CHAPTER 6

KIMIA BIOFISIK
KEKUATAN YANG MEMPENGARUHI
KOMFORMASI DALAM MOLEKUL
BIOLOGIS

Priyosetyoko
24030120420007
 Ikatan Kimia
Gaya Yang Mempengaruhi Konformasi dalam Biomolekul
Gaya muatan-muatan
Gaya dipol
Ikatan Hidrogen dan Air
Overview
Struktur Cincin Aromatik: Interaksi Kation-Pi dan Tumpukan
Kekuatan Dispersi
Interaksi Sterik
Interaksi Hidrofobik
Interaksi Hidrofilik
  Ikatan yang menghubungkan antar atom dalam molekul
 Banyak jenis ikatan dan gaya yang memengaruhi lokasi
atom dalam suatu molekul yang mempengaruhi konformasi
Ikatan kimia dari molekul
 Ikatan kimia antara dua atom selalu melibatkan satu atau
lebih atom elektron terluar atom
 Elektron terluar inilah yang berperan dalam ikatan kimia
disebut elektron valensi
 Ada dua jenis ikatan kimia : Ikatan Kovalen dan Ikatan Ionik
 Ikatan kovalen terjadi ketika satu atau lebih dari elektron
valensi dari masing-masing atom dibagi antara dua atom
 ikatan ionik terjadi ketika satu atau lebih dari elektron valensi
sepenuhnya dipakai dari sebuah atom dan disumbangkan
ke atom yang berdekatan
 Sebagai pengingat, (Anda mungkin pernah mendengar ini
sebelumnya di pengantar pelajaran kimia atau fisika) bahwa
orbital elektron inti sebagai semacam awan elektron
 Setiap elektron bergerak sangat cepat dalam orbital inti yang
arahnya berbeda
 Dari mekanika kuantum dapat kita lihat, bahwa awan mewakili
probabilitas menemukan elektron pada titik tertentu dalam ruang
 Semakin tebal awan pada titik tertentu, semakin tinggi
probabilitas menemukan elektron pada saat itu kapan saja.
Pergerakan
dalam Ikatan
kimia dan
Konformasi
Molekuler
 Gerakan pegas (bending, compression, extension, and twisting)
terjadi sebagai kekuatan pemulih, berfungsi untuk
mengembalikan atom-atom kembali ke posisi semula
 Semua gerakan itu mempengaruhi dalam proses konfomasi dari
biomolekul
 Semua gaya yang mempengaruhi konformasi dalam biomolekul
dihasilkan dari atraksi atau tolakan tergantung pada keadaan
 Ikatan kovalen memainkan peran utama dalam menentukan
struktur utama biomolekul
 Van der waals gaya antar molekul untuk ikatan yang non kovalen
dan ikatan non ionik
  Gaya antara dua muatan elektrostatik
Dalam gaya
dikenal hukum
Coloumb’s
 Dengan
 F = Gaya
 K = Konstantan
 Q = Muatan
 R = jarak
 Dalam biofisika, kita paling sering tertarik pada jumlah energi
potensial, yang dihasilkan dari kekuatan molekul
 Energi yang dihasilkan dari suatu gaya molekul tersebut
berkontribusi terhadap energi Gibbs
  Dipol listrik didefinisikan sebagai dua muatan yang sama dan
berlawanan yang dipisahkan oleh jarak yang tetap
 Dalam banyak molekul netral, muatan tidak terdistribusi secara
merata dalam molekul
 Hal ini disebabkan oleh bagian molekul yang berbeda yang
Gaya dipol terionisasi secara berbeda
 Dalam biofisika perilaku suatu molekul atau bagian dari suatu
molekul sangat mudah diperkirakan dengan memperlakukannya
sebagai dipol listrik.
  Harga gaya dipol
Interaksi yang  Gaya dipol-dipol
melibatkan  Induksi dipol:
gaya dipol  Gaya dipol yang diinduksi oleh muatan
 Gaya dipol yang diinduksi oleh dipol
  Misalkan kita memiliki molekul netral tetapi polar (atau bagian
Harga Dipol dari molekul). Kita dapat mewakili molekul ini sebagai dipol dari
dua muatan yang berlawanan qd+, qd- dibagi dengan jarak
  Rata-rata termal karena merupakan gerakan acak molekul dalam
larutan karena energi panas.
Rata-rata  Energi potensial rata-rata memiliki hubungan terbalik dengan
suhu
Thermal  Rata-rata energi potensial dipol berbanding terbalik dengan gaya
keempat jarak antara muatan dan dipol
Gaya dipol-dipol
 Energi potensial antara dua dipol dapat dinyatakan
Rata-rata
harga termal
dalam
interaksi dipol-
dipol
  Gaya dipol yang diinduksi oleh muatan

