BAB I

PENDAHULUAN

SKENARIO 3

FAKTOR RESIKO OBESITAS

Perkembangan teknik pemeriksaan molekuler saat ini membantu dalam penemuan

beberapa faktor resiko obesitas, diantaranya adalah telah ditemukannya Single
Nucleotide Polymorphism (SNP) pada gen yang terlibat langsung maupun yang tidak
terlibat dalam proses metabolisme. Obesitas berkaitan dengan mekanisme epigenetik
yang terjadi di tingkat janin di dalam kandungan dan prubahan tingkat genomik.
Stelah lahir, faktor nutrisi, lingkungan dan stress (fisik/psikis) juga berkaitan dengan
obesitas selain faktor keanekaragaman genomik dan epigenetik.
 BAB II

DISKUSI DAN TINJAUAN PUSTAKA

A. Langkah I: Membaca skenario dan memahami pengertian beberapa istilad

dalam skenario
Dalam skenario ini, kami akan mengklarifikasi beberapa istilah sebagai berikut.
1. Single Nucleotide Polymorphism: Variasi sebuah nukleotida yang terjadi
pada lebih dari 1% populasi (Pungliya, 2001)
2. Epigenetik : Studi tentang segala sesuatu yang dapat mengubah ekspresi
gen tanpa mengubah sekuens DNA (Albert et al, 2008)
3. Genomik: Studi tentang keseluruhan informasi genetik (khususnya asam
nukleat) pada sel maupun organisme (Albert et al, 2002)
4. Proses metabolisme: Semua reaksi kimia yang terjadi pada organisme hingga
tingkat seluler meliputi anabolisme dan katabolisme (Wikipedia, 2016)
5. Obesitas: Kondisi medis berupa kelebihan lemak tubuh yang terakumulasi
sedemikian ruapa sehingga menimbulkan dampak merugikan bagi kesehatan
dan menurunkan harapan hidup (WHO, 2000)

B. Langkah II: Menentukan/mendefinisikan permasalahan

Masalah yang dapat dikemukakan dalam skenario “Faktor Resiko Obesitas” ini
meliputi:
 Mutasi
1. Apa penyebab mutasi?
2. Bagaimana dampak mutasi?
3. Bagaimana pengaruh lingkungan dan stres terhadap mutasi genetik?
 Polimorfisme dan SNP
1. Apa itu polimorfisme dan apa saja jenisnya?
 2. Bagaimana adanya SNP terhadap gen yang tidak terlibat langsung
mempengaruhi obesitas?
3. Apa perbedaan SNP dan point mutation?
4. Bagaimana metabolisme mempengaruhi SNP?
 Epigenetik
1. Bagaimana mekanisme epigenetik? Dan mekanisme mana yang
menyebabkan obesitas?
2. Bagaimana mekanisme epigenetik pada janin?
3. Apa penyebab mekanisme epigenetik pada bayi dalam kandungan?
4. Apakah mekanisme epigenetik hanya terjadi pada janin?
 C. Langkah III: Menganalisis permasalahan dalam bentuk pertanyaan dan
membuat jawaban sementara mengenai permasalahan
tersebut

Mutasi merupakan variasi genetik yang terjadi pada < 1% populasi berupa
perubahan 1 urutan nukleotida pada DNA. Penyebab mutasi antara lain:

1. Kelainan jumlah
2. Kelainan struktur
3. Penurunan
4. De Novo

Dampak dari variasi genetik tersebut dapat menyebabkan:

1. Silent mutation
 Asam amino penyusun protein berubah namun protein tetap
sama.
2. Missense mutation
 Asam amino penyusun protein berubah dan protein juga
berubah, namun belum tentu mengubah fungsi protein
karenan beberapa protein memiliki fungsi yang sama.
3. Nonsense mutation
 Tidak terbentuk protein karenan menyebabkan munculnya
STOP (UAA, UAG, UGA) codon pada triplet kodon ke-2.
4. Frameshift mutation
 Pergeseran kerangka basa (insersi atau delesi) yang dapat
menimbulkan akibat fatal jika terjadi pada 1 pasang basa atau
kelipatan 2 pasang.

