Patofisiologi Patofisiologi konjungtivitis neonatus dipengaruhi oleh anatomi jaringan konjungtiva pada bayi

baru lahir. Inflamasi pada konjungtiva dapat menyebabkan dilatasi pembuluh darah, kemosis, dan sekresi
berlebihan. Infeksi yang terjadi cenderung lebih berat pada neonatus karena kurangnya imunitas, tidak
adanya jaringan limfoid pada konjungtiva dan tidak adanya air mata saat lahir. Bakteri gonokokus merusak
membran yang melapisi selaput lendir terutama kanalis endoserviks dan uretra. Infeksi ekstragenital di
faring, anus, dan rektum dapat dijumpai pada kedua jenis kelamin. Penularan terjadi melalui kontak
langsung antara mukosa ke mukosa. Risiko penularan laki-laki kepada perempuan lebih tinggi daripada
penularan perempuan kepada laki-laki terutama karena lebih luasnya selaput lendir yang terpajan dan
eksudat yang berdiam lama di vagina. Infeksi gonokokus dapat menyebar melalui aliran darah,
menimbulkan bakteremia Bakteremia dapat terjadi pada laki-laki maupun perempuan. Perempuan berisiko
paling tinggi mengalami penyebaran infeksi pada saat haid karena terjadinya peningkatan pH diatas 4,5 saat
menstruasi. Penularan perinatal kepada bayi saat lahir, melalui ostium serviks yang terinfeksi, dapat
menyebabkan konjungtivitis dan akhirnya kebutaan pada bayi apabila tidak didiagnosis dan diobati.