Kipa Final Print

IDENTIFIKASI VIRUS PADA IKAN DAN UDANG DENGAN METODE
Polymerase Chain Reaction (PCR) DI BALAI KARANTINA IKAN

PENGENDALIAN MUTU DAN KEAMANAN HASIL PERIKANAN SURABAYA II
KARYA ILMIAH PRAKTEK AKHIR

PROGRAM STUDI TEKNIK PENANGANAN PATOLOGI PERIKANAN
MUHAMMAD JUNDI SHOLIHUDDIN ADZ-DZIKRI

19.6.02.145
KEMENTERIAN KELAUTAN DAN PERIKANAN

BADAN RISET DAN SUMBER DAYA MANUSIA KELAUTAN DAN
PERIKANAN
POLITEKNIK KELAUTAN DAN PERIKANAN SIDOARJO
2022
HALAMAN PERSETUJUAN
Judul : Identifikasi Virus Pada Ikan Dan Udang Dengan Metode

iiiPolymerase Chain Reaction (PCR) Di Balai Karantina Ikan
iiiPengendalian Mutu Dan Keamanan Hasil Perikanan II
Nama : Muhammad Jundi Sholihuddin Sholihuddin Adz-dzikri
NIT : 19.6.02.145
Proposal Ini Disusun Sebagai Salah Satu Syarat

Untuk Menyelesaikan Pendidikan Diploma lll
Dan Memperoleh Gelar Profesi Ahli Madya perikanan
Program Studi Teknik Penanganan Patologi Perikanan
Politeknik Kelautan dan Perikanan Sidoarjo
Tahun Akademik 2021/2022
Menyetujui
Dosen Pembimbing I Dosen Pembimbing II
Indah Puspitasari, S.Si., M.Sc. Era Insivitawati M.Si.

NIP. 19810514 200502 2 001 NIP. 198803292019022003
Tanggal :………………………... Tanggal :……………….........
Mengetahui :
Ketua Program Studi

Teknik Penanganan Patologi Perikanan
Tri Ari Setyaastuti, S.P., M.Si.

NIP. 19730702 200212 2 002
ii
KATA PENGANTAR
Puji syukur kehadirat Tuhan Yang Maha Esa karena berkat rahmat dan
hidayah-Nya kami dapat menyelesaikan penyusunan Proposal Karya Ilmiah Praktek
Akhir ini yang berjudul “Identifikasi Virus Pada Ikan Dan Udang Dengan Metode
Polymerase Chain Reaction (PCR) Di Balai Karantina Ikan Pengendalian Mutu Dan
Keamanan Hasil Perikanan Surabaya II” dengan tepat waktu. Penyusunan Proposal
ini tidak lepas dari bantuan dan bimbingan serta masukan dari berbagai pihak. Oleh
karena itu, penulis mengucapkan terimakasih kepada:
1. Bapak I Gusti Putu Gede Rumayasa Yudana, S.Pi, M.P selaku Direktur
Politeknik Kelautan dan Perikanan Sidoarjo yang telah mendukung kegiatan
Karya Ilmiah Praktek Akhir.
2. Ibu Tri Ari Setyaastuti, S.P., M.Si. selaku Ketua Program Studi Teknik
Penanganan Patologi Perikanan yang telah memberikan kesempatan dalam
melaksanakan Kegiatan Karya Ilmiah Praktek Akhir.
3. Ibu Indah Puspitasari, S.Si., M.Sc. selaku Dosen Pembimbing I yang telah
memberikan bimbingan dan arahan sehingga Karya Ilmiah Praktek Akhir ini
dapat selesai.
4. Ibu Era Insivitawati M.Si. selaku Dosen Pembimbing II yang telah memberikan
bimbingan dan arahan sehingga Karya Ilmiah Praktek Akhir ini dapat selesai.
5. Semua pihak yang telah membantu dalam penyusunan Karya Ilmiah Praktek
Akhir.
Penulis menyadari bahwa penulisan Karya Ilmiah ini masih belum
sempurna. Oleh karena itu, penulis mengharapkan kritik dan saran yang bersifat
membangun untuk kesempurnaan Karya Ilmiah Praktek Akhir ini.
Sidoarjo, Februari 2022
Penulis
iii
DAFTAR ISI
HALAMAN PERSETUJUAN ............................... Error! Bookmark not defined.ii

KATA PENGANTAR ........................................... Error! Bookmark not defined.iii
DAFTAR ISI ........................................................................................................ iv
DAFTAR TABEL .................................................................................................. v
DAFTAR GAMBAR ............................................................................................. vi
DAFTAR LAMPIRAN .......................................................................................... vii
I. PENDAHULUAN............................................................................................... 1
1.1. Latar Belakang.......................................................................................... 1
1.2. Maksud dan Tujuan .................................................................................. 3
1.2.1. Maksud ............................................................................................ 3
1.2.2. Tujuan .............................................................................................. 3
1.3. Pendekatan Masalah ................................................................................ 3
II. TINJAUAN PUSTAKA...................................................................................... 5

2.1. Struktur, Susunan dan Sifat Dasar Virus ................................................. 5
2.2. Kriteria Penggolongan Virus .................................................................... 6
2.3. Replikasi Virus ......................................................................................... 7
2.4. Perubahan Sel Akibat Infeksi Virus .......................................................... 7
2.5. Penyebaran Penyakit Viral ....................................................................... 8
2.6. Penyakit Viral Pada Ikan dan Udang ........................................................ 9
2.6.1. White Spot Syndrome Virus (WSSV) ............................................. 9
2.6.2. Red-bream Sea Iridovirus Virus Disease (RSIVD)........................ 13
2.6.3. Viral Nervous Necrosis (VNN) ...................................................... 18
2.6.4. Viral Haemmoragic Septicaemia Virus (VHSV) ............................ 30
2.6.5. Tilapia Lake Virus (TiLV) .............................................................. 50
2.7. Pengendalian Penyakit Viral .................................................................. 54
2.8. Polymerase Chain Reaction (PCR) ........................................................ 54
2.8.1. Tahapan Proses Polymerase Chain Reaction (PCR) ................... 55
III. METODOLOGI ............................................................................................. 59

3.1. Waktu dan Tempat Pelaksanaan ........................................................... 59
3.2. Metode Kerja Praktek Akhir (KPA) ......................................................... 59
3.3. Teknik Pengumpulan Data ..................................................................... 60
3.4. Teknik Pengolahan dan Analisis Data .................................................... 61
3.5. Metode Identifikasi Virus ....................................................................... 62
3.5.1. Sterilisasi ..................................................................................... 62
3.5.2. Nekropsi....................................................................................... 62
3.5.3. Ekstraksi ...................................................................................... 63
3.5.4. Amplifikasi .................................................................................... 64
3.5.5. Elektroforesis ............................................................................... 65
3.6. Jadwal Kegiatan .................................................................................... 67
IV. KEADAAN UMUM ........................................................................................ 68

4.1. Letak Geografrafis dan Topografi .......................................................... 68
4.2. Sejarah Berdirinya Instalasi Karantina Ikan Puspa Agro ....................... 69
4.3. Struktur Organisasi dan Tenaga Kerja .................................................. 71
4.4. Sarana dan Prasarana .......................................................................... 71
4.4.1. Sarana ........................................................................................ 71
4.4.2. Prasarana .................................................................................... 80
iv
V. HASIL DAN PEMBAHASAN .......................................................................... 83
5.1. Hasil Identifikasi Virus .......................................................................... 83
5.1.1. Virus DNA ................................................................................... 83
5.1.2. Virus RNA ................................................................................... 86
5.2. Sterilisasi ............................................................................................... 89
5.3. Nekropsi ................................................................................................ 91
5.4. Analisis Proses Ekstraksi pada Pemeriksaan Virus Ikan & Udang ......... 93
5.5. Analisis Proses Amplifikasi pada Pemeriksaan Virus Ikan & Udang ....... 96
5.6. Analisis Proses Elektroforesis ............................................................ 111
5.7. Permasalahan dan Penanganan ........................................................ 116
VI. PENUTUP ................................................................................................. 117

6.1. Kesimpulan ......................................................................................... 117
6.1. Saran .................................................................................................. 117
DAFTAR PUSTAKA......................................................................................... 118

LAMPIRAN ...................................................................................................... 132
v
DAFTAR TABEL
Tabel 1. Varian genotip dan fenotip betanodavirus ........................................... 19

Tabel 2. Spesies ikan yang terkena VER/VNN .................................................. 21
Tabel 3. Spesies ikan dari mana VHS telah diisolasi ......................................... 36
Tabel 4. Jadwal Kegiatan................................................................................... 67
Tabel 5. Komposisi Master Mix First PCR Identifikasi WSSV ............................. 98
Tabel 6. Protokol Amplifikasi First dan Nested PCR WSSV ............................... 99
Tabel 7. Komposisi Master Mix Nested PCR Identifikasi WSSV ....................... 99
Tabel 8. Komposisi Master Mix Identifikasi RSIVD .......................................... 100
Tabel 9. Protokol Amplifikasi RSIVD ................................................................ 101
Tabel 10. Komposisi Master Mix First PCR Identifikasi VNN ............................ 102
Tabel 11. Protokol Amplifikasi First Step VNN ................................................. 103
Tabel 12. Komposisi Master Mix Nested PCR Identifikasi VNN ....................... 104
Tabel 13. Profil Amplifikasi Nested PCR VNN ................................................. 104
Tabel 14. Komposisi PCR Identifikasi VHSV.................................................... 105
Tabel 15. Profil Amplifikasi RT-PCR VHSV ..................................................... 106
Tabel 16. Komposisi PCR Identifikasi TiLV ..................................................... 107
Tabel 17. Protokol Amplifikasi First Step TiLV ................................................. 108
Tabel 18. Komposisi Master Mix semi Nested PCR Identifikasi TiLV .............. 108
Tabel 19. Profil Amplifikasi semi Nested PCR TiLV ........................................ 109
vi
DAFTAR GAMBAR
Gambar 1. WSSV ditandai adanya bercak putih di seluruh tubuhnya ............... 13

Gambar 2. Ikan Red sea bream (Pagrus major) asal Korea Selatan yang
iiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiterinfeksi RSIV ................................................................................. 17
Gambar 3. Benih ikan kerapu yang menderita penyakit VNN, pergerakan renang
iiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiitidak terarah..................................................................................... 30
Gambar 4. Seekor ikan dari Danau St. Clair berpotensi terinfeksi viral
iiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiihemorrhagic septicemia, virus yang sangat menular ....................... 49
Gambar 5. Ikan Nila yang terserang TiLV ......................................................... 54
Gambar 6. Tahapan Kerja Praktek Akhir. .......................................................... 60
Gambar 7. Diagram Alur Sterilisasi .................................................................... 62
Gambar 8. Diagram Alur Nekropsi ..................................................................... 63
Gambar 9. Diagram Alur Ekstraksi..................................................................... 64
Gambar 10. Diagram Alur Amplifikasi ................................................................ 65
Gambar 11. Diagram Alur Elektroforesis ............................................................ 66
Gambar 12. Gedung Instalasi Karantina Ikan Puspa Agro Sidoarjo ................... 68
Gambar 13. Ruang Nekropsi ............................................................................. 72
Gambar 14. Ruang Mikrobiologi......................................................................... 73
Gambar 15. Laboratorium Jamur ....................................................................... 74
Gambar 16. Ruang Preparasi Organileptik ........................................................ 74
Gambar 17. Ruang Bahan Dan Timbang ........................................................... 75
Gambar 18. Ruang Bahan Stock ....................................................................... 76
Gambar 19. Laboratorium Biologi Molekuler ...................................................... 76
Gambar 20. Laboratorium Kimia ........................................................................ 77
Gambar 21. Laboratorium Parasit ...................................................................... 78
Gambar 22. Ruang Sterilisasi ........................................................................... 78
Gambar 23. Ruang Arsip .................................................................................. 79
Gambar 24. Ruang Destruksi ............................................................................ 79
Gambar 25. Ruang Pustaka.............................................................................. 80
Gambar 26. Forklift ........................................................................................... 81
Gambar 27. Reachstacker ................................................................................ 81
Gambar 28. Warehouse .................................................................................... 82
Gambar 29. Lapangan Timbun ......................................................................... 82
Gambar 30. Hasil UV Transilluminator negatif WSSV ....................................... 84
Gambar 31. Hasil UV Transilluminator positif WSSV ........................................ 84
vi
Gambar 32. Hasil UV Transilluminator negatif RSIVD....................................... 85
Gambar 33. Hasil UV Transilluminator negatif VNN .......................................... 87
Gambar 34. Hasil UV Transilluminator negatif VHSV ........................................ 88
Gambar 35. Hasil UV Transilluminator negatif TiLV .......................................... 89
Gambar 36. Sterilisasi Alat dan Bahan.............................................................. 91
Gambar 37. Nekropsi ........................................................................................ 93
Gambar 38. Proses Ekstraksi ........................................................................... 95
Gambar 39. Proses Pencampuran Komposisi PCR .......................................... 97
Gambar 40. Amplifikasi Program WSSV ......................................................... 100
Gambar 41. Amplifikasi Program RSIVD......................................................... 102
Gambar 42. Ampifikasi Program VNN ............................................................. 105
Gambar 43. Amplifikasi Program VHSV .......................................................... 107
Gambar 44. Ampifikasi Program TiLV ............................................................. 109
Gambar 45. Pembuatan TAE 1X..................................................................... 113
Gambar 46. Pembuatan gel agarose .............................................................. 114
Gambar 47. Proses elektroforesis ................................................................... 115
vii
DAFTAR LAMPIRAN
Lampiran 1. Peta lokasi Instalasi KIPM Puspa Agro........................................ 132

Lampiran 2. Denah Instalasi KIPM Puspa Agro .............................................. 133
Lampiran 3. Bagan struktur organisasi Balai Karantina Ikan, Pengendalian Mutu
iiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiidan Keamanan Hasil Perikanan Kelas I Surabaya II ................... 134
Lampiran 4. Bagan struktur organisasi Instalasi Karantina Ikan Puspa Agro ... 135
Lampiran 5. Jenis Sampel, Organ Target Dan Hasil Uji .................................. 136
vii
I. PENDAHULUAN
1.1. Latar Belakang
Potensi sumberdaya perikanan di Indonesia cukup besar, baik sumberdaya
perikanan tangkap maupun budidaya (Sahfitri, 2018). Berkembangnya usaha
perikanan Indonesia baik di bidang budidaya, penangkapan maupun pengolahan
hasil perikanan sangat membawa dampak yang positif terhadap perekonomian
nasional, sehingga dapat memberikan sumbangan pendapatan negara yang
cukup tinggi. Hal ini ditandai dengan semakin meningkatnya arus lalu lintas
(Ekspor dan Impor) komoditas perikanan (Rahajanto, 2006).
Penyakit biasanya timbul berkaitan dengan lemahnya kondisi ikan yang
diakibatkan oleh beberapa faktor yaitu antara lain penanganan ikan, faktor pakan
yang diberikan, dan keadaan lingkungan yang kurang mendukung. Pada padat
penebaran ikan yang tinggi jika faktor lingkungan kurang menguntungkan
misalnya kandungan zat asam dalam air rendah, pakan yang diberikan kurang
tepat baik jumlah maupun mutunya, penanganan ikan kurang sempurna, maka
ikan akan menderita stress. Dalam keadaan demikian ikan akan mudah terserang
oleh penyakit (Snieszko, 1973 ; Sarig, 1971).
Timbulnya serangan penyakit adalah hasil interaksi yang tidak sesuai
antara hospek, kondisi lingkungan dan organisme penyebab penyakit. Interaksi
yang tidak serasi tersebut dapat menimbulkan stress pada ikan, nafsu makan
menurun, yang selanjutnya menyebabkan mekanisme pertahanan tubuh tidak
bekerja secara optimal, akhirnya infeksi dan infestasi penyakit mudah masuk
(Afrianto dan Liviawati, 1992).
Dalam kegiatan budidaya, sering terjadi kendalan salah satunya adalah
penyakit virus. Virus adalah organisme penyakit yang sangat kecil dengan ukuran
1
20-300 nanometer. Didalam tubuh ikan, virus akan bersifat laten sebagai wabah
ketika ikan berada pada kondisi lemah (Saparinto, 2012). Pada kondisi tersebut
virus dapat menyebabkan kerusakan ataupun penyakit pada inangnya.
Penyakit viral pada budidaya ikan merupakan ancaman serius karena
mampu menyebabkan kematian massal dalam waktu singkat. Karakter virus yang
menyerang sel inang intraseluler, maka pengendalian virus sulit dilakukan. Oleh
karena itu diperlukan kemampuan dalam pengendalian penyakit virus dalam
keberhasilan kegiatan budidaya.
Penyakit akibat infeksi virus merupakan penyakit yang paling banyak
menyebabkan kegagalan dalam budidaya, penyakit virus masih sering terjadi
dengan intensitas yang bervariasi. Jenis penyakit virus yang menyerang ikan dan
udang antara lain Penyakit White Spot Syndrome Virus, Red-bream Sea Iridovirus
Virus Disease, Viral Nervous Necrosis, Viral Haemmoragic Septicaemia Virus, &
Tilapia Lake Virus.
Agar serangan penyakit virus dapat ditangani secara tepat, maka perlu
dilakukan identifikasi virus tersebut dengan menggunakan metode PCR.
Keunggulan dari metode PCR untuk identifikasi virus adalah metode PCR ini telah
banyak digunakan oleh laboratorium uji di Indonesia, karena di nilai dengan
menggunakan metode ini dapat diperoleh hasil secara cepat dan sangat efektif
(Fitriatin dan Manan, 2015).
1.2. Maksud Dan Tujuan
1.2.1. Maksud
2
Maksud dari pelaksanaan Kerja Praktek Akhir ini adalah mengikuti seluruh
kegiatan teknik Identifikasi penyakit Virus Pada Ikan Dan Udang Di Balai Karantina
Ikan Pengendalian Mutu Dan Keamanan Hasil Perikanan Surabaya II
1.2.2. Tujuan
Tujuan Kerja Praktek Akhir (KPA) ini adalah sebagai berikut :
1. Mengidentifikasi penyakit Virus Pada Ikan Dan Udang Di Balai Karantina Ikan
Pengendalian Mutu Dan Keamanan Hasil Perikanan Surabaya II.
2. Mengetahui tahapan pemeriksaan Penyakit virus Pada ikan dan udang
menggunakan teknik identifikasi PCR yang dilakukan Di Balai Karantina Ikan
Pengendalian Mutu Dan Keamanan Hasil Perikanan Surabaya II.
1.3. Pendekatan Masalah
Pada kegiatan lalulintas komoditas perikanan baik domestik, impor
maupun ekspor diperlukan pengawasan berupa Karantina ikan sesuai dengan
Undang-Undang Nomor. 16/1992 pasal 10 menjelaskan tentang Tindakan
Karantina, kawasan Karantina, jenis Hama dan Penyakit, tempat pemasukan, dan
pengeluaran oleh Balai Karantina Ikan. Menurut Undang-undang Republik
Indonesia Nomor 21 Tahun 2019 Bab I pasal 1 yang berbunyi Karantina Hewan,
Ikan, dan Tumbuhan yang selanjutnya disebut Karantina adalah sistem
pencegahan masuk, keluar dan tersebarnya hama dan penyakit hewan Karantina,
hama dan penyakit ikan Karantina, dan organisme pengganggu tumbuhan
Karantina; serta pengawasan dan/atau pengendalian terhadap keamanan pangan
dan mutu pangan, keamanan pakan dan mutu pakan, Produk Rekayasa Genetik,
Sumber Daya Genetik, Agensia Hayati, Jenis Asing Invasif, Tumbuhan dan Satwa
Liar, serta Tumbuhan dan Satwa Langka yang dimasukkan ke dalam, tersebarnya
3
dari suatu Area ke Area lain, dan/atau dikeluarkan dari wilayah Negara Kesatuan
Republik Indonesia.
Kegiatan Identifikasi virus pada ikan dan udang menggunakan Metode
Polymerase Chain Reaction (PCR) yang meliputi Ekstraksi, Amplifikasi dan
Elektroforesis yang merupakan teknik perbanyakan atau replikasi DNA secara in
vitro sangat diperlukan. dikarenakan efektivitasnya berupa waktu pengujian yang
relatif cepat serta hasil pengujian yang akurat. Pada Karya Ilmiah Praktek Akhir ini
virus yang diidentifikasi yaitu White Spot Syndrome Virus (WSSV), Red-bream Sea
Iridovirus Virus Disease (RSIVD), Viral Nervous Necrosis (VNN), Viral
Haemmoragic Septicaemia Virus (VHSV), & Tilapia Lake Virus (TiLV). Kelima virus
tersebut di pilih dikarenakan mewakili virus pada ikan dan udang, mewakili metode
PCR yang digunakan (single step, nested, dan semi nested), serta mewakili jenis
virus (DNA/RNA).
4
II. TINJAUAN PUSTAKA
2.1. Struktur, Susunan dan Sifat Dasar Virus
Virus adalah parasit intraselular obligat dan merupakan patogen terkecil.
Mayoritas virus berukuran antara 2-20 mµ atau menduduki kisaran 20-250 nm.
Volk dan Wheeler (1984) menyatakan bahwa terdapat tiga teknik dasar yang dapat
dgunakan untuk menentukan ukuran virus yaitu :
1. Filtrasi melalui membran yang digradasi dan diketahui ukuran pori
membrannya.
2. Sentrifuse dengan kecepatan tinggi (100.00 kali lebih besar dari kecepatan
gravitasi) sehingga ukuran virus dapat dihitung dengan menentukan laju
kecepatan pengendapan partikel virus pada dasar tabung sentrifuse.
3. Pengamatan langsung dengan mikroskop elektron.
Virus memiliki perbedaan yang sangat amat nyata dengan
mikroorganisme lainnya karena sifat-sifat dasar virus berikut ini (Schlegel, 1985)
1. Virus hanya mengandung salah satu asam nukleat (DNA/RNA).
2. Reproduksi virus hanya memerlukan asam nukleat. Virus dapat berbiakjika
hanya asam nukleat dari genom virus yang masuk ke dalam sel dan
sebaliknya, pada semua tingkatan siklus hidup organisme non virus terdiri
atas sel yang dikelilingi oleh membran sel dan memiliki sistem metabolisme
lengkap dan mandiri mencakup mitokondria dan ribosom (Fenner et al.,
1993).
3. Virus tidak memiliki kemampuan untuk memperbanyak diri diluar sel hidup.
Multiplikasi virus terjadi di dalam sel hospes an virus terdapat sebagai partikel
virus (virion) jika berada di luar sel hospes.
5
Pertikel virus yang disebut virion terdiri dari satu macam asam nukleat
(DNA/RNA) yang dibungkus oleh suatu selubung protein yaitu kapsid. Virion
memperoleh amplop selama pendewasaan melalui proses penguncupan dari
membran sel. Kapsid berfungsi melindungi asam nukleat dari perubahan fisik
dan hidrolisi enzimatik oleh nuklease sel inang. Kapsid memiliki tempat
pengikatan yang memungkinkan virus menempel pada tempat yang khas pada
sel inang. Kapsid masih terdiri dari sub-sub bagian yaitu kapsomer. Satuan yang
terdiri dari asam nukleat dan kapsid disebut nukleokapsid (Schlegel, 1985).
Terdapat dua komponen yang tidak dimiliki oleh semua virus yaitu sistem
pembangkit ATP sebagai penghasil energi kimia dalam bentuk ikatan fosfat untuk
sintesis biologis dan ribosom sebagai komponen struktural untuk sintesis protein
(Volk dan Wheeler, 1984).
2.2. Kriteria Penggolongan Virus
Fenner et al. (1993) mneyatakan bahwa terdapat tiga kriteria utama untuk
penggolongan virus yaitu : jenis asam nukleat yang menyusun genom (DNA/RNA),
strategi replikasi virus dan morfologi virion. Contoh virus DNA antara lain poxvirus,
herpesvirus, adenovirus dan circovirus. Sedangkan virus RNA adalah
paramyxovirus, orthomyxovirus, coronavirus, reovirus, birnavirus, picornavirus,
serta rhabdovirus. Strategi replikasi virus dibedakan berdasarkan letak replikasi
asam nukleat virus. Replikasi untuk golongan adenovirus, herpesvirus dan
orthomyxovirus terjadi di dalam nukleus sedangkan untuk golongan poxvirus,
paramyxovirus, coronavirus, reovirus, dan birnavirus terjadi di dalam sitoplasma.
Penggolongan berdasarkan morfologi virion adalah bentuk ikosahedral, helikal,
bersampul dan virion bentuk kompleks (rumit).
2.3. Replikasi Virus
6
Perbanyak virus dilakukan dengan cara replikasi. Rincian langkah
reproduksi ini beraneka macam untuk setiap virus namun secara umum, tahapan
replika virus adalah sebagai berikut (Volk dan Wheeler, 1984) :
1. Perlekatan virion pada tempat reseptor yang khas di permukaan sel inang
merupakan reaksi yang paling khas antara virus dan sel inang. Sel yang tidak
mempunyai tempat reseptor akan resisten terhadap infeksi virus.
2. Penembusan terjadi dengan penelanan virion utuh atau fusi dengan
membran sel inang sehingga hanya nukleokapsid yang dimungkinka masuk
kedalam sel.
3. Pelepasan pembungkus sehingga asam nukleat terlepas dari kapsid yang
memudahkan bagi enzim untuk menyalin, menerjemahkan dan
mereplikasikannya.
4. Asam nukleat akhirnya diterjemahkan untuk memproduksi asam nukleat
virus yang lebih banyak.
5. Perakitan komponen virus menjadi nukleokapsid terjadi segera setelah
replikasi asam nukleat virus. Proses perakitan di dalam virion telah selesai
ketika asam nukleat terbungkus kapsid.
6. Pelepasan virion adalah tahapan akhir dari replikasi virus. Virus yang
terdapat sebagai nukleokapsid telanjang mungkin dilepaskan desertai
dengan lisi sel inang atau dilepaskan dengan penonjolan melewati daerah
membran sel inang yang khas.
2.4. Perubahan Sel Akibat Infeksi Virus
Hasil pertemuan antara virus dan sel hospes yang sesuai akan tergantung
pada sifat virus, sifat sel dan lingkungan tempat terjadinya interaksi antara virus
dan sel hospes tersenut. Sifat-sifat virus yang paling penting adalah kemampuan
virus dalam suatu sel yang memasuki sel lain sehingga menyebabkan penyebaran
7
infeksi. Spektrum penyakit yang ditimbulkan oleh virus berkisar dari infeksi akut
sehingga bentuk infeksi yang kronis (Bellanti, 1985).
Perkembangan virus melibatkan kematian sel hospes. Kehadiran virus
dapat diketahui dari akibat yang ditimbulkan pada hospes. Virus merusak seluruh
kompleks sel dan menimbulkan kerusakan jaringan, bercak-bercak nekrosis dan
piringan lisis (Schlegel, 1985). Sel inang pada umumnya sudah tidak dapat
meneruskan fungsinya sebagai sel normal saat virus pertama kali mulai
mereplikasi. Virus juga mungkin menyebabkan proliferasi sel yang terkena infeksi
sehingga menyebabkan manifestasi seperti kutil atau menyebabkan terjadinya
perubahan yang mentransformasi sel inang normal menjadi sel kanker. Bahkan
pada beberapa virus menghasilkan inklusi intaselular dalam sel inang yang
terinfeksi dan dapat dikenali dengan mikroskop biasa setelah dilakukan fiksasi dan
pewarnaan. Badan inklusi ini sering terjadi tapi tidak selalu, dimana perakitan virus,
lokasi intaselular dan penampilannya konstan untuk virus tertentu sehingga badan
inklusi yang terdapat didalam sel adalah kriteria diagnosis untuk infeksi virus yang
khas (Volk dan Wheeler, 1984).
2.5. Penyebaran Penyakit Viral
Penyebaran penyakit terjadi secara cepat dan melanda satu kawasan
dalam waktu singkat. Hal yang tak kalah penting adalah fakstor transmisi dan
reservoar infeksi. Penyebaran penyakit viral pada ikan maupun udanf dapat terjadi
secara horisontal maupun vertikal. Secara horisontal dapat terjadi melalui rantai
makanan atau virion yang terbabas ke lingkungan melalui kotoran dan akan
menginfeksi ikan maupun udang yang sehat. Penyebaran secara vertikal
diturunkan dari induk yang menjadi karier ke keturunannya melalui cairan
seminal/ovarium dan telur yang telah terinfeksi. Infeksi pada umumnya melalui tiga
rute yaitu : kulit, insang dan saluran pencernaan (Sudaryatma, 2012).
8
2.6. Penyakit Viral Pada Ikan dan Udang
2.6.1. White Spot Syndrome Virus (WSSV)
1. Faktor agen
Berbagai isolat WSSV dengan polimorfisme genetik kecil telah diidentifikasi
(varian). Akan tetapi, harus disadari bahwa karena Nimaviridae adalah famili yang
baru dikenal, konsep spesies akan berubah setelah isolat yang ada dan yang baru
dipelajari secara lebih rinci.
a. Etiologi Agen & Strain Agen
WSSV ditetapkan oleh International Committee on Taxonomy of Viruses
(ICTV) sebagai satu-satunya anggota genus Whispovirus dalam famili
Nimaviridae. Virion WSSV berbentuk bulat telur atau ellipsoid hingga basil,
memiliki simetri beraturan, dan berukuran diameter 120-150 nm dan panjang 270-
290 nm. Yang paling menonjol adalah ekstensi (embel-embel) seperti benang atau
flagela di salah satu ujung virion. Saat ini, meskipun berbagai isolat geografis
dengan variabilitas genotipik telah diidentifikasi, mereka semua diklasifikasikan
sebagai spesies tunggal (virus white spot syndrome-1) dalam genus Whispovirus
(Vlak et al., 2004).
b. Kemampuan Bertahan Hidup Di Luar Host
Virus tersebut dapat bertahan selama setidaknya 30 hari pada suhu 30°C
dalam air laut dalam kondisi laboratorium (Momoyama et al., 1998); dan bertahan
di kolam setidaknya selama 3-4 hari (Nakano et al., 1998).
c. Stabilitas Agen (Metode Inaktivasi Efektif)
9
Agen tidak aktif dalam <120 menit pada suhu 50°C dan <1 menit pada 60°C
(Nakano et al., 1998).
d. Siklus Kehidupan
Studi in-vitro dengan kultur sel primer dan studi in-vivo dengan postlarva
(PL) menunjukkan bahwa replikasi siklus sekitar 20 jam pada 25° C.
2. Faktor Host
WSSV memiliki jangkauan host yang sangat luas. Virus ini dapat
menginfeksi berbagai krustasea air termasuk penaeids laut, payau dan air tawar,
kepiting dan udang karang (Maeda et al., 2000).
a. Spesies inang yang rentan
Semua krustasea dekapoda (ordo Decapoda) dari sumber air laut dan
payau atau air tawar adalah Spesies inang yang rentan (Flegel et al., 1997.
Lightner et al., 1996. Lo et al., 1998, Maeda et al., 2000).
b. Tahapan yang rentan dari Host
Semua tahapan kehidupan berpotensi rentan, mulai dari telur hingga induk
(Lo et al., 1997, Venegas et al., 1999).
c. Predileksi Spesies Atau Subpopulasi (Probabilitas Deteksi)
Ada kemungkinan lebih tinggi untuk mendeteksi virus pada kepiting
daripada pada udang. Tahap kehidupan terbaik dari krustasea untuk deteksi
adalah stadium akhir PL, juvenil dan dewasa. Probabilitas deteksi dapat
ditingkatkan dengan paparan kondisi stres (misalnya ablasi tangkai mata,
pemijahan, molting, perubahan salinitas, suhu atau pH, dan selama booming
plankton).
d. Target Organ dan Jaringan Yang Terinfeksi.
10
Target utama infeksi WSSV adalah jaringan embrionik ektodermal dan
mesodermal, terutama epitel kutikula dan jaringan ikat subkutikuler (Momoyama
et al., 1994, Wongteerasupaya et al., 1995). Meskipun WSSV menginfeksi jaringan
ikat yang mendasari di hepatopankreas udang dan usus tengah, sel epitel tubulus
hepatopankreas dari kedua organ ini berasal dari endodermal, dan mereka tidak
terinfeksi.
e. Infeksi Persisten Dengan Pembawa Seumur Hidup
Infeksi persisten sering terjadi dan infeksi seumur hidup telah ditunjukkan
(Lo et al., 1998). muatan virus selama infeksi persisten bisa sangat rendah dan
berpotensi tidak terdeteksi oleh tes diagnostik yang tersedia.
f. Vektor
Vektor termasuk rotifera (Yan et al., 2004), moluska laut, cacing polychaete
(Vijayan et al., 2005) dan krustasea non-dekapoda termasuk Artemia salina
(Chang et al., 2002) dan copepoda, serta artropoda air non-krustasea seperti
slaters laut (Isopoda) dan larva serangga Euphydradae. Semua spesies ini dapat
mengakumulasi konsentrasi tinggi dari WSSV yang layak, meskipun tidak ada
bukti replikasi virus (Lo et al., 1998).
3. Pola Penyakit
Infeksi kadang-kadang menyebabkan penyakit dan kadang-kadang tidak
(Tsai et al., 1999), tergantung pada faktor-faktor yang belum dipahami dengan baik
tetapi terkait dengan toleransi spesies dan pemicu lingkungan. Dengan dosis
infeksi yang tepat untuk memberikan waktu yang cukup sebelum kematian, hewan
yang rentan terhadap penyakit menunjukkan sejumlah besar virion yang
bersirkulasi dalam hemolimfa (Lo et al., 1997)), tetapi ini juga dapat terjadi pada
spesies yang toleran yang tidak menunjukkan kematian. Jadi, viral load yang tinggi
11
itu sendiri tidak menyebabkan penyakit atau kematian untuk semua spesies yang
rentan.
a. Mekanisme transmisi
Infeksi dapat ditularkan secara vertikal (trans-ovum), horizontal melalui
konsumsi jaringan yang terinfeksi (misalnya kanibalisme, predasi, dll), dan melalui
jalur air. Penularan infeksi dapat terjadi dari hewan yang tampaknya sehat tanpa
adanya penyakit. Hewan yang mati dan sekarat dapat menjadi sumber penularan
penyakit (Lo et al., 1998).
b. Prevalensi.
Prevalensi sangat bervariasi, dari <1% pada populasi liar yang terinfeksi
hingga 100% pada populasi penangkaran (Lo et al., 1998).
c. Distribusi Geografis
WSD telah diidentifikasi dari krustasea di Cina (Rep. Rakyat), Jepang,
Korea (Rep.), Asia Tenggara, Asia Selatan, Benua India, Mediterania, Timur
Tengah, dan Amerika, zona bebas WSD dan kompartemennya diketahui dalam
wilayah ini (Vlak et al., 2004).
d. Mortalitas dan Morbiditas.
Semua spesies udang penaeid sangat rentan terhadap infeksi, sering
mengakibatkan kematian yang tinggi. Kepiting, udang karang, udang air tawar,
lobster berduri dan lobster cakar rentan terhadap infeksi, tetapi morbiditas dan
mortalitas akibat infeksi sangat bervariasi (Lo et al., 1998). Infeksi tingkat tinggi
diketahui pada beberapa dekapoda tanpa adanya penyakit klinis.
e. Faktor Lingkungan
12
Wabah penyakit dapat disebabkan oleh stresor, seperti perubahan salinitas
yang cepat. Suhu air memiliki pengaruh besar pada ekspresi penyakit, dengan
suhu air rata-rata di bawah -30°C menjadi kondusif untuk wabah WSD (Vidal et al.,
2001).
Gambar 1. WSSV ditandai adanya bercak putih di seluruh tubuhnya.

