LAPORAN PRAKTIKUM RANCANGAN OBAT

“PENAMBATAN MOLEKULER (MOLECULAR DOCKING)”

Dosen pengampu : apt. Indah Purnama Sary, S.Si., M.Farm.

Tanggal praktikum : 5 Oktober 2020

Kelompok A2.2

Triana Ardila Sari (172210101138)

Talidah Alqibtiyah Roja (172210101141)

Ayu Mega Lestari (172210101142)

Estu Wilujeng (182210101001)

Agnes Jovanka S.M. (182210101003)

LABORATORIUM KIMIA MEDISINAL

BAGIAN KIMIA FARMASI

FAKULTAS FARMASI UNIVERSITAS JEMBER

2020
I. Tujuan Percobaan

Agar mahasiswa dapat melakukan menambatan molekul ligan ke protein

II. Teori Dasar

Penambatan molekuler atau yang disebut juga dengan molecular docking adalah metode
komputasi yang bertujuan untuk menyerupai peristiwa interaksi dari suatu molekul ligan
dengan protein target. Di dalam molecular docking, molekul ligan ditambahkan pada situs aktif
suatu protein yang diam (statik), dengan ataupun tidak menyertakan molekul ko-faktor/ H2O
di dalamnya atau tidak.

Rancangan obat diterapkan dalam upaya untuk mendapatkan obat baru, berdasarkan
penalaran yang rasional dengan semaksimal mungkin mengurangi faktor coba-coba. Secara
tidak langsung hal ini akan dapat menghemat waktu, biaya, tenaga dan pikiran. Penalaran yang
rasional mengandung pengertian tidak merasionalkan data yang telah ada, tetapi cenderung
terletak pada hasil pengolahan data. Kesimpulan yang mengandung kekuatan perkiraan jauh
lebih berguna daripada hanya berupa ringkasandari sekumpulan pengamatan.

Protein merupakan polimer linier yang terdiri dari unit-unit monomer asam amino yang
terhubung melalui ikatan peptida yang memiliki fungsi penting dalam seluruh proses biologis.
Sedangkan ligan adalah molekul atau ion yang dikoordinasikan kepada atom atau ion logam
pusat. Berdasarkan muatannya, ligan dikelompokkan ke dalam ligan negative berupa anion,
ligan netral berupa molekul dan ligan positif berupa kation. Kemudian berdasarkan jumlah
ligan monodentat seperti NH3 dan ligan polidentat.

Secara umum, metode-metode dalam desain obat mengikuti dua pendekatan, yaitu: Desain
Obat Berbasis Ligan (ligand-based Drug Desain, LBDD) dan Desain Obat Berbasis STruktur
Target (Target Structure-based Drug Desain, SBDD). Perbedaan kedua pendekatan tersebut
terletak pada penggunaan informasi sebagai starting material untuk proses perancangan obat.
Pendekatan LBDD didasarkan pada informasi struktur (2D/3D) ligan beserta aktivitas
biologisnya, sedangkan prndekatan SBDD didasarkan pada informasi struktur 3D protein
target. Metode-metode yang popular dalam pendekatan LBDD misalnya QSAR dan
Pharmacophore Mapping, sedangkan pendekatan SBDD misalnya Docking dan De novo
Design. Meskipun demikian, dalam prakteknya kedua pendekatan seringkali digunakan
bersama dan saling melengkapi agar proses desain mempunyai kemampuan prediktid yang
lebih baik.

