TUGAS REMEDIAL KIMIA DASAR

Nama : Annisa Intanadhia Saroba

NIM : 1610714053
Kelas : B

1. Nitrate Reductase (Cytochrome) [EC 1.9.6.1]

 Definisi dan Mekanisme Reaksi
Pernapasan ini atau "anaerobik" nitrat reduktase (NR) (sitokrom) dari E. coli
mengkatalisis reaksi berikut:

Ini adalah enzim terikat membran yang berhubungan erat dengan dehidrogenase
formate, bersama dengan NR berisi b sitokrom fungsional. Skema pengangkutan
elektron dari formate nitrat dan termasuk partisipasi quinone telah dilaporkan oleh
Henokh dan Lester (1974). Meskipun gangguan sistem dan penghapusan kofaktor, NR
dimurnikan tetap fungsional dalam pembentukan nitrit ketika sebuah agen pereduksi
cocok disediakan. Dalam kasus metil viologen dan Benzil viologen telah ditemukan
paling berguna.
Penggunaan viologen pewarna yang dapat dikurangi kimiawi menyajikan dalam
assay enzim dan dalam penentuan konsentrasi rendah nitrat. Lowe dan Gillespie (1975)
menggambarkan tekad nitrat colorimetric sangat sensitif. (Nitrit dibentuk bereaksi
dengan reagen chromogen untuk menghasilkan warna merah.) Tes ini beradaptasi
untuk studi polusi tanah dan aliran air. Lihat juga McNamara et al. (1971).
Enzim nitrat reduktase (NR; EC 1.6.6.1-3) merupakan enzim yang
mengkatalisis reduksi NAD(P)H dari nitrat menjadi nitrit. NR dijumpai pada tanaman,
alga, dan jamur yang berfungsi untuk metabolisme nitrogen (Campbell, 1999). NR
termasuk jenis flavoprotein yang memiliki ko-enzim berupa FAD (Flavin Adenin
Dinukleotida) dan memiliki sitokrom b–557 serta memiliki MoCO (Molybdenum
Cofactor) dalam mekanisme kerjanya (Gambar 1) (Guerrero et al., 1981; Heldt, 2005).
NR merupakan enzim indusibel yang diinduksi oleh subtratnya yakni nitrat
(Munzarovaet al, 2006) dan juga dapat dipengaruhi oleh faktor-faktor yang lain seperti
kadar CO2 (Kaplan et al., 1974), intensitas cahaya (Li & Oaks, 1995), pH (Shankaret
al., 2000), pupuk (Genenger et al., 2003), salinitas dan kadar gkukosa (Baraba´set al.,
2000).

Gambar 1. Mekanisme kerja nitrat reduktase mentransfer elektron

dari NADH ke nitrat (Heldt, 2005).

Kadar NR juga berkorelasi dengan kadar nitrat dalam organ tanaman. Hal ini
dikarenakan enzim ini banyak tersebar di berbagai macam organ tanaman seperti daun,
bunga, akar, batang, dan buah, namun penyebaran NR antara organ satu dengan yang
lainnya berbeda di setiap tanamannya. Kadar NR paling banyak ditemukan di daun
kemudian batang, akar, buah, dan yang terkecil ditemukan di biji (Santamariaet al.,
1999). Akan tetapi penyebaran NR dalam organ tanaman juga dapat dipengaruhi oleh
banyak faktor seperti ketersediaan substratnya, jenis tanaman, umur tanaman, dan
kondisi hara (Marschner, 1995).

Gambar 2. Mekanisme asimilasi nitrat di akar dan daun (Heldt, 2005).

NR merupakan enzim yang pertama kali digunakan dalam jalur asimilasi nitrat,
yakni mengubah nitrat menjadi nitrit dengan NADH /NADPH sebagai donor
elektronnya (Baraba´set al., 2000). Pada umumnya asimiliasi nitrat terjadi di daun
meskipun beberapa tanaman seperti kedelai melakukan asimilasi nitrat di akar. Disini
peranan NR dalam asimilasi nitrat dapat dilihat pada Gambar 2. Ketika nitrat (NO3-)
diserap oleh akar, maka NR akan mereduksi nitrat menjadi nitrit dan selanjutnya nitrit
dipindahkan ke leukoplas untuk direduksi menjadi ammonia. Nitrat juga akan
ditransportasikan ke daun melalui berkas pembuluh xylem. Disini nitrat juga direduksi
menjadi nitrit oleh NR dan produknya akan direduksi menjadi ammonia di dalam
kloroplas. Nitrat juga dapat disimpan dalam vakuola. Karena reduksi nitrat terjadi di
sitosol, maka sewaktu-waktu nitrat dalam vakuola dapat dipindahkan ke sitosol untuk
direduksi (Heldt, 2005).