Polimorfisme merupakann keanekaragaman atau variasi genetik yang terjadi

pada > 1% populasi. Jenis-jenis polimorfisme adalah:

1. Copy Number Variant (CNV)

  Memiliki arti variasi jumlah gen. Menyebabkan jumlah copy
gen pada 2 orang menjadi berbeda.
 Contoh gen yang dipengaruhi adalah EGFR pada kanker
paru-paru.
2. Variable Tandem Repeat (VTR)
 Variasi pengulangan sequence sepanjang 2 base pair
berurutan hingga 100 base pair.
 Contohnya pada inflamasi kronik terdapat pengulangan 86 bp
pada gen IL-1RA sehingga menyebabkan neurological
disorder.
3. Insersi-Delesi
 Penambahan atau pengurangan sequence DNA pada gen yang
menyebabkan perubahan asam amino. Gen ini menyebabkan
perubahan motif sequence asam amino dan mempengaruhi
respon terhadap suatu penyakit.
 Contohnya jika terjadi insersi atau delesi pada gen CCR5
pada reseptor HIV R5, co-reseptor sel menjadi tidak normal
sehingga HIV gagal memasuki sel target.
4. Single Nucleotide Polimorphysm (SNP)
 Variasi genetik yang mengubah 1 nukleotida. Ketika SNP
terjadi pada suatu gen maka akan menimbulkan varian gen
yang berbeda.
 SNP merupakan hal umum yang terjadi kurang lebih pada
setiap 100 basa, namun 99% tidak menimbulkan efek apapun
dan sangat jarang terjadi mutasi. SNP dapat diwariskan pada
keturunan seseorang, namun hanya mempengaruhi genotif
saja.
 Perbedaan antara SNP dengan point mutation adalah SNP
terjadi pada . 1% populasi.
  Perbedaan SNP dengan epigenetik adalah SNP terjadi pada
gen ataupun bukan gen, tetapi epigenetik terjadi di sekitar gen
dan mempengaruhi ekspresi gen.
 Terdapat 2 jeni SNP, yaitu:
o Indicative SNP (Linked SNP)
 SNP yang terjadi tidak mempengaruhi gen,
tetapi mempengaruhi respon tubuh terhadap
obat.
o Causative SNP
 Causative SNP dapat terjadi pada coding
region dan non-coding region. Pada coding
region dapat mengubah asam amino dan pada
non-coding region dapat mengubah ekspresi
gen. SNP pada non-coding region akan
mengubah regulasi traskripsi.
 Contoh:
o HLA-E pada toxoplasma
o IL 10 posisi +1082
o VGEF pada penderita hepatitis

Epigenetik merupakan segala perubahan ekspresi gen (fenotip) tanpa

mengubah sequence DNA tersebut (genotip). Jenis-jenis epigenetik digolongkan
menurut mekanisme terjadinya, yaitu:

1. Sebelum transkripsi
a. Metilasi DNA
b. Modifikasi histon
2. Setelah transkripsi
a. RNA interfering
D. Langkah IV: Menginventarisasi permasalahan-permasalahan secara
sistematis dan pernyataan sementara mengenai permasalahan pada langkah
3

Genetik/genomik

Mutasi Polimorfisme

Nutrisi, lingkungan, Epigenetik/epigeno

pola hidup, stres mik

Fenotipe
E. Langkah V: Merumuskan tujuan pembelajaran

Tujuan pembelajaran (learning objectives) pada skenario ini adalah:

1. Mahasiswa mampu menjelaskan konsep epigenetik

2. Mahasiswa mampu menjelaskan konsep mutasi
3. Mahasiswa mampu menjelaskan konsep polimorfisme
4. Mahasiswa mampu menjelaskan kaitan epigenetik dengan nutrisi,
lingkungan, dan stres
5. Mahasiswa mampu menjelaskan kaitan mutasi dengan nutrisi, lingkungan
dan stres
6. Mahasiswa mampu menjelaskan kaitan polimorfisme dengan nutrisi,
lingkungan, dan stres
7. Mahasiswa mampu menjelaskan kaitan epigenetik, nutrisi, lingkungan,
dan stres terhadap fenotipe.