Salah satu metode yang sangat popular dalam pendekatan SBDD adalah docking molekuler.
Docking merupakan suatu metode dalam pemodelan molekul yang digunakan untuk
memprediksi orientasi dan afinitas suatu ligan (molekul kecil) yang terikat dalam situs aktif
suatu makromolekul (protein) target untuk membentuk kompleks protein-ligan yang stabil.
Docking dapat diasumsikan sebagai problem “key and lock”. Program docking biasanya
memperlakukan protein sebagai bagian yang rigid, sedangkan ligan diperlakukan sebagai baian
yang fleksibel, dalam docking, terdapat 2 problem utama yang harus diselesaikan secara
simulatif, yaitu:

1. Bagaimana pose atau geometri (lokasi, konformasi, dan orientasi) logan terikat pada situs
aktif protein tagetnya?
2. Bagaimana menentukan kekuatan interaksi (afinitas) antara ligan dengan protein targetnya

Problem pertama diselesaikan dengan menerapkan alogaritma pencarian pose

(searching/placement alogarithm). Sedangkan problem kedua diselesaikan dengan
menerapkan perhitungan menggunakan scoring function. Hingga saat ini telah banyak
alogaritma-alogaritma pencarian dan scoring function yang ditawarkan yang menerapkan
merode komputasi berbeda, yang telah diadopsi oleh berbagai software docking.

Pada praktikum kali ini, dilakukan penambatan inhibitor derivate kalkon pada Epidermal
Growth Factor Receptor (EGFR) kinase (1XKK.pdb). EGFR kinase merupakan protein
regulator yang memainkan peras penting dalam memediasi pertumbuhan sel. Oleh karena itu,
protein ini menjadi target yang potensial bagi pencarian obat-obatan antikanker.

III. Alat dan Bahan

- Perangkat keras: Komputer PC

- Sistem operasi: Windows
- Perangkat lunak: Molegro Virtual Docker
- Data: File PDB
IV. Cara Kerja

a. Mengimpor File

Pilih File | Import Molecules | 1XKK.pdb

Pilih file ligan yang akan di impor dan klik Open

Akan muncul tampilan Import Molecules

Klik Import. Protein dan ligan akan muncul pada Visualization Window

b. Memprediksi tempat pengikatan

Klik Preparation | Detect Cavities

Klik OK

c. Menjalankan simulasi penambatan molekuler co-crystal ligand

Jika ligan yang tersedia berjumlah >1, maka ligan aktif dapat dipilih dengan mengklik kanan
ligan pada jendela pertama, kemudian pilih Set as Active Ligand

Pilih menu Docking | Docking Wizard. Pilih ligand yang sesuai sebagai reference ligand

Klik Next

Pada bagian Binding site: Origin, pilih cavity yang sesuai

Klik Next dan untuk memulai penambatan molekuler klik Start

d. Menjalankan simulasi penambatan molekuler ligan uji

Import file ligan yang akan diuji

Ubah nama ligan dengan mengklik kanan ligan, lalu pilih Rename Ligand

Pilih ligan uji sebagai ligan aktif

Atur posisi uji dengan cara mengklik 3 atom pada liga uji dan 3 atom pada co-crystal ligand,
lalu klik kanan dan pilih Align To this Molecule

Lakukan penambatan molekuler dengan tahapan yang dama dengan simulasi penambatan
molekuler co-crystal ligand