Gambar 3. Regulasi enzim nitrat reduktase (Heldt, 2005).

Tingkatan regulasi molekular enzim NR dikontrol oleh gen penghasil NR. Gen
NR dapat diinduksi oleh nitrat, cahaya, dan glukosa. Sementara inhibitor gen NR
berupa ammonia dan glutamin. Setelah gen NR mensintesis enzim NR, maka enzim
NR akan diaktivasi oleh serangkaian protein kinase melalui jalur nitrat reduktase
kinase. Protein kinase tersebut akan difosforilasi agar enzim NR menjadi aktif. Selain
itu, ion Ca2+ juga dapat menstimulasi proses aktivasi enzim NR. Enzim NR juga
memiliki inhibitor seperti protein inhibitor, asam oksalat, triosa fosfat, dan jenis fosfat
ester yang lain yang mampu menonaktivasi enzim NR (Gambar 3) (Campbell, 1999;
Heldt, 2005). Selain gen NR yang terlibat dalam sintesis enzim NR dalam reduksi nitrat,
ada gen yang lain yang bertindak sebagai transporter substrat enzim NR yakni gen
NRT2 (NR Transporter). Gen NTR2 akan mensintesis protein transporter agar substrat
berupa nitrat dapat masuk ke dalam sel. Gen NTR2 ini dapat dihambat oleh glutamin
yang merupakan hasil perubahan dari ammonia. Ammonia juga dapat menghambat
transportasi nitrat ke dalam sitosol (Gambar 4) (Jackson et al., 2008).
 Gambar 4. Mekanisme transportasi nitrat ke dalam sitosol yang dikendalikan oleh
gen NRT2 (Jackson et al., 2008).

Dalam siklus biogeokimia, enzim NR sangat berperan dalam proses nitrifikasi

atau pembentukan nitrit dari nitrat. Tahap selanjutnya produk dari NR yakni nitrit akan
mengalami amonifikasi dengan bantuan enzim nitrit reduktase (NiR). Dengan bantuan
enzim nitrogenase, ammonia akan diubah menjadi gas nitrogen bebas (Voet & Voet,
2009).

 Kelainan atau Penyakit

o Defisiensi : Ciri-cirinya adalah dapat dikenali dari daun bagian bawah. Daun
pada bagian tersebut menguning karena kekurangan klorofil. Pada proses lebih
lanjut, daun akan mengering dan rontok. Tulang-tulang di bawah permukaan
daun muda akan tampak pucat. Pertumbuhan tanaman melambat, kerdil dan
lemah. Akibatnya produksi bunga dan biji pun akan rendah.

o Kelebihan : Ciri-cirinya adalah warna daun yang terlalu hijau, tanaman rimbun
dengan daun. Proses pembuangan menjadi lama. Adenium bakal bersifat
sekulen karena mengandung banyak air. Hal itu menyebabkan tanaman rentan
terhadap serangan jamur dan penyakit, serta mudah roboh. Produksi bunga pun
akan menurun.

2. Sulfide Dehydrogenase [EC 1.8.1.19]

 Definisi dan Mekanisme Reaksi
Dalam biologi molekuler, flavocytochrome c sulfida dehidrogenase adalah
enzim yang terdapat pada oxidising belerang bakteri seperti ungu bakteri phototrophic
Chromatium vinosum. Ini adalah dimers flavoprotein dan dihaem sitokrom bahwa
melaksanakan bergantung pada hidrogen sulfida sitokrom C pengurangan. Dihema
sitokrom lipatan ke dua domain, masing-masing yang menyerupai mitokondria
 sitokrom c, dengan dua kelompok Hema terikat ke pedalaman subunit. Flavoprotein
subunit memiliki kali lipat reduktase-seperti glutathione yang terdiri dari inti beta(3,4)-
alpha (3), dan sandwich alpha + beta. Situs aktif subunit flavoprotein berisi sebuah
jembatan penting catalytically disulfida yang terletak di atas bagian pirimidin cincin
flavin. Flavoprotein berisi C-terminal domain diperlukan untuk mengikat flavin, dan
transfer elektron berikutnya. Elektron yang ditransfer dari flavin ke salah satu
kelompok Hema di sitokrom.

