Implication of RuvABC and
diatasi sel, double-strand break (DSB) adalah
RecG in homologous
recombination in
Streptomyces ambofaciens
Organisme bakteri yang pertama
mengandalkan rekombinasi homolog untuk
memperbaiki istirahat untai ganda DNA dan
untuk perbaikan pasca-replikasi celah untai
tunggal DNA. Rekombinasi homolog dapat
dibagi menjadi tiga langkah: (i) langkah pra-
sinaptik di mana ujung DNA 3′-OH diproses, (ii)
langkah sinaptik yang bergantung pada recA
memungkinkan invasi salinan utuh dan
pembentukan Holliday persimpangan, dan (iii)
langkah pasca-sinaptik yang terdiri dari migrasi
dan penyelesaian persimpangan ini. Saat ini,
sedikit yang diketahui tentang faktor-faktor
yang terlibat dalam rekombinasi homolog,
terutama untuk langkah pasca-sinaptik. Di
Escherichia coli, migrasi dan resolusi cabang
dilakukan oleh kompleks RuvABC, tetapi juga
bisa mengandalkan helicase RecG secara
berlebihan. Dalam penelitian ini, kami
menunjukkan bahwa recG dan ruvABC
terpelihara dengan baik di antara
Streptomyces. Strain mutan ΔruvABC, ΔrecG,
dan ΔruvABC ΔrecG dibangun. ΔruvABC ΔrecG
hanya sedikit terpengaruh oleh paparan
kerusakan DNA (UV). Kami juga menunjukkan
bahwa rekombinasi konjugasi berkurang
dengan tidak adanya RuvABC dan RecG, tetapi
rekombinasi intra-kromosom tidak
terpengaruh. Data ini menunjukkan bahwa
RuvABC dan RecG memang terlibat dalam
rekombinasi homolog di Streptomyces
ambofaciens dan bahwa faktor-faktor
alternatif dapat mengambil alih persimpangan
Holliday di Streptomyces
Intro
Di antara semua kerusakan DNA yang harus
yang paling merusak. Mereka dapat diinduksi
oleh berbagai sumber eksogen seperti bahan
kimia, produk alami seperti mitomycin C atau
kekuatan fisik seperti pengeringan atau
paparan ionisasi dan radiasi UV. Mereka juga
dapat dipicu oleh runtuhnya replikasi garpu
setelah pertemuan mesin replikasi a single-
strand nick [4,5] atau oleh efek genotoksik
endogen komponen seperti spesies oksigen
reaktif (ROS) [6]. Dengan tidak adanya
perbaikan, DSB menyebabkan kematian sel,
tetapi dalam Tentu saja evolusi, dua cara
utama dirancang untuk memperbaiki DSB:
rekombinasi homolog (SDM) dan tidak sah
rekombinasi, termasuk rawan kesalahan non-
homologend join pathway (NHEJ). Berbeda
dengan NHEJ, yang bisa langsung ligate DNA
gratis berakhir setelah pemrosesan fakultatif
langkah, HR membutuhkan template homolog
utuh untuk memperbaiki istirahat. Perbaikan
DNA melalui HR dapat digambarkan sebagai
urutan tiga tahap: pra-sinaptik, sinaptik dan
langkah-langkah pasca-sinaptik. Pada bakteri,
HR sebelumnya didokumentasikan dengan
baik, terutama di beberapa organisme model
seperti Escherichia coli atau Bacillus subtilis
[7e15].
langkah sinaptik, sebuah kompleks
helicaseenuclease berikatan dengan ujung
DNA bebas dan mulai melepaskan molekul
beruntai ganda sementara secara ekstensif
merendahkan kedua untai hingga mencapai
sekuens spesifik bernama chi. Faktor utama
yang terlibat dalam langkah ini dan sifat dari
sekuens chi dapat bervariasi di antara
organisme [11,16,17]. Konfrontasi antara situs
chi dan kompleks helicaseenuclease
menyebabkan perubahan penting dalam
konformasi kompleks yang terakhir. Ini
mengarah pada perubahan dari aktivitas
exonuclease 30-50 dan karena itu untuk
pembentukan 30 untai untai tunggal di mana
protein RecA dimuat. Nukleofilamen RecA
yang baru terbentuk mendorong pasangan
berpasangan dan invasi untai selama langkah
sinaptik [9,14]. Akhirnya, langkah pasca-
sinaptik melibatkan pembentukan, migrasi dan
resolusi perantara DNA empat arah bernama
Holliday junction (HJ) dan, setidaknya dalam E.