Sumber : Direktorat Kesehatan Ikan dan Lingkungan (2017)
2.6.2. Red-bream Sea Iridovirus Virus Disease (RSIVD)
1. Faktor Agen
Penyakit ini disebabkan oleh red sea bream iridovirus (RSIV) (Inouye et al.,
1992, Jeong et al., 2003, Jeong et al., 2006, Kurita et al., 2002, Kusuda et al.,
1994, Nakajima et al., 1994) strain Ehime-1 dan genotipe RSIV lainnya, termasuk
banyak virus yang dianggap sinonim dari RSIV (Chou et al., 1998, Chua et al.,
1994, Do et al., 2005, Do et al., 2004, Gibson-kueh et al., 2004, Jung et al., 1997,
Jung et al., 2000, Kim et al., 2002, Miyata et al., 1997, Sudhongkong et al., 2002).
Penyakit ini juga disebabkan oleh infeksi virus limpa dan nekrosis ginjal (ISKNV)
(He et al., 2001, Oseko et al., 2004), yang merupakan salah satu virus yang terkait
dengan RSV, tetapi berbeda dari RSIV. Sejumlah iridovirus lain yang
menyebabkan penyakit serupa pada ikan hias air tawar telah dilaporkan (Paperna
et al., 2001, Sudhongkong et al., 2002).
13
Virus ini sulit dibedakan secara genetik dari ISKNV, dan belum ditentukan
apakah penyakit ini harus dimasukkan dalam RSIVD, Baru-baru ini, iridovirus pada
ikan turbot dengan tubuh kemerahan (TRBIV) (Shi et al., 2004) dan kemungkinan
sinonimnya (Do et al., 2005, Jeong et al., 2006), yang terkait ke RSIV, tetapi
berbeda dari, RSIV dan ISKNV, dilaporkan dari Republik Rakyat Cina dan
Republik Korea. Perlu dilakukan pemeriksaan lebih lanjut sebelum dapat
ditentukan apakah penyakit yang disebabkan oleh TRBIV juga harus dimasukkan
dalam RSIVD atau tidak.
Semua agen ini termasuk dalam genus kelima dari famili Iridoviridae, dan
mereka dapat dibedakan secara genetik dan biologis dari ranavirus ikan seperti
virus epizootic haematopoietic necrosis (EHNV), iridovirus ikan lele Eropa (ECV)
dan indovirus kerapu (GIV= Singapore grouper iridovirus [SGIVI] ) (Kasornchandra
et al., 1997, Murali et al., 2002, Qin et al., 2001, Shi et al., 2004, Song et al., 2004),
tidak ada satupun yang bersifat patogen terhadap ikan red seabream (Nakajima et
al., 1998).
Belum Diketahui
Diinaktivasi pada 56°C selama 30 menit, sensitif terhadap eter dan kloroform
diinaktivasi oleh formalin (0,1%); stabil dalam jaringan pada -80 ° C.
d. Siklus Kehidupan
Tidak Dapat Diterapkan
2. Faktor Host
14
Dalam kasus infeksi RSIV: ikan red sea bream (Pagrus major), black porgy
(Acanthopagrus schlegeli), ikan yellowfin sea bream (Acanthopagrus latus),
crimson sea bream (Evynnis japonica), ikan Japanese amberjack (Seriola
quinqueradiata), ikan greater amberjack (Seriola dumerili), ikan yellowtail
amberjack (Seriola lalandi), ikan hybrid dari yellowtail amberjack dan Japanese
amberjack (S. lalandi x S. quinqueradiata), ikan striped jack (Pseudocaranx
dentex), ikan northern bluefin tuna (Thunnus thynnus), Ikan Japanese Spanish
mackerel (Scomberomorus niphonius), ikan chub mackerel (Scomber japonicus),
ikan Japanese jack mackerel (Trachurus japonicus), Ikan Japanese parrotfish
(Oplegnathus fasciatus), ikan spotted knifejaw (Oplegnathus punctatus), ikan
cobia (Rachycentron canadum), ikan snubnose pompano (Trachinotus blochii),
ikan chicken grunt (Parapristipoma trilineatum), ikan crescent sweetlips
(Plectorhinchus cinctus), ikan Chinese emperor (Lethrinus haematopterus), ikan
spangled emperor (Lethrinus nebulosus), ikan largescale blackfish (Girella
punctata), ikan rockfish (Sebastes schlegeli), ikan croceine croaker
(Pseudosciaena crocea), ikan Hong Kong grouper (Epinephelus akaara), ikan
convict grouper (Epinephelus septemfasciatus), Ikan Malabar grouper
(Epinephelus malabaricus), ikan longtooth grouper (Epinephelus bruneus), ikan
orange-spotted grouper (Epinephelus coioides), ikan yellow grouper (Epinephelus
awoara), ikan greasy grouper (Epinephelus tauvina), ikan brown-marbled grouper
(Epinephelus fuscoguttatus), ikan giant grouper (Epinephelus lanceolatus), ikan
Japanese sea perch (Lateolabrax japonicas), ikan Lateolabrax sp., barramundi
atau sea bass (Lates calcarifer), Ikan hybrid dari striped sea bass and white bass
(Morone saxatilis x M. chrysops), ikan largemouth bass (Micropterus salmoides),
ikan bastard halibut (Paralichthys olivaceus), ikan spotted halibut (Verasper
variegatus), dan ikan torafugu (Takifugu rubripes),, diketahui rentan. Pada kasus
infeksi ISKNV: ikan Chinese perch (Siniperca chuatsi), ikan red drum (Sciaenops
15
ocellatus), ikan flathead mullet (Mugil cephalus), dan ikan Epinephelus sp.
diketahui rentan.
Remaja hingga dewasa (kerentanan remaja umumnya lebih tinggi daripada inang
dewasa).
Dalam kasus infeksi RSIV, ikan yang termasuk dalam genus Oplegnathus lebih
sensitif daripada yang lain.
Sel-sel yang terinfeksi diamati di limpa, ginjal, jantung, usus dan insang.
Tidak diketahui
f. Vektor
Tidak diketahui
3. Pola Penyakit
Modus utama transmisi RSIV adalah horizontal melalui air. Transmisi vertikal RSIV
belum diselidiki.
b. Prevalensi
Tidak diketahui
16
RSIVD yang disebabkan oleh RSIV dan ISKNV telah dilaporkan tidak
hanya dari Jepang tetapi juga secara luas dari negara-negara Asia Timur dan
Tenggara lainnya (China Taipei, China [Republik Rakyat, Hong Kong, Korea [Rep,
Malaysia, Filipina, Singapura, dan Thailand) (Chou et al., 1998, Chua et al., 1994,
Do et al., 2005, Do et al., 2004, Gibson-Kueh et al., 2004, Jeong et al., 2003, Jeong
et al., 2006, Jung et al., 1997, Jung et al., 2000, Kawakami et al., 2002, Kurita et
al., 2004, Miyata et al., 1997, Oseko et al., 2004, Sudthongkong et al., 2002).
Tergantung pada spesies ikan inang, umur ikan, suhu air, dan kondisi
budidaya lainnya, tingkat kematian berkisar antara 0% dan 100%. Morbiditas tidak
diketahui.
Wabah telah terlihat sebagian besar di musim panas pada suhu air 25°C dan di
atas.
Gambar 2. Ikan Red sea bream (Pagrus major) asal Korea Selatan yang
terinfeksi RSIV
Sumber : Australian Government Department of Agriculture (2019)
2.6.3. Viral Nervous Necrosis (VNN)
17
1. Faktor agen
Agen penyebab VER atau VNN pertama kali diidentifikasi sebagai anggota
baru dari keluarga Nodaviridae setelah pemurnian jaringan otak dari larva striped
jack yang terkena, dan nama virus nekrosis saraf jack bergaris (SINNV) diadopsi
(Mori et al., 1992) Selanjutnya agen VER/VNN lainnya dimurnikan dari beberapa
spesies ikan yang sakit (Chi et al., 2001; Comps et al., 1994). Taksonomi saat ini
mengklasifikasikan virus ke dalam genus Betanodavirus dalam keluarga
Nodaviridae (Schneemann et al, 2005). Betanodavirus tidak berselubung, bulat
dan berdiameter sekitar 25 nm. Genom terdiri dari dua molekul ssRNA positif-
sense RNA1 (3,1 kb) mengkodekan replika (110 kDa) dan RNA2 (1,4 kb)
mengkode protein mantel (42 kDa). Urutan nukleotida lengkap RNA1 dan RNA2
dilaporkan untuk SJNNV dan lainnya (Iwamoto et al., 2001; Iwamoto et al., 2004;
Sommerset & Norland, 2004; Tan et al., 2001). Berdasarkan analisis filogenetik
dari wilayah variabel T4 RNA1, belanodavirus sebelumnya telah dikelompokkan
menjadi empat genotipe utama, yang ditunjuk: SJNNV-type, tiger puffer nervous
necrosis virus (TPNNV)-type, barfin flounder nervous necrosis virus (BFNNV)-
type, dan red-spotted grouper nervous necrosis virus (RGNNV)-type (Nishizawa et
al, 1997). Genotipe yang diidentifikasi sebagian berkorelasi dengan tiga serotipe
berbeda yang telah diidentifikasi oleh netralisasi virus dengan antibodi poliklonal,
spesies inang yang berbeda dan suhu pertumbuhan optimum in vitro (Iwamoto et
al, 2000, Mori et al, 2003).
Selanjutnya, genotipe tambahan termasuk turbot betanodavirus strain
(TNV) telah diusulkan (Johansen et al., 2004) Untuk menghindari kebingungan
mengenai taksonomi, nomenklatur numenkal (cluster I, II, III dan IV), independen
dari asal spesies inang, telah diusulkan oleh Thiéry et al., 2004. Pada Tabel 1.,
18
genotipe resmi, spesies inang target dan suhu pertumbuhan in-vitro yang optimal
dilaporkan (Iwamoto et al., 2000)
Tabel 1. Varian genotip dan fenotip betanodavirus
Genotip serotipe Target ikan inang Suhu pertumbuhan optimal
SJNNV A Stripped jack 20-25 °C
TPNNV B Tiger puffer 20 °C
BENNY C Ikan air dingin : 15-20 °C

Atlantic halibut,
Atlantic cod,
flounders, dll
RGNNV C Ikan air hangat : 25-30 °C
Asian sea bass,
European sea bass,
groupers .
Sumber : OIE (2019)
Betanodavirus sangat resisten di lingkungan perairan dan dapat bertahan
lama di air laut pada suhu rendah (Frerichs et al., 2000) sedangkan pada suhu
25°C atau lebih tinggi, tingkat kelangsungan hidup sangat terpengaruh.
Kontaminasi lingkungan perairan setelah munculnya wabah kemungkinan akan
bertahan selama jangka panjang dan merupakan sumber infeksi bagi spesies liar
yang rentan. Pada ikan beku, virus dapat bertahan untuk waktu yang lama dan
dapat menimbulkan risiko potensial jika ikan mentah digunakan untuk pakan (Mori
et al, 2005) Di luar lingkungan akuatik, belanodavirus tampaknya sangat mudah
kehilangan sitopatogenitasnya Dalam kondisi pengeringan, >99 % inaktivasi telah
diamati setelah periode 7 hari pada 21°C (Maltese & Bovo, 2007).
19
Disinfektan umum seperti natrium hipoklorit, yodium, hidrogen peroksida,
dan benzalkonium klorida sangat berguna untuk menonaktifkan betanodavirus
sementara formalin menunjukkan aktivitas yang buruk (Frerichs et al., 2000). Ozon
juga telah digunakan untuk menghindari atau mengurangi kontaminasi virus pada
permukaan kulit telur (Gratmal & Tolland, 2000) dan air yang terkontaminasi virus
dapat disterilisasi secara efektif dengan paparan sinar UV (Frerichs et al., 2000).
d. Siklus Kehidupan
Keberadaan reservoir di alam liar merupakan sumber asli infeksi dari
populasi ternak, sementara perdagangan anakan yang terinfeksi merupakan cara
paling umum untuk menyebarkan partikel virus dalam jumlah besar di lingkungan.
Sedikit yang diketahui tentang siklus hidup betanodavirus Mengingat hasil yang
diperoleh dari infeksi eksperimental yang dilakukan oleh penulis yang berbeda,
virus kemungkinan besar menyerang inang melalui epitel usus dan sistem saraf
perifer, segera mencapai jaringan saraf pusat di mana ia dapat menyebabkan
kematian. dari host atau tetap selama beberapa tahun pada inang yang selamat
(Johansen et al, 2004). Ikan yang mati membusuk dapat menyebarkan virus di
lingkungan mencapai vektor biologis yang berbeda. Lebih jauh lagi, ikan yang sakit
dapat dengan mudah dikanibal oleh pemangsa yang lain, selain kemungkinan
terinfeksi, dapat menyebarkan virus melalui feses yang terkontaminasi: Penularan
vertikal sangat dicurigai pada beberapa spesies (Arimoto et al, 1992, Comps et al.,
1994, Grotmal & Totland, 2000, Mushiake et al., 1994, Watanabe et al., 2000);
dalam hal ini virus dapat mencapai gonad yang sedang berkembang di tempat
yang sering terdeteksi (Dalla Valle et al., 2000; Mushiako et al., 1994; Nishizawa
et al., 1996) dan menginfeksi telur dan sperma (Nishizawa et al, 1994 )
2. Faktor Host
20
Sampai saat ini, penyakit ini telah dilaporkan pada lebih dari 50 spesies
ikan, terutama ikan laut dengan dampak terbesar pada ikan striped jack, ikan
European sea bass (Dicentrarchus labrax), ikan kerapu, dan flatfishes (Munday et
al., 2002, Sano et al, 2011). Beberapa wabah juga telah didokumentasikan di
peternakan air tawar (Bovo et al, 2011, Chi et al., 2003). Spesies ikan yang secara
alami dipengaruhi oleh VER tercantum dalam Tabel 2, spesies ikan air tawar
lainnya mengembangkan tanda-tanda klinis setelah infeksi eksperimental
(Furusawa et al, 2007) menunjukkan kemungkinan inang baru, terutama di masa
depan ketika spesies baru akan dipilih untuk akuakultur
Tabel 2. Spesies ikan yang terkena VER/VNN
Ordo Famili Nama Umum Nama Latin
Acipenseriformes Acipenseridae Russian Acipenser
sturgeon queldenstaedti
Anguilliformes Anguidae European eel Anguilla Anguilla
Gonorynchiformes Chanidae Milktish Chanos chanos
Siluriformes Siluridae Chinese Parasilurus asotus
catfish
Australian Tandanus tandanus
catfish
Gadiformes Gadidae Atlantic cod Gadus morhua
Haddock Melanogrammus
aeglefinus
Cyprinodontiformes Poeciliidae Guppy Poecilia reticulate
Acanthuridae convict Acanthurus
surgeonfish triostegus
21
Apogonidae narrowstripe Apogon exostigma
cardinalnsh
Anarhichadidae wolf fish Anarchichas minor
Perciformes Carangidae striped jack Pseudocaranx
dentex
purplish Seriola dumerill
amberjack
yellow-wax Trachinotus falcatus
pompano
snub nose Trachinotus blochi
pompano
Asian sea Lates calcarifer
bass
Centropomatidae Japanese sea Latealabrax
bass japonicas
Cichlidae Tilapia Oreochromis
niloticus.
Eleotridae sleepy cod Oxyeleotris lineolate
Ephippidae orbicular Platax orbicularis
batfish
Latridae striped Letris lineata
trumpeter
Lutjanidae Crimson Lutjanus
snapper erythropterus
mangrove red Lutjanus
snapper argentimaculatus
22
Malacanthidae Japanese or Branchiostegus
red tilefish japonicas
Mugilidae grey mullet Mugil cephalus
golden grey Liza aurata
mullet
red mullet Mullus barbatus
Oplegnathidae barred Oplegnathus
knifejaw or fasciatus
rock bream
spotted Oplegnathus
knifejaw punctatus
Percichthydae European sea Dicentrarchus labrax
bass
Rachicentridae Cobia Rachycentron
canadum
Sciaenidae red drum Sciaenops ocellatus
shi drum Umbrina cirrosa
white Atractoscion nobilis
weakfish
Scombridae Pacific bluefin Thunnus orientalis
tuna
Serranidae red spotted E. akaara
grouper
yellow E. awoara
grouper
23
sevenband E. septemfasciatus
grouper
blackspotted E. fuscoguttatus
grouper
brown spotted E. malabaricus
grouper
dusky grouper E. marginatus
kelp grouper E. moara
greasy E. tauvina
grouper
dragon E. lanceolatus
grouper
humpback Chromileptes
grouper altivelis.
white grouper Epinephelus aeneus
orange- E. coloides
spotted
grouper
Perciformes Sparidae gilthead sea Sparus aurate
bream
Cichlidae Nile tilapia Oreochromis
niloticus niloticus
Tetraodontiformes Monacantidae thread sale Stephanolepis
filefish cirrhifer
Tetraodontidae Japanese Takifugu rubripes
puffer fish
24
Pleuronectidae barfin flounder Verasper moseri
Pleuronectiformes Soleidae common sole Solea solea
Scophthalmidae Turbot Psetta maxima
Japanese Paralichthys
flounder olivaceus
Atlantic Hippoglossus
halibut hippoglossus
Scorpaeniformes Sebastidae white Sebastes oblongus
weakfish
Sumber : OIE (2019)
Meskipun penyakit ini terutama menyerang tahap larva dan juvenil,
kematian yang serius juga telah dilaporkan pada ikan ukuran panen dan ikan
dewasa, seperti Atlantic halibut (Hippoglossus hippoglossus), sevenband grouper
(Epinephelus septemfasciatus), dan European sea bass.
Di peternakan yang terinfeksi, kemungkinan untuk mendeteksi agen
penyebab biasanya lebih tinggi pada ikan muda daripada ikan yang lebih tua,
sementara selama musim pemijahan virus dapat ditemukan di gonad induk (Dalla
Valle et al, 2000, Mushiako et al., 1994).
Otak, sumsum tulang belakang dan retina dianggap sebagai organ target
di mana virus secara aktif bereplikasi menyebabkan vakuolasi jaringan yang luas,
inklusi intracytoplasmic telah dijelaskan dalam sel-sel otak ikan European sea
bass, ikan Asian sea bass (Lates calcarifer), ikan Japanese parrotfish
(Oplegnathus fasciatus), dan ikan brown-spotted grouper (Epinephelus
25
malabaricus) (Munday et al., 2002). Virus juga telah terdeteksi pada gonad induk
(Dalla Valle et al., 2000; Mushiake et al, 1994; Nishizawa et al, 1996). Pada
beberapa spesies seperti ikan striped jack, ikan European sea bass, ikan barfin
flounder (Verasper moseri), ikan sevenband grouper dan ikan Atlantic halibut, ikan
induk cenderung menjadi reservoir virus yang paling konsisten dan sumber infeksi
terpenting bagi larva dan ikan remaja (Mushiake et al., 1994; Watanabe et al.,
2000). Virus mungkin tidak bereplikasi dan menetap di organ reproduksi setiap
saat dan lebih mungkin ditemukan di sana setelah kondisi stres (Mushiake et al.,
1994).
Pada ikan wolfish (Anarhichas minor), secara eksperimental terinfeksi
melalui pencelupan, virus telah terdeteksi di otak setidaknya hingga 16 minggu
pasca pajanan (Johansen et al., 2003). Setelah wabah alami di halibut Atlantik,
perkembangan infeksi telah dipelajari pada korban selama periode pengamatan 1
tahun (Johansen et al., 2002). Persentase ikan yang positif dengan polymerase
chain reaction (PCR) dan enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) tetap
tinggi sepanjang periode dan virus diisolasi kembali dari ikan yang terinfeksi
secara subklinis pada akhir tahun, menunjukkan bahwa ikan yang bertahan hidup
infeksi dapat menampung virus untuk waktu yang lama dan berpotensi menularkan
infeksi ke ikan lain. Garis sel (BB) yang berasal dari jaringan otak ikan barramundi
(Lates calcarifer) baru-baru ini dibuat dan akan menawarkan model yang valid
untuk mempelajari infeksi virus dan mekanisme replikasi baik in vivo maupun in
vitro (Chi et al., 2005).
f. Vektor
Mengingat air adalah vektor abiotik yang paling penting, betanodavirus
dapat dengan mudah menyebar, selama wabah klinis, oleh satu bagian
26
peternakan ke bagian lain secara langsung melalui air dan dengan mencemari
personel, jaring, sepatu bot, dan peralatan lainnya. Langkah-langkah biosekuriti
yang memadai harus ditetapkan, terutama di dalam pembenihan (Mori et al, 1998).
Di laut lepas, penularan infeksi dari satu tempat ke tempat lain disebabkan oleh
pasang surut, arus dominan, perahu yang mengunjungi peternakan yang berbeda,
dan ikan liar yang bermigrasi. Karena resistensi virus yang tinggi terhadap kondisi
asam dan pada suhu 37°C (Frerichs et al., 2000) burung ichthyophagous harus
dianggap sebagai vektor potensial Selanjutnya karena volume perdagangan yang
besar, perhatian khusus harus ditujukan pada moluska yang berasal dari daerah
yang terkontaminasi. Virus telah dideteksi dari cacing pasir yang termasuk dalam
famili Nereidae, genus Nereis dikumpulkan di dekat peternakan yang terinfeksi
(Bovo et al, pengamatan tidak dipublikasikan) Pasar internasional yang besar yang
terdapat bite worms harus dianggap sebagai risiko lebih lanjut untuk menyebarkan
betanodavirus dari satu wilayah ke wilayah lain.
3. Pola Penyakit
Penyakit ini dapat direproduksi pada ikan yang sehat dengan co-habitation,
perendaman, dan injeksi (Munday et al 2002). Penularan horizontal, yang sering
diamati di lapangan, harus dianggap sebagai cara paling umum penularan
penyakit melalui air yang terkontaminasi. Selain itu, beberapa bukti ada untuk
transmisi vertikal dari induk ke keturunan di ikan striped jack, ikan European sea
bass, ikan Asian sea bass, ikan barfin flounder, ikan Atlantic halibut, dan ikan
sevenband grouper, seperti yang disebutkan sebelumnya (Comps et al, 1994, Mori
et al, 1998 Mushiake et al., 1994; Watanabe et al., 2000). Fakta ini terutama
dicerminkan oleh kemunculan awal penyakit klinis dan deteksi materi genetik virus
dari gonad dewasa (Dalla Valle et al., 2000, Mushiake et al., 1994, Nishizawa et
27
al., 1996), apakah virus tersebut terletak di dalam atau di luar telur sebagai
kontaminan cangkang masih harus dibuktikan secara definitif.
Kemungkinan tambahan untuk penularan penyakit ditunjukkan dengan
memberi makan induk dengan ikan mentah (Mori et al, 2005) Ada juga bukti yang
sangat kuat bahwa ozonasi telur yang dibuahi dari induk yang terinfeksi
menghilangkan atau mengurangi tingkat infeksi pada keturunannya (Mori et al,
1998), menunjukkan transmisi vertikal dapat terjadi sebagai kontaminasi kulit telur,
setidaknya untuk beberapa spesies
b. Prevalensi.
Sangat sedikit data yang tersedia tentang prevalensi penyakit ini. Di
Kanada, populasi ikan liar tertentu diduga bertindak sebagai reservoir alami yang
otentik, pada kenyataannya, virus telah ditunjukkan oleh PCR untuk hadir di 0,23%
dari ikan winter flounder liar (Pleuronectes americanus) (Barker et al., 2002). Di
Jepang, sampel representatif dari 30 spesies yang dikumpulkan di dua teluk
berbeda menegaskan bahwa sebagian besar ikan budidaya dan ikan liar
dinyatakan positif (Gomez et al., 2004).
Penyakit ini telah dilaporkan secara resmi dari banyak daerah Ini termasuk
negara-negara di Asia Selatan dan Timur (China [Republik Rakyat, China Taipei,
India, Indonesia, Iran, Jepang, Korea, Malaysia, Filipina, Thailand, Vietnam),
Oseania (Australia , Tahib), Mediterania (Prancis, Yunani, Israel, Italia, Malta,
Portugal, Spanyol, Tunisia), Inggris, Norwegia, Karibia, dan Amerika Utara
(Kanada, AS) (Munday et al., 2002). Selanjutnya kecurigaan kematian yang
disebabkan oleh betanodavirus telah dilaporkan pada kerapu liar yang hidup di
sepanjang pantai Senegal dan Libya.
28
Ada variasi yang cukup besar dalam usia di mana penyakit pertama kali
dicatat dan periode kematian terjadi (Munday et al., 2002). Secara umum, semakin
awal gejala penyakit muncul, semakin besar angka kematiannya. Pada ikan
striped jack, kematian paling sering diamati dalam waktu 10 hari setelah menetas
sementara penyakit paling awal terjadi pada hari ke-2 pasca-penetasan, yang
mengakibatkan hilangnya larva hampir seluruhnya. Di Eropa kematian ikan bass
biasanya tidak terlihat sampai sekitar 30 hari setelah menetas tetapi wabah dapat
terjadi bahkan pada ikan ukuran pasar. Angka kematian bergantung pada usia.
Ketika tahap larva terpengaruh, kematian tertinggi, seringkali mencapai 100%,
diamati sementara pada ikan remaja dan ikan yang lebih tua, kerugian yang lebih
rendah umumnya dilaporkan.
Suhu air merupakan faktor penting dan munculnya gejala klinis dapat
dipengaruhi secara signifikan oleh suhu. Pengaruh suhu sangat terkenal di
budidaya ikan bass dan penyakit ini awal diidentifikasi sebagai Penyakit Musim
Panas Korelasi antara munculnya tanda-tanda klinis dan suhu air sebagian
didukung oleh studi in-vitro (Iwamoto et al., 2000). Spesifisitas inang tampaknya
ada pada genotipe RGNNV untuk ikan air hangat dan dalam genotipe BFNNV
untuk ikan air dingin. Pada larva ikan striped jack yang terinfeksi SJNNV (suhu
pertumbuhan optimum in-vitro: 20-25°C) tidak ada perbedaan mortalitas yang
terlihat di antara kelompok yang berbeda yang dipelihara pada suhu air yang
berbeda mulai dari 20°C hingga 26°C, sedangkan pada larva kerapu bergaris
yang terinfeksi RGNNV (suhu pertumbuhan optimum in-vitro: 25-30°C) suhu air
pemeliharaan (16-28°C) dapat mempengaruhi perkembangan penyakit. Kematian
yang lebih tinggi dan munculnya penyakit karier diamati pada suhu yang lebih
tinggi, sedangkan suhu air yang lebih tinggi dari 31°C menghambat proliferasi
RGNNV pada kerapu bungkuk (Chromileptes altivelis) (Yuasa et al., 2007). Di sisi
29
lain, infeksi AHNV (genotipe BFNNV, optimum: 15-20°C) di halibut Atlantik terjadi
pada 6°C. Salinitas tampaknya tidak mempengaruhi terjadinya penyakit karena
wabah telah dilaporkan pada spesies air tawar.
Gambar 3. Benih ikan kerapu yang menderita penyakit VNN, pergerakan

