MIKROBIOLOGI

1.FUNGI
Dapat mendefinisikan istilah yang digunakan dalam mikologi
Dapat menggambarkan karakteristik dasar jamur
Mampu membahas reproduksi jamur
Mampu menggambarkan mikosis
Mampu membahas pemeriksaan laboratorium untuk infeksi jamur.
DEFINISI
Mykos = mycete = jamur
Ahli mikologi - ilmuwan yang mempelajari jamur
Mikologi - disiplin ilmu yang berhubungan dengan jamur
Mikosis - penyakit yang disebabkan oleh jamur oleh binatang
Beberapa istilah dasar:
 Jamur (jamur)
 Hyphae (hypha) = utas seluler
 Septate = hifa dengan dinding silang
 non-septate = hifa tanpa dinding silang
 Miselium = kompleks hifa
 Istilah jamur umumnya digunakan untuk menggambarkan jamur yang menghasilkan hifa.
Istilah ragi umumnya digunakan untuk menggambarkan jamur yang bereproduksi dengan menumbuhkan
Karakteristik jamur
 Heterotrof
 Terutama terestrial
 chemototropic
 Bantalan spora
 Nutrisi: saprofit, parasit, mutualis
Jenis:
 Jamur
 Cetakan
 Aerobik, multicelled
 Ragi
 FA, sel tunggal
 heterotrof: Memanfaatkan senyawa organik menjadi sumber energi yang dibutuhkan dengan
menggunakan sistem enzim sehingga untuk pertumbuhannya jamur dapat menjadi saprofit
atau parasit
 kemotropik : mensekresikan enzym yang dapat mendegradasi berbagai substrat organik
disekitarnya -->> nutrien yg dapat larut, lalu di absorbsi kembali ke dalam sel
 Dinding sel = kitin ( N-acetylglucosamine), glukan, protein
 Membran sel = ergosterol
Inti: membran
Sitoplasma
Mirip dengan tanaman
Reproduksi
 Secara seksual)
Aseksual
Mode pertumbuha
 FILAMENTOUS
MOLDS
Rhizopus, Mucor, Aspergillus
 UNICELLULAR
YEASTS
Candidia albicans
Cryptococcus neoformans
Geotrichum spp
Namun ada beberapa jamur dimorfik (mereka beralih di antara ini Dua bentuk tergantung pada
lingkungannya)
misalnya Histoplasma capsulatum, Coccidioides immitis, dermatitis Blastomyces Sporothrix schenkii
Yest
• Uniseluler
• Micr.: spheroid cells (d: 3-15 µm)
• Macr.: Coloni (bacteria)
• Fakultatif aerob
• Reproduction:
 Budding
 Fission
 Yest murni: jamur uniseluler yang tidak membentuk pseudohifa/klamidospora
 Yest like: jamur uniseluler yang mampu membentuk pseudohifa
Mold
Multicelullar & Charger
 Thread: hifa (2-10μm), sel tubular
 Septate: dibagi menjadi segmen nonseptate: tidak terhambat oleh crosswalls
banyak benang dengan banyak cabang memotong bola kapas >> miselium
 Mikro: hifa, spora
 makro: Tekstur Permukaan: Kapas / tepung / wol / beludru / granular / glabrous
 Pigmentasi: bagian depan & belakang
Tumbuh dengan percabangan dan ekstensi ujung
Dimorfic fungi
Jamur dimorfik
Dimorfisme istilah ini digunakan untuk menggambarkan jamur yang terjadi dalam dua bentuk berbeda
(suhu dan tempat), misalnya, beberapa jamur patogen berfilamen dalam kultur dan mirip ragi pada
jaringan yang ditambahkan.
37 ° C ragi
Cetakan 20 - 30 ° C.
Contoh:
Paracoccidioides brasiliensis, Histoplasma capsulatum, Coccidioides immitis, Blastomyces dermatidis
REPRODUKSI
SPOROLATION
Cara Prinsip di mana jamur bereproduksi dan menyebar di Lingkungan
Spora jamur aktif, sel-sel yang diproteksi, dirilis oleh miselium dalam jumlah besar
Ditanggung oleh udara atau air ke situs-situs baru, tempat mereka berkecambah dan membangun koloni
baru
Spora dapat dihasilkan secara seksual atau aseksual
SPORA ASEKSUAL
Sporangiofor: inti dalam kolumela (ujung sporangiofor) > keluar> menembus dinding kolumela> masuk
ke kantong (sporangium)> awal bening atau kekuningan ketika spora matang akan berwarna hitam. Spora
mencapai maximum akan pecah dan mengeluarkan spora.
SPORA SEKSUAL
• Zygospore : spora besar bendinding tebal
Terbentuk dari dua hifa seksual (Gametangia) >> Zygomycetes
• Ascospore : terbentuk dalam kantung2 (ascus)
1 ascus>> 8 arcospora >>> Ascomycetes
• Basidospore: terbentuk diatas struktur seperti gada (basidium) >> Basidiomycetes
Proses budding :
1. didahului di bagian tertentu (spesific point) dari dinding selnya
2. Terdapat tekanan dari dalam sel pada daerah tersebut kemudian akan membengkak seperti balon
menuju ke arah luar
3. Pembengkaan tsb semakin besar dan membentuk semacam tunas baru diikuti pembagian inti sel
secara mitosis kemudian progeny nucleus migrasi ke tunas baru
4. Dinding sel masing – masing tunas akan berkembang bersama & melekat satu dengan yang
lainnya
5. Setelah pembentukan tunas sempurna, kedua sel akan memisah dan pada bekas perlekatannya
masih terdapat scar (bud scar)
kegagalan memisah maka terlihat seperti bentukan rantai yang terdiri dari tunas yeast yang bulat
(chains of spherical yeast) Bentuk tersebut memanjang mirip hyphae dan disebut sebagai
pseudohyphae
infeks fungal
• Factor
- Age
- Gender
- Social and hygiene
- activity
- Immunity
- Trauma
- Temperature
• aspartilproteinase dan fosforilase << fungi
PENYAKIT MIKOTIS
Jamur allergi
Mycotoxicosis & mycetismus Mikosis
Alergi Jamur dan Toksikosis Jamur
Alergi Mikogenik
Spora Luncurkan saluran pernapasan dengan udara yang diinspirasikan
spora mengandung alergen yang kuat.
Bergantung pada reaksi lokalisasi, dapat diasumsikan sebagai rinitis alergi, asma bronkial, atau alveolitis
alergi.
 Mikotoksikosis
menghasilkan mikotoksin (mis. alfatoxin << spesies Aspergillus)
Tertelan dengan bahan makanan di mana jamur telah tumbuh.
Aflatoksin B1 karsinoma hati primer
 Mycetismus
- Keracunan jamur endotoksin
Fumonisin: fusarium jagung dan serealia
Alternia toxin: Alternaria sp ( alternaria alternata)serealia,biji-bijian, buah-buahan, biji sunflower
Ochratoxin: aspergillus ochraceus dan penicilium verrucosum  daging babi, daging unggas, tepung,
kopi, anggur
Alfa toxin: Apergillus kacang, jagung dan biji-bijian lain, tepung, bumbu.
- berbahaya bagi manusia adalah tipe B1, B2, G1 dan G2 (B = blue, G = green).
