Enzim untuk memanipulasi asam nukleat:
1. Nuklease
2. Enzim restriksi
3. DNA polimerase
4. Taq DNA polimerase
5. Terminal (deoksi) nukleotidyl
transferase
6. T4 polinukleotida kinase
7. Alkaline phosphatase
8. Reverse transcriptase
9. DNA ligase
10. Single strand selective nuclease
11. Nuclease processing DNA end
12. Phosphodiesterase
13. Rnase A
14. Dnase I
15. Phosphonucleotide phosphorilase
16. Topoisomerase
 Nuklease
Menghidrolisis ikatan fosfodiester
Dnase, rnase
Bersifat nonspesifik
Endonuklease dan exonuklease
Nuklease: enzim yang mampu memotong/
menghidrolisis ikatan fosfodiester bonds pada
molekul DNA
Diklasifikasikan dalam 2 frup:
- Exonukleasi: mendigest nukleotida dari
ujung molekul DNA
- Endonuklease: mendigest nukleotida di
dalam/ tengah pada molekul DNA
Restriction enzyme: enzim yang
mengenalparticular sequence DNA dan mampu
memotong/ digest DNA pada sisi tertentu.
- Disolasi dari bakteri sebagai
endogeneous agen patogen bakteri
untuk melindunginya terhadap infeksi
virus
- Mengenal sekuens nukleotida pendek
yang spesifik disebut palindromes dan
memotong DNA di point spesifik yang
tinggi
- Sekuens pengenal spesifik:
o Empat- tujuh basa N
o Masing-masing bersifat unik
- Hasil pemotongan konsisten
 Enzim restrksi/ RE
Merupakan gunting molekuler yang dapat
memotong DNA
Ada 3 tipe tetapi yg paling sering digunakan
penelitian tipe 2
- Tipe 1: 3 subunit berbeda memotong di
luar area binding sequence
- Tipe 2: 2 subunit identik, keduanya
menshare spesifik binding dan nuklease
yg memotong di dalam area binding
sequence complementary methylasses
- Tipe 3: 2 subunit berbeda
Biasanya memotong DNA secara palindrome
misalnya GAATTC
Palindrome: kata/ frasa bila dibaca terbalik
akan tetap sama: KAUR RUSAK, NABABAN
RE bekerja memotong ikatan phosphodiester
dan ikatan hydrogen pada DNA, re BEKERJA
memotong dna dengan menghasilkan 2 jeenis
otongan dna yaitu sticky end dan blunt cuts
Darimana RE diproduksi? Dari bakteri yang
memiliki immune system untuk melindungi diri
dari bacteriophages, pada saat ini sekitar 3.000
RE sudah dikarakterisasi.

Terminal deoxynucleotidyl transferase

Mempolimerisasi RNA/ DNA tanpa
menggunakan template
Mentransfer nukleotida dari Dntp ke ujung 3 –
Eco irwan ujung 3 lebih panjang: 5 overhang
OH bebas
Reaksi enzim RE memotong DNA
T4 Polynucleotide kinase
- Nacl memberikan the ionic strength
Melabeli DNA dengan label radiolabeling
yang tepat
fragmen DNA menggunakan gamma ATP
- Tris- hcl memberikan ph yang sesuai
sebagai donor gugus fosfat
- Mg2+ merupakan kofaktor enzim
Mentransfer fosfat gamma ATP ke ujung 5’ dari
Bakteri akan optimal pada suhu 37 derajat
polinucleotida, berguna untuk mempersiapkan
scelcius karena apabila suhu lebih tinggi maka
fragmen DNA pada saat proses ligase jika tidak
enzim denaturasi (fungsi menurun/ mati), jika
ada ujung fosfat 5’
suhu terlalu rendah maka membutuhkan waktu
Alkaline Phosphatase
yang lebih banjak, tidak efisien.
Bekerja mengkatalos removal 5’ atau 3’
Berguna untuk treating restricted sekuens vctor
DNA sebelum proses ligase, mencegah proses
re- ligase vector DNA karena ketiadaan DNA
insert. Hanya digunakan jika diperlukan saja
Reverse Transcriptase
RE dari Mulv, dari RRNA

Harus pada kondisi suhu dan konsentrasi buffer

yang tepat agar RE bisa bekerja memotong DNA
Meniru kondisi selular bakteri darimana bakteri
tersebut berasal
Eco RI memotong DNA menghasilkan 2 fragmen
DNA Polimerase
- 5’-3’ polymerase
- 5’- 3’ exonuklease/ degradation aheaad
- 3’ 5’ expnuklease/ proofreading
DNA ligase
DNA polimerase taq
Menyambung DNA dari 2 fragmen menjadi 1
Berasal dari bakteri yang hidup di air panas:
fragmen saja. Misal dari 2 spesies yang
termos aquaticus, optimal di suhu 72- 80
berbedaseperti tumbuhan ke hewan
derajat celcius. Bakteri bentuknya panjang-
Single strand selective nuclease
panjang. Untuk PCR
Memotong dna/ rna untai tunggal
Nucleease processing DNA ends
Polynucleotida phospholirase
Memproses ujung DNA

Enzim phosphodiester dibagi menjadi 2 Topoisomerase/ girase

: sangat umum sebagai all in one/ restriksi di
tengah sekaligus ligase/ menyambung kembali,
banyak digunakan untuk kloning DNA.

Rnase A
Memotong untai DNA secara khusus

Dnase 1
Manipulasi dna
-Kimiawi komputer, bakreri yang diguanakan
untuk bekerja dengan DNA, di bidang
bioteknologi dan genetik. Dengan cara prinsip
RE sebagai molecular scissors yang dapat lebih
mudah mempelajari/ memanipulasi gen
memotong dengan urutan nukleotida yang
spesifik disebut restriction site