Hydrogen sulfide + Polysulfide(n) + NADP+ <=> Polysulfide(n+1) + NADPH + H+

 Cara Isolasi
Flavocytochrome c-sulfida dehydrogenases (FCSDs) yang kompleks dari
flavoprotein dengan sitokrom tipe c bergantung pada hidrogen sulfida sitokrom c
pengurangan secara in vitro. Asam amino urutan analisis mengungkapkan bahwa
hubungan filogenetik berbeda flavoproteins mencerminkan hubungan oksidasi
belerang bakteri. Flavoprotein SoxF Paracoccus pantotrophus adalah 29-67% identik
subunit flavoprotein dari FCSD phototrophic mengoksidasi belerang bakteri.
Pemurnian menghasilkan homogen hijau zamrud protein monomeric 42 797 SoxF Da.
SoxF dikatalisis sulfida tergantung kuda jantung sitokrom c pengurangan pada pH
optimal 6.0 dengan k(cat) 3.9 s(-1), K(m) 2.3 microM untuk sulfida dan K(m) 116
microM sitokrom c, sebagaimana ditentukan oleh analisis regresi non-linear. Hasil 1.9
mol sitokrom c dikurangi per mol sulfida menunjukkan belerang atau polysulfide
sebagai produk. Aktivitas dehidrogenase sulfida SoxF dihambat oleh belerang (K(i) =
1.3 microM) dan diinaktivasi dengan sulfite. Sianida (1 mM) menghambat aktivitas
SoxF pada pH 6.0 oleh 25% dan pada pH 8,0 oleh 92%. Titrations redoks dalam kisaran
spektral inframerah dari 1800 1200 cm(-1) dan kisaran spektral terlihat dari 400 sampai
700 nm kedua menghasilkan sebuah titik tengah yang potensial untuk SoxF-555 + /-10
mV versus Ag AgCl pada pH 7,5 dan-440 / 20 mV versus Ag AgCl pada pH 6.0 (-232
mV versus DIA ') dan transfer elektron 1.9. Secara electrochemical diinduksi FTIR
perbedaan garis spektrum SoxF dibandingkan dengan orang-orang dari gratis flavin
dalam larutan menyarankan kuat kofaktor interaksi dengan apoprotein. Selain itu,
aktivasi/variasi dari SoxF selama siklus redoks diamati. Ini adalah laporan pertama
flavoprotein monomeric dengan aktivitas sulfida dehydrogenase.
3. Aromatase [EC 1.14.14.14]
 Definisi dan Mekanisme Reaksi
Aromatase adalah enzim yang terlibat dalam produksi estrogen, yaitu sebagai
katalis bagi konversi testosteron (sebuah androgen) menjadi estradiol (sebuah
estrogen). Aromatase, juga disebut estrogen sintetase emas estrogen sintase. Ini adalah
CYP19A1, anggota superfamili sitokrom P450 (EC 1.14.14.1), yang monooxygenases
bahwa mengkatalisasi banyak reaksi terlibat dalam steroidogenesis. Secara khusus,
aromatase bertanggung jawab untuk aromatization androgen ke estrogen. Enzim
aromatase dapat ditemukan di banyak jaringan termasuk gonad, otak, Jaringan adiposa,
plasenta, pembuluh darah, kulit dan tulang, serta di jaringan endometriosis, fibroid
uterus, kanker payudara dan Kanker endometrium. Ini adalah faktor penting dalam
perkembangan seksual.
Aromatase dilokalisasi dalam endoplasma yang mana ini diatur oleh promotor
jaringan-spesifik yang pada gilirannya dikendalikan oleh hormon, sitokin, dan faktor
lainnya. Ini mengkatalisis langkah-langkah terakhir biosintesis estrogen dari androgen
(khususnya, mengubah androstenedione untuk estrone dan testosteron untuk estradiol).
Langkah-langkah ini mencakup tiga berturut-turut hydroxylations kelompok 19-metil
androgen, diikuti dengan penghapusan gugus metil sebagai formate simultan dan
aromatization A-cincin.