Patulin: kontaminasi pada buah, sayuran, sereal, dan terutama adalah apel dan produk-produk olahan apel
sehingga untuk diperlukan perlakuan tertentu untuk menyingkirkan patulin dari jaringan-jaringan
tumbuhan
Zearalenone : mengkontaminasi nasi jagung, namun juga dapat ditemukan pada serelia dan produk
tumbuhan.[12] Senyawa toksin ini stabil pada proses penggilingan, penyimpanan, dan pemasakan makanan
karena tahan terhadap degradasi akibat suhu tinggi. Salah satu mekanisme toksin ini dalam menyebabkan
penyakit pada manusia adalah berkompetisi untuk mengikat reseptor estrogen
Citrinin: Penicillium citrinum jagung, beras, gandum
NYCOCES
MYCOSES
CUTANEOUS: terbatas pada dermis
SUBUTAN: kompilasi infeksi signifikan di bawah kulit
SISTEM: kompilasi infeksi jauh di dalam tubuh atau disebarluaskan ke dalam organ internal
PELUANG
KUTANEUS MYCOCES
- Kulit, rambut, dan kuku
- Jarang menyerang jaringan yang lebih dalam
- Mengeluarkan keratinase
- Infeksi ditularkan melalui kontak langsung atau kontak dengan rambut yang dikeluarkan (salon rambut)
atau sel (kikir kuku, lantai shower)
NON DERMATOFITOSIS
Non-dermatofitosis hanya menyerang pada bagian luar dari epidermis.
Ptiaris versicolor (panu) >> Malassezia furfur
Otomikosis >> Aspergillus fumigatus
Piedra: a)piedra putih >> Piedraia beigelli (Trichosporon beigeilli); b) piedra hitam (Piedra hortae)
Tinea nigra >> Cladosporium werneckii
KLASIFIKASI NON DEMATOFITOSIS
Dermatofitosis: menyerang atau menimbulkan kelainan di dalam epidermis mulai dari stratum kornem
sampai stratum basalis.
  Memiliki afinitas terhadap keratin (keratonifilik) untuk mencerna keratin pada kulit, rambut dan
kuku.
 Tinea kapitis >> kulit kepala dan rambut
 Tinea korporis >>kulit tubuh yang tidak berambut (globorous skin)
 Tinea kruris >> kulit lipatan paha, perineum, sekitar anus dan sampeai ke daerah gluteus, perut
bagian bawah dan ketiak atau aksila
 Tinea manus dan pedis, menyerang daerah tangan dan kaki, terutama telapak tangan dan kaki
serta sela-sela jari
 Tinea unguium >> kuku
 Tinea barbae >> daerah dgu, janggut, jambang dan kumis
 Tinea imbrikata>> seluruh tubuh
Berberapa gambar infeksi dematofitosis
Hasil kultur dan morfologi mikroskopis dari Microsporum canis
Spesies dematofita memiliki afinitas terhadap hospes tertentu:
 Anthropophilic : human  human
 Zoophilic : Animal  human
 Geophilic : Soil  human / animal
SUBCUTANEUS MYCOCES
Terbatas pada jaringan subkutan dan penyebaran terbatas sistemik.
Agen penyebab adalah tanah / pada vegetasi yang dimasukkan ke dalam ekstremitas oleh trauma
(Implikasi spora atau fragmen miselia)
 Sporotrichosis >> Sporothrix / sporotrichum schenkii
 MICETOMA
Yang disebabkan oleh bakteri golongan Actinomycetes disebut sebagai Actinomycetoma
>>Nocardia brasiliensis, Actinomadura madurae
Yang disebabkan oleh fungi disebut sebagai mycetoma >>Pseudoallescheria boydii, Madurella
sp., Petriellidium sp., Phialophora sp., Acremonium sp
SYTEMIC MYCOSSE
Libatkan kulit dan organ dalam
Dapat disebarluaskan
Predileksi untuk organ tertentu
Asimptomatik
Infeksi rute: inhalasi, trauma
Histoplasmosis (Histoplasma capsulatum): Infeksi awal pada paru-paru. Kemudian menyebar melalui
darah.
Coccidiomycosis (Coccidioides immites): Menyerupai tuberkulosis.
PELUANG JAMUR
Disebabkan oleh organisme yang umumnya tidak berbahaya kecuali jika individu telah melemahkan
pertahanan Saprofit di mana-mana dan patogen sesekali yang menyerang jaringan pasien yang memiliki:
penyakit predisposisi, individu yang sangat tua atau sangat muda (bayi baru lahir). Infeksi Ragi atau
Kandidiasis: Disebabkan terutama oleh Candida albicans
DIAGNOSIS
1. Wet Mount direc microscopic OBSERVATION
2. Tes kulit
3. Serologi
4. Antibodi fluorescent
5. Biopsi dan histopatologi
6. Biakan
KOH WET MOUN
KOH – digunakan pada spesimen dari kulit, rambut, kuku, sputum, vagina, dll. Pemeriksaan ini dapat
lebih melihat bagian-bagian fungi lebih baik
METODE PEMERIKSAAN LABORATORIUM MIKROBIOLOGI
PEWARNAAN
Lactophenol Cotton Blue (LPCB) - Kitin
Asam Berkala - Schiff Stain (PAS) - polysahcarida. Jamur: Nukleus merah muda-merah: biru
Gomori Methenamine Silver Stain - menguraikan jamur berwarna hitam karena perak mengendap pada dinding sel
jamur. Struktur internal mawar dalam menjadi hitam; latar belakang berwarna hijau muda
Gridley Stain - hifa & yeast: biru tua. Latar belakang: kuning, jaringan: biru
Mayer Mucicarmine Stain - Capsul Cryptococcus neoformans
Giemsa Stain - spesimen sumsum tulang & darah
Tinta India - Capsul Cryptococcus neoformans dari spesimen CSF
tes serologis
Dengan mengidentifikasi antibodi terhadap antigen jamur khusus dalam serum pasien. Imunitas
sel B (imunitas humoral) Fiksasi pelengkap (Ig G) Tes Aglutinasi Lateks (IgM)) Tes precipitin
Imunofluoresensi Teknik Immunodiffusion (IgG) G) Counterimmunoelectrophoresi
ISOLASI MEDIA
SABOURAUD DEXTROSE AGAR + chloramphenicol
Agar Mycosel: Cloramfenikol, cyclohexamide (saprofit & ragi jamur (C. neoformans))
Potato-dextrose agar (PDA) dan agar tepung jagung >> spora form identifikasi
 Bentuk permukaan – beberapa koloni fungi menutupi seluruh permukaan agar, beberapa tumbuh
lebih terbatas
 Tekstur permukaan : seperti kapas atau wool (floccose), granular, seperti kapur, seperti beludru,
seperti sutra, glabrous (halus, krem), seperti lilin.
 Pigmen/warna- fungi mungkin transparan atau berwarna cerah. Warna dapat berasal dari fungi
itu sendiri atau dari spora. Pada media agar, atau bagian dasar koloni (berbeda warna) .
ANTI FUNGAL
mengikat sterol dan menghancurkan struktur membran (Polynes)
mengganggu biosintesis ergosterol (Azole)
Mengganggu sintesis DNA (Antimetabolit)
Penghambatan biosintesis ergosterol (Allylamines)
Penghambatan biosintesis glukan dari dinding sel

