FLORA NORMAL DAN KUMAN

PATOGEN PENYEBAB INFEKSI

Nur Gifarani Pratiwi

Dr. Dean Handimulya, Sp.PK(K)

 FLORA NORMAL

 Flora normal : Mikroorganisme yang tumbuh pada

bagian tubuh tertentu yang pada umumnya tidak
menimbulkan infeksi.
 Flora normal = indigenous/resident flora/ microbiota
 Bakteri ini memiliki peranan penting dalam
berkompetisi dengan mikroorganisme patogen

Delost, Danessa Maria. Introduction of diagnostic microbiology. Jones & Bartlett Learning:United States of America. 2015. p 7
  Flora normal dari bagian tubuh tertentu terdiri dari komunitas
yang unik dari mikrobiota inti dan sekunder yang terlibat dalam
hubungan simbiosis antara host dan spesies lainnya yang saling
berkompetitif.
 Host menyediakan tempat untuk kolonisasi, nutrien, dan
perlindungan dari spesies yang tidak dikenal (respon imun
innate).
 Mikroba menyediakan fungsi metabolik yang dibutuhkan,
stimulasi innate dan imunitas regulator, dan mencegah
terbentuknya kolonisasi dari patogen yang tidak dikenal.
Murray PR, Rosenthal KS, Pfaller MA. (editors). Medical microbiology. 8th ed. Philadelphia: Elsevier. 2016. p. 5-10.
Murray PR, Rosenthal KS, Pfaller MA. (editors). Medical microbiology. 8th ed. Philadelphia: Elsevier. 2016. p. 5-10.
 PRO-/PRE-BIOTIK

 Pro: campuran bakteri atau ragi yang sesudah ditelan akan membentuk koloni
dan berproliferasi di usus
 Dianggap mengembalikan fungsi dan proporsi populasi microbiome,
menormalkan fungsi pencernaan, meningkatkan toleransi laktosa
 Umumnya berupa bakteri gram positif (Bifidobacterium, Lactobacillus) dan ragi
(Saccharomyces)
 Tidak selalu terbukti, tergantung campuran spesies, dosis, viabilitas organisme
 Pre: makanan yang mendukung pertumbuhan mikrobiota

Murray PR, Rosenthal KS, Pfaller MA. (editors). Medical microbiology. 8th ed. Philadelphia: Elsevier. 2016. p. 5-10.
Distribusi bakteri pada bagian kulit
berdasarkan topografi.
= bagian tubuh lainnya, distribusi
mikrobiom kulit tergantung pada:
- microenvironment dari tempat sampel:
kelenjar sebasea/minyak , lembab a ,
kering , permukaan rata (Grice E, Segre J:
The skin microbiome, Nat Rev Microbiol
9:244–253, 2011.)

Murray PR, Rosenthal KS, Pfaller MA. (editors). Medical

microbiology. 8th ed. Philadelphia: Elsevier. 2016. p. 5-10.
  I: Kolonisasi jenuh, tempat konsumsi nutrisi  membatasi akses pathogen ke jaringan host
 II: microbiota mematangkan imunitas innate, stimulasi produksi mucus, IgA, antimicrobial peptides (AMPs)
 III: microbiota menstimulasi ekspresi IL-22 (resistensi epitel), produksi IL-1b (rekrutmen sel radang)

Murray PR, Rosenthal KS, Pfaller MA. (editors). Medical microbiology. 8th ed. Philadelphia: Elsevier. 2016. p. 5-10.
 FAKTOR YANG MEMPENGARUHI
MIKROBIOTA
 Ketahanan terhadap keadaan lingkungan: adanya (tidak adanya) oksigen, pH,
konsentrasi garam
 Kemampuan memanfaatkan dan memetabolisme nutrisi
 Kemampuan memanfaatkan mineral esensial
 Kebersihan diri (penggunaan sabun, larutan kumur, deodorant)
 Diet
 Penggunaan obat-obatan (antimicrobial)
 Toksin dari lingkungan