Reaksi umum untuk konversi testosteron estradiol dikatalisis oleh aromatase. Steroid
terdiri dari empat cincin menyatu (berlabel A-D). Aromatase mengkonversi cincin
berlabel "A" ke dalam keadaan aromatik.

Mekanisme katalitik aromatase. Gugus metil teroksidasi dan kemudian dihilangkan.

Faktor-faktor yang dikenal untuk meningkatkan aktivitas aromatase meliputi

usia, obesitas, insulin, gonadotropins, dan alkohol. Kegiatan aromatase berkurang oleh
prolaktin, hormone anti-Müllerian dan glifosat herbisida. Kegiatan aromatase
 tampaknya akan ditingkatkan secara tertentu estrogen-tergantung jaringan lokal di
jaringan payudara, kanker endometrium, endometriosis, dan fibroid uterus.
Aromatase umumnya hadir selama diferensiasi ovarium. Hal ini juga rentan
terhadap pengaruh lingkungan, khususnya suhu. Dalam spesies dengan suhu-
bergantung pada seks, aromatase dinyatakan dalam jumlah yang lebih tinggi pada suhu
yang menghasilkan keturunan perempuan. Meskipun fakta bahwa data menunjukkan
suhu mengontrol jumlah aromatase, penelitian lain menunjukkan aromatase yang dapat
mengalahkan efek suhu: jika terdapat lebih aromatase pada suhu laki-laki, organisme
akan mengembangkan perempuan dan sebaliknya, jika terkena kurang aromatase pada
suhu perempuan, organisme akan mengembangkan laki-laki (Lihat seks pembalikan).
Dalam organisme yang berkembang melalui seks genetik penentuan, suhu tidak
mempengaruhi ekspresi dan fungsi aromatase, menunjukkan bahwa aromatase adalah
molekul target untuk suhu selama TSD. Ini bervariasi dari jenis-jenis apakah itu adalah
protein aromatase yang memiliki berbagai aktivitas pada suhu yang berbeda atau
apakah jumlah transkripsi yang dialami oleh gen aromatase apa itu suhu-sensitif, tetapi
dalam kedua kasus, diferensial pengembangan diamati pada suhu yang berbeda.
Aromatase di otak yang biasanya hanya diungkapkan dalam neuron. Namun,
setelah cedera otak penetratif tikus dan zebra Finch, itu telah terbukti dinyatakan dalam
astrosit. Selain itu, itu juga telah ditunjukkan untuk mengurangi apoptosis mengikuti
cedera otak di zebra finch. Hal ini diperkirakan terjadi karena tindakan estrogen,
termasuk estradiol saraf. Penelitian telah menemukan bahwa dua sitokin pro-inflamasi,
interleukin-1β (IL-1β) dan interleukin-6 (IL-6), bertanggung jawab untuk induksi
aromatase ekspresi di astrosit mengikuti cedera otak penetratif di zebra finch.

 Kelainan atau Penyakit

o Defisiensi : Sindrom ini adalah karena mutasi gen CYP19 dan diwariskan
dengan cara resesif autosomal. Akumulasi androgen selama kehamilan dapat
menyebabkan virilization perempuan di kelahiran (laki-laki yang tidak
terpengaruh). Wanita akan memiliki amenore utama. Individu-individu dari
kedua jenis kelamin akan tinggi, karena kurangnya estrogen tidak membawa
garis penutupan epiphyseal.

o Kelebihan : Sejumlah peneliti telah melaporkan pada sindrom agak jarang yaitu
sindrom kelebihan aromatase. Pada laki-laki, itu dapat menyebabkan
ginekomastia, dan pada perempuan mengalami pubertas sebelum waktunya dan
gigantomastia. Dalam kedua jenis kelamin, awal penutupan epiphyseal
mengarah pada perawakan pendek. Kondisi ini adalah karena mutasi pada gen
CYP19A1 yang mengkode aromatase. Itu diwariskan dengan cara dominan
autosomal. Telah diusulkan bahwa Akhenaten Firaun dan anggota lain dari
keluarganya mungkin menderita gangguan ini, namun tes genetik yang lebih
baru menunjukkan sebaliknya. Ini adalah salah satu penyebab pubertas sebelum
waktunya — suatu kondisi yang pertama kali dijelaskan pada tahun 1937.
4. Hydrogenase (Acceptor) [EC 1.12.99.6]
 Definisi dan Mekanisme Reaksi
Dalam enzymology, hydrogenase (Acceptor) adalah enzim yang mengkatalisis
reaksi kimia.