2.DIAGNOSIS MIKROBIOLOGI
MIKROBIOLOGI KLINIK
- Untuk identifikasi mikroba patogen dalam sampel dan penggunaan antibiotik
- Teknik >> cepat dan akurat
PROSEDUR DIAGNOSIS
• Identifikasi morfologi pada spesimen/jaringan
• Kultur dan identifikasi
• Deteksi antigen-antibodi
 • Deteksi DNA patogen dari specimen
BAGAIMANA CARA MENDAPATKAN HASIL YANG BAIK
1. CARA PENGAMBILAN SPESIMEN
2. CARA PENGIRIMAN SPESIMEN
3. CARA PENYIMPANAN SPESIMEN
4. TEKNIK/CARA KERJA DI LABORATORIUM
PEMILIHAN SPESIMEN
1. SPUTUM
2. URINE
3. DARAH
4. LUKA, ABSEAAREKTUM
5. USAPAN SEKRET VAGINA /URETRA
6. Lain – lain
SPUTUM
 Bukan saliva !!!
 Bangun tidur – early morning sputum
 berkumur – batuk dalam
 Container steril
CARA PENGUMPULAN SPESIMEN URIN
1. Mid stream urine ( Clean catch urine )
- urine pertama di pagi hari
- spesimen dikumpulkan di pertengahan urine dikeluarkan
Pengambilan urin kateter
Pengambilan urin suprapubic
Volume darah
• Bayi : 1-3 ml.
• Anak-anak: 3-5 ml
• Dewasa:10-20 ml
SPESIMEN SALURAN CERNA
• Spesimen feses
• Usap rectal (rectal swab)
• medium transport Carry-Blair
LEMBAR PERMINTAAN PEMERIKSAAN LABORATORIUM MIKROBIOLOGI
1. Nama lengkap pasien
2. Umur dan jenis kelamin pasien
3. Nomor catatan medik pasien
4. Nama dokter pengirim
5. Alamat lengkap rumah sakit atau dokter pengirim
6. Deskripsi singkat dan jelas asal spesimen
7. Tanggal dan jam pengambilan spesimen
8. Diagnosis atau keadaan klinis pasien saat pengambilan spesimen
9. Permintaan pemeriksaan laboratorium mikobiologi
10. Antibiotika yang telah diberikan
METODE IDENTIFIKASI
  Mikroskop langsung
 Kultur
 Serologi
 Pemeriksaan molekuler
1,MIKROSKOPIS
pemeriksaan langsung (pewarnaan)  deteksi mikroorganisme
• Cepat dan mudah
Pewarnaan:
1. Pewarnaan sederhana,
2. Pewarnaan negatif,
3. Pewarnaan diferensial dan
4. Pewarnaan Khusus
2,KULTUR
Menumbuhkan organisme dalam medium.
Komponen :
 sumber nutrisi
 pemadat
 pH spesifik
 tambahan khusus (fastidious bacteria)
Sumber nutrisi: nitrogen, carbon, mineral, vitamin dll.
• Konfirmasi mikroba
• Mengembangbiakkan baketeri dan untuk pemeriksaan lainnya.
kelemahan:
• Lama
• Sulit untuk beberapa bakteri
TES BIOKIMKIA
• Fermentasi karbohidrat, tes motility, tes H2S
• Tes koagluase
• Tes katalese, dll.
TES SEROLOGO
 Reaksi spesifik
 Penggabungan antigen-antibodi bersifat reversible
 Antigen dan antibodi adalah reaksi kimia yg bergabung adalah gugus spesifik dari
keduanya
 Suatu antigen dan antiserumnya dapat diperlihatkan tipe-tiper reaksi serologis yang berbeda
 Aglutinin : Ab membentuk aglutinasi
 Presipitin: Ab dapat membentuk presipitasi (endapan) bila bereaksi dengan antigen terlarut
 Antitoksin: Ab yang diproduksi sbg respon thdp toksin mikroba  presipitasti
 Opsonin: Ab menyelimuti permukaan mikroba denan cara berikatan dgn antigen permukaan
 selimut difagosit oleh sel darah putih
INTERAKSI Ag-Ab
• Visualisasi:
- Aglutinasi
 - presipotasi
• Tidak divisualisasi
- Pemberial “label untuk penukuran  imunokimia
Imunofluoresensi
• Untuk mendeteksi mikroorganisme dalam spesimen klinik maupun untuk menentukan antibodi
terhadap mikroorganisme tertentu dalam serum
• Kombinasi antara zat warna fluoresein dengan antibodi sehingga menimbulkan pendaran ketika
dilihat di mikroskop dengan sinar UV
ELISA (Enzym Linked Immunosorbent Assay)
• Teknik untuk mendeteksi antigen dan antibodi menggunakan enzim seperti peroksidase dan
fosfatase.
• Reaksi positif ditandai dengan perbedaan warna dengan kontrol (tidak berwarna)
• Untuk kuantitatifnya digunakan alat spektrofotometer
POLYMERSE PCR
Pros:
• Simple process, eliminates tedious work, results available within a day
• Does not require a viable organism since only a strand of DNA is needed,
• Sensitive test
Cons:
• Sensitive – pick up environmental contaminants
• Unable to distinguish between certain species
ANTI BIOTIK KONTROL
• KHM (MIC): konsentrasi terendah menghambat pertumbuhan bakteri
• Delusi:
– Antimikroba pada medium broth kekeruhan .
Difusi
• Agar Plate
• Prinsip: berdasarkan ukuran zona hambat (bening) disekitar disk
• Variasi : diffusibility agent, ukuran inokulum, tipe medium dll
• Pengukuran diameter : Sensitif, intermediate, resisten
Intepretative standards for disk difusion susceptibility testing