F. Langkah VI: Mengumpulkan informasi baru

Pengumpulan informasi telah dilakukan oleh masing-masing anggota

kelompok kami dengan menggunakan sumber referensi ilmiah seperti buku,
jurnal, review, dan artikel ilmiah yang berkaitan dengan skenario ini.

G. Langkah VII: Melaporkan, membahas, dan menata kembali informasi baru yang
diperoleh

Mekanisme epigenetik yang menyebabkan obesitas:

Terdapat beberapa SNP pada gen AgRP yang telah diteliti, yaitu silent
mutation c.123G>A (rs34123523) pada ekson kedua (minor allele
frequency/MAF = 0,042), non-synonymous mutation c.199G>A pada ekson
ketiga (MAF 5 = 0,042) dan c.131-42C>T (rs11575892) pada intron kedua
(MAF = 0,016) (Kalnina et al., 2009). Studi mengenai hubungan antara
polimorfisme gen AgRP dengan kegemukan pada populasi dewasa di Belanda
menunjukkan bahwa populasi dengan polimorfisme pada gen AgRP memiliki
IMT lebih tinggi, yang mengindikasikan kerentanan terhadap obesitas (van
Rossum et al., 2006). Studi yang dilakukan oleh Argyropulos et al. (2002) juga
menunjukkan terjadinya polimorfisme pada ekson ketiga human AgRP (hAgRP)
yang berperan dalam menimbulkan obesitas bergantung-usia pada manusia.
Polimorfisme pada ekson tersebut menyebabkan terjadinya perubahan nukleotida
posisi 67 dari G menjadi A pada ekson ketiga sehingga terjadi substitusi asam
amino nonkonservatif Alanin menjadi Treonin yang memiliki struktur berbeda
dan mungkin berdampak pada efek yang ditimbulkan pada reseptor protein ini,
yaitu reseptor melanokortin 3 dan 4. Efek tersebut dapat menyebabkan
terganggunya salah satu sistem pengaturan homeostasis energi tubuh yang dapat
berujung pada obesitas.

Penyebab epigenetik pada janin:

Salah satu penyebab epigenetik obesistas pada janin dapat diambil dari
peristiwa Dutch Hunger Winter. Pada era Perang Dunia I, sebagian daerah negara
Beanda dijajah oleh Jerman, Jerman melakukan embargo terhadap daerah
tersebut sehingga persediaan makanan daerah tersebut tidak tercukupi. Para ibu
hamil yang tinggal di daerah jajahan Jerman tersebut mendapat asupan nutrisi
yang kurang sehingga nutrisi untuk janin tidak terpenuhi dan janin melakukan
reprogramming untuk beradaptasi pada lingkungan yang kurang makanan. Pada
saat lahir, bayi yang telah melakukan reporogramming pun selalu merasa lapar
atau ingin makan lagi karena selama di kandungan ibunya tidak mendapat asupan
nutrisi yang cukup dan akhirnya sang anak mengalami obesitas pada ssaat
dewasa.
 Metilasi DNA:

Metilasi DNA merupakan penambahan gugus metil pada C nomor 5 di CpG

Island. Metilasi sangat penting karena menentukan stabilitas kromosom.
Sebanyak > 60% CpG Island terletak pada bagian promoter. Namun, bagian ini
tidak mengalami metilasi untuk mencegah pembungkaman gen (menghambat
protein aktivator untuk inisiasi transkripsi). Semakin tua, semakin banyak
metilasi DNA pada CpG Island yang terjadi. Metilasi DNA dapat diturunkan
pada keturunan dan sangat dipengaruhi oleh konsumsi asam amino methionine
dan asam folat.
 Modifikasi histon:

Chromatin Residues Modified Functions Regulated

Modifications
Acetylation K-ac Transcription, Repair, Replication,
Condensation
Methylation (lysines) K-me1 K-me2 K-me3 Transcription, Repair
Methylation (arginines) R-me1 R-me2a R- Transcription
me2s
Phosphorylation S-ph T-ph Transcription, Repair, Condensation
Ubiquitylation K-ub Transcription, Repair
Sumoylation K-su Transcription
ADP ribosylation E-ar Transcription
Deimination R > Cit Transcription
Proline Isomerization P-cis > P-trans Transcription

