Sabita Nur Khofifah Syaidanna

225070507111013
A

SDS PAGE WB

Soal
Tuliskan prinsip reaksi kimia dan fungsi reagen & larutan, urutan kerja, analisis pada
SDS-PAGE dan WB pada link berikut (atau yang lain) :
SDS- PAGE https://www.youtube.com/watch?v=i_6y6Z5UvwE
SDS-PAGE-WB https://www.youtube.com/watch?v=OkH8u84t84M

Jawaban
• SDS Page atau Sodium Dodecyl Sulfate PolyAcrylamide Gel Electrophoresis
merupakan metode elektroforesis untuk mempelajari protein dengan cara
dipisahkan dalam gel poliakrilamida berdasarkan pada berat molekulnya.
• Prinsip reaksi kimia :
a. Protein terdiri dari satu atau lebih rantai panjang asam amino residu -
Asam amino mengandung gugus fungsi karboksil
b. Protein dapat terbantuk karena adanya penggabungan beberapa rantai
samping asam amino dengan ikatan peptida hingga terbentuk suatu
konformasi tertentu. - Terdapat berbagai jenis ikatan di dalam protein
yaitu ikatan hidrogen, ikatan hidrofobik, ikatan disulfida, dan ikatan
ionik.
c. SDS adalag surfaktan anionik yang mengandung gugus kepala polar,
bermuatan negatif di ujung rantai karbon hidrofobik.
d. SDS mendenaturasi protein dengan cara mengganggu atau merusak
ikatan hidrogen, hidrofobik, dan ikatan ionik.
e. Ketika campuran protein dipanaskan, SDS mengikat ke protein dan
muatan intrinsik protein jadi dapat diabaikan karena muatan dari SDS
lebih kuat sehingga bermuatan negatif.
f. Protein dengan muatan negatif dapat dipisahkan dalam gel poli
akrilamida berdasarkan pada berat molekulnya.
g. Reaksi polimerisasi adalah polimerisasi adisi vinil yang didasarkan pada
sistem pembangkit radikal bebas.
h. Rantai polimer yang memanjang dihubungkan silang oleh Biss akrilamida
sehingga terbentuk gel dengan porositas tertentu.
• Fungsi reagen & larutan :
a. Agen pereduksi β-mercaptoethanol berfungsi untuk memecah atau
memutus ikatan disulfida
b. Amonium persulfat digunakan sebagai inisiator radikal bebas
c. TEMED dapat mempercepat laju pembentukan rafikal bebas dari
persulfat - Amonium persulfat dan TEMED jika digabungkan akan dapat
mengubah monomer akrilamida menjadi radikal bebas yang dapat
bereaksi dengan monomer tidak aktif agar reaksi berantai polimerisasi
dapat dimulai.
• Urutan kerja :
Sabita Nur Khofifah Syaidanna
225070507111013
A

1. Preparasi sampel dilakukan dengan cara menambahkan buffer yang

mengandung beberapa senyawa ke dalam protein sampel (misalkan dari sel
prokariotik atau eukariotik).
2. Setelah ditambah dengan sampel, kemudian dilakukan pemanasan pada suhu
95 °C selama 5 menit.
3. Preparasi vergil dengan menggunakan larutan gel pemisah dengan pH 8,8 dan
larutan gel penyusun dengan pH 6,8 yang sama-sama mengandung
akrilamida. 4. Gel terbentuk dari polimerisasi dari 2 plat kaca yang
ditambatkan secara vertikal dalam kaset
4. Gel pemisah dituang terlebih dahulu lalu larutan gel penyusun dituangkan di
atas gel pemisah yang telah memadat.
5. Sisir plastik diletakkan di atas gel selama polimerisasi sehingga dapat
terbentuk sumur-sumur kecil di dalam gel
6. Saat gel telah terpolimerisasi sempurna, sisir gel diambil dan kaset gel
ditempatkan secara vertikal diantara 2 elektroda. Elektroda positif berada di
bawah gel, sedangkan elektroda negatif diletakkan di bagian atas gel.
7. Gel dimasukkan ke dalam chamber lalu dituangi sistem buffer lisin klorida ph
8,3 agar dapat terjadi konduksi arus melalui gel.
8. SDS terletak di dalam gel dan buffer untuk memastikan saat dimana protein
terdenaturasi.
• Analisis SDS PAGE dan WB :
a. Prinsip yang digunakan dalam elektroforesis SDS-PAGE adalah pemisahan
protein berdasarkan berat molekul, yang mana protein dengan berat
molekul rendah akan lebih mudah bermigrasi daripada protein yang
memiliki berat molekul lebih besar. Hal tersebut dapat terjadi karena
penambahan buffer tris-glycine-chloride yang mengandung ion glisin dan
ion klorida.
b. Saat listrik dijalankan, protein dan buffer akan melewati stacking gel
dengan pH 6,8 yang mana protein dan ion klorida memiliki muatan
negative dan ion glisin bermuatan positif sehingga proses migrasi akan
berjalan dengan lambat dan menyebabkan protein menjadi stacking.
Setelah melewati stacing gel, protein akan melewati separating gel
dengan pH 8,8 yang mana protein, ion klorida, dan ion glisin memiliki
muatan negative sehingga proses migrasi akan berjalan dengan cepat dan
kecepatan pemisahannya berdasarkan berat molekulnya.