Bakteri Nitrobacter winogradsky

1. Klasifikasi Nitrobacter winogradsky

Nitrobacter merupakan bakteri nitrifikasi karena merupakan bakteri yang
mengubah nitrit menjadi nitrat. Klasifikasi bakteri dari genus Nitrobacter menurut
Starkenburg et al. (2006) adalah sebagai berikut:
Kingdom: Monera
Phyllum: Probacteria
Class: Alpha Probacteria
Order: Rhizobiales
family: Bradyrhizobiaceae
Genus: Nitrobacter
Species: N. winogradskyi

Koloni Nitrobacter winogradsky

2.Karakteristik Nitrobacter winogradsky (Morfologi, fisiologi dan dan sumber

energy)s
Nitrobacter winogradskyi adalah spesies bakteri yang berbentuk batang,
(panjang

0.6-4

m),

dan

termasuk

bakterigram

negatif,

dan

chemoautotrophic.
Nitrobacter winogradskyi berperan penting dalam siklus nitrogen dengan
mengoksidasi nitrit menjadi nitrat dalam tanah maupun perairan.
Nitrobacter winogradskyi menggunakan energi dari oksidasi ion nitrit,
NO2-, menjadi ion nitrat, NO3-, untuk memenuhi kebutuhan energy.
Nitrobacter winogradskyi melakukan oksidasi menjadi karbondioksida
melalui siklus Calvin untuk kebutuhan karbon

 Nitrobacter winogradskyi berbentuk batang, seperti buah pir atau

pleomorfik.
Sel biasanya berkembang biak dengan tunas (Holt et al., 1993).
Spesies Nitrobacter winogradskyi adalah gram negatif
ukuran mikroba ini berkisar antara 0,6-4,0 mikron panjang.
Bakteri ini adalah aerob obligat dan tidak dapat berkembang biak atau

mengkonversi amonia atau nitrit dalam ketiadaan oksigen.

Bakteri Nitrobacter winogradskyi termasuk bakteri nitrifikasi yang
memiliki waktu generasi panjang karena hasil energi rendah dari reaksi
oksidasi. Karena sedikit energi yang dihasilkan dari reaksi ini mereka telah
berevolusi menjadi sangat efisien dalam mengkonversi amonia dan nitrit.

Nitrobacter winogradskyi (Wisconsin-Madison,

2006)
Termasuk bakteri litotrof yang berperan sebagai pengoksidasi nitrit cukup
lambat.Waktu pembentukan bervariasi mulai dari jam 8 hingga beberapa
hari. Pertumbuhan dipengaruhi oleh kondisi substrat, suhu, pH, cahaya dan
konsentrasi oksigen.
Nitrobacter memiliki peranan penting dalam siklus nitrogen dengan cara
mengoksidasi nitrit menjadi nitrat.
Bakteri ini memiliki pH optimal antara 7,3-7,5.

