Geologi Irian Jaya secara garis besar dibedakan ke dalam tiga kelompok batuan penyusan
utama yaitu: (a) batuan kraton Australia; (b) batuan lempeng pasifik; dan (c) batuan
campuran dari kedua lempeng. Litologi yang terakhir ini batuan bentukan dari orogenesa
Melanesia. Batuan yang berasal dari kraton Australia terutama tersusun oleh batuan alas,
batuan malihan berderajat rendah dan tinggi sebagian telah diintrusi oleh batuan granit di
sebelah barat, batuan ini berumur palaezoikum akhir, secara selaras ditindih oleh sedimen
paparan mesozoikum dan batuan sedimen yang lebih muda , batuan vulkanik dan batuan
malihan hingga tersier akhir. (dow, drr,1985). Singkapan yang baik dan menerus dapat
diamati sepanjang daerah batas tepi. Utara dan pegunungan tengah.
Batuan lempeng pasifik umumnya lebih muda dan tersusun terutama oleh batuan
ultrabasa, tuf berbutir halus dan batuan sedimen laut dalam yang diduga berumur jura batuan
mesozoikum lainnya yang berasal dari kerak samudera seperti batuan ultramafik (kompleks
ofiolit) dan batuan plutonik berkomposisi mafik. Kelompok batuan ini tersungkupkan dan
terakrasikan di atas kerak kontinen Australia karena bertumbukan dengan lempeng pasifik.
Keadaan ini membentuk pola pegunungan kasar di daerah pegunungan tengah bagian utara.
Jalur ofiolit membantang kearah timur barat sejauh 400 km dan lebih dari 50 km lebar (dow
dan sukamto,1984, lihat stratigrafi.
Didaerah Gunung Bijih Mining Access (GBMA) dijumpai singkapan Formasi Kariem
yang ditutupi secara disconformable oleh Formasi Tuaba. Formasi Tuaba tersusun oleh
batupasir kuarsa berlapis sedang dengan sisipan konglomerat dan batuserpih yang
diperkirakan berumur Awal Paleozoikum atau pre-Kambrium.
Selanjutnya di atas Formasi Tuaba dijumpai Formasi Modio yang dibagi menjadi 2
bagian yaitu bagian bawah Anggota A yang didominasi oleh batuan karbonat yaitu
stromatolitik dolostone berlapis baik. Sedangkan dibagian atasnya ditempati oleh Anggota B
yang terdiri dari batupasir berbutir halus dengan internal struktur seperti planar dan silang
siur, serta laminasi sejajar. Umur formasi ini ditentukan berdasarkan kandungan koral dan
fission track yang menghasilkan Silur-Devon. Kontak formasi ini dengan Formasi Aiduna
yang terletak di atasnya ditafsirkan sebagai kantak disconformable (Ufford, 1996).
Formasi Aiduna dicirikan oleh batuan silisiklastik berlapis baik dengan sisipan
batubara, dan ditafsirkan sebagai endapan fluvial sampai lingkungan delta, dan secara
stratigrafi formasi ini ditindih secara selaras oleh Formasi Tipuma. Umur formasi ini
ditentukan berdasarkan kandungan fosil brachiopoda yaitu Perm.
Selanjutnya Formasi Kemum ditindih secara tidak selaras oleh Group Aifam. Di
sekitar Kepala Burung group ini dibagi menjadi 3 Formasi yaitu Formasi Aimau, Aifat dan
Ainim. Group ini terdiri dari suatu seri batuan sedimen yang taktermalihkan dan terbentuk di
lingkungan laut dangkal sampai fluvio-delataik. Satuan ini di daerah Bintuni ditutupi secara
tidak selaras oleh Formasi Tipuma yang berumur Trias (Bintoro & Luthfi, 1999).
4. Kenozoikum
Grup Batu gamping New Guinea, Grup ini dibagi menjadi 4 formasi dari tua ke
muada adalah sebagai berikut : Formasi Waripi, Formasi Faumai, Formasi Sirga dan Formasi
Kais.
Formasi Waripi terutama tersusun oleh karbonat dolomitik, dan batupsir kuarsa
diendapkan di lingkungan laut dangkal yang berumur Paleosen sampai Eosen. Di atas formasi
ini diendapkan Formasi Faumai secara selaras dan terdiri dari batugamping berlapis tebal
(sampai 15 meter) yang kaya fosil foraminifera, batugamping lanauan dan perlapisan
batupasir kuarasa dengan ketebalan sampai 5 meter, tebal seluruh formasi ini sekitar 500
meter.
Formasi Faumai terletak secara selaras di atas Formasi Waripi yang juga merupakan
sedimen yang diendapkan di lingkungan laut dangkal. Formasi ini terdiri dari batuan karbonat
berbutir halus atau kalsilutit dan kaya akan fosil foraminifera (miliolid) yang menunjukkan
umur Eosen.
`Formasi sirga dijumpai terletak secara selaras di atas Formasi Faumai, terdiri dari
batupasir kuarsa berbutir kasar sampai sedang mengnadung fosil foraminifera, dan batuserpih
yang setempat kerikilan. Formasi Sirga ditafsirkan sebagai endapan fluvial sampai laut
dangkal dan berumur Oligosen Awal.
Formasi Kais terletak secara selaras di atas Formasi Sirga. Formasi Kais terutama
tersusun oleh batugamping yang kaya foraminifera yang berselingan dengan lanau,
batuserpih karbonatan dan batubara. Umur formasi ini berkisar antara Awal Miosen sampai
Pertengahan Miosen dengan ketebalan sekitar 400 sampai 500 meter.
Endapan aluvial dijumpai terutama di sekitar sungai besar sebagai endapan bajir,
terutama terdiri dari bongkah, kerakal, kerikil, pasir dan lempung dari rombakan batuan yang
lebih tua.
Hal ini menandakan bahwa dasar laut ini dibentuk oleh batuan kerak samudera. lima
kilometer kearah barat daya batuan kerak pasifik tersingkap di pulau Batanta, terdiri dari lava
bawah laut dan batuan gunung api busur kepulauan.
Perederan beberapa ratus kilometer dari zona sesar Sorong-Yapen pertama kali dikenal oleh
Visser Hermes (1962). Adalah sesar mengiri dan berlangsung sejak Miosen Tengah. Kejadian
ini didukung oleh bergesernya anggota batu serpih formasi Tamrau berumur Jura-Kapur yang
telah terseret sejauh 260 km dari tempat semula yang ada disebelah timurnya (lihat
pergeseran sesar Wandamen dibagian Timur) dan hadirnya blok batuan vulkanik alih tempat
(allochtonous) yang berumur Miosen Tengah sejauh 140 km di daerah batas barat laut Pulau
Salawati (Visser & Hermes, 1962)
Perubahan zona arah sesar Wandamen dari Tenggara ke Timur di tandai bergabungnya
sesar-sesar tersebut dengan sesar Sungkup Weyland. Timbulnya alih tempat (allochtonous)
yang tidak luas tersusun oleh batuan sedimen mezozoic. Diatas satuan ini diendapkan
kelompok batu gamping New Guenia. Jalur sesar Wandamen dan Sesar Sungkup lainya di
zona ini merupakan bagian dari barat laut JSNPT.