Simulasi Laju Kinetika Enzim Menggunakan Matlab

Disusun Guna Memenuhi Tugas ke-2 Kimia Komputasi

Dosen Pengampu: Devvi Sarwinda, S.Si., M.Kom

Disusun Oleh:

Oswan Alief D 1706026746

Lili Setyarini 1706032660

Heidar 1706033202

Departemen Kimia

FMIPA UI

2020
 TUGAS 2

Anggota kelompok:

No Nama NPM Kontribusi Tingkat

kontribusi

1 Oswan Alief D 1706026746 Meringkas dan memahami materi 100%

yang diberikan untuk
diimplementasikan dalam
pengerjaan tugas dan juga aktif
berdiskusi dalam kelompok

2 Lili Setyarini 1706032660 Terlibat aktif dalam diskusi 100%

pengerjaan tugas, mencari sumber
lain untuk klarifikasi, menulis
ringkasan hasil diskusi

3 Heidar 1706033202 Terlibat aktif dalam diskusi dan 100%

mencari materi untuk
menyelesaikan tugas

Bagian 1. Pemahaman kami dari topik Minggu 4

Pertemuan pada minggu ke 4 membahas mengenai modelling chemical reaction

network. Dalam materi kali ini kita mempelajari simulasi jalannya suatu reaksi kimia. Seperti
yag kit atau reaksi terbagi menjadi dua yaitu reaksi reversibel dan juga reaksi irreversible.
Dalam reaki irreversible terdapat open network and closed network. Perbedann keduanya
adalah closed network sistemnya tertutup disitu saja atau bisa dikatakan produk hasil reaksi
tidak dapat bereaksi lagi sedangkan open network sistemnya terus berjalan tidak terbatasi.

KIta memperlajari penggunaan ODE function dalam matlab yaitu Ordinary

Diferential Equation (ODE) adalah persamaan yang melibatkan beberapa turunan biasa
(sebagai lawan turunan parsial) dari suatu fungsi untuk mensimulasi laju kinetika reaksi
kimia enzim dalam rumus michaelis menten yang diubah menjadi bentuk script di matlab.
Tujuan kita adalah menyelesaikan ODE, yaitu menentukan fungsi atau fungsi apa yang
memenuhi persamaan tersebut. untuk beberapa konstanta sembarang C. Agar bisa
mensimulasi reaction networks yang kita dapatkan. Kita menggunakan ODE45 dalam
menggunakan simulasinya dengan rangka yaitu [t, y] = ode45 (odefun, tspan, y0), di mana
tspan = [t0 tf], mengintegrasikan sistem persamaan diferensial y ′ = f (t, y) dari t0 ke tf
dengan kondisi awal y0. Setiap baris dalam larik solusi y sesuai dengan nilai yang ada dalam
vektor kolom t.

Bagian 2: Hal yang masih belum dipahami dari topik Minggu 4 [Jika ada]

Membuat script sendiri dengan laju reaksi yang sangat kompleks masih bingung, dan
mungkin menggabungkan banyak data menjadi grafik 3 dimensi.

Bagian 3: Usaha yang telah dan akan kami lakukan untuk memperbaiki pemahaman
topik Minggu 4 [jika ada]

Untuk meminimalisir ketidak pahaman kami, kami mencari materi dari sumber sumber lain
seperti jurnal ilmiah, e book dan juga video pembelajaran yang ada di youtube.

Bagian 4: Tentukan laju perubahan untuk setiap molekul dari Reaction Networks
berikut:

Berikut adalah laju perubahan untuk setiap molekul dari reaksi diatas
Bagian 4: Simulasi Program

1. Coba anda simulasikan program untuk persamaan laju perubahan berikut:

Lakukanlah simulasi ini untuk sebarang nilai k dan m pada masing-masing konstanta
laju reaksi dan nilai kosentrasi awal masing-masing molekul.
Berikut adalah Reaction Networks-nya

Screenshot hasil pengerjaan dengan program Matlab.

Percobaan 1
Percobaan 2
Percobaan 3
 2. Berdasarkan percobaan di atas, apa yang dapat anda simpulkan?

Dari percobaan diatas dapat kami simpulkan bahwa untuk membuat suatu script di matlab
yang berisi fungsi diferensial suatu laju reaksi kita harus bisa membuat reaction networksnya
terlebih dahulu agar dapat mengetahui arah laju reaksi dengan mudah dan menghindari
kesalahan pembuatan scriptnya. Tidak hanya itu, dengan membuat reaction networksnya
kami dapat mengetahui apakah fungsi ode yang kita plot di matlab sudah berjalan dengan
benar atau tidaknya dengan mencocokkan hasil grafik yang diperoleh. Berikut adalah reaction
networks yang kami buat berdasarkan penurunan laju terhadap waktu yang ada di soal 1
bagian 4 simulasi program

Untuk membuktikan bahwa reaction networks diatas benar, dapat kami buktikan dengan
beberapa percobaan menggunakan matlab pada percobaan 1-3

Pada grafik hasil percobaan 1 yang mana didapat hubungan antara konsentrasi A terhadap
pembentukan B dan V1, sedangkan B akan menghasilkan produk C dan V2. Konsentrasi
awal sengaja saya beri 0 untuk semua konsentrasi kecuali konsentrasi A saya set menjadi 1
agar menunjukkan bahwa A menstimulasi pembentukan B dan Vi, setelah B terbentuk, maka
B akan menstimulasi pembentukan C dan V2.

Pada grafik hasil percobaan 2 menguatkan pandangan kami mengenai reaction networks yang
kami buat yang mana saat kami menetapkan konsentrasi awal A adalah 0 dan konsentrasi B
awal adalah 1 maka di dapat bahwa produk yang dihasilkan adalah C dan V2 saja, sedangkan
A dan V1 tidak terbentuk

Pada grafik hasil percobaan 3 kami memanipulasi nilai k agar kami bisa menaikkan
pembentukan produk C dan mengurangi pembentukan produk V1 dan V2 yaitu dengan
menurunkan nilai k1 dari 0.1011 menjadi 0.0811 agar laju penguraian A tidak terlalu cepat
dan menurunkan nilai k3 dari 0.0092 menjadi 0.0011 agar laju pembentukan V2 menjadi
lambat.