MAKALAH EMBRIOLOGI

FAKTOR-FAKTOR YANG MENGATUR ORGANOGENESIS :

GENETIK DAN EPIGENETIK

Dosen Pengampu : Fahri Fahrudin, M.Si

Disusun oleh :
Kelompok 7
Ade Basyuri (11190950000027)
Kenni Sondari (11190950000058)
Muhammad Fitroh Azizy (11190950000105)
Nurul Akhirati (11190950000092)
Zulfanida Musyaffa (11190950000030)

PROGRAM STUDI BIOLOGI

FAKULTAS SAINS DAN TEKNOLOGI
UNIVERSITAS ISLAM NEGERI SYARIF HIDAYATULLAH JAKARTA
2022/1443 H
 KATA PENGANTAR

Segala puji dan syukur senantiasa dipanjatkan kepada Allah SWT. atas segala
rahmat dan karunia-Nya. Shalawat serta salam senantiasa dijunjungkan kepada Nabi
Muhammad SAW. yang telah membimbing manusia dari jalan kegelapan menuju jalan
yang Allah ridhai. Atas rahmat dan karunia yang diberikan Allah SWT. penulis dapat
menyelesaikan penyusunan makalah Embriologi ini. Makalah yang berjudul “Faktor-
faktor Yang Mengatur Organogenesis : Genetik dan Epigenetik” ini ditulis untuk
memenuhi tugas mata kuliah Embriologi Program Studi Biologi, Fakultas Sains dan
Teknologi, Universitas Islam Negeri Syarif Hidayatullah Jakarta.
Dalam penyelesaian makalah ini tentu telah memperoleh banyak bantuan dari
berbagai pihak. Oleh karenanya, pada kesempatan ini penulis ingin berterima kasih
kepada Bapak Fahri Fahrudin, M. Si. sekalu dosen pengampu mata kuliah Embriologi
dan kepada teman-teman, sehingga penulis dapat menyelesaikan makalah ini dengan
baik.
Demikianlah makalah ini disusun, penulis menyadari kesempurnaan hanyalah milik
Allah SWT. semata. Oleh karena itu, apabila terdapat banyak kekurangan dan kesalahan
dalam penyusunan makalah ini, penulis menerima secara terbuka krikik dan saran yang
membangun untuk memperbaiki kesalahan yang ada. Semoga makalah ini dapat
memberikan manfaat bagi penulis dan para pembaca.

Tangerang Selatan, 18 Juni 2022

Penyusun

ii
 DAFTAR ISI

Halaman
KATA PENGANTAR ...................................................................................................... ii
DAFTAR ISI ................................................................................................................... iii
BAB I PENDAHULUAN ................................................................................................ 1
1.1 Latar Belakang ................................................................................................. 1
1.2 Rumusan Masalah ............................................................................................ 1
1.3 Tujuan .............................................................................................................. 1

BAB II PEMBAHASAN .................................................................................................. 2

2.1 Faktor Genetik.................................................................................................. 2
2.1.1 Differential Gene Expression ..................................................................... 2
2.1.2 Principle Development ............................................................................... 3
2.1.3 Identifikasi Gen Untuk Anomali Perkembangan Manusia ....................... 30
2.1.4 Jalur Transduksi Sinyal Wnt..................................................................... 31
2.2 Faktor Epigenetik ........................................................................................... 33
2.2.1 Konsep mekanisme molekuler epigenetic ................................................ 34

BAB III PENUTUP ........................................................................................................ 44

3.1 Kesimpulan .................................................................................................... 44

DAFTAR PUSTAKA ..................................................................................................... 45

iii
 BAB I
PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Embriogenesis merupakan proses pertumbuhan dan perkembangan embrio. Tahap
perkembangan mamalia (termasuk manusia) diawali dengan peristiwa fertilisasi yakni
pertemuan/peleburan sel sperma dengan sel ovum. Fertilisasi ini selanjutnya akan
menghasilkan sel individu baru yang disebut dengan zygote dan akan melakukan
pertumbuhan dan perkembangan menuju embrio. Organogenesis yaitu proses
pembentukan organ-organ tubuh pada makhluk hidup (manusia dan hewan). Tahapan
embriogenesis dan organogenesis dalam perkembangannya selalu sejalan, salah satunya
perkembangan organ-organ anggota tubuh. (Maryunani, 2010 dalam Yani & Pratama,
2015). Organogenesis, dalam embriologi, merupakan rangkaian proses terpadu yang
terorganisir yang mengubah massa sel yang tidak berbentuk menjadi organ lengkap dalam
embrio yang sedang berkembang. Sel-sel dari daerah pembentuk organ mengalami
perkembangan dan gerakan yang berbeda untuk membentuk primordium organ, atau
anlage. Organogenesis berlanjut sampai karakteristik definitif organ tercapai (Britannica,
2019).
Organogenesis adalah tahapan perkembangan embrio yang paling sensitif dan
memerlukan waktu paling lama. Terdapat beberapa faktor yang mengatur proses
organogenesis, diantaranya adalah faktor genetik dan faktor epigenetik. Faktor genetik
berkaitan dengan pewarisan sifat dan dan ekspresi sifat turun menurun. Sementara iru,
faktor epigenetik dipengaruhi oleh perubahan ekspresi gen dan fenotipe yang terjadi tanpa
disertai perubahan urutan DNA. Hal ini berarti bahwa melalui perubahan pada ekspresi
gen yang diturunkan, epigenetik dapat mengubah proses pada DNA melalui serangkaian
proses seperti metilasi DNA, modifikasi kromatin dan non-coding RNA. Makalah ini
membahas mengenai faktor genetik dan epigenetik yang mengatur organogenesis.

1.2 Rumusan Masalah

1. Apa saja faktor genetik yang mengatur organogenesis?
2. Apa saja faktor epigenetik yang mengatur organogenesis?

1.3 Tujuan
1. Mengetahui faktor genetik yang mengatur organogenesis
2. Mengetahui faktor epigenetik yang mengatur organogenesis

1
 BAB II
PEMBAHASAN

2.1 Faktor Genetik

2.1.1 Differential Gene Expression
Berdasarkan bukti embriologis untuk kesetaraan genom (dan pada model bakteri
regulasi gen), sebuah konsensus muncul pada 1960-an bahwa sel berdiferensiasi melalui
ekspresi gen diferensial. Tiga postulat dari ekspresi gen diferensial adalah sebagai
berikut:
1. Setiap inti sel mengandung genom lengkap yang terbentuk dalam sel telur yang
telah dibuahi. Dalam molekul istilah, DNA dari semua sel yang berdiferensiasi
adalah identik.
2. Gen yang tidak digunakan dalam sel yang berdiferensiasi tidak dihancurkan atau
dimutasi, dan mereka mempertahankan potensi untuk diekspresikan.
3. Hanya sebagian kecil genom yang diekspresikan di setiap sel, dan sebagian RNA
yang disintesis di dalam sel bersifat spesifik untuk jenis sel tersebut.
Dua postulat pertama telah dibahas. Postulat ketiga bahwa hanya sebagian kecil dari
genom yang aktif dalam membuat produk spesifik jaringan pertama kali diuji pada larva
serangga. Larva lalat buah memiliki sel-sel tertentu yang kromosomnya menjadi politen.
Kromosom ini, mengalami replikasi DNA tanpa adanya mitosis dan karena itu
mengandung 512 (2 ), 1024 (2 ), atau bahkan lebih banyak heliks ganda DNA paralel
9 10

daripada hanya satu (Gambar A, Gambar B.)

A) B) C)

Gambar 1. Differential Gene Expression. (A), (B) Banyak Heliks Ganda DNA
Parallel; (C) Hibridisasi DNA-RNA
Sel-sel ini tidak mengalami mitosis, dan mereka tumbuh dengan berkembang
menjadi sekitar 150 kali volume aslinya. Beermann (1952) menunjukkan bahwa pola
pita kromosom politen identik di seluruh larva, dan tidak ada kehilangan atau
penambahan wilayah kromosom yang terlihat ketika jenis sel yang berbeda
dibandingkan. Namun, dia dan yang lainnya menunjukkan bahwa di jaringan yang
berbeda, daerah yang berbeda dari kromosom ini membuat RNA spesifik organ. Pada
tipe sel tertentu, bagian tertentu dari kromosom akan mengendur, "mengembang", dan
mentranskripsikan mRNA. Pada tipe sel lain, daerah ini akan "diam", tetapi daerah lain
akan mengembang dan mensintesis mRNA.

2
 Gagasan bahwa gen kromosom diekspresikan secara berbeda dalam tipe sel yang
berbeda dikonfirmasi menggunakan hibridisasi DNA-RNA (Gambar C). Teknik ini
melibatkan anil potongan RNA dan DNA untai tunggal untuk memungkinkan untai
komplementer membentuk hibrida untai ganda. Sementara beberapa mRNA dari satu
jenis sel juga ditemukan dalam jenis sel lain (seperti yang diharapkan untuk mRNA
yang mengkode enzim yang berkaitan dengan metabolisme sel), banyak mRNA
ditemukan spesifik untuk jenis sel tertentu dan tidak diekspresikan dalam jenis sel lain,
bahkan meskipun gen yang mengkodenya ada (Wetmur dan Davidson 1968). Dengan
demikian, ekspresi gen diferensial terbukti menjadi cara genom tunggal yang berasal
dari telur bisa menghasilkan ratusan jenis sel yang berbeda di dalam tubuh.

2.1.2 Principle Development

A. Gen dan Perkembangan
1) Teknik dan Masalah Etika
Antara karakter yang memberikan data untuk teori, dan gen yang didalilkan,
yang menjadi acuan karakter, terletak seluruh bidang perkembangan embrio." Di sini
Thomas Hunt Morgan mencatat pada tahun 1926 bahwa satu-satunya cara untuk
berpindah dari genotipe ke fenotipe adalah melalui proses perkembangan.
Pada awal abad kedua puluh, embriologi dan genetika tidak dianggap sebagai
ilmu yang terpisah. Mereka menyimpang pada tahun 1920-an, ketika Morgan
mendefinisikan ulang genetika sebagai ilmu yang mempelajari transmisi sifat,
sebagai lawan dari embriologi, ilmu yang mempelajari ekspresi sifat. Namun, dalam
dekade terakhir, teknik-teknik biologi molekuler telah mempengaruhi pendekatan
embriologi dan genetika. Faktanya, kedua bidang tersebut telah menjadi terkait
dengan tingkat yang membuatnya perlu untuk membahas genetika molekuler di awal
teks ini. Masalah dalam perkembangan hewan yang tidak dapat diatasi satu dekade
yang lalu sekarang diselesaikan dengan serangkaian teknik yang melibatkan sintesis
dan hibridisasi asam nukleat.
2) Asal-usul Embriologis dari Teori Gen
Nukleus atau sitoplasma: Yang mengontrol keturunan?
Mendel menyebutnya bildungsfähigen Elemente, "elemen pembentuk bentuk";
kami menyebutnya gen. Namun, dalam istilah Mendel, kita melihat betapa erat
terjalinnya konsep pewarisan dan perkembangan pada abad kesembilan belas.
Pengamatan Mendel, bagaimanapun, tidak menunjukkan di mana unsur-unsur turun-
temurun ini ada di dalam sel, atau bagaimana unsur-unsur itu diekspresikan. Teori
gen yang menjadi landasan genetika modern berawal dari kontroversi di bidang
embriologi fisiologis (lihat Bab 3). Pada akhir 1800-an, sekelompok ilmuwan mulai
mempelajari mekanisme telur yang dibuahi menghasilkan organisme dewasa. Dua
ahli embriologi muda Amerika, Edmund Beecher Wilson dan Thomas Hunt Morgan
(Gambar 4.1), menjadi bagian dari kelompok "ahli embriologi fisiologis" ini, dan
masing-masing menjadi partisan dalam kontroversi mengenai yang mana dari dua

3
kompartemen sel telur yang dibuahi, inti atau inti. sitoplasma mengontrol pewarisan.
Morgan bersekutu dengan para ahli embriologi yang menganggap kendali
perkembangan terletak di dalam sitoplasma, sementara Wilson bersekutu dengan
Theodor Boveri, salah satu ahli biologi yang merasa bahwa nukleus berisi instruksi
untuk perkembangan. Faktanya, Wilson 1896, hal. 262 menyatakan bahwa proses
meiosis, mitosis, fertilisasi, dan regenerasi uniseluler (hanya dari fragmen yang
mengandung nukleus; lihat Bab 2) "menyatu pada kesimpulan bahwa kromatin
adalah elemen paling esensial dalam perkembangan."* Dia tidak mengecilkan
konsekuensi dari keyakinan ini. Bertahun-tahun sebelum penemuan kembali Mendel
atau teori gen, Wilson 1895, hal. 4 mencatat, "Sekarang, kromatin diketahui sangat
mirip, jika tidak identik dengan, zat yang dikenal sebagai nuklein ... yang analisisnya
menunjukkan sebagai bahan kimia tertentu yang dapat ditoleransi yang terdiri dari
asam nukleat (asam organik kompleks yang kaya fosfor) dan albumin Dan dengan
demikian kita mencapai kesimpulan yang luar biasa bahwa pewarisan mungkin,
mungkin, dipengaruhi oleh transmisi fisik senyawa kimia tertentu dari induk ke
keturunannya.
Beberapa dukungan utama untuk hipotesis pewarisan kromosom datang dari
studi embriologis Theodor Boveri (Gambar 4.2A), seorang peneliti di Stasiun
Zoologi Napoli. Boveri membuahi telur bulu babi dengan konsentrasi sperma yang
besar dan memperoleh telur yang telah dibuahi oleh dua sperma. Pada pembelahan
pertama, telur-telur ini membentuk empat kutub mitosis dan terbagi menjadi empat
sel, bukan dua (lihat Bab 7). Boveri kemudian memisahkan blastomer dan
menunjukkan bahwa setiap sel berkembang secara tidak normal, dan dengan cara
yang berbeda, karena setiap sel memiliki jenis kromosom yang berbeda. Dengan
demikian, Boveri mengklaim bahwa setiap kromosom memiliki sifat individu dan
mengendalikan proses vital yang berbeda.
Menambah bukti Boveri, E. B. Wilson (1905) dan Nettie Stevens 1905a, Nettie
Stevens 1905b; Gambar 4.2B) menunjukkan korelasi kritis antara kromosom inti dan
perkembangan organisme: embrio XO atau XY menjadi jantan; Embrio XX menjadi
betina. Berikut adalah properti nuklir yang berkorelasi dengan pembangunan.
Akhirnya, Morgan mulai mendapatkan mutasi yang berhubungan dengan seks dan
dengan kromosom X, dan dia mulai melihat gen secara fisik terkait satu sama lain
pada kromosom. Ahli embriologi Morgan telah menunjukkan bahwa kromosom inti
bertanggung jawab atas perkembangan karakter yang diwariskan.

