TEKNIK IDENTIFIKASI KOI HERPES VIRUS (KHV) PADA IKAN KOI

(Cyprinus carpio koi) DENGAN METODE Polymerase Chain Reaction

DI BALAI UJI STANDAR KARANTINA PENGENDALIAN
MUTU DAN KEAMANAN HASIL PERIKANAN
JAKARTA TIMUR

KARYA ILMIAH PRAKTIK AKHIR

PROGRAM STUDI TEKNIK BUDIDAYA PERIKANAN

Oleh :

Simehate
NIT.19.3.11.150

KEMENTERIAN KELAUTAN DAN PERIKANAN

BADAN RISET DAN SDM KELAUTAN DAN PERIKANAN
POLITEKNIK KELAUTAN DAN PERIKANAN SIDOARJO
2022
 TEKNIK IDENTIFIKASI KOI HERPES VIRUS (KHV) PADA IKAN KOI
(Cyprinus carpio koi) DENGAN METODE Polymerase Chain Reaction
DI BALAI UJI STANDAR KARANTINA PENGENDALIAN
MUTU DAN KEAMANAN HASIL PERIKANAN
JAKARTA TIMUR

KARYA ILMIAH PRAKTIK AKHIR

PROGRAM STUDI TEKNIK BUDIDAYA PERIKANAN

Oleh :

Simehate
NIT.19.3.11.150

KEMENTERIAN KELAUTAN DAN PERIKANAN

BADAN RISET DAN SDM KELAUTAN DAN PERIKANAN
POLITEKNIK KELAUTAN DAN PERIKANAN SIDOARJO
2022
 HALAMAN PERSETUJUAN

Judul : Teknik Identifikasi Koi Herpes Virus (KHV) Pada Ikan Koi
(Cyprinus carpio koi) Dengan Metode Polymerase Chain
Reaction (PCR) Di Balai Uji Standar Karantina Pengendalian
Mutu Dan Keamanan Hasil Perikanan (BUSKIPM) Jakarta
Timur.
Nama : Simehate

NIT : 19.3.11.150

Kerja Praktik Akhir Ini Disusun Salah Satu Syarat Untuk

Menyelesaikan Pendidikan Program Diploma III
dan Untuk Memperoleh Gelar Ahli Madya Perikanan
Program Studi Teknik Budidaya perikanan
Politeknik Kelautan dan Perikanan Sidoarjo
Tahun Akademik 2021/2022.

Menyetujui :

Dosen Pembimbing I : Dosen Pembimbing II:

Indah Puspitasari,S.Si, M.Sc Fitri Yanti,S.Pi, M.Tr.Pi

NIP: 19810514 200502 2 001 NIP. 19860528 200801 2 003

Mengetahui:
Direktur Politeknik Kelautan Dan Perikanan Sidoarjo

I Gusti Putu Gede Rumayasa Yudana, S.Pi., M.P.

NIP. 19650425 199303 1 002

i
 HALAMAN REVISI

Telah Dipertahankan Dihadapan Tim Penguji

Ujian Akhir Program Diploma III

Politeknik Kelautan dan Perikanan Sidoarjo

dan Dinyatakan LULUS

Pada Tanggal :

Penyelesaian Revisi Tanggal :

Tim Penguji :

Penguji I Penguji II

IGP Gede Rumayasa,S.Pi.,M.P Ridwan Mustafa H,S.St.Pi.,M.Tr.Pi

NIP. 19650425 199303 1 002 NIP: 19891014 201503 1 002
Penguji III Penguji IV

Indah Puspitasari,S.Si, M.Sc Fitri Yanti,S.Pi, M.Tr.Pi

NIP. 19810514 200502 2 001 NIP. 19860528 200801 2 003

Mengetahui,
Ketua Program Studi Teknik Budidaya Perikanan

Lusiana BR ritonga,M.P.
NIP. 19920330 201801 2 004

ii
 KATA PENGANTAR

Assalamualaikum Wr. Wb.

Puji syukur penulis panjatkan kehadirat Tuhan Yang Maha Esa karena
atas berkat dan rahmat-Nya Penulis dapat menyelesaikan Karya Ilmiah Praktik
Akhir (KIPA) ini.

Penyusunan Laporan KIPA ini tidak lepas dari bantuan dan bimbingan
serta masukan dari berbagai pihak. Oleh karena itu, penulis mengucapkan terima
kasih kepada:

1. Bapak I Gusti Putu Gede Rumayasa Yudana, S.Pi., M.P., selaku Direktur
Politeknik Kelautan dan Perikanan Sidoarjo.
2. Ibu Lusiana BR Ritonga, M.P. selaku Ketua Program Studi Teknik
Budidaya Perikanan yang telah memfasilitasi kegiatan KPA ini.
3. Ibu Indah Puspitasari, S.Si.M.Sc dan Ibu Fitri Yanti, S.Pi., M.Tr.Pi selaku
dosen pembimbing I dan II, yang telah memberikan arahan dan
bimbingannya selama penyusunan Laporan KPA.
4. Ibu Dr.Ir.Woro Nur Endang Sariati selaku kepala BUSKIPM Jakarta Timur
yang telah memberikan kesempatan untuk melaksanakan kegiatan KPA.
5. Ibu Firma S.St.Pi selaku pembimbing eksternal yang telah memberikan
ilmu, arahan dan bimbingan selama melaksanakan KPA.
6. Seluruh analis laboratorium dan pegawai di BUSKIPM Jakarta Timur.
7. Semua pihak yang telah membantu dalam penyelesaian penyusunan
Karya Karya Ilmiah Praktik Akhir (KIPA) ini.

Penulis menyadari bahwa penyusunan KIPA ini masih belum sempurna, oleh
karena itu penulis mengharapkan kritik dan saran yang bersifat membangun
demi kesempurnaan KPA ini

Sidoaro,Agustus 2022

iii
 DAFTAR PUSTAKA

Halaman :

HALAMAN REVISI ................................................................................................. ii

DAFTAR GAMBAR ............................................................................................... vi
DAFTAR TABEL .................................................................................................. vii
DAFTAR LAMPIRAN ........................................................................................... vii
RINGKASAN.......................................................................................................... ix
1.1 Latar Belakang .................................................................................................. 1
1.2 Maksud dan Tujuan .......................................................................................... 4
1.3 Manfaat ............................................................................................................. 4
II. TINJAUAN PUSTAKA .................................................................................... 6
2.1 Pengertian Karantina ........................................................................................ 6
2.2.Pengertian Virus................................................................................................ 6
2.3 Ikan Koi (Cyprinus carpio) ................................................................................ 8
2.3.1 Klasifikasi Ikan Koi (Cyprinus carpio)..........................................................8
2.3.2 Morfologi Ikan Koi (Cyprinus Carpio koi ) .................................................10
2.4 Jenis-Jenis Ikan Koi ........................................................................................ 11
2.4.1 Goromo .........................................................................................................11
2.4.2 Koi Ochiba ....................................................................................................13
2.4.3 Koi Kohaku ...................................................................................................14
2.5 Koi Herpes Virus (KHV) .................................................................................. 15
2.5.1 Definisi Koi Herves Virus (KHV) ................................................................18
2.5.2 Morfologi Koi Herpes Virus (KHV) .............................................................20
2.5.3 Gejala Klinis Koi Herves Virus (KHV) .......................................................22
2.5.4 Penyebaran Koi Herpes Virus (KHV) ........................................................23
2.5.5 Penanggulangan dan Pencegahan Virus KHV ........................................24
2.5.6 Penginfeksian Virus KHV ...........................................................................27
2.6 Polymerase Chain Reaction (PCR) ............................................................... 28
2.6 1 Ekstraksi .......................................................................................................28
2.6.2 Amplifikasi.....................................................................................................29
2.6.2.1 Denaturasi .............................................................................................29
2.6.2.2 Annealing (Penempelan Primer) ........................................................30
2.6.2.3 Pemanjangan Primer (Extention). ......................................................30
2.6.2.4 Elektroforesis ........................................................................................31

iv
III. METODOLOGI................................................................................................. 32
3.1 Waktu dan Tempat.......................................................................................... 32
3.2 Metode Praktik ............................................................................................... 32
3.2.1 Alat dan Bahan ...........................................................................................32
3.3 Prosedur Penelitian ......................................................................................... 34
3.3.1 Penerimaan Sampel ....................................................................................34
3.3.2 Ekstraksi .......................................................................................................35
3.3.3 Amplifikasi.....................................................................................................35
3.3.4 Elektroforesis................................................................................................35
3.3.5 Pembacaan Hasi UV ...................................................................................36
3.4 Sumber Data ................................................................................................... 36
3.5 Metode Pengumpulan Data ........................................................................... 36
IV. KEADAAN UMUM .......................................................................................... 38
4.1 Letak Geografis ............................................................................................... 38
4.2 Sejarah Berdirinya BUSKIPM ......................................................................... 38
4.3 Visi dan Misi BUSKIPM................................................................................... 40
4.4 Struktur Organisasi ......................................................................................... 41
4.6 Tujuan BUSKIPM ............................................................................................ 42
4.7 Sasaran Strategis BUSKIPM .......................................................................... 43
V . HASIL DAN PEMBAHASAN .......................................................................... 45
5.1 Penerimaan Sampel ...................................................................................... 45
5.2 Sterilisasi Alat dan Bahan ............................................................................... 46
5.3 Ekstraksi Sampel ............................................................................................ 47
5.4 Amplifikasi ....................................................................................................... 51
5.5 Elektroforesis .................................................................................................. 54
VI. KESIMPULAN DAN SARAN .......................................................................... 65
6.1 Kesimpulan ..................................................................................................... 65
6.2 Saran ............................................................................................................... 66
DAFTAR PUSTAKA ............................................................................................. 67
LAMPIRAN ........................................................................................................... 70

v
 DAFTAR GAMBAR
Gambar Halaman :
1. Ikan Koi .......................................................................................................................9
2. Ikan Koi Goromo. .....................................................................................................11
3. Koi Ochiba. ...............................................................................................................14
4. Ikan Yang Terserang KHV. .....................................................................................18
5. Tahapan PCR...........................................................................................................29
6. Alur Proses Penelitian .............................................................................................34
7. Kantor Administrasi dan Gedung Laboratorium...................................................38
8. Struktur Organisasi ..................................................................................................41
9. Alur Ekstraksi Sampel. ............................................................................................49
10. Hasil Ekstraksi Pada Ikan Koi. ..............................................................................51
11. Komposisi Master Mix Aplifikasi ...........................................................................52
12. Mesin PCR Thermal Cycler. ..................................................................................54
13. Penimbangan Agarose...........................................................................................55
14. Pencetakan Agarose ..............................................................................................55
15.Penyuntikan Sampel ke Sumur..............................................................................56
16. Running Elektroforesis. ..........................................................................................56
17. Pembacaan Hasil Elektroforesis. ..........................................................................59
18. Hasil Negati Elektroforesis. ...................................................................................60
19. Hasil Elektroforesis Positif KHV ............................................................................60

vi
 DAFTAR TABEL

Tabel Halaman

1. Alat Identifikasi Virus KHV. .............................................................................. 32

2 .Bahan identifikasi virus KHV............................................................................ 33
3. Jumlah Data Sampel KHV Pada Bulan Maret-April. ....................................... 60

vii
 DAFTAR LAMPIRAN

Lampiran Halaman :

