JURNAL PRAKTIKUM

APLIKASI BIOTEKNOLOGI PANGAN

ISOLASI MIKROBA

NAMA : IRMA KAMARUDDIN

NIM : G311 14 505
KELOMPOK : II (DUA)
ASISTEN : SERLIHATUL HIDAYAT

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI DAN BIOTEKNOLOGI PANGAN

PROGRAM STUDI ILMU DAN TEKNOLOGI PANGAN
DEPARTEMEN TEKNOLOGI PERTANIAN
FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS HASANUDDIN
MAKASSAR
2017
 ISOLASI MIKROBA
Irma Kamaruddin1), Serlihatul Hidayat2)
Program Studi Ilmu dan Teknologi Pangan, Universitas Hasanuddin

Abstrak

Xanthomonas campestris merupakan bakteri penyebab penyakit busuk hitam pada

tanaman Brassicas. Walaupun merugikan bagi tanaman kubis-kubisan, Xanthomonas
campestris dapat digunakan dalam produksi gum xanthan. Identifikasi dan pengujian
morfologi bakteri Xanthomonas campestris pada tanaman kubis dapat dilakukan melalui
biakan murni yang diperoleh melalui isolasi. Isolasi mikroba adalah kegiatan mengambil
mikroba yang terdapat di alam dan ditumbuhkan pada media buatan. Prinsip isolasi
mikroba adalah memisahkan satu jenis mikroba tertentu dari populasi mikroba lain dan
ditumbuhkan pada media yang sesuai. Isolasi mikroba dapat dilakukan dengan beberapa
metode diantaranya agar miring, agar tegak, dan agar cawan. Tujuan praktikum Isolasi
Mikroba adalah untuk mengetahui cara pembuatan media isolasi mikroba dan cara isolasi
mikroba serta prinsipnya. Metode praktikum terdiri dari sterilisasi fisik dan kimia,
pembuatan media NA, YEA, GPB dan PDA, inokulasi teknik spread plate spesimen kubis,
nira, tempe, tape, jeruk, yakult, yogurt, starter Acetobacter xylinum dengan menggunakan
3 faktor pengenceran 10-5, 10-7, dan 10-9 per spesimen, serta isolasi mikroba menggunakan
teknik agar miring. Hasil inokulasi dan isolasi mikroba dari daun kubis menunjukkan
adanya pertumbuhan koloni dengan ciri-ciri permukaan yang cembung, berbentuk bulat,
dan berwarna krem. Sedangkan, Xanthomonas sp. umumnya memiliki koloni berwarna
kuning yang dipengaruhi oleh pigmen xanthomonadine. Hal ini diduga akibat kesalahan
memilih daun kubis yang bukan terinfeksi Xanthomonas campestris.
Kata kunci: isolasi, inokulasi, agar miring, kubis, Xanthomonas campestris.