renang tidak terarah
Sumber : Direktorat Kesehatan Ikan dan Lingkungan (2017)
2.6.4. Viral Haemmoragic Septicaemia Virus (VHSV)
1. Faktor agen
Agen etiologi VHS adalah rhabdovirus (VHSV) milik genus
Novirhabdovirus, dalam keluarga Rhabdoviridae, yang juga termasuk virus
nekrosis hematopoietik menular (IHNV) dan rhabdovirus Hirame dari Japanese
flounder (Paralichthys olivaceus). Virion berbentuk peluru (berdiameter sekitar 70
nm dan panjang 180 nm), mengandung genom RNA untai tunggal negatif sense
sekitar 11.000 nukleotida (Schütze et al., 1999) dan memiliki amplop yang berisi
membran glikoprotein, yang merupakan penetralisir. antigen permukaan. Genom
mengkodekan enam protein: sebuah nukleoprotein, N; suatu glikoprotein, G;
sebuah fosfoprotein, P (sebelumnya disebut M1); protein matriks, M (sebelumnya
disebut M2); protein non-virion. NV dan polimerase, L (100).
Selain inang tradisional, rainbow trout, di mana VHSV dapat menyebabkan
wabah penyakit yang parah, beberapa spesies ikan laut juga rentan terhadap
30
penyakit tersebut. Wabah alami telah terjadi di turbot yang dibudidayakan (Ross
et al., 1994, Schlotfeldt et al., 1991) dan di ikan Japanese flounder yang
dibudidayakan secara liar (Isshiki et al., 2001, Takano et al., 2000). Kematian
akibat infeksi alami pada spesies ikan laut yang hidup bebas telah diamati di
sepanjang pantai Pasifik Amerika Utara (Meyers et al., 1999, Traxler et al., 199).
Selain itu, isolat dari ikan Pacific herring telah terbukti patogen untuk ikan Pacific
herring dalam kondisi eksperimental (Kocan et al., 1997). Demikian pula, wabah
VHS telah terjadi di spesies air tawar liar di Great Lakes (Elsayed et al., 2006,
Groocock et al., 2007, Lumsden et al., 2007.
Rentang inang besar yang baru-baru ini ditemukan dan perbedaan yang
signifikan dalam patogenisitas pada spesies inang yang berbeda dapat
menyebabkan masalah bagi program pengendalian VHS, yang terutama
didasarkan pada perlindungan industri produksi ikan trout pelangi yang signifikan.
Masalah utamanya adalah apakah penemuan VHSV laut pada ikan hidup bebas
di kawasan bebas VHSV yang disetujui harus mengarah pada pencabutan status
tersebut. Namun, telah diamati di sebagian besar Eropa bahwa VHS pada ikan
yang hidup bebas di lingkungan laut mempengaruhi status bebas VHS yang
disetujui hanya dalam beberapa kasus. Namun demikian, wabah trout pelangi
baru-baru ini di Norwegia disebabkan oleh genotipe III VHSV, genotipe laut yang
sampai saat itu tidak dianggap patogen untuk trout pelangi (Dale et al., 2009),
menunjukkan bahwa galur laut bukannya tanpa arti penting bagi industri trout
pelangi yang dibudidayakan.
Antibodi monoklonal (MAb) IP5B11 (Lorenzen et al., 1988) bereaksi
dengan semua isolat VHSV dari semua geno- dan serotipe. Sebagian besar
antibodi poliklonal yang dibangkitkan terhadap VHSV Tipe 1 (DK-F1) bereaksi
31
silang dengan semua isolat VHSV yang diketahui dalam uji antibodi fluoresen tidak
langsung (IFAT) dan uji imunosorben terkait-enzim (ELISA). Namun, dalam uji
netralisasi, VHSV dapat dibagi menjadi tiga subkelompok berdasarkan pola
netralisasi terhadap panel empat MAb penetralisir dan satu antibodi poliklonal
(Olesen et al., 1993). VHSV dengan demikian berbagi beberapa epitop antigenik,
meskipun pengelompokan sero tidak berkorelasi dengan genotipe yang
diidentifikasi menggunakan analisis urutan asam nukleat. MAbs secara khusus
bereaksi dengan kelompok VHSV yang berbeda dengan Isolat genogroup IV
Amerika/Jepang dan genogroup lb, telah dikembangkan (Ito et al. manuscripts in
prep).
mengetik VHSV yang paling diskriminatif adalah dengan sekuensing asam
nukleat. Perbandingan urutan banyak isolat VHSV oleh beberapa laboratorium
telah menunjukkan bahwa perbedaan genetik tampaknya terkait lebih ke lokasi
geografis daripada tahun isolasi atau spesies inang (Skall et al., 2005). Empat
genotipe utama memiliki telah diidentifikasi, berdasarkan urutan gen panjang
penuh dan/atau terpotong dari gen-N (Einer-Jensen et al., 2005, Snow et al., 2004,
Snow et al., 1999) G-gen (Einer-Jensen et al., 2004, Einer-Jensen et al., 2005)
dan NV-gen (Einer-Jensen et al., 2005):
Genotipe I : Beberapa sublineage (la-le) yang mengandung Isolat VHSV air tawar
Eropa, isolat dari daerah Laut Hitam dan sekelompok isolat laut dari Laut Baltik,
Kattegat. Skagerrak, Laut Utara dan Selat Inggris
Genotipe II : Sekelompok isolat laut dari Laut Baltik
Genotipe III : Isolat dari Laut Atlantik Utara (dari Flemish Cap (López-Vázquez et
al., 2006) ke pantai Norwegia (Dale et al., 2009), Laut Utara, Skagerrak dan
Kattegat.
32
Genotipe IV : Isolat Amerika Utara dan Jepang/Korea (dua sublineage IVa dan IVb
[Elsayed et al., 2006]).
Genotipe I sublineage Ib. Resolusi terbaik dari sublineage genotipe I diperoleh saat
menganalisis gen G full-length (Einer-Jensen et al., 2005).
Karena genotipe I terdiri dari VHSV yang diisolasi dari ikan laut liar, serta
isolat penyebab kematian pada trout pelangi dari benua Eropa, hubungan antara
jenis air tawar dan laut disarankan (Skall et al., 2005). Semua
Isolat Jepang dan Asia lainnya kecuali satu termasuk dalam genotipe IVa
Amerika Utara. Itu isolat yang tersisa termasuk dalam genotipe tradisional Eropa
lb (Nishizawa et al., 2002). Isolat ini dianggap memiliki diperkenalkan dari luar
Jepang.
Di Amerika Utara, setidaknya dua sublineage ditemukan: genotipe IVa di
pantai Pasifik dan genotipe IVb di Danau Besar. Isolat yang ditemukan di pantai
Atlantik Amerika Utara paling terkait dengan kelompok IVb tetapi secara tentatif
telah disarankan ditempatkan dalam subkelompok IVc
Kelangsungan hidup VHSV di luar inang tergantung pada kondisi fisiko-
kimiawi media berair (Ahne et al., 1982) dan pada suhu: virus bertahan lebih lama
pada suhu 4°C dibandingkan dengan 20°C (Parry et al., 1997). Virus telah
didokumentasikan untuk bertahan di air tawar selama 28-35 hari pada 4°C (Parry
et al., 1997) dan telah ditemukan infektif selama 1 tahun pada 4°C di air tawar yang
disaring (Hawley et al., 2008). Virus dapat bertahan lebih lama jika bahan organik
ditambahkan ke dalam air, seperti cairan ovarium atau produk darah seperti serum
sapi. Di air tawar mentah pada 15°C, waktu Inaktivasi 99,9% adalah 13 hari, tetapi
di air laut virus dinonaktifkan dalam waktu 4 hari. (Hawley et al., 2008). Dalam
33
penelitian lain yang menggunakan air laut pada suhu 15°C, infektivitas virus
berkurang 50% setelah 10 jam tetapi masih dapat pulih setelah 40 jam (Kocan et
al., 2001).
Membekukan ikan yang terinfeksi VHSV pada suhu beku komersial
kemudian mencairkan ikan tidak akan membunuh virus sepenuhnya, tetapi akan
menurunkan infektivitas atau titer virus sebesar 90% atau lebih (Arkush et al.,
2006). Artkush et al. mencatat bahwa virus hidup yang tersisa tetap berada di
jaringan ikan dan tidak hilang dalam air yang dicairkan dari ikan beku.
VHSV sensitif terhadap sejumlah disinfektan umum. Untuk ulasan lihat referensi
Bovo et al., 2005, Smail et al., 1999, Wolf et al., 1988.
2. Faktor Host
Reservoir VHSV adalah ikan yang terinfeksi secara klinis serta berperan
sebagai covert carriers di antara ikan budidaya, atau liar. Beberapa faktor
mempengaruhi kerentanan terhadap penyakit VHS. Dalam rainbow trout ada
variabilitas genetik untuk kerentanan (Henryon et al., 2002), dan usia ikan
tampaknya menjadi penting - semakin muda ikan semakin tinggi kerentanannya.
Pada umumnya ikan tua yang mengalami kematian VHS tinggi belum pernah
kontak dengan penyakit tersebut sebelumnya.
Selama dua dekade terakhir VHSV telah diisolasi dari peningkatan jumlah
spesies ikan laut dan air tawar (lihat Tabel 3). Sangat mungkin bahwa VHSV
endemik pada populasi ikan di wilayah yang luas di belahan bumi utara yang
beriklim sedang. Sejauh ini, telah diisolasi dari 82 spesies ikan yang berbeda di
seluruh belahan bumi utara, termasuk Amerika Utara, Asia dan Eropa. 11 spesies
34
ikan lebih lanjut telah terbukti rentan terhadap VHSV dalam kondisi eksperimental.
Jumlah spesies inang meningkat dengan meningkatnya upaya pemantauan.
Namun, spesies ikan yang paling rentan adalah rainbow trout terhadap genotipe
la, meskipun VHS juga dilaporkan menyebabkan kematian pada ikan turbot yang
dibudidayakan dan Japanese flounder. Kematian yang sangat parah telah diamati
dalam beberapa tahun terakhir di wilayah Great Lakes di Amerika Serikat dan
Kanada yang melibatkan setidaknya 28 spesies ikan air tawar. Semua VHSV yang
diisolasi dari wabah ini termasuk dalam genotipe IVb (United States Department
Of Agriculture, United States Department Of The Interior).
35
Tabel 3. Spesies ikan dari mana viral haemorrhagic septicaemia telah diisolasi
Ordo Famili Nama nama latin Referensi
umum
Salmoniformes Salmonidae Rainbow Oncorhynchu (Anonymou
(Salmons) (salmonids) trout s mykiss s, 2008,
Steelhead Skall et al.,
trout 2005,
Chinook Oncorhynchu USDA)
salmon s tshawytscha
Cono Oncorhynchu (Anonymou
salmon s kisutch: s, 2008,
Golden Oncorhynchu Skall et al.,
trout *2 s aquabonita 2005)
Chum Oncorhynchu (Anonymou
salmon*3 s keta s, 2008)
Sockeye Oncorhynchu
salmon*3 s nerka
Allantic Salmo salar (Anonymou
salmon s, 2008,
Skall et al.,
2005)
Brown trout Salmo trutta (Anonymou
s, 2008,
Skall et al.,
2005,USD
A)
36
Lake Salvelinus (Anonymou
trout*1 namaycush s, 2008,
Skall et al.,
2005)
Brook Salvelinus (Anonymou
trout*1 fontinalis s, 2008,
Grayling Thymallus Skall et al.,
thymellus 2005)
Whitefish Coregonus
spp.
Whitefish*1 Coregonus (Anonymou
lavaretus s, 2008)
Lake Coregonus (USDA)
whitefish clupeaformis
Esociformes Esocidae Muskellung Esox (Anonymou
e masquinongy s, 2008,
USDA)
Northern Esox lucius (Anonymou
pike s, 2008,
Skall et al.,
2005,
USDA)
Clupeiformes Clupeidae Atlantic Clupea (Anonymou
Gadidae herring harengus s, 2008,
Pacific Clupea Skall et al.,
herring pallasii 2005)
37
European Sprattus
sprat sprattus
South Sardinops
American sagax
pilchard
American Dorosoma (Anonymou
gizzard cepedianum S,
shad 2008,USD
A)
Gaddormes Atlantic cod Gadus (Anonymou
(cod) morhua s, 2008,
Pleuronectiforme Pacific cod Gadus Skall et al.,

s
(flatfish) macrocephalu 2005)
Haddock Melanogramm
us aegle finus
Poor cod Trisopterus
minutus
Norway Trisopterus
pout esmarki
Blue Micromesistiu
whiting s poutassou
Whiting Merlangius
merlangus
38
Alaska Theragra
Pollock chalcogramm
Pacific Microgadus (Skall et
tomcod proximus al., 2005)
Lotidae Fourbeard Enchelyopus (Anonymou
rockling cimbrius s, 2008,
Skall et al.,
2005)
Burbot Lota lota (USDA)
Merlucciidae (North) Merluccius (Anonymou
Pacific productus s, 2008,
hake Skall et al.,
Pleuronectidae Dab Limanda 2005)
limanda
Flounder Platichthys
flesus
European Pleuronectes
plaice platessa
English Parophrys
sole vetula
Greenland Reinhardtius
halibut Hippoglossoid
es
Marbled Pleuronectes (Anonymou
flounder*2 yokohamae s, 2008)
39
Atlantic Hippoglossus (Skall et
halibut*1 hippoglossus al., 2005)
Scophthalmida Turbot Scophthalmus (Anonymou
e maximus s, 2008,
Paralichthyida Japanese Paralichthys Skall et al.,
e floundor olivaceus 2005)
Soleidae Senegales Solea (Anonymou
e sole senegalensis s, 2008)
Siluriformes Ictaluridae Brown Ictalurus (USDA)
(catfish) (North bullhead nebulosus
American Channel Ictalurus
freshwater catfish punctatus
catfish)
Osmeriformes Argentinidae Lesser Argentina (Anonymou
argentine sphyraena s, 2008,
Osmeridae Eulachon Thaleichthys Skall et al.,
(smelts) pacificus 2005)
Surf smelt Hypomesus
pretiosus
Perciformes Ammodytidae Pacific Ammodytes
(perch-like) sand lance hexapterus
Sandeel Ammodytes
spp.
Pacific Ammodytes
sandeel personatus
40
Gobiidae Sand goby Pomatoschist
us minutus
Round Neogobius (Anonymou
goby melanostomu s, 2008,
s USDA)
Embiotocidae Shiner Cymatogaster (Anonymou
perch aggregata. s, 2008,
Skall et al.,
2005)
Centrarchidae Largemout Micropterus (Anonymou
(sunfish) h bass salmoides s, 2008,
Skall et al.,
2005,
USDA)
Smallmout Micropterus (Anonymou
h bass dolomieu s, 2008,
Bluegill Lepomis USDA)
macrochirus
Black Pomoxis
crappie nigromaculatu
Rock bass Ambloplites (USDA)
rupestris
Pumpkinse Lepomis
ed gibbosus
41
Sciaenidae Freshwater Aplodinotus (Anonymou
drum grunniens s, 2008,
Percidae Yellow Perca USDA)

(perches)
perch flavescens
Walleye Sander
vitreus
Scombridae Chub Scomber (Anonymou
mackerel, japonicus s, 2008,
Pacific Skall et al.,
mackerel 2005)
Moronidae White bass Morone (Anonymou

(temperate
basses) chrysops s, 2008,
USDA)
Striped Morone (Anonymou
bass saxatilis s, 2008)
White Morone (USDA)
perch americana
Sparidae Gilthead Sparus aurata (Anonymou
seabream s, 2008)
Black Acanthopagru
porgy*2 s schlegeli
Moronidae European Dicentrarchus (Anonymou

(temperate
bass) seabass*1 labrax s, 2008,
Skall et al.,
2005)
42
Black Acanthopagru (Skall et
porgy*2 s schlegel al., 2005)
Rod Pagrus major (Anonymou
seabream* s, 2008,
2 Skall et al.,
Carangidae Japanese Seriola 2005)
amberjack* quinqueradiat
2 a
Serranidae Hong Kong Epinephelus
grouper*2 akaara
Scorpaeniformes Anoplopomatid Sablefish Anoplopoma

ae (sablefish)
(scorpionfish and fimbria
flatheads) Sebastidae Black Sebastes

(Rockfish,
rockcod and rockfish inermis
thomyheads)
Mebaru
(Japanese)
Schlegel’s Sebastes
black schlegel
rockfish*2
Anguilliformes Anguillidae European Anguilla
eel Anguilla
Cyprinodontiform Fundulidae Mummicho Fundulus
es g heteroclitus
Gasterosteiform Gasterosteida Three- Gasterosteus

e
es spined aculeatus
stickleback
43
Aulorhynchida Tube-snout Aulorhynchus
e
flavidus
Cypriniformes Catostomidae Silver Moxostoma (Anonymou
(carp) redhorse anisurum s, 2008,
Shorthead Moxostoma USDA)
redhorse macrolepidotu
Cyprinidae Bluntnose Pimephales (USDA)

(minnows or
carp) minnow notatus
Emerald Notropis
shiner atherinoides
Spottail Notropis
shiner hudsonius
Iberian Chondrostom (Anonymou
nase a polylepis s, 2008)
Zebra Danio rerio
danio*2
Percopsiformes Percopsidae Trout perch Percopsis (USDA)

(trout perch)
(trout porch, omniscomayc
pirate porch and us
cavefish)
Petromyzontifor Petromyzontid European Lampetra (Anonymou

ae (lamprey)
mes (lamprey) river fluviatilis s, 2008)
lamprey.
1. Uji coba infeksi, perendaman 2. Uji coba infeksi, injeksi IP 3. PCR saja
Sumber : Manual of Diagnostic Tests for Aquatic Animals (2009)
44
VHS dapat menyebabkan penyakit dan kematian pada semua tahap
kehidupan ikan rentan. Infeksi akan mengakibatkan pengembangan kekebalan
protektif di daerah endemik; penyakit ini karena itu lebih banyak populasi muda,
bukan ikan yang sebelumnya terinfeksi. VHSV tidak diketahui menginfeksi telur
ikan.
Dalam survei ikan laut liar, VHSV telah diisolasi dari sebagian besar
periode tahun. Hanya sedikit benih yang telah diuji karena mereka biasanya tidak
tertangkap selama survei. Prevalensi virus tertinggi ditemukan pada ikan shoaling,
seperti herring, sprat, Norway pout, dll. (Skall et al., 2005).
Pada tahap septik penyakit, virus berlimpah di semua jaringan termasuk
kulit dan otot. Target organ ginjal, jantung dan limpa karena ini adalah tempat di
mana virus paling melimpah. Secara bertahap, titer virus bisa menjadi tinggi di otak
(Smail et al., 1999, Wolf et al., 1988).
d. Infeksi Persisten Dengan Pembawa Seumur Hidup
Beberapa penyintas epizootik akan menjadi pembawa virus jangka panjang.
e. Vektor
Mengingat banyaknya spesies yang rentan, tidak ada spesies ikan vektor
yang telah diidentifikasi karena virus tersebut diharapkan dapat berkembang biak
di semua teleost. Pada banyak spesies ikan, tanda-tanda klinis, bagaimanapun,
tidak pernah diamati pada individu yang terinfeksi.
3. Pola Penyakit
45
Pengetahuan tentang mekanisme penularan virus terutama berasal dari
studi isolat VHSV ikan rainbow trout dari Eropa; ini telah menunjukkan penularan
horizontal melalui kontak dengan ikan lain yang terinfeksi atau air yang
terkontaminasi, dll. Virus dikeluarkan dari ikan yang terinfeksi melalui urin (Smail
et al., 1999) dan cairan reproduksi dan juga dapat ditransfer oleh burung piscivora
sebagai vektor mekanis eksternal (Olesen et al., 1982, Peters et al., 1986).
Transmisi mudah terjadi pada kisaran suhu 1-15 °C tetapi dapat terjadi hingga 20
°C. Waktu inkubasi tergantung pada suhu dan dosis; itu adalah 5-12 hari pada
suhu yang lebih ttinggi
Selama dan segera setelah wabah, virus dapat diisolasi dengan mudah
dalam kultur sel (Wolf et al., 1988). Jaringan ginjal, jantung dan limpa
menghasilkan titer virus tertinggi.
Pada ikan pembawa (sehat secara klinis), deteksi VHSV lebih bermasalah
(Skall et al., 2005). VHSV akan tumbuh dalam kisaran garis sel ikan, dengan garis
sel BF-2 menjadi yang paling sensitif terhadap infeksi oleh galur Eropa air tawar
(Skall et al., 2005). Kerentanan sel diberi peringkat dalam urutan BF-2, FHM, RTG-
2, dan EPC (Lorenzen et al., 1999), tetapi galur sel ikan lainnya, seperti CHSE-
214 dan SSN-1, juga rentan. Kerentanan garis sel terhadap infeksi akan
tergantung pada berbagai parameter termasuk garis keturunan sel dan perbedaan
strain virus; dengan demikian tampak bahwa garis sel EPC mungkin lebih rentan
terhadap isolat VHSV genotipe IV daripada isolat tipe I hingga III (Skall et al.,
2005),
Status pembawa spesies ikan air tawar VHSV sudah mapan (Enzmann et
al., 1985, Jørgensen et al., 1982). Status virologi dari pembawa tersebut akan
tergantung pada berbagai parameter termasuk lamanya waktu setelah paparan
46
awal dan kedekatan geografis dengan outlet peternakan ikan. Sejak penemuan
strain VHSV pada spesies laut, telah ada sejumlah penelitian yang melibatkan
pengambilan sampel ekstensif dari berbagai spesies ikan dari perairan pesisir
benua Eropa (Skall et al., 2005), Inggris (Skall et al., 2005), Amerika Utara (Hedrick
et al., 2003) dan Jepang (Takano et al., 2000). Dalam studi ini, sampel dianalisis
untuk keberadaan virus dengan inokulasi ke garis sel ikan. Dalam beberapa
penelitian, sampel ikan dikumpulkan dan oleh karena itu penentuan prevalensi
yang tepat sulit dilakukan. Namun demikian, berdasarkan isolasi virus dalam kultur
sel dan terlepas dari spesies ikan yang diperiksa, prevalensi VHSV pada spesies
ikan laut yang dijadikan sampel dalam penelitian ini berada pada kisaran 0,0-
16,7% (95% confidence interval 8,7-27,5%) (Skall et al., 2005).
Penyakit umumnya terjadi pada suhu antara 4°C dan 14°C. Pada suhu air
antara 15°C dan 18°C, penyakit ini umumnya berlangsung singkat dengan
akumulasi kematian yang sedang. Penyakit jarang terjadi pada suhu yang lebih
tinggi, meskipun VHSV yang ditemukan di Great Lakes telah menyebabkan
setidaknya satu ikan mati pada 20-22°C di New York (A. Noyes, pers.com) dan
VHSV telah ditunjukkan secara eksperimental untuk mereplikasi pada suhu naik
hingga 25°C (M. Faisal, pers.com.)
Suhu air yang rendah (1-5 °C) umumnya mengakibatkan perjalanan
penyakit yang diperpanjang dengan kematian harian yang rendah tetapi akumulasi
kematian yang tinggi. Wabah VHS terjadi di semua musim, tetapi paling sering
terjadi di musim semi ketika suhu air naik atau berfluktuasi. Untuk ulasan kondisi
yang lebih rinci, lihat ulasan oleh Wolf (Wolf et al., 1988) dan Small (Smail et al.,
1999).
47
Penularan terutama terjadi secara horizontal melalui air, dengan ekskresi
virus dalam urin (Smail et al., 1999). Studi menggunakan pencitraan
bioluminesensi ikan trout hidup yang terinfeksi IHNV virulen rekombinan, virus
yang sangat mirip dengan VHSV, membawa gen reporter, secara elegan
menggambarkan bahwa hasil virus pada kulit ikan sangat tinggi (Bremont et al.,
2005). Ini masih harus diperiksa untuk ikan yang terinfeksi VHS, tetapi diperkirakan
bahwa ekskresi langsung virus dari kulit merupakan sumber penyebaran virus
yang signifikan (Smail et al., 1999). Tidak ada indikasi atau bukti penularan vertikal
VHSV yang sebenarnya (Bovo et al., 2005).
b. Prevalensi.
Sampai akhir 1980-an, VHS dianggap terbatas pada rainbow trout yang
dibudidayakan di benua Eropa, dengan isolasi sesekali dari sejumlah spesies ikan
air tawar lainnya (misalnya trout coklat, pike [Meier et al., 1980, Schlotfeldt et al.,
1988]) dengan Skandinavia (kecuali Denmark), Inggris Raya, dan Irlandia bebas
VHS. Dengan deteksi dan isolasi VHSV dari salmon Pasifik di lepas pantai Pasifik
Amerika Utara pada akhir 1980-an, penelitian selanjutnya telah menunjukkan
bahwa VHSV terjadi pada banyak spesies ikan budidaya dan liar di sepanjang
pantai Pasifik dan Atlantik Amerika Utara (Skall et al., 2005), di Great Wilayah
danau Amerika Utara (United States Department Of The Interior, Us Geological
Survey) laut di sekitar Inggris (Skall et al., 2005), Laut Baltik, Skagerrak dan
Kattegat (Skall et al., 2005), di perairan sekitar Jepang (Skall et al., 2005), dan di
wilayah Laut Hitam, dengan genotipe yang berbeda le (Nishizawa et al., 2006).
Selama dua dekade terakhir. VHSV telah diisolasi dari ikan liar di seluruh
daerah beriklim belahan bumi utara, baik di perairan tawar dan laut (Skall et al.,
2005). Wabah VHS pada ikan trout pelangi yang dibudidayakan, bagaimanapun,
hanya dialami di Eropa, di mana masih dianggap sebagai salah satu penyakit virus
48
paling serius dalam budidaya. Di Amerika, VHS terutama menyebabkan kematian
pada ikan liar (Meyers et al., 1995, Skall et al., 2005, United States Department Of
The Interior, Us Geological Survey). Di Asia, ada laporan wabah klinis di flounder
Jepang yang dibudidayakan serta isolasi dari spesies ikan liar (Skall et al., 2005).
Mortalitas bervariasi, tergantung pada banyak kondisi lingkungan dan
fisiologis, kebanyakan dari mereka tidak sepenuhnya ditentukan. Penyakit ini
secara umum merupakan penyakit air dingin dengan kematian tertinggi pada suhu
sekitar 9-12°C. Benih trout pelangi kecil (0,3-3 g) paling rentan terhadap genotipe
la dengan kematian mendekati 100%, tetapi semua ukuran ikan trout pelangi dapat
terpengaruh dengan kematian berkisar antara 5 hingga 90%. Percobaan infeksi
perendaman juga menyebabkan kematian hingga 100% pada ikan hering Pasifik
ketika terinfeksi dengan genotipe IVa (Skall et al., 2005).
Wabah VHS telah dilaporkan di lingkungan air tawar dan air laut dengan
salinitas hingga 36% dan pada suhu berkisar antara 2 hingga 20°C. Sebagian
besar wabah penyakit diamati pada musim semi ketika suhu berfluktuasi.
Gambar 4. Seekor ikan dari Danau St. Clair berpotensi terinfeksi viral
hemorrhagic septicemia, virus yang sangat menular.
Sumber : Michigan Department of Natural Resources, 2017
49
2.6.5. Tilapia Lake Virus (TiLV)
1. Faktor agen
a. Etiologi Agen
Menurut publikasi ilmiah, TILV telah diidentifikasi dari sampel yang
dikumpulkan di Israel (Eyngor et al. 2014), Mesir (Fathi et al., 2017), Ekuador
(Tsofack et al. 2017), Kolombia (Tsofack et al. 2016) dan Thailand (Dong et al.,
2017a; Surachetpong et al., 2017).
Virus ini telah digambarkan sebagai virus RNA beruntai tunggal, negatif-
sense, dengan 10 segmen yang mengkode 10 protein (Eyngor et al. 2014;
Bacharach et al. 2016; Surachetpong et al. 2017) dengan diameter antara dan 55
dan 100 nm (Ferguson et al., 2014; Eyngor et al., 2014; del-Pozo et al., 2017;
Surachetpong et al., 2017). Semua 10 segmen berisi kerangka baca terbuka
(ORF), dengan segmen terbesar, segmen 1, berisi kerangka baca terbuka dengan
homologi urutan lemah terhadap subunit virus influenza C PB1 (Bacharach et al.
2016). Segmen yang tersisa tidak menunjukkan homologi dengan virus lain yang
diketahui (Eyngor et al., 2014; Bacharach et al. 2016); namun urutan
komplementer yang dilestarikan pada ujung 5' dan 3’ konsisten dengan organisasi
genom yang ditemukan pada orthomyxovirus (Bacharach et al., 2016). Partikel
virus diketahui sensitif terhadap pelarut organik (eter dan kloroform), karena
membran lipidnya (Eyngor et al. 2014).
2. Faktor Host
50
Spesies budidaya yang terkena dampak termasuk nila hibrida
(Oreochromis niloticus x O. aureus hybrids) di Israel (Eyngor et al. 2014); Ikan nila
(O niloticus) di Mesir (Fathi et al. 2017), Ekuador (Ferguson et al. 2014) dan
Thailand (Dong et al. 2017a; Surachetpong et al. 2017); dan nila merah
(Oreochromis sp.) di Thailand (Dong et al. 2017a: Surachetpong et al. 2017). Di
Israel, TILV juga telah diidentifikasi dari berbagai spesies ikan nila liar (termasuk
Sarotherodon galilaeus, Tilapia zilli, Oreochromis aureus, dan Tristamellasimonis
intermedia) di Laut Galilea (Eyngor et al. 2014).
Kemungkinan kerentanan strain O. niloticus telah diamati pada wabah di
Ekuador, dengan perbedaan 60-70% dalam tingkat kematian yang diamati antara
dua strain ikan yang berbeda (Ferguson et al. 2014)
Ikan belanak abu-abu (Mugil cephalus) dan ikan mas (Cyprinus carpio)
yang dibudidayakan bersama tidak menunjukkan kematian selama wabah
penyakit di Israel (Eyngor et al. 2014). Demikian pula, belanak abu-abu yang
dibudidayakan bersama dan belanak berbibir tipis (Liza ramada) ditemukan tidak
terpengaruh selama wabah Mesir (Fathi et al. 2017).
Di Israel, kematian telah diamati pada kisaran berat yang luas (Eyngor et
al. 2014). Ikan ukuran Fingerlings telah terpengaruh di Ekuador (Ferguson et al.
2014) dan Thailand (Dong et al. 2017a; Surachetpong et al., 2017). Selain itu, ikan
kecil (hingga 50 g) terpengaruh di Thailand (Surachetpong et al., 2017).
Selanjutnya, sebuah studi terbaru di Thailand menggunakan sampel yang
diarsipkan dan segar yang dikumpulkan antara tahun 2012 dan 2017 dari empat
tempat penetasan menemukan telur yang dibuahi, larva kantung kuning telur, fry,
dan benih ikan positif untuk TILV (Dong et al., 2017b), Di Mesir, ikan berukuran
sedang (>100 g) dan besar telah dipengaruhi oleh penyebab kematian yang tidak
51
diketahui selama bulan-bulan musim panas, yang biasa disebut sebagai "kematian
musim panas," beberapa di antaranya telah dites positif TILV (Fathi et al., 2017).
c. Target Organ dan Jaringan Yang Terinfeksi.
Dalam sampel yang dikumpulkan dari Thailand, hibridisasi in situ
menghasilkan sinyal positif di banyak organ (hati, ginjal, otak, insang, limpa dan
jaringan ikat otot), dengan sinyal terkuat yang ditemukan di hati, ginjal, dan insang
(Dong et al., 2017a). Dalam sampel yang berasal dari Ekuador, kecenderungan
virus terhadap hati dan saluran pencernaan disarankan, dengan tropisme yang
jelas untuk epitel hati (del-Pozo et al., 2017)
3. Pola Penyakit
Durasi kelangsungan hidup di luar inang belum ditentukan; namun secara
horizontal, penyebaran melalui air telah ditunjukkan dalam kondisi eksperimental
(Eyngor et al. 2014). Infeksi eksperimental (baik injeksi intraperitoneal dan
tantangan kohabitasi) telah menghasilkan penyakit klinis yang menyerupai wabah
alami, termasuk dalam 10 hari tingkat kematian yang tinggi (hingga 80%) pasca
infeksi (Eyngor et al. 2014). Studi tantangan terbaru (intraperitoneal Hasil dari
hibridisasi in situ menunjukkan bahwa replikasi dan transkripsi TILV terjadi di lokasi
patologi (yaitu hati dalam sampel dengan lesi hati dan sistem saraf pusat dalam
sampel dengan lesi sistem saraf pusat) (Bacharach et al. 2016)
b. Distribusi Geografis
Publikasi ilmiah telah melaporkan deteksi TILV dalam sampel yang berasal
dari Israel (Eyngor et al., 2014), Mesir (Fathi et al. 2017), Ekuador (Bacharach et
al. 2016; Tsofack et al., 2017), Kolombia (Tsofack et al. 2017) dan Thailand (Dong
et al.,. 2017a; Surachetpong et al., 2017).
Di Israel antara Mei 2011 dan Juli 2013, isolat TiLV. diperoleh dari sampel
stok liar di Laut Galilea, serta dari stok budidaya di daerah budidaya utama (pantai
52
pesisir, Lembah Yordan dan Galilea Atas dan Bawah) (Eyngor et al. 2014). Di
Mesir, 37% dari tambak ikan yang dipilih secara acak di area budidaya utama (Kafr
el Sheikh, Behera, Sharkia) dipengaruhi oleh kematian musim panas ketika diambil
sampelnya pada tahun 2015 (Fathi et al., 2017).
TILV telah terdeteksi di satu peternakan di Ekuador di mana benih diambil
sampelnya pada tahun 2011 dan 2012 (Ferguson et al., 2014; Bacharach et al.,
2016), sementara tidak ada deskripsi kasus yang diberikan untuk sampel positif-
TILV dari Kolombia (Tsofack et al., .2017).
Tiga peternakan di tiga provinsi Thailand (Phetchaburi dan Chai Nat
sampel pada 2016 dan Pathum Thani sampel 2017) dilaporkan TILV-positif oleh
Dong et al. (2017a). Surachetpong et al., (2017) melaporkan 22 dari 32
peternakan, diambil sampelnya antara Oktober 2015 dan Mei 2016, menjadi positif
TILV (provinsi Ang Thong, Chai Nat, Chachoengsao, Kanchanaburi, Khon Kaen,
Nakhon Ratchasima, Pathum Thani, Phitsanulok dan Ratchbuni), sedangkan 10
peternakan negatif TILV berlokasi di tiga provinsi lain (Samut Songkhram, Prachin
Buri dan Nong Khai) (Surachetpong et al., 2017). TILV telah ditemukan dalam
sampel yang diarsipkan di Thailand yang berasal dari tahun 2012 (Dong et al.,
2017).
c. Mortalitas dan Morbiditas.
Bibit yang terkena dampak di Ekuador biasanya terdeteksi dalam empat
hingga tujuh hari setelah pemindahan ke kolam pembesaran, dengan mortalitas
berkisar dari tingkat rendah 10-20% hingga tingkat tinggi 80% tergantung pada
jenis ikan (Ferguson et al., 2014) . Variasi kematian telah dilaporkan dari Thailand
di peternakan dengan spesies yang berbeda dan kombinasi bentuk produksi, mulai
dari sekitar 20% di peternakan dengan penebaran campuran nila merah dan nila
di kolam tanah di provinsi Phetchaburi hingga sekitar 90% di peternakan dengan
53
Ikan nila di provinsi Pathum Thani dan budidaya dengan ikan nila merah di
keramba terbuka di provinsi Chai Nat (Dong et al., 2017a).
d. Faktor Lingkungan
Wabah klinis telah dilaporkan selama musim panas, yaitu Mei hingga
Oktober (pada suhu air 22°C hingga 32°C) di Israel (Eyngor et al., 2014), Juni
hingga Oktober (≥25°C) di Mesir (Fathi et al., 2017) dan Mei hingga November
(25°C hingga 27°C) di Ekuador (Ferguson et al., 2014). Beberapa sampel yang
menghasilkan deteksi TILV positif di Thailand dikumpulkan pada bulan-bulan
antara Oktober dan Mei (Surachetpong et al., 2017). Di Mesir, ukuran peternakan
besar, padat tebar tinggi, dan polikultur ikan nila-belanak telah diidentifikasi
sebagai faktor risiko wabah TILV (Fathi et al., 2017).
Gambar 5. Ikan Nila yang terserang TiLV