Pemisahan antara embriologi dan genetika

Bukti Morgan memberikan dasar material untuk konsep gen. Awalnya, jenis
genetika ini dilihat sebagai bagian dari embriologi, tetapi pada 1930-an, genetika
menjadi disiplinnya sendiri, mengembangkan kosa kata, jurnal, masyarakat,
organisme penelitian yang disukai, jabatan profesor, dan aturan bukti sendiri.
Permusuhan antara embriologi dan genetika juga muncul. Ahli genetika percaya
bahwa ahli embriologi kuno dan perkembangan itu akan sepenuhnya dijelaskan

4
sebagai hasil dari ekspresi gen. Sebaliknya, ahli embriologi menganggap ahli
genetika sebagai orang yang kurang informasi tentang bagaimana organisme
sebenarnya berkembang dan merasa bahwa genetika tidak relevan dengan pertanyaan
embriologis. Ahli embriologi seperti Frank Lillie (1927), Ross Granville Harrison
(1937), Hans Spemann (1938), dan Ernest E. Just (1939) (Gambar 4.3) menyatakan
bahwa tidak mungkin ada teori perkembangan genetik sampai setidaknya tiga
tantangan utama telah dipenuhi oleh para ahli genetika:
• Ahli genetika harus menjelaskan bagaimana kromosom yang dianggap identik di
setiap sel organisme menghasilkan jenis sitoplasma sel yang berbeda dan berubah.
• Ahli genetika harus memberikan bukti bahwa gen mengendalikan tahap awal
embriogenesis. Hampir semua gen yang diketahui pada saat itu mempengaruhi
langkah pemodelan akhir dalam perkembangan (warna mata, bentuk bulu, venasi
sayap pada Drosophila). Seperti yang baru saja dikatakan (dikutip dalam Harrison
1937), ahli embriologi tertarik pada bagaimana seekor lalat membentuk
punggungnya, bukan pada jumlah bulu di punggungnya.
• Ahli genetika harus menjelaskan fenomena seperti penentuan jenis kelamin pada
invertebrata tertentu (dan vertebrata seperti reptil), di mana lingkungan
menentukan fenotipe seksual.
Perdebatan menjadi cukup sengit. Dalam retorika yang mencerminkan
kecemasan politik akhir tahun 1930-an, Harrison (1937) memperingatkan:
“Sekarang kebutuhan untuk menghubungkan data genetika dengan embriologi
secara umum diakui dan keinginan besar berkelana para ahli genetika mulai
mendesak mereka ke arah kita, mungkin tidak tepat untuk menunjukkan bahaya
invasi yang terancam ini. Prestise keberhasilan yang dinikmati oleh teori gen dapat
dengan mudah menjadi penghalang untuk memahami perkembangan dengan
mengarahkan perhatian kita hanya pada genom, sedangkan pergerakan sel,
diferensiasi, dan sebenarnya semua proses perkembangan sebenarnya dipengaruhi
oleh sitoplasma. Kita sudah memiliki teori yang merujuk proses perkembangan ke
tindakan gen dan menganggap keseluruhan kinerja tidak lebih dari realisasi potensi
gen. Teori-teori seperti itu sama sekali terlalu berat sebelah.”
Sampai ahli genetika dapat menunjukkan keberadaan varian yang diwariskan
selama perkembangan awal, dan sampai ahli genetika memiliki teori yang
terdokumentasi dengan baik tentang bagaimana kromosom yang sama dapat
menghasilkan jenis sel yang berbeda, ahli embriologi umumnya merasa tidak perlu
mendasarkan ilmu mereka pada aksi gen.

Upaya awal genetika perkembangan

Beberapa ilmuwan, bagaimanapun, merasa bahwa baik embriologi maupun
genetika tidak lengkap tanpa yang lain. Ada beberapa upaya untuk mensintesis kedua
disiplin ilmu tersebut, tetapi reintegrasi genetika dan embriologi pertama yang
berhasil datang pada akhir tahun 1930-an dari dua ahli embriologi, Salome
Gluecsohn-Schoenheimer (sekarang S. Gluecsohn Waelsch) dan Conrad Hal

5
Waddington (Gambar 4.4). Keduanya dilatih dalam embriologi Eropa dan telah
belajar genetika di Amerika Serikat dari Morgan’s students. Gluecsohn-
Schoenheimer dan Waddington berusaha untuk menemukan mutasi yang
mempengaruhi perkembangan awal dan untuk menemukan proses yang dipengaruhi
oleh gen ini. Gluecsohn-Schoenheimer 1938, Gluecsohn-Schoenheimer 1940
menunjukkan bahwa mutasi pada gen Brachyury dari tikus menyebabkan
perkembangan yang menyimpang dari bagian posterior embrio, dan dia menelusuri
efek gen mutan ini ke notochord, yang biasanya akan membantu menginduksi aksis
dorsal.
Pada saat yang sama, Waddington (1939) mengisolasi beberapa gen yang
menyebabkan malformasi sayap pada lalat buah (Drosophila). Dia juga menganalisis
mutasi ini dalam hal bagaimana gen dapat mempengaruhi primordia perkembangan
yang memunculkan struktur ini. Sayap Drosophila, ia mengklaim dengan benar,
"tampaknya menguntungkan untuk penyelidikan tentang aksi perkembangan gen."
Dengan demikian, salah satu keberatan utama ahli embriologi terhadap model
perkembangan genetik bahwa gen tampaknya hanya bekerja pada pemodelan akhir
embrio dan bukan pada garis besarnya telah dibantah.
*Perhatikan bahwa Wilson menulis tentang unit pembentuk bentuk dalam
kromatin pada tahun 1896 sebelum penemuan kembali makalah Mendel atau
pendirian teori gen. Untuk analisis lebih lanjut tentang interaksi antara Morgan dan
Wilson yang mengarah pada teori gen, lihat Gilbert 1978, Gilbert 1987 dan Allen
1986.
Bukti Morgan untuk kontrol nuklir pembangunan bertentangan dengan
harapannya; sampai 1910, ia adalah pendukung utama sitoplasma. Wilson adalah
salah satu teman terdekat Morgan, dan Morgan menganggap Stevens sebagai
mahasiswa pascasarjana terbaiknya saat itu. Keduanya menentang Morgan dalam
masalah ini. Meskipun mereka tidak setuju, Morgan dengan sepenuh hati mendukung
permintaan dana penelitian Stevens, dengan mengatakan bahwa kualifikasinya
adalah yang terbaik. Wilson menulis surat dukungan yang sama memuji, meskipun
dia akan menjadi peneliti saingan (lihat Brush 1978).

3) Bukti Kesetaraan Genom

Keberatan utama lainnya terhadap embriologi berbasis genetik masih tetap ada:
Bagaimana gen nuklir dapat mengarahkan perkembangan ketika mereka sama di
setiap jenis sel? Keberadaan kesetaraan genom ini tidak begitu terbukti seperti yang
diasumsikan (karena setiap sel adalah keturunan mitosis dari telur yang dibuahi), jadi
salah satu masalah pertama genetika perkembangan adalah menentukan apakah
setiap sel suatu organisme memang memiliki himpunan yang sama. gen, atau genom,
seperti setiap sel lainnya.

6
Metaplasia
Bukti pertama untuk ekuivalensi genomik datang dari ahli embriologi yang
mempelajari regenerasi jaringan yang dipotong. Studi regenerasi mata salamander
menunjukkan bahwa bahkan sel dewasa yang berdiferensiasi dapat mempertahankan
potensinya untuk menghasilkan jenis sel lain. Oleh karena itu, gen untuk produk jenis
sel lain ini harus tetap ada di dalam sel, meskipun tidak diekspresikan secara normal.
Di mata salamander, pengangkatan retina saraf mendorong regenerasinya dari retina
berpigmen, dan jika lensa dilepas, lensa baru dapat dibentuk dari sel-sel iris dorsal.
Regenerasi jaringan lensa dari iris (disebut regenerasi Wolffian setelah orang yang
pertama kali mengamatinya, pada tahun 1894) telah dipelajari secara intensif.

Gambar 2. Serangkaian peristiwa mengarah pada produksi lensa baru dari iris
Yamada dan rekan-rekannya (Yamada 1966; Dumont dan Yamada 1972)
menemukan bahwa serangkaian peristiwa mengarah pada produksi lensa baru dari
iris (Gambar 4.5). Inti dari sisi punggung iris mulai mensintesis sejumlah besar
ribosom, DNA mereka bereplikasi, dan serangkaian pembelahan mitosis terjadi
kemudian. Sel-sel iris berpigmen kemudian mulai berdiferensiasi dengan membuang
melanosom (butiran berpigmen yang memberi warna pada mata) Melanosom ini
dicerna oleh makrofag yang memasuki lokasi luka. Sel-sel iris dorsal terus
membelah, membentuk bola jaringan yang tidak berdiferensiasi di wilayah lensa
yang dilepas. Sel-sel ini kemudian mulai mensintesis produk dari sel lensa yang
berbeda, protein kristalin. Kristalin ini dibuat dalam urutan yang sama seperti pada
perkembangan lensa normal. Setelah lensa baru terbentuk, sel-sel di sisi dorsal iris
berhenti mitosis (Mikhailov et al. 1997).
Peristiwa ini bukanlah rute normal pembentukan lensa vertebrata. Seperti
disebutkan dalam Bab 3, lensa biasanya berkembang dari lapisan sel epitel kepala

7
yang diinduksi oleh sel prekursor retina di bawahnya. Pembentukan lensa oleh sel-
sel iris yang berdiferensiasi adalah contoh metaplasia (atau transdiferensiasi),
transformasi satu jenis sel yang berdiferensiasi menjadi yang lain (Okada 1991). Iris
salamander, kemudian, tidak kehilangan gen yang digunakan untuk membedakan
sel-sel lensa.

Kloning mamalia
Pada tahun 1997, Ian Wilmut mengumumkan bahwa seekor domba telah diklon
dari inti sel somatik dari domba betina dewasa. Ini adalah pertama kalinya vertebrata
dewasa berhasil dikloning dari orang dewasa lain. Untuk melakukan ini, Wilmut dan
rekan-rekannya 1997 mengambil sel dari kelenjar susu domba betina dewasa (berusia
6 tahun) yang hamil dan memasukkannya ke dalam kultur.

Gambar 3. Domba Dolly

Media kultur diformulasikan untuk menjaga inti dalam sel-sel ini pada tahap
istirahat dari siklus sel (G0). Mereka kemudian memperoleh oosit (sel telur yang
matang) dari jenis domba yang berbeda dan membuang inti mereka. Penggabungan
sel donor dan oosit enukleasi dilakukan dengan menyatukan kedua sel dan
mengirimkan pulsa listrik melalui mereka. Pulsa listrik membuat membran sel tidak
stabil, memungkinkan sel untuk menyatu. Selain itu, pulsa yang sama yang
menyatukan sel mengaktifkan telur untuk memulai perkembangan. Embrio yang
dihasilkan akhirnya dipindahkan ke dalam rahim domba hamil. Dari 434 oosit domba
yang awalnya digunakan dalam percobaan ini, hanya satu yang bertahan: Dolly
(Gambar 3).

Gambar 4. Cloning tikus

8
 Analisis DNA menegaskan bahwa inti sel
Dolly berasal dari strain domba dari mana donor
inti diambil (Ashworth et al. 1998; Penanda
tangan dkk. 1998). Dengan demikian, tampaknya
inti sel somatik dewasa dapat totipotensi. Tidak
ada gen yang diperlukan untuk perkembangan
telah hilang atau bermutasi dengan cara yang akan
membuat mereka tidak berfungsi. Hasil ini telah
dikonfirmasi pada sapi (Kato et al. 1998) dan tikus
(Wakayama et al. 1998). Pada tikus, inti sel
somatik dari kumulus sel-sel ovarium disuntikkan
secara langsung menjadi oosit yang berinti. Ini
ulang oosit berinti dapat berkembang menjadi
tikus pada frekuensi 2,5% (Gambar 4.10B,
Gambar 4.10C). Menariknya, inti dari sel somatik
lain (seperti neuron atau sel Sertoli) yang serupa
diblokir pada tahap G0 tidak menghasilkan setiap
tikus hidup. Inti sel kumulus dari sapi juga telah
mengarahkan yang lengkap perkembangan oosit
menjadi sapi dewasa (Kato et al. 1998).

Gambar 5. Mekanisme cloning tikus

Mengapa Mengkloning Mamalia?

Mengingat bahwa kita telah mengetahui dari penelitian amfibi pada tahun 1960-
an bahwa inti adalah pluripoten, mengapa mengkloning mamalia? Banyak dari alasan
medis dan komersial, dan ada alasan bagus mengapa teknik ini pertama kali
dikembangkan oleh perusahaan farmasi daripada di universitas. Kloning menarik
bagi beberapa ahli biologi perkembangan yang mempelajari hubungan antara
nukleus dan sitoplasma selama pembuahan atau yang mempelajari penuaan (dan
hilangnya totipotensi yang tampaknya menyertainya), tetapi mamalia kloning
menjadi perhatian khusus bagi orang-orang yang peduli dengan obat-obatan protein.
. Obat protein seperti insulin manusia, protease inhibitor, dan faktor pembekuan sulit
dibuat. Karena masalah penolakan imunologi, protein manusia biasanya jauh lebih
baik ditoleransi oleh pasien daripada protein dari hewan lain. Jadi masalahnya adalah
bagaimana mendapatkan protein manusia dalam jumlah besar. Salah satu cara paling
efisien untuk memproduksi protein ini adalah dengan memasukkan gen manusia
yang mengkodekannya ke dalam DNA oosit domba, kambing, atau sapi. Hewan yang
mengandung gen dari individu lain (seringkali dari spesies yang berbeda) suatu
transgen disebut hewan transgenik. Domba atau sapi betina transgenik mungkin tidak
hanya mengandung gen untuk protein manusia, tetapi mungkin juga dapat
mengekspresikan gen tersebut dalam jaringan susunya dan dengan demikian

