Nama : Dita Isnaini Prabawati

Nim

:132210101108

Tugas : TDR I
1. 15 contoh enzim retrisi yang berkaitan dengan recognition squence, mikroorganisme,
dan bentuk atau tipe pemotongan.
Jawab:
No

Enzim

Mikroorganisme

Recognition
Sequence

Bentuk
Pemotongan

Cla I

Caryophanon latum L

ATCGAT

Sticky

Sma I

Serratio marcescens S

CCCGGG

Blunt

Sau3A

Staphylococcus aureus 3A

GATC

Sticky

Kpn I

Klebsiella pnumoniae OK8

GGTACC

Sticky

Xba I

Xanthomonas badrii

TCTAGA

Sticky

Dde I

Desulfovibrio desulfuricans

CTNAG

Sticky

Mbo I

Moraxella bovis

GATC

Sticky

Hind II

Haemophilus influenzae P1

GGCC

Sticky

Dra I

Deinococcus radiophilus

TTTAAA

Blunt

10

Not I

Nocardia otitidis-caviarum

GCGGCCGC

Sticky

11

Nla III

Neisseria lactamica

CATG

Sticky

12

Apa I

Acetobacter pasteurianus

GGGCCC

Sticky

13

Fnu4H I

Fusobacterium nucleatum 4H

GCNGC

Sticky

14

Nde I

Neisseria Dentrificans

CATATG

Sticky

15

Pst I

Providencia stuartii

CTGCAG

Sticky

2. Berdasarkan fungsinya, vektor dibagi menjadi dua yaitu vektor Kloning dan vektor
ekspresi. Carilah satu buah peta vektor dan berikan keterangan fungsi dari vektor
tersebut.
Jawab:

Vektor : vektor ekspresi berfungsi untuk menghasilkan protein rekombinan.

Origin of replication ( ori ) : pBR322 ori. Berfungsi sebagai daerah mikroorganisme

yang akan memperbanyak diri.

Selectable marker : Kanamycin dan hygromicyn. Berfungsi sebagai penanda bahwa

vektor tersebut tahan terhadap antibiotik kanamycin dan hygromycin.

Multiple cloning site : berfungsi sebagai daerah dengan beberapa enzim restriksi
yang menyediakan situs kloning untuk penyisipan gen.

Promoter : 35S promoter ( elemen ekspresi ). Merupakan daerah pada

deoxyribonucleic acid (DNA) sebagai tempat perlekatan RNA Polimerase yang
mengawali proses transkripsi.

3. Carilah vektor selain vektor Plasmid dan berikan penjelasan secara singkat deskripsi
vektor tersebut.
Jawab:
Macam-macam vektornya yaitu Bakteriophage vector, Cosmid vector, Bacterial Artificial
Chromosomes (BACs), YEPs vector.
a. Bakteriophage vector

Bakteriofag adalah virus yang sel inangnya berupa bakteri. Dengan daur hidupnya
yang bersifat litik atau lisogenik bakteriofag dapat digunakan sebagai vektor kloning
pada sel inang bakteri.

Ada beberapa macam bakteriofag yang biasa digunakan sebagai vektor kloning. Dua
di antaranya adalah Bakteriofag I yang merupakan virus kompleks yang menginfeksi
bakteri E.coli dan Bakteriofag MI3 yang mempunyai struktur berupa filamendan
yang paling penting mempunyai genom berupa untai tunggal DNA sirkuler
sepanjang 6.408 basa.
b. Cosmid vektor
Kosmid merupakan vektor yang dikonstruksi dengan menggunakan kos dari DNA
dengan plasmid. Kemampuannya untuk membawa fragmen DNA sepanjang 32
hingga 47 kb menjadikan kosmid lebih menguntungkan daripada fag dan plasmid.
Sebuah kosmid adalah jenis plasmid hibrida yang berisi fag cos berurutan. Kosmid
sering digunakan sebagai vektor kloning dalam rekayasa genetika. Kosmid juga
dapat digunakan untuk membangun perpustakaan genom.
Kosmid dapat berisi 37-52 (biasanya 45 ) kb DNA, sedangkan plasmid normal
mampu membawa hanya 1-20 kb. Mereka dapat meniru sebagai plasmid jika mereka
memiliki asal-usul yang cocok replikasi. Mereka sering juga mengandung gen untuk
seleksi seperti resistensi antibiotik, sehingga sel-sel transfected dapat diidentifikasi
dengan plating pada media yang mengandung antibiotik. Sel-sel yang tidak
mengambil kosmid tidak akan mampu untuk tumbuh.
Tidak seperti plasmid, mereka juga dapat dikemas dalam capsids fag, yang
memungkinkan gen asing yang akan ditransfer ke dalam atau antara sel dengan
transduksi. Plasmid menjadi tidak stabil setelah sejumlah DNA telah dimasukkan ke
dalam mereka, karena ukuran mereka meningkat lebih kondusif untuk rekombinasi.
Untuk menghindari hal ini, fag transduksi digunakan sebagai gantinya. Hal ini
dimungkinkan oleh ujung kohesif, juga dikenal sebagai cos situs. Dengan cara ini,

mereka mirip dengan menggunakan fag lambda sebagai vektor, tetapi hanya bahwa
semua gen lambda telah dihapus dengan pengecualian dari urutan cos.

c. Bacterial Artificial Chromosomes (BACs)