coli, pemuatan bergantung pada PriA dari
helicase replikasi pada perantara perbaikan
DSB pasca-sinaptik yang disebut D-loop
mengarah ke perakitan garpu replikasi dan
pasangan perbaikan DSB dengan replikasi
restart [18e20].
Sejumlah besar studi mengenai langkah HR-
bakteri pasca-sinaptik dilakukan dalam dekade
terakhir, tetapi keterlibatan dan pentingnya
masing-masing faktor tetap sulit dipahami. Di
E. coli, protein RuvA, RuvB dan RuvC diketahui
membentuk kompleks tripartit yang mampu
menggantikan dan menyelesaikan HJ [21]. Di
hadapan ATP, RuvA mengikat DNA dan,
bersama dengan RuvB, mendorong migrasi
cabang HJ, yang mengarah pada pembentukan
heterodupleks DNA [22,23]. Dalam konser
dengan RuvAB, RuvC menyelesaikan struktur
yang baru dibentuk dengan sayatan untai
ganda [24]. Dupleks DNA yang dijuluki
kemudian dapat dipecah dan dikembalikan
oleh ligase DNA [25,26]. Migrasi HJ juga dapat
dilakukan oleh RecG helicase [27e29].
Meskipun peran RuvAB dalam migrasi cabang
dan peran RuvABC dalam resolusi HJ
ditetapkan dengan kuat, peran RecG tetap
lebih sulit dipahami [30]. Baru-baru ini, RecG
diusulkan untuk bertindak pada D-loop yang
dibentuk oleh invasi filamen RecA, bukan pada
HJ, dan untuk mempromosikan pemuatan PriA
yang benar, memungkinkan replikasi yang
efisien dimulai kembali dan pembentukan
molekul rekombinan yang layak [31]. Cacat
aditif yang diberikan oleh ruvABC dan mutasi
recG kemudian akan dihasilkan dari fakta
bahwa migrasi cabang HJ dan replikasi restart
dari D-loop adalah dua cara untuk
menstabilkan intermediate rekombinasi.
Meskipun ruvAB dan recG sangat terkonservasi
di antara genom bakteri [32], dampak
kehilangannya pada metabolisme sel adalah
variabel antar organisme. E. coli tanpa RuvABC
atau RecG menampilkan sensitivitas yang
lemah terhadap kerusakan DNA dan sedikit
penurunan efisiensi SDM. Sebaliknya, galur
mutan DruvABC DrecG ganda menunjukkan
gejolak yang ditandai dari kedua fenotipe,
menunjukkan bahwa kedua jalur mencapai
peran yang berlebihan [27]. Dalam B. subtilis,
penghapusan tunggal baik ruvAB, atau recG
atau recU (homolog fungsional ruvC) sangat
merusak kelangsungan hidup sel pada
kerusakan DNA, sedangkan kombinasi yang
berbeda (DruvAB DrecU, DruvAB DrecG dan
DrecG DrecU) dari mutasi ganda mematikan
[12,33].
