UJI DIAGNOSTIK GENEXPERT MTB/RIF

DI RUMAH SAKIT UMUM PUSAT HAJI ADAM MALIK

MEDAN

TESIS

Oleh

ELVA SUSANTY
NIM 117027008

MAGISTER ILMU KEDOKTERAN TROPIS

FAKULTAS KEDOKTERAN
UNIVERSITAS SUMATERA UTARA
MEDAN
2015

Universitas Sumatera Utara

 UJI DIAGNOSTIK GENEXPERT MTB/RIF
DI RUMAH SAKIT UMUM PUSAT HAJI ADAM MALIK
MEDAN

TESIS

Diajukan sebagai salah satu syarat untuk memperoleh Gelar Magister

dalam Program Studi Magister Ilmu Kedokteran Tropis
pada Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara

Oleh

ELVA SUSANTY
NIM 117027008

MAGISTER ILMU KEDOKTERAN TROPIS

FAKULTAS KEDOKTERAN
UNIVERSITAS SUMATERA UTARA
MEDAN
2015

Universitas Sumatera Utara

 HALAMAN PERNYATAAN ORISINALITAS

Tesis ini adalah hasil karya penulis sendiri,

dan semua sumber baik yang dikutip maupun dirujuk penulis

nyatakan dengan benar.

Nama : ELVA SUSANTY

NIM : 117027008

Tanda Tangan :

Universitas Sumatera Utara

 HALAMAN PERNYATAAN PERSETUJUAN PUBLIKASI KARYA
ILMIAH UNTUK KEPENTINGAN AKADEMIS

Sebagai sivitas akademik Universitas Sumatera Utara, saya yang bertanda

tangan di bawah ini:

Nama : ELVA SUSANTY

NIM : 117027008

Program Studi : Magister Ilmu Kedokteran Tropis Fakultas Kedokteran

Jenis Karya : Tesis

demi pengembangan ilmu pengetahuan, menyetujui untuk memberikan kepada

Universitas Sumatera Utara Hak Bebas Royalti Non-eksklusif (Non-exclusive
Royalty Free Right) atas tesis saya yang berjudul:

UJI DIAGNOSTIK GENEXPERT MTB/RIF

DI RUMAH SAKIT UMUM PUSAT HAJI ADAM MALIK MEDAN
beserta perangkat yang ada (jika diperlukan). Dengan Hak Bebas Royalti Non-
eksklusif ini, Universitas Sumatera Utara berhak menyimpan,
mengalihmedia/formatkan, mengelola dalam bentuk database, merawat, dan
mempublikasikan tesis saya tanpa meminta izin dari saya selama tetap
mencantumkan nama saya sebagai penulis dan sebagai pemilik hak cipta.

Demikian pernyataan ini saya buat dengan sebenarnya.

Dibuat di : Medan

Pada tanggal :

Yang menyatakan

(Elva Susanty)

Universitas Sumatera Utara

 DAFTAR RIWAYAT HIDUP

Nama : Elva Susanty

Tempat/Tanggal Lahir : Lima puluh, 7 Oktober 1978
Pekerjaan : Dokter PNS Depkes Kabupaten Bungo, Muara Bungo-Jambi
Agama : Islam
Alamat : Jl. Linggar Jati/Nanggar Jati No. 16, Medan Perjuangan
Nomor Telepon : 085262991961
Anak ke : ke-2 dari 2 bersaudara
Orang Tua : Miran K
Salbiah
Status : Menikah
Suami : dr.Harizon Hendrik, Sp.OG
Anak : 1. Kinanti Kayla Mayvahraz
2. Zhahira Brianna Devahraz

Riwayat Pendidikan :
1984 – 1990: SDN I 010185 Lima Puluh, Batu Bara
1990 – 1993: SMPN I Lima Puluh, Batu Bara
1993 – 1996: SMAN 2 Tebing Tinggi
1996 – 2003: Fakultas Kedokteran Universitas Islam Sumatera Utara, Medan
2011 – sampai sekarang: Magister Ilmu Kedokteran Tropis Fakultas Kedokteran
Universitas Sumatera Utara

