LAPORAN PRAKTIKUM RANCANGAN OBAT

“PENAMBATAN MOLEKULER (MOLECULAR DOCKING)”

Oleh :

Kelompok A1.1

Faradita Yulia R.P 172210101027

Yanabila Wahyu I 182210101002

Agnes Auliya S 182210101004

Ahya Natasya 182210101005

Annake Putri L.J 182210101006

LABORATORIUM KIMIA MEDISINAL

BAGIAN KIMIA FARMASI

UNIVERSITAS JEMBER

2020
1. TUJUAN PRAKTIKUM
Mahasiswa mampu melakukan penambatan molekul ligan ke protein.

2. TEORI DASAR
Perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi yang makin meningkat dapat
digunakan untuk membantu proses penelitian pada saat ini. salah satunya yaitu dapat
digunakan dalam proses penemuan dan perancangan obat baru. Perancangan obat
sebisa mungkin dilakukan berdasarkan penalaran yang rasional dan meminimalisir
faktor coba-coba. Dengan begitu penelitian yang dilakukan akan lebih menghemat
waktu, biaya, tenaga, dan pikiran. Pada era modern ini, metode pengembangan obat-
obatan mulai masuk ke ranah ilmu komputasi. Ranah tersebut digunakan untuk
memahami struktur biologi molekuler dan penemuan obat berdasarkan strukturnya.
Secara umum metode dalam perancangan obat mengikuti dua pendekatan yang
didasarkan pada penggunaan informasi sebagai starting material untuk proses
perancangan obat. Dua metode tersebut yaitu Desain Obat Berbasis Ligan (Ligand-
based Drug Design, LBDD) dan Desain Obat Berbasis Struktur (Structure-based
Drug Design, SBDD). Pendekatan LBDD didasarkan pada informasi struktur (2D/3D)
ligan beserta aktivitas biologisnya. Contoh metode dari pendekatan LBDD ini yaitu
QSAR dan Pharmacophore Mapping. Sedangkan pendekatan SBDD didasarkan pada
informasi struktur 3D protein target. Contoh metode pada pendekatan ini yaitu
Docking dan De novo Design. Dalam prakteknya kedua pendekatan tersebut kerap
digunakan bersama-sama untuk menghasilkan Design dengan kemampuan prediktif
yang lebih baik.
Salah satu metode yang sangat populer pada pendekatan SBDD yaitu
Molecular Docking. Penambatan molekul (molecular docking) adalah metode
komputasi yang bertujuan meniru peristiwa interaksi suatu molekul ligan dengan
protein yang menjadi targetnya padauji in-vitro. Dalam penambatan molekul yang
ditambatkan adalah molekul obat (ligan) pada reseptornya (target obat). Molekul obat
tersebut dapat berupa senyawa yang diprediksi memiliki aktivitas farmakologis, baik
senyawa dari ekstrak tumbuhan maupun senyawa sintesis. Docking merupakan
metode yang digunakan untuk memprediksi orientasi yang terbaik dari suatu molekul
ketika terikat satu sama lain untuk membentuk kompleks yang stabil. Docking dapat
diasumsikan sebagai problem lock and key yang artinya interaksi ligan dengan protein
hanya terjadi apabila terdapat kecocokan bentuk dan volume diantara molekul ligan
 dan situs aktif atau situs tambat protein tersebut. Program docking biasanya
memperlakukan protein sebagai bagian yang rigid, sedangkan ligan diperlakukan
sebagai bagian yang fleksibel.
Dalam docking terdapat dua masalah utama yang harus diselesaikan secara
simulatif yaitu bagaimana pose atau geometri (lokasi, konformasi, dan orientasi) ligan
terikat pada situs aktif protein targetnya dan bagaimana menentukan kekuatan
interaksi (afinitas) antara ligan dengan protein targetnya. Masalah pertama dapat
diselesaikan dengan menerapkan algoritma pencarian pose (searching/placement
algorithm). Docking algorithms/pose berfungsi untuk mencari orientasi/konformasi
suatu ligan terhadap situs tambat reseptornya sehingga didapat konformasi yang paling
stabil dari kompleks ligan-protein yang terbentuk. Sedangkan masalah kedua dapat
diselesaikan dengan menerapkan perhitungan menggunakan scoring function. Scoring
function berfungsi untuk menghitung afinitas kompleks ligan dengan protein reseptor
yang terbentuk.