Murray PR, Rosenthal KS, Pfaller MA. (editors). Medical microbiology. 8th ed. Philadelphia: Elsevier. 2016. p. 5-10.
 KLASIFIKASI BERDASAR PERIODE
KOLONISASI
 Flora Residen
 Selalu ada di bagian superfisial
 Tanpa flora residen, berpengaruh negatif pada kesehatan individu
 Simbiosis bisa berubah pada keadaan gangguan imun atau jika flora residen mendapat
akses lewat instrument seperti kateter atau luka (laserasi)
 Tidak dapat dieliminasi sepenuhnya karena tertutup rambut, minyak, debris kulit mati
 Flora Transien
 Hanya ada di tubuh dalam periode singkat, tidak permanen
 Dapat dieliminasi dengan cuci tangan

Cappuccino JG, Welsh C. Microbiology: a laboratory manual. 11th ed. USA: Pearson; 2017.p.423-9.
DISBIOSIS

 Gangguan microflora normal

 Menekan pertumbuhan organisme bermanfaat
 Perkembangan organisme merugikan

 Usus: Clostridium difficile pada penggunaan antibiotik, colitis ulseratif

meningkatnya bakteri dengan sulfatase yang mendegradasi musin, lapisan
mukosa protektif terdegradasi dan terjadi inflamasi
 Kulit: infeksi luka kronis, eksaserbasi dermatitis atopic
 Vagina: vaginitis
 INTERAKSI MIKROBA DAN HOST

Tille PM. Bailey and Scott’s diagnostic microbiology. 13th ed. Missouri: Elsevier; 2014. p. 21-37.
Delost, Danessa Maria. Introduction of diagnostic microbiology. Jones & Bartlett Learning:United States of America. 2015. p 16
 JENIS INTERAKSI MIKROBA-HOST
MANUSIA
Jenis Keterangan
Transien Mikroba ditemukan di lingkungan, hanya dilewati tanpa konsekuensi,
tetapi jika regular bisa memicu adaptasi atau dependensi
Komensal Normal ada di tubuh manusia, salah satu di antara mikroba atau host
mendapatkan keuntungan
Patogen Bisa merupakan anggota microbiota normal, tetapi dapat
menyebabkan penyakit
Patogen oportunis Mikroba yang hanya menyebabkan penyakit pada host dengan
gangguan system imun atau masalah pertahanan lain
Patogen aksidental Secara tidak sengaja mendapat kontak dari binatang atau lingkungan,
bisa saja mematikan pada manusia, dikenali karena normalnya tidak
ditransmisikan antarmanusia

Bennett JE, Dolin R, Blaser MJ (editors). Mandell, Douglas, and Bennett’s Principles and Practice of Infectious Diseases. 8th ed. Philadelphia:
Elsevier Saunders. 2015. p. 1-17
 INVASI, DISEMINASI, INFEKSI

 Untuk terjadi infeksi, mikroorganisme harus menembus pembatas fisik seperti

kulit dan mukosa
 Dipengaruhi faktor host dan mikroba
 Perubahan fungsi, keadaan lingkungan, perubahan populasi flora normal, trauma,
penggunaan antibiotic yang mengganggu koloni normal  pemicu gangguan
integritas permukaan
 Invasi ke jaringan lebih dalam  aktivasi system imun innate (nonspesifik) dan
adaptif (spesifik)
 Interaksi dengan mikroba pathogen menyebabkan kerusakan pada host,
perubahan fisiologi, manifestasi tanda dan gejala klinis
Tille PM. Bailey and Scott’s diagnostic microbiology. 13th ed. Missouri: Elsevier; 2014. p. 21-37.
Aagaard K, Luna RA, Versalovic J. The human microbiome of local body sites and their unique biology. In: Bennett JE, Dolin R, Blaser MJ (editors). Mandell, Douglas, and Bennett’s Principles
and Practice of Infectious Diseases. 8th ed. Philadelphia: Elsevier Saunders. 2015. p. 11-17
 KARAKTERISTIK MIKROBA PATOGEN /
KOMENSAL
 Mampu masuk ke dalam tubuh host
 Bertahan, menang berkompetisi dengan mikroba yang sudah ada
 Mendapatkan dan memanfaatkan nutrisi
 Menghindari atau menghadapi sistem imun host
 Bereplikasi
 Diseminasi ke tempat yang dituju jika diperlukan
 Transmisi ke host baru yang rentan diinfeksi