H2 + A AH2

Jadi, terdapat dua substrat dari enzim ini yaitu H2 dan A, sedangkan produknya
AH2. Enzim ini milik keluarga oxidoreductases, khususnya mereka yang bertindak pada
hidrogen sebagai donor dengan partisipan lain. Nama sistematis kelas enzim ini adalah
hydrogen:acceptor oxidoreductase. Nama lainnya dalam penggunaan umum termasuk
H2 memproduksi hydrogenase, hidrogen-lyase, hydrogenlyase, uptake hydrogenase,
dan hydrogen:(acceptor) oxidoreductase.

Hidrogenase merupakan enzim yang dapat mengkatalis hydrogen. Enzim

Hidrogenase dapat mengkatalisis oksidasi reversibel H2 dengan reaksi sebagai berikut:

(1) H2 + Aox → 2H+ + Ared

(2) 2H+ + Dred → H2 + Dox

Berbagai macam hidrogenase diketahui terlibat dalam metabolisme energi baik

sebagai katalis oksidasi H2 maupun reduksi H+ secara langsung maupun tidak
langsung. Hidrogenase umumnya dapat ditemukan dari berbagai mikroorganisme,
termasuk bakteri, beberapa mikroalga fotosintetik, dan arkae. Berdasarkan transisi
kofaktor logam yang berasosiasi dengan gugus aktifnya, secara filogeni hidrogenase
dapat diklasifikasikan menjadi tiga klaster, yaitu: klaster [FeFe] Hidrogenase, [NiFe]
Hidrogenase, dan klaster bebas Fe-S hidrogenase.

Mekanisme molekul yang proton diubah menjadi molekul hidrogen dalam

hydrogenases adalah masih dalam studi luas. Salah satu pendekatan populer
mempekerjakan insersional untuk menelaah peran asam amino dan/atau ligan dalam
langkah-langkah yang berbeda dari katalis seperti intramolecular transportasi substrat.
Sebagai contoh, Cornish et al. melakukan studi insersional dan menemukan bahwa 4
asam amino yang terletak di sepanjang Selat diduga yang menghubungkan situs aktif
dan permukaan protein sangat penting untuk fungsi enzimatik [FeFe] hydrogenase dari
clostridium pasteurianum (CpI). Di sisi lain, salah satu juga dapat mengandalkan pada
analisis komputasi dan simulasi. Nilsson Lill dan Siegbahn baru-baru ini telah
mengambil pendekatan ini dalam menyelidiki mekanisme yang hydrogenases [NiFe]
 mengkatalisasi H2. 2 pendekatan ini melengkapi dan dapat menguntungkan satu sama
lain. Pada kenyataannya, Cao dan Hall mengkombinasikan kedua pendekatan dalam
mengembangkan model yang menggambarkan bagaimana molekul hidrogen
teroksidasi atau diproduksi dalam situs aktif dari hydrogenases [FeFe]. Sementara
penelitian lain dan data eksperimen yang diperlukan untuk melengkapi pemahaman kita
tentang mekanisme, temuan ini telah memungkinkan para ilmuwan untuk menerapkan
pengetahuan, misalnya, bangunan buatan katalis meniru situs aktif dari hydrogenases.

 Cara Isolasi
Hydrogenase dari thermophilic archaebacterium Thermococcus stetteri telah
terisolasi. Prosedur ini melibatkan empat langkah, tahap terakhir menjadi Elektroforesis
persediaan, dengan hasil keseluruhan 40%. Massa molekul diperkirakan sekitar 106
kDa. Analisis untuk konten logam ditemukan besi dan nikel dalam rasio 13:1. Flavin
juga terdeteksi dalam enzim dan diidentifikasi sebagai FMN. Kegiatan hydrogenase
seperti ini relatif tidak sensitif terhadap inhibisi oleh karbon monoksida, Ki 67 μM.
Perilaku ini mengindikasi hydrogenase jenis besi nikel. Spektroskopi resonansi
paramagnetik elektron enzim menunjukkan sinyal karakteristik besi-belerang cluster.
Garis-garis spektrum hidrogen-mengurangi T. stetteri hydrogenase, direkam di 70 K,
menunjukkan adanya satu jenis [2Fe-2S] cluster. Di bawah 10 K, garis-garis spektrum
kompleks, dan menunjukkan kehadiran kluster besi-belerang lainnya dengan elektron-
berputar sangat cepat tingkat relaksasi, ditafsirkan sebagai [4Fe-4S] kelompok, dan
jumlah kecil [3Fe-4S] cluster. Properti ini menunjukkan bahwa T. stetteri hydrogenase
berhubungan dengan hydrogenases Pyrococcus furiosus, hyperthermophilic
archaebacterium dan Alcaligenes eutrophus.