Sumber : Eriawati (2019)
2.7. Pengendalian Penyakit Viral
Pengendalian penyakit viral ini lebih di tekankan pada upaya pencegahan
dan membatasi penularan, beberapa upaya yang dapat dilakukan antara lain :
1. Penggunaan benih dan induk bebas virus
2. Kontrol kualitas air.
3. Pembersihan karier di lingkungan tambak.
54
2.8. Polymerase Chain Reaction (PCR)
PCR adalah singkatan dari Polymerase Chain Reaction. Teknik ini
merupakan teknik perbayakan DNA secara in vitro. Dalam sistem kerjanya, PCR
dilandasi oleh struktur DNA. Dalam keadaan nativenya, DNA merupakan double
helix, yang terdiri dari dua buah pita yang berpasangan anti paralel antara satu
dengan yang lain dan berkaitan dengan ikatan hydrogen. Ikatan hidrogen
terbentuk antara basa-basa yang komplementer, yaitu antara basa adenin (A)
dengan timin (T), dan guanin (G) dengan sitosin (C) (Mulado, 2003).
PCR (Polymerase Chain Reaction) merupakan salah satu teknik untuk
mempelajari biologi molekuler. Merupakan metode enzimatis yang digunakan
untuk melipatgandakan secara eksponensial suatu nukleotida tertentu dengan
cara in vitro. Metode ini sangat sensitif, sehingga dapat digunakan untuk
melipatgandakan suatu molekul DNA (Widowati, 2013).
Proses PCR melibatkan beberapa tahap yaitu: (1) pra-denaturasi DNA
template; (2) denaturasi DNA template; (3) penempelan primer pada template
(Annealing); (4) pemanjangan primer (Extension) dan (5) pemantapan (Post-
extension). Tahap 2 sampai dengan 4 merupakan tahapan berulang (siklus),
dimana pada setiap siklus terjadi duplikasi jumlah DNA (Darmo dan Ari, 2000).
2.8.1. Tahapan Proses Polymerase Chain Reaction (PCR)
a. Ekstraksi
Ekstraksi merupakan proses pemisahan asam nukleat (DNA/RNA)
patogen dari sel inangnya. Hal ini sesuai dengan pendapat Sulandari (2003), yang
menyatakan bahwa prinsip dasar ekstraksi DNA/RNA adalah serangkaian proses
untuk memisahkan DNA/RNA dari komponen-komponen lainnya yaitu
penghancuran dinding sel, penghilangan protein dan pengendapan asam nukleat.
55
Ekstraksi dan purifikasi DNA pada dasarnya merupakan serangkaian
proses pemisahan DNA dari komponen-komponen sel lainnya. Ekstraksi DNA
pada organisme eukariot dilakukan melalui proses penghancuran dinding sel (lysis
of cell walls), penghilangan protein dan RNA (cell digestion), dan pengendapan
DNA (precipitation) dan pemanenan (OIE, 2003).
Proses tahapan ekstraksi DNA adalah menjadikan bahan sampel menjadi
supernatan, menghomogenkan sampel. Sampel disentrifuge dengan kecepatan
dan waktu yang berbeda-beda tiap prosesnya. Adapun maksud dari
homogenisasi adalah proses penyatuan antara komponen-komponen dalam
dalam supernatant sesuai dengan fraksi berat komponen untuk mendapatkan DNA
templat. Sedangkan sentrifuge adalah proses untuk menghilangkan hancuran sel-
sel atau komponen-komponen antara protein lain agar mendapatkan DNA
template (OIE, 2003).
Proses sentrifuge adalah suspensi jaringan disentrifuge dengan kecepatan
rendah sehingga menghasilkan endapan yang mengandung sel utuh, inti dan
sitoskeleton. Proses selanjutnya, supernatan diputar dengan kecepatan sedang
sehingga menghasilkan endapan yang mengandung mitokondria dan lisosom
peroksisom. Kemudian supernatan diputar dengan kecepatan tinggi sehingga
mengandung endapan mikrosom dan versikel kecil. Proses terakhir adalah
supernatan diputar dengan kecepatan yang sangat tinggi sehingga menghasilkan
endapan yang mengandung ribosom, virus dan makro molekul. (Hutami, et al.,
2017).
b. Amplifikasi
Amplifikasi DNA adalah proses penggandaan DNA cetakan dengan
bantuan enzim dan primer serta suhu yang sudah diatur sehingga diperoleh
sejumlah DNA tertentu (OIE, 2003). Amplifikasi DNA dibagi menjadi tiga tahap.
Pertama, denaturasi cetakan DNA beruntai ganda pada suhu di atas 90 °C
56
sehingga menjadi DNA cetakan berantai tunggal. Kedua, penempelan (annealing)
primer oligonukleotida ke DNA cetakan beruntai tunggal biasanya pada suhu 50
°C – 60 °C sehingga primer akan membentuk jembatan hidrogen dengan cetakan
pada daerah sekuen yang komplementer dengan sekuen primer. Suhu dimana
primer annealing biasanya diistilahkan dengan Melting temperature (Tm). Ketiga,
perpanjangan (ekstension) fragmen DNA dengan enzim polimerase dan primer
untuk menghasilkan kopi DNA yang dapat berfungsi sebagai DNA cetakan untuk
siklus selanjutnya yang berlangsung pada suhu 70 °C – 78 °C.
Kedua DNA cetakan asli dan target yang teramplifikasi selanjutnya
berfungsi sebagai substrat untuk proses denaturasi, penempelan primer dan
perpanjangan fragmen DNA. Berdasarkan teori, setiap siklus akan menggandakan
jumlah kopi target DNA sehingga terjadi amplifikasi geometri. Amplifikasi DNA
target sebanyak 25 siklus akan menghasilkan 33 juta kopi. Setiap penambahan 10
siklus menghasilkan 1024 lebih kopi.
Rataan perubahan suhu atau tahapan lamanya inkubasi di setiap suhu dan
jumlah waktu setiap siklus yang diulang, dikontrol dengan suatu program dari alat
thermal cycler. Jumlah siklus amplifikasi PCR harus dioptimasi tergantung pada
konsentrasi awal DNA target. Minimal diperlukan 25 siklus untuk dapat
melipatgandakan satu kopi sekuen DNA target sehingga hasil PCR dapat dilihat
secara langsung dengan menggunakan agar elektroforesis (OIE, 2003).
c. Elektroforesis
Elektroforesis adalah proses pemisahan fragmen DNA hasil dari
amplifikasi sehingga didapatkan ukuran tertentu berat molekul dari suatu DNA.
Prinsip kerja gel elektroforesis dimulai saat makro molekul yang bermuatan listrik
ditempatkan pada medium berisi tenaga listrik. Molekul-molekul tersebut akan
bermigrasi menuju kutub positif atau kutub negatif berdasarkan muatan yang
terkandung di dalamnya. Molekul-molekul yang bermuatan negatif (anion) akan
57
bergerak menuju kutub positif (anoda), sedangkan molekul-molekul yang
bermuatan positif (kation) akan bergerak menuju kutub negatif (katoda).
Kecepatan migrasi ditentukan oleh panjang-pendek pita DNA. Semakin kecil
molekul DNA maka semakin cepat migrasi molekul DNA melewati gel (Sulandri,
2003).
d. Pembacaan hasil
Pembacaan hasil adalah pembacaan hasil elektroforesis yang dibaca
dengan bantuan sinar UV serta pendaran warna dari Ethidium Bromide dan
pengamatan dengan yang sudah ditambahkan pada Agarose. Pemberian
Ethidium Bromide adalah untuk mendeteksi asam nukleat bentuk tunggal atau
ganda (baik DNA atau RNA). Dalam Ethidium Bromide terdapat substansi yang
mengandung gugus planar yang terdapat diantara basa-basa DNA yang
tertumpuk. Posisi yang tetap gugus ini dan letaknya berdekatan dengan basa-basa
menyebabkan zat warna yang terikat pada DNA menunjukkan peningkatan
fluoresensi dibanding zat warna yang bebas dalam larutan (OIE, 2003).
58
III. METODOLOGI
3.1. Waktu dan Tempat Pelaksanaan
Kegiatan Kerja Praktek Akhir (KPA) dilaksanakan Di Laboratorium Biologi
Molekuler, Balai Karantina Ikan, Pengendalian Mutu & Keamanan Hasil Perikanan
Kelas 1 Surabaya II. Kegiatan ini dilaksanakan pada tanggal 21 Maret 2022
sampai dengan 1 Juli 2022. Data yang digunakan didapat dari data sampel lalu
lintas perikanan yang akan diperiksa, sesuai dengan ketentuan yang berlaku yaitu
Keputusan Menteri Kelautan Perikanan No.91 Tahun 2018.
3.2. Metode Kerja Praktek Akhir (KPA)
Metode yang digunakan dalam Kerja Praktek Akhir ini adalah metode survei
dengan menggunakan pola partisipasi langsung. Menurut Nazir (2003), metode survei
adalah penyelidikan yang diadakan untuk memperoleh fakta-fakta dari gejala-gejala
yang ada dan mencari keterangan-keterangan secara faktual, baik tentang institusi
sosial,ekonomi, atau politik dari suatu kelompok ataupun suatu daerah. Sedangkan
untuk mendapatkan keterampilan digunakan pola partisipasi langsung terhadap seluruh
kegiatan yang ada pada unit usaha tersebut. Yang dimaksud partisipasi langsung
adalah ikut melaksanakan seluruh kegiatan pada unit tersebut.).
Tahapan pengambilan data pada kegiatan Kerja Praktek Akhir (KPA),
sebagai berikut :
59
Studi Literatur
Pembuatan Proposal
Kerja Praktek Akhir
Analisis Data
Pembuatan Laporan KIPA
Gambar 6. Tahapan Kerja Praktek Akhir

Sumber : Data Primer (2022)
3.3. Teknik Pengumpulan Data
Fase terpenting dari penelitian adalah pengumpulan data. Pengumpulan
data tidak lain dari suatu proses pengadaan data untuk keperluan penelitian, agar
dapat memperoleh temuan.
Teknik pengumpulan data yang digunakan pada Kerja Praktek Akhir (KPA)
ini adalah metode observasi dan wawancara.
1. Observasi
Menurut Narbuko dan Achmadi (2001) observasi adalah pengumpulan
data yang dilakukan dengan cara mengamati dan mencatat secara sistematis
gejala-gejala yang diamati.
60
Adapun jenis observasi yang diterapkan dalam kegiatan Kerja Praktek Akhir
(KPA) ini adalah observasi partisipan, yaitu mengikuti seluruh kegiatan dalam
proses identifikasi virus pada sampel ikan dan udang, yang meliputi proses
nekropsi, pengamatan gejala klinis, ekstraksi, amplifikasi, elektroforesis,
kemudian pembacaan hasil.
2. Wawancara
Wawancara merupakan suatu kegiatan dilakukan untuk mendapatkan
informasi secara langsung dengan mengungkapkan pertanyaan-pertanyaan pada
para responden. Wawancara bermakna berhadapan langsung antara interview
dengan responden, dan kegiatannya dilakukan secara lisan (Subagyo, 2011).
Pengertian wawancara menurut Narbuko dan Achmadi (2001) adalah
proses tanya jawab dalam penelitian yang berlangsung secara lisan, dilakukan
oleh dua orang atau lebih, bertatap muka, mendengarkan secara langsung
informasi dan keterangan. Wawancara dilakukan dengan acuan daftar kuisioner
yang dibuat.
3.4. Teknik Pengolahan dan Analisis Data
Analisis data adalah proses menyusun secara sistematis data yang
diperoleh dari hasil wawancara, catatan lapangan dan dokumentasi, dengan cara
mengorganisasikan data kedalam kategori, menjabarkan kedalam unit-unit,
melakukan sintesa, menyusun kedalam pola, memilih mana yang penting dan
yang akan dipelajari dan membuat kesimpulan sehingga mudah dipahami oleh diri
sendiri maupun orang lain (Sugiyono, 2014).
Teknik analisis data mempunyai prinsip yaitu untuk mengolah data dan
menganalisis data yang terkumpul menjadi data yang sistematis, teratur,
terstruktur dan mempunyai makna. Data yang telah diperoleh diolah dalam bentuk
61
tabel yang terdiri dari jenis sampel, organ target virus dan hasil identifikasi virus
yang menginfeksi ikan dan udang.
3.5. Metode Identifikasi Virus
Metode yang digunakan untuk pemeriksaan virus di Balai KIPM Surabaya
II, dengan pemeriksaan biologi molekuler yaitu PCR (Polymerase Chain Reaction),
yang mengacu pada journal OIE & IKM (Instruksi Kerja Metode) BKIPM Surabaya
II. PCR melibatkan 3 proses yaitu ekstraksi, amplifikasi, elektroforesis. Namun,
sebelum memulai seluruh proses, perlu disiapkan alat yang sebelumnya
disterilisasi serta perlu adanya preparasi sampel.
3.5.1. Sterilisasi
a. Alat & bahan
Alat & bahan yang digunakan pada tahap sterilisasi antara lain autoclave,
aluminium foil, dan kertas.
b. Prosedur Kerja
Membungkus Masukkan Ke Sterilisasi suhu Keluarkan

Alat & Bahan Autoclave 121°C 15 mnt Setelah Dingin
Gambar 7. Diagram Alur Sterilisasi

Sumber : Data Sekunder Balai KIPM Surabaya II (2022)
3.5.2. Nekropsi
a. Alat & bahan
62
Alat & bahan yang digunakan pada tahap Nekropsi antara lain pisau besar,
nampan, dissecting sets, timbangan digital, plastic klip besar & kecil, sampel ikan
dan udang.
b. Prosedur Kerja
Bedah Hingga Ambil &

Cacah Hingga
Ikan Besar Organ Target Timbang Organ
3.5.3. Halus
Terlihat Target
3.5.4.
Ambil &
Cacah Hingga
Udang Timbang Organ
Halus
Target
Ikan Kecil & Cacah Hingga

Benur Halus
Gambar 8. Diagram Alur Nekropsi

3.5.3. Ekstraksi
a. Alat & bahan
Alat & bahan yang digunakan pada tahap Ekstraksi antara lain Pellet
Pestle, Mikropipet 1000 & 200 μl, Laminary Air Flow, Dissecting Sets, Vortex Mixer,
Microsentrifuge, Dry Block, Botol Sprayer, GT Buffer, Ethanol 70%, Kit Silica
Ektraction, DEPC DDH₂O, Mikrotube 1,5 ml, Mikrotip.
63
b. Prosedur Kerja
Masukkan 30 Supernatan 600

mg sampel ke GT Buffer 900 μl
Vortex + sentrifuge μl + 40 μl silica
mikrotube 1,5 + Pellet Prestle 12.000 rpm 3 menit.
kit extraction
ml
12.000 rpm 15 menit.

Vortex + sentrifuge
Buang Buang Buang
Supernatan + Vortex + sentrifuge Supernatan + Vortex + sentrifuge Supernatan + GT
12.000 rpm 15 menit. 12.000 rpm 15 menit.
DEPC ddH₂O 1 alkohol 70% 1 Buffer 500 μl
ml ml
Vortex
Inkubasi 10
Ambil 500 μl
menit suhu 55 Vortex + sentrifuge
12.000 rpm 2 menit. Supernatan
°C
Gambar 9. Diagram Alur Ekstraksi

3.5.4. Amplifikasi
64
a. Alat & bahan
Alat & bahan yang digunakan pada tahap Amplifikasi antara lain Mikropipet
10, 20, 100 & 200 μl, Vortex Mixer, Spin Down, Thermalcycler, Cooling Block,
Master Mix (Gotaq Green & Access Quick), Enzime AMV RT, Primer, Template,
Nuclease Free Water, Kontrol +.
b. Prosedur Kerja
3 mikrotube Pencampuran &

Amplifikasi Amplifikasi
(Template, Penambahan
(Denaturasi) (Annealing)
NFW, K+) Mix PCR
Amplifikasi
(Ekstensi)
Gambar 10. Diagram Alur Amplifikasi

3.5.5. Elektroforesis
a. Alat & bahan
Alat & bahan yang digunakan pada tahap Elektroforesis antara lain
Cetakan Agar, Timbangan Analitik, Botol Scot, Microwave, Elektroforesis Set,
Power Supply, UV Translliminator, Sisir, Buffer TAE 1x, SYBR Safe, Marker 100
bp, Agarose.
65
b. Prosedur Kerja
3 gr Agarose + Panaskan dgn

Pengenceran Siapkan Cetakan
200 ml TAE Microwave suhu
TAE Buffer 50x + Sisir
Buffer 1x 70°C 20 menit.
Masukkan 10 μl Tuang & Biarkan

Elektroforesis Angkat Gel +
(Sampel, K-, K+ Mengeras + TAE
115 V 45 menit SyBrsafe 4 μl
& Marker) Buffer 1x
Masukkan Gel
ke UV
Transilluminator
Gambar 11. Diagram Alur Elektroforesis

66
3.6. Jadwal Kegiatan
Tabel 4. Jadwal Kegiatan

No. Jadwal Kegiatan Maret April Mei
I II III IV I II III IV I II III IV
No.
1. TibaJadwal
di lokasiKegiatan
KPA ✓ Juni Juli
2. Pengenalan Lokasi KPA I

✓ II III IV I
1. Tiba di lokasi KPA
3. Penerimaan Sampel Ikan ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓
2. Pengenalan Lokasi KPA
dan Pengamatan Gejala
3. Penerimaan Sampel Ikan
Klinis ✓ ✓ ✓ ✓ ✓
dan Pengamatan Gejala
4. Ekstraksi (DNA/RNA) ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓
Klinis
patogen dari sel
4. Ekstraksi (DNA/RNA) ✓ ✓ ✓ ✓ ✓
5. Amplifikasi DNA ✓ ✓ ✓ ✓ ✓
patogen dari sel
6. Elektroforesis ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓
5. Amplifikasi DNA ✓ ✓ ✓ ✓ ✓
7. Pembacaan hasil ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓
6. Elektroforesis ✓ ✓ ✓ ✓ ✓
8. Penyusunan Laporan ✓ ✓ ✓ ✓
7. Pembacaan hasil ✓ ✓ ✓ ✓ ✓
KPA
8. Penyusunan Laporan ✓ ✓ ✓ ✓ ✓
KPA
67
IV. KEADAAN UMUM
4.1. Letak Geografrafis dan Topografi
Balai Karantina Ikan Pengendalian Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan
Kelas I Surabaya II, Jawa Timur berpusat di Jl. Kalimas Baru No. 86, Tanjung
Perak, Kota Surabaya. Laboratorium berada di Instalasi Karantina Ikan Puspa
Agro yang bertempat di Pasar Induk Agrobis Puspa Agro terletak di Jalan
Sawunggaling No. 177 183, Desa Jemudo, Kecamatan Taman, Kabupaten
Sidoarjo, Jawa Timur (Gambar 12). Kegiatan KPA dilaksanakan di Instalasi
Karantina Ikan Puspa Agro yang mempunyai luas wilayah kurang lebih 40.000 m².
Berjarak sekitar 16 km dari pusat Kabupaten Sidoarjo dan kurang lebih 19 km dari
pusat Kota Surabaya. Secara geografis terletak pada koordinat 7°22'17.0" Lintang
Selatan dan 112°41'16.3" Bujur Timur. Peta lokasi Instalasi disajikan pada
lampiran 1. Selengkapnya batas batas wilayah Instalasi Karantina Ikan Puspa
Agro adalah sebagai berikut :
1. Selatan : Persawahan
2. Utara : Gudang Puspa Agro
3. Timur : Persawahan
4. Barat : Pasar Buah Puspa Agro
68
Gambar 12. Gedung Instalasi Karantina Ikan Puspa Agro Sidoarjo
Lokasi Instalasi Karantina Ikan Puspa Agro mempunyai ketinggian 6 M dari
permukaan air laut dengan iklim tropis. Instalasi Karantina Ikan berada di komplek
pasar induk dengan dikelilingi oleh area persawahan di sebelah Selatan dan
Timur, Pasar Buah di sebelah Barat serta gudang Puspa Agro di sebelah Utara.
Lokasi Praktik dekat dengan daerah perindustrian. Denah lokasi disajikan pada
lampiran 2.
4.2. Sejarah Berdirinya Instalasi Karantina Ikan Puspa Agro
Balai Karantina Ikan Pengendalian Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan
Kelas I Surabaya II, Instalasi Karantina Ikan Puspa Agro Sidoarjo mempunyai
sejarah perkembangan. Berikut adalah sejarah perkembangannya :
• 1991 : Balai Karantina Ikan Pengendalian Mutu dan Keamanan Hasil
Perikanan Kelas I Surabaya II Tanjung Perak merupakan perwakilan dari
Stasiun Karantina Ikan Juanda dan pada saat itu kantornya masih bergabung
dengan Karantina Tumbuhan Tanjung Perak.
• 1995 : Berdasarkan surat Keputusan Menteri Pertanian No. 800/95 statusnya
ditingkatkan menjadi wilayah kerja Karantina Ikan Tanjung Perak dan berada
di bawah tanggung jawab dari Stasiun Karantina Ikan Juanda.
• 2000 : Kantor karantina Ikan Tanjung Perak berdiri terpisah dengan Karantina
Tumbuhan dan berlokasi di Jalan Kalimas Baru No. 86 Tanjung Perak,
Surabaya.
69
• 2001 : Dibentuk Departemen Kelautan dan Perikanan sesuai dengan
Keputusan Presiden No. 37 Tahun 2001 tentang peralihan wewenang
perkarantinaan ikan yang berasal dari Departemen Pertanian ke Departemen
Kelautan dan Perikanan.
• 2002 : Berdasarkan Keputusan Menteri Nomor KEP.29/MEN/2002 status
wilayah kerja Karantina Ikan Tanjung Perak di tingkatkan menjadi Pos
Karantina Ikan Tanjung Perak.
• 2003 : Berdasarkan surat edaran Kepala Pusat Karantina Ikan Nomor:
B.36/PKRI/HK.140/1/2003 secara teknis, operasional, dan administrasi
bertanggung jawab langsung kepada Pusat Karantina Ikan.
• 2004 : Berdasarkan surat Keputusan Menteri Kelautan dan Perikanan Nomor:
KEP.32/MEN/2004 tentang organisasi dan tata kerja Unit Pelaksanaan Teknis
Karantina Ikan, Pos Karantina berubah statusnya menjadi Stasiun Karantina
Ikan Kelas II Tanjung Perak, Surabaya.
• 2008 : Berdasarkan Keputusan Menteri Nomor 21/MEN/2008, Stasiun
Karantina Ikan kelas II Tanjung Perak, Surabaya ditingkatkan statusnya
menjadi Balai Karantina Ikan Kelas II Tanjung Perak, Surabaya.
• 2011 : Berdasarkan Keputusan PER.25/MEN/2011 tentang organisasi dan tata
kerja UPT Karantina Ikan, Pengendalian Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan
maka Balai Karantina Ikan Kelas II Tanjung Perak, Surabaya pada tahun 2011
berubah menjadi Balai Karantina Ikan, Pengendalian Mutu dan Keamanan
Hasil Perikanan Kelas I Surabaya II.
• 2014 : Balai Karantina Ikan Pengendalian Mutu dan keamanan Hasil Perikanan
Kelas I Surabaya II mendirikan Instalasi Karantina Ikan pada lahan seluas
40.000 m² ditanah dengan hak milik Badan Usaha Milik Daerah Provinsi Jawa
Timur yang letaknya di Pasar Induk Modern Agrobis Puspa Agro, Desa
70
Jemundo, Kecamatan Taman, Kabupaten Sidoarjo, Jawa Timur. Instalasi
Karantina Ikan Puspa Agro ini digunakan sebagai laboratorium uji mutu serta
uji hama dan penyakit ikan yang semula berada di Tanjung Perak kemudian
dipindahkan ke Instalasi Karantina Ikan Puspa Agro, Sidoarjo.
4.3. Struktur Organisasi dan Tenaga Kerja
Struktur organisasi Balai Karantina Ikan, Pengendalian Mutu dan
Keamanan Hasil Perikanan Kelas I Surabaya II, dipimpin oleh Kepala Balai yang
membawahi :
• Kepala Sub bagian Tata Usaha (Bagian Keuangan, Bagian Kepegawaian, dan
Bagian Rumah Tangga dan Perlengkapan)
• Kepala Instalasi dan Laboratorium (Bagian Instalasi Karantina Ikan Puspa
Agro Sidoarjo)
• Kepala Seksi Pelayanan Operasional (Bagian Pelayanan Laboratorium dan
Instalasi dan Bagian Pelayanan Teknis dan Lapangan)
• Kepala Seksi Pengawasan Data dan Informasi (Bagian Pengawasan dan
Bagian Data dan Informasi)
• Koordinator Jabatan Fungsional PHPI. (Bagian pengawas Hama dan Penyakit
Ikan)
Bagan struktur organisasi Balai Karantina Ikan, Pengendalian Mutu dan
Keamanan Hasil Perikanan Kelas I Surabaya II disajikan pada Lampiran 3. dan
bagan struktur organisasi Instalasi Karantina Ikan Puspa Agro disajikan pada
Lampiran 4.
71
4.4. Sarana dan Prasarana
Dalam kamus besar Bahasa Indonesia dikatakan bahwa Sarana adalah
segala sesuatu yang dipakai sebagai alat dalam mencapai makasud atau tujuan.
Sedangkan prasarana adalah merupakan penunjang terselenggaranya suatu
proses (usaha, pembangunan, proyek, dsb.)
4.4.1. Sarana
Sarana yang terdapat pada Balai Karantina Ikan, Pengendalian Mutu, dan
Keamanan Hasil Perikanan Kelas I Surabaya II, Instalasi Karantina Ikan Puspa
Agro Sidoarjo adalah ruang kepala instalasi, ruang pelayanan operasional, ruang
administrasi, ruang fungsional, ruang keuangan, ruang kepegawaian, ruang arsip,
dan laboratorium. Laboratorium yang terdapat di Balai Karantina Ikan
Pengendalian Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan Kelas I Surabaya II, Instalasi
Karantina Ikan Puspa Agro terdiri dari beberapa ruangan (laboratorium) yang
memiliki fungsi dan tugas masing-masing. Adapun ruang berikut adalah sebagai
berikut :
1. Ruang Nekropsi
72
Kegiatan yang dilakukan di ruang ini merupakan awal tindakan pengujian
penyakit ikan dari contoh uji yang diperiksa dengan melakukan pembedahan ikan
untuk diambil organ tubuh yang digunakan sebagal target pemeriksaan
kesehatannya. Selanjutnya dapat dilanjutkan pemeriksaan di masing-masing
laboratorium. Berikut ini adalah dokumentasi ruang nekropsi yang disajikan pada
Gambar 13.
Gambar 13. Ruang Nekropsi