 Gaya dipol yang diinduksi oleh dipol

Induksi dipol
  Air adalah molekul yang menakjubkan dan penting
 Air adalah molekul yang sangat polar
Ikatan Hidrogen  Molekul air berbentuk seperti V
dan Air  Molekul air mempunyai muatan negatif di tengah dan muatan
positif di ujung
  Sifat dipol air yang permanen menyebabkan molekul air
menarik satu sama lain dan berbaris dengan susunan yang
teratur
 Gaya tarik menarik antara atom hidrogen bermuatan positif
pada satu molekul air dan atom oksigen bermuatan negatif
pada molekul lain disebut ikatan hidrogen yang
Air mengandung energi potensial
 Ikatan hidrogen secara efektif merupakan interaksi untuk
mengisi daya dengan posisi dipol bebaris ujung ke ujung
  Air bukan satu-satunya molekul yang mampu
mengikat hidrogen
 Atom hidrogen tunggal adalah nonpolar
 Molekul hidrogen juga nonpolar yang terdiri dari
Ikatan Hidrogen dua atom hidrogen yang terikat bersama dalam
ikatan nonpolar.
 Atom hidrogen selalu terikat secara kovalen
dengan atom selain hidrogen yang jauh lebih
besar
 Sifat fisik yang menggambarkan jumlah tarikan yang memiliki
elektron tertentu adalah electonegativity.
 Dalam biomolekul : Atom Nitrogen dan Oksigen, protein dalam
DNA dan biomolekul lain di mana hidrogen berada terikat secara
kovalen dengan oksigen atau nitrogen dalam ikatan yang sangat
polar
 Ikatan hidrogen dalam biomolekul dapat terbentuk antara
berbagai bagian molekul yang sama, Contoh : antara bagian
protein terlipat
 Ikatan hidrogen yang terbentuk antara dua molekul yang berbeda
karena air yang mengelilinginya, Contoh : Ikatan protein pada
DNA
 semua jenis interaksi ikatan hidrogen berperan penting dalam
konformasi dan fungsi biomolekul
  Cincin aromatik terbentuk dari interaksi Kation-Pi dan
Struktur cincin penumpukkan beberapa molekul yang terikat dengan
beberapa atom secara kovalen.
aromatik :  Struktur cincin aromatik memilki karakteristik atau
Interaksi bentuk tertentu. Misal segi enam, segi lima dan zig-zag.
 Orbital pi adalah salah satu nama untuk mendefinisikan
Kation-Pi dan secara matematis bagian dari awan elektron
Penumpukan  Cincin aromatik merupakan fakta bahwa setiap atom
dalam cincin menghasilkan setidaknya satu elektron pi.
  Interaksi kation pi dari struktur aromatik memiliki dua fitur unik
yang mempengaruhi cara berinteraksi dengan molekul yang lain.
interaksi 1.Dua atom secara kovalen terikat secara bersama sama dengan
elektron
kation Pi 2.Elektron pi didistribusikan terutama di atas dan di bawah bidang
cincin dengan orbital sigma
  Rumusan matematika yang mirip dengan interaksi dipol yang
diuraikan menunjukkan bahwa energi interaksi kation-pi
Interaksi menurun sebanding dengan kubus jarak dan proporsional satu
Kation Pi sama lain.
 =1/r3
 Fluktuasi dalam awan elektron pi dari satu cincin dapat
menyebabkan fluktuasi timbal balik pada cincin lainnya.
Stacking Awan elektron bergerak bolak balik di antara wilayah permukan
atau penumpukan cincin dalam gerakan harmonis seperti pegas atau jungkat jungkit
 Jika polarisasinya memungkinkan fluktuasi dalam satu
struktur maka akan menginduksi fluktuasi yang lain dalam
struktur aromatik yang berdekatan
Dispersi Sekumpulan molekul yang muncul dari distribusi muatan
fluktuatif yang tidak selaras disebut gaya dispersi
  Interaksi sterik atau tolakan sterik hanyalah istilah yang
menggambarkan atom atau molekul yang bertabrakan satu sama
lain
Interaksi Sterik  Energi tolakan sterik bervariasi dapat dituliskan 1/r12
 Energi potensial, atau fungsi energi bebas, dari interaksi sterik
digabungkan dengan gaya dispersi ditunjukkan sebagai struktur
molekul saling mendekati, kemudian menciptakan daya tarik
yang dapat menimbulkan penurunan energi.
 Sebagai molekul bergerak lebih dekat kemudian awan elektron
mulai saling menembus dan energi potensial naik tajam. Ini
adalah interaksi sterik.
 Interaksi yang tidak melibatkan kekuatan fisik tunggal
Misal pada pernyataan “minyak dan air tidak dapat
Interaksi bercampur”. Interaksi antara air dan zat nonpolar seperti
minyak disebut dengan efek atau interaksi hidrofiobik
Hidrofobik
 Struktur hidrofilik adalah yang mengikat hidrogen dengan air
Interaksi Misal molekul protein sering mengandung struktur hidrofilik.
hidrofilik
Terimakasih