I. PENDAHULUAN kubis-kubisan. Xanthomonas campestris

merupakan bakteri penyebab penyakit
I.1 Latar Belakang busuk hitam pada tanaman Brassicas.
Kubis merupakan salah satu produk Menurut Semangun (2000), penyakit busuk
hortikultura berupa sayuran daun dengan hitam yang disebabkan oleh Xanthomonas
ciri khas membentuk krop yang mudah campestris dicirikan dengan adanya bercak
busuk dan termasuk dalam tanaman yang kuning menyerupai huruf V di pinggir daun
dipanen sekaligus. Di Indonesia kubis mengarah ke tengah daun dan tulang-tulang
populer dengan nama kol. Kubis memiliki daun berwarna cokelat tua dan hitam.
nama ilmiah Brassica oleracea L. Xanthomonas campestris pv.
Menurut Saenab, (2010), kubis campestris masuk dan keluar melalui
mengandung air > 90% sehingga mudah sekresi air pada kelenjar hidatoda di tepi
mengalami pembusukan. daun. Hidatoda sering menghasilkan setetes
Menurut Direktorat Jendral air saat lingkungan lembab. Patogen
Holtikultura (2015), statistik produksi kubis menyebar sangat cepat ketika tetesan hujan
pada tahun 2014 adalah 1.435.833 ton yang yang terkontaminasi dengan percikan
mengalami penurunan sebesar 44.792 ton bakteri mengenai daun dan masuk ke dalam
dari tahun 2013. Walaupun mengalami hidatoda (Wolf, 2005).
penurunan, produksi kubis tetap Xanthomonas campestris pv.
memberikan kontribusi terbesar yaitu campestris tidak menyebar dalam cuaca
12,05% dari seluruh produksi tanaman kering dan tidak aktif pada suhu di bawah
holtikultura tahun 2014. 50°F. Xanthomonas campestris pv.
Penyakit busuk hitam adalah salah campestris dapat bertahan dalam tanah
satu penyakit yang paling merusak tanaman selama satu tahun dan dapat menyebar di
1)
Praktikan
2)
Asisten
permukaan air atau melalui irigasi. Gejala
yang ditimbulkan bakteri ini pada kubis
menyebabkan daun tanaman berbentuk
huruf “V”, dengan berjalannya waktu gejala
yang timbul akan mengering dan seperti
terbakar (nekrotis). Serangan bakteri ini
umumnya terjadi pada bagian pori-pori
daun dan dapat menyerang daun yang
terdapat luka akibat serangga ataupun luka
secara mekanis sehingga memudahkan
bakteri masuk (Barroroli, 2012).
Xanthomonas campestris merupakan
bakteri bersel tunggal, berbentuk batang,
0,7-3,0 x 0,4-0,5µm, membentuk rantai,
berkapsula, tidak berspora, gram negatif,
bergerak dengan satu flagel polar. Bakteri
dapat masuk ke daun dalam 8 sampai 10
jam. Koloni Xanthomonas sp. berbentuk
bulat, permukaan cembung, bertepi utuh
dan berwarna kuning (Hasna, 2011).
Xanthomonas sp dapat memproduksi
polisakarida ekstra selular yang disebut
xanthan gum, dan koloninya berwarna
kuning karena adanya pigmen
xanthomonadine (Nitsche et al., 2000).
Identifikasi, pengujian morfologi,
fisiologi, dan serologi bakteri
Xanthomonas sp. pada tanaman kubis dapat
dilakukan melalui biakan murni yang dapat
diperoleh melalui isolasi. Isolasi diperlukan
karena mikroorganisme di alam jarang
dijumapi sebagai biakan murni, umumnya
tumbuh dalam populasi campuran.
Isolasi mikroba adalah kegiatan
mengambil mikroba yang terdapat di alam
dan ditumbuhkan pada media buatan yang
terdiri dari nutrien tertentu yang
mendukung terciptanya lingkungan
pertumbuhan optimal bagi mikroba. Prinsip
isolasi mikroba adalah memisahkan jenis
mikroba tertentu dari campuran mikroba.
Media agar miring (Slant culture)
biasa digunkan untuk isolasi dengan
menggunakan metode goresan zig-zag pada
permukaan media menggunakan ose bundar
yang membawa mikroba. Agar miring
memiliki permukaan media yang luas,
digunakan sebagai tempat menumbuhkan
dan menyimpan stock pure culture. Agar