e. Menampilkan ikatan hydrogen

Pilih ligan menjadi ligan akti

Klik View | Hydrogen Bond Interaction

Untuk mengembalikan tampilan, klik View | Reset View

 V. Hasil Percobaan

 Docking

No Senyawa Nama Rerank Score RMSD

praktikan
1 Co-crystal ligand Triana A. S. -176.124 1.179
receptor 5F1A Talidah A. R. -166.754 0.813
(COH_602A) Ayu Mega -173.928 0.856
Estu W. -171.083 1.133
Agnes Jo -176.890 1.161
2 COH_602A dengan Triana A. S. -73.378 248.526
Asam asetil salisilat Talidah A. R. -72.877 247.077
Ayu Mega -72.409 247.816
Estu W. -71.703 249.174
Agnes Jo -73.298 247.771
3 COH_602A dengan p- Triana A. S. -71.584 247.272
nitroasetanilida Talidah A. R. -71.8909 247.047
Ayu Mega -64.800 248.625
Estu W. -72.018 248.338
Agnes Jo -70.866 248.270
4 Co-crystal ligand Triana A. S. -65.159 16.766
receptor 5F1A Talidah A. R. -62.187 16.860
(SAL_601A) Ayu Mega -64.741 16.720
Estu W. -65.586 16.788
Agnes Jo -60.259 12.374
5 SAL_601A dengan Triana A. S. -72.400 13.383
Asam asetil salisilat Talidah A. R. -71.582 248.339
Ayu Mega -73.708 249.347
Estu W. -73.280 247.750
Agnes Jo -76.226 247.598
6 SAL_601A dengan p- Triana A. S. -70.752 248.052
nitroasetanilida Talidah A. R. -71.7597 247.047
Ayu Mega -68.902 248.467
Estu W. -71.325 248.151
Agnes Jo --70.871 249.682

 Ikatan Sterik dan Ikatan Hidrogen

Nama
No Senyawa Ikatan Hidrogen Ikatan Sterik
praktikan
Asn 382 dengan O; Thr 206; Thr 212;
Triana A. S. Thr 212 dengan O; Asn 382; Ala 199;
Gln 454 dengan O Gln 454
Leu 391; Gln 454;
Tyr 148 dengan O;
Ala 202; Phe 210;
Thr 212 dengan O;
Talidah A. R. Tyr 385; His 386;
Asn 382 dengan O;
Asn 382; Thr 212;
Gln 454 dengan O
Tyr 148
Co-crystal ligand Leu 391; Gln 454;
Tyr 148 dengan O;
1 receptor 5F1A Ala 202; Phe 210;
Asn 382 dengan O;
(COH_602A) Ayu Mega Tyr 385; His 386;
Thr 212 dengan O;
Asn 382; Thr 212;
Gln 454 dengan O
Tyr 148
Asn 382; Thr 212;
Asn 382 dengan O;
Estu W. Tyr 385; Ala 199;
Thr 212 dengan O
Leu 391; Gln 203
Ala 199; Leu 391;
Gln 454 dengan O;
Agnes Jo Tyr 385; Phe 210;
Thr 212 dengan O
Asn 382; His 214
 Ala 202; Thr 206;
Trp 387 dengan O; His
Triana A. S. His 388; Gln 203;
288 dengan O
Tyr 385; Trp 387
Ala 202; Trp 387;
Talidah A. R. Thr 206 dengan O
His 388; Thr 206

COH_602A dengan Trp 387; His 388;

2 Ayu Mega Thr 206 dengan O
Asam asetil salisilat Thr 206
His 207; Thr 206;
Estu W. His 207 dengan O Ala 202; Trp 387;
His 388

Agnes Jo Thr 206 dengan O

Triana A. S. Thr 206 dengan O Phe 210; Thr 206

His 207; Thr 206;
Talidah A. R. Thr 206 dengan O
Tyr 385
COH_602A dengan p- Phe 210; Thr 206;
3 Ayu Mega Thr 206 dengan O
nitroasetanilida His 207
Thr 206; Phe 210;
Estu W. Thr 206 dengan O
Tyr 385
Agnes Jo - Thr 206; Asn 382
Gln 454; Thr 383;
Triana A. S. Tyr 480 dengan OH Ser 455; Tyr 460;
Ala 379
Co-crystal ligand Ala 379; Tyr 460;
4 receptor 5F1A Tyr 460 dengan O; Met 458; Ser 455;
Talidah A. R.
(SAL_601A) Thr 383 dengan O Gln 454; Pro 218;
Thr 383
Tyr 460 dengan O;
Ayu Mega Ser 530
Thr 383 dengan O
 Tyr 480; Pro 218;
Estu W. Tyr 480 dengan OH Gln 454; Ser 466;
Thr 383; Ala 376
Agnes Jo Trp 387 dengan O His 388
His 388; Trp 387;
Triana A. S. Thr 206 dengan O
Thr 206; Tyr 385
Gln 203; Thr 206;
Talidah A. R. Thr 206 dengan O Tyr 385; His 388;
Trp 387
SAL_601A dengan Trp 387 dengan O; His Tyr 385; Gln 203;
5 Ayu Mega
Asam asetil salisilat 388 dengan O Trp 387; His 388
Phe 210; Ala 202;
Estu W. Thr 206 dengan O Thr 206; Trp 387;
His 388
Trp 387 dengan O; Ala 202; His 388;
Agnes Jo
Thr 206 dengan O Phe 210
Triana A. S. Thr 206 dengan O Phe 210; Tyr 385
His 207; Thr 206;
Talidah A. R. Thr 206 dengan O
Tyr 385
Gln 454; Thr 383;
SAL_601A dengan p- Ayu Mega Tyr 460 dengan O Ser 455; Tyr 460;
6
nitroasetanilida Ala 379
Thr 206; Tyr 385;
Estu W. Thr 206 dengan O
His 207; Phe 210
Tyr 385; Phe 210;
Agnes Jo Thr 206 dengan O
Thr 206; Trp 387
VI. Pembahasan