9
mensekresikan protein dalam susunya (Gambar 4.11; Prather 1991). Jadi, tak lama
setelah pengumuman Dolly, laboratorium yang sama mengumumkan kelahiran Polly
(Schnieke et al. 1997). Polly diklon dari fibroblas janin domba transgenik yang
mengandung gen faktor pembekuan manusia IX, gen yang fungsinya kurang pada
hemofilia herediter.
Memproduksi domba, sapi, atau kambing transgenik bukanlah usaha yang
efisien. Hanya 20% dari telur yang dirawat yang bertahan dari teknik ini. Dari jumlah
tersebut, hanya sekitar 5% yang mengekspresikan gen manusia. Dan dari hewan
transgenik yang mengekspresikan gen manusia, hanya setengahnya yang betina, dan
hanya sebagian kecil dari mereka yang benar-benar mengeluarkan protein tingkat
tinggi ke dalam susu mereka. (Dan seringkali membutuhkan waktu bertahun-tahun
bagi mereka untuk pertama kali memproduksi susu). Selain itu, setelah beberapa
tahun produksi susu, mereka mati, dan keturunan mereka biasanya tidak sebagus
protein manusia seperti aslinya. Kloning akan memungkinkan perusahaan farmasi
untuk membuat banyak salinan dari "hewan transgenik elit" semacam itu, yang
semuanya harus menghasilkan protein manusia dalam jumlah tinggi dalam susu
mereka. Pentingnya medis dari teknologi semacam itu akan sangat besar, karena
protein semacam itu bisa menjadi jauh lebih murah bagi pasien yang
membutuhkannya untuk bertahan hidup. Insentif ekonomi untuk kloning karena itu
sangat besar (Meade 1997).
Mengapa Tidak Mengkloning Manusia?
Pengacara John Robertson 1998a, John Robertson 1998b telah mencantumkan
beberapa alasan mengapa kloning manusia harus legal. Pertama, itu akan memberi
pasangan yang tidak subur kesempatan untuk memiliki anak yang terkait secara
genetik. Pemerintah, kata Robertson, seharusnya tidak mengganggu kemampuan
pasangan mana pun untuk memiliki anak yang terkait secara genetik, dan jika
teknologi kloning tersedia, mereka harus digunakan untuk tujuan itu. Kedua, kloning
dapat menyediakan sumber bagian tubuh untuk transplantasi (hati, pankreas, dll.)
yang tidak akan ditolak secara imunologis. Ketiga, dalam pandangan Robertson,
tidak ada kerugian yang akan menimpa individu atau masyarakat. Keempat, teknik
kloning tidak jauh berbeda dengan teknik reproduksi berbantuan lainnya, dan kloning
hanyalah "kembar yang lahir terlambat".
Pada tahun 1997, Society for Developmental Biology, mewakili beberapa ahli
biologi perkembangan yang mempelopori teknologi kloning, menentang setiap posisi
ini dan meloloskan moratorium sukarela kloning manusia selama 5 tahun.
Moratorium ini kemudian diadopsi oleh Federation of Societies of Experimental
Biology, dan menjadi dasar untuk larangan federal untuk kloning manusia. Beberapa
alasan yang dikutip oleh para ilmuwan dan ahli etika terhadap argumen kloning
manusia Robertson adalah:
• Kloning bukanlah teknik yang baik untuk memberikan kesempatan pada pasangan
untuk memiliki anak yang terkait secara genetik,* untuk alasan ilmiah yang
meliputi: (a) Anak yang dihasilkan akan terkait secara genetik hanya dengan salah

10
 satu anggota pasangan (yang dapat menyebabkan kerugian besar masalah dengan
hukum perceraian dan hak asuh). (b) Dengan tingkat keberhasilan yang sejauh ini
dari 100%, seorang wanita tidak dapat menghasilkan cukup oosit untuk prosedur
ini agar memiliki peluang sukses yang baik. (c) Tingkat kegagalan yang tinggi ini
memprediksikan bahwa banyak janin hasil kloning akan menggugurkan
kandungan atau terlahir cacat. Seperti yang telah ditunjukkan oleh Marie
DiBerardino dan Robert McKinnell, dua pelopor kloning, "Dalam hampir 100%
kasus, [kloning manusia] akan memunculkan embrio dan janin abnormal, hampir
semuanya akan gugur. Dan betapa hebatnya kekejaman jika anak abnormal lahir!"
(DiBerardino dan McKinnell 1997).
• Masalah moral tampak luar biasa melawan argumen "suku cadang". Seseorang
tidak dapat "memiliki" orang lain; klon mungkin tidak ingin digunakan untuk suku
cadang. Skenario yang melibatkan pembuatan klon "mati otak" yang disimpan
"dalam penyimpanan" untuk suku cadang tidak dapat diterima oleh sebagian besar
dari kita (lihat Krauthammer 1998). Selain itu, menggunakan kloning dengan cara
ini akan memperluas kesenjangan sosial yang sudah besar yang disebabkan oleh
perbedaan akses ke perawatan medis. Mereka yang memiliki sumber daya yang
cukup dapat menggunakan bagian tubuh kloning untuk memperpanjang hidup
mereka ke durasi yang belum pernah terjadi sebelumnya, menciptakan situasi di
mana keuntungan ekonomi menjadi keuntungan biologis yang luar biasa.
• Tidak ada yang tahu kerugian komunitas atau pribadi karena dibesarkan oleh
orang tua yang identik secara genetik. Keunikan genetik selalu diasumsikan.
(Atau, seperti yang dikatakan seorang siswa, sudah cukup buruk diberi tahu apa
yang harus dilakukan oleh orang tua biasa.)
• Secara biologis, klon bukanlah "kembar yang lahir terlambat". Pertama, mereka
gagal dalam definisi genetik kembar identik, karena gen mitokondria mereka
(berasal dari telur wanita yang berbeda) akan berbeda. Kedua, mereka gagal dalam
kriteria embriologis untuk kembar karena mereka tidak berasal dari zigot yang
sama dan tidak berbagi rahim yang sama.
• Pemerintah sudah menetapkan batasan hak prokreasi. (Anda tidak dapat secara
sah menikahi saudara atau anak Anda, misalnya.) Itu dilakukan dengan
persetujuan pemerintah. Larangan kloning manusia tidak akan menjadi peran baru
bagi pemerintah.

Pengecualian Aturan: Gen Imunoglobulin

Meskipun aturannya adalah bahwa genom sama di setiap sel dalam tubuh,
beberapa sel darah putih yang berfungsi sebagai bagian dari sistem kekebalan
memberikan pengecualian untuk aturan itu. Limfosit B ("sel B") mampu mensintesis
protein yang disebut imunoglobulin yang dapat berfungsi sebagai antibodi. Selama
beberapa dekade, ahli imunologi bingung bagaimana sistem kekebalan dapat
menghasilkan begitu banyak jenis antibodi. Bisakah semua 107 jenis protein antibodi
yang berbeda dikodekan dalam genom?

11
 Ini akan memakan banyak ruang kromosom. Terlebih lagi, bagaimana sistem
kekebalan "tahu" bagaimana membuat antibodi terhadap beberapa molekul asing
(antigen) yang bahkan tidak ditemukan di luar laboratorium? Mereka akhirnya
menemukan bahwa genom sel B tidak mengandung pengkodean DNA untuk protein
antibodi apa pun. Sebaliknya, DNA diatur ulang selama perkembangan sel B untuk
menciptakan gen penyandi antibodi. Selain itu, walaupun organisme mamalia
memiliki kemampuan untuk mensintesis lebih dari 10 juta jenis protein antibodi yang
berbeda, setiap sel B hanya dapat mensintesis satu.
Semua imunoglobulin yang disekresikan dari sel B memiliki struktur yang
sangat mirip. Masing-masing terdiri dari dua pasang subunit polipeptida. Ada dua
rantai berat identik dan dua rantai ringan identik; rantai dihubungkan bersama oleh
ikatan disulfida (Gambar 4.12). Spesifisitas molekul imunoglobulin (yaitu, apakah
itu akan mengikat virus polio, sel E. coli, atau beberapa antigen lain) ditentukan oleh
urutan asam amino dari daerah variabel di ujung terminal amino dari berat dan
ringan. rantai. Daerah variabel molekul imunoglobulin melekat pada daerah konstan
yang memberikan antibodi sifat efektor yang diperlukan untuk menonaktifkan
antigen.
Gen yang mengkode rantai berat dan ringan imunoglobulin diatur dalam
segmen. Gen rantai ringan mamalia mengandung tiga segmen (Gambar 4.12).
Segmen gen pertama, V, mengkodekan 97 asam amino pertama dari wilayah variabel
rantai ringan. Ada sekitar 300 sekuens V berbeda yang terhubung secara tandem pada
genom tikus. Segmen kedua, J, terdiri dari 4 atau 5 kemungkinan urutan DNA untuk
15-17 residu terakhir dari wilayah variabel. Segmen ketiga, C, mengkodekan wilayah
konstan rantai ringan. Selama diferensiasi sel B, yang terjadi saat sel B matang di
sumsum tulang, salah satu dari 300 segmen V dan satu dari 5 segmen J bergabung
untuk membentuk daerah variabel gen antibodi. Hal ini dilakukan dengan
memindahkan urutan segmen V di sebelah urutan segmen J, suatu penataan ulang
yang menghilangkan DNA intervensi (Hozumi dan Tonegawa 1976).
Gen rantai berat mengandung lebih banyak segmen daripada gen rantai ringan.
Gen rantai berat meliputi segmen V (200 sekuens berbeda untuk 97 asam amino
pertama), segmen D (10-15 sekuens berbeda yang mengkode 3-14 asam amino), dan
segmen J (4 sekuens untuk 15-17 asam amino terakhir dari wilayah variabel).
Segmen berikutnya, C, mengkode daerah konstan. Daerah variabel rantai berat
dibentuk dengan menghubungkan satu segmen V dan satu segmen D ke satu segmen
J (Gambar 4.12). Urutan wilayah variabel VDJ ini sekarang berdekatan dengan
wilayah konstanta pertama dari gen rantai berat wilayah Cm, yang khusus untuk
antibodi yang dapat dimasukkan ke dalam membran plasma.
Dengan demikian, sebuah molekul imunoglobulin terbentuk dari dua gen yang
dibuat selama tahap perkembangan limfosit B yang bebas antigen. Sekitar 103 gen
rantai ringan yang berbeda dan sekitar 104 gen rantai berat yang berbeda dapat
dibentuk. Karena masing-masing terbentuk secara independen satu sama lain, sekitar

12
107 jenis imunoglobulin dapat dibuat dari penyatuan rantai ringan dan rantai berat di
dalam sel. Setiap sel hanya membuat satu dari 107 jenis antibodi ini.
Sel B bukan satu-satunya jenis sel yang mengubah genomnya selama
diferensiasi. Jenis sel utama lainnya dari sistem kekebalan, sel T, juga
menggabungkan kembali dan menghapus sebagian genomnya dalam pembangunan
reseptor antigennya (Fujimoto dan Yamagishi 1987). Enzim yang bertanggung jawab
untuk memediasi peristiwa rekombinasi DNA ini tampaknya sama dalam garis
keturunan sel B dan T. Disebut rekombinase (Agrawal et al. 1998), kedua protein ini
mengenali daerah sinyal DNA segera ke hulu dari segmen DNA yang dapat
direkombinasi dan membentuk kompleks di sana yang memulai pemutusan untai
ganda. Selain itu, gen untuk enzim rekombinase ini hanya aktif di sel pra-B dan sel
pra-T, di mana gen-gen tersebut digabungkan kembali.* Mutasi yang menghilangkan
fungsi salah satu rekombinasi menyebabkan sindrom imunodefisiensi parah yang
muncul saat lahir (Schwarz dkk. 1996; Villa dkk. 1998).

4) Teknik Lokalisasi RNA

Northern blotting
Kita dapat menentukan lokasi temporal dan spasial di mana RNA diekspresikan
dengan menjalankan RNA blot (sering disebut Northern blot). Pertama, seseorang
mengekstrak RNA dari embrio pada tahap perkembangan yang berbeda, atau dari
organ berbeda dari embrio yang sama. Peneliti kemudian menempatkan sampel RNA
berdampingan di salah satu ujung gel dan mengalirkan arus listrik melalui gelnya.
Semakin kecil RNA, semakin cepat ia bergerak melalui gel. Dengan demikian, RNA
yang berbeda dipisahkan oleh ukurannya. Teknik ini disebut elektroforesis.
Penyelidik kemudian mentransfer RNA yang terpisah ke kertas nitroselulosa atau
filter membran nilon, dan menginkubasi filter yang mengandung RNA dalam larutan
yang mengandung fragmen DNA untai tunggal radioaktif dari gen tertentu (Gambar
A). Probe DNA berlabel radioaktif ini hanya mengikat ke daerah filter di mana RNA
komplementer berada. Jika mRNA untuk gen itu ada dalam sampel, DNA berlabel
akan mengikatnya dan dapat dideteksi dengan autoradiografi.
Film sinar-X ditempatkan di atas filter dan diinkubasi dalam gelap.
Radioaktivitas lokal dalam probe mengurangi perak dalam film sinar-X, dan bentuk
butir. Bintik-bintik yang dihasilkan, yang muncul langsung di atas tempat-tempat di
mana DNA radioaktif telah terikat, tampak hitam jika dilihat secara langsung.
Autoradiograf jenis ini, di mana RNA dari beberapa tahap atau jaringan
dibandingkan secara bersamaan, disebut perkembangan Northern blots.

13
Gambar 6. Developmental Northern Blot Used To Investigate The Expression Of Pax6
Expression In The Mammalian Embryo
Gambar F menunjukkan perkembangan Northern blot yang digunakan untuk
menyelidiki ekspresi ekspresi Pax6 dalam embrio mamalia. Pax6 adalah protein yang
penting untuk perkembangan mata normal; mutasi pada gen ini memberikan mata
kecil (pada tikus heterozigot) atau tidak ada mata atau hidung (pada tikus atau
manusia homozigot untuk kehilangan fungsi mutasi). Northern blot menunjukkan
bahwa gen ini diekspresikan dalam embrio di otak, mata, dan pankreas, tetapi tidak
di jaringan lain.
Hibridisasi in situ
Analisis blot utara (yang menggunakan mRNA yang diekstraksi dari potongan-
potongan jaringan yang telah dikeluarkan dari embrio) hanya dapat memberikan
perkiraan lokasi dan waktu untuk ekspresi gen. Peta pola ekspresi gen yang lebih
rinci dapat diperoleh dengan menggunakan proses yang disebut hibridisasi in situ.
Alih-alih menggunakan probe DNA untuk mencari mRNA pada filter, probe
dihibridisasi dengan mRNA di organ itu sendiri. Embrio atau organ difiksasi untuk
mempertahankan strukturnya dan untuk mencegah RNA terdegradasi, kemudian
dipotong untuk mikroskop dan ditempatkan pada slide. Ketika probe DNA radioaktif
ditambahkan, itu hanya mengikat di mana mRNA komplementer hadir. Setelah probe
yang tidak terikat dicuci, slide ditutup dengan emulsi fotografi transparan untuk
autoradiografi. Melalui pencitraan medan terang yang dimediasi komputer, butiran

14
perak yang direduksi dapat ditampilkan dalam warna yang kontras dengan noda latar
belakang. Dengan demikian, kita dapat memvisualisasikan sel-sel (atau bahkan
daerah di dalam sel) yang telah mengakumulasi jenis mRNA tertentu.
Gambar dibawah menunjukkan hibridisasi in situ untuk mRNA Pax6 pada
tikus. Orang dapat melihat bahwa Pax6 mRNA ditemukan di wilayah di mana dugaan
retina bertemu dengan jaringan lensa dugaan. Seiring perkembangan berlangsung,
hal itu terlihat pada retina, lensa, dan kornea mata yang sedang berkembang.

Gambar 7. Hibridisasi In Situ Untuk mRNA Pax6 Pada Tikus

5) Menentukan Fungsi Gen selama Perkembangan
Memasukkan DNA baru ke dalam sel
Potongan DNA kloning dapat diisolasi, dimodifikasi (jika diinginkan), dan
ditempatkan ke dalam sel dengan beberapa cara. Salah satu teknik yang sangat
langsung adalah injeksi mikro, di mana larutan yang mengandung gen kloning
disuntikkan dengan sangat hati-hati ke dalam inti sel (Capecchi 1980). Ini adalah
teknik yang sangat berguna untuk menyuntikkan gen ke dalam sel telur yang baru
dibuahi, karena inti haploid dari sperma dan sel telur relatif besar (Gambar 4.18).