Antibiotik Resistant Intermediate Susceptible

(mm) (mm) (mm)

Tetracycline (TE) < 14 15-18 > 19

Ciprofloxacin (CIP) < 15 16-20 > 21

 Ampicillin (Amp) < 13 14-16 > 17
Enterobactericeae sp < 28 - > 29
Staphylococcus sp

Cefixime (CFM) < 15 16-18 > 19

3. KLASIFIKASIMIKROBA
Sistematika Mikrobia: keanekaragaman (kemiripan sifat) dan hubungan (evolusi)/ (fenetik &
filogenetik)
• Klasifikasi mikrobia
• Tatanama Mikrobia
• Identifikasi Mikrobia
SISTEMATIAK MIKROBIA
Sistematika:
ilmu yang mempelajari keanekaragaman mahluk hidup serta hubungan kekerabatan antar
sesamanya.
Tiga bidang kajian sistematika:
 Klasifikasi
 Tatanama (Nomenklatur)
 Identifikasi
 : ilmu yang mempelajari teori klasifikasi yang mencakup dasar, prinsip serta aturan klasifikasi.
 : praktek taksonomi yaitu proses penataan organisme ke dalam suatu kelompok (takson)
berdasarkan hubungan kemiripan (similaritas) atau hubungan kekerabatan (evolusioner).
 : proses dan hasil penentuan apakah suatu organisme yang belum dikenal merupakan anggota
kelompok yang sudah diketahui sebelumnya atau bukan.
 : cara pemberian nama ilmiah mahluk hidup menurut kode tatanaman
DASARV KLASIFIKASI
Aristoteles ( 400 SM – 1800-an) : kenampakan morfologi luar
E. Haeckel (1866): morfologi (mikroskopis) dan fisiologi

