LAPORAN PRAKTIKUM BIOTEKNOLOGI

ELEKTROFORESIS

Nama : Khalisdhia Falah Baldimaron

NIM : 1304620056

Kelas : Pendidikan Biologi B 2020

Dosen Pengampu : Dr. Tri Handayani, M. Si

Annisa Wulan Agus Utami, S.Si., M.Si

PROGRAM STUDI PENDIDIKAN BIOLOGI

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS NEGERI JAKARTA
2022
A. Judul Percobaan
Elektroforesis

B. Tanggal Percobaan
Percobaan Elektroforensis dilakukan pada hari Kamis, 8 Desember 2022.

C. Tujuan Praktikum
1. Untuk memahami konsep elektroforensis dan melakukan teknik
pemisahan senyawa dengan metode elektroforensis.
2. Untuk mengetahui cara pembuatan media gel agarosa.
3. Untuk mengetahui faktor-faktor yang mempengaruhi keberhasilan
pemisahan fragmen pada DNA.
4. Untuk mengetahui alat dan bahan saat proses elektroforensis dan masing-
masing kegunaannya.

D. Pendahuluan
DNA atau Deoxyribo Nucleic Acid merupakan asam nukleat yang
menyimpan semua informasi tentang genetika. DNA inilah yang menentukan
jenis rambut, warna kulit dan sifat-sifat khusus dari manusia. DNA ini akan
menjadi cetak bitu (blue print) ciri khas manusia yang dapat diturunkan
kepada generasi selanjutnya. Sehingga dalam tubuh seorang anak komposisi
DNA nya sama dengan tipe DNA yang diturunkan dari orang tuanya. Adapun
unit terkecil pembawa setiap informasi genetik disebut dengan gen, yang
besarnya sangat berfariasi tergantung dari jenis informasi yang dibawa untuk
mengkode suatu protein. Dengan demikian maka dapat diambil pengertian
bahwa DNA adalah susunan kimia makro molekuler yang terdiri dari tiga
macam molekul, yaitu: gula pentosa, asam fosfat, dan basa nitrogen, yang
sebagian besar terdapat dalam nukleas hidup yang akan mengatur program
keturunan selanjutnya.
DNA dapat dipisahkan menggunakan teknik elektroforensis yang didasari
atas ukuran berat molekul dan struktur fisik molekulnya. Molekul DNA
bermuatan negatif sehingga di dalam medan listrik akan bermigrasi melalui
 matriks gel menuju kutub positif (anoda). Visualisasi DNA dilakukan di
bawah paparan sinar ultraviolet setelah terlebih dahulu gel dalam
pembuatannya ditambahkan pewarna. Pewarna yang biasa digunakan adalah
Ethidium Bromide (EB).
Pada elektroforesis media pemisahnya berupa gel agarosa atau lainnya
yang memiliki tingkat viskositas tinggi. Menurut George Stokes besarnya
gaya gesek pada fluida disebabkan viskositas fluida. Semakin besar viskositas
(kekentalan) fluida maka akan semakin sulit suatu fluida untuk mengalir dan
juga menunjukkan semakin sulit suatu benda bergerak dalam fluida tersebut.
Di dalam zat cair viskositas dihasilkan oleh gaya kohesi antara molekul zat
cair. Gaya ini disebut gaya Stoke. Laju dalam elektroforesis sangat bergantung
pada kekentalan medium, ukuran atau bentuk, dan muatan molekul. Kekuatan
asam pada medium juga mempengaruhi besar muatan pada saat ionisasi
berlangsung sehingga diperlukan larutan buffer (Harahap, 2018).

E. Bahan dan Metode

 Alat
1. Satu set alat elektroforesis (Blue Gel Electrophoresis)
2. Mikropipet dan tip
3. Power Supply
4. Parafilm/plastik

 Bahan
1. Produk DNA
2. Penanda DNA (DNA ladder)
3. Bubuk Agarosa
4. Loading Buffer (Loading dye)
5. Larutan Buffer TBE 1x (Tris Borate EDTA) atau TAE 1x (Tri-Asetat-
EDTA)

 Cara Kerja
Pembuatan Gel Agarosa
 1. Agarosa ditimbang untuk membuat larutan agarosa 1,5%.
2. Agarosa tersebut dilarutkan dalam TAE buffer menggunakan
microwave atau hot plate sehingga jernih.
3. Kemudian didiamkan lebih kurang 2 menit dan ditambahkan pewarna
Gel Green sebanyak 1 μL untuk setiap 10 mL larutan agarosa.
4. Gel comb dipasang pada tangki elektroforesis.
5. Larutan agarosa dituangkan pada tangki elektroforesis dan didinginkan
hingga mengeras.
6. Setelah gel mengeras, gel comb dapat diambil dan gel agarosa siap
untuk digunakan.

Proses Elektroforesis

1. Gel agarosa ditempatkan dalam tangki elektroforesis dengan sumur

(well) terletak di kutub negatif.
2. Buffer TAE (Tris Acetate EDTA) 1x ditambahkan dalam tangki
hingga gel terendam.
3. 1μl loading dye dicampurkan dengan 5 μl produk DNA dengan
bantuan mikropipet.
4. Campuran tersebut dimasukkan ke dalam sumur pada gel agarosa.
5. 5 μl marker DNA dimasukkan pada sumur yang terletak di tepi
6. Tangki elektroforesis ditutup dan dihubungkan ke power supply.
7. Alat elektroforesis dinyalakan lebih kurang selama 30 menit.