Gambar 8. Inti Haploid Dari Sperma dan Sel Telur

Dalam transfeksi, DNA dimasukkan langsung ke dalam sel dengan
menginkubasi mereka dalam larutan yang membuat mereka "meminumnya".
Kemungkinan fragmen DNA yang dimasukkan ke dalam kromosom dengan cara ini
relatif kecil, bagaimanapun, sehingga DNA yang diinginkan biasanya dicampur

15
dengan gen lain, seperti gen yang mengkode resistensi terhadap gen tertentu.
antibiotik, yang memungkinkan sel-sel langka yang menggabungkan DNA untuk
bertahan hidup di bawah kondisi kultur yang akan membunuh semua sel lain
(Perucho et al. 1980; Robins et al. 1981). Teknik lain adalah elektroporasi, di mana
pulsa tegangan tinggi "mendorong" DNA ke dalam sel.
Cara yang lebih "alami" untuk memasukkan gen ke dalam sel adalah dengan
memasukkan gen hasil kloning ke dalam elemen transposabel atau vektor retroviral.
Ini adalah daerah seluler DNA yang terjadi secara alami yang dapat
mengintegrasikan diri ke dalam genom suatu organisme. Retrovirus adalah virus
yang mengandung RNA. Di dalam sel inang, mereka membuat salinan DNA dari diri
mereka sendiri (menggunakan transkriptase balik yang dikodekan secara viral);
salinannya kemudian menjadi untai ganda dan mengintegrasikan dirinya ke dalam
kromosom inang. Integrasi dilakukan dengan dua urutan identik (pengulangan
terminal panjang) di ujung DNA retroviral. Vektor retroviral dibuat dengan
menghilangkan gen kemasan virus (diperlukan untuk keluarnya virus dari sel) dari
pusat retrovirus tikus. Ekstraksi ini menciptakan situs kosong di mana gen lain dapat
ditempatkan.
Dengan menggunakan enzim restriksi yang sesuai, peneliti dapat menyisipkan
gen yang diisolasi (seperti gen yang diisolasi dengan PCR) dan memasukkannya ke
dalam vektor retroviral. Vektor retroviral ini menginfeksi sel tikus dengan efisiensi
mendekati 100%. Demikian pula, di Drosophila, gen baru dapat dibawa ke lalat
melalui elemen P. Urutan DNA ini adalah elemen transposabel yang terjadi secara
alami yang dapat berintegrasi seperti virus ke wilayah genom Drosophila mana pun.
Selain itu, mereka dapat diisolasi, dan gen kloning dapat dimasukkan ke pusat elemen
P. Ketika elemen P rekombinasi disuntikkan ke dalam oosit Drosophila, ia dapat
berintegrasi ke dalam DNA dan menyediakan embrio dengan gen baru (Spradling
dan Rubin 1982).
6) Mengidentifikasi Gen untuk Anomali Perkembangan Manusia
Seseorang tidak dapat bereksperimen pada embrio manusia, juga tidak dapat
secara selektif membiakkan manusia untuk mengekspresikan fenotipe mutan
tertentu. Lalu, bagaimana kita dapat menemukan gen yang terlibat dalam
perkembangan manusia normal dan yang mutasinya menyebabkan kelainan
perkembangan bawaan (bawaan)? Dua pendekatan telah merevolusi embriologi
manusia dalam lima tahun terakhir.

16
 Gambar 9. Hibridisasi In Situ Kromosom Manusia
Pendekatan pertama adalah kloning gen posisional (Collins 1992; Scambler
1997). Di sini, analisis silsilah menyoroti wilayah genom di mana gen mutan tertentu
diperkirakan berada. Dengan membuat peta DNA dari daerah tersebut, diharapkan
dapat menemukan daerah DNA yang berbeda antara orang yang bermutasi dan orang
yang tidak memilikinya. Kemudian, dengan mengurutkan wilayah genom tersebut,
gen tersebut dapat ditemukan. Sebagai contoh, kita akan melihat penemuan gen
Aniridia manusia. Ton dan rekan-rekannya 1991 berusaha menemukan gen yang
ketidakhadirannya menyebabkan cacat pada perkembangan mata normal. Orang-
orang heterozigot untuk gen ini, Aniridia, tidak memiliki iris mata mereka. Janin
homozigot untuk kondisi ini lahir mati dan tidak memiliki mata atau hidung.
Menggunakan DNA dari individu dengan aniridia yang mengalami kerusakan
kromosom di wilayah ini, Ton dan rekan kerja menemukan wilayah kromosom 11
yang ada pada individu tipe liar tetapi tidak ada sama sekali atau sebagian pada
individu dengan aniridia. Selain itu, wilayah DNA ini mengandung wilayah yang
bisa menjadi gen (yaitu, memiliki situs promotor, dan urutan yang menunjukkan
intron dan ekson). Untuk menentukan apakah urutan ini adalah gen yang aktif dalam
perkembangan mata, mereka melakukan blot Utara, menggunakan wilayah DNA ini
sebagai penyelidikan. Pengurutan fragmen ini menunjukkan bahwa itu adalah gen
PAX6 manusia: homolog manusia dari gen Pax6 yang sudah dikenal pada tikus. Ini
dikonfirmasi melalui hibridisasi in situ (Gambar 9).

17
 Gambar 10. Mutasi dari gen microphthalmia (mi)
Pendekatan kedua adalah gen kandidat pemetaan. Pendekatan ini mirip dengan
kloning posisi, tapi di sini, seseorang mulai dengan korelasi antara pemetaan genetik
a sindrom tertentu dan pemetaan genetik untuk a gen tertentu. Sebagai contoh, kita
akan mengambil kondisi lain yang menghasilkan mata kecil: Sindrom Waardenburg
tipe 2. Dominan autosomal ini Kondisi ini ditandai dengan tuli, heterokromatik
(warna-warni) iris, dan jambul putih (Gambar 10). Dengan menganalisis silsilah
beberapa keluarga yang anggotanya memiliki kondisi ini, Hughes dan rekan-
rekannya 1994 menunjukkan bahwa itu adalah disebabkan oleh mutasi pada gen pada
lengan kecil kromosom 3, antara band 12.3 dan 14.4. Kondisi yang sangat mirip
ditemukan di tikus, yang disebut mikroftalmia. Mutasi dari gen microphthalmia (mi)
menyebabkan sindrom dominan yang melibatkan ketulian, bercak putih pada bulu,
dan kelainan mata (Gambar 10). Mungkinkah sindrom Waardenburg tipe 2
disebabkan oleh mutasi pada manusia yang setara dengan gen mikroftalmia? Gen mi
tikus dikloning, dan ditemukan (dengan pengurutan dan in situ hibridisasi) untuk
mengkodekan protein pengikat DNA yang diekspresikan dalam sel pigmen mata,
telinga, dan folikel rambut tikus embrionik (Hemesath et al. 1994; Hodgkinson et al.
1994; Nakayama et al. 1998). Protein pengikat DNA penting karena mereka sering
bertindak untuk mengatur transkripsi gen lain (seperti yang akan dirinci dalam dua
bab berikutnya).
Gen mi tikus digunakan untuk membuat penyelidikan untuk mencari gen
serupa dalam genom manusia. Memang, penyelidikan menemukan homolog manusia

18
 dari gen microphthalmia tikus, dan urutan homolog (MITF) ini dipetakan ke wilayah
yang sama persis dengan sindrom Waardenburg tipe 2 (Tachibana et al. 1994;
Tassabehji et al. 1994). Ketika pasien sindrom Waardenburg diteliti, ditemukan
bahwa mereka masing-masing memiliki mutasi gen MITF.
Dengan demikian, sindrom Waardenburg tipe 2 berkorelasi dengan mutasi
pada protein pengikat DNA yang dikodekan oleh lokus MITF manusia. Gen kandidat
dan teknik pemetaan gen posisi telah menyatukan embriologi medis dan genetika
medis. Fusi ini telah memungkinkan para ilmuwan dan dokter untuk memahami
perkembangan manusia normal dan penyebab banyak malformasi.

B. Inti Genetik Perkembangan

1) Ekspresi gen diferensial
Jenis sel yang berbeda membuat set protein yang berbeda, meskipun genomnya
identik. Setiap manusia memiliki sekitar 150.000 gen di setiap nukleus, tetapi setiap
sel hanya menggunakan sebagian kecil dari gen ini. Selain itu, jenis sel yang berbeda
menggunakan himpunan bagian yang berbeda dari gen ini. Sel darah merah membuat
globin, sel lensa membuat kristalin, melanosit membuat melanin, dan kelenjar
endokrin membuat hormon spesifiknya. Genetika perkembangan adalah disiplin ilmu
yang mengkaji bagaimana genotipe diubah menjadi fenotipe, dan paradigma utama
genetika perkembangan adalah ekspresi gen diferensial dari repertoar nuklir yang
sama. Regulasi ekspresi gen dapat dicapai pada beberapa tingkatan:
• Transkripsi gen diferensial, mengatur gen nuklir mana yang ditranskripsi
menjadi RNA
• Pemrosesan RNA nuklir selektif, mengatur RNA yang ditranskripsi mana
(atau bagian mana dari RNA nuklir semacam itu) yang masuk ke dalam
sitoplasma untuk menjadi RNA pembawa pesan
• Terjemahan RNA messenger selektif, mengatur mRNA mana dalam
sitoplasma yang diterjemahkan menjadi protein
• Modifikasi protein diferensial, mengatur protein mana yang diizinkan untuk
tetap atau berfungsi dalam sel
Beberapa gen (seperti yang mengkode protein globin hemoglobin) diatur pada
masing-masing level ini. Bab ini akan membahas mekanisme diferensiasi sel:
bagaimana gen yang berbeda dari repertoar genetik yang sama diaktifkan atau
ditekan pada waktu dan tempat tertentu untuk menyebabkan sel menjadi berbeda satu
sama lain.
2) Transkripsi Gen Diferensial
Anatomi gen: Ekson dan intron
Ada dua perbedaan mendasar yang membedakan sebagian besar gen eukariotik
dari sebagian besar gen prokariotik. Pertama, gen eukariotik terkandung dalam
kompleks DNA dan protein yang disebut kromatin. Komponen protein merupakan
sekitar setengah dari berat kromatin dan sebagian besar terdiri dari nukleosom.

19
Nukleosom adalah unit dasar dari struktur kromatin. Ini terdiri dari satu oktamer
protein histon (dua molekul masing-masing histon H2A-H2B dan histon H3-H4)
dibungkus dengan dua loop yang mengandung sekitar 140 pasangan basa DNA
(Gambar 5.1; Kornberg dan Thomas 1974). Kromatin dengan demikian dapat
divisualisasikan sebagai untaian manik-manik nukleosom yang dihubungkan oleh
pita DNA. Sementara ahli genetika klasik menyamakan gen dengan "manik-manik
pada seutas tali", ahli genetika molekuler menyamakan gen dengan "untaian pada
manik-manik". Sebagian besar waktu, nukleosom itu sendiri dililit menjadi
"solenoid" ketat yang distabilkan oleh histon H1.

Gambar 11. Nucleosome

Histon H1 ditemukan dalam 60 atau lebih pasangan basa "penghubung" DNA
di antara nukleosom (Weintraub 1984). Konformasi nukleosom yang bergantung
pada H1 ini menghambat transkripsi gen dalam sel somatik dengan mengemas
nukleosom yang berdekatan bersama-sama ke dalam susunan rapat yang melarang
akses faktor transkripsi dan RNA polimerase ke gen (Thoma et al. 1979; Schlissel
dan Brown 1984). Oleh karena itu, umumnya dianggap bahwa kondisi "default"
kromatin adalah keadaan yang ditekan, dan gen spesifik jaringan menjadi diaktifkan
oleh interupsi lokal dari ini represi (Weintraub 1985).
Anatomi gen: Promotor dan enhancer
Selain daerah penyandi protein dari gen, ada urutan pengaturan yang dapat
berada di salah satu ujung gen (atau bahkan di dalamnya). Urutan ini, promotor dan
enhancer diperlukan untuk mengendalikan di mana dan kapan gen tertentu
ditranskripsi.
Promotor adalah situs di mana RNA polimerase mengikat DNA untuk memulai
transkripsi. Promotor gen yang mensintesis RNA utusan (yaitu, gen yang mengkode
protein) biasanya terletak langsung di hulu dari situs di mana RNA polimerase
memulai transkripsi. Sebagian besar promotor ini mengandung urutan TATA, di
mana RNA polimerase akan terikat (Gambar 12). Situs ini, yang dikenal sebagai
kotak TATA, biasanya sekitar 30 pasangan basa di bagian hulu dari tempat di mana
basa pertama ditranskripsi. RNA polimerase eukariotik, bagaimanapun, tidak akan

20
mengikat urutan DNA telanjang ini.
Sebaliknya, mereka membutuhkan
faktor protein tambahan untuk
mengikat secara efisien ke promotor.
Gen penyandi protein ditranskripsi
oleh RNA polimerase II, dan
setidaknya enam protein inti telah
terbukti diperlukan untuk inisiasi
transkripsi yang tepat oleh RNA
polimerase II (Buratowski et al. 1989;
Sopta et al. 1989).
Protein ini disebut faktor
transkripsi basal. Yang pertama,
TFIID, mengenali kotak TATA
melalui salah satu subunitnya, protein
pengikat TATA (TBP). TFIID
berfungsi sebagai dasar dari kompleks
inisiasi transkripsi, dan juga berfungsi
untuk mencegah pembentukan
nukleosom di wilayah ini. Setelah
TFIID distabilkan oleh TFIIA, ia
menjadi mampu mengikat TFIIB.
Setelah TFIIB berada di tempatnya,
RNA polimerase dapat mengikat
kompleks ini. Faktor transkripsi
lainnya (TFIIE, F, dan H) kemudian
digunakan untuk melepaskan RNA
polimerase dari kompleks sehingga
dapat mentranskripsi gen, dan untuk Gambar 12. Faktor Transkripsi Basal
melepas heliks DNA sehingga RNA
polimerase akan memiliki template bebas untuk ditranskripsi.
Selain faktor transkripsi basal ini, yang ditemukan di setiap nukleus, ada juga
satu set faktor transkripsi yang disebut faktor terkait TBP, atau TAF (Gambar 13;
Buratowski 1997; Lee dan Young 1998), yang dapat menstabilkan TBP. Fungsi ini
sangat penting untuk transkripsi gen, karena jika TBP tidak distabilkan, ia dapat jatuh
dari urutan TATA kecil. TAF terikat oleh elemen promotor hulu pada DNA. Urutan
DNA ini berada di dekat urutan TATA, dan biasanya di hulu darinya. Namun, TAF
ini tidak perlu ada di setiap sel tubuh. Faktor transkripsi spesifik sel (seperti protein
Pax6 dan mikroftalmia yang disebutkan dalam Bab 4) juga dapat mengaktifkan gen
dengan menstabilkan kompleks inisiasi transkripsi. Mereka dapat melakukannya
dengan mengikat TAF, dengan mengikat langsung ke faktor lain seperti TFIIB, atau
(seperti yang akan kita lihat segera) dengan mendestabilisasi nukleosom.

