Tugas Kelompok

Mikrobiologi Pertanian
DENITRIFIKASI

OLEH:
Kelompok 5
Riyami

G11113048

Sri Nur Qadri

G11113008

Dzulkifli Darwis

G11113021

PROGRAM STUDI AGROTEKNOLOGI

FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS HASANUDDIN
MAKASSAR
2015
1

I.
I.1.

PENDAHULUAN

Latar Belakang
Nitrogen sangatlah penting untuk berbagai proses kehidupan di Bumi.

Nitrogen adalah komponen utama dalam semua asam amino, yang nantinya
dimasukkan ke dalam protein, tahu kan kalau protein adalah zat yang sangat kita
butuhkan dalam pertumbuhan.Nitrogen juga hadir di basis pembentuk asam
nukleat, seperti DNA dan RNA yang nantinya membawa hereditas. Pada
tumbuhan, banyak dari nitrogen digunakan dalam molekul klorofil, yang penting
untuk fotosintesis dan pertumbuhan lebih lanjut.
Nitrogen merupakan unsur yang tidak reaktif (sulit bereaksi dengan unsur
lain) sehingga dalam penggunaan nitrogen pada makhluk hidup diperlukan
berbagai proses, yaitu : fiksasi nitrogen, mineralisasi, nitrifikasi, denitrifikasi.
Siklus nitrogen sendiri adalah suatu proses konversi senyawa yang mengandung
unsur nitrogen menjadi berbagai macam bentuk kimiawi yang lain. Transformasi
ini dapat terjadi secara biologis maupun non-biologis. Siklus nitrogen secara
khusus sangat dibutuhkan dalam ekologi karena ketersediaan nitrogen dapat
mempengaruhi tingkat proses ekosistem kunci, termasuk produksi primer dan
dekomposisi.
Berdasarkan uraian tersebut, denitrifikasi merupakan bentuk terakhir
dalam daur nitrogen. Denitrifikasi pun menjadi salah satu tahap yang mempunyai
peranan yang sangat penting, dalam menyeimbangkan daur Nitrogen di alam.
I.2.
Rumusan Masalah
Berdasarkan latar belakang, rumusan masalah dari materi yang akan
dibahas yaitu:
a.
Apa yang dimaksud dengan Denitrifikasi?
b.
Faktor-faktor apa saja yang mempengaruhi proses denitrifikasi?
c.
Apa saja contoh bakteri denitrifikasi, dan bagaimana karakter Paracoccus
I.3.

denitrificans sebagai bakteri denitrifikasi?

Tujuan
Berdasarkan rumusan masalah, maka tujuan dari dibuatnya makalah ini

yaitu agar mahasiswa memahami materi mengenai denitrifikasi, faktor-faktor

yang mempengaruhi proses denitrifikasi, dan contoh bakteri denitrifikasi, serta
peran Paracoccus denitrificans dalam proses denitrifikasi.

II.
II.1.

PEMBAHASAN

Denitrifikasi
Proses denitrifikasi adalah perubahan senyawa nitrat menjadi gas nitrogen

(N2). Gas nitrogen adalah senyawa yang sangat stabil. Denitrifikasi secara umum
merupakan proses reduksi nitrat (NO3) secara bertahap menjadi nitrit (NO2),
Nitrouse Dioxide (N2O), Nitrouse oxide (NO), sampai menjadi N2 dalam kondisi
anaerobik. Denitrifikasi dipengaruhi oleh beberapa faktor yaitu : kelembapan
tinggi, pH netral (6,8-8,0), ketersediaan karbon, kadar oksigen terlarut dan
temperatur yang tinggi. Proses denitrifikasi tidak lepas dari peranan bakteri
denitrifikasi (denitrifier), bakteri yang berperan dalam denitrifikasi umumnya
merupakan bakteri anaerobik. Terdapat 3 kelompok bakteri denitrifikasi yaitu :
bakteri pereduksi NO3 menjadi N2O, bakteri pereduksi NO2 menjadi N2, dan
bakteri pereduksi NO3 menjadi NO2, NO, N2O (Anonim, 2010).
Dalam situasi normal maka nitrogen dapat diproses menjadi bentuk
amonium atau bentuk nitrat yang langsung tersedia bagi tanaman. Tetapi dalam

keadaan tertentu, yaitu kalau udara dalam tanah terbatas akibat drainase jelek (air
menggenang), atau disebabkan oleh pemakaian berlebihan dari bahan organik
mentah yang bersifat mudan busuk sehingga nitrat dan nitrit yang terbentuk akan
menghasilkan gas nitrogen atau hasil oksidasi lain yang akhirnya dapat menguap
ke udara. Peristiwa ini terjadi dalam tanah yang dilakukan terutama oleh
organisme anaerobik yang aktif dalam keadaan tanpa oksigen, dan akan terjadi
reduksi. Proses terjadinya reduksi dari nitrat ke nitrit, amonia atau nitrigen bebas
disebut sebagai denitrifikasi (Hardjadi, 1979).
Denitrifikasi merupakan proses reduksi nitrat atau nitrit menjadi nitrogen
(N2) dengan N2O sebagai produk antara. Menurut Pathak (1999), denitrifikasi
terjadi ketika nitrat tersedia pada kondisi lingkungan yang anaerobik dimana
kebutuhan O2 tinggi. Bakteri yang berperan dalam denitrifikasi merupakan bakteri
heterotrof fakultatif anaerob.Denitirifikasi berlangsung menurut urutan sebagai
berikut :