Kegiatan Organisasi:
Anggota IDI Cabang Muara Bungo, tahun 2004 – sekarang

Universitas Sumatera Utara

 Abstrak

Kasus multidrug resistant tuberculosis (MDR TB/TB MDR) semakin meningkat

jumlahnya di dunia dan memerlukan deteksi dini untuk mencegah penyebaran
yang lebih lanjut. GeneXpert MTB/RIF adalah alat yang dapat digunakan untuk
mendeteksi resistensi rifampisin, sebagai tanda pengganti untuk TB MDR.
Penelitian ini merupakan uji diagnostik yang bertujuan untuk menilai sensitivitas
dan spesifisitas GeneXpert MTB/RIF dalam mendiagnosa TB MDR. Penelitian
dilakukan di poli TB MDR Rumah Sakit Umum Pusat Haji Adam Malik Medan.
Subjek penelitian adalah semua suspek penderita TB MDR yang mempunyai hasil
GeneXpert MTB/RIF positif baik resisten rifampisin maupun sensitif rifampisin
dan mempunyai hasil uji kepekaan obat metode proporsi dengan media
Lowenstein Jensen. Data diambil dari rekam medik periode Januari sampai
dengan Desember 2013, didapatkan 64 sampel yang mempunyai hasil GeneXpert
MTB/RIF positif dan mempunyai hasil uji kepekaan obat, 87,5% sampel yang
resisten rifampisin juga resisten terhadap isoniazid. Pemeriksaan GeneXpert
MTB/RIF menunjukkan sensitivitas 92,86% dan spesifisitas 59,09%. Kesimpulan:
GeneXpert MTB/RIF mempunyai sensitivitas tinggi untuk mendiagnosa TB MDR
terhadap baku emas uji kepekaan obat metode proporsi pada media Lowenstein
Jensen. Penelitian ini menganjurkan GeneXpert MTB/RIF digunakan sebagai alat
skrining TB MDR.
Kata kunci: GeneXpert MTB/RIF, multidrug resistant tuberculosis, uji kepekaan
obat, media Lowenstein Jensen

Universitas Sumatera Utara

 Abstract

Cases of multidrug resistant tuberculosis (MDR TB) is increasing in number in

the world and requires early detection to prevent further transmission. GeneXpert
MTB/RIF is a tool that can be used for detection of rifampicin resistance, as a
surrogate marker for multidrug-resistant tuberculosis. This study aims to assess
the sensitivity and specificity of the GeneXpert MTB/RIF in the diagnosis of MDR
TB. The study was conducted at a poly MDR TB General Hospital Haji Adam
Malik Medan. The subjects were all suspected MDR TB who had results positive
GeneXpert MTB/RIF with sensitive rifampin or resistant rifampin and had a
drug sensitivity test results with the proportion method Lowenstein Jensen
medium. Data retrieved from the medical records of the period of January to
December 2013, founded 64 samples that had results of GeneXpert MTB/RIF test
positive and had the results of drug sensitivity, 87.5% of rifampin-resistant
samples were also resistant to isoniazid. The GeneXpert MTB/RIF examination
showed sensitivity of 92.86% and specificity of 59.09%. The Conclusion:
GeneXpert MTB/RIF has a high sensitivity for diagnosing MDR TB against the
gold standard drug sensitivity testing proportion method on Lowenstein Jensen
medium. This study recommends the GeneXpert MTB/RIF be used for MDR TB
screening tool.