Faktor yang mempengaruhi aktivasi dan inhibitor asetilasi histon

1. Faktor aktivasi

a. Drugs : HDACs, inhibitors

b. Dietary factors: Genistein, Alcohols, butyrate, NAD+, Caffeine,

Isothiocyanate, Reservatrol, Lipoic acid, High salt

c. Metabolisme: inflamation, immune activity, infeksi virus, uv light, smokers,

oxydative stress, physical exercise, hypoxia, glucose

2. Faktor inhibitor

a. Dietary factor: biotin, nicotinamide, anacardice acid, garcinol, curcumin,

chopper, cromium, nickel

b. Drugs: HATS inhibitor, acetyl analogs

c. Metabolism : Estrogen, hugh glucose

 Enzim yang berperan dalam modifikasi histon

RNA Interfering:

RNA interfering merupakan mekanisme epigenetik post transkripsi dimana

terjadi modifikasi terhadap RNA coding (mRNA) oleh RNA yang non coding
yakni misalnya. microRNA (miRNA) dan Small Interfering RNA (siRNA). RNA
non coding sendiri terdapat 7 jenis, namun yang terlibat langsung dalam
mekanisme interferensi ini hanya miRNA, siRNA, dan mRNA.
 RNA memiliki struktur untai ganda (double stranded), tidak hanya untai
tunggal saja. Tetapi, bila ada RNA untai ganda, misalnya dari virus masuk ke
tubuh manusia, maka tubuh akan merespons dengan memotongnya menjadi untai
pendek (sekitar 22 bp) oleh enzim yang bernama dicer. Setelah itu, RNA pendek
tersebut akan berikatan dengan protein arganout dan dipisah menjadi untai
tunggal yang disebut small interferign RNA (siRNA) dan kemudian membentuk
RNA interfering Stimulating Complex (RISC)

Ada juga RNA hasil transkripsi yang berbentuk loop karena dalam 1 rantai
terdapat struktur yang saling komplemen, sehingga cenderung mendekat. Inilah
yang disebut micro RNA (miRNA). miRNA ini akan diproses juga oleh enzim
dicer untuk dipotong menjadi kecil, kemudian berikatan dengan protein arganout
menjadi untai tunggal dan membentuk RISC.

Selanjutnya, RISC dan RNA interferingnya melayang-layang di sitoplasma

dan secara random akan berhibridisasi pada mRNA apabila terdapat struktur
yang komplemen. Apabila berlekatan secara sempurna, maka enzim
endonuklease akan mengenali dan kemudian memotong-motong mRNA
sehingga tidak bisa ditranslasikan karena belum sempat berikatan dengan
ribosom. Dan apabila RISC menghibridisasi mRNA sebagian, maka mRNA tidak
dapat berikatan dengan ribosom sehingga proses inisiasi translasi juga tidak bisa
berjalan.

Penelitian mengenai RNA interfering dalam mekanisme epigenetik

memberikan penemuan yang sangat menjanjikan dalam bidang medis karena
spesifisitasnya yang tinggi. Namun masih terdapat kendala dalam mencari vektor
agar terapi RNA interfering ini mencapai sel target yang tepat, sehingga masih
harus diteliti lebih lanjut.
 miRNA

siRNA

Single Nucleotide Polimorphysm:

Peneliti membagi SNP menjadi dua kelompok besar, yaitu genic dan
nongenic. Genic SNPs dibagi lagi menjadi beberapa kelas:
1. Intronic SNPs: SNP yang terjadi di daerah intron (daerah noncoding
dari gen yang ditranskrip menjadi pre-mRNA namun dihilangkan
saat pembentukan mRNA dan tidak di translasikan menjadi peptida).
2. 5' UTR SNPs: SNP yang terjadi pada ujung 5' dari gen yang
ditranskripsikan menjadi mRNA namun tidak ditranslasikan oleh
ribosom, termasuk daerah dari mRNA di antara transcription start
site dan kodon ATG untuk inisiasi translasi.
3. 3' UTR SNPs: SNP yang terjadi pada ujung 3' dari gen yang
ditranskripsikan menjadi mRNA namun tidak ditranslasikan oleh
ribosom, termasuk daerah dari mRNA di antara stop codon dan poly-
A tail.
4. Synonymous SNPs: substitusi nukleotida tidak mengubah asam
amino yang terbentuk.
5. Nonsynonymous SNPs: subtitusi nuklotida mengubah asam amino
yang terbentuk.
 BAB III