Visualisasi DNA

1. Tombol power pada alat elektroforesis dimatikan.

2. Penutup alat elektroforesis dipasang.
3. Hasil yang didapatkan didokumentasikan dengan kamera ponsel
melalui lubang pada penutup.
4. Hasil yang telah diamati, ditentukan ukuran DNAnya.

F. Hasil Pengamatan
Tabel. 1 Jenis DNA yang Digunakan Pada Elektroforesis Gel Agorosa
 Sumur Ke- Jenis DNA
1 Genom
2 PCR
3 P5 Genom
4 P5 PCR
5 DNA Ladder
6 32 Genom
7 32 PCR
8 31 Genom
9 31 PCR

Gambar 1. Hasil Visualisasi DNA dari Tahap Elektroforesis

G. Pembahasan
Pada praktikum elektroforesis dilakukan pembuatan elektroforesis gel
agarosa yang terdiri dari 3 tahapan, yaitu pembuatan gel agarosa, proses
elektroforesis, dan visualisasi DNA. Pada tahap pertama dilakukan pembuatan
gel agarosa yang dilakukan dengan menimbang bubuk agarosa sesuai dengan
takaran yang telah ditentukan yaitu sebanyak 1,5% larutan agarosa dimana
larutan ini merupakan campuran bubuk agarosa ditambahkan dengan TAE
buffer yang ditujukan sebagai penjaga fungsi struktur DNA.
Setelah gel agorasa jadi kemudian ditambahkan gel green sebanyak 1μL
untuk setiap 10 ml larutan agarosa. Pewarna ini bertujuan untuk memberi
warna agar hasil yang didapat bisa terlihat dengan jelas. Langkah selanjutnya
 adalah pemasangan gel comb untuk membentuk sumur-sumur yang nantinya
akan digunakan untuk meletakan DNA sample. Kemudian larutan agarosa
yang sudah dibuat, dituang ke dalamnya dan diamkan hingga mengeras.
Apabila sudah mengeras maka gel comb dapat diambil dan gel agarosa siap
untuk digunakan.
Tahap selanjutnya merupakan proses elektroforesis dengan menempatkan
sumur kearah kutub negatif, hal ini dikarenakan molekul DNA bermuatan
negatif sehingga aliran medan listrik akan bermigrasi melalui matriks gel
menuju ke kutub positif. Kemudian masukkan produk DNA kedalam setiap
sumur yang telah ditulis pada hasil serta DNA ladder kedalam sumur nomor
5. DNA ladder merupakan kumpulan fragmen yang spesifik dan telah
diketahui ukurannya yang berfungsi sebagai penanda untuk memperkirakan
ukuran DNA hasil amplifikasi.
Pada tahap selanjutnya yaitu visualisasi DNA dimana pada tahap ini
didapatkan hasil berupa pita yang merupakan fragmen DNA hasil amplifikasi
dan menunjukkan potongan jumlah pasang basa (basepair). Faktor yang
mempengaruhi elektroforesis salah satunya yaitu volume sampel hasil
amplifikasi dan volume DNA marker. Ukuran DNA ditentukan berdasarkan
jarak migrasi atau jarak dari awal DNA diletakkan dalam sumur gel
agarose dan bermigrasi berdasarkan ukurannya hingga DNA tersebut berhenti.
Sehingga DNA memiliki karakteristik yang berbeda pada setiap sampel yang
berbeda.

H. Kesimpulan
- DNA atau Deoxyribo Nucleic Acid merupakan asam nukleat yang
menyimpan semua informasi tentang genetika.
- DNA dapat dipisahkan menggunakan teknik elektroforensis yang didasari
atas ukuran berat molekul dan struktur fisik molekulnya.
- Pada elektroforesis media pemisahnya berupa gel agarosa atau lainnya
yang memiliki tingkat viskositas tinggi.
 - Pada praktikum elektroforesis dilakukan pembuatan elektroforesis gel
agarosa yang terdiri dari 3 tahapan, yaitu pembuatan gel agarosa, proses
elektroforesis, dan visualisasi DNA.
- Pada visualisasi DNA dimana pada tahap ini didapatkan hasil berupa pita
yang merupakan fragmen DNA hasil amplifikasi dan menunjukkan
potongan jumlah pasang basa.
- Ukuran DNA ditentukan berdasarkan jarak migrasi atau jarak dari
awal DNA diletakkan dalam sumur gel agarose dan bermigrasi
berdasarkan ukurannya hingga DNA tersebut berhenti.

DAFTAR PUSTAKA

Adalikwu, S.A., dan Iorkpilgh, I.T. (2013). The Influence of Instructional

Materials on Academic Performance of Senior Secondary School Students
in Chemistry in Cross River State. Global Journal of Educational Research
20 (1): 39—45.

Azyenela, L., & Marlina, M. (2016). Deteksi Gen Virulen Bakteri Vibrio
parahaemolyticus dari Sampel Pensi (Corbicula moltkiana. Prime)
dengan Metoda Polymerase Chain Reaction (PCR). SCIENTIA: Jurnal
Farmasi dan Kesehatan, 5(1), 42-46

Gorish, B. M. T., Saleh, F. M., Mohammed, F. A., Ahmed, S. R., & Yousif, R. A.
(2018). Screening of BCG Vaccine Efficacy among Healthy Vaccinated
Adults in Khartoum, Sudan. Mycobacterial Diseases, 8(4), 1-5.

Koontz. (2013). Agarose Gel Electrophoresis. Methods in Enzymology. 529.

Schmidt, T., Friehs, K., Schleef, M., Voss, C., dan Flaschel, E, 1999. Quantitative
Analysis of Plasmid Forms by Agarose and Capillary Gel Electrophoresis.
Analytical Biochemistry