2. Laboratorium Mikrobiologi
Laboratorium ini mempunyal fungsi dalam melakukan uji bakteri, baik uji
bakteri HPIK maupun uji bakteri mutu pada komoditas perikanan. Laboratorium ini
dilengkapi dengan beberapa ruang penunjang seperti ruang preparasi sampel,
ruang Inkubasi dan ruang isolasi. Berikut ini adalah dokumentasi laboratorium
Mikrobiologi yang disajikan pada Gambar 14.
73
Gambar 14. Ruang Mikrobiologi
3. Laboratorium Jamur
Laboratorium jamur mempunyai fungsi dalam melakukan pemeriksaan dan
identifikasi jamur yang menyerang produk perikanan. Berikut ini adalah
dokumetasi laboratorium jamur yang disajikan pada Gambar 15.
Gambar 15. Laboratorium Jamur

4. Ruang Preparasi Organoleptik
74
Ruang ini mempunyai fungsi dalam melakukan pemeriksaan organ-organ
organoleptik pada produk perikanan. Berikut ini adalah dokumentasi ruang
preparasi yang disajikan pada Gambar 16.
Gambar 16. Ruang Preparasi Organileptik

5. Ruang Bahan Dan Timbang
Laboratorium ini mempunyai fungsi dalam menyiapkan alat (menyiapkan
alat untuk di sterilisasi) dan bahan (media) yang akan digunakan untuk uji Hama
75
dan Penyakit Ikan maupun uji mutu. Berikut ini adalah dokumentasi ruang Bahan
dan Timbang yang disajikan pada Gambar 17
Gambar 17. Ruang Bahan Dan Timbang

6. Ruang Bahan Stock
Ruang ini berfungsi sebagai tempat penyimpanan stok bahan-bahan kimia
yang digunakan untuk pengujian virus, parasit, jamur dan bakteri. Berikut ini
adalah dokumentasi ruang bahan stock yang disajikan pada Gambar 18.
Gambar 18. Ruang Bahan Stock

7. Laboratorium Biologi Molekuler
Kegiatan pengujian yang dilaksanakan pada laboratorium ini yaitu menguji
media pembawa dari golongan virus dengan menggunakan metode biologi
molekuler atau Polymerase Chain Reaction (PCR) dengan lama waktu pengujian
5-8 jam. Laboratorium biologi molekuler memiliki tiga ruangan yaitu ruang
ekstraksi, ruang amplifikasi, dan ruang elektroforesis. Berikut ini adalah
dokumentasi laboratorium biologi molekuler yang disajikan pada Gambar 19.
76
Gambar 19. Laboratorium Biologi Molekuler
8. Laboratorium Kimia
Laboratorium kimia mempunyai fungsi dalam melakukan pemeriksaan
adanya kandungan zat kimia dalam produk perikanan seperti formalin, histamine,
dan lain sebagainya. Berikut ini adalah dokumentasi laboratorium kimia yang
disajikan pada Gambar 20.
Gambar 20. Laboratorium Kimia

77
9. Laboratorium Parasit
Laboratorium parasit berfungsi untuk melakukan pengujian terhadap
penyakit ikan golongan parasit pada organ eksternal dan internal ikan serta
mengidentifikasi jenis parasit yang ditemukan. Berikut ini adalah dokumentasi
laboratorium parasit yang disajikan pada Gambar 21.
Gambar 21. Laboratorium Parasit

10. Ruang Sterilisasi
Ruang ini berfungsi sebagai tempat untuk mensterilkan alat dan bahan.
Peralatan yang digunakan adalah autoclave dan oven yang telah dikalibrasi. Jenis
sterilisasi yang digunakan adalah metode sterilisasi basah dan kering. Berikut ini
adalah dokumentasi ruang sterilisasi yang disajikan pada Gambar 22.
Gambar 22. Ruang Sterilisasi

78
11. Ruang Arsip
Ruang ini berfungsi sebagai tempat penyimpanan arsip contoh uji MP
HPI/HPIK dalam bentuk beku yang diarsipkan dalam plastik contoh uji dan diberi
label, selanjutnya disimpan pada freezer. Di Instalasi KIPM Puspa Agro terdapat
dua ruang arsip. Berikut ini adalah dokumentasi ruang arsip disajikan yang pada
Gambar 23.
Gambar 23. Ruang Arsip

12. Ruang Destruksi
Ruangan ini berfungsi untuk melakukan proses destruksi pada alat dan
bahan yang telah digunakan untuk identifikasi di Instalasi KIPM Puspa Agro.
Berikut ini adalah dokumentasi ruang destruksi yang disajikan pada Gambar 24.
79
Gambar 24. Ruang Destruksi
13. Ruang Pustaka
Ruang pustaka terdiri atas buku mengenai perikanan, informasi penyakit
ikan, jurnal perikanan serta buku-buku pengetahuan lainnya yang merupakan
sumber informasi dalam mendukung pelaksanaan tindakan karantina Ikan. Berikut
ini adalah dokumentasi ruang pustaka yang disajikan pada Gambar 25.
Gambar 25. Ruang Pustaka

80
4.4.2. Prasarana
Prasarana yang terdapat di Balai KIPM Surabaya II memiliki fungsi sebagai
penunjang sarana agar dapat terselesainya suatu pelaksanaan tugas. Prasarana
yang tersedia adalah sebagai berikut:
1. Forklift
Forklift yaitu alat angkat barang umum / general cargo dengan kapasitas
angkat tertentu dan mempunyai jangkauan pengangkatan yang terbatas. Forklift
digunakan sebagai salah satu alat penunjang kelancaran kegiatan di instalasi.
Dokumentasi forklift disajikan pada Gambar 26 sebagai berikut.
Gambar 26. Forklift

2. Reachstacker
Reachstacker merupakan salah satu tipe pesawat pengangkat
dimaksudkan untuk keperluan mengangkat dan memindahkan barang yang paling
flexibel dari suatu tempat ketempat yang lain yang jangkauannya relatif terbatas.
Berikut ini adalah dokumentasi Reachstacker yang disajikan pada Gambar 27.
81
Gambar 27. Reachstacker
3. Warehouse
Warehouse digunakan sebagai tempat penyimpanan barang dan tempat
untuk melakukan perbaikan peralatan penunjang aktivitas di Instalasi KIPM Puspa
Agro Balai KIPM Surabaya II. Berikut ini adalah dokumentasi warehouse yang
Gambar 28. Warehouse

82
4. Lapangan Timbun
Lapangan timbun merupakan tempat kontainer (dry/reefer) ditimbun
selama masa karantina. Berikut ini adalah dokumentasi lapangan timbun yang
Gambar 29. Lapangan Timbun

V. HASIL DAN PEMBAHASAN
5.1. Hasil Identifikasi Virus.
5.1.1. Virus DNA
a. White Spot Syndrome Virus (WSSV)
Hasil identifikasi virus White Spot Syndrome Virus (WSSV) pada 52
sampel, Terdiri dari 22 sampel red shrimp, 11 Sampel udang windu, 1 sampel
artemia, 5 sampel udang vanamei, 1 sampel air tambak, 3 sampel white shrimp, 1
sampel Slipper Lobster, 3 Wild Shrimp, 2 Ekstraksi DNA, & 3 sampel Udang. Dari
sampel tersebut 8 sampel diantaranya Positif WSSV yaitu 3 sampel udang, 2
sampel ekstraksi DNA, 1 sampel Udang Vanamei, 1 sampel benur windu, dan 1
sampel white shrimp.. Data tentang kode sampel, jenis sampel, organ target dan
hasil uji disajikan pada lampiran 5.
83
Berikut hasil uji beberapa sampel Berdasarkan pembacaan hasil UV
Transilluminator yang disajikan pada Gambar 30, sampel Argentina Red Shrimp
(Pleoticus muelleri) dengan kode A, B, C dan D tidak terlihat garis perpendaran
pita (band) DNA yang sejajar dengan band dari kontrol positif WSSV berukuran
941 bp. Sedangkan pada gambar 31, sampel Pasific White Shrimp/Udang Putih
(Litopenaeus vannamei) dengan kode A terlihat garis perpendaran pita (band)
DNA yang sejajar dengan band dari control positif WSSV berukuan 941 bp Jadi,
dapat dinyatakan bahwa keempat sampel Argentina Red Shrimp tersebut tidak
terinfeksi virus WSSV (hasil negatif) sedangkan untuk sampel Pasific White
Shrimp/Udang Putih tersebut terinfeksi virus WSSV (hasil positif).
Gambar 30. Hasil UV Transilluminator negatif WSSV

Sumber : Dokumentasi Balai KIPM Surabaya II (2022)
84
Gambar 31. Hasil UV Transilluminator positif WSSV
Sumber : Dokumentasi Balai KIPM Surabaya II (2022)
b. Red Sea-Bream Iridoviral Disease (RSIVD)
Hasil identifikasi virus Red-bream Sea Iridovirus Virus Disease (RSIVD)
pada 74 sampel, terdiri dari 2 sampel Horse Mackarel, 7 sampel Japanese
Mackarel, 1 sampel Spanish Mackarel, 20 sampel Pasific Mackarel, 9 sampel
Atlantic Mackarel, 1 sampel Tuna, 5 sampel kerapu, 2 sampel skipjack, 1 sampel
Indian Mackarel, & 26 sampel mackerel. dari sampel tersebut semua sampel
dinyatakan negative RSIVD. Data tentang kode sampel, jenis sampel, organ target
dan hasil uji disajikan pada lampiran 5.
Berikut hasil uji beberapa sampel Berdasarkan hasil pembacaan UV
Transilluminator yang disajikan pada Gambar 32, sampel ikan japanese mackerel
(Scomberomorus niphonius) dengan kode A, B dan C tidak terlihat garis
perpendaran pita (band) DNA yang sejajar dengan kontrol positif RSIVD berukuran
570 bp. Jadi, dapat dinyatakan bahwa ketiga sampel ikan japanese mackerel
tersebut negatif atau tidak terinfeksi virus RSIVD.
85
Gambar 32. Hasil UV Transilluminator negatif RSIVD
Sumber: Dokumentasi Balai KIPM Surabaya II (2022)
5.1.2. Virus RNA
a. Viral Nervous Necrosis (VNN)
Hasil identifikasi virus Viral Nervous Necrosis (VNN) pada 84 sampel,
terdiri dari 53 sampel nila, 19 sampel bandeng, 2 sampel skipjack, 7 sampel
kerapu, 1 sampel nila merah, & 2 sampel ekstraksi RNA. dari sampel tersebut
semua sampel dinyatakan negative VNN semuanya dinyatakan negative VNN.
Data tentang kode sampel, jenis sampel, organ target dan hasil uji disajikan pada
lampiran 5.
86
Transilluminator yang disajikan pada Gambar 33, sampel Ikan Bandeng (Chanos
chanos) dengan kode sampel A tidak terlihat garis perpendaran pita (band) DNA
yang sejajar dengan kontrol positif VNN berukuran 294 bp. Jadi, dapat dinyatakan
bahwa sampel ikan bandeng tersebut negatif atau tidak terinfeksi virus VNN.
Gambar 33. Hasil UV Transilluminator negatif VNN

b. Viral Haemmoragic Septicaemia Virus (VHSV)
Hasil identifikasi virus Viral Haemmoragic Septicaemia Virus (VHSV) pada
85 sampel, terdiri dari 2 sampel Horse Mackarel, 5 sampel Japanese Mackarel, 20
sampel Pasific Mackarel, 6 sampel Atlantic Mackarel, 14 sampel salmon oil, 32
sampel mackerel, 1 sampel indian mackerel, 2 sampel yellowfin, 2 sampel Alaska
Pollock, & 1 sampel fish oil. dari sampel tersebut semua sampel dinyatakan
negative VHSV.
87
Data tentang kode sampel, jenis sampel, organ target dan hasil uji disajikan
pada lampiran 5. Berikut hasil uji beberapa sampel Berdasarkan hasil pembacaan
UV Transilluminator yang disajikan pada Gambar 34, sampel ikan Atlantic
mackerel (Scomber scombrus) dengan kode sampel A, B, & C tidak terlihat garis
perpendaran pita (band) DNA yang sejajar dengan kontrol positif VHSV berukuran
505 bp. Jadi, dapat dinyatakan bahwa ketiga sampel ikan Atlantic mackerel
tersebut negatif atau tidak terinfeksi virus VHSV.
Gambar 34. Hasil UV Transilluminator negatif VHSV

c. Tilapia Lake Virus (TILV)
Hasil identifikasi virus Tilapia Lake Virus (TiLV) pada 84 sampel, terdiri dari
81 sampel nila & 3 sampel ekstak RNA. dari sampel tersebut semua sampel
dinyatakan negative VHSV semuanya dinyatakan negative TiLV. Data tentang
kode sampel, jenis sampel, organ target dan hasil uji disajikan pada lampiran 5.
88
Transilluminator yang disajikan pada Gambar 35, sampel ikan nila (O. niloticus)
dengan kode sampel A, B, & C tidak terlihat garis perpendaran pita (band) DNA
yang sejajar dengan kontrol positif TiLV berukuran 250 bp. Jadi, dapat dinyatakan
bahwa ketiga sampel ikan nila (O. niloticus) tersebut negatif atau tidak terinfeksi
virus TiLV.
Gambar 35. Hasil UV Transilluminator negatif TiLV

5.2. Sterilisasi
Peralatan yang akan digunakan di dalam laboratorium biologi molekuler
harus disterilisasikan dahulu agar terhindar dari kontaminasi. Alat dan bahan yang
disterilisasi yaitu mikrotube, mikrotip, cawan petri, dissecting sets, dan pellet
pastle. Peralatan seperti cawan petri, dissecting sets, dan pellet pastle sebelum
disterilisasi harus dicuci menggunakan sabun dan air mengalir. Cawan petri dan
dissecting sets dikeringkan, lalu dibungkus dengan aluminium foil dan kertas,
sedangkan cawan petri hanya dibungkus dengan kertas. Peralatan yang tidak
89
tahan terhadap panas seperti pellet pestle, mikrotip, dan mikrotube dimasukkan ke
dalam botol kaca yang tahan terhadap panas, kemudian mulut botol kaca ditutup
dengan penutupnya dan dibungkus menggunakan kertas. Alat dan bahan yang
telah dibungkus dimasukkan ke dalam autoclave dengan suhu 121°C selama 15
menit dengan tekanan 1 atm. Kegiatan sterilisasi alat dan bahan disajikan pada
Gambar 36.
Sterilisasi dalam mikrobiologi merupakan suatu proses untuk mematikan
semua organisme yang terdapat pada suatu benda. Ada beberapa cara yang
dipakai dalam sterilisasi yaitu, penggunaan panas, bahan kimia dan penyaringan
(filtrasi). Bila panas bersama-sama digunakan dalam uap air maka disebut
sterilisasi panas lembab atau sterilisasi basah, bila tanpa kelembaban maka
disebut sterilisasi panas kering. Sterilisasi basah atau panas lembab dilakukan
menggunakan autoklaf. Sterliisator tersebut menggunakan uap air jenuh
bertekanan 15 lb/in² selama 15 menit pada suhu 121°C. Autoklaf digunakan untuk
mensterilkan bahan-bahan yang dapat ditembus oleh kelembaban diantaranya
ialah media biakan, larutan, kapas, sumbat karet, dan peralatan laboratorium
(Lestari dan Hartati, 2017).
Prosedur sterilisasi menggunakan autoclave di Balai KIPM Surabaya Il
adalah sebagai berikut :
1. Dibungkus peralatan dan bahan yang akan disterilisasi dengan kertas
pembungkus supaya tidak terkontaminasi.
2. Kabel autoclave dihubungkan ke sumber listrik.
3. Atur power supply pada tombol ON
4. Nyalakan tombol power ON/OFF
5. Setting suhu 121°C atau sesuai dengan kebutuhan.
90
6. Setting rentang waktu sesuai dengan kebutuhan.
7. Setting suhu warming.
8. Setting cara pendinginan sesuai dengan kebutuhan.
9. Masukkan semua alat dan bahan dan susun secara rapi di dalam autoklaf.
10. Arahkan pengunci ke arah lock.
11. Klik START.
12. Setelah selesai tekan tombol STOP.
13. Keluarkan alat dan bahan yang telah disterilisasi.
14. Matikan dengan menekan tombol ON/OFF dan matikan supply.
1 3
Gambar 36. Sterilisasi Alat dan Bahan

Sumber : Data Primer
5.3. Nekropsi
Kegiatan nekropsi yang disajikan pada Gambar 37 merupakan
pengambilan organ target pada sampel sebelum identifikasi virus dilakukan. Pada
kegiatan KPA ini, terdapat beberapa contoh sampel berupa udang Argentina Red
Shrimp (Pleoticus muelleri), ikan japanese mackerel (Scomberomorus niphonius),
Ikan Bandeng (Chanos chanos), Ikan Atlantic mackerel (Scomber scombrus) &
Ikan Nila (Oreochromis niloticus) Negatif. Udang Argentina Red Shrimp (Pleoticus
91
muelleri) dengan pengujian virus WSSV (White Spot Syndrome Virus) dimana
organ target yang diambil adalah Kaki Renang, Insang, Ekor, & Hepatopankreas,
ikan japanese mackerel (Scomberomorus niphonius) dengan pengujian virus
RSIVD (Red-bream Sea Iridovirus Virus Disease) dimana organ target yang
diambil adalah ginjal, Ikan Bandeng (Chanos chanos) dengan pengujian virus VNN
(Viral Nervous Necrosis) dimana organ target yang diambil adalah mata & otak,
ikan Atlantic mackerel (Scomber scombrus) dengan pengujian virus VHSV (Viral
Haemmoragic Septicaemia Virus) dimana organ target yang diambil adalah ginjal,
Ikan Nila (Oreochromis niloticus) dengan pengujian virus TiLV (Tilapia Lake Virus)
dimana organ target yang diambil adalah Mata, Otak & Insang
Berdasarkan Keputusan Kepala Badan Karantina Ikan Pengendalian Mutu
dan Keamanan Hasil Perikanan Nomor 32/KEP-BKIPM/2015 tentang Petunjuk
Teknis Pemantauan Hama dan Penyakit Ikan Karantina menyatakan bahwa target
organ untuk nekropsi didasarkan atas sifat HPIK dalam menginfeksi organ
inang/carrier-nya. Tidak direkomendasikan pengambilan target organ yang tidak
didasarkan landasan ilmiah. Untuk ikan-ikan sakit, tetapi tidak menunjukan adanya
perubahan patologik, maka spesimen pemeriksaan diambil dari organ yang diduga
mengandung lesi.
92
Gambar 37. Nekropsi
5.4. Analisis Proses Ekstraksi pada Pemeriksaan Virus Ikan & Udang.
Tahap pertama dalam identifikasi virus adalah ektraksi. Tujuan melakukan
ekstraksi adalah mendapatkan DNA atau RNA dari organ target sampel yang akan
diuji.
• Organ target sampel dipotong dan dicacah menggunakan dissecting sets,
ditimbang sebanyak 2 gram, ambil 30 mg dan dimasukkan ke dalam mikrotube
1,5 ml.
• Kemudian ditambahkan GT Buffer sebanyak 900 μl dan dihaluskan
menggunakan pellet pestle. Selanjutnya, sampel dihomogenkan
menggunakan vortex mixer dan disentrifuge kecepatan 12.000 rpm selama 3
menit.
• Sambil menunggu proses sentrifuge, silica kit extraction sebanyak 40 ul
(divortex dahulu sebelum digunakan) dimasukkan ke dalam mikrotube baru.
93
• Supernatan sebanyak 600 μl dipindahkan ke dalam mikrotube yang telah berisi
silica kit extraction, dihomogenkan menggunakan vortex mixer dan disentrifuge
dengan kecepatan 12.000 rpm selama 15 detik.
• Supematan dibuang ke dalam botol limbah dan silica pellet dicuci
menggunakan GT Buffer sebanyak 500 ul, dihomogenkan menggunakan
vortex mixer dan disentrifuge dengan kecepatan 12.000 rpm selama 15 detik.
• Supernatan dibuang, lalu ditambahkan alkohol 70% sebanyak 1000 μl (1 ml)
ke dalam mikrotube, dihomogenkan menggunakan vortex mixer dan
disentrifuge dengan kecepatan 12.000 rpm selama 15 detik.
• Supernatan dibuang, lalu ditambahkan DEPC ddH₂O sebanyak 1000 μl (1 ml)
ke dalam mikrotube, kemudian dihomogenkan menggunakan vortex mixer dan
diinkubasi selama 10 menit dengan suhu 55 °C.
• Selanjutnya, mikrotube dihomogenkan menggunakan vortex mixer dan
disentrifuge dengan kecepatan 12.000 rpm selama 2 menit.
• Langkah terakhir yaitu supernatan sebanyak 500 μl dipindahkan ke dalam
mikrotube baru.
Hasil akhir ekstraksi disebut DNA template. DNA template ini siap untuk
dilakukan tahap selanjutnya yaitu amplifikasi atau dapat disimpan di dalam freezer
dengan suhu 20 °C. Berikut ini adalah dokumentasi proses ekstraksi yang
94
a b c
d e
Gambar 38. Proses Ekstraksi (a. Pencacahan Sampel, b. Pemberian
Larutan Pada Ekstraksi, c. Penghomogenan Sampel, d. Sentrifugasi Sampel, e.
Hasil Akhir Ekstraksi)
Ekstraksi DNA/RNA merupakan metode purifikasi untuk memisahkan
DNA/RNA dari membran sel, protein,& komponen seluler lainnya, dengan
menggunakan beberapa metode seperti ion ekstrak organik (metode phenol-
chloroform), non-organik (penggaraman & perlakuan Proteinase K) serta metode
adsorbsi (membran silika gel) (Gupta et al., 2019). Pada Laboratorium biologi
molekuler BKIPM Surabaya II, menggunakan metode membran silika gel, karena
menghasilkan DNA berkualitas & kuantitas tinggi, mudah digunakan, murah serta
dapat digunakan untuk mengikat DNA & RNA sekaligus (Knebelsberger & Isabella,
2016; Zhou et al.,2018).
Ekstraksi diawali dengan mengambil sedikit organ target kemudian
dilakukan penggerusan menggunakan pestle. Hal ini dilakukan untuk
95
menghomogenisasi jaringan, meningkatkan jumlah sel yang dilisiskan, serta
mengekstrak asam nukleat dari organ/jaringan. Selanjutnya pemberian 900 ul GT
Buffer, dilakukan untuk pelepasan asam nukleat dengan melisiskan sel karena
bersifat buffer hipotonik. Kemudian dilakukan sentrifugasi 3 menit dalam
kecepatan 12.000 rpm bertujuan memisahkan asam nukleat, & dilanjutkan dengan
pemberian silika kit 40 ul pada mikrotube baru & pengambilan 600 ul supernatan
dari mikrotube lama, silika kit digunakan sebagai metode utama dalam proses
ekstraksi karena mengikat DNA & RNA sekaligus, & dapat mencuci lemak &
protein kontaminan. Selanjutkan sentrifugasi kembali & pembuangan supernatan,
kemudian dilakukan penambahan kembali 500 ul GT Buffer, berbeda dengan step
awal, GT Buffer step ini bertujuan untuk mencuci silika kit, karena bersifat PH tinggi
& garam rendah yang berkebalikan dengan sifat silika kit sehingga dapat mencuci
silika kit tersebut. Kemudian dilakukan sentrifugasi kembali, pembuangan
supernatan, & penambahan 1 ml etanol untuk inaktivasi nuklease yang dapat
memecah DNA/RNA jika aktif serta untuk presipitasi DNA, sehingga presipitat
DNA terpisah dari larutan sampel. Selanjutnya dilakukan sentrifugasi,
pembuangan supernatan, & penambahan DEPC. ddH2O untuk melarutkan
kembali pelet DNA, & terakhir dilakukan inkubasi pada termoblock 10 menit pada
55°C untuk mempermudah pelarutkan kembali pelet DNA & inaktivasi nuklease.
Hasil dari proses ekstraksi adalah template DNA/RNA yang siap dilanjutkan untuk
proses amplifikasi.
5.5. Analisis Proses Amplifikasi pada Pemeriksaan Virus Ikan & Udang
Tahap kedua setelah proses ekstraksi adalah amplifikasi. Tujuan
melakukan amplikasi adalah untuk menggandakan DNA. Pertama, mikrotube
sebanyak 3 buah disiapkan dan diberi kode. Mikrotube pertama diisi DNA
Template yang diperoleh dari hasil ekstraksi. Mikrotube kedua diisi Nuclease Free
96
Water (NFW) sebagai kontrol negatif, sedangkan mikrotube ketiga diisi template
positif sebagai kontrol positif. Proses berikutnya dilakukan pencampuran bahan
komposisi PCR. Berikut ini adalah dokumentasi proses pencampuran bahan
komposisi PCR yang disajikan pada Gambar 39.
Gambar 39. Proses Pencampuran Komposisi PCR

