PEMERIKSAAN PCR SARS-CoV-2

BENI,S.Si
Ketua DPC Patelki Seruyan
Kamis, 10 Juni 2020
 LANGKAH
PENGERJAAN
1. Persyaratan Sarana Prasana 4. Analitik
• BSL-2 • Open / closed
system
2. APD 5. Pasca
• APD Level Analitik
3 a.Pelaporan hasil
b.Interpretasi hasil
3. Pre Analitik
a.Pengisian formulir
b.Pemilihan
spesimen
c. Swab/VTM
d.Penyimpanan spesimen spesimen
e.Pengepakan & transportasi 2
 AP LEV 3 LANGKAH PEMASANGAN APD:

D EL 1.
2.
Mengganti baju dengan baju kerja
Menggunakan pelindung sepatu (shoe
cover)
3. Memakai sarung tangan dalam
4. Mengenakan jubah (gown)
lengan panjang dan sekali
pakai yang terbuat dari kain
5. yang telah teruji ketahanannya.
Memakai respirator
sertifikasi NIOSH, EU partikulat seperti
FFP2 atau N95
setara.
Ketika mengenakan respirator partikulat
disposable, periksa selalu kerapatannya (fit
test)
6. Memakai pelindung mata (yaitu kacamata
google)
7. Menggunakan headcap (pelindung
kepala), bila diperlukan menggunakan face
8. shield Memakai sarung tangan luar,
diusahakan menutupi lengan gaun
Gugus Tugas Percepatan Penanganan Covid-19. Standar PDS PatKLIn. Panduan Tatalaksana Pemeriksaan TCM dan
APD untuk Penanganan Covid-19 di Indonesia PCR SARS-CoV- 5
PREANAL
ITIK

8
 VIR TRANS MED (VT AT UNIVERSAL TRANSPOR
US POR IA M) AU MEDIA (UTM)
1. Dapat digunakan dengan beberapa merk
komersil yang sudah siap pakai atau
dengan mencampur beberapa bahan
(Hanks BBS; antifungal dan antibiotik
dengan komposisi tertentu) untuk disatukan
dalam 1 wadah steril
2. Simpan dalam suhu -20o C. Dalam
kondisi
beku,akan
3. Jika VTM digunakan,
berwarna kuning
dicairkan terlebih
dahulu
4. Hindar beku cair berulang (freeze-thaw),
iyang menyebabkan VTM rusak

Catatan:
Perhatikan suhu penyimpanan VTM yang
Swab yang digunakan: benar
Dakron atau flocked swab, viscous, (sesuai jenis VTM yang digunakan)
rayon Beberapa VTM harus disimpan pada suhu 2 -
TIDAK BOLEH: 30ºC, atau -20ºC
Calcium alginat, swab kapas dengan tangkai kayu PDS PatKLIn. Panduan Tatalaksana Pemeriksaan TCM dan PCR SARS- 9
CoV-2.
 TA CA PENGAMB SPESI
TA RA ILAN MEN

Swab Nasofaring Swab Orofaring Sputum

1. Pastikan tidak ada obstruksi (hambatan Lakukan swab pada a) Pasien berkumur terlebih dahulu
pada lubang hidung).
lokasi yang diduga dengan air, kemudian pasien
2. Masukkan secara perlahan swab ke dalam diminta mengeluarkan dahaknya
hidung, pastikan posisi swab pada septum terdapat koplik dengan cara batuk yang dalam.
bawah hidung, secara perlahan-lahan ke spot/bercak kopli b) Sputum ditampung pada wadah
bagian nasofaring. k
(biasanya belakang steril yang anti bocor.
Catatan: Tidak disarankan
3. Swab kemudian dilakukan gerak memutar faring) dan hindarkan pengambilan sampel sputum dengan
secara perlahan. Dengan swab yg sama,
lakukan tindakan yang sama pada lubang
menyentuh bagian cara induksi karena dapat
menimbulkan risiko infeksi tambahan
hidung yang lain, sehingga diperoleh lidah bagi petugas kesehatan
spesimen swab nasopharyng dari ke dua
lubang hidung PDS PatKLIn. Panduan Tatalaksana Pemeriksaan TCM dan PCR SARS- 11
CoV-2.
TA CA PENGAMB SPESI
TA RA ILAN MEN

1. Kemudian masukkan sesegera mungkin ke 1. Pastikan label kode spesimen sesuai dengan
dalam cryotube yang berisi VTM kode yang ada di formulir/Kuesioner.
2. Putuskan tangkai plastik di daerah mulut 2. Cryotube kemudian dililit parafilm dan
cryotub agar cryotub dapat ditutup masukka ke dalam Plastik Klip. Jika ada lebih
edengan rapat. e ndari 1 pasien, maka Plastik Klip
dibedakan/terpisah. Untu menghindari
kontaminasi silang. k

PDS PatKLIn. Panduan Tatalaksana Pemeriksaan TCM dan PCR SARS- 12

CoV-2.
PENYIMPANAN
SPESIMEN
1. Untuk pemeriksaan metode TCM:
­Disimpan pada suhu ruang (15-30⁰C) spesimen stabil hingga 8 jam
­Disimpan pada lemari es (2-8 C) spesimen stabil hingga 7 hari
⁰
2. Untuk pemeriksaan metode PCR:
­ Disimpan dalam suhu 2-8oC dan segera dikirimkan ke laboratorium
rujukan (dengan menggunakan ice pack).
­ Disimpan pada freezer ≤ -70⁰C, maka spesimen harus dikirimkan
menggunakan dry ice.