Bennett JE, Dolin R, Blaser MJ (editors). Mandell, Douglas, and Bennett’s Principles and Practice of Infectious Diseases. 8th ed. Philadelphia:
Elsevier Saunders. 2015. p. 1-17
 PATOGENISITAS - VIRULENSI

 Mikroorganisme pathogen memiliki gen yang mengkode faktor virulensi  aktif

pada pemicu keadaan tertentu, seperti pH, suhu, konsentrasi ion, O2, dan logam
tertentu

Bennett JE, Dolin R, Blaser MJ (editors). Mandell, Douglas, and Bennett’s Principles and Practice of Infectious Diseases. 8th ed. Philadelphia:
Elsevier Saunders. 2015. p. 1-17
 AKSES KE HOST

o Mikroorganisme harus dapat berkontak dengan permukaan dan masuk ke

lingkungan yang tepat di tubuh host
o Menggunakan kemampuan motilitas, kemotaktis, dan struktur adhesif (adhesin)
 memediasi ikatan dengan reseptor sel spesifik
o Jika adhesin imunogenik  ekspresinya diregulasi

Aagaard K, Luna RA, Versalovic J. The human microbiome of local body sites and their unique biology. In: Bennett JE, Dolin R, Blaser MJ (editors). Mandell, Douglas, and Bennett’s Principles
and Practice of Infectious Diseases. 8th ed. Philadelphia: Elsevier Saunders. 2015. p. 11-17
 KOMPETISI DENGAN FLORA NORMAL

Mikroorganisme berkompetisi dengan flora normal, harus beradaptasi di

lingkungan baru untuk memperoleh nutrien

Aagaard K, Luna RA, Versalovic J. The human microbiome of local body sites and their unique biology. In: Bennett JE, Dolin R, Blaser MJ (editors). Mandell, Douglas, and Bennett’s Principles
and Practice of Infectious Diseases. 8th ed. Philadelphia: Elsevier Saunders. 2015. p. 11-17
 MENGHINDARI MEKANISME PERTAHANAN
HOST
o Paling sulit
o Mekanisme berbeda untuk setiap tahap sistem pertahanan
oPaling sering: kapsul antifagositik, toksin dan enzim untuk menghancurkan sel
imun atau barrier anatomis
o Mekanisme biokimia untuk memanipulasi sistem pertahanan  protease spesifik
Ig, melapisi diri dengan protein host, menyebabkan gangguan persinyalan sel host
sehingga terjadi disregulasi sel imun host atau kematian sel host
o Invasi intraseluler, variasi antigenik

Aagaard K, Luna RA, Versalovic J. The human microbiome of local body sites and their unique biology. In: Bennett JE, Dolin R, Blaser MJ (editors). Mandell, Douglas, and Bennett’s Principles
and Practice of Infectious Diseases. 8th ed. Philadelphia: Elsevier Saunders. 2015. p. 11-17
 KEMAMPUAN REPLIKASI

 Keberhasilan patogen dilihat dari kemampuannya memperbanyak diri di host.

 Memperbanyak diri tidak hanya untuk bertahan, tapi juga untuk bisa transmisi ke
host lain
 Kecepatan multiplikasi mikroorganisme  masa inkubasi (masa dari terpajan
hingga munculnya tanda dan gejala penyakit)

Aagaard K, Luna RA, Versalovic J. The human microbiome of local body sites and their unique biology. In: Bennett JE, Dolin R, Blaser MJ (editors). Mandell, Douglas, and Bennett’s Principles
and Practice of Infectious Diseases. 8th ed. Philadelphia: Elsevier Saunders. 2015. p. 11-17
 PEWARISAN PATOGENISITAS

 Gen penyandi produk bakteri seperti toksin dan adhesin berada di transposon,
bakteriofag
 Faktor virulensi banyak didapat melalui transfer gen secara lateral (pathogenicity
islands  large blocks of genes)  banyak bukti patogenesitas didapat dari
mikroba yang unrelated