miring cocok untuk kulturisasi mikroba
aerobik dan anaerobik fakultatif.
Larutan fisiologis umumnya berupa
NaCl 0,85% yang digunakan untuk
pengenceran konsentrasi mikroba. Larutan
fisiologis bersifat buffer, mempertahankan
pH dalam suhu kamar, bersifat isotonis
dengan cairan sel, penyeimbangan elektron,
penyeimbang tekanan osmotik sel sehingga
tidak terjadi lisis, menyesuaikan kekeruhan
suspensi mikroba, mempertahankan
viabilitas dan integritas sel.
Kegitan inokulasi dan isolasi mikroba
seringkali didahului dengan pengenceran
suspensi mikroba berupa tehnik
pengenceran bertingkat menggunakan
larutan pengencer NaCl 0,85% atau larutan
fisiologis yang bertujuan untuk
memperkecil konsentrasi sel dan jumlah
mikroba yang tersuspensi dalam cairan
sehingga menunjukkan hasil uji positif
terhadap pertumbuhan mikrobia. Penentuan
banyaknya tingkat pengenceran tergantung
kepada perkiraan jumlah mikroba dalam
sampel. Pengenceran yang paling mudah
umumnya menggunakan pengenceran 10 kali
lipat dengan menggunakan 3 atau 5 tabung
pengenceran sekaligus.
Nutrient Agar (NA) merupakan media
sintesis berupa bubuk yang termasuk dalam
media selektif dengan kandungan sumber
nitrogen yang cukup bagi pertumbuhan
bakteri. Menurut Himedia (2011), NA
umumnya terdiri dari 5.000Gms/L peptic
digest of animal tissue, 5.000Gms/L
Sodium chloride, 1.500gms/L Beef extract,
1.500Gms/l yeast extract, dan 15.000gms/l
agar, pH akhir 7,4±0,2 pada suhu 25oC.
I.2 Tujuan dan Kegunaan Praktikum
Berdasarkan uraian di atas, maka
dilakukan praktikum Isolasi Mikroba yang
bertujuan untuk mengetahui cara
pembuatan media isolasi mikroba dan cara
isolasi mikroba serta prinsipnya. Kegunaan
praktikum Isolasi Mikroba adalah agar
mahasiswa dapat secara mandiri dan cakap
dalam membuat media isolasi dan cara
isolasi mikroba tertentu.
 II. METODOLOGI PRAKTIKUM
II.1 Waktu dan Tempat
Praktikum Aplikasi Bioteknologi
Pangan dengan judul Isolasi Mikroba
dilaksanakan pada hari Senin tanggal
6 Februari 2017 pukul 08.00-12.30 WITA,
hari Jumat tanggal 10 Februari 2017 pukul
11:00-14.00 WITA, dan senin tanggal 13
Februari 2017 pukul 08.00–11.30 WITA.
Bertempat di Laboratorium Mikrobiologi
dan Bioteknologi Pangan, Program Studi
Ilmu dan Teknologi Pangan, Departemen
Teknologi Pertanian, Fakultas Pertanian,
Universitas Hasanuddin, Makassar.
II.2 Alat dan Bahan
Alat–alat yang digunakan dalam
praktikum ini meliputi erlenmeyer,
timbangan analitik, pipet ukur, lap kain,
sendok, autoklaf, batang pengaduk, vorteks,
inkubator, drugalsky, bunsen, Laminar Air
Flow, waterbath shaker, hotplate stirrer
tabung reaksi, rak tabung reaksi, cawan
petri, dan ose bundar.
Bahan-bahan yang digunakan dalam
praktikum ini meliputi kubis, nira, tempe,
tape singkong, jeruk, yakult, yogurt, starter
Acetobacter xylinum, alkohol 90%, kapas,
aluminium foil, label, tisu, NaCl, aquades,
glukosa, agar, media PDA (Potato Dextrose
Agar), media NA (Natrium Agar), yeast,
dan kasipton.
II.3 Prosedur Praktikum
Praktikum Isolasi Mikroba dilakukan
melalui beberapa tahapan sebagai berikut :
II.3.1 Sterilisasi Fisik dan Kimia
Prosedur sterilisasi fisik dilakukan
pada alat-alat kerja berupa pipet ukur,
cawan petri, dan tabung reaksi. Semua alat
dicuci bersih, bibir pipet ukur ditutup
dengan kapas, bagian badan semua alat
dibungkus menggunakan kertas bersih.
Setelah itu, semua alat dimasukkan ke
dalam autoklaf untuk di sterilisasi dengan
suhu 121oC selama 15 menit. Sterilisasi
kimia dilakukan pada tangan dan meja kerja
menggunakan alkohol 70%. Alkohol
disemprotkan pada tangan dan meja kerja,
kemudian dilap bersih hingga kering.