Keywords: GeneXpert MTB/RIF, multidrug resistant tuberculosis, drug

susceptibility test, Lowenstein Jensen medium

Universitas Sumatera Utara

 KATA PENGANTAR

Bismillahirrahmanirrahim

Alhamdulillah, segala puji bagi Allah SWT yang telah memberikan ilmu
dan kesehatan yang tidak terhingga sehingga penulis dapat menyelesaikan
penulisan dan penyusunan tesis ini sebagai salah satu syarat dalam menyelesaikan
jenjang pendidikan strata-2 pada Program Magister Ilmu Kedokteran Tropis
Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara. Salawat dan salam kepada
Rasulullah Muhammad SAW yang telah menyampaikan kebenaran dan sebagai
rahmatan lil’alamin.
Penulis mengucapkan terima kasih kepada Pemerintahan Daerah dan
Dinas Kesehatan Kabupaten Bungo yang telah memberikan kesempatan tugas
belajar sehingga penulis dapat melaksanakan Program Magister Ilmu Kedokteran
Tropis di Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara.
Dengan selesainya penulisan tesis ini, perkenankanlah penulis
menyampaikan ucapan terima kasih yang sebesar-besarnya kepada:
Rektor Universitas Sumatera Utara, Prof. Dr. dr. Syahril Pasaribu,
DTM&H, M.Sc (CTM), Sp.A(K) atas kesempatan dan fasilitas yang diberikan
kepada kami untuk mengikuti dan menyelesaikan pendidikan Magister Ilmu
Kedokteran Tropis
Dekan Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara, Prof. dr. Gontar
A. Siregar, SpPD-KGEH, atas kesempatan menjadi mahasiswa Magister Ilmu
Kedokteran Tropis pada Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara.
Sekretaris Program Studi Magister Ilmu Kedokteran Tropis, dr. Tetty
Aman Nasution, M.Med.Sc atas kesempatan menjadi mahasiswa Magister Ilmu
Kedokteran Tropis pada Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara.
Terima kasih yang tak terhingga dan penghargaan yang setinggi-tingginya
penulis sampaikan kepada Bapak dr. Zainuddin Amir, M.Ked (Paru). SpP(K) dan
dr. Parluhutan Siagian, M.Ked (Paru). SpP(K) selaku dosen pembimbing yang

Universitas Sumatera Utara

dengan penuh perhatian telah memberikan dorongan, bimbingan, dan saran
kepada penulis dalam penyelesaian tesis ini.
Seluruh komisi penguji, dr. Rina Yunita Sp.MK dan dr. Putri Chairani
Eyanoer , MD, Ms. Epi, PhD, yang telah meluangkan waktu dan dengan penuh
kesabaran memberikan pengarahan, bimbingan, dan pengajaran.
Jajaran Direksi dan staf Rumah Sakit Umum Pusat Haji Adam Malik
Medan yang telah memberikan izin penelitian dan memberikan dukungan data
serta membantu penulis dalam penulisan tesis ini
Staf administrasi dan seluruh rekan mahasiswa Program Magister Ilmu
Kedokteran Tropis angkatan 2011 yang telah memberikan masukan dan dukungan
kepada penulis.
Kepada kedua anakku Kinanti Kayla Mayvahraz dan Zhahira Brianna
Devahraz, suami tersayang, kedua orang tua serta keluarga yang telah banyak
memberikan dukungan do’a dan keikhlasan kepada penulis untuk menyelesaikan
penelitian ini.
Penulis menyampaikan terima kasih kepada semua pihak yang tidak dapat
disebutkan satu persatu yang telah mendukung dan membantu penulis dalam
menyelesaikan penelitian ini.
Semoga tesis ini dapat bermanfaat bagi sesama untuk kebaikan. Penulis
menyadari bahwa tesis ini masih jauh dari kesempurnaan oleh karena itu penulis
sangat mengharapkan kritik dan saran guna perbaikan tesis ini. Segala kebenaran
datangnya dari Allah dan segala kesalahan yang ada merupakan kesalahan penulis
yang dikarenakan keterbatasan kemempuan dan pengetahuan penulis.