1. Proses Ektraksi ........................................................................................................70

2. Proses Amplifikasi. ..................................................................................................72
3.Elektroforesis .............................................................................................................73

viii
 RINGKASAN

SIMEHATE.NIT.19.3.11.150 Teknik Identifikasi KHV Koi Herpesvirus ( KHV )

Pada Ikan Koi (Cyprinus carpio koi) Dengan Metode Polymerase Chain Reaction
(PCR) Di Balai Uji Standar Karantina Pengendalian Mutu Dan Keamanan Hasil
Perikanan (BUSKIPM) Jakarta Timur dibawah bimbingan Ibu Indah
Puspitasari,S.Si.,M.Sc dan Fitri Yanti, S.Pi, M.Tr.Pi.

Ikan koi adalah salah satu jenis ikan hias air tawar yang disukai oleh
masyarakat. Mengenal ikan koi, berikut ini jenis dan ciri-cirinya. Punya nama latin
Cyprinus carpio, ikan koi memiliki kelebihan, seperti bentuknya yang bagus,
warna yang cerah, harga yang mahal, dan mudah beradaptasi dengan
lingkungan, sehingga banyak orang membudidayakannya. Koi Herpesvirus
(KHV) adalah penyakit yang disebabkan oleh virus yang menyerang ikan Koi
(Cyprinus carpio koi) dan ikan Mas (Cyprinus carpio). Penyakit ini telah mewabah
di Israel pada tahun 1998 dan di negara-negara lainnya seperti di Amerika,
Eropa dan Asia (Gilad Et Al.,2004).

Berdasarkan kasus-kasus yang terjadi maka pada Karya ilmiah Praktik

Akhir (KIPA) ini penulis tertarik untuk mengambil judul teknik identifikasi KHV koii
herpesvirus (KHV) pada ikan koi (Cyprinus carpio koi) dengan metode Polymeras
e Chain Reaction (PCR) di balai uji standar karantina pengendalian mutu dan
keamanan hasil perikanan (BUSKIPM) jakarta timur.

Maksud pelaksanaan KIPA yaitu mempelajari teknik teknik identifikasi KHV

koi herpesvirus (KHV) pada ikan koi (Cyprinus carpio koi) dengan metode
Polymerase Chain Reaction (PCR) di balai uji standar karantina pengendalian
mutu dan keamanan hasil perikanan tujuan akhir KIPA ini yaitu untuk menambah
pengetahuan serta memperoleh keterampilan tentang dengan identifikasi virus
KHV pada ikan koi dengan menggunakan kan metode Polymerase Chain
Reaction (PCR) yang diterapkan di BUSKIPM.

Karya Ilmiah Praktik Akhir (KIPA) ini dilaksanakan di Balai Uji Standar
Karantina Ikan Pengendalian Mutu Dan Keamanan Hasil Perikanan Jakarta
Timur mulai tanggal 07 maret sampai dengan 24 April 2022.

Metode yang digunakan dalam pelaksanaan Karya Ilmiah Praktik Akhir

(KIPA) ini adalah metode survey. sedangkan sistem yang digunakan untuk
memperoleh dan meningkatkan keterampilan adalah sistem Karya Ilmiah Praktik
Akhir (KIPA). sumber data yang dikumpulkan dalam pelaksanaan KPA ini adalah
data primer dan data sekunder.metode pengumpulan data yang digunakan
adalah metode observasi dan wawancara.untuk mengetahui teknik pengujian-
pengujian dalam identifikasi virus KHV,alat dan bahan yang digunakan untuk
identifikasi penyakit KHV yaitu dengan menggunakan analisis deskriptif.

Balai Uji Standar Karantina Ikan Pengendalian Mutu Dan Keamanan Hasil
Perikanan (BUSKIPM) Terletak Di Jl. Harapan 1 No 1A,Kelurahan
Setu,Kecamatan Cipayung,Jakarta Timur. BUSKIPM berdasarkan peraturan
menteri kelautan dan perikanan No.PER./25/men/2011 tentang organisasi dan
tata kerja unit pelaksanaan teknis karantina ikan,pengendalian Mutu dan meode
pengujian karantina ikan mutu dan keamanan hasil perikanan dalam rangka uji

ix
standar karantina ikan pengendalian mutu dan keamanan hasil perikanan.laborat
orium BUSKIPM memiliki kemampuan untuk melakukan pemeriksaan dan penguj
ian penyakit ikan melalui dari golongan jamur,parasit,bakteri hingga virus.

Tahapan pertama yang dilakukan untuk identifikasi KHV yaitu preparasi

sampel.adapun sampel yang penulis jadikan bahan pembuatan laporan adalah
sampel Yang berasal dari BUSKIPM yang di kirim dari CV dan PT. Sampel yang
digunakan berupa bentuk fiksatif.

Ekstraksi DNA adalah untuk mengoleksi DNA dan RNA Dari target atau
dari sampel-sampel. Sebelum Ekstraksi sampel harus diperiksa terlebih dahulu
dengan preparasi sampel, untuk pemeriksaan KHV dapat digunakan sampel ikan
hidup maupun ikan mati,ikan mati dalam keadaan dibekukan masih bisa
dilakukan pemeriksaan PCR asalkan belum mengalami autolisis sebelum
dibekukan,sampel yang akan diperiksa dinekropsi terlebih dahulu
(dibedah),pemilihan organ untuk pemeriksaan KHV adalah organ insang,organ
target difiksasi dengan etanol 95% atau 80% bila akan diawetkan,jumlah organ
yang digunakan pada saat ekstraksi antara 10-30 mg untuk keperluan ekstraksi
DNA.
Sebelum dilakukan proses ekstraksi yang bertujuan untuk memisahkan
RNA dan DNA dari komponen sel lainnya merupakan tahapan penting untuk
langkah berikutnya sehingga pelaksanaannya harus dilakukan dengan baik dan
bebas kontaminasi maka dilakukan persiapan alat-alat dan bahan yang
digunakan dalam proses identifikasi KHV seperti microtube,microtip,gunting,pins
et bedah dan pastel yang telah disterilkan.

KHV merupakan virus DNA oleh karena itu dalam proses amplifikasi hal
proses adalah sebagai berikut : Di dalam proses PCR, denaturasi awal dilakukan
sebelum enzim taq polimerase ditambahkan ke dalam tabung reaksi. Denaturasi
DNA merupakan proses pembukaan DNA untai ganda menjadi DNA untai
tunggal. Annealing (Penempelan Primer) Kriteria yang umum digunakan untuk
merancang primer yang baik adalah bahwa primer sebaiknya berukuran 18 – 25
basa, mengandung 50 – 60 % G+C dan untuk kedua primer tersebut sebaiknya
sama. Pemanjangan Primer (Extension).Selama tahap ini Taq polymerase
memulai aktivitasnya memperpanjang DNA primer dari ujung Kecepatan
penyusunan nukleotida oleh enzim tersebut pada suhu 72 0C diperkirakan 35 –
100 nukleotida/detik, bergantung pada buffer, pH, konsentrasi garam dan
molekul DNA target.

Hasil amplifikasi ini kemudian di elektroforesis untuk menentukan

Elektroforesis adalah proses migrasi dari fragmen DNA di dalam gel yang
direndam dalam larutan penyangga. Fragmen DNA yang lebih kecil berat
molekulnya akan berjalan lebih cepat dari molekul DNA yang lebih besar.
Perjalanan molekul DNA di dalam gel mengikuti arus listrik dari kutub negatif
menuju positif. Semakin besar tegangan arus listrik, perjalanan molekul DNA
akan semakin cepat demikian pula sebaliknya. Ada bermacam-macam zat kimia
yang digunakan sebagai gel di dalam proses elektroforesis.

x
 I. PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Indonesia sebagai negara yang dikelilingi lautan, mempunyai ragam jenis

ikan hias yang indah dan cukup unik. Ikan hias di Indonesia mendapat julukan

Home for Hundred of Exotic Ornamental Fish Species karena keragamannya

belum dimiliki oleh negara eksportir lainnya. Kekayaan hayati Indonesia sudah

banyak dikenal dalam bisnis ikan hias dunia. Produk Indonesia memiliki banyak

spesies, baik ikan hias air tawar maupun ikan hias air laut. Dari 1.100 spesies

ikan hias air tawar yang ada di dunia, 400 spesies diantaranya berasal dari

Indonesia (Kottelat et al 1993 dalam Kementerian Kelautan dan Perikanan 2013).

Ikan koi mulai masuk ke Indonesia sekitar tahun 1991. Waktu itu, ketika

Kaisar Jepang bernama Akihito memberi cinderamata puluhan ikan koi ke

Presiden Republik Indonesia (RI) ke-2. Versi kedua, dibawa oleh seorang

penggemar ikan koi bernama Hani Moniaga pada tahun 1981-1982. Ikan Koi

termasuk kedalam ikan dengan harga yang paling mahal dan disukai oleh

banyak orang saat ini. Koi berasal dari keluarga ‘Carp’ atau ikan mas dalam

bahasa Indonesia. Nishikigoi, atau koi dalam Bahasa Jepang berarti “Permata

kehidupan” atau “brokat” (guratan). Sampai sekarang Jepang masih menjadi

negara nomor satu sebagai memproduksi ikan koi negara dengan kualitas terbaik

di dunia.