II.3.2 Pembuatan Larutan Fisiologis
Padatan NaCl sebanyak 6,375g
dilarutkan dalam 750ml aquades, lalu
dihomogenkan menggunakan batang
pengaduk. Bibir erlenmeyer yang berisi
larutan NaCl 0.85% ditutup kapas dan
dibungkus aluminium foil, lalu disterilisasi
di autoklaf dengan suhu 121oC selama 15
menit. Selanjutnya, larutan fisiologis 0.85%
didinginkan di dalam refrigator.
II.3.3 Pembuatan Media
Pada praktikum ini digunakan 4
jenis macam media yaitu PDA (Potato
Dextrose Agar), NA (Nutrient Agar), YEA
(Yeast Extract Agar), dan GPB (Glucose
Peptone Broth). Media PDA dan NA dibuat
dengan cara bubuk PDA ditimbang
sebanyak 3,9g dan NA sebanyak 5g. Media
YEA dibuat dari campuran yeast sebanyak
4,1g dan agar 2g. Sedangkan, media GPB
dibuat dari campuran kasipton 1,25g dan
glukosa 2,5g. Selanjutnya, masing-masing
komponen media dilarutkan dengan
aquades hingga 125ml di dalam erlenmeyer
berbeda. Kemudian, dilakukan
homogenisasi dengan hotplate stirrer, lalu
didinginkan di refrigerator.
II.3.4 Peleburan Basis Xanthomonas
campestris Kubis pada Media GPB
Disiapkan sampel kubis yang diduga
terinfeksi bakteri Xanthomonas campestris
dengan ciri-ciri permukaan daun terdapat
bekas luka berbentuk “V” dan berwarna
kecoklatan. Bagian luka tersebut diambil
dan dipisahkan dari bagian daun kubis
lainnya. Spesimen tersebut dicuci dengan
aquades, lalu dimasukkan ke dalam
erlenmeyer berisi media cair GPB.
Selanjutnya, campuran media GPB dan
spesimen kubis dihomogenkan di waterbath
shaker dengan suhu 30OC dan kecepatan
shaker 90rpm selama 2 jam.
II.3.5 Pengenceran Bertingkat
Disiapkan sampel cair meliputi nira,
yogurt, yakult, dan suspensi kubis dalam
media GPB serta sampel padat meliputi
tempe, tape singkong, starter Acetobacter
xylinum, dan kulit jeruk. Sampel padat
ditimbang 2-5g kemudian dilarutkan dalam
larutan fisiologis hingga 10ml. Kemudian,
disiapkan larutan pengencer berupa larutan
fisiologis 0.85% dipipet 9ml ke dalam
tabung reaksi pertama dan 9,9ml ke dalam 4
tabung reaksi lain. Sebanyak 1ml sampel
dipipet ke dalam tabung reaksi pertama
yang disebut pegenceran 10-1, dari tabung
reaksi pertama dipipet 0,1ml ke tabung
reaksi ke-2 yang disebut pengenceran 10-3,
prosedur tersebut dilakukan hingga
mencapai pengenceran 10-9.
II.3.6 Inokulasi Mikroba Anaerob
Teknik Tuang (Pour Plate)
Suspensi tape dan nira dari
pengenceran 10-5, 10-7, dan 10-9 dipipet
0,1ml ke dalam cawan petri lalu
ditambahkan media ¾ volume cawan petri,
untuk sampel tape digunakan media YEA
dan media PDA untuk sampel nira.
Suspensi diratakan dan didiamkan hingga
mengeras, lalu cawan petri dibungkus
kertas HVS bersih dan diinkubasi dengan
posisi terbalik di dalam inkubator.
dipilih cawan petri dengan pertumbuhan
mikroba terbaik yang mikrobanya akan
diisolasi. Kegiatan isolasi diawali dengan
membuat media agar miring yang terdiri
dari media NA untuk sampel kubis, jeruk,
starter Acetobacter xylinum, yakult, yogurt
dan media PDA untuk sampel tempe, nira,
dan tape. Media NA dan PDA dituang ke
dalam tabung reaksi berbeda lalu diletakkan
miring hingga mengeras. Selanjutnya,
dilakukan isolasi dengan mengambil sedikit
koloni mikroba dari cawan petri
menggunakan ose bundar, lalu digoreskan
pada permukaan agar miring secara zig-zag.
Kemudian, bibir tabung reaksi ditutup
kapas dan aluminium foil, lalu dibungkus
kertas HVS dan diinkubasi.
III. HASIL DAN PEMBAHASAN
III.1 Hasil
Hasil pengamatan penanaman
mikroba dapat dilihat di bawah, sebagai
berikut :
Tabel 01. Hasil Pengamatan Inokulasi
Mikroba (Jumat, 10 Februari 2017).
Jenis Sumber Metode Gambar
fp
Media Mikroba Inokulasi