E. Chatton (1937) : struktur organisasi interna sel (prokaryotik &

eukaryotik)
R.H. Whittaker (1969) : organisasi internal sel;
nutrisi; struktur
organisasi selular
Carl. Woese (1978) : molekul RNA ribosomal (biologi molekular)
16S rRNA (Arkhaea & Bakteria)
18S rRNA (Eukarya)
PENDEKATAN /METODE KLASIFIKASI
• Klasifikasi klasik monotetik
• Klasifikasi numerik-fenetik- politetik (berdasarkan kesamaan morfologi)
• Klasifikasi kimiawi (khemotaksonomi)
 • Klasifikasi molekular (taksonomi molekular)
• Klasifikasi polifasik
KOSEP SPESIE
• Nomenspecies: share the same type strain
• Taxospecies : similarity index  70 (numerical taxonomy)
• Genospecies: genetic exchage
• Genomic species: DNA relatedness value 70%
IDENTIFIKASI MIKROBA
• Identifikasi : “proses & hasil penentuan benar tidaknya suatu strain yang diteliti merupakan
anggota takson yang sudah dikenal sebelumnya”
• Identifikasi : aplikasi klasifikasi dan tatanama
• Tujuan identifikasi: memberi nama strain dengan cara memasukkannya ke dalam suatu takson
(genus& spesies) yang sudah ada sebelumnya, berdasarkan sejumlah kecil karakter yang dipilih.
• Penentuan identitas strain mikroba
Strain baru (isolate) tidak dapat diidentifikasi jika strain yang serupa belum pernah
dikarakterisasi, diklasifikasi dan diberinama.
SISTEM IDENTIFIKASI
• Sistem identifikasi yang baik memiliki ciri sebagai berikut:
• Handal
• Nyaman digunakan
• Cepat
• Jumlah pengujian relative sedikit
• Fleksibel
• Relatif murah
MODERN SYTIMATIC
• Identification : microbial ecology, industrial
biotechnology, diagnostic hospital microbiology
• Current trends : Modern microbial systematics
• Chemistry: chemosystematics
• Molecular biology: molecular systematics
Numerical phenetic taxonomy
• Cultural : colonial morphology, pigmentation
• Morphological : cell shape, staining reaction, motility
• Physiological : growth temp., anaerobic growth
• Biochemical : acid from carbohydrates, nitrate reduction
• Nutritional : carbon sources
• Chemotaxonomic: amino acids, cell wall, membrane lipids
• Inhibitory tests: sensitivity to antibiotics
• Serological : agglutination
• Genomic : mol % GC, DNA-DNA reassociation
• Bentuk sel
• Ukuran sel
• Morfologi koloni
• Karakteristik ultrastruktur
 • Kebiasaan pewarnaan
• Mekanisme pergerakan
• Isi sel
• Sumber karbon & nitrogen
• Bahan penyusun dinding sel
• Sumber energi
• Hasil Fermentasi
• Suhu pertumbuhan optimum & kisarannya
• Toleransi osmosis
• Hubungan oksigen
• pH optimum & kisaran pertumbuhan
• Sensitivitas terhadap metabolic inhibitors & antibiotics
PRAKTEK IDENTIFIKASI
Isolat (kultur murni)
↓
Karakterisasi (identifikasi awal)-Generic Assignment
(Bergey’s manual of Determinative/Systematic Bacteriology)
↓
Strain Acuan (Type strain)
↓
Identifikasi
↓
Kesimpulan
TATANAMA MOLECULAR
• Sistem binomial: nama spesies terdiri dari dua kata
• Bahasa Latin atau diperlakukan sebagai bahasa Latin
• Nama genus : diawali dengan huruf kapital e.g. Bacillus
• Penunjuk spesies : ditulis dengan huruf kecil e.g. subtilis
• Nama spesies : Bacillus subtilis
Commercial Identification kits:
• Commercial miniaturized kits, dapat disimpan lama, terstandardisasi, cepat, mudah dilaksanakan
dan memberi hasil yang konsisten.
• Biasa digunakan secara rutin di laboratorium klinis karena dianggap nyaman melakukannya dan
memerlukan tenaga yang lebih sedikit
TES SEROLOGI
• Cepat, mudah, spesifik dan sensitive
• Combine known antiserum + unknown bacterium
• Latex particle agglutination, coagulation, immunofluorescence dan ELISA (Enzyme-Linked
Immunosorbent Assay)
UJI ANTIBIOTIK
• Sensitivitas Streptococcus pyogenes terhadap bacitracin
KEGAGALAN IDENTIFIKASI
(i) kekurang akuratan deskripsi publikasi yang dipakai sebagai dasar
(ii) kekeliruan dalam mengkarakterisasi strain yang diteliti
 kurang memadainya sistem klasifikasi yang dipakai sebagai dasar identifikasi
(iii) kurang memadainya karakterisasi strain yang diteliti
penemuan strain yang atypical dalam takson terkait
(iv) penemuan strain :
– Faktor (i) dan (ii) dapat ditanggulangi dengan menerapkan teknik karakterisasi yang
terstandardisasi dan reproducible (handal).
– Pengalaman sangat menentukan dalam keberhasilan identifikasi
STRATEGI IDENTIFIKASI
• Tidak ada metode yang berlaku universal untuk semua mikrobia
• Bervariasi teknik yang telah dikembangkan untuk masing-masing kelompok mikrobia
• Strain yang diteliti harus terjamin sebagai kultur murni
• Gunakan semua informasi yang tersedia terkait dengan strain yang diteliti
• Gunakan selalu kontrol positif dan kontrol negative dalam setiap pengujian
 Kesimpulan ditemukannya strain anggota novel taxon baru dapat dilakukan setelah melalui
pengujian yang menunjukkan tidak teridentifikasinya strain secra meyakinkan.
BERDASARKAN LETAKPLAGELLA
 Atrik, tidak mempunyai flagel
 Monotrik, mempunyai satu flagel pada salah satu ujungnya
 Lofotrik, mempunyai sejumlah flagel pada salah satu ujungnya
 Amfitrik, mempunyai sejumlah flagel pada kedua ujungnya
 Peritrik, mempunyai flagel pada seluruh permukaan tubuhnya, uniseluler (bersel tunggal),
prokariotik (tidak mempunyai membran inti/ membran)

VIRUS
KLASIFIKASI VIRUS
1. Host
- Bacteriophages
- tumbuhan
- Hewan. Daerah infeksi
1. Dermotrophic
2. Neurotrophic
2. GENOM:– DNA / RNA
– ds/ss DNA and ds/ss RNA
3. Susunan polipeptida: ikosahedral, kompleks
4. Selubung : memiliki selubung (envelop) dan tidak berselubung (naked)
PENAMAAN
1. Dinamakan setelah penyakit
misalnya. virus campak, virus cacar
2. Nama setelah tempat di mana penyakit ini pertama kali dilaporkan
virus penyakit Newcastle, virus Ebola, virus Norwalk, Bunyaviridae
3. host
virus mosaik tembakau
 4. kata Latin dan Yunani
Coronaviridae - “crown"
Parvoviridae - "kecil“
5. Penemu Virus
misalnya. virus Epstein-Barr
KLASIFIKASIVIRUS BERDASARKAN MATERIGENETIK
Kelas Asam Cara reproduksi contoh
nukleat

1. ADNug Replikasi Virus herpes,

Adenovirus

2. ADNut(+) Replikasi Virus MVM,

M13

3. ARNug Replikasi Reovirus

4. ARN ut(+A) Replikasi Virus polio,

Virus
penyakit
kuku dan
mulut ternak

5. ARN ut(-) Replikasi Virus rabies

6. ARN ut(+) Transkripsi balik virus

leukimia,
virus AIDS

KLASIFIKASI LENGKAP

DNA
DNAVIRUS
• dsDNA
– Small pox virus
– Herpes virus
– Papilloma virus
• ssDNA
– Parvovirus
• dsRNA
– Rotavirus
• +ssRNA
– Polio virus
– Rhinovirus
– Corona virus
• -ssRNA
– Measles, mumps
– Rabies virus
– Influenza virus
• Retroviruses
– HIV
Sistem Klasifikasi Baltimore
• DNA or RNA
• Single stranded or double stranded
• Whether or not they use reverse transcriptase
The Baltimore classification system
• 1. dsDNA viruses

• 2. ssDNA viruses

• 3. dsRNA viruses

• 4. (+) sense ssRNA viruses (codes directly for protein)

• 5. (-) sense ssRNA viruses

• 6. RNA reverse transcribing viruses

• 7. DNA reverse transcribing viruses

Class I
• Virus dengan genom Double-stranded (ds) DNA
• Produksi mRNA dan replikasi genom virus terjadi jika menggunakan genom host
Class II
• Merupakna virus Single-stranded(ss) DNA.
• Virus ini membentuk double stranded DNA intermediate selama replikasi dan digunakan untuk
transkripsi.
 • RNA polimerase membutuhkan DNA untai ganda sebagai template. RNA polimerase tidak
mengkatalis RNA dari RNA template tetapi dari DNA template