5.1 Asam asetil salisilat

Aspirin atau asam asetilsalisilat (asetosal) adalah sejenis obat turunan dari salisilat yang
sering digunakan sebagai senyawa analgesik (penahan rasa sakit atau nyeri minor), antipiretik
(terhadap demam), dan anti-inflamasi (peradangan).Obat ini merupakan obat analgesik
antiinflamasi pilihan pertama. Selain itu, asetosal juga memiliki efek antikoagulan dan dapat
digunakan dalam dosis rendah dalam tempo lama untuk mencegah serangan jantung. Obat ini
dapat mencegah penyakit serangan jantung, sedangkan efek sampingnya adalah darah menjadi
sukar membeku.Hal ini terjadi karena pada aspirin terkandung zat antikoagulan.

Sebagai farmasi untuk kedepannya pengukuran kadar aspirin ini berguna untuk mengetahui
dan memantau kadar aspirin pada darah pasien yang sering mengkonsumsi aspirin sehingga
efek samping yang timbul dapat diminimalisir. Menurut FI V, asam asetilsalisilat mengandung
tidak kurang dari 99,5% dan tidak lebih dari 100,5% C 9H8O4 dihitung terhadap zat yang telah
dikeringkan

a. Nama IUPAC : 2-Acetoxybenzoic acid

b. Nama resmi : Acidum Acetylosalicylicum
c. Nama lain : Asam Asetilsalisilat Asetosal
d. Rumus kimia : C₉H₈O₄
e. BM : 180,16
f. Pemerian : Hablur, umumnya seperti jarum atau lempengan tersusun atau serbuk hablur,
putih, tidak berbau atau berbau lemah. Stabil diudara kering, di dalam udara lembab
secara bertahap terhidrolisis menjadi asam salisilat dan asam asetat.
g. Kelarutan : Sukar larut dalam air, mudah larut dalam etanol, larut dalam kloroform dan
dalam eter, agak sukar larut dalam eter mutlak.
5.2 p-nitro asetanilida

Asetanilida atau sering juga disebut phenyl asetamida mempunyai rumus molekul
C6H5NHCOCH3, dengan berat molekul 135,16 gr/mol.

Asetanilida merupakan senyawa turunan asetil amina aromatis yang digolongkan sebagai
amida primer, dimana satu atom hidrogen pada anilin digantikan dengan satu gugus asetil.
Asetanilid berbentuk butiran, berwarna putih. Asetanilid pertama kali ditemukan oleh Fiedel-
Craft pada tahun 1872 dengan cara mereaksikan asetophenon dengan NH2OH sehingga
terbentuk asetophenon oxime.

Pada tahun 1899, Beckmand menemukan asetanilid dari reaksi antara benzilsianida dan
H2O dengan katalis HCl. Pada tahun 1905 Weaker menemukan asetanilid dari anilin dan asam
asetat.