21
 Gambar 13. Faktor Terkait TBP atau TAF
Enchancer adalah urutan DNA yang dapat mengaktifkan pemanfaatan
promotor, mengendalikan efisiensi dan laju transkripsi dari promotor tertentu.
Enhancer hanya dapat mengaktifkan promotor terkait cis (yaitu, promotor pada
kromosom yang sama ), tetapi mereka dapat melakukannya pada jarak yang jauh
(beberapa sejauh 50 kilobase dari promotor). Selain itu, enhancer tidak perlu berada
di sisi 5 (hulu) gen. Mereka juga dapat berada di ujung 3 , di intron, atau bahkan pada
untai DNA komplementer (Maniatis et al. 1987). Gen -globin manusia memiliki
penambah dalam 3 UTR-nya, kira-kira 700 pasangan basa hilir dari situs AATAAA.
Urutan ini diperlukan untuk ekspresi spesifik temporal dan jaringan dari gen -globin
pada prekursor sel darah merah dewasa (Trudel dan Constantini 1987). Seperti
promotor, enhancer berfungsi dengan mengikat protein pengatur spesifik yang
disebut faktor transkripsi.
Faktor transkripsi
Faktor transkripsi adalah protein yang mengikat daerah enhancer atau promotor
dan berinteraksi untuk mengaktifkan atau menekan transkripsi gen tertentu. Sebagian
besar faktor transkripsi dapat berikatan dengan sekuens DNA spesifik. Protein ini
dapat dikelompokkan bersama dalam keluarga berdasarkan kesamaan struktur.
Faktor-faktor transkripsi dalam keluarga semacam itu memiliki struktur kerangka
kerja yang sama di situs pengikatan DNA mereka, dan sedikit perbedaan dalam asam
amino di situs pengikatan dapat mengubah urutan DNA yang mengikat faktor
tersebut.
Silencers
Beberapa urutan bertindak khusus untuk memblokir transkripsi. Domain
peredam ini berguna dalam membatasi transkripsi gen tertentu ke kelompok sel
tertentu atau untuk mengatur waktu ekspresi gen. Misalnya, hati tikus janin membuat
albumin serum, tetapi hanya setelah tahap perkembangan usus tertentu. Pada
awalnya, sel-sel endodermal yang akan membentuk hati tidak mentranskripsi gen
albumin ini. Namun, ketika tabung endodermal menghubungi mesoderm jantung
(yang sedang dalam proses pembentukan jantung), prekursor jantung dapat
menginstruksikan tabung endodermal untuk mulai membentukan hati dan untuk
mulai mentranskripsi spesifik hati gen (Le Douarin 1964; Gualdi et al. 1996). Kontak

22
ini dianggap melepaskan transkripsi faktor terikat ke daerah peredam dalam serum
gen albumin. Situs peredam ini ditempati sebelum kontak endoderm dengan
mesoderm jantung, tetapi menjadi kosong di tabung endodermal segera setelah
kontak dengan sel-sel pembentuk jantung (Gambar 14; Gualdi et Al. 1996).

Gambar 14. Silencers dalam Proses Transkripsi

3) Pola Metilasi dan Kontrol Transkripsi
Metilasi DNA dan aktivitas gen
Bagaimana pola transkripsi menjadi stabil? Bagaimana sel lensa dapat tetap
menjadi sel lensa dan tidak mengaktifkan gen spesifik otot? Bagaimana sel dapat
menjalani putaran mitosis dan tetap mempertahankan karakteristiknya yang berbeda?
Jawabannya tampaknya metilasi DNA. Promotor gen yang tidak aktif menjadi
termetilasi pada residu sitosin tertentu, dan metilsitosin yang dihasilkan menstabilkan
nukleosom dan mencegah pengikatan faktor transkripsi.
Sering diasumsikan bahwa suatu gen mengandung nukleotida yang sama persis
apakah itu aktif atau tidak aktif; yaitu, bahwa gen -globin dalam prekursor sel darah
merah memiliki nukleotida yang sama dengan gen -globin dalam fibroblas atau sel
retina dari hewan yang sama. Namun, ada perbedaan halus dalam DNA. Pada tahun
1948, R. D. Hotchkiss menemukan "basis kelima" dalam DNA, 5-methylcytosine.
Pada vertebrata, basa ini dibuat secara enzimatik setelah DNA direplikasi, pada saat
itu sekitar 5% sitosin dalam DNA mamalia diubah menjadi 5-metilsitosin (Gambar
15.A). Konversi ini hanya dapat terjadi bila residu sitosin diikuti oleh guanosin. Studi
terbaru menunjukkan bahwa sejauh mana sitosin dari gen yang termetilasi dapat
mengontrol tingkat transkripsi gen. Metilasi sitosin tampaknya menjadi mekanisme
utama regulasi transkripsi pada vertebrata. Namun, Drosophila, nematoda, dan
mungkin sebagian besar invertebrata tidak memetilasi DNA mereka.

23
 Gambar 15. Metilasi DNA dan aktivitas gen
Pada vertebrata, keberadaan sitosin termetilasi dalam promotor gen berkorelasi
dengan represi transkripsi dari gen itu. Dalam mengembangkan sel darah merah
manusia dan ayam, DNA promotor globin hampir sepenuhnya tidak termetilasi,
sedangkan promotor yang sama sangat termetilasi dalam sel yang tidak menghasilkan
globin. Selain itu, pola metilasi berubah selama pengembangan (Gambar 15.B). Sel-
sel yang memproduksi hemoglobin dalam embrio manusia memiliki promotor yang
tidak termetilasi untuk gen yang mengkode -globin dari hemoglobin embrionik.
Promotor ini menjadi termetilasi dalam jaringan janin (van der Ploeg dan Flavell
1980; Groudine dan Weintraub 1981; Mavilio et al. 1983). Demikian pula, ketika
globin janin memberi jalan kepada globin dewasa, promotor gen -globin menjadi
termetilasi. Korelasi antara sitosin termetilasi dan represi transkripsi telah
dikonfirmasi secara eksperimental. Dengan menambahkan transgen ke sel dan
memberi mereka pola metilasi yang berbeda, Busslinger dan rekan kerja (1983)
menunjukkan bahwa metilasi dalam promotor atau penambah gen berkorelasi sangat
baik dengan represi transkripsi gen. Dalam perkembangan vertebrata, tidak adanya
metilasi DNA berkorelasi baik dengan ekspresi spesifik jaringan dari banyak gen.
Kemungkinan mekanisme dimana metilasi menekan transkripsi gen
Bagaimana metilasi terlibat dalam menekan gen? Satu hipotesis adalah bahwa
DNA termetilasi menstabilkan nukleosom. Di sini, metilasi DNA terkait dengan
deasetilasi histon. Sedangkan histon asetat relatif tidak stabil dan menyebabkan
nukleosom menyebar (lihat di atas), histon deasetilasi membentuk nukleosom yang
stabil. Protein MeCP2 secara selektif mengikat ke daerah DNA yang termetilasi; itu
juga mengikat histone deacetylases. Jadi, ketika MeCP2 berikatan dengan DNA
termetilasi, ia dapat menstabilkan nukleosom di wilayah kromatin tertentu (Keshet
et al. 1986; Jones et al. 1998; Nan et al. 1998). DNA termetilasi juga dapat secara
istimewa terikat oleh histon H1, histon yang menghubungkan nukleosom ke dalam
kompleks terlipat tingkat tinggi (McArthur dan Thomas 1996). Pola-pola ini
dipertahankan melalui pembelahan sel oleh enzim DNA (cytosine-5)-
methyltransferase. Selama replikasi, satu untai DNA (untai cetakan)
mempertahankan pola metilasi, sedangkan untai yang baru disintesis tidak. Namun,
enzim DNA (cytosine-5)-methyltransferase memiliki preferensi yang kuat untuk
DNA yang memiliki satu untai termetilasi, dan ketika melihat metil-CpG di satu sisi

24
DNA, ia memetilasi C baru di sisi lain (Gruenbaum dkk. 1982; Bestor dan Ingram
1983).
Pencetakan Genom
Biasanya diasumsikan bahwa gen yang diwarisi dari ayah seseorang dan gen
yang diwarisi dari ibu adalah setara. Faktanya, dasar rasio Mendel (dan analisis kotak
Punnett yang digunakan untuk mempelajarinya) adalah bahwa tidak masalah apakah
gen berasal dari sperma atau dari sel telur. Tetapi dalam beberapa kasus, itu penting.
Pada mutasi tertentu pada tikus dan manusia, kondisi yang parah atau mematikan
muncul jika gen mutan diturunkan dari satu orang tua, tetapi gen mutan yang sama
tidak memiliki efek merusak jika diwarisi dari orang tua lainnya. Misalnya, pada
tikus, gen untuk faktor pertumbuhan seperti insulin II (Igf-2) pada kromosom 7 aktif
pada embrio awal hanya pada kromosom yang diturunkan dari ayah. Sebaliknya, gen
(Igf-2r) untuk protein yang mengikat faktor pertumbuhan ini, yang terletak pada
kromosom 17, hanya aktif dalam kromosom yang diturunkan dari ibu (Barlow et al.
1991; DeChiara et al. 1991; Bartolomei dan Tilghman 1997; ). Protein Igf-2r
bertindak untuk mengikat dan mendegradasi kelebihan Igf-2. Anak tikus yang
mewarisi penghapusan gen Igf-2r dari ayahnya adalah normal, tetapi jika
penghapusan yang sama diwarisi dari ibu, janin mengalami peningkatan
pertumbuhan 30% dan meninggal di akhir kehamilan.

Gambar 16. Pencetakan Genom

Pada manusia, hilangnya segmen tertentu dari lengan panjang kromosom 15
menghasilkan fenotipe yang berbeda, tergantung pada apakah kehilangan tersebut
terjadi pada kromosom yang diturunkan dari pria atau wanita (Gambar 16). Jika
kromosom dengan segmen yang cacat atau hilang berasal dari ayah, maka anak
tersebut lahir dengan sindrom Prader-Willi, penyakit yang berhubungan dengan
keterbelakangan mental ringan, obesitas, gonad kecil, dan perawakan pendek. Jika
segmen yang rusak atau hilang berasal dari ibu, anak mengalami sindrom Angelman,
yang ditandai dengan keterbelakangan mental yang parah, kejang, kurang berbicara,

25
dan tawa yang tidak pantas (Knoll et al. 1989; Nicholls et al. 1998). Sindrom
Angelman diperkirakan terjadi melalui hilangnya gen untuk E6-AP ubiquitin protein
ligase (UBE3A), sebuah gen yang ditemukan dalam penghapusan 4-kilobase ini
(lihat Jiang et al. 1998).
Perbedaan ini melibatkan metilasi. Di primordial sel germinal yang
menghasilkan sperma dan sel telur, semua perbedaan metilasi dihapuskan. DNA
hampir seluruhnya tidak termetilasi (Monk et al. 1987; Driscoll dan Migeon 1990).
Namun, saat sel germinal berkembang menjadi sperma atau telur, gen mereka
mengalami metilasi ekstensif. Selain itu, pola metilasi pada gen tertentu dapat
berbeda antara sel telur dan sperma. Perbedaan metilasi spesifik gen ini dapat dilihat
pada kromosom sel embrio (Sanford et al. 1987; Chaillet et al. 1991; Kafri et al.
1992). Dengan demikian, perbedaan metilasi dapat mengungkapkan apakah suatu
gen berasal dari ayah atau dari ibu. Metilasi juga menentukan apakah gen akan aktif
atau tidak aktif. Dengan demikian, gen Igf-2 termetilasi dalam telur tikus dan tidak
termetilasi dalam sperma tikus. Ekspresi UBE3A di otak hanya berasal dari gen yang
diturunkan dari ibu yang tidak termetilasi. Gen ayah untuk UBE3A di otak dimetilasi
(Zeschingk et al. 1997). Kemampuan untuk menandai gen yang berasal dari ayah
atau ibu ini disebut genomic imprinting. Pencetakan menambahkan informasi
tambahan ke genom yang diwarisi, informasi yang dapat mengatur aktivitas gen
spasial dan temporal. Ini juga memberikan pengingat bahwa organisme tidak dapat
dijelaskan hanya oleh gennya. Seseorang membutuhkan pengetahuan tentang
parameter perkembangan serta yang genetik.
4) Regulasi Transkripsi dari Seluruh Kromosom: Kompensasi Dosis
Pada Drosophila dan mamalia, betina dicirikan memiliki dua kromosom X per
sel, sedangkan jantan dicirikan memiliki satu kromosom X per sel. Berbeda dengan
kromosom Y, kromosom X mengandung ribuan gen yang penting untuk aktivitas sel.
Namun, meskipun sel wanita memiliki dua kali lipat jumlah kromosom X yang
dimiliki pria, sel pria dan wanita mengandung jumlah produk gen yang dikodekan
kromosom X yang kira-kira sama. Pemerataan ini disebut kompensasi dosis. Tingkat
transkripsi kromosom X diubah sehingga sel pria dan wanita mentranskripsi jumlah
RNA yang sama dari kromosom X mereka. Pada Drosophila, kedua kromosom X
pada wanita aktif, tetapi terjadi peningkatan transkripsi dari kromosom X pria,
sehingga kromosom X tunggal sel pria menghasilkan produk sebanyak dua
kromosom X pada sel wanita (Lucchesi dan Manning 1987) . Hal ini dicapai dengan
pengikatan faktor transkripsi tertentu ke ratusan situs di sepanjang kromosom X laki-
laki (Kuroda et al. 1991).
Pada mamalia, kompensasi dosis kromosom X terjadi melalui inaktivasi satu
kromosom X di setiap sel wanita. Jadi, setiap sel somatik mamalia, baik laki-laki atau
perempuan, hanya memiliki satu kromosom X yang berfungsi. Fenomena ini disebut
inaktivasi kromosom X. Kromatin dari kromosom X yang tidak aktif diubah menjadi
kromatin heterokromatin yang tetap terkondensasi sepanjang sebagian besar siklus
sel dan bereplikasi lebih lambat dari sebagian besar kromatin lain (eukromatin)

26
nukleus. Kromosom X heterokromatik (tidak aktif) sering terlihat pada selubung inti
sel wanita dan disebut sebagai badan Barr (Gambar 5.22; Barr dan Bertram 1949).
Inaktivasi kromosom X harus terjadi pada awal perkembangan. Menggunakan mutasi
kromosom X yang tidak akan menonaktifkan, Tagaki dan Abe (1990) menunjukkan
bahwa ekspresi dua kromosom X per sel pada embrio tikus menyebabkan kematian
sel ektodermal dan tidak adanya pembentukan mesoderm, akhirnya menyebabkan
kematian embrio pada hari ke 10 kehamilan.
Inaktivasi awal satu kromosom X per sel memiliki konsekuensi fenotipik yang
penting. Salah satu analisis paling awal dari inaktivasi kromosom X dilakukan oleh
Mary Lyon (1961), yang mengamati pola warna bulu pada tikus. Jika seekor tikus
heterozigot untuk gen autosom yang mengendalikan pigmentasi rambut, maka ia
menyerupai salah satu dari dua orang tuanya, atau memiliki warna antara keduanya.
Dalam kedua kasus, mouse adalah satu warna. Tetapi jika tikus betina heterozigot
untuk gen pigmentasi pada kromosom X, hasil yang berbeda terlihat: bercak dari satu
warna induk bergantian dengan bercak warna induk lainnya (Gambar 5.23).
5) Pemrosesan RNA Diferensial
Regulasi ekspresi gen tidak terbatas pada transkripsi diferensial DNA. Bahkan
jika transkrip RNA tertentu disintesis, tidak ada jaminan bahwa itu akan membuat
protein fungsional dalam sel. Untuk menjadi protein aktif, RNA harus (1) diproses
menjadi RNA pembawa pesan dengan menghilangkan intron, (2) ditranslokasikan
dari nukleus ke sitoplasma, dan (3) diterjemahkan oleh aparatus sintesis protein.
Dalam beberapa kasus, protein yang disintesis tidak dalam bentuk matangnya dan (4)
harus dimodifikasi pascatranslasi agar menjadi aktif. Regulasi dapat terjadi pada
salah satu langkah ini selama pengembangan.