Ikan koi merupakan salah satu komoditas ikan hias air tawar yang sampai

saat ini masih diakui menjadi salah satu primadona di pasar internasional,

tergolong ikan hias kelompok mahal. Selain itu, harganya relatif stabil.Adapun,

Kementerian Kelautan dan Perikanan (KKP) mencatat, hingga saat ini jumlah

ekspor ikan hias di Indonesia masih yang tertinggi di dunia. Hanya saja KKP

merasa secara nilai masih kalah dengan negara tetangga, yaitu Singapura.

1
 2

Badan Pusat Statistika (BPS) RI mencatat, ekspor ikan hias di Indonesia pada

tahun 2017 mencapai US$ 27, 61 juta, atau tumbuh 12,5% dibandingkan tahun

2016 (US$ 24, 64 juta). Dalam 6 tahun terakhir, nilai ekspor tahun 2017 ini

dianggap merupakan tertinggi dari tahun sebelumnya. Hal itu ditunjukkan, bahwa

perdagangan komoditas ikan hias Indonesia terus mengalami

perbaikan.Sementara itu, 10 Provinsi yang menjadi pengekspor ikan hias

terbesar pada tahun 2017 adalah Jawa Barat (27, 80%). DKI Jakarta (20,67%),

Kalimantan Barat (17,31%), Bali (16,92%), Banten (6,46%), Kepulauan Riau

(3,83%), Jawa Timur (3,57%), Kalimantan Selatan (1,56%), Sumatera Utara

(0,38%), dan Sumatera Selatan (0,32%).

Untuk wilayah provinsi, pada tahun 2017 yang mengalami pertumbuhan

positif nilai ekspor ikan hias yaitu DKI Jakarta, Kalimantan Barat, Banten,

Kepulauan Riau, Jawa Timur, Kalimantan Selatan dan Sumatera Selatan.

Sementara, untuk Provinsi Jawa Barat, Bali dan Sumatera Utara dianggap

mengalami pertumbuhan negatif atau penurunan nilai ekspor.

Adapun untuk ekspor, ada 10 negara utama yang menjadi tujuan ekspor

ikan Hias Indonesia. Diantaranya adalah China, USA, Jepang, Singapura, United

Kingdom, Taiwan, Jerman, Belanda, Korea dan Perancis.Berdasarkan data BPS,

pada 2018 terlihat bahwa ekspor ikan hias Indonesia 2017 lebih dominan

diekspor ke China, yaitu mencapai 27,50 persen dari total nilai ekspor ikan hias

di Indonesia. Tahun 2017 nilai ekspor ikan hias ke China juga dianggap

mengalami pertumbuhan sebesar 23,67 persen dibandingkan tahun 2016.

Ikan Koi (Cyprinus carpio koi) merupakan komoditas unggulan ikan hias

air tawar yang banyak diminati masyarakat. Ikan hias merupakan salah satu

organisme budidaya yang penting sebagai komoditas perdagangan, baik di

dalam maupun di luar negeri. Selain dipelihara sebagai hobi, ikan Koi

mempunyai daya tarik dan dapat memberikan keuntungan yang dapat menarik
 3

keinginan masyarakat dalam memelihara dan membudidayakannya. Selain itu

dapat juga digunakan sebagai lahan bisnis karena harganya yang relatif tinggi.

Ikan Koi banyak digemari karena memiliki berbagai macam pola warna, bentuk,

dan tekstur tubuh yang indah sehingga menjadikan ikan hias ini menarik para

pecinta ikan hias baik dalam dan luar negeri. Ikan Koi merupakan hewan yang

hidup di daerah beriklim sedang dan hidup di perairan tawar. Ikan Koi bisa hidup

pada temperatur 8°C - 30°C. Oleh karena itu, ikan Koi bisa dipelihara di seluruh

wilayah Indonesia, mulai dari pantai hingga daerah pegunungan.

Koi Herpesvirus (KHV) adalah penyakit yang disebabkan oleh virus yang

menyerang ikan Koi (Cyprinus carpio koi) dan ikan Mas (Cyprinus carpio).

Penyakit ini telah mewabah di Israel pada tahun 1998 dan di negara-negara

lainnya seperti di Amerika, Eropa dan Asia KHV di Indonesia dimulai di Blitar

Jawa Timur pada bulan Maret 2002 akibat masuknya ikan koi impor yang

membawa virus KHV, adapun tingkat kematian koi ya bisa mencapai 80%-85%.

Penyakit ini menyerang populasi ikan koi dan ikan mas dari berbagai umur dan

ukuran baik yang dipelihara di kolam, danau maupun keramba jaring apung.

Diagnosa penyakit KHV sampai saat ini secara umum dilakukan di

laboratorium dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR). Prinsip kerja

PCR adalah memperbanyak DNA suatu patogen sampai jumlah yang dapat

dilihat dengan mata telanjang. Upaya mendiagnosis keberadaan KHV dapat

dilakukan secara langsung. Salah satunya dengan bantuan teknik Polymerase

Chain Reaction (PCR) untuk mendeteksi keberadaan DNA virus.

 4

1.2 Maksud dan Tujuan

Tujuan dari pelaksanaan Karya Ilmiah Praktik Akhir (KIPA) ini adalah

sebagai berikut :

1. Untuk mengetahui cara mengidentifikasi pendeteksian virus KHV

Pada jenis ikan Koi (Cyprinus carpio koi) dengan PCR.

2. Untuk menambah ilmu pengetahuan dan pengalaman dalam bidang

penyakit ikan khususnya dalam pendeteksian adanya infeksi virus

pada sampel jaringan ikan.

3. Untuk menambah ilmu pengetahuan dan pengalaman dalam

menggunakan teknik PCR Konvensional di Balai Uji Standar

Karantina Ikan Pengendalian Mutu Dan Keamanan Hasil Perikanan

(BUSKIPM) Cipayung Jakarta Timur.

1.3 Manfaat

Manfaat dari Karya Ilmiah Praktik Akhir (KIPA) ini adalah sebagai berikut :

1. Dapat menambah ilmu pengetahuan dan pengalaman dalam bidang

penyakit ikan khususnya dalam pendeteksian adanya infeksi virus

pada sampel jaringan pada ikan.

2. Dapat menambah ilmu pengetahuan dan pengalaman dalam

menggunakan teknik PCR.

3. Dapat dimanfaatkan oleh lembaga perguruan tinggi sebagai bahan

kajian untuk mengembangkan riset dalam penanggulangan virus

pada ikan.
 5

1.4 Batasan Masalah

Batasan masalah dalam Karya Ilmiah Praktik Akhir (KIPA) ini dapat dilihat

dibawah ini :

1. Pengecekan virus KHV ini menggunakan sampel ikan koi.

2. Pengecekan dilakukan dengan metode Polymerase Chain Reaction

(PCR).
 II. TINJAUAN PUSTAKA

2.1 Pengertian Karantina

Karantina Ikan adalah tindakan sebagai upaya pencegahan masuk dan

tersebarnya hama dan penyakit ikan tersebarnya hama dan penyakit ikan

karantina ikan dari luar negeri,atau keluarnya dari dalam wilayah negara

Republik Indonesia. Badan Karantina Ikan dan Pengendalian Mutu dan

Keamanan Hasil Perikanan merupakan simplifikasi dari pelaksanaan

implementasi peraturan perundangan, tugas pokok dan fungsi, visi dan misi,

birokrasi dan orientasi pelayanan dari dua institusi yaitu Karantina Ikan dan

Laboratorium Pembinaan dan Pengujian Mutu Hasil Perikanan. Dilatar belakangi

masih terdapatnya permasalahan dalam kegiatan ekspor hasil perikanan yang

menyangkut aspek persyaratan negara tujuan ekspor dalam hal mutu, lemahnya

pengawasan dan pengendalian mutu produk perikanan tujuan ekspor yang

berdampak masih terdapatnya penolakan produk perikanan asal Indonesia oleh

negara tujuan, diperlukan langkah dan strategi untuk menciptakan sinergitas dua

institusi yang mempunyai tugas pokok dan fungsi yang masing-masing

berorientasi kepada keamanan pangan, perlindungan sumber daya, pelayanan

kepada masyarakat dan merupakan bagian dari sistem perdagangan, menjadi

satu organisasi sebagai bentuk yang dianggap ideal guna mengembangkan misi

dan tugas yang semakin berkembang.

2.2.Pengertian Virus

Virus merupakan agensia infeksi non-seluler dan hanya dapat melakukan

multiplikasi dalam sel inang. Virus berukuran sangat kecil yaitu bervariasi dari 18-

200 nm), sehingga hanya dapat dilihat dengan bantuan mikroskop elektron.

6
 7

Berbeda dengan parasit intraseluler lainnya seperti rickettsia, chlamydia dan

mycoplasma, virus menggunakan sel inang sepenuhnya untuk reproduksinya

karena virus harus mampu berpindah dari inang satu ke lainnya, menginfeksi dan

replikasi pada inang yang sesuai.

Satu partikel virus disebut sebagai virion, mengandung suatu genom

(materi asam nukleat) yang diselubungi oleh bungkus protein. Asam nukleat yang

dijumpai pada partikel virus dapat berupa DNA atau RNA tetapi bukan keduanya,

dengan benang tunggal atau ganda, linear atau bersegmen, atau mungkin pula

sirkuler. Bungkus (sampul) virus disebut sebagai kapsid dan terkadang disertai

perluasan yang disebut peplomer-peplomer. Kapsid tersusun atas unit-unit

morfologi yang disebut kapsomer. Tipe kapsomer sendiri tersusun atas unit-unit

yang disebut sebagai.

Klasifikasi virus yang lebih tua didasarkan pada symptomatology,

misalnya untuk virus yang menyebabkan penyakit-penyakit pada sistem

pernapasan. Sistem klasifikasi ini relative lebih muda, namun tidak banyak

diterima oleh para ilmuwan karena ada beberapa virus yang menyebabkan lebih

dari satu penyakit, tergantung dari jaringan yang terinfeksi. KHV sebagai salah

satu bentuk virus yang tergolong dalam famili herpesviridae adalah satu dari

sekian banyak virus yang menyebabkan penyakit pada sistem pernapasan. Para

peneliti virus akhirnya membuat sistem klasifikasi baru pada tahun 1966, dengan

membentuk International Committee on The Raxonomy of Viruses (ICTV). ICTV

pengelompokan virus menjadi beberapa famili berdasarkan, tipe asam nukleat,

strategi replikasi dan morfologi. Akhiran – virus yang digunakan untuk genus

(marga). Nama family (suku) berakhiran dengan viridae, dan nama ordo (bangsa)

berakhiran –ales, spesies virus adalah kelompok virus yang membagi informasi

genetic dan niche ekologi yang sama.