 Oksidasi nitrit dalam Nitrobacter winogradskyi dimediasi oleh enzim

oksidoreduktase Enzim NXR dari Nitrobacter winogradskyi yang berbeda
spesies memiliki homologi serologi Hasil analisis urutan genom yang
lengkap menunjukkan bahwa N. winogradskyi Nb - 255T selain memiliki
gen nxrA (nxrA1) dan nxrB (nxrB1) yang terletak di nxrAXB cluster, juga
memiliki tambahan gen nxrA (nxrA2) dan nxrB (nxrB2) yang dipisahkan
pada titik-titik yang jauh dalam genom. Kedua salinan nxrA sebanyak 94
% dan nxrB 97 %. Saat ini, hanya terbatas pada jumlah sekuens gen nxr
yang tersedia dan tidak ada primer yang memperkuat gen ini yang telah
dijelaskan dalam literature (Vanparys et al., 2007).
Suhu optimal untuk pertumbuhan bakteri inii adalah antara 77-86 F (2530 C). Tingkat pertumbuhan akan menurun sebesar 50% pada suhu 64F
(18 C) dan tingkat pertumbuhan juga akan menurun sebesar 75% pada
suhu 46-50 F. Sedangkan tidak ditemukan adanya kegiatan pada suhu 39
F (4C). Bakteri nitrifikasi akan mati pada suhu 32F (0 C) dan juga
akan mati pada suhu 120 F (49 C).
Nitrobacter winogradskyi kurang toleran terhadap suhu rendah. Dalam
sistem air dingin, perawatan harus dilakukan untuk memantau akumulasi
nitrit (Holt et al., 1994; Magdalena, 2009)
Tidak satupun dari family Nitrobacteraceae mampu membentuk spora.
Mereka memiliki cytomembrane kompleks (dinding sel) yang dikelilingi
oleh matriks lendir.
Semua spesies memiliki keterbatasan rentang toleransi dan secara
individual sensitif terhadap pH, kadar oksigen terlarut, garam, temperatur,
dan bahan kimia penghambat. Tidak seperti spesies bakteri heterotrofik,
mereka tidak bisa bertahan hidup setiap proses pengeringan tanpa
membunuh organisme.
Ketika alam air, mereka bisa bertahan hidup jangka pendek kondisi buruk
dengan memanfaatkan bahan yang disimpan di dalam sel. Ketika bahanbahan habis, bakteri mati.
Termasuk bakteri motil dan motil dengan flagella polar sampai subpolar
atau peritrik..
berkoloni pada media seperti kerikil, pasir, atau media sintetik lain,
memerlukan oksigen untuk mengkonversi senyawa anorganik sebagaai
sumber energinya, dan memerlukan CO2 sebagai sumber karbon. Rasio

reproduksi sangat lambat (waktu generasi 20-40 jam) (Holt et al., 1994;
Magdalena, 2009).

Menurut Yoshida (1967) dalam Spotte (1979), menyatakan

bahwa pertumbuhan optimum bakteri nitrifikasi dalam air laut pada suhu
27-28C. Kawai et al. (1979) dalam Spotte (1979), mengatakan aktivitas
bakteri nitrifikasi menurun dengan meningkatnya atau menurunnya
salinitas di mana bakteri tersebut tetap hidup (ambient salinity). Oksidasi
amonia dan nitrit Iebih efisien terjadi pada kondisi aerob. Bakteri
Nitrobacter mempunyai lingkungan hidup sebagai autrotrof di dalam air
tawar, air payau dan air laut. Genus Nitrobacter selnya berbentuk batang
pendek, sering berbentuk beji dengan penutup polar dari cytomembranne
(Buchanan dan Gibbons, 1974). Hidup dalam lingkungan kisaran pH 6,58,5 dan kisaran suhu 5-40C, habitatnya di tanah, air tawar dan air laut.

Bakteri nitrifikasi mereproduksi dengan pembelahan biner.

Nitrobacter winogradskyi mengalami pembelahan biner dalam kurun
waktu setiap 13 jam untuk sekali fase reproduksi. Lebih realistis, mereka
akan berlipat ganda setiap 15-20 jam. Ini adalah waktu yang sangat lama
mengingat bahwa bakteri heterotrofik dapat dua kali lipat dalam waktu
sesingkat sebagai 20 menit.

C. Habitat dan Penyebaran

Nitrobacter winogradskyi menggunakan energi dari oksidasi ion

nitrit (NO2) menjadi ion nitrat (NO3) untuk memenuhi kebutuhan

karbonnya. Nitrobacter hidup pada pH optimum antara 7,3 dan 7,5 serta
akan mati pada suhu 120F (49C) atau di bawah 32F (0C). Menurut
Grundman et al.(2000) bahwa Nitrobacter tumbuh optimal pada suhu 38C
dan pH 7,9. Akan tetapi, Holt (1993) menyatakan bahwa Nitrobacter
tumbuh optimal pada suhu 28C dan ph antara 5,8-8,5 dan memiliki pH
optimal antara 7,6-7,8. Nitrobakter termasuk bakteri aerob, pada umumnya
berbentuk batang, seperti pir atau pleomorfhic dan berkembang biak
dengan budding.