3. ALAT DAN BAHAN

a. Perangkat keras : Komputer PC

b. Sistem Operasi : windows
c. Perangkat lunak : Molegro Virtual Docker
d. Data : File PDB

4. CARA KERJA
a. Mengimpor file
b. Memprediksi tempat pengikatan

c. Menjalankan simulasi penambatan molekuler co-crystal ligand

d. Menjalankan simulasi penambatan molekuler ligan uji

e. Menampilkan ikatan Hidrogen
 5. HASIL PERCOBAAN

Nama : Faradita Yulia Rani P

NIM : 172210101027

Hasil Percobaan Penambatan Molekuler

Nama Ligand Rerank Score RMSD

Co-crystal ligan 5F1A COH -169,881 0,907525
Co-crystal ligan 5F1A SAL -64,6238 16,7737
Asetosal dengan COH -72,8198 247,128
Asetosal dengan SAL -73,044 247,034
P nitroasetilanid dengan -70.6514 246.884
COH
P nitroasetilanid dengan SAL -64,1265 16,7582

Hasil Percobaan Ikatan Hidrogen

Nama Ligand Gugus Asam Amino

Co-crystal ligan 5F1A COH Tyr berikatan dengan O Tyr 148
Asn berikatan dengan O Asn 302
Thr berikatan dengan O Thr 212
Gln berikatan dengan O Gln 454
Co-crystal ligan 5F1A SAL Tyr berikatan dengan OH Tyr 480
Asetosal dengan COH Thr berikatan dengan O Thr 264
Asetosal dengan SAL Thr berikatan dengan O Thr 206
P nitroasetilanid dengan Thr berikatan dengan CH Thr 206
COH
P nitroasetilanid dengan SAL Tyr berikatan dengan OH Tyr 206
Nama : Yanabila Wahyu Ilahi

NIM : 182210101002

Hasil Percoban Penambatan Molekuler

Nama Ligand Rerank Score RMSD

Co-crystal ligan 5F1a COH -166.373 0.813019
Co-crystal ligan 5F1a SAL -62.1868 16.8604
Asetosal dengan COH -72.8767 247.077
Asetosal dengan SAL -71.5819 248.339
P nitroasetilanid dengan
-70.5465 246.132
COH
P nitroasetilanid dengan SAL -71.5992 247.053

Hasil Percobaan Ikatan Hidrogen

Nama Ligand Gugus Asam amino

Thr 212 berikatan dengan O Thr 212
Tyr 148 berikatan dengan O Tyr 148
Co-crystal ligan 5F1a COH
Asn 382 berikatan dengan O Asn 382
Gln 454 berikatan dengan O Gln 454
Thr 383 berikatan dengan
OH Thr 383
Co-crystal ligan 5F1a SAL
Tyr 460 berikatan dengan Tyr 460
OH
Asetosal dengan COH Thr 208 berikatan dengan O Thr 208
Asetosal dengan SAL Thr 206 berikatan dengan O Thr 206
P nitroasetilanid dengan -
-
COH
Thr 206 berikatan dengan N
P nitroasetilanid dengan SAL Thr 206
NAMA : Agnes Auliya Sofyana

NIM : 182210101004

Hasil Percobaan Penambatan Molekuler :

No. Senyawa Rerank Score RMSD

COH A : -173.645 1.42604
1 Co-crystal ligand reseptor 5F1A
SAL A : -63.5244 29.3892
COH A : -73.5246 12.4751
2 Asam asetil salisilat
SAL A : -72.5291 247.047

COH A : -70.7006 14.0543

3 p-nitroasetanilida
SAL A : -71.4823 11.333

Hasil percobaan interaksi ikatan hidrogen :

No. Senyawa Gugus Asam amino

1. COH A
Tyr 148 Tyr 148
Thr 212 Thr 212
Co-crystal ligand reseptor 5F1A
Ser 451 Ser 451
SAL A
Gly 536
Gly 536
2. COH A
Thr 206
Asam asetil salisilat Thr 206
SAL A
Val 358
Val 358
3. COH A Thr 206
Thr 206
p-nitroasetanilida
SAL A Thr 206
Thr 206
Nama : Ahya Natasya

NIM : 182210101005

Hasil Percoban Penambatan Molekuler

Nama Ligand Rerank Score RMSD

Co-crystal ligan 5F1a COH -176.913 1.17507
Co-crystal ligan 5F1a SAL -69.73 11.9049
Asetosal dengan COH -71.5674 248.574
Asetosal dengan SAL -72.5774 248.51
P nitroasetilanid dengan -71.8909 247.047
COH
P nitroasetilanid dengan SAL -71.7597 247.047

Hasil Percobaan Ikatan Hidrogen

Nama Ligand Gugus Asam amino

Co-crystal ligan 5F1a COH Thr 212 berikatan dengan O Thr 212
Ser 451 berikatan dengan O Ser 451

Co-crystal ligan 5F1a SAL
Asetosal dengan COH
Asetosal dengan SAL
P nitroasetilanid dengan
COH
P nitroasetilanid dengan SAL
Trp 387 berikatan dengan Trp 387
OH Tyr 386
Tyr 386 berikatan dengan Thr 208
OH
Thr 208 berikatan dengan O
- -
- -
Thr 206 berikatan dengan CH Thr 206
Thr 206 berikatan dengan CH Thr 206
Nama : Anneke Putri Lestari

