Struktur MMP-1 :

1. N-terminal catalitic (CAT) domain

2. C-terminal hemopexin-like (HPX) domain

3. Linker region yang menghubungkan domain CAT dan HPX

MMP-1.THP diseimbangkan setelah 10 ns dengannilai RMSD rata-rata 4,7 A (Gbr. 2, S1A, dan S1B,
Tabel S2 †). RMSD ini sebanding dengan RMSD 4.2 A dari bentuk MMP-1 dalam kompleks dengan
THP yang diperoleh dari studi NMR.

Tiga rangkaian MMP-1 yang berbeda dilakukan untuk meningkatkan sampling konformasi dan
menghindari kesalahan statistik, dengan nilai rata-rata yang diperoleh 5,1 A

Domain CAT MMP-1 disetimbangkan pada ~10 ns dan stabil di seluruh simulasi dengan RMSD kurang
dari 2. Domain HPX menunjukkan ~60 ns dengan nilai rata-rata 2,6 A dan kemudian distabilkan untuk
seluruh panjang simulasi. Linker region juga stabil dengan RMSD 2 A dan ditampilkan ekuilibrasi
pada 10 ns (Gbr. S1 †). Linker region mengalami deviasi struktural terbatas yang menunjukkan
bahwa antar-domain pengaturan dalam MMP-1 dalam pelarut dipertahankan dekat dengan struktur
kristalografi sinar-X selama simulasi. RMSD domain CAT dan HPX serta linker MMP-1 sebanding
dengan hasil MD dari simulasi Domain CAT (2,9 A), domain HPX (2,4 A), dan wilayah linker (2.1 A)
MMP-2 yang dikomplekskan dengan THPs.

Mutasi E200A digunakan untuk menekan aktivitas enzimatik MMP-1. X-ray

struktur kristalografi MMP-1 • THP (4AUO) menggabungkan mutasi E200A. Di WT

simulasi [11], E200 berada di sekitar katalitik Zn2 + dengan jarak rata-rata 2,5 Å

perubahan (penurunan atau peningkatan) dalam fleksibilitas wilayah linker akan

mempengaruhi komunikasi antara domain HPX dan CAT, pengikatan THP, dan karenanya

berpotensi aktivitas enzim. Mekanisme atomistik spesifik dari efek ini akan membutuhkan,
bagaimanapun, pembelajaran lebih lanjut.

Fitur struktural dari semua MMP termasuk 2 ion seng (Zn2 +), 1 ditempatkan di situs
aktif, yang diketahui melakukan proses CAT, dan yang lainnya terkait dengan fungsi
struktural yang mirip dengan ion kalsium (Ca2 +) yang ada dalam enzim ini. Situs aktif Zn2 +
berikatan dengan 3 residu histidin secara umum dan ke molekul air saat enzim dalam
keadaan aktif. Bergantung pada sifat enzim, struktur Zn2 + mengikat 3 residu histidin
berbeda dan residu asam amino (AA) keempat yang berbeda, selain histidin, misalnya,
asam glutamat dalam kasus matrilysin.8 Bersama dengan 2 molekul ini Ion Zn2 + dalam
domain CAT, terdapat 3 ion Ca2 + dimana 2 ion Ca2 + ditempatkan di dekat celah CAT dan
ion Ca2 + ketiga berada di dekat domain hemopexin-like (HPX). Ion Ca2 + ini memainkan
peran penting dalam memberikan stabilitas struktural dan konformasi ke enzim.9
Spesifisitas pengikatan MMP ditentukan oleh kantong spesifisitas S1 'atau S1', yang
merupakan kantong paling mencolok yang ada dalam domain CAT dari MMP. Saku
spesifitas S1 ditentukan oleh residu AA pada posisi 218 dan loop (loop spesifitas S1) yang
ada di bagian belakang kantung.10 Sifat residu AA pada posisi 218 memberikan spesifisitas
inhibitor di antara MMPs sementara S1 ′ loop spesifisitas bertanggung jawab untuk
keseluruhan konformasi dari saku S1. Metaloproteinase matriks umumnya memiliki 2 jenis
kantong spesifisitas S1, yang dapat diringkas sebagai kantong besar dan terbuka seperti
yang terdapat pada kasus MMP-2,11 -3, -8, -9,12 dan -13 dan kantong kecil, tergenggam
pocket seperti yang diamati dalam contoh MMP-1 dan -7.13 Seperti semua MMP, MMP-1
dengan full length terdiri dari N-terminal prodomain (propeptide) yang ditujukan untuk
mempertahankan dormansi, domain CAT (160 residu AA) berisi CAT Zn2 + , link region
(residu 16 AA) diikuti oleh domain C-terminal HPX, yang merupakan struktur baling-baling 4
bilah (bI-bIV). Domain CAT dari MMP-1 terdiri dari β-sheet 5-untai yang sangat bengkok (4
paralel dan 1 antiparallel β-strands), yang direntang oleh 3 α-heliks.14

1 Pengambilan langsung domain CAT dari protein itu dilakukan dengan

mempertimbangkan fakta bahwa hal itu penting untuk interaksi dengan inhibitor spesifik dan
inhibitor jaringan MMP-1 (TIMP-1) . Semua heteroatom (yaitu atom non-reseptor seperti air,
yang digunakan dalam kristalisasi struktur protein) dihilangkan kecuali Ca dan atom Zn