Streptomyces adalah bakteri tanah Gram-
positif yang termasuk dalam ordo
Actinomycetales. Mereka dicirikan oleh gaya
hidup kompleks di mana miselium vegetatif
menimbulkan miselium udara yang
membedakan dalam rantai spora. Mereka juga
diketahui menghasilkan panel besar metabolit
sekunder. Berbeda dengan kebanyakan filum
bakteri, mereka memiliki DNA kromosom linier
dengan asal replikasi khas yang terletak kira-
kira di tengah kromosom [34,35] dan protein
terminal yang melekat secara kovalen pada 50
ujung DNA [36]. Genom spesies Streptomyces
menyajikan plastisitas tinggi yang ditandai
dengan penataan ulang yang sering dihasilkan
dari kedua kombinasi homolog yang memicu
penggantian lengan kromosom [37,38], dan
rekombinasi tidak sah yang mengarah,
misalnya, ke sirkulasi kromosom (untuk
tinjauan [39,40] ). Amplifikasi DNA yang luas
juga sering dijumpai pada kromosom yang
disusun ulang [41], yang dihasilkan dari
mekanisme yang tidak diketahui yang
melibatkan rekombinasi biologis [42].
Saat ini, sedikit yang diketahui tentang faktor
SDM di Streptomyces. Sementara tidak ada
homolog untuk recBCD dari E. coli atau addAB
dari B. subtilis dalam genom Streptomyces
sejauh ini diurutkan, bakteri ini memiliki lokus
adnAB [43], seperti yang dijelaskan dalam
actinomycetes lain [17]. Lokus ini
mengkodekan kompleks helicaseenuclease
yang dimaksudkan untuk memainkan peran
recBCD dan addAB dalam E. coli dan B. Subtilis,
masing-masing, yang memproses ujung DNA
dari DSB dan memulai jalur perbaikan
rekombinasi. Berbeda dengan Mycobacterium
tuberculosis, penghapusan lokus ini tidak
mungkin pada Streptomyces ambofaciens,
sangat menunjukkan bahwa fungsi yang
disandikan sangat penting [43]. Di sisi lain,
defisiensi mutan untuk recA layak pada
Streptomyces [44]. Strain DrecA sangat sensitif
terhadap paparan UV dan mitomycin C dan
tidak dapat melakukan HR dalam rekombinasi
konjugasi [44]. Mengenai langkah post-sinaptik
dari HR, dalam analisis silico mengungkapkan
keberadaan ruvABC dan homolog recG di
Streptomyces coelicolor dan Streptomyces
avermitilis [32]. Menilai peran mereka dalam S.
ambofaciens HR adalah tujuan dari penelitian
ini.
3. Hasil
3.1. ruvABC dan recG tidak penting untuk
Perkembangan Streptomyces
Dalam analisis yang bertujuan mengidentifikasi
ortolog gen rekombinasi DNA, Rocha et al. [32]
mengungkapkan adanya ortolog dari ruvABC
dan recG dalam genom S. coelicolor dan S.
avermitilis. Untuk menentukan apakah lokus
ruvABC dan recG terpelihara dengan baik di
antara spesies Streptomyces, kami menyaring
36 genom yang sepenuhnya diurutkan dari
spesies Streptomyces (algoritma tBLASTN dari
database genom NCBI). Berdasarkan urutan
protein dari gen berlabel ruvA, ruvB, ruvC dan
recG dalam S. coelicolor, kami menemukan
ortolog untuk setiap gen dalam setiap genom,
dengan identitas minimal 69% untuk SCO1519,
82% untuk SCO1518, 68% untuk SCO1518, 68%
untuk SCO1520 dan 73% untuk SCO5556 yang
mengkode RuvA, RuvB, RuvC dan RecG,
masing-masing. Gen ruvABC adalah
terlokalisasi dan membentuk operon ruvCAB
potensial. Dalam S. ambiaciasens, RuvA, RuvB,
RuvC dan RecG (sesuai dengan
SAM23877_1570, SAM23877_1569,
SAM23877_1571 dan
SAM23877_5320) memiliki ukuran yang
diprediksi, masing-masing, 201, 357, 233 dan
745 asam amino.
Kami menggunakan metode penargetan PCR
untuk membangun strain mutan untuk
menguji keterlibatan gen-gen ini dalam HR.