Kromosom buatan bakteri juga dikenal sebagai BAC adalah vektor yang digunakan
untuk mengkloning sepotong DNA target dan ditanam di kandungan bakteri. Vektor
adalah pembawa yang juga terbuat dari DNA. Vektor bertindak sebagai tuan rumah
induk, yang banyak bertindak seperti panduan untuk melaksanakan gen dari kloning.
Kromosom buatan bakteri dapat sebagai besar sebagai serangga. Untuk memperkuat
gen, urutan DNA harus diekstrak dari sumber yang diinginkan dengan menggunakan
enzim restriksi untuk membelah vektor dan DNA target dan melampirkan ke dalam
bakteri inang. Plasmid bakteri biasanya memainkan peran penting dalam proses
kloning karena mereka juga terbuat dari DNA dan mereka dapat kompatibel dengan
gen eksperimental. Vektor juga mengandung asal replikasi di mana replikasi dimulai
di lokasi vektor dan lanjutkan dengan sampel terpasang.
BACs digunakan sebagai vektor, sehingga berbeda dengan kosmid dan plasmid,
yang kloning lebih besar segmen genom . Ini berisi -cos N dan P1 asap P situs yang
dikenal situs pembelahan dan dua antarmuka untuk enzim restriksi (Hind III dan
Bam HI) dan beberapa antarmuka GC, seperti SFI I dan Tidak I. Menggunakan BAC
itu adalah tentang kemungkinan probe RNA untuk membangun dan sangat cocok
untuk pengenalan segmen genom di E. coli. BACs mungkin memiliki ukuran sekitar
300 kbp jangkauan dan sangat stabil (> 100 generasi). Wang et al. dimulai pada
tahun 1995 dengan bantuan pustaka genom BAC beras dengan rata-rata
Insertionslngen dari 125 kbp. Perkembangan recombineering teknologi sekarang

membuat modifikasi BAC cepat dan akurat, misalnya. Misalnya untuk menghasilkan
tikus knockout.
d. YACs Vector

Seperti halnya kosmid, YACs (yeast artifisial chromosomes atau kromosom buatan
dari khamir) dikonstruksi dengan menggabungkan antara DNA plasmid dan segmen
tertentu DNA kromosom khamir. Segmen kromosom khamir yang digunakan terdiri
atas sekuens telomir, sentromir, dan titik awal replikasi. YACs dapat membawa
fragmen DNA genomik sepanjang lebih dari 1 Mb. Oleh karena itu, YACs dapat
digunakan untuk mengklon gen utuh manusia, misalnya gen penyandi cystic fibrosis
yang panjangnya 250 kb. Dengan kemampuannya itu YACs sangat berguna dalam
pemetaan genom manusia seperti yang dilakukan pada Proyek Genom Manusia.
Salah satu tujuan dari genetika molekuler adalah untuk memperoleh data fisik
tentang organisasi genom membentang panjang DNA. Secara tradisional, data ini
telah diperoleh oleh teknik yang disebut kromosom berjalan. Kaki dilakukan dengan
subcloning akhir lamda atau kosmid clone dan skrining perpustakaan untuk klon lain
yang mengandung informasi urutan yang sama. Jika klon baru ini tumpang tindih
sebagian dari klon asli, maka panjang DNA bunga diperpanjang oleh panjang DNA
di clone kedua yang tidak ditemukan di clone asli. Dengan melakukan langkahlangkah kali berturut-turut, peta jarak jauh dapat diperoleh. Teknik ini meskipun
memiliki kesulitan. Pertama, setiap langkah secara teknis lambat. Kedua, jika Anda
menggunakan lambda atau kosmid klon, Anda mungkin hanya memperpanjang
daerah bunga sebesar 5-10 kb dalam setiap langkah berjalan. Akhirnya, jika salah

satu klon yang diperoleh urutan berisi berulang, subclone bisa membawa Anda ke
daerah lain dari genom yang tidak berdekatan dengan daerah bunga.
Ragi kromosom buatan dapat mengurangi beberapa masalah ini karena besar jumlah
(100-1000kb) dari DNA yang bisa digandakan. Pertama-tama, YACs tidak dapat
mempercepat setiap langkah dari jalan karena subcloning dan langkah skrining
hanya dapat dilakukan begitu cepat. Tapi mereka dapat memecahkan dua masalah
lainnya. Karena mereka membawa sejumlah besar DNA, setiap langkah dapat
dengan mudah memperpanjang daerah bunga sebesar 50-100 kb dan sampai
sebanyak 500 kb. Dengan demikian peta jarak jauh dari wilayah tersebut dapat
diperoleh dalam beberapa langkah. Kedua, meskipun daerah berulang mungkin 1020 kb panjang mereka jarang, lebih lama dari 50 kb. Jadi YAC dengan 100KB akan
berisi beberapa wilayah yang salinan tunggal yang dapat digunakan untuk langkahlangkah lebih lanjut dalam berjalan.
Fitur YACs merupakan DNA besar (> 100 kb) yang diikat antara dua lengan. Setiap
lengan berakhir dengan yeasttelomere sehingga produk dapat distabilkan dalam sel
ragi. Menariknya, YACs lebih besar lebih stabil daripada yang lebih pendek, yang
mendukung kloning membentang besar DNA. Satu lengan berisi urutan otonom
replikasi (ARS), sentromer (CEN) dan penanda aselectable (trp1). Lengan lain berisi
penanda dipilih kedua (ura3). Penyisipan DNA ke dalam situs kloning
menginaktivasi mutan dinyatakan dalam DNA vektor dan koloni ragi merah muncul.
Transforman diidentifikasi sebagai orang-orang koloni merah yang tumbuh di sel
ragi yang mutan untuk trp1 dan ura3. Hal ini memastikan bahwa sel telah menerima
kromosom buatan dengan kedua telomere (karena komplementasi dari dua mutan)
dan kromosom buatan mengandung menyisipkan DNA (karena sel merah).