1. Virus DNA
a. White Spot Syndrome Virus (WSSV)
Identifikasi virus WSSV pada tahap amplifikasi dilakukan secara double
step. Pada first PCR, template yang digunakan adalah template DNA yang
diperoleh dari hasil ekstraksi, sedangkan pada Nested PCR, template yang
digunakan adalah amplicon dari hasil first step. Komposisi First PCR yang dibuat
untuk proses amplifikasi virus WSSV disajikan pada Tabel 5.
97
Tabel 5. Komposisi Master Mix First PCR Identifikasi WSSV
No Komposisi Volume
1. Master mix 12.5 μl
2. Primer 146F1 : 5’-ACT ACT AAC TTC AGC CTA TCT AG-3’ 1 μl
3. Primer 146R1 : 5'-TAA TGC GGG TGT AAT GTT CTT ACG A- 1 μl
3'
4. DNA Template 2 μl
5. NFW (ddH20) 8,5 μl
Total 25 μl
Semua bahan komposisi master mix tersebut dicampurkan ke dalam
mikrotube. Saat pemasukkan bahan-bahan tersebut, semua cairan harus
diusahakan berada di dasar mikrotube, tidak ada gelembung ataupun cairan yang
menempel di dinding mikrotube. Hal itu dilakukan agar semua komposisi PCR
dapat tercampur dengan sempurna dan proses hasil amplifikasi diperoleh dengan
baik. Selanjutnya, mikrotube dimasukkan ke dalam mesin thermal cycler dan tekan
tombol RUN sesuai program (WSSV first). Profil amplifikas i first dan nested PCR
untuk program WSSV disajikan pada Tabel 6
98
Tabel 6. Protokol Amplifikasi First dan Nested PCR WSSV
Profil Amplifikasi First dan Nested PCR
Pre Heat (1 Siklus) 94 °C, 4 menit
55 °C, 1 menit
72 °C, 2 menit
Denaturasi (40 siklus) 94 °C, 60 detik
Annealing (40 siklus) 55 °C, 60 detik
Ekstensi (40 siklus) 72 °C, 2 menit
Final ekstensi (1 Siklus) 72 °C, 5 menit
Hold/End (1 Siklus) 4 °C, ∞
Amplicon 941 bp
Hasil tahap amplifikasi yang disebut sebagai amplicon pada first step digunakan
untuk nested PCR. Komposisi yang digunakan untuk pembuatan master mix
Nested PCR disajikan pada Tabel 7.
Tabel 7. Komposisi Master Mix Nested PCR Identifikasi WSSV

No Komposisi Volume
1. Master Mix 12,5 μl
2. Primer 146F2 : 5’-GTA ACT GCC CCT TTC ATC TCC A-3' 1 μl
3. Primer 146R2 : 5’-TAC GGC AGC TGC TGC ACC TTG T-3' 1 μl
4. Amplicon (first step) 2 μl
5. NFW 8,5 μl
Total 25 μl
Bahan-bahan komposisi master mix yang telah dibuat, selanjutnya dimasukkan ke
dalam mesin thermal cycler dengan program WSSV nested PCR. Berikut ini
99
adalah dokumentasi amplifikasi program WSSV menggunakan mesin thermal
cycler yang disajikan pada Gambar 40.
Gambar 40. Amplifikasi Program WSSV

b. Red-bream Sea Iridovirus Virus Disease (RSIVD)
Identifikasi virus RSIVD pada tahap amplifikasi dilakukan secara single
step. Berikut adalah komposisi PCR yang dibuat untuk proses amplifikasi virus
RSIVD yang disajikan pada Tabel 8.
Tabel 8. Komposisi Master Mix Identifikasi RSIVD

No Komposisi Volume
1. PCR 2x Master Mix Solution 12,5 μl
2. Primer 1-F : 5'-CTC AAA CAC TCT GGC TCA TC- 1 μl
3’
3. Primer 1-R : 5'-GCA CCA ACA CAT CTC CTA-TC- 1 μl
3'
4. DNA Template 2 μl
5. NFW 8,5 μl
Total 25 μl
100
Semua bahan komposisi PCR tersebut dicampurkan ke dalam mikrotube. Saat
memasukkan bahan-bahan tersebut, semua cairan harus diusahakan berada di
dasar mikrotube, tidak ada gelembung ataupun cairan yang menempel di dinding
mikrotube. Hal itu dilakukan agar semua komposisi PCR dapat tercampur dengan
sempurna. Selanjutnya, mikrotube dimasukkan ke dalam mesin thermal cycler dan
tekan tombol RUN sesuai program. Profil amplifikasi untuk program RSIVD
disajikan pada Tabel 9.
Tabel 9. Protokol Amplifikasi RSIVD

Profil Amplifikasi RSIVD
Annealing (30 siklus) 58 °C, 1 Menit
Final ekstensi (1 siklus) 72 °C, 5 menit
Hold/End (1 siklus) 4 °C, ∞
Amplicon 570 bp
Berikut ini adalah dokumentasi amplifikasi program RSIVD menggunakan mesin
thermal cycler yang disajikan pada Gambar 41.
101
Gambar 41. Amplifikasi Program RSIVD
2. Virus RNA
a. Viral Nervous Necrosis (VNN)
Identifikasi virus VNN pada tahap amplifikasi dilakukan secara double step.
Pada first step template yang digunakan adalah template DNA yang diperoleh dari
hasil ekstraksi. Berikut adalah komposisi PCR yang dibuat untuk proses amplifikasi
virus VNN yang disajikan pada Tabel 10.
Tabel 10. Komposisi Master Mix First PCR Identifikasi VNN

No Komposisi Volume
1. RNA RT-PCR Master Mix 2x 12,5 μl
2. 10pm Primer F2 : 5'-CGT GTC AGT CAT GTG TCG CT-3’ 0,5 μl
3. 10pm Primer R3 : 5'-CGA GTC AAC ACG GGT GAA GA-3’ 0.5 μl
4. AMV Reverse Transkriptase 0.5 μl
5. DNA template 1 μl
6. ddH₂O 10 μl
total 25 µl
102
Semua bahan komposisi master mix tersebut dicampurkan ke dalam mikrotube.
Saat pemasukkan bahan-bahan tersebut, semua cairan harus diusahakan berada
di dasar mikrotube, tidak ada gelembung ataupun cairan yang menempel di
dinding mikrotube. Hal itu dilakukan agar semua komposisi PCR dapat tercampur
dengan sempurna. Selanjutnya, mikrotube dimasukkan ke dalam mesin thermal
cycler dan tekan tombol RUN sesuai program. Profil amplifikasi first step PCR
untuk program VNN disajikan pada Tabel 11.
Tabel 11. Protokol Amplifikasi First Step VNN

Profil Amplifikasi VNN
Reserve transcription (1 Siklus) 48 °C, 30 menit
Pre heat (1 Siklus) 94 °C, 2 menit
Amplicon 605 bp
untuk nested PCR. Adapun bahan-bahan yang digunakan untuk pembuatan
master mix nested step disajikan pada Tabel 12.
103
Tabel 12. Komposisi Master Mix Nested PCR Identifikasi VNN
No Komposisi Volume
1. DNA Master Mix 12,5 μl
2. Primer NF2 0,5 μl
3. Primer R3 0,5 μl
4. CDNA Template (hasil first step) 1 μl
5. NFW 10 μl
Total 25 μl
Bahan-bahan komposisi master mix nested PCR yang telah dibuat, selanjutnya
dimasukkan ke dalam mesin thermal cycler dengan program VNN nested PCR.
Profil amplifikasi nested PCR VNN disajikan pada Tabel 13.
Tabel 13. Profil Amplifikasi Nested PCR VNN

Profil Amplifikasi Nested PCR VNN
Amplicon 605 bp
Berikut ini adalah dokumentasi amplifikasi program VNN menggunakan mesin
104
Gambar 42. Ampifikasi Program VNN
b. Viral Haemmoragic Septicaemia Virus (VHSV)
Identifikasi virus VHSV pada tahap amplifikasi dilakukan secara single
step. Berikut adalah komposisi PCR yang dibuat untuk proses amplifikasi virus
VHSV yang disajikan pada Tabel 14.
Tabel 14. Komposisi PCR Identifikasi VHSV

No Komposisi Volume
1. PCR 2x mastermix solution 12,5 µl
2. Primer 1F : 5'-ATG GAA GGA GGA ATT CGT GAA GCG-3’ 1 μl
3. Primer 1R : 5'-GCG GTG AAG TGC TGC AGT TCC C-3' 1 μl
4. RNA template 2 μl
5. Enzym Reverse Transcriptase AMV 0,5 μl
6. ddH₂O 8 μl
total 25 μl
105
dengan sempuma. Selanjutnya, mikrotube dimasukkan ke dalam mesin thermal
cycler dan tekan tombol RUN sesuai program. Profil amplifikasi untuk program
VHSV disajikan pada Tabel 15.
Tabel 15. Profil Amplifikasi RT-PCR VHSV
Profil Amplifikasi RT-PCR
Ekstensi (30 siklus) 68 °C, 60 detik
Amplicon 505 bp
Berikut ini adalah dokumentasi amplifikasi program VHSV menggunakan mesin
106
Gambar 43. Amplifikasi Program VHSV
c. Tilapia Lake Virus (TILV)
Identifikasi virus TiLV pada tahap amplifikasi dilakukan secara semi
nested. Berikut adalah komposisi PCR yang dibuat untuk proses amplifikasi virus
TiLV yang disajikan pada Tabel 16.
Tabel 16. Komposisi PCR Identifikasi TiLV

No Komposisi Volume
1. PCR 2x mastermix solution 12,5 μl
2. Primer 1F : 5'-TAT CAC GTG CGT ACT CGT TCA GT-3' 1 μl
3. Primer 1R : 5'-GTT GGG CAC AAG GCA TCC TA-3' 1 μl
4. RNA template 2 μl
5. Enzym Reverse Transcriptase AMV 0,5 μl
6. ddH₂O 8 μl
total 25 μl
107
dengan sempurna. Selanjutnya, mikrotube dimasukkan ke dalam mesin thermal
cycler dan tekan tombol RUN sesuai program. Profil amplifikasi first step PCR
untuk program TiLV disajikan pada Tabel 17.
Tabel 17. Protokol Amplifikasi First Step TiLV
Profil Amplifikasi TiLV
untuk semi nested PCR. Adapun bahan-bahan yang digunakan untuk pembuatan
master mix semi nested step disajikan pada Tabel 18.
Tabel 18. Komposisi Master Mix semi Nested PCR Identifikasi TiLV
No Komposisi Volume
1. PCR 2x mastermix solution 12,5 μl
2. Primer 1F : 5'-TAT CAC GTG CGT ACT CGT TCA GT-3' 1 μl
3. Primer 1R : 5'-GTT GGG CAC AAG GCA TCC TA-3’ 1 μl
4. DNA template first step 1,5 μl
5. ddH₂O 9 μl
Total 25 μl
108
Bahan-bahan komposisi master mix semi nested PCR yang telah dibuat,
selanjutnya dimasukkan ke dalam mesin thermal cycler dengan program TiLV
semi nested PCR. Profil amplifikasi semi nested PCR TiLV disajikan pada Tabel
19.
Tabel 19. Profil Amplifikasi semi Nested PCR TiLV

Profil Amplifikasi semi Nested PCR TiLV
Amplicon 250 bp
Berikut ini adalah dokumentasi amplifikasi program TiLV menggunakan mesin
Gambar 44. Ampifikasi Program TiLV

109
Amplifikasi merupakan suatu teknik menggandakan sekuen DNA yang
melibatkan beberapa komponen (Hewajuli & Dharmayanti, 2014). Proses
amplifikasi Pada Virus RSIVD & VHSV hanya menggunakan singgle step PCR
sedangkan pada virus WSSV & VNN Pada proses amplifikasi ini menggunakan
tahapan first step PCR dan nested PCR yang merupakan proses amplifikasi DNA
polimerase bersarang. Penggunaan dua set pasangan primer memungkinkan
untuk munculnya amplikon yang berbeda, disebabkan oleh adanya interaksi antar
primer. Hal ini didukung oleh pernyataan Rhyclik, (2005), penggunaan dua set
primer forward-reverse (F1R1 dan F2R2) akan terjadi interaksi primer dengan
cetakan oleh struktur cros dimer yang terbentuk, hal ini disebabkan oleh faktor
selisih suhu Tm antar primer kecil dan persentase GC primer forward yang lebih
tinggi. Disamping itu adanya stabilitas internal primer yang merupakan perbedaan
kestabilan pelekatan primer-cetakan ujung 5’ dan ujung 3’ pada DNA target. Primer
dengan kestabilan ujung 5’ yang lebih besar dari pada ujung 3’ umumnya memiliki
interaksi spesifik primer-cetakan.
Sedangkan TiLV menggunakan metode semi double step karena pada
penelitian sebelumnya dari Dong et al (2017), menyatakan bahwa salah satu dari
sepasang primer yang digunakan yaitu primer "Nested ext-2", tersusun dari 20
nukleotida, dimana 13-18 lebih dari 20 nukleotida tersebut serupa dengan gen
pada ikan target, sehingga memberikan hasil positif palsu. Hal tersebut
menjadikan identifikasi TiLV hanya menggunakan 2 forward & 1 reverse primer &
disebut dengan metode semi double step.
Menurut pernyataan Rukisah et al. (2002) bahwa amplifikasi tahap pertama
First PCR digunakan untuk menentukan adanya fragmentasi DNA target agar
dapat diamplifikasi sedangkan proses amplifikasi tahap kedua Nested PCR.
Menurut Yusuf (2010) proses Nested PCR memungkinkan untuk mengurangi
110
kontaminasi pada produk selama amplifikasi dari penyatuan primer yang tidak
diperlukan. Primer Nested akan menyatu dengan produk PCR yang pertama dan
menghasilkan produk yang lebih pendek dari pada produk yang pertama.
Pada virus VNN, VHSV & TiLV karena merupakan RNA virus, maka proses
PCR untuk mengamplifikasi RNA dikenal dengan Reverse Transcriptase
Polymerase Chain Reaction (RT-PCR). RT PCR dilakukan dengan melakukan
reverse transkripsi (transkripsi balik) molekul mRNA ke bentuk complementary
DNA (cDNA). Proses tersebut melibatkan banyak komponen seperti RNA Access
, master Mix go taq green, primer, enzim AMV Reverse Transkriptase, NFW
(Nuclease Free Water), & RNA Template. Master Mix merupakan reagen
campuran yang terdiri dari DNA taq polimerase, dNTPs (dATP, dGTP, dCTP,
dTTP), MgCl2 serta loading dye (Wheeler, 2016). DNA taq polymerase berperan
sebagai enzim untuk mensintesis cDNA baru, dNTPs & Buffer MgCl2 mendukung
pengkondisian kimia lingkungan (Cieslinska et al., 2014). Enzim AMV Reverse
Transkriptase untuk melakukan transkripsi balik dari mRNA ke bentuk
complementary DNA (cDNA) wajib diberikan. Primer yang digunakan untuk setiap
virus berbeda, hal ini disebabkan karena primer tersusun dari sekuen nukleotida
pendek yang didesain berpasangan dengan fragmen asam nukleat dari virus
target (Ehtisham, et al.,2016)
5.6. Analisis Proses Elektroforesis
Tahap terakhir dari kegiatan identifikasi virus adalah elektroforesis. Tujuan
dari elektroforesis adalah untuk mengetahui ukuran dan bentuk suatu partikel baik
DNA, RNA dan protein. Persiapan yang harus dilakukan sebelum melakukan
elektroforesis adalah pembuatan TAE (Tris Asetat EDTA) Buffer 1x dan
111
pembuatan gel agarose 1,5 %. Langkah selanjutnya yaitu proses elektroforesis
serta pembacaan hasil sampel uji.
a. Pembuatan TAE Buffer 1x
TAE Buffer adalah larutan yang digunakan pada pembuatan gel agarose
dan proses elektroforesis. Larutan TAE Buffer 1x dibuat dari TAE Buffer 50x yang
harus diencerkan terlebih dahulu. Pengenceran TAE Buffer menggunakan rumus
sebagai berikut.
• Pembuatan TAE Buffer 1x dengan volume 500 ml
𝑉 1 . 𝑀2 = 𝑉 2 . 𝑀2
𝑉 1 𝑀1
𝑉2 = 𝑀2
500.1
𝑉2 =
50
= 10 𝑚𝑙
Jadi, pembuatan TAE Buffer 1x dengan volume 500 ml dibutuhkan TAE Buffer 50x
sebanyak 10 ml.
• Pembuatan TAE Buffer 1x dengan volume 250 ml
𝑉 1 . 𝑀2 = 𝑉 2 . 𝑀2
𝑉 1 𝑀1
𝑉2 = 𝑀2
250.1
𝑉2 =
50
= 5 𝑚𝑙
Jadi, pembuatan TAE Buffer 1x dengan volume 250 ml dibutuhkan TAE Buffer 50x
sebanyak 5 ml.
Langkah pembuatan TAE Buffer 1x adalah TAE Buffer 50x diukur
menggunakan gelas ukur sebanyak 10 ml untuk botol berkapasitas 500 ml dan 5
ml untuk botol berkapasitas 250 ml. TAE Buffer 50x dimasukkan ke dalam masing-
112
masing botol. Aquades ditambahkan sebanyak 490 ml ke dalam botol berkapasitas
500 ml dan 250 ml untuk botol berkapasitas 250 ml. Kedua larutan dihomogenkan.
TAE Buffer 1x siap digunakan. Dokumentasi pembuatan TAE1x disajikan pada
Gambar 15.
Gambar 45. Pembuatan TAE 1X

b. Pembuatan Gel Agarose 1,5%
Gel agarose digunakan sebagai media saat proses elektroforesis yang
disajikan pada Gambar 16. Pembuatan gel agarose 1,5% dibuat dengan
melarutkan agarose ke dalam TAE Buffer 1x. Hal pertama yang dilakukan adalah
serbuk agarose ditimbang sebanyak 1,5 gram. Serbuk agarose yang telah
ditimbang dimasukkan ke dalam botol kaca dan ditambahkan TAE Buffer 1x
sebanyak 100 ml, lalu dihomogenkan. Kemudian, agarose dipanaskan dengan
microwave dengan suhu medium selama 15 menit sampai larutan terlihat bening.
Setelah 15 menit, botol diangkat dari microwave dan ditunggu hingga hangat lalu
ditambahkan SYBR safe sebanyak 4 μl. Agarose cair dituang ke dalam cetakan
agarose (gel box) yang telah dipasang sisir (comb). Sisir ini berfungsi untuk
membuat sumur pada gel agarose. Agarose cair ditunggu hingga memadat agar
berubah menjadi gel. Lalu, sisir diangkat perlahan agar tidak merusak gel agarose.
113
Berikut ini adalah dokumentasi pembuatan gel agarose 1,5% yang disajikan pada
Gambar 46.
a b c
Gambar 46. Pembuatan gel agarose (a. penimbangan agarose, b. pemberian
aquades, c. pemanasan agarose)
c. Proses Elektroforesis
Langkah-langkah dalam proses elektroforesis adalah gel agarose yang
telah memadat ditambahkan TAE Buffer 1x pada alat gel box hingga menutupi
permukaan gel agarose. Selanjutnya kontrol positif, kontrol negatif dan amplicon
sampel uji sebanyak masing-masing 10 μl dimasukkan ke dalam tiap sumur gel
agarose. Selanjutnya marker sebanyak 10 μl dimasukkan ke dalam sumur yang
berfungsi untuk menentukan ukuran pita DNA yang dihasilkan dari proses PCR,
lalu gel box ditutup. Kabel anoda dan katoda dipasang pada alat elektroforesis dan
diatur dengan tegangan listrik sebesar 115 Volt dan waktu 45 menit. Proses
elektroforesis ditunggu hingga 45 menit, apabila telah selesai penutup gel box
dibuka dan TAE Buffer 1x dibuang ke dalam kotak limbah TAE Buffer. Gel agarose
diambil dan dimasukkan ke dalam UV Transilluminator, dan tombol UV ditekan.
Hasil uji akan terlihat pada monitor UV Transilluminator, selanjutnya hasil tersebut
didokumentasikan . Berikut ini adalah dokumentasi proses elektroforesis disajikan
pada Gambar 47.
114
a b c
d e
Gambar 47. Proses elektroforesis (a. pengisian amplicon ke sumuran gel
agarose, b. pemasangan alat unit elektroforesis, c. elektroforesis, d. pengaturan
gel agarose ke dalam UV Transluminator, e. interpretasi hasil UV Transluminator
Elektroforesis digunakan untuk mempelajari properties spesies bermuatan
tunggal & untuk teknik separasi (Pusat Pelatihan Kelautan & Perikanan, 2017).
Pada BKIPM Surabaya II digunakan Gel agarose, yang efektif untuk memisahkan
fragmen DNA/RNA dengan ukuran dari 100 bp hingga 25 kb (Lee et al., 2012). Gel
agarose 1,5% yang digunakan diencerkan dengan arutan TAE Buffer 1x. TAE
Buffer (Tris (2-amino-2 [hydroxymethyl]-1,3-propanediol), acetic acid) merupakan
buffer standar yang mengandung asam lemah, asam asetat dengan bentuk ion
netral & anionik (e.g., COOH and COO- species), sebagai buffer PH, menjaga
konduktivitas media tetap rendah, & mendukung resolusi fragmen DNA yang baik
(Sanderson et al.,2014).
5.7. Permasalahan dan Penanganan
115
Pengujian di Laboratorium Biologi Molekuler selama kegiatan PKM yang
dilakukan di Balai KIPM Surabaya II memiliki permasalahan dan kendala sebagai
berikut:
• Pada Saat Memindahkan Supernatan Kedalam Mikrotube baru yang telah terisi
silica 40 μl Seringkali Endapannya juga ikut terambil.
• Cetakan Agarose Seringkali Mengalami Kebocoran Pada Saat Dituangkan
Agarose 1,5%.
Cara menangani permasalahan dan kendala dalam proses uji Biologi Molekuler
yaitu sebagai berikut:
• Sebaiknya Sampel Yang dimasukkan tidak lebih dari 30 mg Agar mempermudah
dalam pengambilan supernatan.
• Selalu teliti Saat Pemasangan Cetakan Agarose, Pastikan Karet pada pinggir
cetakan rapat agar tidak terjadi kebocoran sehingga hasil cetakan terbentuk
dengan baik.
116
VI. PENUTUP
6.1. Kesimpulan
Berdasarkan kegiatan Praktik Kerja Magang dengan tema identifikasi virus
pada komoditas perikanan di Balai KIPM Surabaya II, diperoleh kesimpulan
sebagai berikut :
• Hasil identifikasi virus White Spot Syndrome Virus (WSSV) pada 52 sampel, 8
sampel diantaranya dinyatakan positif WSSV. Hasil identifikasi virus Red-
bream Sea Iridovirus Virus Disease (RSIVD) pada 74 sampel, semuanya
dinyatakan negative RSIVD. Hasil identifikasi virus Viral Nervous Necrosis
(VNN) pada 84 sampel, semuanya dinyatakan negative VNN. Hasil identifikasi
virus Viral Haemmoragic Septicaemia Virus (VHSV) pada 85 sampel,
semuanya dinyatakan negative VHSV. Hasil identifikasi virus Tilapia Lake
Virus (TiLV) pada 84 sampel, semuanya dinyatakan negative TiLV.
• Tahapan dalam identifikasi virus meliputi ekstraksi, amplifikasi, dan
elektroforesis yang dilakukan di Laboratorium Biologi Molekuler.
6.2. Saran
Saran yang diberikan terhadap kegiatan KPA ini adalah Menambahkan
Prosedur Pengujian Untuk Virus Virus Baru Ke Dalam Dokumen Instruksi Kerja
Metode (IKM), untuk memudahkan mahasiswa praktek kerja lapang
mempelajarinya. Serta Menambahkan alat Real-time PCR sebagai pembanding
hasil uji virus pada ikan dan udang.
117
DAFTAR PUSTAKA
Achmadi, H. Abu dan Narbuko, Cholid, 2001. Metodologi penelitian. Jakarta: PT.
Bumi Aksara
Afrianto, E. dan E. Liviawaty. 1992. Pengendalian Hama dan Penyakit Ikan.

Yogyakarta: Kanisius.
Ahne W. (1982). Comparative studies on the stability of four fish-pathogenic

viruses (VHSV, PFR, SVCV, IPNV). Zentralbl. Veterinarmed. [B], 29, 457–
476
Amrillah, A.M dan S. Widyarti. Y. Kilawati. 2015. Dampak Stres Salinitas Terhadap
Prevalensi White Spot Syndrome Virus (WSSV) dan Survival Rate Udang
Vannamei (Litopenaeus vannamei) pada Kondisi Terkontrol. Research
Journal Of Life Science Agustus 2015 Volume 02 No. 01.
Arafani, L. dan M. Ghazali. M. Ali. 2016. Pelacakan Virus Bercak Putih pada Udang
Vaname (Litopenaeus vannamei) di Lombok dengan Real-Time
Polymerase Chain Reaction. Jurnal Veteriner Maret. Vol. 17 No. 1 : 88-95.
Arimoto M., Mushiake K., Mizuta Y., Nakai T., Muroga K. & Furusawa I. (1992).
Detection of striped jack nervous necrosis virus (SJNNV) by enzyme-linked
immunosorbent assay (ELISA). Fish Pathol., 27, 191–195.
Arkush K.D., Mendonca H.L., Mcbride A.M., Yun S., Mcdowell T.S. & Hedrick R.P.
(2006). Effects of temperature on infectivity and of commercial freezing on
survival of the North American strain of viral hemorrhagic septicemia virus
(VHSV). Dis. Aquat. Org., 69, 145–151
Azizah, A., Kurniasih. 2005. Deteksi Infeksi White Spot Syndrome Virus pada
Udang Putih (Penaeus vannamei) di Pulau Jawa dengan Metode
Polymerase Chain Reaction. Jurnal Perikanan (J. Fish. Sci)VI (1): 32-39
Bacharach, E., Mishra, N., Briese, T., Zody, M. C., Kembou Tsofack, J. E.,
Zamostiano, R., … Lipkin, W. I. (2016). Characterization of a Novel
Orthomyxo-like Virus Causing Mass Die-Offs of Tilapia. mBio, 7(2),
e00431-16. https://doi.org/10.1128/mBio.00431-16
Barker D.E., Mackinnon A.M., Boston L., Burt M.D.B., Cone D.K., Speare D.J.,
Griffiths S., Cook M., Ritchie R. & Olivier G. (2002). First report of piscine
nodavirus infecting wild winter flounder Pleuronectes americanus in
Passamaquoddy Bay, New Brunswick, Canada. Dis. Aquat. Org., 49, 99–
105
Bellanti. J.A., 1985, Immunologi III, Penerjemah: S.Wahab dan N.Soeripati. 1993.
Fakultas Kedokteran Universitas Gadjah Mada. Gadjah Mada Press.
Briggs. T., dan Chandler, A.M., 1995,Biochemistry. Third edition.Spinger.
Verlag. New York.
Bovo G., Gustinelli A., Quaglio F., Gobbo F., Panzarin V., Fusaro A., Mutinelli F.,
Caffara M. & Fioravanti M.L. (2011). Viral encephalopathy and retinopathy
outbreak in freshwater fish farmed in Italy. Dis. Aquat. Org., 96, 45–54. Chi
S.C., Hu W.W. & Lo B.L. (1999). Establishment and characterization of a
118
continuous cell line (GF-1) derived from grouper, Epinephelus coioides
(Hamilton): a cell line susceptible to grouper nervous necrosis virus
(GNNV). J. Fish Dis., 22, 173–182
Bovo G., Hill B., Husby A., Håstein T., Michel C., Olesen N.J., Storset A. & Midtlyng
P. (2005). Work package 3 report: Pathogen survival outside the host, and
susceptibility to disinfection. VESO, P.O. Box 8109 Dep., N-0032 Oslo,
Norway. Available at: http://www.crl-
fish.eu/upload/sites/crlfish/reports/links/fisheggtrade%20wp_3.pdf
Bremont M. (2005). Reverse genetics on fish rhabdoviruses: tools to study the

pathogenesis of fish rhabdoviruses. Curr. Top. Microbiol. Immunol., 292,
119–141
Chang Y.S., Lo C.F., Peng S.E., Liu K.F., Wang C.H. & Kou G.H. (2002). White
spot syndrome virus (WSSV) PCR-positive Artemia cysts yield PCR-
negative nauplii that fail to transmit WSSV when fed to shrimp Postlarvae.
Dis. Aquat. Org., 49, 1–10.
Chou H.Y., Hsu C.C. & Peng T.Y. (1998). Isolation and characterization of a
pathogenic iridovirus from cultured grouper (Epinephelus sp.) in Taiwan.
Fish Pathol., 33, 201–206.
Chua F.H., Ng M.L, Ng K.L, Loo J.J. & Lee J.Y. (1994). Investigation of outbreaks
of a novel disease, “Sleepy Grouper Disease”, affecting the brown-spotted
grouper, Epinephelus tauvina Forsakl. J. Fish Dis., 17, 417–427.
Chi S.C., Lo C.F. & Lin S.C. (2001). Characterization of grouper nervous necrosis
virus. J. Fish Dis., 24, 3–13.
Chi S.C., Shieh J.R. & Lin S.J. (2003). Genetic and antigenic analysis of
betanodaviruses isolated from aquatic organisms in Taiwan. Dis. Aquat.
Org., 55, 221–228
Chi S.C., Wu Y.C. & Cheng T.M. (2005). Persistent infection of betanodavirus in a
novel cell line derived from the brain tissue of barramundi Lates calcarifer.
Dis. Aquat. Org., 65, 91–98
Cieślińska M., Kruczyńska D., (2014) Detection and molecular characterization of

phytoplasmas infecting apple trees in Poland. Hort. Sci. (Prague). Vol. 41,
No. 1: 27–33
Comps M., Pepin J.F. & Bonami J.R. (1994). Purification and characterization of
two fish encephalitis viruses (FEV) infecting Lates calcarifer and
Dicentrarchus labrax. Aquaculture, 123, 1–10.
Dalla Valle L., Zanella L., Patarnello P., Paolucci L., Belvedere P. & Colombo L.
(2000). Development of a sensitive diagnostic assay for fish nervous
necrosis virus based on RT-PCR plus nested PCR. J. Fish Dis., 23, 321–
327
Dale O.B., Ørpetveit I., Lyngstad T.M., Kahns S., Skall H.F., Olesen N.J. &
Dannevig B.H. (2009). Outbreak of viral haemorrhagic septicaemia (VHS)
in seawater-farmed rainbow trout in Norway caused by VHS virus
Genotype III. Dis. Aquat. Org., 85, 93–103
119
Darmo, H & Ari, R. (2000). Prinsip umum dan pelaksanaan Polymerase Chain
Reakction (PCR). Surabaya
Del-Pozo, J., Mishra, N., Kabuusu, R., Cheetham, S., Eldar, A., Bacharach, E.,
Lipkin, W.I., & Ferguson, H. W. (2016). Syncytial Hepatitis of Tilapia
(Oreochromis niloticus L.) is Associated With Orthomyxovirus-Like Virions
in Hepatocytes. Veterinary Pathology
.https://doi.org/10.1177/0300985816658100
Destarlina, Oni M. (2004). Sreening Test White Spot Syndrome Virus pada Udang
Putih (Panaeus vannamei) Menggunakan Teknik Polimerase Chain
Reaction di Balai Karantina Ikan Soekrno-Hatta. Skripsi. Fakultas
Kedokteran Hewan, Institut Pertanian Bogor.
Do J.W., Cha S.J., Kim J.S., An E.J., Park M.S., Kim J.W., Kim Y.C., Park M.A. &
Park J.W. (2005). Sequence variation in the gene encoding the major
capsid protein of Korean fish iridoviruses. Arch. Virol., 150, 351–359.
Do J.W., Moon C.H, Kim H.J., Ko M.S., Kim S.B., Son J.H., Kim J.S., An E.J., Kim
M.K., Lee S.K., Han M.S., Cha S.J., Park M.S., Park M.A., Kim Y.C., Kim
J.W. & Park J.W. (2004). Complete genomic DNA sequence of rock bream
iridovirus. Virology, 325, 351–363.
Dong, H.T., Siriroob, S., Meemetta, W., Santimanawong, W., Gangnonngiw, W.,
Pirarat, N., Khunrae, P., Rattanarojpong, T.,. Vanichviriyakit, R,. Senapin,
S (2017), Emergence of tilapia lake virus in Thailand and an alternative
semi-nested RT-PCR for detection. Aquaculture, advance online
publication oi: 10.1016/j.aquaculture.2017.04.019
Einer-Jensen K., Ahrens P., Forsberg R. & Lorenzen N. (2004). Evolution of the
fish rhabdovirus viral haemorrhagic septicaemia virus. J. Gen. Virol., 85,
1167–1179
Einer-Jensen K., Ahrens P. & Lorenzen N. (2005). Parallel phylogenetic analyses