Aagaard K, Luna RA, Versalovic J. The human microbiome of local body sites and their unique biology. In: Bennett JE, Dolin R, Blaser MJ (editors). Mandell, Douglas, and Bennett’s Principles
and Practice of Infectious Diseases. 8th ed. Philadelphia: Elsevier Saunders. 2015. p. 11-17
Bennett JE, Dolin R, Blaser MJ (editors). Mandell, Douglas, and Bennett’s Principles and Practice of Infectious Diseases. 8th ed. Philadelphia:
Elsevier Saunders. 2015. p. 1-17
 MIKROBIOME ORAL
 Sangat beragam dan berjumlah banyak
 Merupakan habitat dari ratusan mikroba
 Mikrobiota dominan: Actinomyces, Bacteroides, Prevotella,
Streptococcus, Fusobacterium, Leptotrichia, Corynebacterium,
Veillonella, Rothia, Capnocytophaga, Selenomonas, Treponema
 Terdapat korelasi antara kualitas microbiota oral dengan penyakit
tertentu, contoh: biofilm plak dental, terdiri atas terutama
Streptococcus, dilapisi bakteri lain->mencegah periodontitis

Bennett JE, Dolin R, Blaser MJ (editors). Mandell, Douglas, and Bennett’s Principles and Practice of Infectious Diseases. 8th ed. Philadelphia:
Elsevier Saunders. 2015. p. 1-17
 KULIT DAN NASOFARING
 Kulit dibagi menjadi menjadi beberapa situs tergantung suhu,
kelembaban dan distribusi kelenjar
 Terdapat koloni transien (superfisial), autochthonous (dalam), epidermis
 Dipengaruhi oleh fisiologi host, lingkungan, system imun, genotip host,
gaya hidup, patobiologi
 Area kaya kelenjar sebasea: Propionibacterium
 Area lembab: Corynebacterium
 Area kering: β-Proteobacteria

Bennett JE, Dolin R, Blaser MJ (editors). Mandell, Douglas, and Bennett’s Principles and Practice of Infectious Diseases. 8th ed. Philadelphia:
Elsevier Saunders. 2015. p. 1-17
 MIKROBIOME JALAN NAPAS DAN PARU
 Mikrobiome saluran napas bawah yang sehat (didapatkan lewat lavase
bronkoalveolar)
 Jenis bakteri: Veillonellaceae, Prevotellaceae, Streptococcaceae
 Swab nasal individu sehat didominasi Propionibacterium acnes
 Swab nasal individu yang dirawat inap didominasi S.aureus,
S.epidermidis
 Semakin beragam microbiota, semakin baik fungsi paru (pada pasien
cystic fibrosis)
 Aspirasi bisa menyebabkan persebaran organisme dari saluran cerna
ke saluran napas

Bennett JE, Dolin R, Blaser MJ (editors). Mandell, Douglas, and Bennett’s Principles and Practice of Infectious Diseases. 8th ed. Philadelphia:
Elsevier Saunders. 2015. p. 1-17
 MIKROBIOME SALURAN CERNA
 Perbedaan komunitas bakteri lambung merupakan faktor
predisposisi gastritis
 Adanya H.pylori, Streptococcus, Lactobacillus mungkin bersifat
protektif terhadap GERD, Barrett’s esophagus,
adenokarsinoma kardia gaster dan esophagus distal
 Usus dikolonisasi oleh Streptococcus, Veillonella, Clostridium,
E.coli, Bifidobacterium

Bennett JE, Dolin R, Blaser MJ (editors). Mandell, Douglas, and Bennett’s Principles and Practice of Infectious Diseases. 8th ed. Philadelphia:
Elsevier Saunders. 2015. p. 1-17
 MIKROBIOME VAGINA
 Disbiosis menyebabkan bacterial vaginosis
 Diagnosis umum: pH 4.5, fish odor dengan KOH 10%, secret putih
susu, clue cells 20%
 Modifikasi kriteria klinis menjadi skor Nugent  perlu pemeriksaan
mikrobiologi: tidak adanya laktobasilus dan dominasi G.vaginalis
dan Mobiluncus
 Wanita dengan BV memiliki risiko komplikasi kehamilan lebih tinggi
 Terapi BV asimptomatik juga meningkatkan risiko kelahiran
preterm  mungkin karena ketidakseimbangan microbiota vagina

Bennett JE, Dolin R, Blaser MJ (editors). Mandell, Douglas, and Bennett’s Principles and Practice of Infectious Diseases. 8th ed. Philadelphia:
Elsevier Saunders. 2015. p. 1-17