5. Nitrogenase [EC 1.18.6.1]

 Definisi dan Mekanisme Reaksi
Nitrogenase adalah enzim yang dapat mereduksi gas nitrogen di udara menjadi
amonia. Gas nitrogen yang berada di alam sebanyak 78% dari komposisi udara tidak
dapt digunakan oleh tanaman, oleh karena itu perlu diubah terlebih dahulu menjadi
bentuk lain, salah satunya molekul amonia. Enzim nitrogenase terbagi menjadi dua
yaitu dinitrogen reduktase yang memiliki molekul protein Fe dan dinitrogenase yang
memiliki molekul protein Mo-Fe. Nitrogenase akan menjadi inaktif apabila terdapat
oksigen yang bereaksi dengan komponen Fe dari protein.
Enzim nitrogenase dimiliki oleh bakteri penambat nitrogen. Enzim ini bersift
konservatif karena memiliki struktur gen yang sama, hanya saja ekspresinya yang
berbeda. Aktivitas enzim nitrogenase dapat diukur dengan metode Asai Reduksi
Asetilen (ARA).
 o Reaksi Oksidasi

Reaksi reduksi gas nitrogen menjadi amonia terjadi apabila molekul gas
nitrogen terikat pada komplek enzim nitrogenase. Tiap reaksi memerlukan elektron
yang disumbangkan oleh feredoksin. Dinitrogen reduktase mula-mula direduksi oleh
elektron yang diberikan oleh feredoksin yang dihasilkan melalui fotosintesis, respirasi,
atau fermentasi. Dinitrogen reduktase yang tereduksi akan mengikat ATP (adenosin
trifosfat) dan mereduksi dinitrogenase yang memberikan elektron kepada gas nitrogen
sehingga menghasilkan NH=NH. Pada daur berikutnya NH=NH direduksi menjadi
amino nitrogen dan selanjutnya direduksi lagi menjadi dua molekul NH3. Dua molekul
amonia dihasilkan dari satu molekul gas nitrogen menggunakan 16 molekul ATP serta
pasokan elektron dan proton yang berupa ion hidrogen.
o Fiksasi Nitrogen

Reaksi yang mengubah nitrogen di udara menjadi amonia adalah dasar

kehidupan. Fiksasi nitrogen, reaksi yang mengikat nitrogen di atmosfer menjadi
amonia, dilakukan oleh Rhizobium di akar tumbuhan polong-polongan atau oleh
bakteri di alga dalam atmosfer anaerobik. Semua hewan, tanaman, termasuk manusia,
bergantung pada fiksasi nitrogen biologis untuk mendapatkan nitrogen bagi
penyusunan protein dan senyawa lain yang mengandung nitrogen sebelum ada proses
Harber-Bosch.

N2 + 8 H+ + 8 e + 16 MgATP → 2 NH3 + H2 +16 MgADP + 16Pi

(Pi adalah fosfat anorganik).

Suatu enzim yang dinamakan nitrogenase mengkatalisis reaksi ini. Nitrogenase

mengandung protein besi-belerang dan besi-molibdenum, dan mereduksi nitrogen
dengan koordinasi dan transfer elektron dan proton secara kooperatif, dengan
menggunakan MgATP sebagai sumberenergi. Karena pentingnya reaksi ini, usaha-
usaha untuk mengklarifikasi struktur nitrogenase dan mengembangkan katalis artifisial
untuk fiksasi nitrogen telah dilakukan secara kontinyu selama beberapa tahun. Baru-
baru ini, struktur pusat aktif nitrogenase yang disebut dengan kofaktor besi-
molibdenum telah ditentukan dengan analisis kristal tunggal dengan sinar-X (Gambar
8.2).