5.3 Interaksi obat dan reseptor

Interaksi obat dan reseptor adalah hal penting untuk mendapatkan efek terapetik pada obat.
Reseptopr merupakan suatu protein spesifik yang dapat ditemukan dalam tubuh yang akan
berinteraksi dengan obat atau metabolit obat. Pada umumnya ikatan obat reseptor bersifat
reversible sehingga saat akan bekerja segera dan akan meninggalkan reseptor bila kadar obat
dalam cairan ekstraseluler menurun. Ikatan yang terlibat pada interaksi obat reseptor harus
relative lemah tetapi masih cukup kuat untuk berkompetensi dengan ikatan lainnya. Tipe ikatan
kimia yang terlibat dalam interaksi obat reseptor antara lain adalah ikatan-ikatan kovalen, ion-
ion yang saling memperkuat, ion elektrostatik, hidrogen, dan lain lain
Secara mendasar rancangan obat baru melibatkan rancangan molekul kecil yang
komplementer dalam bentuk dan muatan terhadap terget reseptor tempat obat tersebut
berinteraksi dan terikat. CADD adalah alat komputasi dan software yang digunakan untuk
simulasi interaksi obat dan reseptor. Terdapat kemajuan pesat pada bidang ini mempermudah
pencarian data struktur protein target. CADD untuk identifikasi calon obat aktif, memilih
senyawa induk, optimasi senyawa induk. Misalnya modifikasi struktur senyawa aktif biologis
dengan meningkatkan sifat sifat fisika, kimia, farmasetika dan farmakokinetika.
CADD memiliki 2 macam pendekatan yaitu Structure Base Drug Design dan Ligand Base
Drug Design. Rancangan dan screening obat berdasarkan struktur (SBDD) ditujukan bagi
reseptor yang sudah diketahui sebagai tempat interaksi obat dengan reseptor. Rancangan dan
screening obat berdasarkan ligand (LBDD) ditujukkan untuk obat yang belum diketahui.
Hasil dari docking yang diperoleh adalah rerank score yang diinterpretasikan sebagai
prediksi inetraksi ikatan antar obat dab reseptor. Hasil rerank score yang semakin kecil
menunjukkan besarnya tingkat keserasian antara ligand dan reseptor untuk berinteraksi. Hasil
dari docking juga dapat dihasilkan dari gambaran interaksi ikatan ligan dengan reseptor yang
meliputi ikatan hydrogen, ikatan hidrofobik, dan ikatan elektronik (Hinchliffe, 2008). Selain
rerank socre, juga didapatkan RMS, yang meupakan hasil dari proses redocking ligand yang
menunjukkan kesesuaian koordinat ligand dari hasil kristatografi dibandingkan dengan
koordinat ligand yang di redocking dengan software. MVD (Molegro Virtual Docker)
(Ruswanto et.al., 2013).

5.4 Ikatan Hidrogen

Ikatan hidrogen merupakan suatu ikatan antara atom H yang mempunyai muatan positif
parsial dengan atom lain yang bersifat elektronegatif dan mempunyai sepasang elektron bebas
dengan oktet lengkap seperti O,N,F. Ikatan hidrogen terjadi pada senyawa yang memiliki
gugus-gugus seperti OH...O, NH...O, NH...H, OH...N, NH...F, OH...F. Ada dua ikatan hidrogen
yakni ikatan hidrogen intramolekul (terjadi dalam suatu molekul) dan ikatan hidrogen
intermolekul (terjadi antar molekul-molekul). Kekuatan ikatan intermolekul lebih lemah
dibandingkan dengan intramolekul (Siswandono dan Soekardjo, 2000).

a. Ikatan Hidrogen Intermolekular, yaitu ikatan hidrogen yang terjadi pada molekul yang
berbada (antar molekul). Contohnya reaksi antara H₂O dengan Cl⁻(aq)terdapat
beberapaikatan hidrogen yang terjadi antar molekul, yaitu Hδ⁺ dan Clδ⁻ sebanyak pasangan
elektron bebas disekitar ion Cl.