NIM : 182210101006

Hasil Percoban Penambatan Molekuler

Nama Ligand Rerank Score RMSD

Co-crystal ligan 5F1a COH -172.363 1.16153
Co-crystal ligan 5F1a SAL -62.2100 16.8624
Asetosal dengan COH -72.8198 247.128
Asetosal dengan SAL -73.0440 247.034
P nitroasetilanid dengan
-70.8420 246.229
COH
P nitroasetilanid dengan SAL -71.7014 246.995

Hasil Percobaan Ikatan Hidrogen

Nama Ligand Gugus Asam amino

Thr 212 berikatan dengan O Thr 212
Co-crystal ligan 5F1a COH
Asn 382 berikatan dengan O Asn 382
Thr 383 berikatan dengan
OH Thr 383
Co-crystal ligan 5F1a SAL
Tyr 460 berikatan dengan Tyr 460
OH
Asetosal dengan COH Thr 208 berikatan dengan O Thr 208
Asetosal dengan SAL Thr 206 berikatan dengan O Thr 206
P nitroasetilanid dengan -
-
COH
P nitroasetilanid dengan SAL Thr 206 berikatan dengan N Thr 206
6. PEMBAHASAN
6.1 Penambatan Molekuler
Molekul docking merupakan studi tentang bagaimana dua atau lebih struktur molekul,
dengan permisalan obat dan katalis atau reseptor makromolekul, cocok untuk menjadi
pasangan yang cocok. Orientasi yang mengikat dari kandidat obat molekul kecil dengan
target makromolekulnya memprediksi afinitas dan aktivitas molekul kecil yang diberikan.
Molekular Docking juga disebut sebagai docking molekul kecil.
Metode molecular docking merupakan metode utama komputasi dalam proses
pencarian dan pengembangan obat (Rester, 2008). Prinsip molecular docking adalah
dengan mengikatkan subtrat atau ligan pada enzim sehingga membentuk konformasi
molekul kompleks. Selain itu docking juga mempertimbangkan aspek kestabilan
konformasi antara enzim dan ligan yang terbentuk tersebut (Sousa et al., 2006). Docking
secara fleksibel merupakan metode yang umum dilakukan karena ikatan kompleks dan
fleksibilitas konformasi antara ligan dan protein menjadi parameter utama dalam penilaian
afinitas docking. Akurasi hasil docking perlu dilakukan untuk mengukur ketepatan
algoritma dari program untuk menentukan posisi dari konformasi antara enzim dan ligan.
Parameter dari nilai akurasi tersebut adalah Root Mean Deviation Square (RMSD).
Tujuan utama dari docking molekuler adalah untuk mencapai reseptor ligan kompleks
dengan konformasi yang dioptimalkan dan dengan maksud memiliki lebih sedikit energi
bebas yang mengikat. Molekular Docking memiliki peran penting dalam prediksi awal
sifat ikatan obat dengan asam nukleat.
Interaksi obat akan tercapai apabila suatu obat dapat berikatan dengan reseptornya.
Hubungan antara interaksi obat dan reseptor ini merupakan hal yang sangat penting dalam
perancangan suatu obat karena berkaitan dengan efek terapetik yang akan diberikan oleh
obat itu sendiri. Ikatan antara obat dengan suatu reseptor harus dalam kondisi ikatan yang
lemah namun masih terkategorikan ikatan yang kuat, dengan kata lain reseptor dapat
berkompetisi dengan ikatan lainnya. Tipe ikatan kimia yang terlibat dalam interaksi obat
reseptor yaitu ikatan-ikatan kovalen, ion-ion yang saling memperkuat (reinforce ions), ion
(elektrostatik), hidrogen, dan ikatan yang lainnya.
Dari metode docking ini dapat diprediksi afinitas obat dan reseptornya, jenis ikatan,
gugus farmakofor, dan asam amino pada reseptor yang berikatan dengan obat (Molegro,
2011). Hasil yang dideprol berupa rerank score yang diinterpretasikan sebagai presiksi
interaksi ikatan antara obat dengan reseptor. Semakin kecil nilai rerank score yang
didapatkan, maka semakin besar nilai keserasian antara ligan dengan reseptor untuk
 berinteraksi.hasil dari docking juga dapat dihasilkan dari gambaran interaksi ikatan ligan
dengan reseptornya meliputi ikatan hydrogen, ikatan hidrofobik serta ikatan elektronik
(Hincliffe, 2008). Selain itu RSMD juga dapat berperan dalam analisa interaksi obat
dalam molekular docking. RMSD (Root Mean Square Deviation) adalah parameter yang
digunakan untuk mengevaluasi kemiripan dua buah struktur. RMSD ditentukan dengan
membandingkan antara posisi atom-atom ligan secara ekperimental dan posisi
berdasarkan pada prediksi algoritma fleksibelitas dari ligan tersebut dapat mempengaruhi
ketepatan posisi kompleks yang terbentuk