Kami membuat turunan yang dihapus untuk
operon ruvABC atau untuk lokus recG, serta
turunan bermutasi ganda. Dalam konteks
kontrol SDM yang rusak, kami menargetkan
lokus recA. Untuk setiap genotipe, dua BAC
independen dimodifikasi dengan mengganti
gen target dengan kaset resistansi dan
digunakan untuk menghasilkan dua strain
mutan independen. Semua strain mutan
diperoleh dengan frekuensi klasik,
menunjukkan bahwa tidak ada gen ini yang
penting untuk pertumbuhan dalam kondisi
laboratorium atau seleksi yang diminta untuk
mutasi penekan tambahan. Tidak ada fenotipe
morfologi koloni spesifik atau defisiensi
sporulasi yang diamati untuk strain DruvABC
atau DrecG dibandingkan dengan tipe liar (WT)
ketika ditanam sebagai koloni tunggal
sepanjang pertumbuhan waktu 96 jam, sesuai
dengan entri dalam fase sporulasi untuk Strain
WT
(Media HT, 30 ○ C). Sebaliknya, DruvABC DrecG
mutan ganda menunjukkan fenotip
pertumbuhan yang ditandai dengan sedikit
keterlambatan pigmentasi (Gbr. 1).
3.2. Mutasi DruvABC DrecG ganda
memberikan sensitivitas terhadap paparan
sinar UV
Spora terpapar UV pada 75 Jm-2 dan 150 Jm-2
segera setelah pelapisan pada media HT padat,
dan tingkat kelangsungan hidup dihitung relatif
terhadap sel yang tidak terpapar. Strain WT
menunjukkan tingkat kelangsungan hidup sel
66,45 ± 4,29% dan
25,02 ± 2,18% pada dosis UV 75 Jm-2 dan 150
Jm-2,
masing-masing (Gbr. 2). Strain DruvABC dan
DrecG menunjukkan sensitivitas 61,93 ± 3,87%
dan 59,12 ± 4,51% pada 75 Jm-2
dan 19,93 ± 1,59% dan 17,01 ± 2,12% pada 150
J m — 2,
masing-masing. Sekalipun nilai sedikit lebih
rendah daripada WT, perbedaannya tidak
signifikan secara statistik. Sebaliknya, dengan
tingkat sensitivitas 43,68 ± 3,52% pada 75 J m-
2 cross-over ganda yang mengarah ke
dan 11,95 ± 1,66% pada 150 Jm-2, mutan
DruvABC DrecG
strain lemah tetapi secara signifikan lebih
sensitif terhadap paparan UV daripada WT
(berisiko a 0,05). Sensitivitas ini jauh lebih
sedikit dibandingkan dengan strain DrecA,
yang menunjukkan penurunan drastis dalam
tingkat resistensi, dengan nilai 0,11 ± 0,08%
pada dosis terendah yang diuji.
3.3. Mutan ganda DruvABC DrecG hanya
terpengaruh dalam pembentukan rekombinan
konjugasional
Untuk menguji kemampuan mutan DrecG
DruvABC untuk mencapai rekombinasi
homolog, kami membandingkan galur mutan
dan referensi WT untuk kapasitasnya
membentuk rekombinan (Gambar 3 dan 4).
Untuk tujuan itu, kami menargetkan lokus yang
tidak terlibat dalam proses rekombinasi DNA
(yaitu SAM23877_1172 yang menyandikan
sensor Streptomyces cellobiose [56]). Dalam
pendekatan pertama (Gbr. 3), kami
memperkenalkan dengan konjugasi interge
neric (lihat Bahan dan metode) BAC di mana
SAM23877_1172 digantikan oleh kaset
resistansi apramycin; kemudian, klon yang
tahan apramisin (ApraR) dipilih dan dihitung.
Dengan cara ini, kami menghitung semua
peristiwa rekombinasi, menghasilkan integrasi
gen resistensi apramycin ke dalam kromosom,
yang paling mungkin adalah persilangan
tunggal yang terjadi antara pemasukan vektor
rekombinan dan bagian yang homolog pada
kromosom. (rekombinasi dalam wilayah H1
atau H2; peristiwa dalam H1 diwakili pada
Gambar. 3A). Dengan melakukan itu, kami juga
memperhitungkan proporsi kecil dari
rekombinan yang secara langsung menjalani
penggantian alel kromosom (rekombinasi
dalam H1 dan H2, Gbr. 3A).
