1.

Peran protein dalam tubuh sangat banyak, ada yang mengantarkan nutrisi kedalam tubuh
(hemoglobin), ada yang mempercepat reaksi (enzim) ada juga membangun struktur makhluk
hidup (kolagen)

Protein dibentuk dari kumpulan asam amino yang memiliki 21 macam atau jenis asam amino
yang memiliki fungsi dan karakteristiknya masing-masing. asam amino terbentuk dari atom
karbon, oksigen, nitrogen, hydrogen dan ada juga sulfur. Atom atom ini juga membentuk
gugus amino, karbksil dan rantai samping yang menempel pada atom karbon pusat.

Dalam asam amino terdapat rantai samping yaitu bagian dari asama amino dimana yang
dapat menentukan karakteristiknya. Sebagai contoh asam amino hidrofobik punya rantai
samping yang sulit berinteraksi dengan air sedangkan hidrofilik sebaliknya. Sedangkan asam
amino yang bermuatan akan berinteraksi dengan asam amino bermuatan berlawanan.
Bentuk asam amino

A. Primer

Dimana struktur ini sangat sederhana, yang mana gugus amino dari suatu asam amino akan
berikatan dengan gugus karboksil dari suatu asam amino membentuk iikatan peptide
membentuk polipeptida, dimana selama kegiatan pengikatan ini membuat molekul air
terlepas.

B. Sekunder

Dalam bentuk ini terdapat 2 bentuk yaitu alpha sheet dan beta sheet.

Alpha sheets, hal ini terjadi dikarenakan adanya interaksi ikatan hidrogen anatar masing-
masing asam amino yang mengakibatkan asam amino berpilin. Sedangkan beta sheets terjadi
karena interaksi ikatan hidrogen antara 2 atau lebih tulang punggung yang saling berdekatan.
C. Tersier

Membentuk 3 dimensi bisa juga berbentuk bulat dengan rantai samping yang membuat
polipeptida memiliki karakteristik masing-masing. Bentuk dari suatu protein ini akan
menentukan fungsi kinerjanya, sebagai contoh hemoglobin yang memiliki bentuk bulat
dengan ruang kosong ditengah

dengan maksud agar atom besi yang berfungsi mengikat oksigen dapat masuk kedalam
hemoglobin.

D. Kuarter

Kuarter terjadi jika 2 atau lebih rantai polipeptida bergabung membentuk 1 kompleks aktif
dengan beberapa sub unit dengan masing-masing memiliki fungsi yang sama.
Sintesis Protein

DNA sebagai pembawa kode genetik, sebagai contoh mata kita dimana DNA memiliki kode
khsusus yang memberikan berbagai macam pigmen yang khas sehingga dapat diturunkan
kepada keturunannya nanti.

Lalu bagaimana cara dna membuat protein dan kenapa protein harus dibuat? karna kembali
lagi dari fungsi dan peran protein untuk tubuh kita.

Pertama DNA berada terkurung dalam nukleus, sehingga diperlukan bantuan untuk
membawa kode-kode DNA menujur keluar untuk dibentuk dalam ribosom. Oleh karena itu
dibantulah dengan adanya RNA dimana RNA memiliki kemiripan dengan DNA dari segi
strukturnya.

Dalam sintesis protein terdapat 2 tahap yaitu

a. Transkripsi

Trasnkripsi yaitu waktu dimana ketika kita pergi untuk mentranskripsi kode-kode DNA
menjadi sebuah pesan. Dalam hal ini dibantu oleh mRNA untuk mengikirm kode yang telah
ditranskripsi menuju sitoplasma yang nantinya bermuara menuju ribisom. Diribosom
terbentuk dari rRna ada tRna yang berfungsi membawa asam amino yang telah dibawa
menuju ribosom untuk ditranslasi sesuai dengan kode yang telah dibawa dari DNA.
b. Translasi

Translasi merupakan proses penerjemahan kode DNA sehingga menghasilkan rantai

polipeptida penyusun protein. Dalam tahap ini terdapat beberapa tahapan dimulai dari
penerjemahan kode-kode yang sesuai lalu terbentuklah protein yang terdiri dari kumpulan
polipeptida.

2. Gel elektroforesis

Merupakan metode pemisahan berdasarkan ukuran sel. dimana sel suatu makhluk hidup pasti
terdapat DNA dengan masing-masing ciri khasnya. Tetapi dikarenakan DNA memiliki
muatan negatif. Hal ini dapat dimanfaatkan untuk penentuan ciri khas mereka menggunakan
meotde ini.