Dari skema tersebut diketahui bahwa proses denitrifikasi di dalam tanah

juga menggunakan N2O yaitu dalam proses reduksi N 2O menjadi N2. Denitrifikasi
secara biologis merupakan proses yang paling ekonomis, efisien dan layak untuk
mereduksi nitrat karena memanfaatkan makhluk hidup dalam mereduksi nitrat,
sehingga lebih ramah lingkungan.
2.2

Faktor-Faktor yang Mempengaruhi Denitrifikasi

1.

Menurut Muti (2013), faktor yang mempengaruhi denitrifikasi antara lain:

Kondisi nitrat, bakteri denitrifikasi tidak mampu mengakomodassi beban

2.

nitrat yang terlalu besar.

Kondisi anoxic, keberadaan oksigen mengganggu kerja bakteri karena

3.

bakteri bersifat anaerobik.

Keasaman air limbah (pH), efisiensi proses denitrifikasi akan menurun bila

4.
5.

kondisi pH berada di bawah maupun di atas pH optimum (pH 6,5 7,5)

Suhu, laju reaksi optimum pada suhu 35 50 0C.
Waktu tinggal, waktu tinggal yang diperlukan tergantung kondisi air
limbah dan lingkungan.
4

2.3

Contoh Bakteri Denitrifikasi (Paracoccus denitrificans)

Mikroorganisme yang mampu melakukan denitrifikasi berasal dari genera

berikut ini: Pseudomonas, Bacillus, Spirillum, Hyphomicrobium, Agrobacterium,

Acinetobacter, Propionobacterium, Rhizobium, Corynebacterium, Cytophaga,
Thiobacillus dan Alcaligenes. Genus Pseudomonas (P. fluorescens, P. aeruginosa,
P.denitrificans) dan Alcaligenes merupakan yang paling banyak terlibat.
Mikroorganisme ini ditemukan di tanah, air dan air buangan.
Apabila tanah dalam keadaan tergenang, maka oksigen didesak keluar dan
proses

dekomposisi

berlangsung

dalam

keadaan

anaerob.

Beberapa

mikroorganisme seperti Pseudomonas, Micrococcus, Bacillus, dan Thiobacillus

thiopharus dalam keadaan demikian dapat mereduksi nitrat dan nitrit,
memanfaatkan oksigennya (Damanik, dkk, 1986).
Paracoccus denitrificans adalah bakteri denitrifikasi gram negatif
berbentuk coccus.

Paracoccus denitrificans tinggal di dalam tanah baik

lingkungan aerobik atau anaerobik. Mereka juga memiliki kemampuan untuk

hidup dalam berbagai macam media termasuk C1 dan sulfur. Mereka bisa
menggunakan sumber organik energi, seperti metanol atau metilamin, atau
bertindak sebagai chemolithotrophs, menggunakan sumber energi anorganik
dengan karbon dioksida sebagai sumber karbon mereka.
2.3.1

Karakteristik Fisiologi Paracoccus denitrificans

Paracoccus denitrificans hidup terutama dalam tanah. Mereka juga

bertanggung jawab atas hilangnya pupuk nitrogen dalam tanah pertanian. Genom
Paracoccus denitrificans terdiri dari dua kromosom melingkar dan satu plasmid.
Kromosom pertama memiliki 2.852.282 pasangan basa. Kromosom kedua
memiliki 1.730.097 pasangan basa dan plasmid memiliki 653.815 pasangan basa.
Plasmid

mengkodekan

protein

611

terkenal

seperti

deformilase

Formyltetrahydrofolate dan TonB tergantung siderophore reseptor prekursor.

Protein ini tidak penting untuk kelangsungan hidup bakteri, namun protein
ditranskripsi dan diterjemahkan dari plasmid memungkinkan bakteri untuk
melakukan banyak fungsi metabolik. Ini adalah yang memberi Paracoccus