PDS PatKLIn. Panduan Tatalaksana Pemeriksaan TCM dan PCR SARS- 13

CoV-2.
 PENGEPA SPESI
KAN MEN

CARA PENGEPAKAN
a) Dilakukan tatalaksana sebagai UN3373, SPESIMEN:
a) Masukkan cryotube berisi
"Substansi Biologis, Kategori B", ketika akan spesimen dalam plastik klip
diangkut/ditransportasikan dengan tujuan ke
per spesimen. Jika menggunakan
diagnostik atau investigasi. pot maka setiap pot dapat diisi
b) Semua spesimen harus dikemas untuk mencegah
beberapa cryotube
kerusakan dan tumpahan, dengan menggunakan b) Demikian juga untuk swab,
tiga lapis (Three Layer Pacakging) sesuai harus
pedoman
dengan dari WHO dan International Air
Transport Association (IATA). dikirim dalam plastik klip
secara
terpisah (per pasien/spesimen)
PDS PatKLIn. Panduan Tatalaksana Pemeriksaan TCM dan PCR SARS- 14
CoV-2.
 c) Seluruh spesimen dimasukkan ke dalam cool box
berisi ice pack yang terlebih dahulu
PENGEPA SPESI dibekukan.
d) Suhu pengiriman dijaga 2-8° C
KAN MEN Ice packs sebaiknya ditempatkan pada sisi kiri
kanan (ditambahkan juga bagian atas bawah jika
e) memungkinkan).
Harus
kondisi dapat dipastikan
suhunya bahwa spesimen
tetap dingin terjagadi
saat diterima
laboratorium pemeriksa
f) Jangan lupa masukkan
juga formulir kuisioner
yang
telah diisi dan diberi
label kedalam cool box
g)
dengan terlebih dahulu
pengganjal
dimasukkan (bisa dalam berupa kertas koran yang
wadah
diremas remas), kemudian ditutup
h) plastik
Tutup cool box dengan selotip
Ke dalamlabel
dan beri coolpadaboxsisijuga
kananbisa dimasukkan
kertas
dan atau kiri cool box, yang
PDS PatKLIn. Panduan Tatalaksana Pemeriksaan TCM dan PCR SARS- 15
CoV-2. ditujukan ke laboratorium
WAK PENGAMBILAN
TU SPESIMEN Laboratorium pemeriksa
Kasus Waktu pengambilan

Hari ke-1 dan hari ke-2 serta bila

PDP
ada perburukan Sesuai Lampiran 19
Pedoman Pencegahan dan
Hari ke-1 dan hari ke-2 serta bila
OD Pengendalian Coronavirus
ada perburukan
P Disease (COVID-19)
Hari ke-1 dan hari ke-14 serta bila Kemenkes revisi 04

OT ada perburukan
G

PDS PatKLIn. Panduan Tatalaksana Pemeriksaan TCM dan PCR SARS- 16

CoV-2.
ANALI
TIK

17
TARG GE RT- SARS-
ET N PCR COV-2
Target gen yang digunakan
beberapa negara

Nama Alat Target Gene

Target gen alat CDC 2019-Novel Coronavirus (2019-nCoV)
N1, N2
PCR Real-Time RT-PCR Diagnostic Panel 1
komersial
Xpert® Xpress SARS-CoV- E dan N2
22
Abbott RealTime SARS-CoV-23 RdRP dan N
STANDARD M nCoV Real-Time Detection Orf1ab (RdRp) dan E
kit4
QIAstat-Dx® Respiratory SARS-CoV25 Orf1b poly gen (RdRp) dan E
Cobas SARS-CoV-26 Orf1a/b dan E 19
PAS ANALI
CA TIK

20
 INTERPRETASI DAN
PELAPORAN
Interpretasi dan pelaporan TCM
Interpretasi hasil
N2 E SPC Pelaporan Tindak lanjut
SARS-CoV-2 SARS-CoV-2
+ + ±
terdeteksi positif
Pelaporan sesuai alur Balitbangkes