6.2 Interpretasi Hasil Molekular Docking berupa Hasil Rerank Score

Hasil dari praktikum yang dilakukan didapatkan nilai rerank score dan RMSD yang
berbeda pada tiap anak. Hal ini dapat dikarenakan perangkat yang digunakan berbeda-
beda sehingga hasil akhirnya pun berbeda. Dari docking yang telah dilakukan didapatkan
data sebagai berikut :
Nama Ligand Praktikan Rerank Score RMSD
Faradita -169,881 0,907525
Co-crystal Yanabila -166.373 0.813019
ligan 5F1a Agnes -173.645 1.42604
COH Ahya -176.913 1.17507
Anneke -172.363 1.16153
Faradita -64,6238 16,7737
Co-crystal Yanabila -62.1868 16.8604
ligan 5F1a Agnes -63.5244 29.3892
SAL Ahya -69.73 11.9049
Anneke -62.2100 16.8624
Faradita -72,8198 247,128
Yanabila -72.8767 247.077
Asetosal
Agnes -73.5246 12.4751
dengan COH
Ahya -71.5674 248.574
Anneke -72.8198 247.128
Faradita -73,044 247,034
Asetosal
Yanabila -71.5819 248.339
dengan SAL
Agnes -72.5291 247.047
 Ahya -72.5774 248.51
Anneke -73.0440 247.034
Faradita -70.6514 246.884
P Yanabila -70.5465 246.132
nitroasetilanid Agnes -70.7006 14.0543
dengan COH Ahya -71.8909 247.047
Anne -70.8420 246.229
Faradita -64,1265 16,7582
P Yanabila -71.5992 247.053
nitroasetilanid Agnes -71.4823 11.333
dengan SAL Ahya -71.7597 247.047
Anne -71.7014 246.995

Hasil dari praktikum molekuler docking berupa nilai rerank score dan RMSD. Rerank
score atau energi ikatan menunjukkan jumlah energi yang dibutuhkan untuk membentuk
ikatan antara ligan dengan reseptor. Semakin kecil energi ikatan berarti semakin stabil
ikatan tersebut. Semakin stabil ikatan ligan dengan reseptor maka dapat diprediksikan
bahwa aktivitasnya juga semakin besar.
RMSD (Root Mean Square Deviation) adalah parameter yang digunakan untuk
mengevaluasi kemiripan dua buah struktur. Kemiripan tersebut diukur bedasarkan
perbedaan jarak atom sejenis. RMSD ditentukan dengan membandingkan antara posisi
atom-atom ligan secara ekperimental dan posisi berdasarkan pada prediksi algoritma.
Fleksibelitas dari ligan tersebut dapat mempengaruhi ketepatan posisi kompleks yang
terbentuk . Hasil Docking yang baik jika memiliki nilai RMSD kurang dari 2 Å. Nilai
RMSD kurang dari 2 Å menunjukkan presisi hasil konformasi docking yang baik.
Berdasarkan tabel data diatas. Senyawa yang memiliki nilai rata-rata nilai rerank
terendah yaitu pada penambatan Asetosal dengan Co-crystal ligan 5F1a COH dengan nilai
rerank score rata-rata sebesar -72,72166. Pada posisi kedua yaitu penambatan Asetosal
dengan Co-crystal ligan 5F1a SAL dengan nilai rata-rata rerank score -72,55528.
Selanjutnya yaitu penambatan P nitroasetilanid dengan Co-crystal ligan 5F1a COH dengan
nilai -70,99262, dan yang terakhir penambatan P nitroasetilanid dengan Co-crystal ligan
5F1a SAL dengan nilai -70,13382. Dengan begitu dapat disimpulkan ikatan yang paling
 stabil yaitu pada penambatan Asetosal dengan Co-crystal ligan 5F1a COH karea pada
prosesnya hanya membutuhkan energi yang kecil untuk membentuk ikatannya.

