RANCANGAN PERSILANGAN

(Mating Design)
Pendahuluan

Persilangan buatan merupakan aktivitas yang umum dalam program pemuliaan tanaman untuk
membangkitkan (generate) keragaman taraf hubungan keluarga (relatedness) antar zuriat (progeny)
yang diproduksi. Persilangan dalam pemuliaan mempunyai dua tujuan utama:
1. Menyediakan informasi kepada pemulia untuk dapat memahami pengendalian genetik atau perilaku
suatu sifat (traits) penting (interest).
2. Menyediakan populasi dasar untuk menginisiasi program pemuliaan tanaman.
Pemulia menentukan hasil (outcome) suatu perkawinan antara lain melalui pemilihan tetua,
pengendalian frekuensi setiap tetua yang dilibatkan dalam persilangan, dan ukuran anak (offspring) per
persilangan. Suatu cara persilangan mungkin sederhana seperti persilangan antara dua tetua hingga
yang kompleks seperti persilangan dialel.

Persilangan Hibrida

Macam persilangan hibrida:

Macam persilangan di atas relatif mudah untuk dianalisis. Pemulia dapat mengendalikan secara
signifikan atas struktur persilangan.

Rancangan Persilangan untuk Populasi Kawin Acak

Penggunaan istilah rancangan persilangan umumnya berupa suatu skema yang digunakan oleh
pemulia dan genetisi mengatur terjadinya kawin acak untuk mencapai suatu tujuan tertentu. Untuk
menggunakan rancangan ini, asumsi-asumsi tertentu dibuat oleh pemulia.
1. Material dalam populasi memiliki perilaku diploid. Namun poliplid yang memperlihatkan pewarisan
disomik dapat juga dipelajari.
2. Gen yang mengandilkan sifat interes menyebar bebas diantara tetua (yaitu sebaran gen tak
berkorelasi).
3. Tidak terdapat interaksi non-alelik, perbedaan resiprokal, alel ganda pada loci yang mengontrol sifat,
dan interaksi genotipe × lingkungan.

Perkawinan Biparental (Biparental Mating) atau Silang Berpasangan (Paired Crosses)

Pada rancangan ini, pemulia memilih sejumlah besar tanaman ( n) secara acak dan masing-
masing disilangkan secara berpasangan untuk menghasilkan 12 n family saudara kandung (full sib family).
Biparental (BIP) merupakan rancangan persilangan yang paling sederhana. Jika tanaman berukuran r
dari suatu famili dievaluasi, keragaman dalam ( w) dan antar (b) famili dapat dianalisis menurut:

dimana σ 2b merupakan peragam saudara kandung (covariance of full-sibs) [ σ b = 12 VA + 14 VD + VEC =

2

1
r (MS1 − MS2 ) dan σ 2 w = 12 VA + 43 VD + VEC = MS2 .
Keterbatasan penerapan rancangan ini adalah ketidakmampuan menyediakan informasi yang
diperlukan untuk menduga semua parameter dalam model. Zuriat yang diperoleh dari rancangan ini
terdiri atas individu-individu saudara kandung atau individu-individu yang tidak saling berhubungan.
Tidak ada keterkaitan antara individu-individu dalam zuriat. Pemulia harus membuat asumsi yang dapat
dibenarkan untuk menduga ragam genetik dan lingkungan.

