PKI dan Soekarno memiliki hubungan yang baik pada masa ini karena
mereka melakukan hubungan timbal balik. Namun, TNI AD yang
merasakan adanya kejanggalan menyebabkan keretakan hubungan
antara Soekarno dan TNI AD. Para petinggi TNI AD mulai memusuhi
Soekarno. Hal ini dimanfaatkan oleh PKI untuk mencapai tujuan
politiknya.
2. Adanya Pembentukan MPRS
Pembentukan MPRS dan DPAS didasari oleh dikeluarkannya
Dekrit Presiden 5 Juli 1959. Pemilihan pemimpin dan anggota MPRS
dan DPAS dianggap menyimpang karena dipilih berdasarkan
keputusan pribadi presiden berdasarkan penpres, yang seharusnya
dipilih melalui pemilu.
Tugas MPRS yaitu terbatas pada menetapkan Garis-Garis
Besar Haluan Negara (GBHN). Berdasarkan UUD 1945 kedudukan
MPRS lebih tinggi dari presiden, namun faktanya MPRS tunduk
kepada Presiden.
Ketua MPRS yang dirangkap oleh wakil perdana menteri III
dan pengangkatan wakil ketua MPRS yang dipilih dari pimpinan
partai besar (PNI, NU, dan PKI) serta wakil ABRI yang masing-masing
diberi kedudukan sebagai menteri yang tidak memimpin
departemen.
3. Adanya Pembentukan DPAS
Lembaga tinggi ini diketuai oleh presiden sendiri. Hal ini juga
merupakan penyelewengan karena Soekarno merangkap banyak
jabatan tinggi di pemerintahan.
Tugas DPAS adalah memberikan saran kepada presiden atas
apa yang akan menjadi keputusannya dan mengajukan usul ke
pemerintah.
Salah satu ide dan keberhasilan serta bentuk pengabdian
DPAS terhadap presiden ialah penetapan GBHN yg bersumber pada
pidato Presiden tanggal 17 Agustus 1959 yg berjudul ” Penemuan
Kembali Revolusi Kita ”
4. Pembentukan Bappenas