Surveilans Genome

Virus SARS CoV-2

Whole genome sequencing

Lab Covid FK-KMK UGM

 Prosedur Pengiriman
sampel
Laboratorium Covid FK-KMK Universitas Gadjah Mada
 • Adanya penularan Covid-19 yang terjadi secara
cepat di masyarakat lokasi tertentu
• Orang yang baru mendarat dari luar negeri
• Covid-19 yang mulai menginfeksi kelompok yang
Kriteria sebelumnya tidak rentan (anak­anak <18 tahun)
• Orang yang sudah divaksin SARS CoV-2 tetapi
kasus terinfeksi Covid-19
• Penyintas Covid-19 yang terinfeksi kembali
• Kasus kematian Covid-19 dengan komorbid
penyakit menular lain (HIV, TB, dll)
Jenis Sampel
• VTM
• sampel positif : Ct Value <25
• Kontainer tripel layer
• Icepack (suhu 2-8 C)
• RNA
• sampel positif : Ct Value <25
• Kontainer tripel layer
• Dry ice (suhu – 70 C)
Kelengkapan data pasien
• Email ke : labcovid.fkkmk@ugm.ac.id dengan subjek : Data
WGS_Nama Fakses.
• Format pelaporan terlampir
• Narahubung : Mulyono (HP +62 813 2743 2188)
• Jam penerimaan sampel : Senin sd Sabtu j 8 sd 15
• Alamat: Lab Covid FK-KMK UGM, Departemen Mikrobiologi FK-KMK
UGM, Jl Farmako Sekip Yogyakarta
• Pengiriman langsung dengan kurir dari Lab/Faskes, TIDAK melalui jasa
expedisi
Kasus : Adanya penularan Covid-19 yang terjadi secara cepat di
masyarakat lokasi tertentu

Nama Umur Jenis Faskes ID Tgl

Kelamin Sampel Swab
           
Kasus : Adanya penularan Covid-19 yang terjadi secara cepat di masyarakat
lokasi tertentu

Nama Umur Jenis Faskes ID Tgl kepulangan Tgl Negara Lama

Kelamin Sampel Swab Asal tinggal

                 
 Kasus: Covid-19 yang mulai menginfeksi kelompok yang
sebelumnya tidak rentan (anak­-anak <18 tahun)

Nama Umur Jenis Faskes ID Tgl

Kelamin Sampel Swab
           
 Kasus: Orang yang sudah divaksin SARS CoV-2 tetapi terinfeksi
Covid-19

Nama Umur Jenis Faskes ID Tgl Tgl Tgl

Kelamin Sampel Swab Vaksin Vaksin
(1) (2)
               
 Kasus: Penyintas Covid-19 yang terinfeksi kembali

Nama Umur Jenis Faskes ID Tgl Tgl Tgl

Kelamin Sampel Swab Konfirm Konfirm
Positif Negatif
kasus kasus
pertama pertama
               
 Kasus kematian Covid-19 dengan komorbid penyakit menular lain
(HIV, TB, dll)

Nama Umur Jenis Faskes ID Tgl Penyakit

Kelamin Sampel Swab komorbid
             
 VTM: ekstraksi RNA dan double cek RT PCR

Pengerjaan RNA : double cek RT PCR

• yg kualitas bagus lanjut untuk WGS: konsentrasi RNA, Ct <25

sampel Running WGS Per batch : 20 sampel

WGS Sintesis cDNA dan library prep di LRT FK-KMK UGM

Running ilumina di BBVET Wates

Metode

• SARS CoV-2 detection: Daan Gene Novel Coronavirus (2019-nCOV) RNA Detection Kit
• Total viral RNA was extracted using a QiAMP Viral RNA mini kit (Qiagen,), followed by double stranded
cDNA synthesis using Maxima H Minus Double-Stranded cDNA Synthesis (Thermo Fisher Scientific, MA,
USA), and then purified by a GeneJET PCR Purification Kit (Thermo Fisher Scientific, MA, USA).
• The Nextera DNA Flex for Enrichment using Respiratory Virus Oligos Panel was used for library
preparations, and whole genome sequencing was performed using next generation sequencing (NGS)
applied in the Illumina MiSeq instrument (Illumina, San Diego, CA, USA) with Illumina MiSeq reagents v3
150 cycles (2 × 75 cycles)
• Full-length virus genomes were annotated using the reference genome of hCoV-19/Wuhan/Hu-1/2019
(NC_045512.2) and then visualized in UGENE v. 1.30.
(Gunadi, Wibawa H, Marcellus, Hakim MS, Daniwijaya EW, Rizki LP, Supriyati E, Nugrahaningsih DAA,
Afiahayati, Siswanto, Iskandar K, Anggorowati N, Kalim AS, Puspitarani DA, Athollah K, Arguni E, Nuryastuti
T, Wibawa T. Full-length genome characterization and phylogenetic analysis of SARS-CoV-2 virus strains
from Yogyakarta and Central Java, Indonesia. PeerJ. 2020 Dec 21;8:e10575. doi: 10.7717/peerj.10575.
PMID: 33391880; PMCID: PMC7759132)