 8

2.3 Ikan Koi (Cyprinus carpio)

Ikan koi adalah salah satu jenis ikan hias air tawar yang disukai oleh

masyarakat. Mengenal ikan koi, berikut ini jenis dan ciri-cirinya. Punya nama latin

Cyprinus carpio, ikan koi memiliki kelebihan, seperti bentuknya yang bagus,

warna yang cerah, harga yang mahal, dan mudah beradaptasi dengan

lingkungan, sehingga banyak orang membudidayakannya.

Ikan koi atau Nishikigoi berasal dari Niigata, salah satu prefektur di

Jepang. Istilah Nishikigoi sendiri sudah ada sejak 200 tahun yang lalu. Ikan koi

ini diproduksi oleh petani yang membudidayakan ikan mas hitam sebagai sumber

makanan untuk bertahan hidup dalam kondisi cuaca musim dingin yang parah.

Hasil yang lahir dari ikan mas tersebut adalah ikan mas berwarna cerah dengan

sosok mengagumkan yang menonjol dari ikan-ikan yang lainnya. Seiring waktu,

banyak yang mulai mengapresiasi ikan koi ini seperti sebuah karya seni yang

indah.

Maka dari itu, Koi menjadi salah satu simbol cinta dan persahabatan di

Jepang. Pada periode Heian (794-1185) ikan koi sudah populer dan dipelihara

oleh bangsawan di Jepang. Para bangsawan menikmati memberi makan koi

mereka dengan ‘fu’. Fu ini merupakan sumber makanan yang berharga dan

masih dimakan oleh orang-orang sampai sekarang. Ikan-ikan koi akan dengan

tenang muncul ke permukaan saat mereka menaburkan fu, ikan-ikan koi tersebut

tidak pernah disebut dalam keserakahan.

2.3.1 Klasifikasi Ikan Koi (Cyprinus carpio)

Ikan koi merupakan ikan hias yang sangat menarik sehingga banyak

penggemarnya. Ikan koi dikatakan sebagai ikan hias karena mempunyai warna

yang indah dan jenis yang bermacam-macam, sehingga ikan ini banyak digemari
 9

orang sebagai ikan hias. Keberadaan ikan koi selain menjadi ikan hias, ikan koi

juga bisa dijadikan sebagai ladang bisnis yang cukup menjanjikan bagi para

pecinta ikan koi. Selain mempunyai warna yang indah, ikan ini dikagumi karena

keelokannya ketika menyembul dan melompat-lompat ke atas air. Ikan koi

dikelompokan menjadi 13 yaitu, Bekko, Utsuri Mono, Asagi-Shusui, Goromo,

Kawarimono, Ogon dan Hikari-moyomono. Sedangkan 5 golongan utama yaitu

Kohaku, Sanke, Showa, Hirarinuji dan Kawarigoi ( en Nippon Airinkai), klasifikasi

ikan koi untuk gambar 1. ikan koi dapat dilihat dibawah ini :

Kingdom : Animalia

Phylum : Chordata

Classis : Actinopterygii

Ordo : Cypriniformes

Familia : Cyprinidae

Genus : Cyprinus

Species : Cyprinus carpio L.

Gambar 1. Ikan Koi

Sumber. www.kompas.com,2022.
 10

2.3.2 Morfologi Ikan Koi (Cyprinus Carpio koi )

Ikan koi termasuk dalam famili Cyprinidae yang mempunyai ciri – ciri

umum, badan ikan koi berbentuk memanjang dan sedikit pipih ke samping

(compresed) dan mulutnya terletak di ujung tengah (terminal), dan di bagian

mulut terdapat dua sungut, yang kadang – kadang satu pasang di antaranya

kurang sempuna dan warna badan beragam. Ikan koi digolongkan dalam 3

bagian, yaitu kepala, badan, dan ekor. Pada kepala terdapat alat – alat seperti

sepasang mata, sepasang hidung yang cekung dan tidak berhubungan dengan

rongga mulut, celah – celah insang, sepasang tutup insang, alat pendengar, dan

keseimbangan yang tampak dari luar, dan sirip untuk bergerak.

Koi mempunyai indera penciuman. Indera pencium ini berupa sepasang

sungut (kumis) pada sebelah atas mulutnya, yang berguna untuk mencium

makanan pada dasar kolam yang berlumpur. Dengan indera penciumannya ini,

ikan koi mampu mendapatkan makanan dengan memisahkannya dari lumpur

yang menutupi makanan tersebut . Pada sisi badannya, dari pertengahan kepala

hingga batang ekor, terdapat gurat sisi (Linea lateralis) yang berguna untuk

merasakan getaran suara. Garis ini terbentuk dari urat-urat yang ada di sebelah

dalam sisik yang membayang hingga sebelah luar.

Pada dasarnya ikan koi sebagian besar mempunyai bentuk seperti ikan

mas pada umumnya, hanya ikan koi yang mempunyai beberapa perbedaan

dibandingkan ikan mas biasa. Perbedaannya dari segi warna ikan koi

mempunyai warna yang lebih beragam, sedangkan pada ikan mas hanya

mempunyai beberapa macam warna saja dan ikan koi mempunyai jenis yang

beragam, sedangkan ikan mas hanya mempunyai beberapa macam jenis saja.
 11

2.4 Jenis-Jenis Ikan Koi

2.4.1 Goromo

Koromo adalah hasil perkawinan campuran (hibrida) antara Asagi dan

Kohaku. Jenis ikan koi ini masih termasuk di dalam keluarga Sanshoku (Koi

dengan 3 warna). Dalam bahasa Jepang, 'Koromo' artinya adalah 'berjubah',

'berpakaian' atau 'terselubung: Koromo adalah Koi non metalik dengan tipe pola

yang sangat mirip dengan Kohaku, Sanke dan Showa.dapat dilihat pada gambar

2 dibawah ini.

Gambar 2. Ikan Koi Goromo.

Sumber. ulahkita.com,2022.

Warna yang ada pada Koromo antara lain biru, keunguan, ungu tua atau

hitam. Koi Koromo dengan warna ungu tua, yang mirip dengan warna buah

anggur disebut Budo Goromo. Untuk mengapresiasi berbagai warna Koromo,

lebih erat kaitannya dengan Kol induk yang digunakan untuk membiakkannya.

Sebagai contoh, seekor Al Goromo, merupakan hasil kawin silang antara Kohaku

dan Asagi. Sketsa sisik warna biru pada Asagi akan tampak berada di dalam

pola warna merah milik Kohaku. Demikian juga untuk keturunan dari Sanke

maupun Showa.
 12

Koromo adalah Koi hasil kawin silang, maka baik pola maupun warna di

punggung, tentu akan mirip dengan induknya. Seperti pada Al Goromo, maka

pola yang ada akan mirip dengan pola Kohaku, dengan perpaduan warna Asagi.

Demikian juga untuk Koromo Sanke dan Koromo Showa. Untuk lebih jelasnya

berikut ini adalah jenis koi :

a) Ai goromo.

Kata 'Al' (bahasa Jepang) berarti biru muda atau indigo. Jadi Ai Goromo

adalah Koi dengan warna biru muda. Warna birunya berasal dari Induk Asagi,

sedangkan warna dan pola warna merah adalah dari Kohaku. Pada bagian tepi

pola warna merah, terdapat gradasi (sashi) warna biru muda disekelilingnya dan

membentuk pola seperti jaring jaring.

b) Budo Goromo

kata "Budo' (bahasa Jepang yang berarti 'anggur' atau 'seribu anggur').

Budo Goromo adalah keturunan Asagi dan Kohaku yang cukup langka karena

terdapat warna ungu tua, membentuk pola seperti untaian buah anggur.

Komposisi pola pada Budo Goromo juga akan mengikuti jenis pola pada Kohaku.

c) Sumi Goromo

Kata 'Sumi' dalam bahasa Jepang berarti hitam. Penampakan seekor

Sumi Goromo ditandai dengan warna hitam di atas pola warna merah milik

Kohaku. Warna Sumi pada Goromo adalah benar benar hitam, bukan biru tua,

yang melebar sampai ke bagian kepala. Kol jenis ini juga termasuk sangat

langka. Namun demikian oleh karena warna hitam pada Sumi Goromo tidak

merata, maka akan terlihat kurang rapi dan tidak semenarik penampilan Budo

atau Ai Goromo.

d) Koromo Sanke
 13

Koi jenis Koromo Sanke ini adalah perpaduan antara Ai Goromo dan

Sanke. Warna biru muda sedikit terlihat di atas pola warna merah.

e) Koromo Showa Koromo

Showa adalah keturunan dari Al Goromo dan Showa. Warna biru muda

juga tampak di atas pola warna merah.

2.4.2 Koi Ochiba

Ochiba shigure atau biasa disebut ochiba saja adalah koi dengan pola

warna coklat/tembaga dan abu-abu/perak dengan pola jaring pada sisiknya.

Merupakan kombinasi dari chagoi dan soragoi. Ochiba Shigure adalah adalah

hasil persilangan antara Soragoi dan Chagoi. Koi ochiba di pasar lokal relatif

kurang tegas dan pekat warna coklatnya. Ochiba yang bagus masih didominasi

koi.Ciri ikan koi Ochiba-doitsu-shusui. Ikan koi Ochiba.memang varies koi yang

relatif baru dibandingkan dengan varietas koi lainnya. Namun pesona nya telah

memikat banyak penggemar koi dipenjuru dunia. Ochiba dikenal dengan nama

panjangnya Ochiba Shigure yang secara harfiah diterjemahkan sebagai ”autumn

leaves on water”.Warna sisik yang bersinar sempurna memberikan kesan daun

yang mengambang di atas air. Pola warna pada ochiba shigure yang memiliki

warna abu-abu, kuning, tembaga atau perunggu memberikan kesan sebagai

daun yang jatuh pada musim gugur.Koi ochiba diklasifikasikan dalam keluarga

Kawarimono yang merupakan penggolong koi yang tidak bisa diklasifikasikan

dalam kategori koi lainnya. Konon koi ochiba dilahirkan dari parent Soragoi (koi

dengan warna abu-abu dengan sisik membentuk pola net) dan Chagoi (koi

berwarna coklat keemasan). ochiba tersebut memiliki karakteristik yang sangat

jinak dan ramah terhadap manusia, sehingga Ochiba Shigure juga memiliki sifat

yang sama.
 14

Saat ini Ochiba Shigure makin populer di kalangan penghobi ikan koi.

