Nama : Anisah Rachmawati

NIM : 210331626039
Offering : D

1. Bandingkanlah struktur permukaan kedua protein berikut: flavoredoxin (kode akses:

3BNK) dan nitric oxide reductase (kode akses: 6T6V).
2. Menggunakan pemahaman anda tentang  stabilitas interaksi kimia pada struktur primer,
sekunder, tersier, dan kwarterner, jelaskan bagaimana protein yang memiliki struktur 3D
aktiff pada pH 7 menjadi  tidak aktif kerena mengalami denaturasi pada pH 12
3. Dengan menggunakan pemahaman anda tentang stabilitas interaksi kimia pada struktur
primer, sekunder, tersier, dan kwarterner, jelaskan bagaimana protein yang memiliki
struktur 3D aktif pada pH 9 menjadi tidak aktif kerena mengalami denaturasi pada pH 3!
4. Menggunakan pemahaman anda tentang  stabilitas interaksi kimia pada struktur primer,
sekunder, tersier, dan kuarterner, jelaskan bagaimana protein yang memiliki struktur 3D
aktif  dapat mengalami denaturasi apabila ditambahkan ion logam berat seperti ion Pb
atau ion Cd
5. Denaturasi juga terjadi pada saat protein yang larut dalam air ditambahkan pelarut
organik seperti etanol. Gambar dan perhatikan struktur etanol dan pikirkan kemunginan
interaksinya dengan protein sehingga menyababkan denaturasi.
6. β-Mercaptoethanol adalah suatu senyawa yang dapat mereduksi ikatan disulfida.  Bila
struktur tiga dimensi (3D) protein distabilkan oleh adanya ikatan disulfida maka apa yang
terjadi? jelaskan dengan gambar
7. Fenomena pengendapan protein oleh penambahan garam anorganik misalnya aamonium
sufat. Deskripsikan dengan bahasa anda fenomena tersebtu setelah melihat video berikut.
8. Protein memiliki muatan nol pada titik isoelektriknya, sehingga protein tidak dapat larut
dalam pelarut polar seperti air. Amati video berikut dan ceritakan kembali dengan kalimat
anda sendiri. 
9. Protein yang beraneka ragam dekelompokkan menjadi2 kelompok besar yaitu protein
serat dan globular. Jelaskan dengan melihat video berikut.

Jawab :
1.

Flavoredoxin (3BNK) Nitric Oxide Reductase (6T6V)

 Struktur protein flavoredoxin (3BNK) memiliki sifat hidrofilik (suka air) dimana
protein tersebut mudah larut dalam air. Strukturnya tergolong kedalam gugus kelompok
polar tak bermuatan yang disebabkan gugus R-nya dapat mengandung gugus fungsional
yang dapat membentuk ikatan hidrogen dalam air. Berikut yang tergolong kedalam
kelompok ini adalah glisin, serin, treonin, sistein, tirosin, asparagin, dan glutamin.
Struktur protein Nitric Oxide Reductase dengan kode 6T6V memiliki sifat
hidrofobik  atau tidak larut dalam air. Karena struktur ini tergolong kedalam gugus
kelompok non-polar yang merupakan senyawa hidrokarbon. Yang termasuk kedalam
kelompok ini ada 5 macam asam amino yaitu :
a. Alanin
b. Valin
c. Leusin
d. Isolusin
e. Prolin
2. Belum
3. Denaturasi adalah proses di mana protein atau asam nukleat kehilangan struktur
kwaterner, struktur tersier, dan struktur sekunder yang ada dalam keadaan asalnya dengan
menerapkan beberapa tekanan atau senyawa eksternal seperti asam atau basa kuat, garam
anorganik pekat, dan pelarut organik (misalnya, alkohol atau kloroform), radiasi atau
panas.
Perubahan pH mempengaruhi kimia residu asam amino dan dapat
menyebabkan denaturasi. Ikatan hidrogen sering melibatkan perubahan sisi ini.
Protonasi residu asam amino (ketika proton asam H+ menempel pada pasangan elektron
bebas pada nitrogen) berubah apakah mereka berpartisipasi dalam ikatan hidrogen atau
tidak, sehingga perubahan pH dapat mendenaturasi protein. Oleh karena itu pH yang
lebih rendah meningkatkan protonasi sehingga mendorong denaturasi dengan mencegah
ikatan Hidrogen.
4.

Garam logam berat bertindak untuk mendenaturasi. Garam logam berat yang
mengandung Hg +2 , Pb +2 , Ag +1 Tl +1 , Cd +2 dan logam lain dengan berat atom tinggi.
Karena garam bersifat ionik, mereka mengganggu jembatan garam dalam protein. Reaksi
garam logam berat dengan protein biasanya menghasilkan garam protein logam yang
tidak larut. Reaksi ini digunakan untuk sifat desinfektannya dalam aplikasi eksternal.
Misalnya AgNO3 digunakan untuk mencegah infeksi gonore pada mata bayi yang baru
lahir. Perak nitrat juga digunakan dalam pengobatan infeksi hidung dan tenggorokan,
serta untuk membakar luka.
 Dalam kasus keracunan logam berat akut, seseorang mungkin telah menelan
garam logam berat dalam jumlah yang signifikan. Sebagai penangkal, protein seperti susu
atau putih telur dapat diberikan untuk mengendapkan garam beracun. Kemudian obat
emetik diberikan untuk menginduksi muntah sehingga protein logam yang mengendap
dikeluarkan dari tubuh. Logam berat juga dapat mengganggu ikatan disulfida karena
afinitas dan daya tariknya yang tinggi terhadap belerang dan juga akan menyebabkan
denaturasi protein.

5. Belum

6. Crystal structure of tetrahydrocannabinolic acid synthase from Cannabis sativa

kode protein disamping ialah 3vte. diambil beta-sheet

28-42 dan beta-sheet 89-104. Terlihat terdapat hanya
ada satu ikatan disulfida pada nomor 37 dan 99

Ikatan disulfida berguna untuk menstabilkan protein supaya tidak mudah terdenaturasi. Jika
protein terdenaturasi, dapat diartikan ikatan disulfidanya telah putus.  Putusnya ikatan tersebut
karena terdapat agen pereduksi, agen pereduksi yang dimaksud disini adalah Beta mercaptoetanol.
Jadi beta mercaptoetanol itu nanti mereduksi ikatan S-S jadinya putus, lalu membentuk S-H
(sistein)
Protein yang mempunyai suatu rongga dalam inti hidrofobnya dapat distabilkan dengan cara
mengganti suatu residu kecil dengan suatu residu nonpolar besar. sebaliknya, protein dapat dibuat
tidak stabil dengan membuang ikatan-ikatan disulfidanya, memasukkan substituen yang besar sekali
yang tidak mudah ditampung dalam Inti hidrofob, atau mengganti residu polar yang membuat
7. ikatan
Belumhidrogen atau ikatan garam yang baik
8. Susu mengandung berbagai jenis protein. Secara tradisional protein susu diklasifikasikan
ke dalam kasein, dimana kasein protein minor adalah yang paling dominan dalam susu.
Hal inilah yang menyebabkan susu berwarna putih buram.
9. Protein serat atau skleroprotein adalah gabungan rantai polipeptida yang membentuk
struktur seperti lembaran. Sedangkan Protein globular adalah protein yang memiliki
bentuk hampir bulat, karena rantai polipeptida nya berlipat dengan rapat atau
menggulung.