6.3 Ikatan Hidrogen

Ikatan hidrogen merupakan suatu ikatan antara atom H yang mempunyai muatan
positif parsial dengan atom lain yang bersifat elektronegatif dan mempunyai sepasang
elektron bebas dengan oktet lengkap seperti Cl, N, F. Ikatan hidrogen terjadi pada senyawa
yang memiliki gugus - gugus seperti OH...O, NH... O, OH... N, NH... F, OH.. F. Ada dua
jenis ikatan hidrogen yakni ikatan hidrogen intramolekular dan ikatan hidrogen
intermolekuler. Kekuatan ikatan intermolekul lebih lemah dibandingkan dengan
intramolekul.
Ikatan hidrogen intermolekular (antar molekul)
Yaitu ikatan hidrogen yang terjadi pada molekul yang berbeda (antar molekul).
Contohnya reaksi antara H2O dengan Cl-(aq) terdapat beberapa ikatan hidrogen yang
terjadi antar molekul, yaitu H6+ dan Cl8- sebanyak pasangan elektron bebas di sekitar ion
Cl (4 pasang elektron bebas).
Ikatan hidrogen intramolekular
Yaitu ikatan hidrogen yang terjadi pada satu molekul (dalam satu senyawa).
Contohnya molekul air (H2O). Dalam air terikat hidrogen sejumlah pasang elektron bebas
pada pusat senyawa. Ikatan hidrogen intramolekuler banyak ditemukan dalam
makromolekul seperti protein dan asam nukleat dimana ikatan hidrogen terjadi antara 2
bagian dan molekul yang sama yang berperan sebagai penentu bentuk molekul
keseluruhan yang penting.

6.4 Asam Amino

Setelah dilakukan docking baik antara ligan asli dengan protein target maupun antara
ligan uji dan protein target dapat dilihat visualisasi hasil docking berupa ikatan-ikatan.
Terdapat beberapa residu asam amino yang berperan dalam ikatan yang terjadi antara
ligan asli dengan protein target maupun ikatan antara ligan uji dengan protein target. Pada
praktikum molecular docking kali ini didapatkan hasil beberapa residu asam amino
berdasarkan data yang diperoleh oleh masing-masing praktikan yang berperan dalam
ikatan antara ligan uji dengan protein target serta ikatan antara ligan asli dengan protein
 target, residu asam amino yang sama yang diperoleh oleh praktikan diantaranya sebagai
berikut :

Residu asam amino yang berperan pada ikatan antara ligan asli COH dengan
protein target 5F1A adalah Thr 212, Asn 382, Ser 451, Tyr 148, Gln 454
Residu asam amino yang berperan pada ikatan antara ligan asli SAL dengan protein
target 5F1A adalah Thr 383, Tyr 460
Residu asam amino yang berperan pada ikatan antara ligan uji asetosal dengan
protein uji 5F1A (ligan yang dicentang COH) adalah Thr 208
Residu asam amino yang berperan pada ikatan antara ligan uji asetosal dengan
protein uji 5F1A (ligan yang dicentang SAL) adalah Thr 206
Residu asam amino yang berperan pada ikatan antara ligan uji p nitroasetilanid
dengan protein uji 5F1A (ligan yang dicentang COH) adalah Thr 206
Residu asam amino yang berperan pada ikatan antara ligan uji p nitroasetilanid
dengan protein uji 5F1A (ligan yang dicentang SAL) adalah Thr 206

6.5 Potensi sebagai Obat baru

Asetosal merupakan suatu obat yang berfungsi sebagai analgesik, antipiretik dan anti-
inflamasi yang sering digunakan oleh masyarakat luas. Penggunaan asetosal dalam dosis
tinggi dapat menyebabkan indikasi dan efek negatif bagi tubuh sehingga pengawasan
mutu yang menyangkut kandungan asetosal pada produk obat sangat penting. Asam
asetilsalisilat atau lebih dikenal dengan asetosal atau aspirin juga memiliki khasiat
sebagai antiplatelet yang banyak digunakan sebagai obat untuk mencegah dan mengobati
stroke. Saat ini asetosal banyak dijumpai dalam berbagai sediaan, salah satunya dalam
sediaan tablet konvensional. Penderita stroke sangat membutuhkan obat dalam bentuk
sediaan tablet yang mudah dikonsumsi, durasi kerja obat yang relatif cepat, dan
pemberian obat yang lebih praktis. Selain itu, asetosal merupakan bahan anti-trombik
untuk pencegahan untuk penyakit atherothrombotic, dimana efek anti-trombik asetosal
dikarenakan adanya hambatan asetosal pada enzim siklo-oksigenase trombosit sehingga
dapat menghambat sintesis tromboksan A2 pada trombosit. Penggunaan asetosal juga
dapat menurunkan serangan transient ischemic, angina yang tidak stabil dan sebagai
bahan profilaksis pembekuan darah (thrombosis) pada arteri koronaria. Kemudian pada
 beberapa studi klinik, penderita yang dalam masa penyembuhan infraction myocardial
yang menggunkan asetosal menunjukan penurunan thrombosis arteri koronaria.
Senyawa p-nitroasetanilida adalah senyawa turunan karboksilat yang tergolong
dalam golongan amida sekunder(RCONHR’). Senyawa ini mempunyai rumus molekul
C6H5NHCOCH3 dan berat molekul 135,16 g/mol, mempunyai titik didih 304’C, mudah
larut dalam air dingin. Biasa digunakan sebagai inhibitor dalam hydrogen peroksida dan
digunakan untuk menstabilkan pernis ester selulosa dan digunakan untuk produksi 4-
asetamidobenzenasulfonil klorida yang mana untuk pembuatan obat sulfat. Senyawa ini
juga precursor dalam sintesis penisilin (antibiotik yang digunakan untuk menangani
infeksi bakteri) dan obat lainnya. Senyawa ini berwarna kuning pucat dan berbentuk
Kristal prisma. Dalam dunia industry biasa digunakan sebagai bahan baku untuk
mensintesis p-nitroanilida, yang dipakai untuk zat pewarna. Senyawa p-nitroasetanilida
mempuyai 2 buah isomer posisi, yaitu; o-nitroasetanilida dan m-nitroasetanilida.
Kemudian, dalm keadaan padat suatu isomer para (P) lebih simetris dan juga bisa
membentuk kisi Kristal yang lebih teratur dibandingkan dengan kedua isomer lainnya.

