GENOM DAN

PUSTAKA DNA

Batasan Genom, Gen & Sistron

Genom adalah totalitas gen pd 1 sel haploid

Gen adalah 1 unit genetik terkecil yg memberikan 1 ciri khas satu unit terkecil yg t.d
rangkaian DNA yg akan mengkode pembentukan protein ttt yang akan menentukan sifat
fenotip dari suatu individu
Sistron adalah unit genetik terkecil yg apabila
mengalamai mutasi menyebabkan perubahan
produk genetik

Hewan mpy 2 buah genom yi nuclear genom dan

mitokondrial genom sdgkan tumbuhan mpy 3 set
genom
Susunan gen dlm masing-masing genom tsb mjd
suatu karakteristik
Ukuran genom dari yg terkecil smp terbesar
adalah mitochondrial genom, kloroplast genom,
nuclear genom
Utk regulasinya didalam sel = aktivitas mitochondrial dan kloroplast genom msh dikontrol
sebagian oleh nuclear genom ada aliran
komando diantara ke 3 genom

Gen dan Genom

Gen:

Genetika (genetics)
1 atau beberapa gen
zoom-in

Genom:

Genomika (genomics)
Banyak atau seluruh gen
zoom-out

Pustaka Genom DNA

Pustaka genom adalah kumpulan dari fragmen2

yg telah di-klon
Pustaka genom mengandung semua DNA pada
genom
Pustaka genom digunakan untuk menyimpan gen
atau fragmen DNA yg telah diklon
Gen2 tsb diisolasi dan menghasilkan ribuan
potongan/fragmen DNA potongan ini akan
disimpan dalam pustaka plasmid atau pustaka
fage

cDNA (Complementary DNA)

DNA untai tunggal (single-stranded)

sintetik/ buatan yg disalin dari untai mRNA
menggunakan teknik PCR dengan
memanfaatkan enzim reverse transcriptase.
= cDNA adalah DNA yg dibuat berdasarkan
sekuen mRNA
Penggunaan cDNA ini sangat luas, terutama
dalam analisis ekspresi genetik

Proses pembuatan melalui pemanfaatan enzim

reverse transkriptase yg melakukan kebalikan
dr transkripsi yaitu membuat DNA dr
template RNA
Enzim ini dihasilkan oleh kelompok retro-virus
dalam rekayasa genetika enzim ini digunakan utk membuat gen artificial
mRNA berkas tunggal atau transkriptom
bersifat tidak stabil karena mudah dicerna
dan dilebur dalam sel. Pengubahan mRNA
berkas tunggal menjadi cDNA membuatnya
lebih mudah dianalisis karena DNA lebih stabil
(tidak mudah dilebur).

Pustaka cDNA

Pustaka cDNA membawa informasi dari

transkrip DNA pada jaringan tertentu
Pustaka cDNA hanya mengandung informasi
dari gen exon
Tahapan :

Menyiapkan total mRNA dr jaringan

Tambahkan enzim reverse transkriptase
Kemudian tambahkan : deoksiribosa, nukleotida,
triphosphat, primers

cDNA

Penggunaan cDNA ini sangat luas, terutama

dalam analisis ekspresi genetik dan
transkriptomika.
mRNA berkas tunggal atau transkriptom
bersifat tidak stabil karena mudah dicerna
dan dilebur dalam sel. Pengubahan mRNA
berkas tunggal menjadi cDNA membuatnya
lebih mudah dianalisis karena DNA lebih
stabil (tidak mudah dilebur).

Sintesa cDNA

Sintesis cDNA ini dilakukan dg mengunakan enzim

reverse transcriptase & primer oligo dT yg akan
menempel pd daerah ekor poli A yg merupakan ciri
khas dari mRNA. Hal ini dilakukan supaya mRNA yg
digunakan dapat di amplifikasi saat dilakukan
pengecekan dg menggunakan PCR.
Dalam melakukan sintesis cDNA diperlukan beberapa
tahapan, yaitu
isolasi mRNA yang akan digunakan,
visualisasi dg menggunakan elektroforesis,
sintesis cDNA untai pertama dan amplifikasi cDNA
yang didapatkan

1. Isolasi mRNA

isolasi mRNA: mRNA yang digunakan

merupakan hasil isolasi dari eukariot.
mRNA digunakan karena lebih spesifik
terhadap ekspresi gen yg dihasilkan
mRNA digunakan karena pada mRNA
terdapat ekor polyA karena adanya proses
poliadenilasi yg tidak dimiliki oleh RNA
lainnya, seperti rRNA dan tRNA

2. Visualisasi dg menggunakan elektroforesis

visualisasi: menggunakan gel agarosa untuk

mengetahui hasil isolasi

3. Sintesa cDNA untai pertama

sintesis cDNA untai pertama: pada tahapan

ini diperlukan enzim reverse transcriptase
yang akan mengkatalisis sintesis pita tunggal
DNA dari cetakan mRNA dengan bantuan
primer oligo dT yang akan menempel pada
poli A ujung 3 dari mRNA.
Kemudian, mRNA didegradasi dg menggunakan ribonuklease atau larutan basa

Keuntungan sintesa cDNA total

Sintesis cDNA total ini menguntungkan karena
:
dpt membantu penelitian dalam mengkarakterisasi struktur gen atau ekspresinya,
cDNA bersifat lebih stabil dibandingkan dg
RNA yg merupakan molekul untai tunggal yg
labil & mudah terdegradasi,
cDNA lebih tahan dalam jangka waktu
panjang/ bersifat permanen.

cDNA merupakan molekul yg cocok utk

digabungkan atau disisipkan ke dalam
berbagai vektor kloning seperti plasmid,
kosmid, dan bakteriofage,
dapat digunakan utk screening berbagai
pustaka DNA genomik yg kompleks
Selain itu, populasi mRNA yg telah dibentuk
menjadi cDNA dan diklon akan menghasilkan
pustaka cDNA yg hanya mempresentasikan
informasi pengkode/sekuen yg terekspresi
(ekson) saja, sehingga jauh lebih efektif
dalam proses klon