SARS-CoV-2 SARS-CoV-2
+ - ± Pelaporan sesuai alur Balitbangkes
terdeteksi positif
Spesimen perlu diperiksa ulang di
Laboratorium pemeriksa COVID-19
yang
- + ± Presumptive positive Hasil belum dapat telah ditetapkan oleh Kementerian
SARS-CoV-2 disimpulkan Kesehatan RI dengan menggunakan
metode
RTPCR dengan target gen spesifik (N1,
SARS-CoV-2 tidak SARS-CoV-2 N2,
- - + Bukan SARS-CoV-2
terdeteksi negatif ORF 1 ab, RdRp)
- - - Hasil invalid Invalid Diulang menggunakan spesimen baru
21
Interpretasi dan pelaporan PCR 1
2019
2019
nCoV- RnP Interpretasi hasil Pelaporan Tindak lanjut
nCoV-N2
N1
SARS-CoV-2 SARS-CoV-2
+ + ± Pelaporan sesuai alur Balitbangkes
terdeteksi positif
Spesimen perlu diperiksa ulang di
Laboratorium pemeriksa COVID-19
Hasil belum yang
Hanya 1 yang
± Hasil belum dapat dapat telah ditetapkan oleh Kementerian
positif disimpulkan Kesehatan RI dengan menggunakan
disimpulkan metode RTPCR dengan target gen

SARS-CoV-2 spesifik (N1, N2, ORF 1 ab, RdRp)

SARS-CoV-2
- - + Bukan SARS-CoV-2
tidak terdeteksi negatif
Ulangi ekstraksi RNA dan RTPCR, bila
- - - Hasil invalid Invalid
hasil masih invalid, disarankan untuk
meminta spesimen yang baru dari pasien
22
Interpretasi dan pelaporan PCR 2
ORF 1
RdRp E Interpretasi hasil Pelaporan Tindak lanjut
a/b/ab
SARS-CoV-
+ + + 2 SARS-CoV-2 positif Pelaporan sesuai alur Balitbangkes
terdeteksi
SARS-CoV-
+ + 2 SARS-CoV-2 positif Pelaporan sesuai alur Balitbangkes
terdeteksi
SARS-CoV-
+ + 2 SARS-CoV-2 positif Pelaporan sesuai alur Balitbangkes
terdeteksi Spesimen perlu diperiksa ulang di
Laboratorium pemeriksa COVID-19 yang
Presumptive Hasil belum dapat telah
-
+ (inconclusiv disimpulka ditetapkan oleh Kementerian Kesehatan RI
e) n
dengan menggunakan metode RTPCR
dengan target gen
Spesimen spesifik
perlu (N1,ulang
diperiksa N2, ORF
di 1
ab, RdRp)COVID-19 yang
Laboratorium pemeriksa
Presumptive Hasil belum dapat telah
- + (inconclusiv disimpulka ditetapkan oleh Kementerian Kesehatan RI
e) n
dengan menggunakan metode RTPCR
SARS-CoV-2 tidak SARS-CoV-2 dengan target gen spesifik (N1, N2, ORF 1
- - - Bukanab,SARS-CoV-2
RdRp)
terdeteksi negatif
23
CONT PELAPO PCR
OH RAN COVID-19
Nama pasien : Umur :
Alamat pasien : Telepon :
Dokter : No. :
pengirim : registrasi
Waktu registrasi:
Instansi
pengirim
JENIS HASIL NILA NORMAL
PEMERIKSAAN Negatif I
PCR SARS-CoV-2
*CN (Cycle Number) atau CT (Cycle Threshold) value dapat digunakan untuk pemantauan
penderita di ruangan dilakukan PCR serial (setara dengan viral load)
yang

24
TA HOME
KE MESSAGE
Wajib menggunakan APD Level 3

BSL-2 bertekanan negatif atau BSC2A tergantung jenis

PCR (open/closed system) yang digunakan termasuk
jenis ekstraksi (manual/otomatis)

Perhatikan preanalitik, analitik dan pasca analitik

(interpretasi hasil)

25
 Berbagai Panduan COVID-19 oleh PDS PatKLIn
TANGGAL PANDUAN
7 Maret 2020 Manajemen Spesimen Dan Diagnosis Laboratorium Kasus
Suspek 2019-nCoV
7 Maret 2020 Pencegahan Dan Pengendalian Infeksi Pada Suspek Infeksi
2019-nCoV
19 Maret 2020 Press Release Kewaspadaan Tes Cepat (Rapid Test)
COVID-19 Igm/Igg Berbasis Serologi
21 Maret 2020 Alur Pemeriksaan Rapid Test Sars-Cov-2 (COVID-
19)
Usulan PDS
25 Maret Patklin Panduan Tatalaksana Pemeriksaan Rapid Test Antibody
2020
Sars-cov-2 Metode Imunokromatografi
20 April 2020 Daftar Rapid Test Serologi COVID-19 Yang Sudah
Terdaftar di FDA Negara
21 April 2020 Revisi Panduan Pemeriksaan Rapid Test Antibodi Metode
Imunokromatografi
22 April 2020 Panduan Tatalaksana Pemeriksaan Tes Cepat Molekuler
(TCM) dan Polymerase Chain Reaction (PCR) SARS- 26