• virus RNA membutuhkan RNA dependant RNA polimerase yang spesifik

Class IV
• Virus RNA positif strand
• Viral genom dari konfigurasi positif dan berfungsi langsung sebagai mRNA.
• Virus membutuhkan protein lainnya, mRNA mengkode RNA dependent RNA polymerase.
• Setelah disintesis, enzim ini akan membuat komplemen dari minus strands RNA kemudian
menggunakannya sebagai template (cetakan) untuk membentuk plus strand
Class III and Class V
• Class III (double-stranded RNA viruses)
• Class V(negative strand RNA virus)
• mRNA harus pertama kali disintesis, namun sel host tidak memiliki RNA polimerase.
• Virus memiliki enzim dalam virion, dan masuk ke sel host bersama dengan genom RNA.
• Komplemen dari plus strand disentesis menggunakan RNA dependent RNA polimerase dan
digunakan sebagai mRNA.
• Plus strand digunakan sebagai template (Cetakan) untuk membuat lebih banyak genom negatif
strand.
Class VI
• Single-stranded RNA genome replikasi dengan DNA intermediate
• Enzim RT  INFORMASI RNA  DNA
Class VII
• Double-stranded DNA genome replikasi dengan menggunakan RNA.
• Membutuhkan enzim RT
• Produksi mRNA= class I

4. MEDIUM PERTUMBUHAN MIKROBA

KURVAPERTUMBUHAN MIKROBA
• Fase adaptasi (lag phase): ketika sel dalam fase statis dipindahkan ke media baru, sel akan
melakukan adaptasi. Proses meliputi>> sintesis enzim baru yang sesuai medianya dan pemulihan
terhadap metabolit yg bersifat toksik pada media lama.
• Tidak ada pertambahan jumlah sel, terjadi pertambahan volume sel.
• Fase ini dapat dihindari jika sel dari medium lama dalam kondisi fase perbanyakan dan
dipindahkan ke medium yang komposisinya sama dengan media lama
• Fase perbanyakan : Sel dalam kondisi ideal>> sel membelah
- Pembelahan sel merupakan fase eksponensial
- Jumlah sel meningkat sampai batas tertentu>> masuk fase statis
- Melakukan konsumsi nutrien dan proses fisiologisnya.
- Produksi senyawa yang disekresi bakteri
- Senyawa yang biasanya didapatkan: etanol, asam laktat, dan asam organik lain, asam amino,
asam lemak dll.
• Fase statis (stationer phase) : jumlah sel tetap, tidak ada pembelahan sel
 - Penyebab : nutrien habis; akumulasi metabolit toksik; penurunan kadar oksigen dan penurunan
kadar nilai aw (ketersediaan air)
- Sel melakukan adaptasi >> produksi senyawa yang diinginkan manusia (antibiotik dan
antioksidan)
• Fase kematian (death phase)
- penyebab: autolisis sel dan penuruann energi seluler.
-
FAKTOR PERTUMBUHAN
FAKTOR FISIK
• Temperatur
• pH
• Tekanan osmotik
• Oksigen
FAKTOR KIMIA
• Karbon
• Nitrogen
• Sulfur
• Posfor
NUTRIENT
• Merupakan aspek yang menyangkut fisiologi yang disepakati sebagi suplai monomer (bahan
dasar monomer)yang dibutuhkan sel untuk tumbuh.
• Substansi yang diperlukan ini disebut NUTRIEN.
• Komposisi nutrisi media yang komplit mengandung somber karbon, nitrogen, belerang, fosfat,
logam mikro, vitamin, penyubur, NaCl den air.
• Beda organisme berbeda kebutuhan nutriennya dan jumlah kebutuhannya.
KIMIA NUTRIEN
• Karbon :
- Sumber energi >> backbone
- Struktur organik molekul
- Bakteri yang bersifat kemoheterotrop
menggunakan karbon organik
- Bakteri autotrop menggunakan CO2
• Sumber C bisa diperoleh dari senyawa organik protein dan karbohidrat.
• Protein diperoleh misaluya dari ekstrak daging atau pepton, sedangkan karbohidrat mrsalnya
glukosa, laktosa, sukrosa
Karbon merupakan penyusun kerangka utama (backbone) senyawa karbohidrat, lemak dan protein
(senyawa organik)Mensuplai energi dan menjadi backbone komponen selMikroba yg menggunakan
karbon dari senyawa organik: heterotrof, sebaliknya autotrof