6.6 Titik Kritis

Dalam melaksanakan praktikum, perlu diperhatikan bebrapa hal yaitu :
- Pada penggunaan aplikasi Molegro, senyawa yang diimport harus dalam bentuk
format “pdb”
- Molekul yang akan diimport dipastikan telah diminimize energi nya menggunakan
Chem 3D
- Cavity yang dipilih merupakan cavity yang dapat melingkupi ligan
- Pemilihan pose terbaik dipilih berdasarkan nilai rerank score terkecil
- Pada saat ingin melakukan proses “Align to this molecule” dipastikan telah memilih
atom yang tepat dari masing2 senyawa yaitu 3 atom C yang berdekatan.

7 KESIMPULAN
Dari metode docking dapat diprediksi afinitas obat dan reseptornya, jenis ikatan,
gugus farmakofor, dan asam amino pada reseptor yang berikatan dengan obat

Ikatan yang paling stabil yaitu pada penambatan Asetosal dengan Co-crystal ligan
5F1a COH karena pada prosesnya hanya membutuhkan energi yang kecil untuk
membentuk ikatannya.
Ikatan hidrogen adalah suatu ikatan yang terjadi antara atom H, yang masing-masing
atom H-nya memiliki muatan positif parsial dengan atom lain yang bersifat
elektronegatif dan mempunyai sepasang elektron bebas dengan oktet lengkap. Ikatan
ini terjadi pada senyawa yang memliki gugus-gugus seperti, OH-O; NH-O; OH-N;
NH-F; OH- F.

Didapatkan hasil beberapa residu asam amino berdasarkan data yang diperoleh oleh
masing-masing praktikan yang berperan dalam ikatan antara ligan uji dengan protein
target serta ikatan antara ligan asli dengan protein target

Senyawa p-nitroasetanilida adalah senyawa turunan karboksilat yang tergolong dalam

golongan amida sekunder (RCONHR’)
 DAFTAR PUSTAKA

Astuti, Pudji. Peranan Asetosal Sebagai Anti-Trombotik Terhadap Metabolisme Tromboksan

A2 (Txa2) Dan Prostasiklin Pgi2). Stomatognatic - Jurnal Kedokteran Gigi, [S.l.], v.
7, n. 1, p. 51-55, dec. 2015. ISSN 2442-4935.

Berman, H,. et al (2000). The protein bank. Nucleic Acids Research, 28, 235-243 .

www.pdb.org

Fessenden, R.J dan Fessenden, J.S. 1982. Kimia Organik Jilid 2 Edisi Ketiga. Jakarta:
Erlangga.
Gilson, M.K., Zhou, H. X. 2007. Calculation of protein-ligand binding affinities. Annual

Review of Biophysics and Biomolecular Structure. 36:21-42.

Hevener, K., Zhao, W., Ball, D., Babaoglu, K., Qi, J.J., White, S., Lee, R. 2009. Validation of

molecular docking programs for virtual screening against dihydropteroate synthase. J

of Chemical Information and Modeling. 46(2):444-460.

Kirk, R.E. dan Othmer, D.F. 1981. Encyclopedia of Chemical Engineering Technolog. New
York: John Wiley and Sons Inc.

Kuntari, K., Aprianto, T., Noor, R. H., & Baruji, B. (2017). Verifikasi Metode Penentuan
Asetosal dalam Obat Sakit Kepala dengan Metode Spektrofotometri UV. JST (Jurnal
Sains dan Teknologi), 6(1).