Hasil persilangan dari berbagai varietas koi menghasilkan ochiba yang semakin

beragam. Beragam jenis ochiba yang sekarang ditemukan antara lain Doitsu

Ochiba, yang merupakan Ochiba tanpa sisik, Ochiba Ginrin (Ochiba dengan pola

Ginrin pada sisiknya), Metalic Doitsu Ochiba dan lain-lain. Selain jenis ochiba di

atas saat ini pun sudah lahir Ochiba hasil persilangan antara chagoi coklat

dengan Kohaku. Hasilnya adalah ochiba yang membentuk pola merah lumpur

yang tampak seperti daun yang jatuh pada kolam.

Gambar 3. Koi Ochiba.

Sumber.www.koisakana.com,2022.

2.4.3 Koi Kohaku

Kohaku merupakan jenis ikan Koi yang memiliki corak warna merah

diatas warna putih. 2. Sanke, merupakan jenis ikan Koi yang memiliki corak

merah dan hitam diatas warna putih. Corak hitam tidak terdapat di kepala. 3.

Showa, merupakan jenis ikan Koi hitam dengan corak warna merah dan putih.

Ikan hias dikatakan menarik apabila warnanya kontras atau komposisi warnanya

menarik. Untuk meningkatkan kecerahan warna pada ikan hias dapat dilakukan

dengan memberikan pakan yang mengandung zat warna. karotenoid adalah

suatu pigmen alami yang dapat ditemukan pada hewan, tanaman dan
 15

mikroorganisme. sel warna pada ikan dikelompokkan menjadi lima golongan,

yaitu: melanofor (sel pembawa warna hitam), xanthofit (sel pembawa warna

kuning), erythofor (sel pembawa warna merah dan kuning), iridofor (sel warna

untuk refleksi) dan leukofor (sel warna berupa butiran putih).

Perubahan warna yang terjadi dipengaruhi oleh letak butiran pigmen

dalam sel. Pergerakan butiran kromatofor menyebabkan sel tersebut dapat

menyerap sinar dengan sempurna sehingga terjadi peningkatan warna sisik yang

menyebabkan warna sisik lebih terang dan jelas, sedangkan butiran menjadi

berkumpul di dekat nukleus menyebabkan penurunan warna terlihat lebih gelap

dan memudar.

2.5 Koi Herpes Virus (KHV)

Koi Herpes Virus (KHV) adalah suatu penyakit pada ikan yang

disebabkan oleh virus yang berasal dari golongan virus DNA dari strain herpes

viridae. Virus akan tetap bersama ikan yang tetap hidup setelah terinfeksi dan

berpotensi sebagai pembawa virus selama hidupnya (carrier). Virus ini hanya

menginfeksi pada jenis ikan koi dan ikan mas. Keganasan penyakit koi herpes

virus ini dipicu oleh kondisi lingkungan yaitu diantaranya temperatur air yang

dibawah 30°C dan kualitas air yang buruk. Penyakit ini tidak dapat menular ke

manusia (zoonosis). akan tetapi virus penyakit ini menjadi sangat penting dalam

budidaya karena proses penyerangannya yang terjadi sangat cepat sehingga

dalam waktu seminggu saja ikan yang dibudidayakan bisa habis. Cara

penyebaran penyakit KHV ini yaitu melalui kontak langsung dengan ikan yang

terinfeksi, lendir dari ikan yang terinfeksi dan air, dan lumpur atau lain yang telah

masuk ke dalam kolam dan kontak langsung dengan organisme yang telah

terkontaminasi.
 16

Salah satu penyakit infeksius yaitu penyakit KHV. Penyakit KHV (Koi

Herpes Virus) merupakan penyakit yang digolongkan sebagai penyakit utama di

Indonesia. Penyakit ini menyerang ikan koi dan ikan mas. Penyakit ini sudah

menyebar di seluruh Indonesia sehingga mengakibatkan produksi ikan mas

mengalami penurunan Sehingga diperlukan cara untuk mengatasi penyakit KHV

tersebut, salah satunya dengan metode PCR.

Gejala klinis yang ditunjukkan oleh ikan koi yang terkena KHV ini adalah

sebagai berikut: (Ayu dkk, 2013) Penurunan nafsu makan sehingga ikan akan

terlihat lesu, Respon tanggap berkurang dan kehilangan keseimbangan

berenang. menunjukkan gerakan yang tidak terkontrol, kadang aktif dan kadang

diam.Terjadi perubahan warna tubuh, Ikan terlihat megap -megap karena terjadi

kerusakan insang sehingga akan mengganggu respirasi di insang. Pada bagian

matanya terlihat cekung dan ditutupi selaput putih pada insang terlihat ada

nekrosis, bercak-bercak berwarna kemerahan dan keputihan, insang juga

tampak berdarah (Oh et al., 2001; Kurnia, 2010). Hasil penelitian pendahuluan

dengan uji imunopatologi imunohistokimia streptavidin biotin pada spesimen

insang seekor ikan mas yang tampak sehat yang berasal dari daerah endemik

KHV yang merupakan koleksi dari Balai Karantina Ikan, Sepinggan, Balikpapan,

Kalimantan Timur membuktikan adanya antigen KHV insitu (Wasito dan

Wuryastuti, 2011).

Ikan Koi (Cyprinus carpio koi) dan ikan Mas (Cyprinus carpio), semua

kelompok usia ikan ini, juvenil hingga dewasa rentan terhadap KHV, namun ikan

ukuran 2,5-6 gram lebih rentan daripada ikan ukuran 230 gram. Larva ikan Mas

resisten terhadap KHV namun ikan Mas ini rentan terhadap infeksi pada saat

pendewasaan. Salah satu studi di Jerman menyatakan KHV terdeteksi melalui

PCR pada ikan Mas Koi (Red, Lion-head dan Shubunkin), Grass carp

(Ctenopharyngodon idella), dan Lele hias (Ancistrus sp) (OIE, 2012). Nurhayati
 17

Et al. (2010) menyatakan bahwa konstruksi vaksin DNA yang mengandung

sisipan gen glikoprotein 25 (GP25) untuk KHV berhasil dikembangkan

menggunakan gen virus isolat asal Indonesia sebagai sumber DNA yang

disisipkan ke plasmid. Perbedaan strain virus mengandung konsekuensi adanya

perbedaan sekuen gen penyandi protein imunogenik seperti yang ditunjukkan

pada glikoprotein ORF 25 (yang merupakan bagian virus yang bersifat

imunogenik) dari KHV asal indonesia memiliki perbedaan susunan asam amino

dengan KHV asal Jepang.Amerika Serikat dan Israel Dengan demikian vaksin

DNA yang dibuat menggunakan isolat Indonesia diduga lebih efektif

dibandingkan dengan isolat dari luar.

Infeksi KHV ditandai terutama oleh adanya bercak putih atau kerusakan

insang serta kematian massal pada ikan yang terserang. Seringkali insang

terlihat pucat dan nekrosis. Selain itu, biasanya diikuti oleh adanya infeksi

sekunder berupa luka atau bercak putih di permukaan tubuh yang diinfeksi oleh

bakteri seperti Aeromonas hydrophila ataupun Flexibacter columnaris (Ciptoroso

et al., 2012).

Ikan yang terinfeksi penyakit (Koi Herpes Virus) akan memperlihatkan

gejala penurunan nafsu makan, lemah, penurunan mukosa kulit, dan insang.

Penurunan mukosa kulit akan menyebabkan kulit tampak kering, hemoragi pada

sirip dan kulit, nekrosis sel insang atau menjadi gripis pada ujung lamela. Ikan

yang terserang KHV akan sedikit banyak mengalami perubahan tingkah laku

antara lain berenang dipermukaan air, berkumpul dekat aerasi, gerakan yang

kurang terkontrol, dan terlihat tersengal-sengal pada permukaan air,gambar ikan

yang terserang KHV dapat dilihat dibawah ini:

 18

Gambar 4. Ikan Yang Terserang KHV.

Sumber. istanakoi.id,2022.

Sumber penularan utama KHV adalah ikan Mas atau ikan Koi. Keduanya

juga bertindak sebagai carrier sebab infeksinya dapat terjadi secara persisten.

KHV juga dapat menyebar melalui air, feses, sedimen, dan ikan yang terinfeksi

(El-Din, 2011). Virus ini relatif stabil di air (dapat hidup selama 4 jam di air),

namun lebih stabil di sedimen atau media filter. Terdapat beberapa indikasi

bahwa infeksi dapat menyebar melalui filter yang terkontaminasi. Insang dan

atau usus dapat menjadi portal masuknya virus (Noga, 2010). Virus KHV memiliki

waktu inkubasi 5-7 hari yang ditandai dengan kematian dan penyebaran yang

cepat ketika suhu air 15-25°C. Vektor lain seperti ikan lain, invertebrate parasit,

burung piscivorous, dan mamalia dapat berperan dalam penularan (OIE, 2012).

2.5.1 Definisi Koi Herves Virus (KHV)

Koi herpesvirus (KHV) adalah penyakit virus yang menyerang ikan mas

dan ikan koi, Penyakit Koi herpes virus ini sering disebut sebagai penyakit herpes

pada ikan. Penyakit ini diartikan sebagai salah satu penyakit ikan yang hanya

menginfeksi dan dapat menyebabkan kematian masal pada ikan koi. Penyakit ini

sangat menular dan dapat menyebabkan kematian hingga 85-100% pada semua

umur atau ukuran ikan. Penyakit KHV juga disebut sebagai a cold virus atau virus
 19

yang menyerang saat dingin karena pemicu penyakit ini adalah penurunan suhu

lingkungan. Individu yang bertahan hidup pada saat terjadinya wabah umumnya

akan menjadi resisten terhadap infeksi berikutnya. Namun ketahanan tersebut

tidak menunjukan adanya transfer kepada keturunannya (Taukhid, 2010).

Menurut literatur lain Salah satu cara efektif untuk pencegahan penyakit

koi herpes virus (KHV) adalah dengan membuat kekebalan spesifik pada ikan

melalui pemberian vaksin Vaksin DNA dapat dijadikan sebagai vaksin alternatif

karena kelebihannya yang dapat memperbaiki beberapa kelemahan vaksin

tradisional (vaksin hidup dan vaksin mati) seperti resiko terjadinya infeksi.