b. Ikatan Hidrogen Intramolekular, yaitu ikatan hidrogen yang terjadi pada satu molekul
(dalam satu senyawa). Contohnya molekul air (H₂O), dalam air terdapat ikatan hydrogen
sejumlah pasangan elektron bebas pada pusat senyawa.
5.5 Ikatan Sterik

Efek sterik merupakan suatu efek yang didasarkan pada kenyataan bahwa setiap atom
dalam suatu molekul menempati suatu ruang tertentu. Jika atom-atom saling berdekatan, maka
akan timbul pelepasan energi terkait yang disebabkan oleh saling tumpang-tindihnya awan
elektron dan hal ini dapat berpengaruh pada bentuk molekul tersebut (konformasi) dan
reaktivitasnya. Terdapat beberapa tipe :

a. Halangan sterik

Halangan sterik terjadi ketika gugus berukuran besar pada suatu molekul mencegah reaksi
kimia yang teramati dalam molekul terkait dengan gugus yang lebih kecil. Walaupun halangan
sterik terkadang menimbulkan masalah, efek ini juga bisa menjadi alat yang sangat berguna,
dan sering dimanfaatkan oleh kimiawan untuk mengubah pola reaktivitas molekul dengan
menghentikan reaksi samping yang tidak diinginkan (proteksi sterik) atau dengan
mengarahkannya pada satu preferensi untuk satu reaksi stereokimia seperti pada
diastereoselektivitas. Hambatan sterik antara gugus yang berdekatan juga bisa membatasi sudut
ikatan torsional.

b. Perlindungan sterik

Perlindungan sterik terjadi ketika suatu gugus bermuatan pada suatu molekul terlihat
melemah atau dilindungi secara spasial oleh atom yang kurang bermuatan (atau bermuatan
lawan), termasuk ion lawan dalam larutan. Untuk sebuah atom agar dapat berinteraksi dengan
atom yang terlindungi secara sterik, atom tersebut harus mendekati dari sekitar tempat dimana
ada sedikit perisai, sehingga mengendalikan di mana dan dari arah mana interaksi molekuler
dapat terjadi.

c. Atraksi sterik

Atraksi sterik terjadi ketika molekul memiliki bentuk atau geometri yang dioptimalkan
untuk berinteraksi satu sama lain. Molekul akan bereaksi satu sama lain paling sering dalam
pengaturan spesifik.

d. Penyeberangan rantai
 Penyeberangan rantai suatu rantai cincin, atau kumpulan cincin tidak dapat berubah dari
satu konformasi ke konformasi lainnya apabila ia membutuhkan suatu rantai (atau cincin-cincin
tersebut adalah suatu rantai siklik) untuk melewati dirinya sendiri atau rantai lain. Efek ini
bertanggung jawab atas bentuk yang teramati pada simpul molekul.

e. Tolakan sterik

Efek sterik ini bahkan mampu menginduksi pergantian mekanisme pada reaksi
katalitik.Tolakan sterik juga terlibat besar dalam menstabilkan koloid oleh pelapisan
permukaan dengan suatu polimer, serta dapat menyebabkan pemendekan panjang ikatan.

f. Hambatan sterik resonansi

Hambatan sterik resonansi terjadi hanya pada cincin benzena.