denitrificans fitur yang unik, seperti kemampuan untuk memetabolisme amonium

menjadi gas nitrogen.
2.3.2

Karakteristik Biokimia Paracoccus denitrificans

Paracoccus

adalah

Genus

biokimia

serbaguna,

dengan

berbagai

kemampuan degradatif beragam dan aplikasi potensial dalam bioremediasi. Strain

telah diisolasi yang memanfaatkan tiosianat sebagai sumber energi, untuk
kemungkinan bioremediasi limbah tiosianat terkontaminasi dari pabrik coke oven.
Strain yang mendegradasi halobenzoates dalam kondisi denitrifikasi anaerobik,
dan sulfonat menurunkan termasuk cysteate, taurin, 2-hydroxyethanesulfonate,
sulfoacetate dan 3-aminopropanesulfonate dalam kondisi pertumbuhan anaerobik
telah dijelaskan. Beberapa strain P. denitrificans telah diisolasi yang tumbuh
chemolithoautotrophically menggunakan karbon disulfida atau karbonil sulfida
sebagai sumber energi, dan strain telah diisolasi dari lumpur aktif yang mampu
senyawa karbon kuaterner merendahkan seperti dimethylmalonate dalam kondisi
denitrifikasi. Strain lain diisolasi dari lumpur aktif merusak berbagai amina
alkohol di bawah kedua kondisi aerobik dan anaerobik. Beberapa strain mampu
'denitrifikasi aerobik', yang disimilasi lengkap nitrat ke dinitrogen (atau nitrous
oksida) di bawah kondisi pertumbuhan aerobik. P. denitrificans juga memiliki
kemampuan yang sangat tidak biasa untuk mengoksidasi amonia menjadi nitrit
selama pertumbuhan pada sumber energi organik ('heterotrofik nitrifikasi').
Digabungkan ke denitrifikasi, nitrifikasi heterotrofik memungkinkan untuk
transformasi lengkap amonia ke dinitrogen oleh organisme tunggal. Ketersediaan
urutan genom dan selanjutnya kerja tindak lanjut akan kembali menyoroti
kemampuan metabolisme beragam dan tidak biasa (Baker, SC et al, 1998).
2.3.2

Karakteristik Molekuler Paracoccus denitrificans

Menurut

Timkovich

and

Dickerson

(1976),

bakteri

Paracoccus

denitrificans secara molekuler memiliki struktur protein yang berbentuk struktur

tersier. Struktur tersier dari suatu protein adalah lapisan yang tumpang tindih di
atas pola struktur sekunder yang terdiri atas pemutarbalikan tak beraturan dari
ikatan antara rantai samping (gugus R) berbagai asam amino. Struktur ini
merupakan konformasi tiga dimensi yang mengacu pada hubungan spasial antar
6

struktur sekunder. Struktur ini distabilkan oleh empat macam ikatan, yakni ikatan
hidrogen, ikatan ionik, ikatan kovalen, dan ikatan hidrofobik. Dalam struktur ini,
ikatan hidrofobik sangat penting bagi protein. Asam amino yang memiliki sifat
hidrofobik akan berikatan di bagian dalam protein globuler yang tidak berikatan
dengan air, sementara asam amino yang bersifat hodrofilik secara umum akan
berada di sisi permukaan luar yang berikatan dengan air.

III.

PENUTUP

III.1. Kesimpulan
Berdasarkan pada pembahasan, dapat disimpulkan bahwa dekomposisi
merupakan proses reduksi nitrat atau nitrit menjadi nitrogen (N 2) dengan N2O
sebagai produk antara. Dekomposisi dipengaruhi oleh beberapa faktor yaitu:
kondisi nitrat, kondisi anoxic, keasaman air limbah (pH), suhu, dan waktu tinggal.
Mikroorganisme yang mampu melakukan denitrifikasi berasal dari genus berikut
ini: Pseudomonas, Bacillus, Spirillum, Hyphomicrobium, Agrobacterium,
Acinetobacter, Propionobacterium, Rhizobium, Corynebacterium, Cytophaga,
Thiobacillus dan Alcaligenes.
III.2. Saran
Materi mengenai denitrifikasi dan bakteri yang berperan dalam proes
denitrifikasi ini akan mudah dipahami jika didukung dengan sumber referensi
yang memadai, dalam artian kualitas dan kuantitasnya. Untuk pembuatan makalah
selanjutnya, kami menyarankan untuk lebih banyak menambah referensi. Selain
itu, kami siap menerima kritik dan saran yang membangun dari pembaca agar
karya kami bisa lebih baik lagi.

DAFTAR PUSTAKA
Anonimuos. 2010. Bakteri Nitrogen. http://www.eshaflora.com. Diakses pada
tanggal 26 April 2015
Baker, S. C., et al. 1998. Molecular genetics of the genus Paracoccus:
metabolically versatile bacteria with bioenergetic flexibility. Microbiol.
Mol. Biol. Rev. 62:1046-1078.
Damanik, M. M.B., Bachtiar, E. H., Fauzi, Sarifuddin, dan Hamidah, H. 2010.
Kesuburan Tanah dan Pemupukan. Medan: USU Press.
Hardjadi, S.S. 1979. Pengantar Agronomi. Jakarta: PT. Gramedia.
Muti.2013. Mikrobiologi di dalam Pengolahan Air Limbah. www.airlimbah.com /
2013/01/29/mikrobiologi-di-dalam-pengolahan-air-limbah/. Diakses 24
April 2015.
Sutedjo, M. M., A. G. Kartasapoetra, dan S. Sastroamidjojo. 1991. Mikrobiologi
Tanah. Jakarta: Rineka Cipta.