PENGARUH DNA/RNA DALAM qRT-PCR SEBAGAI METODE

DETEKSI VIRUS

DNA merupakan kumpulan dari dua untai polinukleotida membentuk struktur

double helix. Penemuan struktur double helix DNA ditemukan pertama kali oleh
James Watson dan Crick pada tahun 1953. DNA memiliki tiga proses dalam
mekanisme kerjanya yang dikenal dengan replikasi, transkripsi dan translasi. Tiga
proses dalam mekanisme kerja DNA tersebut dikenal dengan istilah dogma
sentral. Prinsip dogma sentral yaitu DNA menjadi penentu dari jenis RNA yang
kemudian akan diterjemahkan menjadi sebuah protein. Replikasi merupakan
proses penyalinan secara keseluruhan 2 untai DNA menjadi 2 untai DNA yang
baru. Transkripsi merupakan proses penyalinan salah satu untai DNA menjadi
mRNA sedangkan translasi merupakan proses penterjemahan mRNA menjadi
protein polipeptida (Yuwono, 2013). DNA dapat direkayasa dengan mengetahui
struktur dan fungsinya, misalnya dari gugus fungsinya dapat diganti dengan gugus
fungsi lain sehingga akan merubah struktur dari DNA tersebut yang dapat
digunakan untuk menghentikan suatu reaksi kimia. PCR ditemukan oleh K. B.
Mullis (1984) peraih nobel kimia tahun 1994. PCR merupakan proses amplifikasi
atau pergandaan DNA secara in vitro dengan cara replikasi DNA melalui enzim
DNA polimerase dengan dipengaruhi perubahan sifat fisik DNA terhadap suhu
(Maksum dkk, 2017)
Metode one step qRT-PCR merupakan metode untuk mendeteksi ekspresi
mRNA dan dengan menggunakan sampel RNA hasil isolasi plasma darah yang
dapat mensintesis cDNA langsung melalui mesin qRT-PCR. Kuantifikasi ekspresi
mRNA berperan dalam melihat proses patofisiologis didalam tubuh organisme
karena mRNA merupakan hasil transkripsi dari DNA. Aktivitas sel ditandai
dengan terjadinya perubahan pada ekspresi mRNA. mRNA yang telah diukur
melalui plasma darah merupakan hasil dari mRNA yang disekresikan keluar sel
melewati eksosom. Metode one step qRT-PCR mempunyai sifat sensitif dan
spesifik yang tinggi. Melakukan pengukuran mRNA harus dalam keadaan steril
serta membutuhkan suhu annealing yang tepat sehingga proses kuantifikasi dapat
berjalan dengan baik tanpa terjadi double peak sehingga metode ini sangat sulit
dilakukan (Kartika, 2018).
Langkah dari one step qRT-PCR dimulai dari uji silico untuk menetukan nilai
melting temperature menggunakan sampel RNA sampai terjadi perubahan ke
cDNA yang dilakukan dalam satu proses kuantifikasi ekspresi. Langkah kedua
pengaktifan enzim polymerase pada suhu 95°C. Langkah ketiga terjadi proses
denaturasi pada suhu 90°C. Langkah keempat terjadi proses annealing
menggunakan suhu bertingkat dan terjadi perekaman (optical read) proses
penempelan primer yang akan terbentuk double strand DNA sehingga mudah
terdeteksi oleh KAPA SYBR menghasilkan amplification curve (kurva
amplifikasi) (Kartika, 2018). Sensitivitas diagnosis dengan metode one step qRT-
PCR dipengaruhi oleh banyak faktor, seperti pemilihan gen sampel, desain set
primer serta konsentrasinya, efisiensi enzim yang digunakan, metode ekstraksi
dan media penyimpanan (Petrillo dkk, 2020).
Deteksi positif virus avian influenza (VAI) tipe A dapat dilakukan dengan
menggunakan motode qRT-PCR melalui gen matrik (MA). Gen matrik (MA)
sangat konsisten terhadap semua subtipe VAI dari seluruh negara, sehingga gen
tersebut sesuai untuk mendeteksi awal adanya VAI. Jika VAI tidak dapat
terdeteksi yang kemungkinan terjadi adalah karena konsentrasi atau jumlah RNA
virus belum mencukupi untuk dideteksi meskipun menggunakan metode yang
paling sensitif seperti qRT-PCR (Isnawati, 2019).
 DAFTAR PUSTAKA

Isnawati, R., H. Wuryastuti & R. Wasito. 2019. Peneguhan Diagnosis Avian

Influenza pada Ayam Petelur yang Mengalami Gejala Penurunan Produksi.
Jurnal Sain Veteriner. 37 (1): 1-10

Kartika, A. I., 2018. Optimasi Annealing Temperature Primer mRNA RECK

dengan Metode One Step qRT-PCR. Jurnal Labora Medika. 2 (1): 22-31.

Maksum, I. P., Sriwidodo, S. Gaffar, K. Hassan, T. Subroto & S. Soemitro. 2017.

Teknik Biologi Molekular. Alqaprint Jatinangor, Bandung.

Petrillo, S., G. Carra, P. Bottino, E. Zanotto, M. C. D. Santis, J. P. Margaria, A.

Giorgio, G. Mandili, M. Martini, R. Cavallo, D. Barberio & F. Altruda.
2020. A Novel Multiplex qRT-PCR Assay to Detect SARS-CoV-2
Infection: High Sensitivity and Increased Testing Capacity. Journal
Microorganisms. 8 (7): 2-10.

Yuwono. 2013. Bioinformatika: Sebuah Pengantar. Fakultas Kedokteran

Universitas Sriwijaya, Palembang.