Gambar 17. Pemrosesan RNA Diferensial

Inti dari diferensiasi adalah produksi set protein yang berbeda dalam berbagai
jenis sel. Pada bakteri, ekspresi gen diferensial dapat dipengaruhi pada tingkat
transkripsi, translasi, dan modifikasi protein. Namun, pada eukariota, tingkat regulasi

27
lain yang mungkin ada yaitu, kontrol pada tingkat pemrosesan dan transportasi RNA.
Ada dua cara utama di mana pemrosesan RNA diferensial dapat mengatur
perkembangan. Yang pertama melibatkan "penyensoran" yang transkrip nuklirnya
diproses menjadi pesan sitoplasma. Di sini, sel yang berbeda dapat memilih transkrip
nuklir yang berbeda untuk diproses dan dikirim ke sitoplasma sebagai RNA
pembawa pesan. Kumpulan populasi mRNA sitoplasma yang sama dalam tipe sel
yang berbeda (Gambar 17.A). Modus kedua dari pemrosesan RNA diferensial adalah
penyambungan prekursor mRNA menjadi pesan untuk protein yang berbeda dengan
menggunakan kombinasi ekson potensial yang berbeda. Jika prekursor mRNA
memiliki lima ekson potensial, satu sel mungkin menggunakan ekson 1, 2, 4, dan 5;
sel yang berbeda mungkin menggunakan ekson 1, 2, dan 3; dan tipe sel lain mungkin
menggunakan kombinasi lain (Gambar 17.B). Dengan demikian, satu gen dapat
membuat keluarga protein terkait.
6) Kontrol Ekspresi Gen pada Tingkat Terjemahan
Setelah RNA mencapai sitoplasma, masih belum ada jaminan bahwa RNA
akan diterjemahkan. Kontrol ekspresi gen pada tingkat translasi dapat terjadi dengan
banyak cara; beberapa yang paling penting dijelaskan di bawah ini.

Gambar 18. Umur panjang mRNA diferensial

Semakin lama mRNA bertahan, semakin banyak protein yang dapat
diterjemahkan darinya. Jika sebuah pesan dengan waktu paruh yang relatif pendek
distabilkan secara selektif dalam sel-sel tertentu pada waktu tertentu, itu akan
membuat sejumlah besar protein khususnya hanya pada waktu dan tempat tersebut.
Stabilitas sebuah pesan seringkali bergantung pada panjang ekor poli(A). Ini, pada
gilirannya, tampaknya bergantung pada urutan di wilayah 3 yang tidak
diterjemahkan. Urutan 3 UTR tertentu memungkinkan ekor poli(A) lebih panjang
daripada yang lain. Jika wilayah ini diperdagangkan secara eksperimental, waktu
paruh mRNA yang dihasilkan akan diubah: biasanya pesan yang berumur panjang
akan meluruh dengan cepat, sedangkan mRNA yang biasanya berumur pendek akan
tetap ada lebih lama. (Shaw dan Kamen 1986; Wilson and Treisman 1988; Decker

28
dan Parker 1994). Dalam beberapa kasus, utusan RNA dapat distabilkan secara
selektif pada waktu tertentu dalam sel tertentu. mRNA untuk kasein, protein utama
susu, memiliki waktu paruh 1,1 jam di jaringan kelenjar susu tikus. Namun, selama
periode laktasi, kehadiran hormon prolaktin meningkatkan waktu paruh ini menjadi
28,5 jam (Gambar ; Guyette et al. 1979).
Kontrol ekspresi RNA dengan lokalisasi sitoplasma

Gambar 19. Oosit Katak

Tidak hanya waktu translasi mRNA yang diatur, tetapi juga tempat ekspresi
RNA. Sama seperti represi selektif terjemahan mRNA, lokalisasi selektif pesan juga
sering dilakukan melalui 3 UTR mereka, dan juga sering dilakukan di oosit.
Rebagliati dkk (1985) menunjukkan bahwa ada mRNA tertentu dalam embrio
Xenopus yang secara selektif diangkut ke kutub vegetal oosit katak (Gambar 19).
Setelah pembuahan, pesan-pesan ini membuat protein yang hanya ditemukan di
blastomer vegetal. Di Drosophila, pesan bicoid dan nano masing-masing dilokalisasi
ke ujung oosit yang berbeda. The 3 UTR dari mRNA bicoid memungkinkan pesan
ini untuk mengikat mikrotubulus melalui hubungannya dengan dua protein lain
(menelan dan staufen). Jika bicoid 3 UTR melekat pada beberapa pesan lain, mRNA
tersebut juga akan terikat pada kutub anterior oosit (Driever dan Nüsslein-Volhard
1988a, b; Ferrandon et al. 1994). Pesan nano 3 UTR memungkinkannya untuk
diangkut ke kutub posterior telur, di mana ia akan diikat ke sitoskeleton (Gavis dan
Lehmann 1994).

Gambar 20. Protein Nanos Membentuk Gradien Dengan Puncaknya Di Kutub

Posterior
Lokalisasi ini memungkinkan protein Bicoid untuk membentuk gradien di
mana jumlah tertinggi berada di kutub anterior, sedangkan protein Nanos membentuk
gradien dengan puncaknya di kutub posterior (Gambar 5.34). Rasio kedua protein ini

29
 pada akhirnya akan menentukan sumbu anterior-posterior dari embrio Drosophila
dan dewasa.
7) Epilog: Regulasi Gen Pascatranslasi
Ketika protein disintesis, ceritanya masih belum berakhir. Setelah protein
dibuat, itu menjadi bagian dari tingkat organisasi yang lebih besar. Misalnya,
mungkin menjadi bagian dari kerangka struktural sel, atau mungkin terlibat dalam
salah satu dari banyak jalur enzimatik untuk sintesis atau pemecahan metabolit
seluler. Bagaimanapun, protein individu sekarang menjadi bagian dari "ekosistem"
kompleks yang mengintegrasikannya ke dalam hubungan dengan banyak protein
lain. Dengan demikian, beberapa perubahan masih dapat terjadi yang menentukan
apakah protein akan aktif atau tidak. Beberapa protein yang baru disintesis tidak aktif
tanpa membelah bagian penghambatan tertentu. Inilah yang terjadi ketika insulin
dibuat dari prekursor proteinnya yang lebih besar. Beberapa protein harus
"dialamatkan" ke tujuan intraseluler spesifiknya agar berfungsi. Protein sering
diasingkan di daerah tertentu, seperti membran, lisosom, inti, atau mitokondria.
Beberapa protein perlu berkumpul dengan protein lain untuk membentuk unit
fungsional. Protein hemoglobin, mikrotubulus, dan ribosom adalah contoh dari
banyak protein yang bergabung bersama untuk membentuk unit fungsional. Dan
beberapa protein tidak aktif kecuali mereka mengikat ion seperti kalsium, atau
dimodifikasi oleh penambahan kovalen gugus fosfat atau asetat. Jenis modifikasi
protein terakhir ini akan menjadi sangat penting dalam bab berikutnya, karena
banyak protein penting dalam sel embrionik hanya berdiam di sana sampai beberapa
sinyal mengaktifkannya. Kami beralih ke bagaimana embrio berkembang dengan
mengaktifkan protein tertentu dalam sel tertentu.

2.1.3 Identifikasi Gen Untuk Anomali Perkembangan Manusia

Terdapat 2 pendekatan untuk menemukan gen yang terlibat dalam perkembangan
manusia normal dan yang mutasinya menyebabkan kelainan perkembangan bawaan,
yaitu:
a) Kloning gen posisional
Analisis silsilah dengan mengamati wilayah genom di bagian mana gen mutan
tertentu diperkirakan berada. Wilayah genom diurutkan sehingga gen tersebut dapat
ditemukan. Analisis ini dilakukan dengan membuat peta DNA dari daerah tersebut.
Pemetaan ini bertujuan untuk menemukan daerah DNA yang berbeda antara orang yang
DNA-nya bermutasi dengan orang yang DNA-nya normal.
b) Pemetaan gen kandidat
Pendekatan ini mirip dengan kloning posisional, tetapi di sini, kita mulai dengan
korelasi antara pemetaan genetik dari sindrom tertentu dan pemetaan genetik untuk gen
tertentu.

30
2.1.4 Jalur Transduksi Sinyal Wnt
Jalur transduksi sinyal Wnt adalah jalur yang mengatur aspek-aspek penting mulai
dari penentuan jenis sel, migrasi sel, polaritas sel, pola saraf, regenerasi sel induk,
proliferasi, pembelahan sel, dan simetri saraf selama proses organogenesis. Wnt adalah
suatu glikoprotein yang akan berikatan dengan reseptor Frizzled (Fz, protein
transmembran) jika teraktivasi. Oleh karena itu, Wnt adalah ligan dari Fz. Terdapat
beberapa jenis jalur transduksi Wnt, yaitu:
a) Jalur Canonical
Jalur canonical berkaitan erat dengan akumulasi protein β-catenin dan translokasi
β-catenin dari sitoplasma ke nukleus. Jalur ini mengaktifkan ekspresi berbagai gen yang
terlibat dalam proliferasi sel, migrasi sel. Terkadang diperlukan protein lain sebagai
ko-reseptor Fz untuk menangkap Wnt, antara lain adalah Low-density-lipoprotein-
Related Protein 5/6 (LRP5/6). Level β-catenin dalam sel tetap terjaga rendah saat tidak
ada transduksi sinyal Wnt. Hal ini dikarenakan, saat tidak terjadi aktivasi jalur
transduksi Wnt, β-catenin berada dalam suatu kompleks protein yang disebut sebagai
destruction complex. Kompleks protein ini terdiri dari protein DVL, axin, CKI, GSK3,
APC, dan β-TrCP. Kompleks protein tersebut akan memfosforilasi β-catenin dan
protein β-TrCP akan meng-ubiquitinasi β-catenin, kemudian menyebabkan degradasi
β-catenin melalui jalur proteasomal.

Gambar 21. Jalur Canonical (Sumber: Ota et al., 2016)

Ketika jalur transduksi Wnt teraktivasi maka Wnt berinteraksi dengan reseptor
Fz/LRP5/6). Destruction complex akan tertarik untuk berinteraksi dengan reseptor Fz.
LRP5/6 juga memfosforilasi destruction complex terutama axin dan menyebabkan
turunnya level axin di dalam sel. Protein DVL teraktivasi dan menghambat aktivitas
protein GSK3 dan destruction complex secara keseluruhan. Akibatnya, β-catenin
terlepas dari destruction complex dan levelnya meningkat di dalam sel. Selanjutnya, β-
catenin bertranslokasi ke dalam nukleus dan berinteraksi dengan faktor transkripsi
TCF/LEF (T-cell factor/lymphoid enhancing factor) untuk mengaktifkan transkripsi

31
berbagai gen. Contoh gen yang diaktifkan transkripsinya adalah Siamois dan Twin
(terlibat dalam organogenesis). Aktivitas genetik dan epigenetik pada akhirnya
mencirikan jalur dan respons selanjutnya dalam berkontribusi pada hipo atau hiper
aktivasi jalur pensinyalan Wnt-β-catenin. Hal ini kelak akan dikaitkan dengan berbagai
gangguan perkembangan manusia. Salah satunya adalah kanker.
b) Jalur Non-Canonical
Jalur non-canonical PCP
Jalur non-canonical PCP (planar cell polarity) tidak melibatkan β-catenin dan ko-
reseptor LRP5/6. Namun, jalur ini memiliki beberapa kandidat ko-reseptor, seperti
NRH1, Ryk, PTK7, dan ROR2. Terdapat 3 cabang dari jalur non-canonical PCP.
1. Sinyal dari kompleks Wnt, reseptor Fz, dan ko-reseptor kemudian mengaktivasi
DVL. DVL kemudian menggunakan membentuk kompleks dengan Dishevelled-
associated activator of morphogenesis 1 (DAAM1), yang kemudian mengaktifkan
Rho. Rho kemudian mengaktifkan Rho-associated kinase (ROCK), yang kemudian
akan memodifikasi sitoskeleton aktin.
2. DVL mengaktivasi Rac (dan tidak berkaitan dengan DAAM1). Rac kemudian
mengaktivasi JNK dan mengaktifkan jalur yang memodifikasi sitoskeleton aktin.
3. DVL dan DAAM1 menginduksi interaksi antara profilin dengan aktin, yang
kemudian menyebabkan restrukturisasi sitoskeleton dan gastrulasi (saat
embriogenesis).

Gambar 22. Jalur Non-canonical PCP (Sumber: yonikalarasati, 2018)

Jalur non-canonical Ca2+
Pada jalur non-canonical Ca2+, Wnt berikatan dengan reseptor Fz, yang kemudian
mengaktivasi DVL dan protein G trimerik. Ko-stimulasi DVL dan protein G ini
kemudian mengaktivasi PDE atau PLC. Jika PLC teraktivasi, komponen membran
plasma PIP2 akan terpotong menjadi DAG dan IP3. IP3 kemudian dapat berikatan
dengan reseptornya di retikulum endoplasma (RE) dan menyebabkan lepasnya kalsium
dari RE. Kenaikan kadar DAG dan kalsium intracellular mengaktivasi PKC, yang

32
 kemudian mengaktivasi Cdc42, dan menyebabkan terjadinya pemisahan jaringan dalam
organogenesis.
Kalsium juga mengaktifkan protein calcineurin, yang kemudian men-defosforilasi
protein sitoplasmik nuclear factor berasosiasi dengan T cells (NFAT). Selanjutnya,
NFAT aktif dan menginduksi ekspresi gen-gen yang terlibat dalam perkembangan
neuron, sel otot jantung dan rangka, serta berbagai gen proinflamasi di limfosit.
Kalsium juga dapat mengaktivasi calmodulin-dependent kinase II (CamKII). CamKII
kemudian mengaktifkan TGF-β-activated kinase (TAK1) dan Nemo-like kinase (NLK),
yang selanjutnya dapat menginhibisi jalur transduksi sinyal β-catenin/TCF.