• Nitrogen :
- Terdapat di dalam asam amino dan protein
- Umumnya bakteri berperan sebagai dekomposer protein
- Beberapa bakteri menggunakan NH4+ atau NO3-
- Hanya sedikit bakteri yang menggunakan N2 untuk fiksasi nitrogen
 - Nitrogen (N) Sumber N untuk kebutuhan nutrisi dalam medium dalam bentuk anorganik (amonium
nitrat (NH4NO3) atau amonium sufat ((NH4)2SO4)) dan organik (protein/pepton atau asam-asam
amino)
• Sulfur /belerang (S)
- Terdapat dalam asam amino, tiamin, dan biotin
- Beberapa bakteri menggunakan SO42- atau H2S
- S dalam medium berasal dan senyawa anorganik (amoniumsulfat (NH4)2SO4 ) dan S dari senyawa
organik (diperoleh dalam molekul protein/pepton atau asam-asam amino)
S: untuk membentuk asam amino (cystein, cystine, methionine)
Hidrogen dan oksigen: membangun berbagai senyawa organik
Phospor adalah esensial untuk sintesis DNA dan pembentukan ATP
Sebagain dari unsur ini tersedia dalam air, bahan nutrien dan sebagian lagi di atmosfer
Ion fosfat (po4 3-) dan sulfat (so4 2-) dapat menjadi unsur utama yang diperlukan mikroba
• Posfor
-Terdapat di dalam DNA, RNA, membran, dan ATP
3-
- PO4 merupakan sumber posfor
• Fosfat dipakai biasanya dalam bentuk garam seperti kaliumdihidrogen fosfat (KH2PO4),
dikaliumhidrogenfosfat (K2HP04), natriumdihidrogen fosfat (NaH2PO4) dan
dinatriumhidrogenfosfat (Na2HP04).
• Hidrogen dan oksigen
- Membangun berbagai senyawa organic
Unsurlogam organik
• Beberapa spesies bakteri ada yang memerlukan unsur logam tertentu, unsurunsur ini diperlukan
dan berguna untuk mengaktifkan enzim, supaya reaksi biokimiawi dalam sel berjalan lancar.
Unsur logam ini pemakaiannya sedikit sekali, dan merupakan elemen mikro.
• Vitamin
- diperlukan untuk mengaktifian enzim
- banyak spesies bakteri yang dapat meusintesa sendiri vitamin yang dibutuhkannya.
• vitamin B, vitamin B6, vitamin C dan vitamin B komplek.
• Penyubur
- Untuk menumbuhkan beberapa jenis bakteri tertentu (sulit pertumbuhannya dimedium biasa),
perlu ditambahkan penyubur kedalam media.
- Penyubur yang biasa dipakai antara lain : darah domba/sapi, serum ayam/sarum kuda dan
suplemen tertentu.
- NaCl
- Selain sebagai elemen mikro, NaCI diperlukan untuk tekanan osmosa dan keseimbangan fisiko
khemis sel bakteri yang tumbuh dalam media tersebut.menaikkan
• Agar-agar
- Untuk media bentuk padat/semi padat ditambabkan agar-agar sebagai pemadat
• Air
- Air mutlak diperiukan selain sebagai pelarut babas media, umumnya bakteri senang/lebih subur
tumbuhnya dengan kandungan air, den biasanya digunakan air sting (aquadest).
MEDIA KULTUR
Indikasi/ kebutuhan kultur-
 • Isolasi bakteri menjadi biakan murni (pure culture)
• Mengamati bagian2 bakteri
• penyiapan antigen atau tes lainnya
• Identifikasi bekteri isolat
• Tes antibiotik
• Menghitung jumlah sel
• Stok kultur
• Media Kultur: Nutrisi yang dipersiapkan untuk pertumbuhan mikroba
• Steril: Tidak ada mikroba yang tumbuh
• Inokulum: Suspensi mikroorganisme
• Inokulasi : memperkenalkan mikroba ke medium
• Kultur : Mikroba tumbuh di dalam/pada media kultur
 Pure culture
 mixed culture
 kontaminasi
KOMPOSISI MEDIA
• CHEMICALLY MEDIA dan UNDEFINED MEDIA
• Undifined media : mengandung bahan organik (beef, yeast, peptone, blood, serum, milk , soil)
• Bahan organik mengandung gula, asam amino, vitamin, garam (komposisi pasti tidak diketahui)
• Kebutuhan zat kimia dengan variasi yang sangat banyak >> mikroba FASTIDIOUS
KLASIFIKASI MEDIA
BERDASARKAN BENTUK
 Medium cair
 Medium padat
 Medium agar
 Medium semi solid
KLASIFIKASI MEDIA
• FUNGSI DAN BAGIANNYA:
- medium sederhana/umum
- Enriched media
- Enrichment broth
- Selective media
- Indicator media
- Differential media
- Composite media
- Transport media
MWDIUM UMUM
• Media ini merupakan media sederhana yang dibuat dari ekstrak beef,pepton dan agar.
TUJUAN
• Uji biasa dari air dan produk pangan
• Media transpor untuk stok kultur
• Untuk pertumbuhan sampel pada uji bakteri
• Untuk mengisolasi organisme dalam kultur murni
Contoh: Nutrien agar, potato dextrosa agar (pertumbuhan jamur)
MEDIA DIPERKAYA (Enriched Medium)
• Diperkaya dengan kandungan nutrien tertentu dalam rangka mengoptimasi pertumbuhan bakteri
tertentu.
• Selain nutrien, bisa juga ditambahkan :
1. Bahan Penghambat Bakteri lain
2. Indikator Selektivitas
3. serum, darah, kuning telur, ekstrak tumbuhan
• Contoh : LJ egg base medium  contaminant inhibit with malachite green.
ERIHTSMENT MEDIA
• Untuk kultur campuran atau bahan yang mengandung lebih dari satu jenis bakteri
• Mengandung substansi yang menstimulasi pertumbuhan bakteri dan menghambat bakteri yang
tidak diinginkan
• Menghambat bakteri komensal dalam spesimen klinis
C: Selenite F broth, tetrathionate broth & alkaline peptone
• water (Spesimen feses)
Media Selektif
Media yang menekan pertumbuhan mikroba yang tidak diinginkan dan menumbuhkan mikroba sasaran
• Media yang ditambah zat-zat tertentu yang bersifat selektif untuk mencegah pertumbuhan
mikroba lain.
Contoh:
- Mannitol Salt Agar (MSA) untuk bakteri Staphylococci
- Hoktoen enteric Agar (HE)
- Phenylethyl alcohol agar (PEA/PAA)
- EMB : gram positif terhambat, selektif u/gram negatif
- TCBs : vibrio sp.
inhibitors :
A. Gram positive
1. Gentian violet
2. bile salts
3. Na desoxycholate
B. Gram negative
1. K tellurite
2. Na azide
C. Proteus
1. Chloral hydrate
2. alcohol
D. contaminants
• Antibiotik : penicilin, streptomycin, chloramfenicol
• Mallacithe green
DEFFERENTIAL MEDIA
inhibitors :
A. Gram positive
1. Gentian violet
2. bile salts
3. Na desoxycholate
B. Gram negative
1. K tellurite
2. Na azide
C. Proteus
1. Chloral hydrate
2. alcohol
D. contaminants
• Antibiotik : penicilin, streptomycin, chloramfenicol
• Mallacithe green
MACCONCEY
• selective & differential media.
selective  inhibits the growth of some organisms [Gram positive bacteria]
Differential “lactose fermenters”  merah
” non-lactose fermenters”  transparan dan jernih
MEDIA [ENGUJI
• Media dengan susunan tertentu yang digunakan untuk pengujian vitamin-vitamin, asam amino,
antibiotik dan sebagainya
• Contoh : Muller Hinton Agar
COMPOSITET MEDIA
• Identifikasi isolat
e.g. Triple Sugar Iron
Media transport
• Untuk penyimpanan sementara
• C:/Stuart’s transport media
Buffered glycerol saline – enteric bacilli
PERSAPAN PEMBIAKAN MEDIA
Sterilisasi merupakan proses mematikan semua mikroorganisme yang hidup.
Dalam proses pembiakan bakteri, sterilisasi mutlak diperlukan untuk menghindari kontaminasi bakteri
non-target atau mikroorganisme lain (jamur atau virus)
Secara Umum meliputi :
1. Sterilisasi Media
2. Sterilisasi Alat
1. Sterilisasi Media
Meliputi :
2. Sterilisasi Alat
Sterilisasi Kering menggunakan oven pada temperatur 160-170 0C selama 2-3 jam.
3.mengirimmedia
• Kultur murni hanya berisi satu spesies atau satu strain mikroba
• Satu koloni adalah satu populasi yang berasal dari satu sel atau satu koloni
• Satu koloni atau koloni tunggal disebut dengan a coloni-forming unit (CFU)