II.3.7 Inokulasi Mikroba Aerob Teknik

Sebar (Spread Plate) Agar
Cawan
Disiapkan media NA dan PDA. 10-5
metode
Masing-masing media dituang ke tiga spread pate
cawan petri per spesimen secara aseptis
sebanyak 1⁄4 volume cawan petri,
didiamkan hingga mengeras. Selanjutnya,
suspensi kubis, jeruk, starter Acetobacter Agar
xylinum, yakult, dan yogurt pengenceran Daun Cawan
NA 10-7
kubis metode
10-5, 10-7, dan 10-9 dipipet 0,1ml ke atas spread pate
media NA. Sedangkan, supensi tempe 10-5,
10-7, dan 10-9 dipipet 0,1ml ke atas media
PDA. Media yang berisi suspensi diratakan
dan didiamkan hingga mengeras, cawan Agar
petri dibungkus HVS bersih dan diinkubasi Cawan
10-9
dengan posisi terbalik di dalam inkubator. metode
spread pate

II.3.8 Isolasi Mikroba Metode Agar

Miring Sumber : Data Primer Aplikasi
Suspensi mikroba dari pengenceran Bioteknologi Pangan, 2017.
10 , 10-7, dan 10-9 hasil inokulasi diamati
-5

setelah diinkubasi selama 3 hari. Kemudian,

Tabel 02. Hasil Pengamatan Isolasi
Mikroba (Selasa, 16 Februari 2017).
Jenis Metode Sumber
fp Gambar
Media Isolasi Mikroba
Agar
NA Daun kubis 10-9
miring
Sumber : Data Primer Aplikasi
Bioteknologi Pangan, 2017.
III.2 Pembahasan
III.2.1 Pengertian dan Prinsip Isolasi
Suatu usaha untuk memisahkan satu
jenis mikroba dari populasi campuran
mikroba disebut isolasi. Prinsip isolasi
mikroba adalah memisahkan jenis mikroba
tertentu dari campuran populasi mikroba
lain pada lingkungan asalnya ke suatu
media buatan untuk mendapatkan kultur
murni. Hal ini sesuai dengan Pelczar dan
Chan (2006), bahwa prinsip isolasi mikroba
adalah memisahkan satu jenis mikroba
dengan mikroba lain yang berasal dari
campuran bermacam-macam mikroba.
III.2.2 Isolasi Mikroba Metode Agar
Miring
Isolasi mikroba spesimen kubis pada
praktikum ini dilakukan dengan metode
agar miring. Isolasi mikroba pada agar
miring dilakukan dengan menggoreskan
mikroba secara zig-zag di permukaan agar
menggunakan ose bundar. Peletakkan
mikroba di permukaan agar pada teknik
agar miring memiliki permukaan yang luas
sehingga memberikan suplay oksigen yang
cukup bagi mikroba, sehingga efektif untuk
mikroba aerob dan anaerob fakultatif. Hal
ini sesuai dengan Waluyo (2007), suspensi
yang digores pada permukaan media agar
cawan memberikan suplai oksigen terus-
menerus pada mikroba dan media agar
miring merupakan salah satu cara untuk
kulturisasi mikroba, terutama mikroba
aerobik atau anaerobik fakultatif.
III.2.3 Pengertian dan Fungsi Kultur
Murni
Isolasi mikroba dari kubis pada
praktikum ini bertujuan agar diperoleh kultur
murni Xanthomonas campestris. Kultur murni
dapat dimanfaatkan lebih lanjut untuk
pembuatan gum xanthan melalui fermentasi
aerobik oleh Xanthomonas campestris
selebihnya dapat disimpan sebagai pure
culture stock untuk digunakan lebih lanjut.
Kultur murni merupakan populasi sel
mikroorganisme yang berasal dari satu sel
induk yang sama dengan sifat morfologi dan
serologi seragam tanpa kontaminasi dari
populasi mikroorganisme jenis lain. Hal ini
sesuai dengan pernyataan Nurcahyo (2011),
bahwa kultur murni merupakan semua sel
dalam populasi identik dan berasal dari sel
induk yang sama, biasanya digunakan untuk
membuat produk fermentasi dengan sifat dan
karakteristik yang diketahui dan didukung
oleh Garcia et al (2000), bahwa gum xanthan
adalah polisakarida ekstraseluler yang
dihasilkan melalui fermentasi secara
aerobik Xanthomonas campestris.
III.2.4 Fungsi Pengenceran Bertingkat
Pengenceran bertingkat merupakan
tahapan pendahuluan sebelum dilakukan
inokulasi dan isolasi mikroba. Dalam
praktikum ini, suspensi kubis diencerkan
sebanyak 9 kali dengan perbandingan 1:9
terhadap larutan fisiologis. Pengenceran
bertingkat bertujuan untuk menurunkan
konsentrasi suspensi. Turunnya konsentrasi
suspensi berbanding lurus terhadap
menurunnya jumlah sel di dalamnya,
dengan menurunnya jumlah sel diharapkan
mikroba tersebar merata saat penanaman di
media baru sehingga diperoleh
pertumbuhan optimal, memudahkan dalam
perhitungan jumlah mikroba dan isolasi
jenis mikroba. Hal ini sesusi dengan
Wasteson and Hornes (2009) yang
menyatakan bahwa pengenceran bertingkat
adalah kegiatan mengurangi jumlah
mikroba yang tersuspensi dalam cairan.
Penentuan tingkat pengenceran tergantung
perkiraan jumlah mikroba dalam sampel.
Digunakan perbandingan 1:9 untuk sampel
dan pengenceran pertama dan selanjutnya.
III.2.5 Fungsi dan Komposisi Media NA
Nutrient Agar (NA) adalah salah satu
jenis media sintesis yang takaran dan
komposisinya telah diketahui secara pasti,
biasanya NA berupa bubuk putih. Pada
praktikum ini media NA digunakan sebagai
media pertumbuhan bakteri Xanthomonas
campestris, hal ini karena NA mengandung