Metode ini menggunakan sebuah media bernama agarose. Penggunaan agarose ini
dikarenakan dapat memungkinkan DNA itu melakukan perjalanan selama proses
elektroforesis ini. Sebab didalam gel sendiri terdapat sumur yang berfungsi sebagai tempat
DNA. sehingga didaerah sumur memiliki muatan negative. Sedangkan bagian ujung yang
lain bermuatan positif. Sehingga menyebabkan terjadi perpindahan dari muatan negatif ke
muatan positif.
Pada metode ini dibuthkan enzim bernama restriction enzim yang berfungsi untuk memotong
DNA menjadi ukuran lebih kecil agar dapar melewati gel ini dan juga memiliki selektifitas
yang baik dalam memotong dna.

Dikarenakan pada prinsipnya pemisahan berdasarkan ukuran molekul maka dalam pengujian
ini, untuk ukuran DNA yang lebih kecil akan sampai terlebih dahulu dibandingkan ukuran
yang besar. dikarenakan memiliki BM yang lebih ringan untuk berpindah tempat.

Jika terdapat kemiripan dalam hal pembacaan jejak DNA, maka dapat disimpulkan bahwa
makhluk hidup tersebut mirip satu sama lainnya. Pembacaan jejak sendiri dilakukan dengan
memanfaatkan sinar UV.
Selain dari itu, penggunaan metode ini juga sangat beragam salah satunya adalah
elektroforessi berfungsi bagi para ilmuwan untk mengklasifikasikan makhluk hidup. Metode
ini juga bisa digunakan untuk penentuan sidik jari didalam menentukan tersangka criminal.

https://www.youtube.com/watch?v=ZDZUAleWX78

Untuk proses analisisnya sendiri dijelaskan didalam jurnal ini.

 Gel yang telah siap kemudian diletakkan secara horizontal di atas kotak elektroforesis
yang telah berisi larutan penyangga elektroda.
 Proses ini dilakukan di dalam lemari pendingin dengan suhu 4 °C.
 Kedua sisi gel diberi spons yang telah dibasahi dengan larutan penyangga elektroda
sebagai jembatan antar larutan penyangga elektroda dengan gel.
 Setelah itu gel ditutup dengan plastik dan di atas gel tersebut diberi gel yang dingin.
 Proses elektroforesis dijalankan dengan memberi daya listrik pada gel.
 Pemberian daya listrik disesuaikan dengan sampel yang akan digunakan, misalnya
sebesar 50 - 70 μA, 50-60 μA atau 45-55 μA selama kurang lebih 3 jam.
 Setelah terlihat bahwa biru brom fenol mencapai titik yang berjarak + 3 cm dari ujung
gel, maka proses elektroforesis dihentikan.

Rianta Pratiwi. 2001. Mengenal Metode Elektroforesis. Oseana XXVI(1) 25-31

3. Salting in dan Salting out

Salting In

Salting in adalah adanya zat terlarut tertentu yang menyebabkan kelarutan zat utama dalam
solvent menjadi lebih besar. Hal ini terjadi Ketika dilakukan penambahan larutan garam
dengan konsentrasi yang kecil.

Salting out
Salting Out adalah Peristiwa adanya zat terlarut tertentu yang mempunyai kelarutan lebih
besar dibanding zat utama, akan menyebabkan penurunan kelarutan zat utama atau
terbentuknya endapan karena ada reaksi kimia. Hal ini terjadi ketika dilakukan perlakuan
penambahan larutan garam yang terlalu tinggi sehingga terjadi pengendapan.

Hubungan antara salting in dan salting out

Terjadi perbedaan pada kelarutan dari protein Ketika terjadi perubahan saat penambahan
larutan garam dari konsentrasi kecil menuju konsentrasi besar.

Karna pada pengujian ini dilakukan pada sampel protein, maka kita harus tahu terlebih
dahulu struktur dari protein. protein terdiri dari beberapa gugus yang memiliki muatan
contohnya pada gugus amina dan karboksilat.
Proses salting in terjadi Ketika ion garam dalam campuran masih sedikit dan justru
menambah kelarutan dari protein. hal ini dikarenakan protein menjadi bermuatan dan larut
dalam larutan garam. Kelarutan protein akan terus meningkat sejalan dengan peningkatan
konsentrasi garam

Kemudian pada saat proses salting out terjadi pengikatan molekuk air secara besar-besaran
oleh ion-ion garam. Hal ini menyebabkan protein mengalami dehidrasi dikarenakan molekul
air yang berada pada protein ikut diserap. Hal inilah yang menyebabkan kelarutan protein
menurun dan terjadilah pengendapan,
Grafik yang memperlihatkan proses salting in dan salting out, terjadi perbedaan antara
protein pada saat salting in maupun salting out. Hal ini pada dasarnya dikarenakan prinsip
tentang interaksi solute-solute maupun solute-solvent pada masing-masing proses itu.

https://www.youtube.com/watch?v=gnhUh6qVD5Y