Polycross
Rancangan ini digunakan untuk grup saling kawin kultivar-kultivar melalui persilangan alami
dalam suatu blok yang terisolasi, sehingga cocok untuk spesies-spesies yang menyerbuk silang obligat
(Misalnya rumput hijauan dan kacang-kacangan, tebu, ubi jalar), tetapi lebih khusus untuk yang dapat
diperbanyak secara vegetatif. Terdapat kesempatan yang sama dari setiap entri untuk disilangkan
dengan setiap entri yang lain. Setiap entri diwakili dan diatur secara acak dalam blok persilangan. Jika
terdapat 10 genotipe atau kurang yang digunakan, maka dapat digunakan rancangan bujur sangkar latin.
Untuk ukuran entri yang besar, dapat digunakan rancangan acak lengkap berblok. Pada kasus kedua,
sekitar 20-30 ulangan termasuk dalam blok persilangan. Persyaratan ideal sulit ditemukan dalam
praktek yang disebabkan oleh beberapa masalah, karena dapat menempatkan sistem bahaya
penyimpangan acak. Jika semua entri tidak berbunga secara bersamaan, maka tidak akan terjadi kawin
acak. Untuk menghindari hal ini tidak terjadi, pemulia sebaiknya melakukan sinkronisasi pembungaan
pada saat penanaman.
Polen mungkin saja tidak tersebar acak, sehingga konsentrasi polen umum (common pollen)
terjadi dalam blok persilangan. Saudara tiri dapat dihasilkan dalam suatu polycross karena zuriat dari
setiap entri memiliki tetua yang sama. Rancangan ini digunakan dalam pemuliaan untuk menghasilkan
kultivar sintetik, yaitu rekombinasi entri-entri terseleksi dari famili-famili dalam program pemuliaan
seleksi berulang (recurrent selection), atau untuk mengevaluasi daya gabung umum (general combining
ability, GCA) entri-entri.

Rancangan North Carolina I (NC I)

Rancangan I merupakan rancangan serbaguna yang sangat popular untuk penerapan teoritis
dan praktis pemuliaan tanaamn (Gambar 8.5). Umumnya digunakan untuk menduga ragam aditif dan
dominan serta untuk mengevaluasi seleksi berulang saudara kandung dan saudara tiri. Rancangan
seperti ini memerlukan benih yang cukup untuk digunakan sebagai ulangan dalam evaluasi percobaan
(trials evaluation), sehingga tidak praktis diterapkan dalam pemuliaan spesies yang tidak mampu
menghasilkan jumlah benih yang banyak. Namun demikian, dapat digunakan untuk spesies menyerbuk
silang dan menyerbuk sendiri yang mampu memenuhi kriteria ini. Sebagai rancangan tersarang, setiap
anggota dari grup tetua sebagai jantan disilangkan dengan suatu grup tetua berbeda. Rancangan NC I
merupakan rancangan berhierarki dengan tetua tak-umum tersarang dalam tetua umum.

Gambar 8.5. Rancangan North Carolina I. (a) Rancangan ini adalah terurut bersarang (nested
arrangement) dari genotipe-genotipe untuk disilangkan dimana jantan tidak dilibatkan
dalam lebih dari satu persilangan. (b) Tata letak praktis di lapangan.

Ragam total rancangan ini dipartisi sebagai berikut:

Rancangan ini paling banyak digunakan dalam studi mengenai hewan. Pada tumbuhan, telah
banyak digunakan dalam pemuliaan jagung untuk menduga ragam genetik.

Rancangan North Carolina II (NC II)

Pada rancangan ini, setiap anggota dari grup tetua jantan disilangkan dengan setiap anggota
grup lain dari tetua-tetua betina. Rancangan NC II merupakan skema perkawinan faktorial yang mirip
dengan rancangan NC I (Gambar 8.6). Rancangan ini digunakan untuk mengevaluasi daya gabung galur
inbrida (inbreed lines). Rancangan ini sangat sesuai untuk tanaman yang mempunyai bunga ganda
(multiple flowers) sehingga setiap tanaman dapat digunakan secara berulang (repeatedly), baik sebagai
jantan maupun betina. Blok digunakan dalam rancangan ini yang memungkinkan semua persilangan
berlangsung dengan melibatkan suatu grup tunggal jantan dengan suatu grup tunggal betina dalam
suatu satuan utuh tetap. Analisis pada rancangan ini adalah ANOVA dua arah dimana keragaman dapat
dipartisi ke dalam beda antar jantan (m) dan betina ( f ) , dan interaksi keduanya. ANOVAnya adalah
sebagai berikut:

Gambar 8.6. Rancangan North Carolina II. (a) Ini merupakan rancangan faktorial. (b) Pasangan baris
dapat digunakan dalam penaman anakan (nursery) untuk persilangan faktorial tumbuhan

Rancangan ini memungkinkan pemulia untuk mengukur tidak hanya daya gabung khusus
(general combining ability, GCA) tetapi juga daya gabung khusus (specific combining ability, SCA).