Spotte (1979) menyatakan, bahwa nitrifikasi adalah oksidasi

ammonia secara biologis menjadi nitrit dan nitrat oleh bakteri autrotrop.
Nitrosomonas sp. dan Nitrobacter sp. adalah kemungkinan genera yang terpenting

dari bakteri autrotrop di datam air tawar, air payau dan air laut. Bakteri autrotrop
yang melakukan proses nitrifikasi membutuhkan senyawa anorganik sebagai
sumber energi dan karbondioksida sebagai sumber karbon. Nitrosomos sp dan
Nitrobacter sp. adalah bakteri autrotrop obligat yang tidak dapat mengoksidasi
subtrat selain dari pada NH4 dan NO2-.

Bakteri ini memperoleh energi dari mengubah nitrit menjadi nitrat.

Proses nitratasi sangat bergantung pada nitrit yang dihasilkan pada proses
nitrifikasi. Nitrit yang dihasilkan pada proses nitritasi akan diubah menjadi nitrat
oleh Nitrobacter. Hasil akhir dari proses nitrifikasi berupa nitrat yang merupakan
senyawa yang mudah diserap oleh tanaman (Grundmann et al., 2000).

D. Peranan bakteri Nitrobacter winogradskyi

Bakteri Nitrobacter winogradskyi yang terdapat di dalam tanah

secara umum adalah pengubahan nitrogen secara biologis di dalam tanah

dari bentuk tereduksi menjadi bentuk yang lebih teroksidasi atau dengan
kata lain oksidasi biologis garam amonium dalam tanah menjadi nitrit dan
selanjutnya oksidasi nitrit menjadi nitrat (Rao, 1994). Oksidasi amonia ke
nitrat dapat diselesaikan dengan 3 bentuk proses, yaitu proses kimiawi
(chemical), proses physicochemical, dan proses biologis (biological
chemical) yang merupakan proses yang amat penting. Mengenai proses
biologis dari amonia menjadi nitrat sesungguhnya berlangsung melalui 2
tingkatan, yang selanjutnya dikenal sebagai proses nitritasi dan nitratasi
(Sutedjo dkk., 1991).

Menurut Spotte (1979), nitrifikasi adalah proses oksidasi amonia

menjadi nitrit dan kemudian menjadi nitrat secara biologis oleh bakteri autotrof,
umumnya berasal dari genus Nitrosomonas sp. dan Nitrobacter sp. yang
merupakan genus yang terpenting dari bakteri autotrof. Bakteri autotrof yang
melakukan proses nitrifikasi membutuhkan senyawa anorganik sebagai sumber
energi dan karbondioksida sebagai sumber karbon. Nitrifikasi melalui dua tahapan
reaksi, yaitu tahap pertama oksidasi amonium menjadi nitrit yang dilakukan oleh
mikroba pengoksidasi ammonium (Nitrosomonas sp.), pada tahap kedua oksidasi

nitrit menjadi nitrat oleh mikroba pengoksidasi nitrit (Nitrobacter sp.). Tahapan
reaksi yang dilakukan oleh bakteri adalah sebagai berikut (Spotte, 1979):

Proses nitrifikasi

Apabila faktor-faktor yang berpengaruh terhadap proses nitrifikasi

pada dua tempat yang sama, proses tersebut tetap terhambat jalannya. Ternyata
hambatan ini disebabkan oleh populasi mikroba yang berbeda di kedua tempat.
Proses nitrifikasi biasanya berlangsung antara pH 5.5 sampai pH 10 dengan pH
optimum sekitar 8.5, tetapi juga diketahui bahwa nitrat dapat dihasilkan pada
tanah dengan pH 4.5 dan terdapat laporan bahwa proses nitrifikasi terjadi pada
padang rumput dengan pH 3.8. Nitrifikasi berlangsung lebih lambat dibandingkan
dengan pupuk amonium sebab ada pengaruh NH3 bebas terhadap kegiatan
mikroorganisme (Leiwakabessy et al., 2003)

Siklus nitrogen adalah proses perubahan nitrogen anorganik

menjadi nitrogen organik yaitu amonia (NH3), NO2, NO3 kemudian menjadi
nitrogen anorganik lagi. Nitrogen merupakan unsur penting dalam pembentukan
asam amino, asam nukleat baik ARN ataupun ADN. Nitrogen adalah komponen
gas yang paling banyak terkandung di atmosfer yaitu kurang lebih 80%. Nitrogen
yang ada di atmosfer ditemukan dalam bentuk N2 (gas Nitrogen) disebut sebagai
nitrogen anorganik (Setiapermana, 2006).