Klon ApraR yang dihasilkan dari peristiwa
cross-over tunggal atau ganda dihitung dalam
setiap konteks genetik dan dibandingkan
dengan WT (Gambar 3B). Rasio klon ApraR
yang diperoleh dalam konteks DruvABC dan
DrecG adalah 28,71 ± 5,16% dan
19,82 ± 3,64%, masing-masing, relatif terhadap
WT, menunjukkan itu
efisiensi rekombinasi konjugasi berkurang
rata-rata masing-masing 3,5 kali lipat dan 5 kali
lipat dalam ruvABC- dan pada mutan yang
rusak pada recG. Dalam rekombinan mutan
yang kekurangan rekombinasi homolog, tidak
ada klon ApraR yang dapat diamati
kondisi eksperimental yang sama. Ketika kedua
lokus dihapus, efisiensi rekombinasi dikurangi
menjadi
7,4 ± 2,38% dari referensi WT. Hasil ini
menunjukkan
bahwa ruvABC dan recG terlibat dalam
rekomendasi konjugasi. Karena fenotipe yang
kekurangan rekombinasi diperburuk dalam
galur mutan DruvABC DrecG ganda
dibandingkan dengan mutan tunggal, kami
menyimpulkan bahwa RuvABC dan RecG
mungkin berlebihan untuk pembentukan
rekombinan. Namun, perlu dicatat bahwa,
dengan tidak adanya RuvABC dan RecG, HR
masih efektif, menunjukkan bahwa protein
alternatif dapat mengkatalisasi migrasi dan
resolusi persimpangan Holliday pada mutan
ganda ini. Karena pengamatan kami mengikuti
konjugasi E. coli / Streptomyces intergenerik,
perbedaan dalam kapasitas konjugasi WT dan
latar belakang genetik DruvABC DrecG
mungkin bertanggung jawab atas penurunan
rekombinan. Untuk mengesampingkan
kemungkinan ini, kami membuat percobaan
konjugasi menggunakan pDYN6902 konjugatif
dan integratif (berasal dari pIJ6902); integrasi
kromosomnya terjadi oleh rekombinasi
spesifik situs dan oleh karena itu independen
dari HR [49]. Vektor ini memiliki asal replikasi
yang sama seperti pBeloBAC11 yang digunakan
untuk membangun perpustakaan BAC [50],
dan dengan demikian diharapkan memiliki
nomor salinan yang setara dalam donor
Strain E. coli. Karena integrasinya sangat
efisien, kami memantau frekuensi konjugasi
dari plasmid pDYN6902 konjugatif dan
integratif dalam galur mutan dan
membandingkannya dengan WT. Tidak ada
perbedaan yang signifikan antara kedua strain,
dengan tingkat konjugasi 1,2 $ 10-4 dan 9,7 $
10-5 untuk masing-masing strain WT dan
DruvABC DrecG.
Kami selanjutnya membuat percobaan kedua
untuk membandingkan frekuensi rekombinasi
homolog pada mutan yang berbeda (Gbr. 4).
Dalam pendekatan ini, kami menguji frekuensi
penggantian gen (SAM23877_1172 dengan
kaset resistensi apramycin). Langkah ini sesuai
dengan pembentukan crossing-over yang
terjadi antara pengulangan tandem panjang
yang dihasilkan dari integrasi BAC rekombinan
ke dalam genom. Acara cross-over kedua
menghilangkan DNA vektor, termasuk gen
resistensi kanamisin, yang mengarah ke
fenotip KanS ApraR dari latar belakang KanR
ApraR. Kami menggunakan pendekatan
eksperimental yang terinspirasi oleh uji
fluktuasi Luria dan Delbruck klasik [57]. Idenya
adalah untuk menguji terjadinya cross-over
kedua dalam sampel independen WT dan
DruvABC DrecG populasi bakteri dari klon yang
telah mengintegrasikan vektor rekombinan
dengan cross-over tunggal. Dua puluh sampel
rumput bakteri (dipetik menggunakan
pemotong kue, lihat bagian Bahan dan
metode) dan dengan demikian sesuai dengan
subpopulasi yang sama dipanen untuk strain
WT dan DruvABC DrecG di mana cross-over
pertama terjadi (transkonjugasi ApraR KanR).