Leach,. A,. Shoicet,. B & Peishoff, C (2006). Docking and scoring. Journal of Medicinal
Chemistry, 49(20), 5851-5855

Reddy, M. K. (2019). Amino acid chemical compound. Britannica.

https://www.britannica.com/science/amino-acid

Sa’adah, H., Budianti S., Y., & Sandra, A. (2019). Formulasi Orally Disintegrating Tablet

(Odt) Asetosal Dengan Variasi Konsentrasi Kombinasi Avice. Jurnal Ilmiah Ibnu
Sina, 4(1), 31 – 39

Santoyo, A.H., Barajas, A.Y.T., Altuzar, V., et al. 2013. Protein-Protein and Protein-Ligand
 Docking. In Tech. 64-81.
Siswandono. 2016. Kimia edisinal 1-Google buku. Edisi kedua. Surabaya: Airlangga

University Press [diakses Oktober 2020]

Sousa, S.F, Fernandes, P.A., Ramos, M.J. 2006. Protein-ligand docking: current status and f
uture challenges. Proteins. 65(1):15-26.
 LAMPIRAN

Nama : Faradita Yulia Rani P

NIM : 172210101027

Co-crystal ligan 5F1A COH

(ikatan Hidrogen)
 Ikatan Sterik

Co-crystal ligan 5F1A SAL

Ikatan Hidrogen

Ikatan Sterik
Asetosal dengan COH

Ikatan Hidrogen Ikatan Sterik

Asetosal dengan SAL

Ikatan Hidrogen Ikatan Sterik

P nitroasetilanid dengan COH

Ikatan Hidrogen Ikatan Sterik

P nitroasetilanid dengan SAL

Ikatan Hidrogen Ikatan Sterik

Nama : Yanabila Wahyu Ilahi

NIM : 182210101002

Co-crystal ligan 5F1A COH

Menentukan rerank score dan RMSD dari pose terbaik dari co-crystal ligand reseptor 5F1A
COH. Dari hasil dilihat nilai rmsd terbaik yaitu pose (00).
Ikatan Hidrogen :

Ikatan Sterik :
Co-crystal ligan 5F1a SAL

Menentukan rerank score dan RMSD dari pose terbaik dari co-crystal ligand reseptor 5F1A
SAL. Dari hasil dilihat nilai rmsd terbaik yaitu pose (00).

Ikatan Hidrogen :
Ikatan Sterik :
Asetosal dengan COH

Menentukan rerank score dan RMSD dari pose terbaik dari penambatan co-crystal ligand
reseptor 5F1A COH dengan asetosal. Dari hasil dilihat nilai rmsd terbaik yaitu pose (02).

Ikatan Hidrogen :

Ikatan Sterik :
Asetosal dengan SAL

Menentukan rerank score dan RMSD dari pose terbaik dari penambatan co-crystal ligand
reseptor 5F1A SAL dengan asetosal. Dari hasil dilihat nilai rmsd terbaik yaitu pose (01).

Ikatan Hidrogen :
Ikatan Sterik :

P nitroasetilanid dengan COH

Menentukan rerank score dan RMSD dari pose terbaik dari penambatan co-crystal ligand
reseptor 5F1A COH dengan P nitroasetilanid. Dari hasil dilihat nilai rmsd terbaik yaitu pose
(04).

Ikatan Hidrogen :

Tidak ada ikatan hidrogen

Ikatan Sterik :

P nitroasetilanid dengan SAL

Menentukan rerank score dan RMSD dari pose terbaik dari penambatan co-crystal ligand
reseptor 5F1A SAL dengan P nitroasetilanid. Dari hasil dilihat nilai rmsd terbaik yaitu pose
(00).

Ikatan Hidrogen :

Ikatan Sterik
NAMA : Agnes Auliya Sofyana
NIM : 182210101004
Co-crystal ligand reseptor 5F1A

Dilakukan penambatan molekul dan menentukan Rerank Score dan RMSD dari co- crystal

ligand reseptor 5F1A (COH A as active ligand dengan SAL A) pose terbaik (00)
Dilakukan penambatan molekul dan menentukan Rerank Score dan RMSD dari co- crystal

ligand reseptor 5F1A (SAL A as active ligand dengan COH A) pose terbaik (00)

Melihat ikatan hidrogen yang terbentuk dari SAL A

 Melihat interaksi sterik yang terbentuk dari SAL A

Asam asetil salisilat

Dilakukan penambatan molekul dan menentukan Rerank Score dan RMSD dari asam asetil

salisilat dengan COH A mendapatkan pose terbaik (02)

Melihat ikatan hydrogen yang terbentuk dari asetosal ditambatkan dengan COH A
Melihat interaksi sterik yang terbentuk dari asetosal yang ditambatkan dengan COH A

Dilakukan penambatan molekul dan menentukan Rerank Score dan RMSD dari asam asetil
salisilat dengan SAL A mendapatkan pose terbaik (03)
Melihat ikatan hidrogen yang terbentuk asetosal yang ditambatkan dengan SAL A