Unsur nitrogen di alam terdapat dalam bentuk gas, sedangkan di

tanah jumlahnya sangat sedikit, namun sangat dibutuhkan oleh tumbuhan dalam
jumlah banyak. Nitrogen bersenyawa membentuk urea, protein, asam nukleat atau
sebagai senyawa anorganik seperti amoniak, nitrit dan nitrat. Meskipun kebutuhan

N2 sangat penting, namun hanya sedikit organisme yang dapat mengikat N2 dari
udara, yaitu jenis bakteri dan gangang bersel satu yang bersimbiosis dengan
tmbuhan tingkat tinggi melalui Fiksasi Nitrogen. Sedangkan tumbuhan lainnya
memperoleh senyawa nitrogen melalui suplai N2 atau daur nitrogen. N2 diserap
oleh tumbuhan dalam bentuk nitrat melalui proses Nitrifikasi yang dibantu oleh
bakteri Nitrosomonas, Nitrococus dan Nitrobacter. Bakteri yang mengoksidasi
ammonia menjadi nitrit kemudian menjadi nitrat disebut bakteri nitrifikasi.
Sedangkan bakteri denitrifikasi adalah bakteri mampu mengubah nitrit menjadi
gas nitrogen yang nantinya gas tersebut akan kembali lagi ke atmosfer dan siap
untuk memulai daur lagi (Grundman et al., 2000).

Nitrogen merupakan elemen yang sangat esensial, menyusun

bermacam-macam persenyawaan penting, baik organik maupun anorganik.

Nitrogen menempati porsi 12% dari berat kering tanaman. Ketersediaan nitrogen
dialam berada dalam beberapa bentuk persenyawaan, yaitu berupa: N2 (72%
volume udara), N2O, NO, NO2, NO3 dan NH4 +. Di dalam atanah, lebih dari 90%
nitrogen adalah dalam bentuk N-organik. Untuk dapat dimanfaatkan oleh makhluk
hidup, nitrogen anorganik harus diubah terlebih dahulu menjadi nitrogen organik.
Tidak semua makhluk hidup dapat merubah nitrogen anorganik menjadi nitrogen
organik. Proses perubahan nitrogen menjadi materi organik hanya bisa dilakukan
menfiksasi nitrogen menjadi amonia. Serta oleh reaksi nitrogen dengan oksigen
atau hidrogen dengan bantuan petir yang menghasilkan senyawa nitrit ataupun
nitrat. Amonia serta nitrit atau nitrat yang terbentuk kemudian diserap oleh
tumbuhan sebagai bahan pembentuk protein. Ketika ikan memakan tumbuhan
tersebut maka nitrogen yang ada dalam tumbuhan tersebut akan berpindah dalam
tubuh ikan. Selanjutnya nitrogen dari ikan kembali ke alam melalui sisa hasil
ekresi, atau dekomposisi makhluk hidup yang telah mati oleh bakteri pengurai
menjadi garam amonium (NH4) dan gas amoniak (NH3) (Suyitno, 2008).