Suspensi spora dari sampel halaman rumput ini
dititrasi dan ditumbuhkan pada media HT
ditambah dengan hanya apramycin untuk
mempertahankan keberadaan kaset resistensi,
tetapi tanpa melawan pembentukan formasi
penyilangan kedua. Pelat selanjutnya dilapisi
replika pada media HT yang dilengkapi dengan
apramycin dan kanamycin untuk menentukan
frekuensi klon ApraR KanS di antara ApraR.
Untuk kedua konteks genetik, setidaknya satu
klon ApraR KanS dihitung di masing-masing
dari 20 sampel populasi, yang mengungkapkan
bahwa cross-over kedua dapat terjadi pada
frekuensi yang setara (Gambar 4B).
Selanjutnya, klon ApraR KanS diamati pada
frekuensi yang tidak signifikan.
berbeda secara signifikan (risiko a 0,05): 13,38
± 4,95% dan
11,67 ± 4,98% untuk WT dan tanggapan
DruvABC DrecG
secara aktif. Menurut Luria dan Delbrucck, ini
mengungkapkan bahwa rekombinasi homolog
intra-kromosom tidak terpengaruh secara
signifikan pada galur mutan-ganda DruvABC
DrecG dibandingkan dengan WT.
Data ini menunjukkan bahwa kekurangan
RuvABC dan RecG tidak secara signifikan
mempengaruhi rekombinasi homolog
intrachromosomal pada S. ambofaciens,
sementara itu menurunkan kapasitas untuk
membentuk rekombinan setelah transfer
konjugasional.
4. Diskusi
4.1. Rekombinasi homolog alternatif protein
post-sinaptik berfungsi di Streptomyces
Resolvom RuvABC dan enzim migrasi cabang
RecG diasumsikan bertindak sebagai protein
alternatif untuk langkah pasca-sinaptik
rekombinasi homolog pada E. coli [8,58].
Sementara RuvAB dan RecG mampu
melakukan migrasi cabang setelah
pembentukan HJ, RuvC endonuclease dapat
menyelesaikan struktur empat arah dan
mengembalikan dua homolog untai ganda
[59]. Selain migrasi cabang dari HJ, in vitro
RecG dapat bertindak pada berbagai struktur
dan mempromosikan berbagai reaksi,
sehingga, hingga saat ini, perannya dalam vivo
tetap belum ditentukan [30]. Dalam studi ini,
kami menemukan tingkat konservasi yang
tinggi ruvABC dan recG di semua genom
Streptomyces diurutkan sejauh ini. Kami
mempelajari keterlibatan keduanya dalam HR
dalam model bakteri kami S. ambofaciens.
Untuk tujuan ini, kami mengukur sensitivitas
terhadap iradiasi UV (agen perusak DNA), kami
mengukur frekuensi rekombinasi homolog
setelah transfer konvensional dan rekombinasi
homologis antara sekuens berulang berulang
pada kromosom. DruvABC DrecG lebih sensitif
terhadap iradiasi UV daripada sel tipe liar, dan
dalam strain mutan DruvABC DrecG, kami
mendeteksi 7,4 kali lipat
penurunan efisiensi SDM dalam rekombinasi
konjugasi. Sebaliknya, tidak ada perbedaan
dalam rekombinasi intra-kromosom yang
diamati antara mutan dan strain WT. Hasil
yang terakhir menunjukkan bahwa protein
dapat mengkompensasi kekurangan RuvABC
resolvasome dan enzim RecG. Sebuah
pertanyaan terbuka adalah bagaimana
menjelaskan perbedaan yang signifikan dalam
SDM yang diukur dengan konjugasi dan dengan
uji rekomendasi intramolekul. Dalam HR
konjugasi, DNA substrat (exogenote) ditransfer
dari E. coli ke Streptomyces sebagai DNA untai
tunggal. Dalam E. coli, telah diketahui bahwa
untai tunggal untai persisten mengarah pada
induksi sistem SOS [60]. Ini mendukung
rekombinasi antarspesies melalui peningkatan
ekspresi recA dan ruvAB [60]. Oleh karena itu,
kita dapat memperkirakan dan berhipotesis
bahwa transfer DNA BAC untai tunggal dari E.