Medan, Februari 2015

Penulis

Elva Susanty

Universitas Sumatera Utara

 DAFTAR ISI

Halaman

Abstrak ……………………………………………………………. i
Abstract …………………………………………………………… ii
Kata Pengantar ……………………………………………………. iii
Daftar Isi …………………………………………………………... v
Daftar Tabel ……………………………………………………….. vii
Daftar Gambar …………………………………………………….. viii
Daftar Singkatan …………………………………………………... ix
Daftar Lampiran …………………………………………………... xii

BAB I PENDAHULUAN ……………………………………… 1

1.1 Latar Belakang ……………………………………… 1
1.2 Perumusan Masalah …………………………………. 3
1.3 Tujuan Penelitian ……………………………………. 3
1.4 Manfaat Penelitian …………………………………... 4

BAB II TINJAUAN PUSTAKA ……………………………….. 5

2.1 Definisi ……………………………………………… 5
2.2 Epidemiologi ………………………………………... 6
2.3 Faktor yang Mempengaruhi Terjadinya TB MDR ….. 7
2.4 Klasifikasi Resistensi OAT …………………………. 9
2.5 Suspek TB Resisten Obat …………………………… 9
2.6Mekanisme Resistensi M. tuberculosis Terhadap OAT 10
2.7 Diagnosis dan Pemeriksaan Laboratorium ………….. 17
2.8 Pengobatan dan Pencegahan ………………………... 27

BAB III METODOLOGI PENELITIAN ……………………… 32

3.1 Kerangka Teori ……………………………………... 32
3.2 Kerangka Konsep …………………………………... 33
3.3 Rancangan Penelitian ………………………………. 33
3.4 Tempat dan Waktu …………………………………. 34

Universitas Sumatera Utara

 3.5 Populasi dan Sampel Penelitian …………………….. 34
3.6 Variabel Penelitian …………………………………. 35
3.7 Definisi Operasional ……………………………….. 35
3.8 Cara Pengumpulan Data ……………………………. 37
3.9 Alur Penelitian ……………………………………… 38
3.10Rencana Analisa Data ……………………………… 38
3.11Etika Penelitian …………………………………….. 39

BAB IV Hasil dan Pembahasan ………………………………… 40

4.1 Analisa Sampel ……………………………………... 40
4.2 Karakteristik Subjek Penelitian …………………….. 41
4.3 Nilai Diagnostik ……………………………………. 46
4.4 Pembahasan Penelitian ……………………………... 48
4.5 Keterbatasan Penelitian …………………………….. 56
BAB V KESIMPULAN DAN SARAN ………………………… 57
5.1 Kesimpulan …………………………………………. 57
5.2 Saran ………………………………………………... 57

Daftar Pustaka …………………………………………………… 59

Universitas Sumatera Utara

 DAFTAR TABEL

Nomor Judul Halaman

2.1 Pengelompokan OAT ……………………………………. 28

2.2 Perhitungan Dosis OAT MDR …………………………... 30
3.1 Defini Operasional ……………………………………..... 35
3.2 Tabel 2x2 ………………………………………………… 39
4.1 Distribusi Frekuensi Usia Penderita TB MDR RSUP Haji
Adam Malik Medan ……………………………………… 41
4.2 Distribusi Frekuensi Jenis Kelamin Penderita TB MDR
RSUP Haji Adam Malik Medan …………………………. 42
4.3 Distribusi Frekuensi Status Pernikahan Penderita TB
MDR RSUP Haji Adam Malik Medan ………………….. 42
4.4 Distribusi Frekuensi Pekerjaan Penderita TB MDR RSUP
Haji Adam Malik Medan ………………………………… 43
4.5 Distribusi Frekuensi Tempat Berobat TB Sebelumnya
Penderita TB MDR RSUP Haji Adam Malik Medan …… 43
4.6 Distribusi Frekuensi Penyakit Komorbid Penderita TB
MDR RSUP Haji Adam Malik Medan …………………... 44
4.7 Distribusi Frekuensi Kriteria Suspek Penderita TB MDR
RSUP Haji Adam Malik Medan ………………………… 44
4.8 Uji Kepekaan Rifampisin dan Isoniazid …………………. 45
4.9 Perbandingan Hasil GeneXpert MTB/RIF dengan Hasil
Uji Kepekaan Obat Metode Proporsi Media LJ …………. 46
4.10 Sensitivitas GeneXpert MTB/RIF Mendeteksi Resistensi
Rifampisin Dibandingkan dengan Baku Emas Kultur …... 47
4.11 Sensitivitas GeneXpert MTB/RIF Mendiagnosa TB MDR
Dibandingkan dengan Baku Emas Kultur ……………….. 47