5.4 Asam Amino

Asam amino adalah senyawa organik yang memiliki gugus fungsional karboksil (-COOH)
dan amina (biasanya -NH2), bersifat zwitter ion. Asam-asam amino saling berbeda gugus R-
nya. Ada sekitar 20 macam asam amino penting yang merupakan pembentuk protein dan
disebut asam amino hidrolisat, seperti Alanin (Ala), Arginin (Arg),Sistein (Sis),Glutamin
(Gln), Asam glutamat (Glu), Glisin (Gly), Histidin (His),Iso leusin (Leu), Lisin (Lys), Metionin
(Met), Fenilalanin (Phe), Prolin (Pro),Serin (Ser), Treonin (Thr), Triptofan (Trp), Tirosin (Tyr),
dan Valin (Val). Setelah dilakukan docking antara ligan asli dengan protein target maupun
antara ligan uji dan protein target dapat dilihat visualisasi hasil docking berupa ikatan-ikatan.
Terdapat beberapa residu asam amino yang berperan dalam ikatan yang terjadi antara ligan asli
dengan protein target maupun ikatan antara ligan uji dengan protein target. Pada praktikum
molecular docking kali ini didapatkan hasil beberapa residu asam amino berdasarkan data yang
diperoleh oleh masing-masing praktikan yang berperan dalam ikatan antara ligan uji dengan
protein target serta ikatan antara ligan asli dengan protein target, residu asam amino yang sama
yang diperoleh oleh praktikan diantaranya sebagai berikut :

- Hasil doking antara residu asam amino yang berperan pada ikatan antara ligan asli COH
dengan protein target 5F1A adalah Leu 391; Gln 454; Ala 202; Phe 210; Tyr 385; His 386;
Asn 382; Thr 212; Tyr 148
- Hasil doking antara residu asam amino yang berperan pada ikatan antara ligan asli SAL
dengan protein target 5F1A adalah Tyr 480; Pro 218; Gln 454; Ser 466; Thr 383; Ala 376
- Hasil doking antara residu asam amino yang berperan pada ikatan antara ligan uji asetosal
dengan protein uji 5F1A (ligan yang dicentang COH) adalah His 207; Thr 206; Ala 202;
Trp 387; His 388
- Hasil doking antara residu asam amino yang berperan pada ikatan antara ligan uji asetosal
dengan protein uji 5F1A (ligan yang dicentang SAL) adalah Phe 210; Ala 202; Thr 206;
Trp 387; His 388
- Hasil doking antara residu asam amino yang berperan pada ikatan antara ligan uji p
nitroasetilanid dengan protein uji 5F1A (ligan yang dicentang COH) adalah Thr 206; Phe
210; Tyr 385
- Hasil doking antara residu asam amino yang berperan pada ikatan antara ligan
nitroasetilanid dengan protein uji 5F1A (ligan yang dicentang SAL) adalah Thr 206; Tyr
385; His 207; Phe 210

Dilihat dari data hasil praktikum, Pada hasil doking salah satu dari kelompok kami terdapat
beberapa asam amino yang tidak keluar. Yaitu pada ikatan ligan asli COH_602A dengan p-
nitroasetanilida, dan pada ikatan ligan asli SAL_601A dengan p-nitroasetanilida. Berdasarkan
hasil analisis doking tersebut, asam asetil salisilat dan p-nitroasetanilida mampu berinteraksi
dengan residu asam amino, meskipun terdapat perbedaan jenis residu asam amino yang
berikatan.
VII. Kesimpulan

Pada praktikum kali ini, dapat disimpulkan bahwa :

- RMSD merupakan parameter yang digunakan untuk melihat kemiripan antara ligan hasil
docking dengan hasil kristalografi. Semakin kecil nilai RMSD maka semakin mirip posisi
ligan hasil docking dengan hasil kristalografi

- Semakin rendah nilai rerank score maka akan semakin stabil ikatan antara ligand dan
reseptor sehingga aktivitas senyawa akan semakin tinggi.

- Ikatan hidrogen adalah suatu ikatan antara atom H yang mempunyai muatan positif parsial
dengan atom lain yang bersifat elektronegatif (O,N,F). ada 2 macam yaitu ikatan hidrogen
intramolekul (dalam senyawa) dan intermolekul (antar molekul). Kekuatan intermolekul
lebih rendah daripada intramolekul.