Menurut hasil analisis ini, strukturnya memiliki kluster Fe3MoS4 dan Fe4S4
yang dihubungkan melalui S.

Dipercaya bahwa dinitrogen diaktivasi dengan koordinasi antara dua kluster. Di

pihak lain, bagian yang disebut dengan kluster p yang terdiri dari dua kluster Fe4S4
clusters. Peran dan mekanisme reaksi kedua kluster ini belum jelas.
o Asimilasi Nitrat

Jumlah relatif NO3- dan nitrogen organik dalam xylem bergantung pada kondisi
lingkungan. Jenis tumbuhan yang akarnya mampu mengasimilasi N, dalam cairan
Xylem dijumpai banyak asam amino, amide an urine, tidak dijumpai NH4+. Sedangkan
jika di dalm cairan xylem mengandung NO3- berarti akar tumbuhan itu tidak mampu
mengasimilasi NO3-. Kalau dlam lingkungan perakaran NO3- terdapat dalam jumlah
besr, cairan xylem akan mengandung NO3- juga. Proses keseluruhan reduksi NO3-
menjadi NH4 yaitu:
a. Reduksi Nitrat
-------> NO3- + NADH NO2+ + NAD + H2O
Reaksi ini berlangsung di sitosol, enzim yang mengkatalis adalah nitrat
reduktase, enzim yang memindahkan dua elektron dari NADPH2, hasilnya
adalah nitrite, NAD (NADP) dan H2O. Nitrat reduktase adalh suatu enzim besar
dan kompleks yang terdiri dari FAD, satu sitokrom dan Molibdenum (Mo) yang
semuanya akan tereduksi dan teroksidasi pada waktu elektron diangkut dari
NADH2 ke atom nitrogen dalm NO3
b. Reduksi Nitrit

------> NO2 + 3 H2O + 6 Fd +2 H+ + cahaya NH4+ + 1,5O2 +3 H2O + 6 Fd

Reaksi ini berlangsung di kloroplas (pada daun) atau pada proplastida
(pada akar), dengan enzim Nitrit reduktase. Meskipun Fd tereduksi merupakan
donor elektron yang khas bagi nitrit reduktase di daun.
 o Pengubahan NH4+ mejadi senyawa organic

NH4+ (ammonium) yang diserap langsung dari tanah atu yang dihasilkan oleh
fiksasi N2 tidakb pernah dijumpai tertimbun dalam tubuh tumbuhan. Ammonium ini
bersifat racun, mungkin menghambat pembentukan ATP dalam kloroplas maupun
dalam mitokndria. Ammonium ini segera ditangkap oleh asam glutamat untuk menjadi
glutamine dengan enzim glutamine sintetase, glutamin direaksikan dengan asam α keto
glutarat menjadi 2 molekul asam glutamate. Untuk reaksi ini juga diperlukan elektron
yang bersal dari Fd (dalam kloroplas) dan NADH atau NADPH2 dalam proplastida dari
sel-sel non-fotosintetik. Salah satu dari kedua glutamate yang terbentuk diperlukan
untuk mempertahankan reaksi 1, sedang glutamat yang kedua dapat berubah langsung
menjadi protein atau asam amino lain yang diperlukan untuk sintesis protein, klorofil,
asam nukleat dan lain-lain. Selain membentuk glutamate, glutamine dapat memberikan
gugus amide-nya kepada asam aspartat untuk menjadi asparagin yang dikatalis oleh
enzim asparagin sintetase. Glutamin dan asparagin menjadi senyawa nitrogen organik
pertama yang terbentuk, selanjutnya gugus NH2 dapat diberikan kepada α keto
karboksilat, membentuk asam amino. Proses ini dinamakan transaminasi. Dengan
transaminasi berbagai asam amino dapat dibuat, tergantung pada α keto karboksilatnya.

Kemampuan khusus bakteri pemfiksasi nitrogen untuk mereduksi N2 menjadi

ammonia tergnatung pada system enzimyang disebut “kompleks nitrogenase”.
Kompleks ini ternyata sama benar sifatnya dalam mengikat nitrogen sampai kini.