using the N, G or Nv gene from a fixed group of VHSV isolates reveal the
same overall genetic typing. Dis. Aquat. Org., 67, 39–45
Eyngor, M., Zamostiano, R., Tsofack, J. E. K., Berkowitz, A., Bercovier, H., Tinman,
S., Lev, M., Huryitz, A., Galeotti, M., 7 Eldar, A. (2014). Identification of a
novel RNA virus lethal to tilapia. Journal of Clinical Microbiology, 52(12),
4137–4146. https://doi.org/10.1128/JCM.00827-14
Elsayed E., Faisal M., Thomas M., Whelan G., Batts W. & Winton J. (2006).
Isolation of viral haemorrhagic septicaemia virus from muskellunge, Esox
masquinongy (Mitchill), in Lake St Clair, Michigan, USA reveals a new
sublineage of the North American genotype. J. Fish Dis., 29, 611–619
Enzmann P.J. & Konrad M. (1985). Inapparent infections of brown trout with VHS-
virus. Bull. Eur. Assoc. Fish Pathol., 5, 81–83
Ehtisham M., Firdous W., Iram W., Prabhjot K. & Sheeba N. (2016). Polymerase
Chain Reaction (PCR): Back to Basics. DOI Number: 10.5958/2320-5962
120
Fakultas Kedokteran Universitas Gadjah Mada. Gadjah Mada Press. Briggs. T.,
dan Chandler, A.M., 1995,Biochemistry. Third edition.Spinger Verlag.New
York
Fathi, M., Dickson, C., Dickson, M., Leschen, W., Baily, J., Muir, F., Ulrich, K., &
Weidmann, M. (2017). Identification of Tilapia Lake Virus in Egypt in Nile
tilapia affected by ‘summer mortality’ syndrome. Aquaculture Vol. 472, 430-
432
Fenner, F.J.,Gibbs, E.P.J., Murphy, F.A., Rott, R., Studdert, M.J., White, D.O.,
1993. Veterinary Virology, 2d ed. Academic Press, 429-442.
Ferguson, H. W., Kabuusu, R., Beltran, S., Reyes, E., Lince, J. A., & del Pozo, J.
(2014). Syncytial hepatitis of farmed tilapia, Oreochromis niloticus (L.): A
case report. Journal of Fish Diseases, 37(6), 583–589.
https://doi.org/10.1111/jfd.12142
Fitriatin, E dan A. Manan. 2015. Pemeriksaan Viral Nervous Necrosis (VNN) Pada
Ikan Dengan Metode Polymerase. Chain Reaction (PCR). Jurnal Ilmiah
Perikanan dan Kelautan Vol. 7 No. 2, November 2015.
Flegel T.W. (1997). Major viral diseases of the black tiger prawn (Penaeus
monodon) in Thailand. World J. Microbiol. Biotechnol., 13, 433–442.
Frerichs G.N., Tweedie A., Starkey W.G. & Richards R.H. (2000). Temperature,
pH, and electrolyte sensitivity, and heat, UV and disinfectant inactivation of
sea bass (Dicentrarchus labrax) neuropathy nodavirus. Aquaculture, 185,
13–24
Furusawa R., Okinaka Y., Uematsu K. & Nakai T. (2007). Screening of freshwater
fish species for their susceptibility to a betanodavirus. Dis. Aquat. Org., 77,
119–125
Gomez D.K., Sato J., Mushiake K., Isshiki T., Okinaka Y. & Nakai T. (2004). PCR-
based detection of betanodaviruses from cultured and wild marine fish with
no clinical signs. J. Fish Dis., 27, 603–608
Groocock G.H., Getchell R.G., Wooster G.A., Britt K.L., Batts W.N., Winton J.R.,
Casey R.N., Casey J.W. & Bowser P.R. (2007). Detection of viral
hemorrhagic septicemia in round gobies in New York State (USA) waters
of Lake Ontario and the St. Lawrence River. Dis. Aquat. Org., 76, 187–192
Grotmol S. & Totland G.K. (2000). Surface disinfection of Atlantic halibut

Hippoglossus hippoglossus eggs with ozonated sea-water inactivates
nodavirus and increases survival of the larvae. Dis. Aquat. Org., 39, 89–96
Gibson-Kueh S., Ngoh-Lim G.H., Netto P., Kurita J., Nakajima K. & Ng M.L. (2004).
A systematic iridoviral disease in mullet, Mugil cephalus L. and tiger
grouper, Epinephelus fuscoguttatus Forsskal: a first report and study. J.
Fish Dis., 27, 693–699.
Gupta, D. R., Avila, C. S. R., Win, J., Soares, D. M., Ryder, L. S., Croll, D.,
Bhattacharjee, P., Hossain, M. S., Mahmud, N. U., Mehebub, M.S., Surovy,
M. Z., Rahman, M. M., Talbot, N. J., Kamoun, S., and Islam, M. T. 2019.
Cautionary notes on use of the MoT3 diagnostic assay for Magnaporthe
121
oryzae wheat and rice blast isolates. Phytopathology 109:504-508. Link,
ISI, Google Scholar
Handoyo, D dan A. Rudiretna. 2000. Prinsip Umum Dan Pelaksanaan Polymerase

Chain Reaction (PCR). Pusat Studi Bioteknologi – Universitas Surabaya.
Unitas, Vol. 9, No. 1.
Hawley L.M. & Garver K.A. (2008). Stability of viral hemorrhagic septicemia virus
(VHSV) in freshwater and seawater at various temperatures. Dis. Aquat.
Org., 82, 171–178
Hedrick R.P., Batts W.N., Yun S., Traxler G.S., Kaufman J. & Winton J.R. (2003).
Host and geographic range extensions of the North American strain of viral
hemorrhagic septicemia virus. Dis. Aquat. Org., 55, 211–220
He J.G., Deng M.S, Weng P., Li Z., Zhou S.Y., Long Q.X., Wang X.Z., & Chang
S.M. (2001). Complete genome analysis of the mandarin fish infectious
spleen and kidney necrosis iridovirus. Virology, 291, 126–139.
Henryon M., Jokumsen A., Berg P., Lund I., Pedersen P.B., Olesen N.J. &
Slierendrecht W.J. (2002). Genetic variation for growth rate, feed
conversion efficiency, and disease resistance exists within a farmed
population of rainbow trout. Aquaculture, 209, 59–76
Hewajuli, D.A. dan Dharmayanti NLPI. 2014. 'Perkembangan Teknologi Reverse

Transcriptase-Polymerase Chain Reaction dalam Mengidentifikasi Genom
Avian Influenza dan Newcastle Diseases'. Wartazoa. 24 (1). 16–29.
Available.at:medpub.litbang.pertanian.go.id/index.php/wartazoa/article/do
wnload/1022/1027
Hutami R, Idzni N, Ranasasmita R, Suprayatmi M. 2017. Jurnal Pertanian.

8(2):106-112.
Inouye K., Yamano K., Maeno Y., Nakajima K., Matsuoka M., Wada Y. & Sorimachi
M. (1992). Iridovirus infection of cultured red sea bream, Pagrus major. Fish
Pathol., 27, 19–27
Isshiki T., Nishizawa T., Kobayashi T., Nagano T. & Miyazaki T. (2001). An
outbreak of VHSV (viral hemorrhagic septicemia virus) infection in farmed
Japanese flounder Paralichthys olivaceus in Japan. Dis. Aquat. Org., 47,
87–99
Iwamoto T., Mise K., Mori K., Arimoto M., Nakai T. & Okuno T. (2001).
Establishment of an infectious RNA transcription system for striped jack
nervous necrosis virus, the type species of the betanodavirus. J. Gen.
Virol., 82, 2653–2662
Iwamoto T., Nakai T., Mori K., Arimoto M. & Furusawa I. (2000). Cloning of the fish
cell line SSN-1 for piscine nodaviruses. Dis. Aquat. Org., 43, 81–89
Iwamoto T., Okinaka Y., Mise K., Mori K., Arimoto K., Okuno T. & Nakai T. (2004).
Identification of host-specificity determinants in betanodaviruses by using
reassortants between striped jack nervous necrosis virus and sevenband
grouper nervous necrosis virus. J. Virol., 78, 1256–1262.
122
Jeong J.B., Jun J.L., Yoo M.H., Kim M.S., Komisar J.L. & Jeong H.D. (2003).
Characterization of the DNA nucleotide sequences in the genome of red
sea bream iridoviruses isolated in Korea. Aquaculture, 220, 119–133
Jeong J.B., Kim H.Y., Kim H.K., Chung J.-K., Komisar J.L. & Jeong H.D. (2006).
Molecular comparison of iridoviruses isolated from marine fish cultured in
Korea and imported from China. Aquaculture, 255, 105–116.
Johansen R., Amundsen M., Dannevig B.H. & Sommer A.I. (2003). Acute and
persistent experimental nodavirus infection in spotted wolffish Anarhichas
minor. Dis. Aquat. Org., 57, 35–41
Johansen R., Ranheim T., Hansen M.K., Taksdal T. & Totland G.K. (2002).
Pathological changes in juvenile Atlantic halibut Hippoglossus hipoglossus
persistently infected with nodavirus. Dis. Aquat. Org., 50, 161–169
Johansen R., Rove S., Svendsen N.A.K., Modahl I. & Dannevig B. (2004). A
sequential study of pathological findigs in Atlantic halibut, Hippoglossus
hippoglossus(L), throughout one year after an acute outbreak of viral
encephalopathy and retinopathy. J. Fish Dis., 27, 327–341
Jørgensen P.E.V. (1982). Egtved virus: occurrence of inapparent infections with

virulent virus in free-living rainbow trout, Salmo gairdneri Richardson, at low
temperature. J. Fish Dis., 5, 251–255
Jung S., Miyazaki T., Miyata M., Danayadol Y. & Tanaka S. (1997). Pathogenicity
of iridovirus from Japan and Thailand for the red sea bream Pagrus major
in Japan, and histopathology of experimentally infected fish. Fisheries Sci.,
63, 735–740.
Jung S.J. & Oh M.J. (2000). Iridovirus-like infection associated with high mortalities
of striped beakperch, Oplegnathus fasciatus (Temminck et Schlegel), in
southern coastal areas of the Korean peninsula. J. Fish Dis.,23, 223–226.
Kasornchandra J. & Khongpradit R. (1997). Isolation and preliminary

characterization of a pathogenic iridovirus in nursing grouper, Epinephelus
marabaricus. In: Diseases in Asian Aquaculture III, Flegel T.W. & MacRae
I.H., eds. Manila, Philippines, 61–66.
Kawakami H. & Nakajima K. (2002). Cultured fish species affected by red sea
bream iridoviral disease from 1996 to 2000. Fish Pathol., 37, 45–47.
Kim Y.J., Jung S.J., Choi T.J., Kim H.R., Rajendran K.V. & Oh M.J. (2002). PCR
amplification and sequence analysis of irido-like virus infecting fish in
Korea. J. Fish Dis., 25, 121–124.
Kocan R., Bradley M., Elder N., Meyers T.R., Batts W.N. & Winton J.R. (1997).
North American strain of viral hemorrhagic septicemia virus is highly
pathogenic for laboratory-reared pacific herring. J. Aquat. Anim. Health, 9,
279–290
Kocan R.M., Hershberger P.K., Elder N.E. & Winton J.R. (2001). Survival of the
North American strain of viral hemorrhagic septicemia virus (VHSV) in
filtered seawater and seawater containing ovarian fluid, crude oil and
serum-enriched culture medium. Dis. Aquat. Org., 44, 75–78. 27.
123
LAPATRA S.E. (1996). The use of serological techniques for virus
surveillance and certification of finfish. Ann. Rev. Fish Dis., 6, 15–28
Kurita J., Nakajima K., Hirono I. & Aoki T. (2002). Complete genome sequencing
of red sea bream iridovirus (RSIV). Fisheries Sci., 68 (suppl. II), 1113–
1115.
Kurita J., Ngoh-Lim G.H., Gibson-Kueh S., De La Pena L., Chuah T.T.,
Palamisamy V., Sano M., Oseko N., Maeno Y. & Nakajima K. (2004).
Phylogenetic analysis of red sea bream iridovirus-like viruses in Southeast
Asia. In: 7th Asian Fisheries Forum 04 Abstracts, Penang, Malaysia, 381.
Kusuda R., Nagato K. & Kawai K. (1994). Characteristics of an iridovirus isolated

from red sea bream, Pagrus major. Suisanzoshoku, 42, 151–156.
Lightner, D.V., C.R. Pantoja, B.T. Poulos, K.F.J. Tang, R.M. Redman, T. Pasos-
de-Andrade and J.R. Bonami. 2004. Infectious myonecrosis. New disease
in pasific white shrimp. Global Aquaculture Avocate. 85 p.
Lightner, V. 2010. In The Court Of Appeals Of Ohio Third Appellate District Hardin
County. Appeal from Hardin County Common Pleas Court Trial Court No.
20082125 CRI.
Lestari, P. B, dan Hartati, T. W. 2017. Mikribiologi Berbasis Inkuiry. Cet. 1, Penerbit

Gunung Samudra. Malang.
Lee, J. W. ; McKeith, F. K. ; Stein, H. H., 2012. Up to 30% corn germ may be

included in diets fed to growing-finishing pigs without affecting pig growth
performance, carcass composition, or pork fat quality. J. Anim. Sci., 90
(13): 4933-4942
Lightner D.V. (1996). A handbook of pathology and diagnostic procedures for

diseases of penaeid shrimp. Baton Rouge, Louisiana, USA: World
Aquaculture Society, 1996.
Lo C.F., Ho C.H., Chen C.H., Liu K.F., Chiu Y.L., Yeh P.Y., Peng S.E., Hsu H.C.,
Liu H.C., Chang C.F., Su M.S., Wang C.H. & Kou G.H. (1997). Detection
and tissue tropism of white spot syndrome baculovirus (WSBV) in Captured
brooders of Penaeus monodon with a special emphasis on reproductive
organs. Dis. Aquat. Org., 30, 53–72.
Lo C.F. & Kou G.H. (1998). Virus-associated white spot syndrome of shrimp in
Taiwan: a review. Fish Pathol., 33, 365–371.
López-Vázquez C., Raynard R.S., Bain N., Snow M., Bandín I.&Dopazo C.P.
(2006). Genotyping of marine viral haemorrhagic septicaemia virus isolated
from the Flemish Cap by nucleotide sequence analysis and restriction
fragment length polymorphism patterns. Dis. Aquat. Org. 73, 23–31
Lorenzen N. & Lapatra S.E. (1999). Immunity to rhabdoviruses in rainbow trout:

the antibody response. Fish Shellfish Immunol., 9, 345–360
Lorenzen N., Olesen N.J. & Vestergård Jørgensen P.E. (1988). Production and
characterization of monoclonal antibodies to four Egtved virus structural
proteins. Dis. Aquat. Org., 4, 35–42
124
Lumsden J.S., Morrison B., Yason C., Russell S., Young K., Yazdanpanah A.,
Huber P., Al-Hussinee L., Stone D. & Way K. (2007). Mortality event in
freshwater drum Aplodinotus grunniens from Lake Ontario, Canada,
associated with viral haemorrhagic septicemia virus, Type IV. Dis. Aquat.
Org., 76, 99–111
Maltese C. & Bovo G. (2007). Viral encephalopathy and retinopathy. Ittiopatologia,

4, 93–146
Meier W. & Jørgensen P.E.V. (1980). Isolation of VHS virus from pike fry (Esox
lucius) with hemorrhagic symptoms. In: Fish Diseases, Third COPRAQ
Session, Ahne W., ed. Springer-Verlag, Berlin, Germany and New York,
USA, 8–17
Meyers T.R., Short S. & Lipson K. (1999). Isolation of the North American strain of
viral hemorrhagic septicemia virus (VHSV) associated with epizootic
mortality in two new host species of Alaskan marine fish. Dis. Aquat. Org.,
38, 81–86
Meyers T.R. & Winton J.R. (1995). Viral hemorrhagic septicemia virus in North
America. Ann. Rev. Fish Dis., 5, 3–24
Mori K., Mangyoku T., Iwamoto T., Arimoto M., Tanaka S. & Nakai T. (2003).
Serological relationships among genotypic variants of betanodavirus. Dis.
Aquat. Org., 57, 19–26
Mori K., Mushiake K. & Arimoto M. (1998). Control measures for viral nervous
necrosis in striped jack. Fish Pathol., 33, 443–444
Mori K., Nakai T., Muroga K., Arimoto M., Mushiake K. and I. Furusawa, 1992.
Properties of a new virus belonging to Nodaviridae found in larval striped
jack (Pseudocaranx dentex ) with nervous necrosis. Virology, 187:368-371.
Mori K., Sugaya T., Nishioca T., Gomez D.K., Fujinamy Y., Oka M., Arimoto M.,
Okinaka Y. & Nakai T. (2005). Detection of Betanodaviruses from feed fish
used in marine aquaculture. In: 12th International Conference Diseases of
Fish and Shellfish, European Association of Fish Pathologists.
Copenhagen (Denmark), 11–16 September 2005. Abstract O-142
Maeda M., Itami T., Mizuki E., Tanaka R., Yoshizu Y., Doi K., Yasunaga-Aoki C.,
Takahashi Y. & Kawarabata T. (2000). Red swamp crawfish (Procambarus
clarkii): an alternative experimental host in the study of white spot
Syndrome virus. Acta Virol., 44, 371–374.
Miyata M., Matsuno K., Jung S.J., Danayadol Y. & Miyazaki T. (1997). Genetic
similarity of iridoviruses from Japan and Thailand. J. Fish Dis., 20, 127–
134.
Momoyama K., Hiraoka M., Nakano H., Koube H., Inouye K. & Oseko N. (1994).
Mass mortalities of cultured Kuruma shrimp, Penaeus japonicus, in Japan
in 1993: Histopathological study. Fish Pathol., 29, 141–148.
Momoyama K., Hiraoka M., Nakano H. & Sameshima M. (1998). Cryopreservation

of penaeid rod-shaped DNA Virus (PRDV) and its survival in sea water at
different temperatures. Fish Pathol., 33, 95–96.
125
Mulado. 2003. Seputar Teknologi rekayasa Genetika.Bogor : Pustaka Wirausaha
Muda dan USESE Fundation
Munday B.L., Kwang J. & Moody N. (2002). Betanodavirus infections of teleost

fish: a review. J. Fish Dis., 25, 127–142
Murali S., Wu M.F., Guo I.C, Chen S.C. Yang H.W & Chang C.Y. (2002). Molecular
characterization and pathogenicity of a grouper iridovirus (GIV) isolated
from yellow grouper, Epinephelus awoara (Temminck & Schlegel). J. Fish
Dis., 25, 91–100.
Mushiake K., Nishizawa T., Nakai T., Furusawa I. & Muroga K. (1994). Control of
VNN in striped jack: Selection of spawners based on the detection of
SJNNV gene by polymerase chain reaction (PCR). Fish Pathol., 29, 177–
182
Naim S, Brown JK, Nibert ML. 2014. Genetic diversification of penaeid shrimp
infectious myonecrosis virus between Indonesia and Brazil. Virus Research
189: 97-105.
Nakano H., Hiraoka M., Sameshima M., Kimura T. & Momoyama K. (1998).
Inactivation of penaeid rod-shaped DNA virus (PRDV), the causative agent
of penaeid acute viraemia (PAV), by chemical and physical treatments.
Fish Pathol., 33, 65–71.
Nakajima K. & Sorimachi M. (1994). Biological and physico-chemical properties of

the iridovirus isolated from cultured red sea bream, Pagrus major. Fish
Pathol., 29, 29–33.
Nakajima K., Maeno Y., Yokoyama K., Kaji C. & Manabe S. (1998). Antigen
analysis of red sea bream iridovirus and comparison with other fish
iridoviruses. Fish Pathol., 33, 73–78.
Nazir. 1988. Metode Penelitian. Jakarta : Ghalia Indonesia
Nishizawa T., Furuhashi M., Nagai T., Nakai T. & Muroga K. (1997). Genomic
classification of fish nodaviruses by molecular phylogenetic analysis of the
coat protein gene. Appl. Environ. Microbiol., 63, 1633–1636
Nishizawa T., Iida H., Takano R., Isshiki T., Nakajima K. & Muroga K. (2002).
Genetic relatedness among Japanese, American and European isolates of
viral haemorrhagic septicaemia virus (VHSV) based on partial G and P
genes. Dis. Aquat. Org., 48, 143–148
Nishizawa T., Mori K., Nakai T., Furusawa I. & MUROGA K. (1994). Polymerase
chain reaction (PCR) amplification of RNA of striped jack nervous necrosis
virus (SJNNV). Dis. Aquat. Org., 18, 103–107
Nishizawa T., Muroga K. & Arimoto M. (1996). Failure of the polymerase chain
reaction (PCR) method to detect jack nervous necrosis virus (SJNNV) in
striped jack Pseudocaranx dentex selected as spawners. J. Aquat. Anim.
Health, 8, 332–334
Nishizawa T., Savas H., Isidan H., Üstündag C., Iwamoto H. & Yoshimizu M.
(2006). Genotyping and pathogenicity of viral hemorrhagic septicemia virus
126
from free-living turbot (Psetta maxima) in a Turkish coastal area of the
Black Sea. Appl. Environ. Microbiol., 72, 2373–2378
OIE. 2003. Manual for Diagnostic test Aquatic animals. Office International des
epizootis.Suyanto, Paris
Oseko N., Chuah T.T., Palamisamy V., Maeno Y. & Kurita J. (2004). Iridovirus
isolated from diseased sea bass Lates calcarifer and red drum Sciaenops
ocellatus causing mass mortality in Malaysia. In: 7th Asian Fisheries Forum
04 Abstracts, Penang, Malaysia, 127.
Olesen N.J., Lorenzen N. & Jørgensen P.E.V. (1993). Serological differences

among isolates of viral haemorrhagic septicaemia virus detected by
neutralizing monoclonal and polyclonal antibodies. Dis. Aquat. Org., 16,
163–170
Olesen N.J. & Vestergård Jørgensen P.E. (1982). Can and do herons serve as
vectors for Egtved virus? Bull. Eur. Assoc. Fish Pathol., 2, 48
Paperna I., Vilenkin M., & De Matos A.P.A. (2001). Iridovirus infections in farm-
reared tropical ornamental fish. Dis. Aquat. Org., 48, 17–25.
Parry L. & Dixon P.F. (1997). Stability of nine viral haemorrhagic septicaemia virus
(VHSV) isolates in seawater. Bull. Eur. Assoc. Fish Pathol., 17, 31–36
Peters F. & Neukirch M. (1986). Transmission of some fish pathogenic viruses by

the heron, Ardea cinerea. J. Fish Dis., 9, 539–544
P. Joko Subagyo. 2011. Metode Penelitian dalm Teori dan Praktik. Yogyakarta:
Penerbit Rineka Cipta.
Qin Q.W., Lam T.J., Shen H., Chang S.F., Ngoh G.H. & Chen C.L. (2001). Electron
microscopic observations of a marine fish iridovirus isolated from brown-
spotted grouper, Epinephelus tauvina. J. Virol. Methods, 98, 17–24.
Rahajanto, D. 2006. Profil Stasiun Karantina Ikan Kelas I Tanjung Perak Surabaya.
Pusat Karantina Ikan. Departemen Kelautan dan Perikanan. Surabaya. 16
Hal.
Razi, Fahrur. 2017. Teknik Penumbuhan, Penguatan dan Pengembangan

Kelompok Perikanan. Jakarta Pusat. Pusat Pelatihan dan Penyuluhan
Kelautan dan Perikanan
Report Of The Meeting Of The Oie Terrestrial Animal Health Standards

Commission Paris, 7–18 September 2009.
Rychlik L. and Ramalhinho M. G. 2005. Habitat Preferences of the Mediterranian

Water Shrew Neomys anomalus in Portugal. [In: Advances in the Biology
of the Soricidae II. J. F. Merritt, S. Churchfield, R. Hutterer and B. I. Sheftel,
eds] Special Publication of Carnegie Museum of Natural History No. 22,
Pittsburgh. (in press)
Ross K., Mccarthy U., Huntly P.J., Wood B.P., Stuart D., Rough E.I., Smail D.A. &
Bruno D.W. (1994). An outbreak of viral haemorrhagic septicaemia (VHS)
in turbot (Scophthalmus maximus) in Scotland. Bull. Eur. Assoc. Fish
Pathol., 14, 213–214
127
Rufiati, Indah. 2008. Laporan Pratikum Manajemen Akuakultur Tawar.
Sanderson M.J., Ian S., Ian P. and Martin D.B. (2014). Fluorescence Microscopy.
Cold Spring Harb Protoc. doi: 10.1101/pdb.top071795
Sano M., Nakai T. & Fijan N. (2011). Viral diseases and agents of warmwater
fish.In: Fish Diseases and Disorders, Vol. 3: Viral, Bacterial and Fungal
Infections, 2nd edition. Woo P.T.K & Bruno D.W., eds. CABI, London, UK,
166–244
Saparinto, C. 2012. Panduan Lengkap Bisnis dan Budi Daya Lele Unggul.
Yogyakarta: Lily Publisher.
Sarig, S. (1971) Diseases of warm water fishes. TFH Publ., Neptune City, New
Jersey, USA.
Sahfitri, I.A.H. 2018. Potensi Pengembangan Budidaya Perikanan. Tugas latihan

unggah jurnal ke Repository Online, Mata Kuliah Metodologi Penelitian
BDP FIKP UMRAH.
Senapin, S., K. Phewsaiya, M. Briggs, & T. W. Flegel. 2007. Outbreaks Of

Infectious Myonecrosis Virus (IMNV) In Indonesia Confirmed by Genom
Sequencing and Use Of An Alternative RT-PCR Detection Method. Science
Direct Aquaculture. 266: 32-38.
Schlegel, Hans G. 1985. General Microbilogy. Saint Joseph’s University
Schlegel Hans G,. 1994. Mikrobiologi Umum. Penterjemah Tedjo Baskoro. Edisi
keenam. Gajah Mada University Press. Yogyakarta
Schneemann A., Ball L.A., Delsert C., Johnson J.E. & Nishizawa T. (2005). Family
Nodaviridae.In: Virus Taxonomy, Eighth Report of the International
Committee on Taxonomy of Viruses. Fauquet C.M., Mayo M.A., Maniloff J.,
Desselberger U. & Ball L.A., eds. Elsevier Academic Press, London, UK,
865–872
Schlotfeldt H.-J., Ahne W., Jørgensen P.E.V. & Glende W. (1991). Occurrence of
viral haemorrhagic septicaemia in turbot (Scophthalmus maximus) – a
natural outbreak. Bull. Eur. Assoc. Fish Pathol., 11, 105– 107
Schlotfeldt H.J. & Ahne W. (1988). Epizootics in brown trout (Salmo trutta fario)
caused by VHSV-F1.J. Appl. Ichthyol., 4, 147–148
Schütze H., Mundt E. & Mettenleiter T.C. (1999). Complete genomic sequence of
viral hemorrhagic septicemia virus, a fish rhabdovirus. Virus Genes, 19,
59–65.
Shi C.Y., Wang Y.G, Yang S.L, Huang J. & Wang Q.Y. (2004). The first report of
an iridovirus-like agent infection in farmed turbot, Scophthalmus maximus,
in China. Aquaculture, 236, 11–25.
Skall H.F., Olesen N.J. & Mellergaard S. (2005). Prevalence of viral haemorrhagic
septicaemia virus in Danish marine fishes and its occurrence in new host
species. Dis. Aquat. Org., 66, 145–151
128
Smail D.A. (1999). Viral haemorrhagic septicaemia. In: Fish Diseases and
Disorders, Volume 3: Viral, Bacterial and Fungal Infections, Woo P.T.K. &
Bruno D.W., eds, 123–147
Snieszko, S.F. (1973) The Effect of Environmental Stress on Outbreak of