- Asam amino adalah senyawa organik yang memiliki gugus fungsional karboksil (-COOH)
dan amina (biasanya -NH2), bersifat zwitter ion. Pada praktikum kali ini didapatkan hasil
asam amino antara lain: Leu 391; Gln 454; Ala 202; Phe 210; Tyr 385; His 386; Asn 382;
Thr 212; Tyr 148, Tyr 480; Pro 218; Ser 466; Thr 383; Ala 376, His 207; Thr 206; Trp 387;
His 388; Thr 206; Trp 387; Phe 210.
- Pada praktikum kali ini jika dilihat dari hasil rerank score dan RMSD maka asetosal dapat
digunakan sebagai antiinflamasi karena nilai RMSD dan nilai rerank score kecil.
Sedangkan p-nitroasetanilida tidak dapat digunakan sebagai antiinflamasi karena nilai
RSMD terlalu besar sehingga semakin jauh kemiripan ligand dan nilai rerank score besar
sehingga ikatan antara ligand dan reseptor tidak stabil.
 Daftar Pustaka

Asep Kadarohman. (1995). Struktur Molekul Senyawa Organik. Bandung: Jurusan

Pendidikan Kimia, FPMIPA, IKIP Bandung.

Brittain, H. G. 2013. Pharmaceutical cocrystals: the coming wave of new drug subtances.
J Pharm Sci. (102 (2): 311-7).

Depkes RI. 1979.Farmakope Indonesia Edisi III. Jakarta: Kemenkes RI.

Depkes RI. 1995.Farmakope Indonesia Edisi IV. Jakarta: Kemenkes RI.

Depkes RI. 2014. Farmakope Indonesia Edisi V. Jakarta: Kemenkes RI.

Hinchliffe, A., 2008. Molecular Modeling for Beginners. 2nd ed., Chichester: John Wiley
and Son Ltd.

Leach,. A,. Shoicet,. B & Peishoff, C. (2006). Docking and scoring. Journal of Medicinal
Chemistry, 49(20), 5851-5855.

Reddy, M. K. (2019). Amino acid chemical compound. Britannica.

https://www.britannica.com/science/amino-acid

Siswandono dan Soekardjo, B. 1998. Prinsip-prinsip Rancangan Obat. Surabaya:

Airlangga University Press.

Siswandono dan Soekardjo, B. 2000. Kimia Medisinal I. Surabaya: Airlangga University

Press.

Ruswanto, Taufik H. (2013). Desain dan pemodelan molekul turunan 1,3-dibenzoil tiourea
sebagai inhibitor chk1 secara in silico. Jurnal Kesehatan Bakti Tunas Husada. 9, 14-21

Retnaning, wayan,. S & Nanny Kartini,. H. (1987). Analisis Asam Amino Dengan
Kromatografi Cairan Kinerjatinggi Secara Derivatisasi Prakolom Dan Pascakolo. Proceding ITB,
20(1/2), 41-58
 LAMPIRAN

1. Triana Ardila Sari (172210101138)

Co-crystal 5F1A (COH)

COH + ASA

COH + PNA

Co-Crystal 5F1A (SAL)

SAL + ASA

SAL + PNA
2. Talidah Alqibtiyah R. (172210101141)

Co-crystal 5F1A (COH)

COH + ASA

COH + PNA

Co-crystal 5F1A (SAL)

SAL + ASA

SAL + PNA
3. Ayu Mega Lestari (172210101142)

Co-crystal 5F1A (COH)

COH + ASA

COH + PNA

Co-crystal 5F1A (SAL)

SAL + ASA

SAL + PNA
 4. Estu Wilujeng (182210101001)

Co-crystal 5F1A (COH)

COH + ASA

COH+ PNA

Co-crystal 5F1A (SAL)

SAL+ASA

SAL+PNA
 5. Agnes Jovanka S. M. (182210101003)

Co-crystal 5F1A (COH)

COH + ASA

COH + PNA

Co-crystal 5F1A (SAL)

SAL + ASA

SAL + PNA