Kemudian oleh bakteri Nitrosomonas (bakteri nitrit) amonia diubah

menjadi nitrit. Nitrit oleh bakteri Nitrobacter (bakteri nitrat) kemudian akan di
ubah menjadi nitrat. Proses perubahan amonia menjadi nitrit dan nitrat disebut
sebagai proses Nitrifikasi. Proses terakhir dalam daur nitrogen adalah perubahan
nitrit dan nitrat menjadi gas nitrogen yang hanya bisa dilakukan oleh bakteri

denitrifikasi. Nitrogen yang kembali ke atmosfer akan mengulang siklus dari awal
lagi, begitu seterusnya. Walau sama-sama penting, daur nitrogen lebih kompleks
jika dibandingkan dengan siklus karbon ataupun siklus oksigen. Secara umum
daur nitrogen atau siklus nitrogen terdiri dari tiga tahapan proses, yaitu:

Tahap pertama adalah proses perubahan gas nitrogen menjadi amonia oleh
bakteri fiksasi nitrogen. Fiksasi nitrogen secara biologis dapat dilakukan
oleh bakteri Rhizobium yang bersimbiosis dengan tanaman leguminosa.
Bakteri yang berperan dalam fiksasi nitrogen antara lain adalah bakteri
Azotobacter dan Clostridium. Selain itu ganggang hijau biru dalam air juga
memiliki kemampuan memfiksasi nitrogen.
Tahap kedua adalah proses perubahan amonia menjadi nitrit dan nitrat
melalui proses nitrifikasi. Amonia diubah menjadi nitrit oleh bakteri nitrit
yang disebut bakteri Nitrosomonas. Kemudia nitrit yang terbentuk diubah
menjadi nitrat oleh bakteri nitrat yang disebut bakteri Nitrobakter.
Tahap kedua adalah proses perubahan nitrit dan nitrat menjadi
nitrogen
Kembali melalui proses denitrifikasi.
Nitrosomonas

menguraikan

ammonia

menjadi

nitrit,

yang

merupakan senyawa beracun bagi ikan. Nitrit menjadi makanan

bakteri

Nitrobacter

danmenghasilkan senyawa Nitrat. Melihat

keterkaitannya, lumrah jika menemukan kedua bakteri ini bersama dalam

kolam. Walaupun berbahaya, ikan masih mampu bertahan dengan kadar
Nitrit dua kali kadar ammonia. Inilah yang dimaksud siklus nitrogen atau
lazim disebut proses nitrifikasi. Ikan melakukan respirasi dan bersekresi
membuang kotoran yang mengandung ammonia.Begitu juga sisa pakan,
kotoran di dasar kolam, atau ikan mati yang lama tidak diangkat.
Semuanya memberikan kontribusi terhadap peningkatan kadar ammonia
dalam kolam. Ammonia diuraikan nitrosomonas menjadi nitrit. Siklus
berikutnya adalah nitrobacter yang mengkonversi nitrit menjadi nitrat.
Pada bagian akhir, nitrat diserap tumbuhan air atau menguap setelah
melalui proses oksidasi dipermukaan air.

Gambar 4. Siklus Nitrogen

 Proses nitrifikasi juga dipengaruhi oleh berbagai faktor, adapun faktor-faktor tersebut
adalah sebagai berikut:

Tabel 2. Faktor yang mempengaruhi nitrifikasi

Denitrifikasi merupakan proses dimana nitrat dan nitrit direduksi menjadi gas N2

yang pada akhirnya dilepas dari kolom air. Denitrifikasi ini merupakan proses penting untuk
mengatur N (Keeney et al., 1971). Menurut Woon (2007) proses denitrifikasi berlangsung dalam
beberapa tahap, yaitu :

Nitrat NitricNitritoxideNitrousoxide Dinitrogen gas

Salah satu produk gas pada proses denitrifikasi adalah gas N2O (nitrous oksida).
Gas tersebut berpengaruh negatif terhadap lingkungan, yaitu sebagai salah satu penyebab
terjadinya efek rumah kaca (pemanasan global). Secara alamiah gas tersebut diemisikan
dari ekosistem perairan sungai, estuarin, dan daratan. Perairan sungai memberikan
sumbangan sebesar 55%, estuarin 11%, dan daratan sebesar 33%. Laju denitrifikasi akan
meningkat dengan meningkatnya kandungan nitrat pada sedimen (Widiyanto, 2005)

 SUMBER:
https://www.academia.edu/15538251/Peranan_Bakteri_Nitrobacter_dalam_Akuakultur