Melihat interaksi sterik yang terbentuk dari asetosal yang ditambatkan dengan SAL A

p-nitroasetanilida
Dilakukan penambatan molekul dan menentukan Rerank Score dan RMSD dari p-
nitroasetanilida dengan COH A mendapatkan pose terbaik (01)
Melihat ikatan hidrogen yang terbentuk dari p-nitroasetanilida yang ditambatkan dengan C

Melihat interaksi sterik yang terbentuk dari p-nitroasetanilida yang ditambatkan dengan COH
A
Dilakukan penambatan molekul dan menentukan Rerank Score dan RMSD dari p-
nitroasetanilida dengan SAL A mendapatkan pose terbaik (01)

Melihat ikatan hidrogen yang terbentuk dari p-nitroasetanilida yang ditambatkan dengan SAL
A
Melihat interaksi sterik yang terbentuk dari p-nitroasetanilida yang ditambatkan dengan SAL
A
Nama : Ahya Natasya

NIM : 182210101005

Co-crystal ligan 5F1A COH

Menentukan rerank score dan RMSD dari pose terbaik dari co-crystal ligand reseptor 5F1A
COH. Dari hasil dilihat hasil rmsd terbaik yaitu pose (00)

Ikatan Hidrogen :
Ikatan Sterik

Co-crystal ligan 5F1a SAL

Menentukan rerank score dan RMSD dari pose terbaik dari co-crystal ligand reseptor 5F1A
sal. Dari hasil dilihat hasil rmsd terbaik yaitu pose (03)
Ikatan hydrogen :

Ikatan sterik :
Asetosal dengan COH

Menentukan rerank score dan RMSD dari pose terbaik dari co-crystal ligand reseptor 5F1A
COH. Dari hasil dilihat hasil rmsd terbaik yaitu pose (01)

Ikatan sterik
Tidak ada ikatan hidrogen

Asetosal dengan SAL

Menentukan rerank score dan RMSD dari pose terbaik dari co-crystal ligand reseptor 5F1A
COH. Dari hasil dilihat hasil rmsd terbaik yaitu pose (01)
Ikatan sterik

P nitroasetilanid dengan COH

Menentukan rerank score dan RMSD dari pose terbaik dari co-crystal ligand reseptor 5F1A
COH. Dari hasil dilihat hasil rmsd terbaik yaitu pose (01)
Ikatan hydrogen

Ikatan sterik
P nitroasetilanid dengan SAL

Menentukan rerank score dan RMSD dari pose terbaik dari co-crystal ligand reseptor 5F1A
COH. Dari hasil dilihat hasil rmsd terbaik yaitu pose (01)

Ikatan hydrogen
Ikatan sterik
Nama : Anneke Putri L. J.

NIM : 182210101006

Co-crystal ligan 5F1A COH

Menentukan rerank score dan RMSD dari pose terbaik dari co-crystal ligand reseptor 5F1A
COH. Dari hasil dilihat nilai rmsd terbaik yaitu pose (01).

Ikatan Hidrogen :
Ikatan Sterik :

Co-crystal ligan 5F1a SAL

Menentukan rerank score dan RMSD dari pose terbaik dari co-crystal ligand reseptor 5F1A
SAL. Dari hasil dilihat nilai rmsd terbaik yaitu pose (00).
Ikatan Hidrogen :

Ikatan Sterik :
Asetosal dengan COH

Menentukan rerank score dan RMSD dari pose terbaik dari penambatan co-crystal ligand
reseptor 5F1A COH dengan asetosal. Dari hasil dilihat nilai rmsd terbaik yaitu pose (03).
Ikatan Hidrogen :
Ikatan Sterik :

Asetosal dengan SAL

Menentukan rerank score dan RMSD dari pose terbaik dari penambatan co-crystal ligand
reseptor 5F1A SAL dengan asetosal. Dari hasil dilihat nilai rmsd terbaik yaitu pose (03).
Ikatan Hidrogen :

Ikatan Sterik :
P nitroasetilanid dengan COH

Menentukan rerank score dan RMSD dari pose terbaik dari penambatan co-crystal ligand
reseptor 5F1A COH dengan P nitroasetilanid. Dari hasil dilihat nilai rmsd terbaik yaitu pose
(03).

Ikatan Hidrogen :

Tidak ada ikatan hidrogen

Ikatan Sterik :

P nitroasetilanid dengan SAL

Menentukan rerank score dan RMSD dari pose terbaik dari penambatan co-crystal ligand
reseptor 5F1A SAL dengan P nitroasetilanid. Dari hasil dilihat nilai rmsd terbaik yaitu pose
(00).
Ikatan Hidrogen :

Ikatan Sterik