KARAKTERISTIK BAKTERI
CIRI CIRI UMUM BAKTERI
  Uniseluler (bersel tunggal), prokariotik (tidak mempunyai membran inti)
 Ukuran: 0,2-5 μm
 Ukuran terkecil: Mycoplasma = poxvirus
 Ukuran terbesar: Bacillus antrachis
 Hidup secara soliter atau berkoloni, serta ada yang bersimbiosis, parasit, dan saprofitik
 Berkembang biak secara vegetatif dan generatif
 Hidupnya kosmopolit
 Dinding sel terdiri dari Peptidoglikan
JENIS JENIS BAKTERI
• Berdasarkan karakteristik dinding sel :
– Bakteri gram negatif
– Bakteri gram positif
– Bakteri tidak berdinding sel
• Berdasarkan jumlah dan letak flagela :
– bakteri monotrik
– bakteri amfitrik
– bakteri lofotrik
– bakteri peritrik
• Berdasarkan cara hidup
– Bakteri heterotrof
• Bakteri parasit
• Bakteri saprofit
• Bakteri patogen
• Bakteri apatogen
– Bakteri autotrof
• Fotoautotrof
• Kemoautotrof
• Berdasarkan sumber oksigen yang diperlukan dalam proses respirasi :
– Bakteri aerob
– Bakteri anaerob
• Berdasarkan kebutuhan terhadap oksigen :
– Bakteri aerob obligat
– Bakteri anaerob obligat
– Bakteri anaerob fakultatif
MURFOLOGI BAKTERI
STRUKTUR BAKTERI

DINDING SEL BAKTERI

• lapisan pembungkus sel
• Tebal dinding sel 10-23 nm
• Beratnya : 20% BK. Sel
• Susunan kimianya : Makromol. peptidoglikan / rantai peptidoglikan
• tipe dinding sel : bakt. gram + dan gram -
PILI
– Benang halus keluar dari dinding sel
– Mengandung protein yang disebut pilin
– Bentuknya lebih kecil daripada flagel
– Bukan alat pergerakan
– Fungsi:
1. Transfer DNA antar bakteri (konjugasi), pilus seks
2. Perlekatan: Neisseria gonnorhoae mutan>> nonpatogen
FIMBRIAE
Fungsi : perlekatan > protein adhesin
Umumnya gram negatif
Glikokaliks/Slime
Melapisi dinding sel bakteri, tersusun atas zat gula dan protein
fungsi
perlekatan
Menghambat dimakan sel darah putih
Sebagai reseptor
stretptococcus mutans, Pseudomonas aeruginosa
Kapsul
Penyusun: polisakarida
Fungsi:
- Tingkat virulensi
- perlindungan dari fagosit
- Perlekatan
Streptococcus pneunomia >> diferensiasi antigen
Spora
Bentuk adaptasi untuk kondisi lama
Fungsi: perlindungan dari lingkungan ekstrim
Mengandung DNA, sitoplasma, membran sel, peptidoglycan, sedikit air, pembungkus keratin>>
resisten
Contoh: bacillus dan clostridium
MEMBRANSITOPLASMA
 Tersusun senyawa protein, lipid dan asam nukleat.
 Tempat perlekatan pangkal flagel.
 Fungsi:
 Permeabilitas dan pengangkutan nutrien dan sisa metabolisme.
 Pengeluaran eksoenzim hidrolitik.
 Tempat berlangsungnya bio energi.
 Pengangkutan elektron dan fosforilasi oksidatif pada spesies aerob
SITOPLASMA
• Bagian cair disebut sitosol
• Terdiri karbohidrat, protein, enzim,, belerang, kalsium, karbonat dan ARN.
 Terdapat ribosom (sintesis protein)dan DNA.
 DNA Kromosom: terdapat di dalam inti sel/ DNA inti.
 DNA ekstra kromosom: di luar inti/ DNA sitoplasma (mitokondria, kloroplast dan
plasmid).
RIBOSOM
• organel yang tersebar dalam sitoplasma, tersusun atas protein dan RNA
• Ukuran: 70S
• Tempat sintesis protein
NUKLEOLID
 Tidak memiliki membran nukleus
 Massa DNA yang terletak kira-kira di tengah2 sitoplasma.
 DNA bakteri berbentuk sirkular (2 × 109 , 2000 gen)
 Panjang sekitar 500 x panjang sel bakteri
 Mengontrol sintesis protein dan pembawaan sifat
PLASMID
• DNA ekstrakromosom berbentuk sirkuler double-stranded
• Replika secara autonom dan dapat bertidak sebagai determinan genetik
(1) Resistensi antibiotic,antiseptik, logam berat (enzym reduktase)
(2) Resistensi UV
 (3) Pili (fimbriae)
(4) Exotoxins
MESSOSOM Membran sitoplasma yang melipat ke dalam (invaginasi).
 Fungsi:
 Tempat respirasi.
 Pembentukan dinding sel.
 Pengaturan pembelahan sel.
 Pengambilan DNA pada waktu konjugasi/ transformasi.
 Tempat pencantelan intipada waktu replikasi.
REPRODUKSI BAKTERI
1.REKOMBINASI GENETIK
2.MEMBELAH DIRI
1.REKOMBINASI GENETIK
Rekombinasi genetik adalah pemindahan secara langsung bahan genetik (DNA) di antara dua sel bakteri
melalui proses Transformasi, transduksid an konjugasi
 TRANSFORMASI
Transformasi adalah perpindahan materi genetik berupa DNA dari sel bakteri yang satu ke sel
bakteri yang lain
 TRANSDUKSI
Transduksi adalah pemindahan materi genetik bakteri ke bakteri lain dengan perantaraan virus
 KONJUGASI
Konjugasi adalah bergabungnya dua bakteri (+ dan –) dengan membentuk jembatan untuk
pemindahan materi genetik
2.PEMBBELAHAN DIRI SECAR BINARI
Pada pembelahan ini, sifat sel anak yang dihasilkan sama dengan sifat sel induknya