Gambar 23. Jalur non-canonical Ca2+ (Sumber: yonikalarasati, 2018)

2.2 Faktor Epigenetik
Kata epi- dalam bahasa Yunani berarti di atas, dekat, pada, sebelum atau sesudah.
Namun konotasi sebelum atau sesudah mungkin lebih sering digunakan. Epigenetik dapat
diartikan sebagai perubahan dalam regulasi ekspresi gen yang dapat diturunkan kepada
sel progeni tanpa perubahan pada urutan nukleotida gen (Nature, 2015). Definisi
epigenetic pertama kali dikemukakan oleh Conrad Waddington sebagai perubahan
ekspresi gen yang diturunkan dan fenotipe sel yang tidak bergantung pada perubahan
sekuensi DNA (Berger SL dkk, 2009 ). Hal ini berarti bahwa melalui perubahan pada
ekspresi gen yang diturunkan, epigenetik dapat mengubah proses pada DNA melalui
serangkaian proses seperti metilasi DNA, modifikasi kromatin dan non-coding RNA
(Tellefsbol TO, 2012), jadi Epigenetik adalah perubahan fenotip suatu sel yang
diturunkan namun tanpa disertai perubahan sekuen DNA. Hal ini menunjukkan bahwa
fenotip sel yang berubah bukan akibat perubahan sekuen gen, namun akibat proses diluar
genetik. Perubahan fenotipe ini melibatkan metilisasi DNA, mikro-RNA, modifikasi
histon, small/non-coding RNA, dan remodeling kromatin. Sekalipun demikian sekwen
DNA tetap utuh (tidak berubah).

33
 Gambar 24. Epigenetik
Perubahan fenotipe terjadi bukan didalam sekwen DNA, namun terjadi diluar DNA,
baik melalui mikro-RNA, modifikasi histon, small/ non-coding RNA, dan remodeling
kromatin.
2.2.1 Konsep mekanisme molekuler epigenetic
Faktor-faktor yang memengaruhi struktur kromatin adalah kompleks remodeling
yang bergantung pada ATP (ATP-dependent remo-delling complex), modifikasi histon,
metilasi DNA, dan inaktivasi gen yang diinduksi RNA (RNA induced gene silencing)
(Nusifera, 2007). Secara konseptual molekuler, proses epigenetik tidak terjadi pada
sekuen DNA namun diluar DNA. Untuk memudahkan pembahasan mekanisme
molekuler tiap proses epigenetik akan dibahas dalam sub-bab sendiri dibawah.
Sekalipun demikian secara garis besar konsep mekanisme molekuler epigenetik dibagi
menjadi Modifikasi DNA post-translasi ,Modifikasi histon, Modifikasi struktur
kromatin, Non-coding RNA (micro-RNA). Secara sistematik konsep molekuler
epigenetik dijelaskan dalam gambar dibawah ini :

Gambar 25. Konsep mekanisme molekuler epigenetic (Sumber : Yan et al, 2010)
Tiga mekanisme dasar regulasi yang saling terkait; 1) metilasi DNA mengacu
pada penambahan gugus metil pada cytosin posisi 5 dalam dinucleotida CpG; 2) Unit
dasar kromatin berupa nukleosom yang terdiri atas sebuah oktamer pada inti protein
histon; 3) mekanisme berbasis RNA. Sekalipun demikian secara garis besar konsep

34
mekanisme molekuler epigenetik dibagi menjadi : a) Modifikasi DNA post-translasi; b)
Modifikasi histon; c) Modifikasi struktur kromatin; d) Non-coding RNA (micro-RNA).
A. Modifikasi DNA Post-tranlasi
Modifikasi DNA post-tranlasi adalah suatu proses dimana sekelompok gugus
metil berikatan pada molekul DNA sehingga aktivitas segmen DNA berubah namun
sekuen urutan DNA tetap.Proses ini dapat terjadi secara hipermetilasi untuk membuat
gene silents atau dengan hipometilasi. Kedua hal ini menyebabkan ekspresi gen
terganggu (tersupresi). Secara spesifik mekanisme molekuler modifikasi DNA dapat
terjadi secara metilasi pada area promotor genterutama pulau promotor CpG (sitosin).
Metilasi pada area ini dapat mensupresi transkripsi, tergantung pada luas area metilasi
dan seberapa besar metilasi pada sekuen DNA. Tahapan molekuler modifikasi DNA
adalah sebagai berikut:
1. Proses membutuhkan DNA methyltransferase-1 (DNMT-1)
2. Terjadi pada area promoter gen (sitosin dinukleotida CpG)
3. Enzim DNMT-1 memfasilitasi pengikatan gugusan metil pada area promoter gen,
berfungsi sebagai demetilasi DNA
4. Terjadi tambahan gugusan metil pada sekwen DNA sehingga terjadi hipermetilisasi
5. Fungsi transkripsi gen terganggu (tersupresi)

Gambar 26. Modifikasi DNA

DNMT melakukan dimetilasi DNA pada area sitosin dinukleotida CpG. Terjadi
metilasi pada area promotor gen tersebut hingga hipermetilisasi yang berakibat pada
supresi proses transkripsi. Hasil penelitian melaporkan bahwa modifikasi DNA
berperan dalam perkembangan sel, genomic imprinting, inaktivasi kromosom X, represi
elemen transposable, penuaan dan karsinogenesis.
1) Metilasi DNA dan inaktivasi gen
Metilasi DNA dan modifikasi histon berperan penting pada penentuan posisi
nukleosom DNA dan kepadatan kromatin. Struktur kromatin menentukan status
aktivitas gen melalui kemudahan memasuki tahap transkripsi (Szyf, 2003).
Peristiwa-peristiwa molekuler epigenetik tersebut dapat menyebabkan tidak
tercetaknya informasi pada genom (genomic imprinting) (Nusifera, 2007). Metilasi
DNA merupakan salah satu modifikasi epigenetik yang paling banyak terjadi.
Metilasi DNA mempunyai banyak peran dalam proses selular, termasuk di antaranya
pengaturan ekspresi gen. Modifikasi tersebut tidak mengubah sekuens utama DNA

35
namun merupakan faktor kritis bagi perkembangan yang normal, pola ekspresi gen,
dan stabilitas genomik (Nusifera, 2007). Metilasi DNA merupakan reaksi
penambahan kovalen gugus metil pada posisi ujung 5’ basa cytosin yang difasilitasi
oleh enzim DNA metiltransferase (DNMT) (Nusifera, 2007).

Gambar 27. Metilasi yang terjadi pada ujung 5- cytosine (Sumber : Nusifera, 2007)
Mekanisme katalitik DNMT melibatkan pembentukan ikatan kovalen antara
residu cysteine pada sisi aktif enzim dengan carbon 6 (C6) cytosine DNA. Ikatan
tersebut meningkatkan aliran elektron ke carbon 5 (C5) sehingga mudah menerima
gugus metil dari SAdenosyl methionine. Selanjutnya terjadi eliminasi β sehingga
terjadi reformasi ikatan dan pelepasan enzim dan DNA dengan cytosine termetilasi.
Ikatan ini kuat, bersifat stabil dan tetap, serta tidak dapat dirusak oleh enzim. Metilasi
cytosin paling banyak terjadi pada sekuen Cytosin Guanine (CG) dinukleotida tetapi
tidak semua sekuen CG dinukleotida termetilasi. Region yang mengandung sekuen
CG yang padat ditemukan pada daerah dekat promoter merupakan promoter non-
jaringan spesifik dan biasanya bebas dari metilasi. Pada region yang lain, sekuen CG
lebih jarang dan ditemukan pada promoter gen jaringan spesifik. Sekuen tersebut
dapat termetilasi hebat, sehingga tidak dapat mengekspresikan gen. Jadi ada
hubungan antara status aktivitas gen dengan status metilasi CG dan ada hubungan
antara struktur kromatin dengan status metilasi DNA (Szyf, 2003).
5’CG3’ adalah palindromik sehingga metilasi dapat terjadi pada satu rantai
DNA (hemimethylated) ataupun kedua rantai DNA (homo-methylated). Metilasi
DNA dalam dinukleotida CpG yang simetrik (homo-methylated) ini merupakan
modifikasi yang dipertahankan. Pola metilasi simetrik ini dipertahankan setelah
replikasi DNA dimana setiap rantai DNA menyimpan setengah dari informasi
metilasi. Dengan cara tersebut, metilasi DNA memperlihatkan mekanisme yang
efisien dalam menyimpan informasi epigenetik (Nusifera, 2007). Ada 2 mekanisme
yang menyebabkan tidak terekpresinya gen pada jaringan yang termetilasi.
Mekanisme pertama menyatakan bahwa keberadaan gugus metil pada cytosin dalam
elemen cisacting menghambat interaksi faktor transkripsi dengan elemen tersebut.
Mekanisme kedua melibatkan protein yang berikatan dengan metilasi DNA (MBD)
seperti MeCP2. Kemudian MeCP2 merekrut komplek yang mengandung histon
deasetilase yang bertindak sebagai penekan transkripsi (Szyf, 2003).
Terdapat 5 isoform DNMT: DNMT1, DNMT2, DNMT3a, DNMT3b, dan
DNMT3L, tetapi hanya DNMT1, DNMT3a, dan DNMT3b yang berperan dalam

36
metilasi DNA (Foulks et al, 2012). DNMT1 memiliki aktivitas metilasi de novo dan
aktivitas pemeliharaan (activity maintenance) (Nusifera, 2007; Foulks et al, 2012).

Gambar 28. Metilasi DNA (Sumber : Luczak and Jagodzinski, 2006)

DNMT1 berhubungan dengan 2 protein yang membantu pemeliharaan metilasi
selama replikasi: PCNA (proliferating cell nuclear antigen) dan UHRF-1 (ubiquitin-
like plant homeodomain and RING finger domain-containing protein). PCNA
berikatan dengan DNMT1 tapi tidak diperlukan dalam pemeliharaan metilasi DNA,
sedangkan UHRF-1 diperlukan dalam pemeliharaan metilasi DNA melalui
penerimaan DNMT1 pada DNA hemi-methylated dekat percabangan replikasi sisi
yang rusak. DNMT3a dan DNMT3b merupakan metiltransferase de novo yang
mengawali metilasi DNA pada DNA yang tidak termetilasi, dan penting untuk
perkembangan awal dan differesensiasi selular (Foulks et al, 2012).

Gambar 29. Silencing Epigenetik (Sumber : Foulks, et al, 2012)

Salah satu asas yang sudah berlangsung lama dan belum terselesaikan dalam
metilasi DNA adalah adanya ko-eksistensi hipometilasi global dan hipermetilasi
regional pada sel yang sama. Kedua proses yang terjadi secara simultan menunjukkan
bahwa metilasi DNA ditentukan oleh beberapa faktor. Pada beberapa penelitian
terakhir menunjukkan bahwa hipermetilasi dan hipometilasi global merupakan

37
proses yang saling berdiri sendiri. Hipometilasi global terjadi pada subklas CG yang
berbeda, sedangkan hipermetilasi terjadi pada sekuen CG yang jarang.
Hipermetilasi DNA merupakan perubahan epigenetik yang paling banyak
dipelajari saat ini dan dijumpai pada banyak jenis kanker. Berbagai berbagai
penelitian telah memperlihatkan bahwa hipermetilasi DNA dihubungkan dengan
inaktivasi gen (gene silencing) dan bahwa gen dengan kandungan metil cytosin yang
tinggi dalam region promoter biasanya kurang mampu melaksanakan transkripsi.
Inaktivasi terjadi ketika faktor transkripsi tidak dapat mengikat DNA yang
termetilasi. Inaktivasi akibat metilasi bahkan dapat terjadi pada keseluruhan
kromosom (Kresno, 2009).
Hipermetilasi dapat terjadi pada berbagai stadium perkembangan kanker.
Sejumlah gen supresor tumor dan gen yang berkaitan dengan kanker (cancer related
genes) terbukti mengalami penekanan (silenced) akibat hipermetilasi promoter.
Hingga kini, sudah lebih dari 600 gen yang diketahui dapat mengalami gangguan
fungsi akibat mekanisme epigenetik. Hipermetilasi DNA secara khas terjadi pada
pulau-pulau CpG dan dihubungkan dengan inaktivasi gen. Pulau-pulau CpG adalah
fraksi-fraksi kecil dalam genom yang terdiri atas untaian pendek DNA dengan
densitas CpG tinggi yang sebagian besar bebas metilasi. Sekitar 60% genom manusia
dihubungkan dengan pulau-pulau CpG yang menunjukkan pola metilasi spesifik
untuk tiap jenis jaringan. Beberapa pulau CpG cenderung mengalami hipermetilasi
selama proses penuaan dan pada perkembangan penyakit tertentu seperti kanker.
Hipermetilasi promoter pulau-pulau CpG berdampak pada gen yang terlibat dalam
siklus sel, perbaikan DNA, metabolisme karsinogen, interaksi antar sel, apoptosis,
dan angiogenesis yang semuanya terlibat dalam perkembangan kanker. Walaupun
demikian, belum diketahui mengapa pulau-pulau CpG pada beberapa jenis tumor
mengalami hipermetilasi, sedangkan pada jenis tumor yang lain tidak. Diduga hal ini
berkaitan dengan lokasi pulau CpG. CpG dapat berada di dalam sekuen nukleotida
tertentu yang memungkinkan ia mengalami hipermetilasi atau berada dalam region
kromosom yang memudahkan terjadinya disregulasi epigenetik skala besar (Kresno,
2009). Penanda hipermetilasi DNA sedang banyak diteliti sebagai alat diagnostik,
faktor prognostik, dan prediktor respon terapi. Identifikasi hipermetilasi DNA
bermanfaat bila diagnosis patologik biopsi tidak jelas karena hipermetilasi terjadi
pada awal perkembangan kanker sehingga hipermetilasi DNA dapat digunakan
sebagai indikator prognosis pada pasien kanker. Banyak penelitian telah
mengidentifikasikan beberapa perubahan fungsi gen supresor tumor yang mengalami
metilasi DNA (Foulks et al, 2012).
Meskipun metilasi DNA memiliki peran penting dalam inaktivasi gen,
mekanismenya tidak terlepas dari adanya peran modifikasi histon ataupun varian
histon. Penelitian-penelitian dalam bidang ini membuktikan bahwa metilasi dan
modifikasi histon bekerjasama dalam menghasilkan dan memelihara status represif
kromatin dan menekan transkripsi gen, dan pola epigenetik yang abnormal ini
menyebabkan terjadinya berbagai penyakit, termasuk kanker. Bahkan, ada yang

38
 berpendapat bahwa metilasi DNA terjadi dalam konteks modifikasi kimiawi protein-
protein histon (Kresno, 2009; Teiten et al, 2013). Peran modifikasi DNA dalam studi
dan klinis Hasil penelitian melaporkan bahwa modifikasi DNA berperan dalam
perkembangan sel, genomic imprinting, inaktivasi kromosom X, represi elemen
transposable, penuaan dan karsinogenesis.
B. Modifikasi histon