Pengetahuan yang di dapat kini menunjukkan, bahwa kompleks nitrogenase

terdiri dari enam protein dan mengandung dua aktivitas enzim berbeda. Satu disebut
nitrogenase saja, dan yang lain disebut nitrogenase reduktase. Komponen nitrogenase
dari kompleks itu mengandung empat subunit yang dibina atas dua macam protein.
Masing-masing protein rangkap dua. Molekulnya juga mengandung kofaktor. Kofaktor
itu adalah besi molybdenum, berarti mengandung besi molybdenum. Struktur kofaktor
belum diketahui meski telah bertahun-tahun diselidiki.

Reduksi N2 banyak mengandung energi. Ada 20 sampai 30 molekul adenosine

trifosfat (ATP), alat tukar energy dalam sel, diperlukan untuk menunjang reduksi satu
molekul nitrogen menjadi ammonia. Lagipula reaksi nitrogenase banyak menghasilkan
ampas, karena ia juga menghasilkan ion nitrogen menjadi molekul hydrogen, H1 yang
berupa gas.

Nitrogenase reduktase berberat molekul 60.000 dan terdiri dari dua molekul
subunit protein yang identik. Cirinya berwarna coklat, karena mengandung untaian besi
dan belerang.

Enzim nitrogenase akan terganggu aktivitasnya bila terdapat oksigen, karena

oksigen akan berikatan dengan Fe yang merupakan penyusun dari enzim ini. Perlu
diadakan upaya proteksi terhadap bahaya oksigen. Proteksi dapat dilakukan dengan
cara membuat lapisan eksopolisakarida pada dinding sel bakteri, cara ini dilakukan oleh
 Azotobacter. Upaya lain dapat dilakukan dengan mempertebal lapisan vesikel dan
membuat leghemoglobin pada bintil akar seperti yang dilakukan oleh Rhizobium.
Sedangkan ganggang hijau biru memiliki heterokista sebagai upaya proteksinya.

 Cara Isolasi
Sebuah metode untuk isolasi besi-molibdenum kofaktor (FeMoCo) dari
komponen I dari nitrogenase dijelaskan. Metode ini digunakan untuk mengisolasi
FeMoCo dari aerobik, anaerobik, fakultatif dan fotosintetik memperbaiki nitrogen
organisme. Rasio Fe/Mo di FeMoCo dari Azotobacter vinelandii dan Clostridium
pasteurianum adalah 8:1. FeMoCo mengandung atom-atom enam dari asam-labil
sulfida per delapan Fe atom. Kristal komponen I dari A. vinelandii berisi 2 Mo, 33 Fe
dan atom asam-labil sulfida 27 per berat molekul 250.000. Aktivitas tertentu FeMoCo
adalah 425 menegaskan nmol C(2)H(4) dibentuk/min per menegaskan-nmol Mo. Ada
lebih baik daripada pemulihan 98% antara FeMoCo dan tidak aktif komponen aku di
mutan A. vinelandii galur UW45. Hasil FeMoCo dari komponen saya adalah sekitar
90%. FeMoCo dari nitrogenase komponen I dari C. pasteurianum, Klebsiella
pneumoniae, Bacillus polymyxa, dan Rhodospirillum rubrum mengaktifkan komponen
aktif dalam ekstrak dari mutan ketegangan UW45 dan mengikuti kinetika saturasi.
FeMoCo dalam berbagai organisme memperbaiki nitrogen tampaknya sangat mirip.
Wild-jenis A. vinelandii derepressed nitrogenase sintesis di medium yang mengandung
tungsten dan K. pneumoniae galur mutan UN109 juga diaktifkan secara in vitro oleh
FeMoCo. FeMoCo sangat sensitif terhadap oksigen, tapi stabil bahkan pada suhu kamar
selama memeliharanya anaerobik dan N-methylformamide, pelarut yang digunakan
untuk isolasi. FeMoCo tidak stabil dalam lingkungan yang berair, meskipun itu tetap
ketat anaerobik. Pengetahuan tentang struktur kofaktor ini harus berguna untuk
memahami peran molibdenum di situs aktif dari nitrogenase, peran ligan dekat
molibdenum dalam proton transfer dan elektron, dan mekanisme katalitik fiksasi
nitrogen. FeMoCo dapat digunakan sebagai model untuk sintesis katalis untuk kimia
fiksasi nitrogen.