Rancangan North Carolina III (NC III)

 Pada rancangan ini, suatu contoh acak tanaman F2 disilangbalikkan dengan dua galur inbirida
dimana F2 adalah descended. Rancangan ini sangat kuat (powerful) diantara ketiga rancangan NC.
Modifikasi Kearsey dan Jinks dengan menambahkan penguji ketiga (bukan hanya dua inbrida)
menambah kekuatan rancangan ini (Gambar 8.7). Modifikasi ini disebut uji silang tiga (triple test cross)
dan dapat digunakan untuk pengujian interaksi non-alelik (epistatik) dibandingkan dengan rancangan
lainnya yang tidak dapat melakukan pengujian ini. Selain itu, rancangan ini dapat digunakan untuk
menduga ragam aditif dan dominan.

Gambar 8.7. Rancangan North Carolina III. (a) Bentuk konvensional, (b) skema praktis, dan (c)
modfikasinya

Silang Dialel
Suatu rancangan persilangan dialel lengkap adalah salah satu rancangan yang memungkinkan
tetua-tetua disilangkan di semua kombinasi yang mungkin, termasuk kawin sendiri tetua dan resiprokal.
Rancangan ini merupakan skema persilangan yang diperlukan untuk memenuhi kesetimbangan Hardy-
Weinberg (lihat Bab 7) dalam suatu populasi. Namun, dalam prakteknya, suatu dialel dengan kawin
sendiri tetua dan resiprok tidak praktis dan tidak berguna karena beberapa alasan. Kawin sendiri tetua
tidak berkontribusi terhadap rekombinasi gen antara tetuanya. Selanjutnya, rekombinasi tercapai
melalui persilangan satu arah yang membuat resiprokal tidak perlu. Karena pola persilangan luas, jumlah
tetua yang disilangkan dengan cara ini terbatas. Untuk entri p , suatu dialel lengkap akan menghasilkan
silangan p2 . Tanpa kawin sendiri tetua dan resiprokal , terdapat p ( p −1) / 2 persilangan.
Ketika jumlah entri besar, suatu rancangan persilangan dialel parsial, memungkinkan semua
tetua disilangkan dengan beberapa tetua, tetapi tidak menggunakan semua tetua yang lain dalam gugus
persilangan. Rancangan dialel ini paling sering digunakan untuk menduga daya gabung (umum dan
khusus). Rancangan ini juga banyak digunakan untuk mengembangkan populasi pemuliaan dalam seleksi
berulang.
Pengaturan penanaman anakan untuk penerapan dialel lengkap dan parsial bervariasi. Karena
memerlukan jumlah persilangan yang besar, maka dalam pelaksanaannya persilangan dialel
membutuhkan sejumlah besar ruang, benih, tenaga kerja, dan waktu. Karena semua pasangan yang
mungkin satu setengah dari bujur sangkar latin simetrik, maka rancangan ini dapat digunakan untuk
mengatasi beberapa kebutuhan ruang.
Ada beberapa metode dasar yang dikembangkan oleh Griffing yang beragam dalam kondisi
ketiadaan tetua-tetua atau ketiadaan resiprokal-resiprokal dalam persilangan. Jumlah famili zuriat ( pf )
bagi metode 1 sampai 4 berturut-turut adalah: pf = n2 , pf = 12 n(n + 1) , pf = n(n − 1) , dan
pf = 12 n(n − 1) . Sebagai contoh, ANOVA untuk metode 4 adalah:

Evaluasi Pembandingan Rancangan Persilangan

Hill, Becker, dan Tigerstedt meringkas rancangan persilangan dalam dua cara:
1. Dalam hal cakupan populasi: BIPs > NC I > NC III > NC II > dialel, berkaitan dengan penurunan
efektivitas.
2. Dalam hal jumlah informasi: dialel > NC II > NC III > NC I > BIPs.

Rancangan persilangan dialel sangat penting untuk GCA dan SCA. Para peneliti menekankan
bahwa rancangan ini bukan merupakan rancangan persilangan per se, tetapi dapat digunakan pemulia
untuk memuliakan kultivar baru. Implikasinya bahwa pilihan dan penggunaan rancangan persilangan
yang tepat akan memberikan informasi yang paling berharga untuk pemulia.