Gambar 30. Modifikasi histon

Histon adalah protein yang berperan dalam mengkondensasi atau memadatkan
DNA sehingga dapat membungkus DNA ke dalam kromosom secara baik. Secara
spesifik histon membungkus DNA menjadi struktur nukleosom sehingga molekul DNA
dapat masuk ke dalam nukleus. Setiap nukleosom memiliki 2 sub unit, yang terdiri atas
H2A, H2B, H3 dan H4. 6.2 Pengertian modifikasi histon adalah proses post-translasi
yang ikut menentukan ekspresi suatu gen. Proses modifikasi histon dengan cara
merubah struktur kromatin atau memodifikasi histon. Modifikasi histon dapat terjadi
secara metilasi histon dan asetilasi histon. Secara molekuler modifikasi histon terjadi
secara: 1. Metilisasi histon Metilisasi histon terjadi dengan mentransfer gugusan 1-3
grup metil S-adenosyl-L-methioninepada residu arginin atau lisin dari protein histon
menggunakan enzim histone methyl transferase (HMT). 2. Asetilasi histon Asetilasi
histon terkait dengan struktur kromatin yang terbuka sehingga memungkinkan untuk
mengakses protein faktor transkripsi yang berimplikasi pada peningkatan ekspresi gen.
Asetilasi H3 sebagian besar terjadi pada area promotor terkait gen enhancer dan
promotor. Enzim yang bertanggung jawab pada asetilasi ini adalah histon asetil
transferase (HAT) dan histon deasetilase (meregulasi asetil histon tail). Identifikasi
sekuen DNA dijelaskan melalui fenomena bahwa DNA diatur oleh kompleks protein
dalam nukleosom, dibungkus oleh protein oktamer histon yang mengandung 2 molekul
pada tiap histon H2A, H2B, H3, dan H4. Perubahan pada modifikasi histon dan metilasi
DNA merubah kepadatan nukleosom dan pembentukan transkripsi sehingga tidak dapat
dimasuki heterokromatin yang diperlukan untuk replikasi selama pembelahan sel
(Foulks et al, 2012). Histon menyimpan informasi epigenetik melalui modifikasi pasca-
translasi yang secara langsung berefek pada struktur dan fungsi kromatin, selanjutnya

39
mempengaruhi proses yang berkaitan dengan kromatin, termasuk transkripsi gen,
perbaikan DNA, dan replikasi DNA. Modifikasi kovalen termasuk metilasi, asetilasi,
fosforilasi, biotinilisasi, ubiquitinasi, sumoylasi, dan ADPribosilasi. Modifikasi
kovalen terjadi pada domain ujung terminal C atau N yang mencuat dari nukleosom.
Berbagai modifikasi pada beberapa asam amino dimungkinkan, dan diantara mereka
terdapat saling ketergantungan. Misalnya, asetilasi dan metilasi dapat terjadi pada lysin,
sedangkan fosforilasi terjadi pada residu serine atau threonine (Kresno, 2009; Teiten et
al, 2013). Asetilasi histon merupakan modifikasi histon yang banyak dipelajari. Kadar
asetilasi histon berdasarkan aktifitas 2 tipe enzim, histon asetil tranferase (HATs) dan
histon deasetilase/lisin deasetilase (HDACs/KDACs), yang mengatur kesesuaian
struktur kromatin untuk memudahkan atau menghalangi hubungan antara protein
perbaikan DNA atau faktor transkripsi dengan kromatin (Kresno, 2009; Teiten et al,
2013).
Asetilasi merupakan reaksi yang reversibel yang terjadi pada residu lisin pada N-
terminal ekor inti histon H3 dan H4. Pada asetilasi histon oleh HATs, salah satu
hidrogen pada gugus amino bebas lysin internal diganti dengan grup asetil (CH3CO).
Penambahan gugus asetil menghilangkan muatan positif dari kelompok NH3+ pada
lisin, sehingga menetralkan muatan dasar ekor histon. Modifikasi ini mengurangi
kedekatan antara histon dan DNA atau menguraikan struktur kromosom yang padat
sehingga kode-kode pada rantai DNA dapat ditranskripsikan. Sebaliknya, deasetilasi
histon oleh deasetilase (protein yang membuang gugus metil dari histon) atau HDACs
akan memadatkan kromosom kembali, dengan demikian bagian-bagian DNA yang
terkait dengan wilayah histon yang terdeasetilasi tidak dapat ditranskripsikan (silent).
Dengan jalan tersebut, HATs berperan sebagai aktivator ekspresi gen dan HDACs
berhubungan dengan inaktivasi gen (Nusifera, 2007; Teiten, 2013; Zhang et al, 2005;
Kuo & Allis, 1998).

Gambar 31. Modifikasi histon dalam kromatin (Sumber : Cellways, 2012)

HATs dikelompokkan menjadi dua kelas. HATs tipe A yang berlokasi dalam inti
dan kemungkinan asetilasi nukleosom histon dalam reaksi yang erat kaitannya dengan

40
aktivasi transkripsi. Sebaliknya, HATs tipe B dapat dimurnikan dari fraksi sitoplasma,
dan umumnya bertanggung jawab untuk asetilasi histon yang baru disintesis sebelum
perakitan kromatin selama replikasi DNA (Kuo & Allis, 1998). Bentuk histon dalam
keadaan asetilasi dan deasetilasi harus dalam keadaan seimbang. Perubahan keadaan
asetilasi pada pertumbuhan tumor merangsang aktivasi gen melalui HATs atau
merangsang silencing gen melalui HDACs. Gangguan dalam proses berdasar kromatin
ini dapat mengakibatkan ketidakstabilan genomik dan transformasi sehingga
menyebabkan mutasi onkogen, perubahan gen supresor tumor atau gen perbaikan DNA
dan perkembangan kanker (Teiten et al, 2013). Asetilasi dan metilasi histon memiliki
efek langsung pada berbagai proses, termasuk transkripsi gen, perbaikan DNA,
replikasi DNA, dan organisasi kromosom. Umumnya, asetilasi histon dikaitkan dengan
aktivasi transkripsi, tetapi efek dari histon metilasi tergantung pada jenis asam amino
dan posisinya dalam histon bagian bawah (Esteller, 2008). Modifikasi histon dapat
menyebabkan aktivitas yang beragam mulai dari aktivasi atau inaktivasi transkripsi,
kerusakan DNA, perbaikan DNA dan kromosom packing.
C. Remodeling kromatin
Remodeling kromatin adalah modifikasi dinamik dari arsitektur kromatin sehingga
memungkinkan mengakses DNA yang terkondensasi terutama area regulasi transkripsi
sehingga mampu mengontrol ekspresi gen secara aktif. Remodeling kromatin berperan
sentral dalam meregulasi ekspresi gen dengan menyiapkan akses secara dinamik
terhadap mesin transkripsi. Remodeling kromatin berperan sentral dalam berbagai
proses biologis terutama pada perakitan dan pemisahan kromosom disamping replikasi
DNA dan repair. Sisi lain remodeling kromatin juga berperan dalam pluripoten sel
punca embrionik. Secara prinsip molekuler remodeling kromatin terjadi secara:
1. Covalent histone modification Modifikasi histon kovalen menggunakan enzim
HAT, Basic Molecular Stem Cell 84 deasitelisasi dan metil transferase.
2. Komplek remodeling kromatin ATP dependent Pembentukan komplek ini dapat
bergerak memasuki nucleosome atau rejeksi atau restrukturisasi nucleosome.

D. Non-coding RNA
Non-coding RNA adalah molekul RNA fungsional yang ditranskripsikan DNA
namun tidak ditranslasikan menjadi protein. Non coding RNA berkontribusi dalam
menginduksi berbagai penyakit kanker dan alzheimer. Secara teoritis non-coding RNA
dapat diklasifikasikan menjadi 3 bagian, yaitu :1) MicroRNA (miRNA); 2) Short
interfering RNA (siRNA); 3) Piwi-interacting RNA (piRNA).
1) MicroRNA (miRNA)
Mekanisme modifikasi epigenetik yang lainnya melibatkan MicroRNA (miRNA)
yang memiliki mekanisme genomik baru dalam keadaan gen ’on’ dan ’off’ selama
perkembangan normal dan regulasi pemrosesan mRNA (Nusifera, 2007). MicroRNA
merupakan regulator non-coding RNA dengan ukuran antara 19 dan 25 nukleotida yang
pada post-transkripsi mengatur fungsi mRNA. MiRNAs memainkan peran dalam

41
regulasi pasca-transkripsi dengan mengikat 3' untranslated region (3'UTR)
messengerRNA (mRNA). Pasangan basa yang sempurna atau mendekati sempurna
menyebabkan degradasi mRNA, sementara pasangan basa parsial menyebabkan
penghambatan translasi dan penekanan protein target (Teiten et al, 2013; Vandenboom
et al, 2008; Fabbri & Calin, 2010; Winter & Diederichs, 2011).

Gambar 32. Mekanisme modifikasi epigenetik yang melibatkan MicroRNA (miRNA)

MicroRNA matur berkumpul dengan protein efektor RNA yang merangsang
silencing gen. MicroRNAs seringkali berlokasi pada region genomik onkogen atau gen
supresor tumor (Teiten et al, 2013). Pola ekspresi miRNA diatur secara ketat dan
mempunyai peranan penting pada biologi tumor, termasuk inisiasi, promosi dan
progresi, invasi, metastasis dan angiogenesis (Nusifera, 2007; Vandenboom et al, 2008;
Fabbri & Calin, 2010; Winter & Diederichs, 2011).
Banyak penelitian dilakukan untuk melihat hubungan yang lebih kuat antara
miRNAs dan perkembangan kanker. Para peneliti menemukan bahwa terdapat ekspresi
miRNA yang menyimpang pada berbagai jenis kanker dibandingkan dengan jaringan
normal. Beberapa penelitian mengarah pada penemuan target yang tepat dan fungsi
miRNAs dalam kaitannya dengan kanker serta kepentingan klinis yang melibatkan nilai
diagnostik, prognostik, dan terapi miRNA. Beberapa miRNA diperkirakan memiliki
aktifitas onkogenik sementara yang lain memiliki aktifitas supresor tumor yang
berkaitan dengan angiogenesis, apoptosis, invasi/metastasis, proliferasi dan
tumorigenesis (Vandenboom et al, 2008).
2) Short interfering RNA (siRNA)
Secara fungsional siRNA mirip dengan miRNA yaitu memediasi post-
transcriptional gene silencing (PTGS) sebagai akibat dari proses degradasi mRNA.
siRNA juga mampu menginduksi pembentukan heterochromatin melalui pembentukan
kompleks RNA-induced transcriptional silencing (RITS) dan ketika mengikat siRNA
akan mempromosi metilisasi H3K9 dan kondensasi kromatin.

42
Gambar 33. Mekanisme modifikasi epigenetik yang melibatkan Short interfering RNA
(siRNA)
3) Piwi-interacting RNA (piRNA)
piRNA dikenal karena interaksinya dengan family protein piwi. Fungsi primer
molekul RNA ini adalah dalam regulasi kromatin dan supresi aktivitas transposon
dalam sel somatik dan sel embrionik. Secara spesifik piRNA berperan sebagai anti-
sense dalam mengekspresikan target transposon dan kemudian memotong transposon.
Pemotongan ini menghasilkan piRNA tambahan yang kemudian mentarget dan
memotong kembali transposon. Siklus ini terus menerus berulang hingga menghasilkan
piRNA secara berlebihan yang dapat meningkatkan transposon silencing.

Gambar 34. Mekanisme modifikasi epigenetik yang melibatkan Piwi-interacting

RNA (piRNA)

43
 BAB III
PENUTUP

3.1 Kesimpulan
Organogenesis adalah tahapan perkembangan embrio yang paling sensitif dan
memerlukan waktu paling lama. Terdapat beberapa faktor yang mengatur proses
organogenesis, diantaranya adalah faktor genetik dan faktor epigenetik. Faktor genetik
yang mengatur organogenesis diantaranya adalah ekspresi gen diferensial, prinsip
pengembangan, identifikasi gen untuk anomali perkembangan manusia, dan jalur
transduksi sinyal Wnt. Epigenetika terdiri dari dua kata, “epi” yang berarti di atas dan
“genetik” yang berhubungan dengan DNA atau gen. Seperti yang sudah kita ketahui, ilmu
genetika mempelajari bagaimana urutan DNA menentukan pembentukan protein di
dalam sel. Berbeda dengan genetika, epigenetika adalah studi tentang perubahan ekspresi
gen dan fenotipe yang terjadi tanpa disertai perubahan urutan DNA. Setidaknya ada dua
mekanisme yang mendasari perubahan epigenetika, yaitu metilasi atau penambahan
gugus metil pada DNA dan modifikasi histon, protein yang mengepak untaian DNA di
dalam inti sel.

44
 DAFTAR PUSTAKA

Berger SL, Kouzarides T, Shiekhattar R, Shilatifard A. (2009). An operational definition

of epigenetics. Genes Dev. ;23:781– 783. 131.
Britannica, T. Editors of Encyclopaedia (2019, January 11). organogenesis. Encyclopedia
Britannica. https://www.britannica.com/science/organogenesis
Cellways. http://cellways.blogspot.com/2012/03/take-two-hdac-inhibitors-and-call-me-
in.html (Diakses 15 Agustus 2014).
De, A. (2011). Wnt/Ca2+ signaling pathway: a brief overview. Acta Biochimica et
Biophysica Sinica, 43(10), 745–756. https://doi.org/10.1093/abbs/gmr079
Esteller, M .(2008). ‘Epigenetics in cancer’, N Engl J Med, vol. 358, hh.1148–1159.
Foulks, JM, Parnell, KM, Nix, RN, Chau, S, Swierczek, K, & Saunders, M, el al ,(2012).
‘Epigenetic drug discocery: targeting DNA methyltransferases’, J Biomol Screen,
vol. 17, no. 2, hh. 2–17.
Hayat, R., Manzoor, M., & Hussain, A. (2022). Wnt signaling pathway: A comprehensive
review. Cell Biology International, 46(6), 863–877.
https://doi.org/10.1002/cbin.11797
Komiya, Y., & Habas, R. (2008). Wnt signal transduction pathways. Organogenesis, 4(2),
68–75. https://doi.org/10.4161/org.4.2.5851
Kresno, SB. (2009). ‘Peran epigenetik pada perkembangan kanker’, Indonesian J Can,
vol. 4, no. 1, hh. 29–36.
Luczak, MW & Jagodzinski, PP (2006). ‘The role of DNA methylation in cancer
development’, Folia Histochemica et Cytobiologica, vol.33, no.3, hh.143–154.
Nature . (2015) . Beyond the genome ; 518: 273. Editorial.
Nusifera, S .(2007). ‘Metilasi DNA dan genomic imprinting (Suatu tinjauan tentang
mekanisme epigenetik)’, J Agro, vol.11, no.1, hh.51–58.
Szyf, M .(2003). ‘Targeting DNA methylation in cancer’, Aging Res reviews, vol. 2, hh.
299–328.
Teiten, MH, Dicato& M, Diederich, M . (2013). ‘Curcumin as a regulator of epigenetic
events’, Mol Nutr Food Res,vol. 00, hh. 1–11.
Tellefsbol TO. (2012). Epigenetics of human disease. In : Tellefbol ed. Epigenetic in
human disease. Elsevier Inc ; p. 106.
Vandenboom, TG, Li, Y, Philip, PA & Sarkar, FH (2008) ‘MicroRNA and cancer: tiny
molecules with major implications’, Curr Genomics, vol. 9, hh. 97–109.
Yani, A. P., & Pratama, A. Y. Efek samping penggunaan daun sungkai (Peronema
canescens jack) sebagai obat tradisional suku lembak pada mencit (Mus musculus).
SEMIRATA 2015, 4(1).
Zhan, T., Rindtorff, N., & Boutros, M. (2016). Wnt signaling in cancer. Oncogene,
36(11), 1461–1473. https://doi.org/10.1038/onc.2016.304

45