nitrogen yang cukup untuk pertumbuhan
bakteri. NA biasanya terbuat dari peptic
digest of animal tissue, sodium chloride,
beef extract, yeast extract, dan agar dengan
pH akhir 7,4±0,2 pada suhu 25oC. Ekstrak
daging sapi dan pepton sebagai sumber
protein, nitrogen, vitamin, serta karbohidrat.
Pepton merupakan sumber utama dari
nitrogen organik, dan agar sebagai pemadat
yang mengandung karbohidrat sehingga
tidak mudah diurai mikroba. Hal ini sesuai
dengan pernyataan Himedia (2011), bahwa
Nutrient Agar (NA) mengandung sumber
nitrogen dalam jumlah cukup untuk
pertumbuhan bakteri. NA umumnya terdiri
dari 5.000Gms/L peptic digest of animal
tissue, 5.000Gms/L Sodium chloride,
1.500gms/L Beef extract, 1.500Gms/l yeast
extract, dan 15.000gms/l agar dengan pH
akhir 7,4±0,2 pada suhu 25oC.
III.2.6 Tanaman Kubis
Praktikum ini dilakukan untuk
mengisolasi bakteri Xanthomonas
campestris yang diperoleh dari kubis. Kubis
atau disebut juga kol memiliki nama ilmiah
Brassica oleracea L. Kubis memiliki
kandungan vitamin, kalium, kalsium, fosfor
dan zat besi serta dapat menangkal radikal
bebas. Kubis sering terjangkit penyakit
busuk hitam yang disebabkan oleh bakteri
Xanthomonas campestris yang masuk dan
keluar melalui sekresi air pada kelenjar
hidatoda yang terletak di tepi dan ujung
daun. Hal ini sesuai dengan pernyataan
Wolf (2005), bahwa Xanthomonas sp.
merupakan salah satu bakteri penyebab
penyakit busuk hitam pada tanaman
Brassicas dan didukung oleh pernyataan
Wolf (2005), bahwa X. campestris pv.
campestris masuk dan keluar melalui
sekresi air pada kelenjar hidatoda.
III.2.7 Sifat Xanthomonas campestris
Xanthomonas campestris adalah
bakteri bersel tunggal, berupa batang,
memiliki panjang 0,7-3,0 x 0,4-0,5 µm,
membentuk rantai, berkapsul, tidak
berspora, bersifat aerob, gram negatif,
bergerak dengan satu flagel polar,
memproduksi polisakarida ekstra berupa
xanthan gum. Koloninya berbentuk bulat,
permukaan koloni cembung dan bertepi
utuh, serta berwarna kuning akibat pigmen
xanthomonadine. Hal ini sesuai dengan
pernyataan Hasna (2011), bahwa
Xanthomonas campestris merupakan
bakteri bersel tunggal, berbentuk batang,
0,7-3,0 x 0,4-0,5 µm, membentuk rantai,
berkapsula, tidak berspora, bersifat gram
negatif, bergerak dengan satu flagel polar.
koloni Xanthomonas sp. berbentuk bulat,
permukaan cembung, bertepi utuh dan
berwarna kuning dan didukung oleh
pernyataan Nitsche et al. (2000), bahwa
Xanthomonas memproduksi polisakarida
ekstra selular yang disebut xanthan gum,
dan koloninya berwarna kuning karena
adanya pigmen xanthomonadine. Serta
menurut (Manicom dan Wallis, 1984),
semua strain Xanthomonas campestris
merupakan bakteri aerobik.
III.2.8 Sterilisasi dengan Autoklaf
Sterilisasi fisik metode panas lembab
menggunakan pemanasan uap air
bertekanan dengan autoklaf merupakan
metode sterilisasi yang umum dilakukan.
Autoklaf bekerja dalam memusnahkan
semua sel vegetatif dan spora dengan
mendenaturasi protein sel melalui
penguapan uap air jenuh pada tekanan di
atas tekanan atmosfer yang digunakan
untuk memanaskan isi autoklaf. Sterilisasi
dengan autoklaf umumnya bekerja pada
suhu 121oC selama 15 menit dengan
tekanan 1,02atm. Uap jenuh di bawah
tekanan digunakan untuk menghasilkan
suhu tinggi yang diperlukan untuk
sterilisasi. Hal ini sesuai dengan
Sultana (2007), bahwa sterilisasi dengan
autoklaf dijalankan menggunakan suhu
121oC selama 15 menit dengan tekanan
sekitar 1,02 atm yang dapat membunuh
mikroorganisme dengan mendenaturasi atau
mengkoagulasi protein enzim, membran sel,
dan endospora bakteri.
III.2.9 Hasil Inokulasi
Berdasarkan hasil pengamatan
inokulasi suspensi mikroba daun kubis
pengenceran 10-5, 10-7, dan 10-9
menggunakan metode spread plate
diperoleh bahwa pada ketiga cawan, koloni
yang tumbuh sangat besar dan memenuhi
seluruh permukaan media. Hal ini diduga
akibat kesalahan penggunaan volume
suspensi 1ml yang seharusnya adalah
0,1ml. Kemungkinan banyak sel mikorba
yang ikut terambil saat pemipetan 1ml
suspensi menyebabkan ketiga cawan
memiliki pertumbuhan sel yang membentuk
banyak koloni bertumpuk dan sulit
dibedakan. Xanthomonas campestris
memiliki pigmen xanthomonadine yang
memberikan warna kuning pada koloni.
Namun, hasil pengamtan menunjukkan
koloni yang tumbuh pada cawan memiliki
warna krem diduga bukan Xanthomonas
campestris. Hal ini bertentangan dengan
Nitsche et al. (2000), Xanthomonas
memiliki koloni berwarna kuning karena
pigmen xanthomonadine. Menurut
Berazandeh (2008), kemungkinan dua
koloni bergabung menjadi satu lebih besar.
III.2.10 Hasil Isolasi
Berdasarkan hasil Isolasi mikroba
dari daun kubis pada media agar miring
diperoleh bahwa koloni mikroba tumbuh
menyebar mengikuti garis zig-zag dan