Metode Untuk vaksinasi pada KHV ini lebih efisien menggunakan model

perendaman karena biasanya vaksin pada ikan mas dilakukan secara massal

sehingga tidak efisien jika melalui injeksi karena jumlahnya yang banyak. Selain

itu teknik perendaman sering digunakan untuk mengurangi tingkat stress serta

dapat dilakukan untuk semua ukuran ikan (Nuswantoro dkk, 2012).

Vaksin DNA penyandi glikoprotein koi herpesvirus (KHV) dapat

memberikan proteksi yang tinggi pada percobaan skala laboratorium. Vaksinasi

dengan dosis 12,5 µg/100μl dapat mempertahankan kelangsungan hidup

sebesar 96,67% selama satu bulan setelah uji tantang dengan virus KHV

menggunakan dosis letal. Ikan yang divaksin dengan dosis yang lebih rendah

yaitu 2,5 dan 7,5 ug/100μl mengalami kematian total berturut-turut setelah 15

dan 19 hari pengujian dengan virus KHV. Indeks fagositosis ikan yang divaksin

dengan dosis 12,5 µg/100μl mengalami penurunan setelah hari ke-49 atau 7 hari

setelah dilakukan uji dengan pemberian virus KHV (Nuryati dkk, 2010).
 20

2.5.2 Morfologi Koi Herpes Virus (KHV)

Virus merupakan agensia infeksi non-seluler dan hanya dapat melakukan

multiplikasi dalam sel inang. Virus berukuran sangat kecil yaitu bervariasi dari 18-

200 nm), sehingga hanya dapat dilihat dengan bantuan mikroskop electron.

Berbeda dengan parasit intraseluler lainnya seperti rikettsiae, clamydia dan

myoplasma, virus menggunakan sel inang sepenuhnya untuk reproduksinya

karena virus harus mampu berpindah dari inang satu ke lainnya, menginfeksi dan

replikasi pada inang yang sesuai.

Satu partikel virus disebut sebagai virion, mengandung suatu genom

(materi asam nukleat) yang diselubungi oleh bungkus protein. Asam nukleat yang

dijumpai pada partikel virus dapat berupa DNA atau RNA tetapi bukan keduanya,

dengan benang tunggal atau ganda, linear atau bersegmen, atau mungkin pula

sirkuler. Bungkus (sampul) virus disebut sebagai kapsid dan terkadang disertai

perluasan yang disebut peplomer-peplomer. Kapsid tersusun atas unit-unit

morfologi yang disebut kapsomer. Tipe kapsomer sendiri tersusun atas unit-unit

yang disebut sebagai protomer.

Klasifikasi virus yang lebih tua didasarkan pada symptomatology,

misalnya untuk virus yang menyebabkan penyakit-penyakit pada sistem

pernapasan. Sistem klasifikasi ini relative lebih muda, namun tidak banyak

diterima oleh para ilmuwan karena ada beberapa virus yang menyebabkan lebih

dari satu penyakit, tergantung dari jaringan yang terinfeksi. KHV sebagai salah

satu bentuk virus yang tergolong dalam famili herpesviridae adalah satu dari

sekian banyak virus yang menyebabkan penyakit pada sistem pernapasan. Para

peneliti virus akhirnya membuat sistem klasifikasi baru pada tahun 1966, dengan

membentuk International Committee on The Raxonomy of Viruses (ICTV). ICTV

pengelompokan virus menjadi beberapa famili berdasarkan, tipe asam nukleat,

strategi replikasi dan morfologi. Akhiran – virus yang digunakan untuk genus
 21

(marga). Nama family (suku) berakhiran dengan viridae, dan nama ordo (bangsa)

berakhiran – ales, spesies virus adalah kelompok virus yang membagi informasi

genetic dan niche ekologi yang sama.

Koi Herpesvirus (KHV), merupakan penyebab penyakit infeksi yang

menyerang populasi ikan mas (Cyprinus carpio) dan mas koi (Cyprinus carpio L).

wabah berlangsung mulai awal tahun 2002, dan berkembang menjadi epizootik

ketika terjadi ledakan penyakit di Blitar pada bulan Maret 2002 dan berlangsung

hingga beberapa bulan kemudian (Departemen Kelautan dan Perikanan, 2003).

Epizootik KHV telah menghancurkan budidaya ikan mas dan koi di Indonesia,

terutama di jawa,bali dan sumatera bagian selatan,karena menyebabkan

kematian hingga 100% dalam masa satu minggu setelah munculnya gejala-

gejala klinis.milai kematian tersebut jauh di atas rata-rata kematian yang

disebabkan oleh wabah penyakit yang terjadi sebelumnya. Wabah KHV tersebut

menjadi akibat impor ikan yang terinfeksi dan segera meluas menjadi epizootik.

KHV memiliki ukuran diameter 170-230 nm, sedangkan inti virus

berukuran 100-110 nm dengan bentuk icohedral . Partikel inti ditemukan juga

berbentuk circular atau poligonal dengan diameter 78-84 nm dan ekstraseluler

virus terbungkus sebagai virion matang dengan diameter sekitar 133 nm. Hasil

pemotongan tipis pellet virus yang telah dimurnikan menunjukkan adanya partikel

yang terbungkus dengan struktur seperti benang pada permukaan inti. Antara

pembungkus dengan, nucleocapsid dipisahkan oleh celah electron-lucen sekitar

10 nm. KHV juga berisi daerah padat-elektron asimetrik yang relatif kecil di dalam

inti viral yang kemungkinan merupakan DNA genomik dan kompleks nucleoprote.

Virus ini memiliki kepadatan bouyant sebesar 1.16 g/ml dapat dipurifikasi

menggunakan sentrifugasi pada gradient sukrosa dengan pita 37-39% sukrosa.

 22

2.5.3 Gejala Klinis Koi Herves Virus (KHV)

Koi dan ikan mas yang terserang KHV pada umumnya menunjukkan

tanda putih disekitar selaput insang. Ikan seringkali berenang di permukaan dan

menunjukkan gangguan pernapasan. Tanda lainnya seperti mata tenggelam atau

masuk, luka pada sekujur tubuh, lendir, yang berlebihan dan kulit yang pucat.

Namun beberapa ikan yang terinfeksi bisa saja tidak menunjukkan tanda-tanda

yang terlihat dengan kasat mata.

Infeksi KHV ditandai terutama oleh adanya bercak merah atau kerusakan

insang serta kematian massal ikan yang terserang. Selain itu biasanya diikuti

oleh adanya infeksi sekunder berupa luka atau bercak putih di permukaan tubuh

yang diinfeksi oleh bakteri bakteri seperti Aeromonas hydrophilia ataupun

Flexibacter columunaris. Hingga kini penyakit virus sulit untuk diberikan

perlakuan pengobatan karena virus berada dalam inti sel. Perubahan yang

utama terlihat di insang. Sel-sel respiratori pada lamella membesar dan neksrosis

dengan inti yang mengalami degenarasi (marginal cromatosis) dan terbentuk

intercelulear inclutation body diikuti dengan bergabungnya lamella karena

perbanyakan sel-sel epitel intralamela (Septiana, 2008). Sedangkan menurut

Sulmartiwi (2006), pada sitoplasma ditemukan partikel-like virus yang terdapat

pada ginjal ikan koi, hal yang sama juga ditemukan pada sitoplasma organ lain.

Pada sitoplasma juga ditemukan vakuola yang jumlahnya berukuran besar,

diduga adalah kerusakan yang disebabkan oleh virus. Perelberg et al (2003)

menyatakan bahwa secara histology, perubahan patologi yang jelas dapat

diamati pada ikan yang terinfeksi KHV. Perubahan yang paling nyata adalah

adanya lesi yang ditemukan pada insang dan ginjal. Biasa ditemukan hiperlasia

parah, lamella mengalami fusi dan adhesive dari filamen insang. Sel-sel nekrosis

terlihat pada jaringan hati. Badan inklusi terlihat di dalam glomerolus ginjal.
 23

2.5.4 Penyebaran Koi Herpes Virus (KHV)

Kematian massal pada budidaya ikan mas dan ikan koi telah dilaporkan

terjadi di israel sejak musim semi tahun. Pada awalnya terdapat di tempat

budidaya yang terinfeksi yang terletak di carmel shore,tapi 3 tahun berikutnya

telah menyebar hampir 90% di semua tempat pembudidaya ikan koi,mulai dari

Israel utara hingga ke selatan bagian tengah.sejak tahun 2008,kejadian yang

sama terjadi setiap musim semi dan musim gugur, dimana temperatur air

mencapai 22 -260C. Angka kematian mencapai 80-90% baik benih maupun

ukuran konsumsi sehingga mengakibatkan kerugian ekonomi yang cukup besar

di Israel.

Di Asia, KHV menyebabkan kematian ikan koi di Hongkong pada tahun

2001. Namun kerusakan yang lebih serius yang diakibatkan oleh KHV terjadi di

Cirata, Indonesia pada tahun 2002 yang kemudian meluas ke seluruh wilayah.

Indonesia. Pada saat bersamaan, wabah KHV juga terjadi di wilayah utara

Taiwan. Di Jepang, outbreak KHV pertama kali di Danau Kasumigaura, Oktober

– November pada tahun 2003, mengakibatkan kematian 1200 ton ikan mas

konsumsi yang kemudian dilanjutkan pada musim gugur dan semi. KHV juga

diketahui telah menyerang koi. Di Thailand, KHV pertama kali ditemukan pada

Maret 2005. Di Singapura KHV di deteksi melalui PCR terhadap koi pada bulan

September 2005. Pada Februari 2006 KHV PCR positif ditemukan pada 2

peternakan koi yang kemudian diisolasikan pada KF1 cell. Di Malaysia tidak

terdapat wabah KHV yang dilaporkan, namun virus ini terdeteksi pada koi yang

diekspor ke Inggris pada tahun 2000 dan 2001. Pada tahun 2004, koi di Malaysia

terdeteksi positif KHV dengan tes PCR. Keberhasilan wabah dan penyebaran

infeksi KHV menunjukkan pergerakan lintas benua dari patogen virus ini.