coli ke Streptomyces juga merangsang ekspresi
dari kedua enzim rekombinasi ini. Demikian
pula, iradiasi UV diketahui menginduksi respon
SOS. Peningkatan ekspresi RecA dapat
merangsang langkah pertama SDM,
meningkatkan kebutuhan enzim yang
bertindak pada langkah selanjutnya. HJ, kandidat alternatif juga dapat disarankan.
Sebaliknya, rekombinasi intrachromosomal Aravind et al. [66] mengidentifikasi keluarga
tidak akan dipromosikan oleh SOS-induksi YqgF sebagai berbagi hubungan homologis dan
RecA, dan cacat RuvABC / RecG dapat struktural dengan keluarga RuvC,
dikompensasi oleh ekspresi dasar dari resolusi menunjukkan bahwa anggotanya, meramalkan
alternatif. resolusi, dapat berfungsi sebagai alternatif
untuk RuvC. Saat menyiapkan naskah ini,
Nautiyal et al. [67] melaporkan analisis in vitro
4.2. Migrasi dan resolusi HJ, fungsi redundan yang dilakukan pada RuvX (anggota
tinggi? mikobakteri dari keluarga YqgF). Mereka
mengungkapkan bahwa protein ini memiliki
afinitas untuk HJ dan menampilkan aktivitas
pembelahan HJ. Mycobacteria dan
Dalam model bakteri E. coli dan B. subtilis,
Streptomyces keduanya milik actinobacteria
RuvABC / RecU dan RecG dikenal sebagai
dan ortolog untuk RuvX dapat diidentifikasi
faktor utama dari langkah HR post-synaptic
dalam genom Streptomyces. Secara
[7,12,33,58]. Tanpa diduga, inaktivasi simultan
keseluruhan, data ini mendukung gagasan
dari ruvABC dan recG menganugerahkan
bahwa RuvX adalah kandidat serius untuk
fenotip ringan sebagai respons terhadap
menyelesaikan HJ sebagai alternatif untuk
kerusakan DNA dan efisiensi SDM di S.
RuvC di S. ambofaciens. Akan menarik untuk
ambofaciens, menunjukkan adanya cara-cara
menyelidiki keterlibatan faktor-faktor
alternatif dalam memproses molekul-molekul
alternatif yang diduga di atas dalam proses
pasca-sinaptik. Di E. coli, ketika tahap akhir HR
rekombinasi di Streptomyces.
diblokir (mis. Melalui ruvABC mation),
hilangnya uvrD, yang diketahui terlibat dalam
perbaikan eksisi mismatch dan nukleotida,
adalah mematikan [61]. Selain itu, E.coli UvrD
baru-baru ini terbukti dapat melepaskan HJ
secara in vitro dan karena itu dapat memiliki
peran yang berlebihan dengan RuvAB dan
RecG [62]. Dalam genom S. ambofaciens, dua
homolog UVD dapat dideteksi. Kandidat lain
untuk migrasi cabang bisa menjadi paralog
recA yang dikenal sebagai sms atau radA yang
terkonservasi dengan baik di antara semua
genom bakteri yang diurutkan sejauh ini [63].
Dalam E. coli, pengukuran rekombinasi
konjugional menunjukkan fungsi yang
berlebihan untuk radA / sms dengan faktor
migrasi cabang lainnya [64]. Baru-baru ini,
sebuah penelitian menunjukkan bahwa RadA /
Sms mampu melakukan migrasi cabang, tetapi
diduga bertindak berbeda dari RuvAB dan
RecG, karena RadA / Sms tidak menunjukkan
aktivitas helicase [65]. Untuk kegiatan resolusi