijau-biru 0,72

Biru 0,867
Mutan Mutan
kuning 0,887 Kuning 0,76
sepia Scarlet
Hijau-biru 0,706

Tidak berhasil
7 Normal 8 Normal
diamati - Biru muda 0,8

Mutan Mutan
Tidak berhasil
White diamati - sepia Hijau-biru 0,82

Mutan Mutan
Tidak berhasil
White diamati - sepia Biru 0,866

9 Normal Putih 0,82 10 Normal Biru muda 0,914

Mutan biru 0,885

Mutan
Jingga
Scarlet sepia
kekuningan 0,85 biru 0,942

Mutan Mutan
Jingga
Scarlet kekuningan 0,85 sepia biru 0,9

8
Gambar 1:
Kromatografi lapis tipis (TLC)
a. Pigmen mata Drosophila
melanogaster betina wild-
type
b. Pigmen mata Drosophila
melanogaster jantan mutan
white
c. Pigmen mata Drosophila
melanogaster betina mutan
white
[Sumber: Dokumentasi Pribadi]
Gambar 2:
Kromatografi lapis tipis (TLC)
dibawah sinar UV
a. Pigmen mata Drosophila
melanogaster betina wild-
type
b. Pigmen mata Drosophila
melanogaster jantan mutan
white
c. Pigmen mata Drosophila
melanogaster betina mutan
white
[Sumber: Dokumentasi Kelompok]