KESIMPULAN DAN SARAN

Penyakit kelainan genetik atau genomik dapat terbentuk karena mutasi dan
polimorfisme. Perbedaan antara mutasi dan polimorfisme adalah terletak pada jumlah
penderita pada populasinya. Jika pada mutasi penderita berjumlah <1% populasi
sedangkan polimorfisme berjumlah >1% polimorfisme. Mutasi dan polimorfisme
dapat diakibatkan oleh nutrisi, lingkungan, pola hidup, dan stres ataupun karena
faktor epigenetik/epigenomik. Faktor-faktor tersebut yang dapat mempengaruhi
ekspresi dari gen. Sehingga dari skenario ini dapat kita simpulkan kita harus
memperhatikan nutrisi, lingkungan, pola hidup, dan psikis kita serta kita harus
mengetahui ada faktor epigenetik yang dapat berpengaruh terhadap pengekspresian
gen kita. Karena penyakit genetik ini dapat diwariskan ke generasi selanjutnya
sehingga kita harus selalu menjaga asupan nutrisi, lingkungan, pola hidup dan psikis
kita agar generasi penerus kita tetap sehat dan tidak menghasilkan generasi yang
mengidap penyakit genetik yang dikarenakan karena generasi kita.

Ada beberapa hambatan yang terjadi pada diskusi tutorial skenario 3 ini.
Hambatan utama kami adalah kurang luasnya prior knowledge masing-masing
anggota kelompok dan kami kurang bisa menggali lebih dalam materi-materi yang
terkait dengan skenario, sehingga kami kesulitan dalam menjawab beberapa
pertanyaan pada diskusi tutorial yang diberikan oleh anggota kami. Kebanyakan dari
kami juga masih kurang persiapan untuk menghadapi tutorial ini.

Semua manusia pasti memiliki kekurangan dan tidak sempurna begitu juga
dengan kelompok kami memiliki banyak kekurangan dan tidak sempurna. Saran dari
kelompok kami atas kekurangan-kekurangan kami sebaiknya kelompok kami
instropeksi diri, memperluas wawasan terutama mengenai blok yang sedang
dipelajari, dan mempersiapkan tutorial lebih baik lagi.
 Harapan dari kelompok tutorial kami semoga kedepannya saat pertemuan
diskusi dengan skenario-skenario selanjutnya bisa memberikan pernyataan yang
berkualitas terhadap permasalahan yang dibahas, mempersiapkan bahan diskusi
tutorial sebanyak-banyaknya, dan dapat mengaplikasikan ilmu yang kami dapatkan
dari diskusi tutorial sebelumnya.
 DAFTAR PUSTAKA

Alberts, Bruce et al. 2014. Molecular Biology of The Cell Sixth Edition. Garland
Science: UK

Bannister, Andrew J and Kouzarides, Tony. 2011. Regulation of Chromatines by

Histones Modification. US National Library of Medicine National Institues of
Health. [Online] Tersedia di:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3193420/ [diakeses 9
November 2016]

Guerrero-Bosagna, Carlos (2016). What is Epigenetics?.

http://ed.ted.com/lessons/how-the-choices-you-make-can-affect-your-genes-
carlos-guerrero-bosagna#digdeeper [Diakses 6 November 2016]

Kouzarides, Tony. 2007. Chromatin Modifications and Their Functions. Cell,

Volume 128 , Issue 4 , 693 – 705.

Morgan, H. D., Santos, F., Green, K., Dean, W., Reik, W. 2005. Epigenetic
reprogramming in mammals. Human Molecular Genetics, vol. 14, p. R47-R58.

Norrgard, K. & Schultz, J. (2008). Using SNP data to examine human phenotypic
differences. Nature Education 1(1):85