hampir menutupi permukaan agar miring.
Koloni mikroba yang tumbuh memiliki ciri-
ciri permukaan yang cembung, berbentuk
bulat, dan berwarna krem. Sedangkan
umumnya Xanthomonas campestris
memiliki koloni berwarna kuning yang
dipengaruhi oleh pigmen xanthomonadine.
Diduga usia koloni yang masih muda
menyebabkan warna koloni krem, namun
lambat laun diduga akan menjadi kuning.
Dugaan selanjutnya koloni yang terbentuk
bukan Xanthomonas campestris, hal ini
akibat kesalahan memilih daun kubis yang
bukan terinfeksi Xanthomonas campestris.
Dugaan pertama berkesesuaian dengan
Manicom dan Wallis (1984), bahwa koloni
Xanthomonas campestris memiliki warna
awal abu-abu, tetapi akan menjadi putih
krem. Dengan bertambahnya usia, koloni
menjadi kekuningan. Menurut
Nitsche et al. (2000), Xanthomonas
memiliki koloni berwarna kuning karena
pigmen xanthomonadine.
IV. PENUTUP
IV.1 Simpulan
Berdasarkan praktikum yang telah
dilakukan maka dapat ditarik simpulan
sebagai berikut :
1. Cara pembuatan media isolasi mikroba
dapat dilakukan dengan mengikuti
prosedur takaran yang terdapat pada
kemasan media sintesis. Sedangkan,
media semi sintesis dapat dibuat dengan
mencampur bahan alami dan sintesis
dengan takaran yang diperkirakan sesuai
kebutuhan nutrien mikroba.
2. Cara isolasi mikroba dapat dilakukan
dengan teknik agar miring metode zig-
zag, agar tegak metode tusuk, agar
cawan metode zig-zag, dan agar cawan
metode garis.
3. Prinsip isolasi mikroba adalah
memisahkan jenis mikroba tertentu dari
campuran populasi mikroba lain pada
lingkungan asalnya ke suatu media
buatan untuk mendapatkan kultur murni.
IV.2 Saran
Diharapkan praktikan bekerja secara
aseptis selama kegiatan isolasi mikroba
agar kontaminasi pada media dapat
diminimalisir.
V. DAFTAR PUSTAKA
Barroroli, I. 2012. Pemanfaatan
Bakteriofage sebagai Agens
Pengendalian Hayati Busuk Hitam
pada Kubis. Skripsi. Fakultas
Pertanian Universitas Sebelas Maret.
Surakarta.
Berazandeh, N. 2008. Microbiologi Titles. pv. campestris. Plant Research
Verlag Berlin Heidelberg Media. International : 19-28.
Jerman. Wasteson, Y, and Hornes, E.
Direktorat Jenderal Hortikultura. 2015. 2009. Pathogenic Escherichia Coli
Statistik Produksi Hortikulturan Found in Food. International Journal
2014. Kemeterian Pertanian. Jakarta. Of Food Microbiology, 12, 103-114.
Garcia, F., Santos, V.S., Casas, J.A., dan
Gomez, E. 2000. Xanthan gum: LAMPIRAN
production, recovery, and
properties. J. Mirobiol. Biotech. Lampiran 01. Diagram Alir Sterilisasi
Advances 18 (2000) 549. Madrid. Fisik dan Kimia
Hasna, Q. 2011. Macam-Macam Penyakit Pipet ukur, tabung Alkohol 70%
Kedelai. Universitas Islam Negeri reaksi, dan cawan petri
Malang Press. Malang.
Himedia Technical Data. 2011. Nutrient
Agar. Pencucian alat Sterilisasi Kimia
http://himedialabs.com/TD/M001.pdf
Diakses pada tanggal 11 Februari
2011 di Makassar. Penutupan bibir alat
dengan kapas Penyemprotan pada
Manicom, B.Q., dan F.M. Wallis. 1984. telapak tangan dan
Further Characterization of Pembungkusan badan meja kerja
Xanthomonas campestris pv. mang alat menggunakan
feraeindicae. Internationjaolu Rnalo kertas putih
F Systematbica Cteriology p. 77-79.
Nitsche, M., dan R. Vanessa. 2000. Effect Sterilisasi Fisik (panas basah) Pengelapan tangan
of Virulence And Serial Transfers dan meja kerja hingga
Pensterilan di autoklaf, kering
of Xanthomonas Campestris on T 121oC, t 15 menit
Xanthan Gum Production.
Nurcahyo, H. 2011. Diktat Bioteknologi.
UNY. Yogyakarta.
Pelczar, M.J dan E.C.S. Chan. 2006.
Dasar-Dasar Mikrobiologi 1. UI Alat, tangan, dan meja
Press. Jakarta. kerja Steril
Saenab, A. 2010. Evaluasi Pemanfaatan
Limbah Sayuran Pasar Sebagai
Pakan Ternak Ruminansia di DKI Lampiran 02. Diagram Alir Pembuatan
Jakarta. Balai Pengkajian Teknologi. Larutan Fisiologis
Jakarta. Padatan NaCl
Semangun, H., 2000. Penyakit – Penyakit
Tanaman Perkebunan di Indonesia. Penimbangan 6,375 gram
Gadjah Mada University-Press.
Yogyakarta.
Aquades
Sultana, Y. 2007. Pharmaceutilcal 750ml
Penghomogenan
Microbiology and Biotechnology.
Jamia Hamdard University. New Pensterilisasian di
autoklaf, T 121oC, t 15
Delhi.
menit.
Waluyo, L. 2007. Mikrobiologi Umum.
UMM Press. Malang. Pendinginan
Wolf, J.V.D. 2005. Infection of Brassica
seed with Xanthomonas campestris Larutan Fisiologis 0,85%
Lampiran 03. Diagram Alir Pembuatan Lampiran 05. Diagram Alir Pengenceran
Media Bertingkat
Sampel cair : nira, yogurt, sampel padat meliputi tempe,
PDA NA YEA GPB yakult, dan suspensi kubis tape, starter Acetobacter
dalam media GPB xylinum,
Pencampuran : Pencampuran :
Penimbangan Penimbangan
Yeast 4,2g dan Kasipton 1,25g dan
3,9g 5g Penimbangan 2-5g
agar 2g glukosa 2,5g