Universitas Sumatera Utara

 DAFTAR GAMBAR

Nomor Judul Halaman

2.1 Konsep Perkembangan Resistensi OAT …….... 11

2.2 Prosedur Pemakaian GeneXpert/MTB RIF …... 26

3.1 Kerangka Teori ……………………………….. 32

3.2 Kerangka Konsep …………………………….. 33

3.3 Alur Penelitian ………………………………... 38

4.1 Bagan Hasil Penelitian ………………………... 40

Universitas Sumatera Utara

 DAFTAR SINGKATAN

Singkatan Nama Pemakaian pertama

kali pada halaman

Am : Amikasin 28
Amx/Clv : Amoksilin/ Asam Klavulanat 28
bp : Base Phare 15
BMI : Body Mass Index 30
BPLK : Balai Pengembangan 34
Laboratorium Kesehatan
BTA : Basil Tahan Asam 10
CE IVD : Conformite Europeene In Vitro 22
Diagnostic
Cfz : Clofazimin 28
Clr : Klaritromisin 28
Cm : Kapreomisin 28
Cs : Sikloserin 28
Ditjen PP dan PL : Direktorat Jenderal 9
Pengendalian Penyakit dan
Penyehatan Lingkungan
DNA : deoxyribonucleic acid 2
DOTS : Directly Observed Treatment, 8
Short-Course
E : Etambutol 9
Eto : Etionamid 28
FIND : Foundation for Inovative New 22
Diagnostic
H/INH : Isoniazid 1
HIV : Human Immunodeficiency 1
Virus

Universitas Sumatera Utara

Singkatan Nama Pemakaian pertama
kali pada halaman

Ipm : Imipenem 28
Km : Kanamisin 28
Lfx : Levofloxacin 28
LJ : Lowenstein Jensen 3
LPA : Line Probe Assay 20
Lzd : Linezolid 28
MDR TB/TB MDR : Multidrug Resistant 1
Tuberculosis
Mfx : Moksifloksasin 28
MGIT : Mycobacterial Growth 18
Indicator Tube
M. tuberculosis : Mycobacterium tuberculosis 1
NADH : Nicotinamide Adenine 14
Dinucleotide Hydrogen
NAAT : Nucleic Acid Amplification 21
NIH Test
OAT : National Institutes of Health 22
Ofx : Obat Anti Tuberkulosis 1
PCR : Ofloksasin 28
PAS : Polymerase Chain Reaction 1
PMO : Para Amino Salisilat 28
Pto : Pengawas Minum Obat 29
R/Rif : Protionamid 28
RNA : Rifampisin 1
RRDR : Ribonucleid acid 15
: Rifampicin Resistance- 15
Determining Region
RSUP : Rumah Sakit Umum Pusat 2
S : Streptomisin 9

Universitas Sumatera Utara

Singkatan Nama Pemakaian pertama
kali pada halaman

TB : Tuberkulosis 1
TB RR : TB Resistan Rifampisin 9
Trd : Terizidon 28
WHO : World Health Organization 1
WRD : WHO Approved Rapid 20
Diagnostic Methods
XDR : Extensively Drug Resistance 9
Z : Pirazinamid 16

Universitas Sumatera Utara

 DAFTAR LAMPIRAN

Nomor Judul Halaman

1 Jadwal Penelitian .................................................................. 67

2 Perincian Biaya ..................................................................... 68
3 Data Suspek TB MDR Di RSUP HAM yang Mempunyai
Hasil GeneXpert MTB/RIF dan Uji Kepekaan Obat ............ 69
4 Persetujuan Komisi Etik ....................................................... 73

Universitas Sumatera Utara