Perdagangan internasional ikan koi menjadi salah satu penyebab terbesar dalam

penyebaran KHV. Baru- baru ini KHV telah dimasukkan sebagai penyakit
 24

berbahaya OIE (Office International des Epizooties) sebagai indikasi untuk lebih

memperhatikan secara dunia terhadap infeksi virus ini.KHV menular secara

horizontal di antara ikan mas dan ikan koi dengan masa inkubasi 4 -5 hari dan

lamanya sakit 24 – 48 jam (perakut). Serangan infeksi KHV dapat ditunjukkan

dengan adanya lesi-lesi dan tingginya angka kematian. Insang yang terserang

berwarna merah dan terdapat bercak-bercak berwarna puti, pendarahan pada

insang, mata yang cekung dan warna tubuh yang pucat Biasanya infeksi KHV ini

diikuti dengan infeksi sekunder oleh bakteri terlihat adanya kulit melepuh maupun

luka borok di permukaan tubuh,kadang-kadang disertai pendarahan pada

sirip/badan.

2.5.5 Penanggulangan dan Pencegahan Virus KHV

Menurut MAI (2017) hingga saat ini belum ada pengobatan untuk KHV.

Tidak tersedia obat anti virus KHV ataupun anti virus lainya pada ikan budidaya.

Hanya saja, pada penelitian yang pernah dilakukan Ronen et al. (2003),

menunjukkan bahwa ikan koi akan dapat bertahan saat serangan wabah KHV

jika suhu air ditingkatkan sampai 30° C. Namun teknik ini tidak dianjurkan dalam

jangka panjang, apalagi untuk budidaya ikan hias. Vaksinasi menjadi langkah

yang strategis dalam upaya pencegahan KHV, mengingat tidak adanya terapi

dan pengobatan yang efektif dan spesifik terhadap virus ini.

Hingga kini belum tersedia teknologi pengendalian KHV yang memiliki

tingkat keberhasilan dan kesesuaian tinggi untuk berbagai sistem budidaya ikan

mas dan koi. Namun berdasarkan pengalaman selama ini, nampaknya strategi

yang paling mungkin untuk pengendalian penyakit tersebut adalah melalui

pendekatan ekologis dan biologis. Beberapa teknik pengendalian KHV pada

ikan mas dan ikan koi sudah dikembangkan, antara lain melalui pendekatan
 25

ekologis (manipulasi suhu air dan kandungan bahan organik terlarut), melalui

pendekatan biologis (polikultur, induksi kekebalan spesifik melalui proses

kohabitasi, serta penggunaan herbal terapi: ekstrak sambiloto dan daun pepaya)

(Taukhid dan Lusiastuti, 2012).

Menurut Ariyanto (2014) salah satu alternatif penanggulangan penyakit

KHV yang bisa dilakukan adalah perbaikan genetik untuk membentuk varietas

unggul ikan koi tahan KHV. Pembentukan varietas unggul ikan koi tahan KHV

dimulai dari kegiatan koleksi, karakterisasi, dan evaluasi plasma nutfah ikan koi.

Untuk mencegah terjadinya penyakit pada kegiatan budidaya, saat ini

sudah dikembangkan beberapa metode, diantaranya probiotik atau persaingan

antara faktor-faktor biologis. Alternatif yang sering dilakukan adalah vaksinasi

atau indikasi kekebalan. Selain vaksin, juga dilakukan tindakan pemberian

imunostimulan berupa vitamin C. Beberapa substansi diketahui mampu

meningkatkan respon kekebalan seperti Lipopolisakarida dan B-Glucan

(Scombes, 1994 dalam Taukhid dan Lusiastuti, 2012).

Penambahan vitamin C terhadap pakan komersial terbukti dapat

meningkatkan sintasan secara signifikan setelah diuji tantang dengan KHV, hal

ini mengindikasikan bahwa vitamin C mampu menginduksi kekebalan tubuh ikan

terhadap infeksi KHV. Vitamin C hingga dosis tertentu dapat meningkatkan

sistem pertahanan tubuh, di mana mekanismenya diduga adalah sebagai

koenzim modulator melalui aktivasi cell mediated immunity (Navarre & Halver,

1989; Ikeda, 1991; Robinson, 1991). Vitamin C juga berperan penting dalam

pemeliharaan sistem kekebalan yaitu membantu memelihara fungsi sel fagosit

melalui peningkatan kegiatan kemotaktik netrofil dan makrofag serta mobilitas

fagosit; dan kegiatan tersebut berpengaruh langsung terhadap pembentukan

sel-sel fagosit. Melalui penambahan dosis vitamin yang berbeda dalam pakan

ikan trout yang diserang Infectious Hematopoietic Necrosis (IHN) dihasilkan

 26

angka kematian dan tingkat kelangsungan hidup yang berbeda pada setiap

penambahan vitamin C yang berbeda (Satyabudhy et al., 1990 dalam Taukhid

dan Lusiastuti, 2012).

Penambahan vitamin C pada pakan komersial dapat meningkatkan

ketahanan tubuh ikan terhadap infeksi patogen. Penambahan vitamin C jenis

CFC-90 (microencapsulated vitamin C) pada pakan komersial sebanyak 750

mg/kg pakan dan diberikan selama 14 hari berturut-turut, diperoleh sintasan ikan

mas uji sebesar 82,22% setelah diuji tantang dengan KHV, sedangkan rataan

sintasan pada kelompok kontrol sebesar 27,78% (Taukhid dan Lusiastuti, 2012).

Menurut SFRC (2017) Karantina adalah metode yang paling diandalkan

untuk menghindari pengenalan patogen dalam sebuah kolam atau fasilitas.

Untuk menerapkan prosedur karantina yang efektif, semua ikan baru harus

disimpan dalam sistem yang terpisah, idealnya di gedung yang berbeda atau

daerah dari ikan penduduk. Resident ikan harus diberi makan, ditangani, dan

dipelihara sebelum ikan baru. Ikan dikarantina membutuhkan peralatan khusus

seperti jaring, ember, dan selang menyedot yang digunakan hanya untuk

mereka. Selain itu, mandi mencuci kaki dan tangan harus digunakan oleh siapa

saja memasuki dan meninggalkan area karantina. Ikan harus dikarantina untuk

minimal 30 hari.

Khusus untuk KHV, koi baru harus dikarantina dalam air yaitu 750F

(240C) selama minimal 30 hari. Di akhir periode karantina, setiap ikan yang sakit

harus diperiksa oleh seorang dokter hewan dan/atau laboratorium diagnostik

untuk menyingkirkan KHV atau penyakit lainnya. Jika semua ikan tampak sehat,

sampel darah harus dikumpulkan dari ikan dikarantina dan diajukan untuk

deteksi antibodi baik menggunakan metode ELISA atau VN (SFRC, 2017).

Munculnya penyakit pada ikan umumnya merupakan hasil interaksi yang

kompleks antara 3 komponen dalam ekosistem perairan yaitu, ikan yang lemah,
 27

kualitas lingkungan yang buruk dan patogen yang ganas. Maka strategi

manajemen kesehatan ikan harus difokuskan pada upaya pembenahan ke

komponen tersebut antara lain yaitu, penyediaan benih bermutu dan

pengelolaan lingkungan budidaya. Pengelolaan lingkungan budidaya meliputi

lokasi kolam (harus bebas pencemaran limbah dengan cara memfilter air yang

akan masuk kolam), dan sistem budidaya.

2.5.6 Penginfeksian Virus KHV

Metode penyebaran KHV bisa terjadi melalui kontak langsung dengan

ikan yang terinfeksi KHV melalui media air, lumpur, maupun cairan dari ikan

yang terinfeksi. Virus pertama kali akan menyerang kulit dan insang. Bergantung

pada suhu air, ikan yang terkena virus bisa lemas dan mati atau bertahan dan

menjadi agen pembawa virus (Eide et al., 2011 dalam MAI, 2017). Metode

penyebaran (penginfeksian) KHV yaitu secara horizontal melalui media air

sehingga ikan yang terinfeksi akan dengan mudah menginfeksi ikan lain yang

sehat dengan cepat. Adanya kontak langsung.

Metode penyebaran (penginfeksian) KHV yaitu secara horizontal melalui

media air sehingga ikan yang terinfeksi akan dengan mudah menginfeksi ikan

lain yang sehat dengan cepat. Adanya kontak langsung dengan ikan yang

terinfeksi, memakan pakan cairan dari ikan terinfeksi dan air, lumpur atau vektor

akan masuk ke dalam kontak dengan sistem kontaminasi. Serangan penyakit ini

menunjukkan kematian yang sangat cepat, ikan akan terlihat sakit dan akhirnya

mati dalam 24-48 jam. Faktor lingkungan yang berperan dalam menunjang

kehidupan virus ini antara lain adalah temperatur. Temperatur optimum untuk

hidup dan berkembang virus ini adalah 18- 270C. Serangan yang
 28

mengakibatkan kematian ikan dengan cepat (2-3 hari). Pada suhu 300C keatas

jarang terjadi kasus penyakit ini.

2.6 Polymerase Chain Reaction (PCR)

Polymerase Chain Reaction (PCR) adalah suatu teknik sintesis dan

amplifikasi DNA secara in vitro. Teknik ini pertama kali dikembangkan oleh Karry

Mullis pada tahun 1985. Teknik PCR dapat digunakan untuk mengamplifikasi

segmen DNA dalam jumlah jutaan kali hanya dalam beberapa jam. Dengan

ditemukannya teknik PCR di samping juga teknik-teknik lain seperti sekuensing

DNA, telah merevolusi bidang sains dan teknologi khususnya di bidang diagnosa

penyakit genetik, kedokteran forensik dan evolusi molekuler,proses (PCR) adalah

sebagai berikut :

2.6 1 Ekstraksi

Ekstraksi DNA atau RNA merupakan tahap awal pemeriksaan dengan

metode PCR, yaitu serangkaian proses untuk memisahkan DNA dari komponen-

komponen sel lainnya. Hasil akhir dari ekstraksi kemudian amplifikasi atau

perbanyakan DNA target dimaksudkan untuk meningkatkan jumlah DNA target

yang ada, sehingga dapat dideteksi dengan elektroforesis. Amplifikasi dilakukan

dengan bantuan thermocycler atau yang lebih dikenal dengan alat PCR. DNA

hasil amplifikasi belum bisa dilihat dengan mata telanjang. Untuk melihatnya,

produk PCR ini perlu dianalisis lebih lanjut dengan diwarnai dengan Ethidium

Bromida (EtBr) sebagai tahap akhir pada proses elektroforesis. Molekul DNA

yang berikatan dengan EtBr akan berpendar (fluoresensi) bila dilihat dengan

lampu ultraviolet (UV- transilluminator). Gambar ekstraksi dapat dilihat dibawah

ini :
 29

2.6.2 Amplifikasi

Amplifikasi Polymerase Chain Reaction (PCR) memiliki tiga proses atau

tahapan secara umum yaitu :

Gambar 5. Tahapan PCR.