Pelarutan dengan larutan

Pelarutan dengan aquades fisiologis hingga 10ml
hingga 125ml

Pemipetan larutan fisiologis

Homogenisasi dengan 0.85% 9ml ke tabung reaksi
hotplate stirrer pertama

Pemipetan larutan fisiologis

0.85% 9,9ml ke dalam 4
Pendinginan di refrigerator tabung reaksi lainnya.

Pemipetan 1ml sampel ke

tabung reaksi pertama, disebut
Lampiran 04. Diagram Alir Peleburan pegenceran 10-1
Basis Xanthomonas campestris Kubis
Pemipetan suspensi
pada Media GPB 0,1ml dari tabung reaksi
pertama ke tabung reaksi ke-2,
Daun kubis terinfensi disebut pengenceran 10-3
Xanthomonas campestris

Pengulangan pengenceran
hingga mencapai pengenceran
Pencucian dengan aquades 10-9.

Lampiran 06. Diagram Alir Inokulasi

Pencampuran dengan
media GPB Mikroba Aerob Teknik Sebar (Spread
Plate)
Peleburan basis dengan Media NA Media PDA
waterbath shaker T 30oC
dan r 90rpm selama 2 jam

Penuangan media ¼ volume

cawan petri ke 3 cawan
Suspensi kubis dalam GPB
petri

Pemadatan media

Pemipetan 0,1ml suspensi kubis, jeruk,

Pemipetan 0,1ml suspensi tempe
starter Acetobacter xylinum, yakult, dan
engenceran 10-5, 10-7, dan 10-9
yogurt pengenceran 10-5, 10-7, dan 10-9
Ke atas media PDA
Ke atas media NA

Perataan

Pendinginan hingga
memadat

Penginkubasian
Lampiran 07. Diagram Alir Inokulasi
Mikroba Anaerob Teknik Tuang (Pour
Plate)
Suspensi tape Suspensi nira
pengenceran 10-5, 10-7, pengenceran 10-5, 10-7,
dan 10-9 dan 10-9

Pemipetan 0,1ml ke dalam

cawan petri

Penambahan media YEA ¾ Penambahan media PDA ¾

volume cawan petri volume cawan petri

Perataan

Pendinginan hingga
memadat

Penginkubasian