Pewarnaan khusus merupakan metode pewarnaan untuk mewarnai struktur khusus atau

tertentu dari bakteri seperti bagian spora, kapsul, dan flagella. Tujuannya adalah agar bagian
spesifik tersebut menjadi lebih mudah untuk diamati. Bagian spesifik tersebut memiliki sifat
yang khas sehingga untuk mewarnainya diperlukan pewarnaan dan teknik pengecatan yang
khusus (Gandjar dkk. 1992; Tortora dkk. 2010).

b. Pewarnaan Kapsul

Beberapa jenis bakteri mengeluarkan bahan-bahan yang amat berlendir dan lengket pada
permukaan selnya, dan melengkungi dinding sel. Bila bahan berlendir tersebut tampak sebagai
suatu bentuk yang pasti (bundar/lonjong) maka disebut kapsul, tetapi bila bentuknya tidak teratur
dan kurang menempel dengan erat pada sel bakteri disebut selaput lendir. Kapsul dan lendir
tidaklah esensial bagi kehidupan sel, tapi dapat ber fungsi sebagai cadangan makanan,
perlindungan terhadap fagositosis (baik dalam tubuh inang maupun dialam bebas) atau
perlindungan terhadap dehidrasi. Kemampuan menghasilkan kapsul merupakan sifat genetis,
tetapi produksinya sangat dipengaruhi oleh komposisi medium tempat ditumbuhkannya sel-sel
yang bersangkutan. Komposisi medium juga dapat mempengaruhi ukuran kapsul. Ukuran kapsul
berbeda-beda menurut jenis bakterinya dan juga dapat berbeda diantara jalur-jalur yang berlainan
dalam satu spesies. Pada beberapa jenis bakteri adanya kapsul sebagai petunjuk virulensi.
Semua kapsul bakteri tampaknya dapat larut dalam air.

Pada leokonostok mesendteroides), polimer gula amino (misalnya asam hialuronat pada
Staphylococcus piogenik), polipeptida (misalnya polimer asam D-glutamat pada Bacillus
antraksis) atau kompleks polisakarida, dan glikoprotein ( misalnya B disentri). Pewarnaan
kapsul tidak dapat dilakukan sebagaimana melakukan pewarnaan sederhana, pewarnaan kapsul
dilakukan dengan menggabungkan prosedur dari pewarnaan sederhana dan pewarnaan negatif.
Masalahnya adalah ketika kita memanaskan prepat dengan suhu yang sangat tinggi kapsul akan
hancur, sedangakan apabila kita tidak melakukan pemanasan pada preparat, bakteri akan tidak
dapat menempel dengan erat dan dapat hilang ketika kita mencuci preparat.

Pewarnaan kapsul menggunakan pewarna Kristal Violet dan sebagai pelunturnya adalah
Copper Sulfate. Kristal violet memberikan warna ungu gelap terhadap sel bakteri dan kapsul.
Namun kapsul bersifat nonionic, sehingga pewarna utama tidak dapat meresap dengan kuat pada
kapsul bakteri. Copper sulfate bertindak sebagai peluntur sekaligus counterstain, sehingga
mengubah warna yang sebelumnya ungu gelap menjadi biru muda atau pink. Maka dari itu pada
pewarnaan kapsul, kapsul akan transparan sedangakan sel bakteri dan latar belakangnya akan
berwarna biru muda atau pink.

Kebanyakan bakteri mengeluarkan lendir pada permukaan selnya yang melapisi dinding sel. Jika
lapisan lendir ini cukup tebal dan kompak maka disebut dengan kapsula. Pada beberapa bakteri
adanya kapsula menunjukkan sifat yang virulen. Kapsula bakteri tidak berwarna sehingga untuk
mengetahui ada tidaknya kapsula bakteri perlu dilakukan pewarnaan khusus (Hastuti, 2008).
Pewarnaan ini bisa dilakukan dengan menggunakan nigrosin, merah kongo atau tinta cina.
Setelah ditambahkan pewarna yang tidak menembus kapsul, maka kapsul dapat tampak dengan
menggunakan mikroskop cahaya. Ini merupakan penampilan negatif kapsul yang terlihat jernih
dengan latar belakang gelap (Schlegel, 1994).