Infection Diseases of Fishes. J. Fish. Biol. 6: 197-208.
Snow M., Bain N., Black J., Taupin V., Cunningham C.O., King J.A., Skall H.F. &
Raynard R.S. (2004). Genetic population structure of marine viral
haemorrhagic septicaemia virus (VHSV). Dis. Aquat. Org., 61, 11–21
Snow M., Cunningham C.O., Melvin W.T. & Kurath G. (1999). Analysis of the
nucleoprotein gene identifies distinct lineages of viral haemorrhagic
septicaemia virus within the European marine environment. Virus Res., 63,
35–44
Sommerset I. & Nerland A.H. (2004). Complete sequence of RNA1 and

subgenomic RNA3 of Atlantic halibut nodavirus (AHNV). Dis. Aquat. Org.,
58, 117–125
Song W.J., Qin Q.W., Qiu J., Huang C.H., Wang F. & Hew C.L. (2004). Functional
genomic analysis of Singapore grouper iridovirus: Complete sequence
determination and proteomic analysis. J. Virol., 78, 12576–12590.
Sudaryatma, P.E. dan N.N. Eriawati. 2012. Histopatologis Insang Ikan Hias Air
Laut yang Terinfestasi Dactylogyrus sp. Jurnal Sain Veteriner.
Sudthongkong C., Miyata M. & Miyazaki T. (2002). Iridovirus disease in two

ornamental tropical freshwater fishes: African lampeye and dwarf gourami.
Dis. Aquat. Org., 48, 163–173.
Sulandari, S dan M.S.A. Zein. 2003. Panduan Praktis Laboratorium DNA. Bidang
Zoologi Pusat Penelitian Biologi LIPI.hal 72-87 Suprapto. H dan Kartika. Y.
2012. Pemantauan Virus Dengan Metode Pcr (Polymerase Chain
Reaction).
Surachetpong W., Sirikanchana K., & Tattiyapong P. (2017) Development and

validation of a reverse transcription quantitative polymerase chain reaction
for tilapia lake virus detection in clinical samples and experimentally
challenged fish. Journal of Fish Diseases DOI: 10.1111/jfd.12708
Tan C., Huang B., Chang S.F., Ngoh G.H., Munday B.L., Chen S.C. & Kwang J.
(2001). Determination of the complete nucleotide sequence of RNA1 and
RNA2 from greasy grouper (Epinephelus tauvina) nervous necrosis virus,
Singapore strain. J. Gen. Virol., 82, 647–653
Takano R., Nishizawa T., Arimoto M. & Muroga K. (2000). Isolation of viral
haemorrhagic septicaemia virus (VHSV) from wild Japanese flounder,
Paralichthys olivaceus. Bull. Eur. Assoc. Fish Pathol., 20, 186–192
Thiéry R., Cozien J., De Boisseson C., Kerbart-Boscher S. & Nevarez L. (2004).
Genomic classification of new betanodavirus isolates by phylogenetic
analysis of the coat protein gene suggest a low host-fish species specificity.
J. Gen. Virol., 85, 3079–3087
129
Knebelsberger T., Isabella S., Katharina M. J., Michael S., Yasunori K. & Hiroshi
F. (2010). On the origin of Acochlidia and other enigmatic euthyneuran
gastropods, with implications for the systematics of Heterobranchia. BMC
Evolutionary Biology., 10:323
Traxler G.S., Kieser D. & Richard J. (1999). Mass mortality of pilchard and herring
associated with viral hemorrhagic septicemia virus in British Columbia,
Canada. Fish Health Sect. Am. Fish Soc. Newslett., 27, 3–4
Tsai M.F., Kou G.H., Liu H.C., Liu K.F., Chang C.F., Peng S.E., Hsu H.C., Wang
C.H. & Lo C.F. (1999). Longterm presence of white spot syndrome virus
(WSSV) in a cultivated shrimp population without disease Outbreaks. Dis.
Aquat. Org., 38, 107–114.
Tsofack, J. E. K., Zamostiano, R. Watted, S., Berkowitz, E., Mishra, N., Briese, T.,
Lipkin, W.I., Kabuusu, R.M., Ferguson, H., del Pozo, J., Eldar, A., and
Bacharach, E. (2016) Detection of Tilapia Lake Virus (TiLV) in Clinical
Samples by Culturing and Nested RT-PCR. J. Clin. Microbiol.
JCM.01808-16; Accepted manuscript posted online 14 December 2016,
doi:10.1128/JCM.01808-16
Vidal O.M., Granja C.B., Aranguren F., Brock J.A. & Salazar M. (2001). A profound
effect of hyperthermia on Survival of Litopenaeus vannamei juveniles
infected with white spot syndrome virus. J. World Aquaculture Soc., 32,
364–372.
Vijayan K.K., Stalin RAJ V., Balasubramanian C.P., Alavandi S.V., Thillai Sekhar
V. & Santiago T.C. (2005). Polychaete worms – a vector for white spot
syndrome virus (WSSV). Dis. Aquat. Org., 63, 107–111.
Vlak J.M., Bonami J.R., Flegel T.W., Kou G.H., Lightner D.V., Lo C.F., Loh P.C. &
Walker P.J. (2004). Nimaviridae. In C. M. Fauquet, M. A. Mayo, J. Maniloff,
U. Desselberger, and L. A. Ball (ed.), VIIIth Report of the International
Committee on Taxonomy of Viruses. Elsevier Academic Press, San Diago,
CA.
Venegas C.A., Nonaka L., Mushiake K., Shimizu K., Nishizawa T. & Muroga K.
(1999). Pathogenicity of penaeid Rod-shaped DNA virus (PRDV) to kuruma
prawn in different developmental stages. Fish Pathol., 34, 19–23.
Volk and Wheeler, 1984. Mikrobiologi Dasar. Jakart : Erlangga.
Watanabe K., Nishizawa T. & Yoshimizu M. (2000). Selection of broodstock

candidates of barfin flounder using an ELISA system with recombinant
protein of barfin flounder nervous necrosis virus. Dis. Aquat. Org., 41, 219–
223
Wolf K. (1988). Viral hemorrhagic septicemia. In: Fish Viruses and Fish Viral
Diseases. Cornell University Press, Ithaca, New York, USA, 217–249
Wongteerasupaya C., Vickers J.E., Sriurairatana S., Nash G.L., Akarajamorn A.,
Boonsaeng V., Panyim S., Tassanakajon A., Withyachumnarnkul B. &
Flegel T.W. (1995). A non-occluded, systemic baculovirus that Occurs in
cells of ectodermal and mesodermal origin and causes high mortality in the
black tiger prawn Penaeus monodon. Dis. Aquat. Org., 21, 69–77.
130
Widowati, E.W. 2013. Desain Primer Sitokrom B (cyt b) Sebagai Salah Satu
Komponen PCR (polymerase chain reaction) Untuk Deteksi DNA Babi.
Laporan Penelitian Individual. Lembaga Penelitian Universitas Islam
Negeri Sunan Kalijaga Yogyakarta.
Yan D.C., Dong S.L., Huang J., Yu X.M., Feng M.Y. & Liu X.Y. (2004). white spot
syndrome virus (WSSV) Detected by PCR in rotifers and rotifer resting eggs
from shrimp pond sediments. Dis. Aquat. Org., 59, 69–73.
Yuasa K., Isti Koesharyani & Ketut Mahardika (2007). Effect of high water
temperature on betanodavirus infection of fingerling humpback grouper
Cromileptes altivelis. Fish Pathol., 42, 219–221
Yukio, M., Leobert d. De la peňa and Erlinda R. Cruz-lacierda, 2007. Susceptibility

of Fish Species Cultured in Mangrove, Southeast Asian Fisheries
Development Center (SEAFDEC) (Tigbauan 5021, IIoilo, Philippines)
Yusuf Z.K. (2010) Polymerase Chain Reaction (PCR). Saintek Vol 5, No 6
Zhou N, Katz M, Knecht W, Compagno C, Piškur J (2018) Genome dynamics and

evolution in yeasts: A long-term yeast-bacteria competition experiment.
PLoS ONE 13(4): e0194911. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0194911
Lampiran 1. Peta lokasi Instalasi KIPM Puspa Agro
131
Lampiran 2. Denah Instalasi KIPM Puspa Agro
132
133
Lampiran 3. Bagan struktur organisasi Balai Karantina Ikan, Pengendalian
Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan Kelas I Surabaya II
Struktur Organisasi
Kepala
Bendahara Pengeluaran Kepala
Bendahara Penerimaan
Koordinator Data Dan Koordinator Pelayanan Koordinator Instalasi

Informasi Operasional Dan Lab
Koordinator Fungsi PHPI

(Pengawas Hama dan
Penyakit Ikan)
134
Lampiran 4. Bagan struktur organisasi Instalasi Karantina Ikan Puspa Agro
Struktur Organisasi
Penanggung Jawab
Instalasi KIPM
Wakil Penanggung Penanggung Jawab

Jawab Instalasi KIPM Administrasi
Divisi Tata Usaha dan Divisi Keuangan dan

Kepegawaian Umum
Divisi Pengujian Laboratorium Divisi Pelayanan Operasional
Penyelia Lab Bahan dan Petugas Pengecekan

Penyelia Lab Parasit Petugas Sterilisasi
Preparasi Penerimaan dan
Container
Pengeluaran
Penyelia Lab Nekropsi

Penyelia Lab Jamur
dan Patologi
Petugas Penimbunan Petugas Pengambilan
dan Monitoring Sampel dan
Kontainer Pemeriksaan Fisik
Penyelia Lab Penyelia Lab Biologi
Mikrobiologi Molekuler
Petugas Operator Reach Petugas PHPI/ Pengawas

Penyelia Lab Stacker dan Genset Mutu
Penyelia Lab Kimia
Organoleptik
135
Lampiran 5. Jenis Sampel, Organ Target Dan Hasil Uji
Maret
Parameter
Tanggal Jenis Sampel Organ Target Uji Hasil Uji
21 Red Shrimp Kaki Renang, Ekor WSSV -
Red Shrimp Kaki Renang, Ekor WSSV -
a. Benur Windu (Zoea)3 Seluruh Tubuh WSSV -
TSV -
IMNV -
AHPND -
b. Benur Windu (Mysis)I Seluruh Tubuh WSSV -
TSV -
IMNV -
AHPND -
22 Nila Mata, Otak & Ginjal VNN -
TiLV -
a. Bandeng Mata & Otak VNN -
Bandeng Mata & Otak VNN -
a. Nila Ginjal TiLV -
Nila Mata, Otak & Ginjal VNN -
TiLV -
a. Benur Vannamei (Bak
9) Seluruh Tubuh IMNV -
EHP -
AHPND -
b. Benur Vannamei (Bak
EHP -
AHPND +
c. Benur Vannamei (Bak
EHP -
AHPND +
d. Benur Vannamei (Bak
EHP -
AHPND +
23 a. Nila Mata, Otak & Ginjal VNN -
TiLV -
b. Bandeng Mata, Otak VNN -
24 Crab Shell Crab Shell PNI (Ayam) -
PNI (Sapi) -
PNI (Babi) -
136
a. Nila Mata, Otak & Ginjal VNN -
TiLV -
b. Filet Nila Jaringan Otot VNN -
TiLV -
Horse Mackarel Ginjal RSIVD -
VHSV -
25 Fr. Japanese Mackarel Ginjal RSIVD -
VHSV -
Fr. Mackarel Ginjal RSIVD -
VHSV -
Fr. Spanish Mackarel Ginjal RSIVD -
VHSV -
VHSV -
Fr. Pasific Mackarel Ginjal RSIVD -
VHSV -
VHSV -
Frozen Pasific Mackarel Ginjal RSIVD -
VHSV -
28 Fr. Skipjack Mata & Otak VNN -
Ginjal RSIVD -
Argentina Red Shrimp Kaki Renang, Ekor WSSV -
a. Benur Vannamei (B 1) Tubuh IMNV -
Tubuh EHP -
Tubuh AHPND -
b. Benur Vannamei (B 2) Tubuh IMNV -
Tubuh EHP -
Tubuh AHPND -
c. Benur Vannamei (B 3) Tubuh IMNV -
Tubuh EHP -
Tubuh AHPND -
29 Nila Ginjal TiLV -
30 Yellowfin Ginjal VHSV -
Nila Mata & Otak VNN -
Ginjal TiLV -
Ginjal TiLV -
a. Nila Merah Mata & Otak VNN -
Ginjal TiLV -
137
b. Filet Nila Jar. Otot VNN -
TiLV -
31 a. Kerapu Mata & Otak VNN -
Ginjal RSIVD -
b. Nila Mata & Otak VNN -
Ginjal TiLV -
Fr. Horse Mackarel Ginjal RSIVD -
VHSV -
Tepung Ikan Tepung PNI (Ayam) -
PNI
(Kambing) -
PNI (Sapi) -
PNI (Babi) -
April
Parameter
Tanggal Jenis Sampel Organ Target Uji Hasil Uji
1 Fr. Pasific Mackarel Ginjal RSIVD -
VHSV -
VHSV -
VHSV -
Fr. Japanese mackarel Ginjal RSIVD -
VHSV -
Fr. Japanese Mackarel Ginjal RSIVD -
VHSV -
B. Bandeng Mata & Otak VNN -
A. Nila Mata & Otak VNN -
Ginjal TiLV -
C. Bandeng Mata & Otak VNN -
A. Nila Mata & Otak VNN -
Ginjal TiLV -
B. Nila Mata, Otak & Ginjal VNN -
TiLV -
TiLV -
Fish Meal Fish Meal PNI (Ayam) -
(Kambing) -
(Sapi) -
(Babi) -
Salmon Fish Oil Salmon Fish Oil IHNV -
VHSV -
138
TiLV -
Atlantic Mackarel Ginjal RSIVD -
VHSV -
Udang Jaringan Otot WSSV +
TSV -
IMNV -
AHPND -
Nila Ginjal & Insang TiLV -
Artemia Cyste WSSV -
6 Pasific Mackarel Ginjal RSIVD -
VHSV -
Nila Ginjal & Insang TiLV -
7 Nila Ginjal & Insang TiLV -
Ginjal & Insang TiLV -
R. Shrimp Argentina Kaki Renang & Ekor WSSV -
Mackarel Ginjal VHSV -
RSIVD -
RSIVD -
8 mackarel Ginjal VHSV -
RSIVD -
RSIVD -
Benur Vaname Tubuh Tubuh WSSV -
TSV -
IMNV -
AHPND -
b. Nila Mata & Otak VNN -
Ginjal TiLV -
Ginjal TiLV -
9 Benur Windu Tubuh WSSV -
TSV -
IMNV -
AHPND -
Bandeng Jar. Otot & Ginjal PNI (Babi) -
139
12 Ekstraksi DNA. W1 Template DNA WSSV +
W2 WSSV +
AP1 AHPND +
AP2 AHPND +
AP3 AHPND -
AP4 AHPND +
Ekstraksi RNA IM1 Template RNA IMNV -
IM2 IMNV -
Ekstraksi DNA EHP1 Template DNA EHP +
EHP2 EHP +
a. Nila Ginjal TiLV -
Mata & Otak VNN -
b. Bandeng Mata & Otak VNN -
Nila Ginjal TiLV -
Mata & Otak VNN -
Yellow Fin Sole Ginjal VHSV -
Fish Oil Fish Oil IHNV -
VHSV -
14 a. Fiks. Ikan Nila Insang 01 TiLV -
b. Fiks Insang Ikan Mas Insang 02 KHV -
c. Fiks Insang Ikan Nila Insang 03 TiLV -
d. Fiks Insang Ikan Nila Insang 04 TiLV -
Insang & Pleopod
e. Fiks Kepala U. Vanamei 05 TSV -
YHV -
Insang, Pleopod &
f. Fiks U. Vanamei Ekor 06 TSV -
YHV -
g. Fiks Insang Ikan Nila Insang 07 TiLV -
h. Fiks Insang Ikan Nila Insang 08 TiLV -
i. Fiks Insang Ikan Nila Insang 09 TiLV -
Fiks. Insang Ikan Nila 10 Insang TiLV -
Insang & Kaki
Fiks. U. Vanamei 13 Renang WSSV -
Fiks. Mata Kerapu 15 Mata VNN -
Fiks. Mata Kerapu 16 Mata VNN -
Insang & Kaki
Fiks. Udang Vanamei 19 Renang WSSV -
140
Insang & Kaki
Fiks. Udang Vanamei 20 Renang WSSV -
Argentina Red Shrimp Kaki Renang WSSV -
15 Mackarel Insang RSIVD -
VHSV -
Mackarel Ginjal RSIVD -
VHSV -
Ekstraksi U. Vanamei 1 Template CMNV -
Ekstraksi U. Vanamei 1 Template YHD -
Ekstraksi U. Vanamei 1 Template IMNV -
Ekstraksi U. Vanamei A Template IHHNV -
Ekstraksi U. Vanamei A Template TSV -
Ekstraksi U. Vanamei A Template EMS -
Ekstraksi U. Vanamei B Template EMS -
Ekstraksi U. Vanamei B Template CMNV -
Ekstraksi U. Vanamei B Template IMNV -
Ekstraksi Ikan Nila 3 Template TiLV -
Ekstraksi Ikan Koi 4 Template KHV -
Ekstraksi Ilan Nila 5 Template VNN -
16 Fr. Atlantic Mackarel Ginjal RSIVD -
VHSV -
Fr. Atlantic Mackarel Ginjal RSIVD -
VHSV -
19 Air Tambak WSSV -
AHPND -
a. Udang Vanamei (B.10) Hepatopankreas EHP +
AHPND +
b. Udang Vanamei (B.11) Hepatopankreas EHP +
AHPND +
c. Udang Vanamei (B.12) Hepatopankreas EHP +
AHPND +
Salmon Oil Oil IHNV -
VHSV -
20 Chum Salmon Ginjal IHNV -
PNI
Crab Shell Crab Shell (Kambing) -
(Ayam) -
(Sapi) -
(Babi) -
TiLV -
141
a. Ekstrak DNA Ekstrak DNA Megalo -
b. Ekstrak DNA Ekstrak DNA Megalo +
c. Ekstrak DNA Ekstrak DNA IHHNV +
EHP -
NHP -
DIV 1 -
d. Ekstrak RNA Ekstrak RNA YHV -
CMNV -
IMNV -
e. Ekstrak DNA Ekstrak DNA Megalo -
f. Ekstrak RNA Ekstrak RNA TiLV -
g. Ekstrak DNA Ekstrak DNA IHHNV -
EHP -
DIV 3 -
h. Ekstrak RNA Ekstrak RNA YHV -
CMNV -
i. Ekstrak RNA Ekstrak RNA TiLV -
VNN -
j. Ekstrak RNA Ekstrak RNA TiLV -
VNN -
k. Ekstrak DNA Ekstrak DNA AHPND -
l. Ekstrak DNA Ekstrak DNA AHPND -
m. Ekstrak RNA Ekstrak RNA SVCV -
n. Ekstrak RNA Ekstrak RNA SVCV -
a. Benur Windu (B1) Seluruh Tubuh WSSV -
TSV -
IMNV -
AHPND -
b. Benur Windu (B15) Seluruh Tubuh WSSV -
TSV -
IMNV -
AHPND -
21 Mackarel Ginjal RSIVD -
VHSV -
Tepung Ikan Tepung Ikan PNI (Sapi) -
(Babi) -
Nila Mata, Otak, Ginjal VNN -
TiLV -
VHSV -
22 Japanese mackarel Ginjal RSIVD -
VHSV -
Nila Ginjal TiLV -
142
TiLV -
TiLV -
TiLV -
25 Argentina Red Shrimp Kaki Renang WSSV -
26 Atlantic Mackarel Ginjal RSIVD -
VHSV -
TiLV -
c. Bandeng Mata & Otak VNN -
TiLV -
Tuna Head Mata & Otak VNN -
RSIVD -
Mata, Otak, &
28 Nila Ginjal VNN -
TiLV -
mackarel Ginjal RSIVD -
VHSV -
(Babi) -
Fr. White Shrimp Head On
Shell On Kaki Renang WSSV -
29 Frozen mackarel Ginjal RSIVD -
VHSV -
Fr. Alaska Pollock Ginjal VHSV -
30 Nila Mata, Otak & Ginjal TiLV -
VNN -
Mei
Parameter
Jenis Sampel Organ Target
Tanggal Uji Hasil Uji
TSV -
IMNV -
143
AHPND -
Salmon Fish Oil Oil IHNV -
VHSV -
Argentina Red Shrimp Kaki renang & Ekor WSSV -
11 a. Bandeng Mata & Otak VNN -
Mata, Otak, Insang
b. Nila & Ginjal VNN -
TiLV -
Nila Insang & Ginjal TiLV -
Mata, Otak, Insang
a. Nila & Ginjal VNN -
TiLV -
Insang & Ginjal TiLV -
a. Nila Mata & Otak VNN -
12 a. Nila Mata & Otak VNN -
Ginjal TiLV -
Salmon Fish Oil Oil IHNV -
VHSV -
TSV -
IMNV -
AHPND -
14 Nila Mata & Otak VNN -
Ginjal TiLV -
Atlantic mackarel Ginjal RSIVD -
VHSV -
17 Crude Salmon Oil Crude Salmon Oil IHNV -
VHSV -
Crude Salmon Oil Crude Salmon Oil IHNV -
VHSV -
18 a. Nila Ginjal & Insang TiLV -
Kepala Kerapu Mata & Otak VNN -
RSIVD -
TiLV -
144
Pink Shrimp Jaringan Otot TSV -
AHPND -
19 Red Shrimp Kaki renang WSSV -
VHSV -
Crude Salmon Fish
Crude Salmon Fish Oil Oil IHNV -
VHSV -
TiLV -
PNI
Fish Meal Fish Meal (Kambing) -
(Ayam) -
(Sapi) -
(Babi) -
VHSV -
20 Pasific mackarel Ginjal RSIVD -
VHSV -
Pasific mackarel Ginjal RSIVD -
VHSV -
TiLV -
21 Salmon Oil Oil VHSV -
IHNV -
Fr. mackarel Ginjal RSIVD -
VHSV -
VHSV -
VHSV -
VHSV -
VHSV -
Bandeng Mata & Otak VNN -
Fr. Antantic mackarel Ginjal RSIVD -
VHSV -
VHSV -
23 Argentina Red Shrimp Kaki renang WSSV -
Atlantic mackarel Ginjal RSIVD -
VHSV -
145
TiLV -
Udang Putih Jaringan Otot WSSV -
TSV -
IMNV -
AHPND -
24 mackarel Ginjal RSIVD -
VHSV -
Kerapu Mata, Otak & Ginjal VNN -
RSIVD -
25 Atlantic mackarel Ginjal RSIVD -
VHSV -
TiLV -
TiLV -
VHSV -
Nila Ginjal TiLV -
Indian mackarel Ginjal RSIVD -
VHSV -
TiLV -
Alaska Pollock Ginjal VHSV -
28 Chum Salmon Jaringan Otot IHNV -
VHSV -
VHSV -
TiLV -
VHSV -
VHSV -
Salmon Oil Salmon Oil IHNV -
VHSV -
Nila Ginjal TiLV -
Mata, Otak, &
a. Nila Ginjal VNN -
TiLV -
146
Insang, Hepato,
a. V. Vannamei B1 Kaki Renang WSSV +
AHPND +
b. V. Vannamei D3 Hepato AHPND +
Nila Ginjal TiLV -
Juni
Parameter Hasil
Jenis Sampel Organ Target
Tanggal Uji Uji
2 R. Shrimp Argentina Kaki Renang & Ekor WSSV -
Mata, Otak, &
3 Kerapu Ginjal VNN -
RSIVD -
VHSV -
VHSV -
Insang, & Kaki
Slipper Lobster Renang WSSV -
YHV -
Mata, Otak, &
b. Nila Ginjal VNN -
TiLV -
VHSV -
VHSV -
7 Japanese mackarel Ginjal RSIVD -
VHSV -
Mata, Otak, &
Nila Ginjal VNN -
TiLV -
a. Benur Windu PL.3 Seluruh Tubuh WSSV -
TSV -
IMNV -
AHPND -
b. Benur Windu M3 Seluruh Tubuh WSSV -
TSV -
IMNV -
AHPND -
Mata, Otak, &
Nila Ginjal VNN -
147
TiLV -
Crude Salmon Fish
Crude Salmon Fish Oil Oil IHNV -
VHSV -
VHSV -
Crude Salmon Fish
8 Crude Salmon Fish Oil Oil IHNV -
VHSV -
b. Bandeng Mata, Otak VNN -
Mata, Otak, &
c. Nila Ginjal VNN -
TiLV -
(Babi) -
9 a. Japanese mackarel Ginjal RSIVD -
VHSV -
a. Japanese mackarel Ginjal RSIVD -
VHSV -
Shrimp Wild Caught Raw Kaki Renang WSSV -
Salmon Oil Salmon Oil IHNV -
VHSV -
Benur Windu Seluruh Tubuh WSSV +
TSV -
IMNV -
AHPND -
11 Shrimp Kaki Renang & Ekor WSSV +
Shrimp Kaki Renang & Ekor WSSV +
Nila Mata, Otak VNN -
Ginjal TiLV -
a. Nila Mata & Otak VNN -
Ginjal TiLV -
Yellowfin Sole Ginjal VHSV -
Fish Meal Tepung DNA Ayam -
DNA Babi -
DNA Sapi -
DNA Kambing -
VHSV -
13 Kepala Kerapu Mata, Otak VNN -
Ginjal RSIVD -
Fish Meal Tepung DNA Ayam -
DNA Sapi -
148
DNA Babi -
DNA Kambing -
Tepung Ikan Tepung DNA Ayam -
DNA Babi -
DNA Sapi -
DNA Kambing -
Tepung Ikan Tepung DNA Ayam -
DNA Babi -
DNA Sapi -
DNA Kambing -
14 Skipjack Mata & Otak VNN -
Ginjal RSIVD -
a. Benur Windu (23 - Bak
3) Tubuh WSSV -
TSV -
b. Benur Windu (2M - Bak
1) Tubuh IMNV -
AHPND -
VHSV -
Udang Putih Kaki Renang & Usus WSSV +
TSV -
IMNV -
AHPND -
Mata, Otak, &
16 Nila Ginjal VNN -
TiLV -
Shrimp Wild Caught Kaki Renang WSSV -
VHSV -
VHSV -
VHSV -
VHSV -
17 Shrimp Raw Wild Caught Kaki Renang WSSV -
VHSV -
18 mackarel Ginjal RSIVD -
VHSV -
149
KETERANGAN
VIRUS JUMLAH SAMPEL JUMLAH POSITIF
WSSV 52 8
RSIVD 74 0
VNN 84 0
VHSV 85 0
TiLV 84 0
150
1

Kipa Final Print

Diunggah oleh

Informasi Dokumen

Judul Asli

Hak Cipta

Format Tersedia

Bagikan dokumen Ini

Bagikan atau Tanam Dokumen

Opsi Berbagi

Apakah menurut Anda dokumen ini bermanfaat?

Apakah konten ini tidak pantas?

Hak Cipta:

Format Tersedia

Kipa Final Print

Diunggah oleh

Hak Cipta:

Format Tersedia

IDENTIFIKASI VIRUS PADA IKAN DAN UDANG DENGAN METODE

Polymerase Chain Reaction (PCR) DI BALAI KARANTINA IKAN

KARYA ILMIAH PRAKTEK AKHIR

MUHAMMAD JUNDI SHOLIHUDDIN ADZ-DZIKRI

KEMENTERIAN KELAUTAN DAN PERIKANAN

Judul : Identifikasi Virus Pada Ikan Dan Udang Dengan Metode

Nama : Muhammad Jundi Sholihuddin Sholihuddin Adz-dzikri

Proposal Ini Disusun Sebagai Salah Satu Syarat

Dosen Pembimbing I Dosen Pembimbing II

Indah Puspitasari, S.Si., M.Sc. Era Insivitawati M.Si.

Ketua Program Studi

Tri Ari Setyaastuti, S.P., M.Si.

Sidoarjo, Februari 2022

HALAMAN PERSETUJUAN ............................... Error! Bookmark not defined.ii

II. TINJAUAN PUSTAKA...................................................................................... 5

III. METODOLOGI ............................................................................................. 59

IV. KEADAAN UMUM ........................................................................................ 68

VI. PENUTUP ................................................................................................. 117

DAFTAR PUSTAKA......................................................................................... 118

Tabel 1. Varian genotip dan fenotip betanodavirus ........................................... 19

Gambar 1. WSSV ditandai adanya bercak putih di seluruh tubuhnya ............... 13

Lampiran 1. Peta lokasi Instalasi KIPM Puspa Agro........................................ 132

1.1. Latar Belakang

Potensi sumberdaya perikanan di Indonesia cukup besar, baik sumberdaya

perikanan tangkap maupun budidaya (Sahfitri, 2018). Berkembangnya usaha

perikanan Indonesia baik di bidang budidaya, penangkapan maupun pengolahan

hasil perikanan sangat membawa dampak yang positif terhadap perekonomian

nasional, sehingga dapat memberikan sumbangan pendapatan negara yang

(Ekspor dan Impor) komoditas perikanan (Rahajanto, 2006).

Penyakit biasanya timbul berkaitan dengan lemahnya kondisi ikan yang

penebaran ikan yang tinggi jika faktor lingkungan kurang menguntungkan

oleh penyakit (Snieszko, 1973 ; Sarig, 1971).

Timbulnya serangan penyakit adalah hasil interaksi yang tidak sesuai

antara hospek, kondisi lingkungan dan organisme penyebab penyakit. Interaksi

menurun, yang selanjutnya menyebabkan mekanisme pertahanan tubuh tidak

(Afrianto dan Liviawati, 1992).

Dalam kegiatan budidaya, sering terjadi kendalan salah satunya adalah

virus dapat menyebabkan kerusakan ataupun penyakit pada inangnya.

Penyakit viral pada budidaya ikan merupakan ancaman serius karena

karena itu diperlukan kemampuan dalam pengendalian penyakit virus dalam

keberhasilan kegiatan budidaya.

Penyakit akibat infeksi virus merupakan penyakit yang paling banyak

menyebabkan kegagalan dalam budidaya, penyakit virus masih sering terjadi

Tilapia Lake Virus.

dilakukan identifikasi virus tersebut dengan menggunakan metode PCR.

banyak digunakan oleh laboratorium uji di Indonesia, karena di nilai dengan

(Fitriatin dan Manan, 2015).

1.2. Maksud Dan Tujuan

Ikan Pengendalian Mutu Dan Keamanan Hasil Perikanan Surabaya II

Tujuan Kerja Praktek Akhir (KPA) ini adalah sebagai berikut :

Pengendalian Mutu Dan Keamanan Hasil Perikanan Surabaya II.

2. Mengetahui tahapan pemeriksaan Penyakit virus Pada ikan dan udang

menggunakan teknik identifikasi PCR yang dilakukan Di Balai Karantina Ikan

Pengendalian Mutu Dan Keamanan Hasil Perikanan Surabaya II.

1.3. Pendekatan Masalah

Pada kegiatan lalulintas komoditas perikanan baik domestik, impor

maupun ekspor diperlukan pengawasan berupa Karantina ikan sesuai dengan

Undang-Undang Nomor. 16/1992 pasal 10 menjelaskan tentang Tindakan

pengeluaran oleh Balai Karantina Ikan. Menurut Undang-undang Republik

Ikan, dan Tumbuhan yang selanjutnya disebut Karantina adalah sistem

hama dan penyakit ikan Karantina, dan organisme pengganggu tumbuhan

Karantina; serta pengawasan dan/atau pengendalian terhadap keamanan pangan

Kegiatan Identifikasi virus pada ikan dan udang menggunakan Metode