Sumber. www.referensibiologi.com,2022

2.6.2.1 Denaturasi

Di dalam proses PCR, denaturasi awal dilakukan sebelum enzim taq

polimerase ditambahkan ke dalam tabung reaksi. Denaturasi DNA merupakan

proses pembukaan DNA untai ganda menjadi DNA untai tunggal. Ini biasanya

berlangsung sekitar 3 menit, untuk meyakinkan bahwa molekul DNA

terdenaturasi menjadi DNA untai tunggal. Denaturasi yang tidak lengkap

mengakibatkan DNA mengalami renaturasi (membentuk DNA untai ganda lagi)

secara cepat, dan ini mengakibatkan gagalnya proses PCR. Adapun waktu

denaturasi yang terlalu lama dapat mengurangi aktivitas enzim Taq polymerase.

Aktivitas enzim tersebut mempunyai waktu paruh lebih dari 2 jam, 40 menit, 5

menit masing-masing pada suhu 92,5; 95 dan 970C.

 30

2.6.2.2 Annealing (Penempelan Primer)

Kriteria yang umum digunakan untuk merancang primer yang baik adalah

bahwa primer sebaiknya berukuran 18 – 25 basa, mengandung 50 – 60 % G+C

dan untuk kedua primer tersebut sebaiknya sama. Sekuens DNA dalam masing-

masing primer itu sendiri juga sebaiknya tidak saling berkomplemen, karena hal

ini akan mengakibatkan terbentuknya struktur sekunder pada primer tersebut dan

mengurangi efisiensi PCR. Waktu annealing yang biasa digunakan dalam PCR

adalah 30 – 45 detik. Semakin panjang ukuran primer, semakin tinggi

temperaturnya. Kisaran temperatur penempelan yang digunakan adalah antara

36oC sampai dengan 72oC, namun suhu yang biasa dilakukan itu adalah antara

50 – 60oC.

2.6.2.3 Pemanjangan Primer (Extention).

Selama tahap ini Taq polymerase memulai aktivitasnya memperpanjang

DNA primer dari ujung Kecepatan penyusunan nukleotida oleh enzim tersebut

pada suhu 720C diperkirakan 35 – 100 nukleotida/detik, bergantung pada buffer,

pH, konsentrasi garam dan molekul DNA target. Dengan demikian untuk produk

PCR dengan panjang 2000 pasang basa, waktu 1 menit sudah lebih dari cukup

untuk tahap perpanjangan primer ini. Biasanya di akhir siklus PCR waktu yang

digunakan untuk tahap ini diperpanjang sampai 5 menit sehingga seluruh produk

PCR diharapkan terbentuk DNA untai ganda.

PCR dapat diidentifikasi melalui ukurannya dengan menggunakan

elektroforesis gel agarosa. Metode ini terdiri atas menginjeksi DNA ke dalam

gel agarosa dan menyatukan gel tersebut dengan listrik. Hasilnya untai DNA

kecil pindah dengan cepat dan untai yang besar diantara gel menunjukkan

hasil positif.
 31

2.6.2.4 Elektroforesis

Elektroforesis adalah proses migrasi dari fragmen DNA di dalam gel yang

direndam dalam larutan penyangga. Fragmen DNA yang lebih kecil berat

molekulnya akan berjalan lebih cepat dari molekul DNA yang lebih besar.

Perjalanan molekul DNA di dalam gel mengikuti arus listrik dari kutub negatif

menuju positif. Semakin besar tegangan arus listrik, perjalanan molekul DNA

akan semakin cepat demikian pula sebaliknya. Ada bermacam-macam zat kimia

yang digunakan sebagai gel di dalam proses elektroforesis.

Teknik elektroforesis dapat digunakan untuk analisis DNA, RNA, maupun

protein. Elektroforesis DNA dilakukan misalnya untuk menganalisis fragmen DNA

hasil pemotongan dengan enzim restriksi. Fragmen DNA yang telah dipotong-

potong dapat ditentukan ukurannya dengan cara membuat gel agarosa, yaitu

suatu bahan yang terbuat dari rumput laut.

 III. METODOLOGI

3.1 Waktu dan Tempat

Kegiatan Kerja Praktik Akhir (KPA ) ini dilaksanakan pada tanggal 1 Maret

– 24 April 2022 di Balai Uji Standar Karantina Ikan Dan Pengendalian Mutu Yang

Bertepatan Di Jalan Harapan 1 No: 1A,Kelurahan Setu,Kecamatan

Cipayung,Jakarta Timur.

3.2 Metode Praktik

3.2.1 Alat dan Bahan

Alat yang digunakan dalam identifikasi virus KHV ini adalah sebagaii

berikut:

Tabel 1. Alat Identifikasi Virus KHV.

No. Nama Alat Kegunaannya

1. Analytical balance Untuk Menimbang sampel
2. Autoclave Untuk Sterilisasi alat
3. Glassware Untuk mengukur
4. Mikropipet stand Untuk Memindahkan cairan
5. Microwave oven Untuk menghomogenkan
agarose dengan proses
pemanasan
6. Oven ( dry sterilizer) Untuk steril alat
7. Vortex mixer Untuk menghomogenkan
8. Water bath Untuk memanaskan cairan
dengan direndam dengan air.
9. PCR chamber Untuk membuat cocktail yang
akan digunakan untuk
amplifikasi
10. Laminar air flow cabinet Untuk mencegah kontaminasi
(biosafety level 2) pada sampel
11. Deep freezer Untuk Menyimpan reagen atau
sampel.
12. Gunting bedah bengkok Untuk menggunting.
13. Pinset tumpul Untuk Mengambil organ/sampel

32
 33

14. Microtube Untuk tempat sampel

15. Dilengkapi dengan power Untuk elektroforesis
supply,tangki,sisir,tutup
16. Thermal cycler (PCR Machine) Untuk mesin pcr
17. Tips mikropipet Wadah penampungan sampel.
18. UV documentation dilengkapi Untuk mendeteksi pita-pita DNA
kamera hasil running elektroforesis.
digital,printer/polaroid,dan
computer
19. Genequant Untuk menghitung konsentrasi
dan kemurnian dari asam
nukleat dan protein dari sampel
Sumber : Data Primer (2022)

Bahan yang digunakan dalam identifikasi virus KHV pada ikan koi dapat

dilihat dibawah ini :

Tabel 2.Bahan identifikasi virus KHV

No. Nama bahan Kegunaan

1. ddH2O Buffer Ph
2. CTAB Lisis protein
3. DTAB Lisis lemak
4. Etanol 95% Pelarut
5. Dissolve solution Pelarut
6. Sybr safe Pewarna
7. Aquades Pelarut dan kontrol negatif
8. Chloroform Melisis lemak dan mengendapkan
DNA spesifik
9. Agarose Elektroforesis
10. EtBr Pewarna
11. DNA Marker Penanda bp
12. First PCR Primer Memasangkan DNA sesuai
pasangan asam spesifik
13. Nested PCR Primer Memasangkan DNA sesuai
pasangan asam basa
14. TAE buffer Buffer Ph
15. P(+) standar Perbandingan
16. Iqzyme DNA polymerase Membantu proses penempelan
DNA dalam proses amplifikasi
Sumber : Data Primer (2022)
 34

3.3 Prosedur Penelitian

Sesuai dengan pedoman standar pemeriksaan laboratorium biologii

molekuler BUSKIPM Jakarta Timur, ada beberapa yang dilakukan dalam proses

identifikasi virus KHV, diagram alir prosedur identifikasi virus KHV dapat dilihat

dibawah ini :

Penerimaan sampel

Ekstraksi

Amplifikasi

Elektroforesis

Pembacaan Hasil UV

Gambar 6. Alur Proses Penelitian

Sumber. Data primer (2022)

3.3.1 Penerimaan Sampel

Pengelolaan sampel yang dilakukan di balai uji standar karantina

pengendalian mutu dan hasil perikanan.sampel uji didapatkan dari pengguna

jasa Setelah customer melakukan registrasi dan telah diverifikasi oleh petugas,

tahap selanjutnya yaitu melakukan pemeriksaan dokumen dan pemeriksaan fisik

serta klinis pada ikan yang telah dikirim. Kemudian petugas mengambil beberapa

sampel ikan dan kemudian dilakukan pengkodean. Pengkodean pada sampel uji

berdasar pada nomor urut pengisian form permohonan yang sudah diisi oleh

pihak pengguna jasa Selanjutnya sampel didistribusikan ke laboratorium

bersamaan dengan formulir permohonan pengujian untuk dilakukan pemeriksaan

 35

laboratorium. Apabila terdapat ikan sampel yang tidak memiliki formulir

permohonan pengujian sampel, maka sampel tersebut tidak akan diproses untuk

dilakukan pengujian laboratorium.

3.3.2 Ekstraksi

Ekstraksi DNA dengan metode DTAB-CTAB. Pada pengujian PCR wajib

untuk mengetahui target jaringan organ yang menjadi sampel uji. Beberapa jenis

virus memiliki target organ/jaringan yang menjadi target infeksi. Diharapkan saat

mengekstraksi dapat memperoleh DNA virus yang mencukupi untuk pengujian

PCR lebih lanjut dengan pemilihan jaringan organ yang tepat. Target jaringan

organ yang menjadi target infeksi KHV adalah insang, ginjal dan limpa.

3.3.3 Amplifikasi

Amplifikasi, proses perbanyakan DNA melalui tahap Denaturasi,

Annaeling dan Elongasi yang berulang hingga 40 siklus dalam mesin Thermal

Cycler. Sebelum diamplifikasi dilakukan tamplate adding pada hasil ekstraksi

(Master mix dengan primer spesifik, kontrol (+) dan kontrol (-).

3.3.4 Elektroforesis

Gel diangkat dari cetakan dan dimasukkan kedalam chamber

elektoforensis kemudian ditambahkan TAE buffer, tambahkan SYBR safe 4

campurkan dengan larutan hingga merata, cetak agarose.PCR yang sudah di

ampifikasi dimasukkan kedalam sumur 6 , tambahkan marker atau penanda

DNA 100bp 4 .kemudian di suntikkan kedalam sumuran,tutup electrophorensis

dipasang dan listrik dihidupkan dengan voltage di atur 120V selama 30 menit.
 36

3.3.5 Pembacaan Hasi UV

Komputer dan kamera digital dinyalakan. Gel agarose hasil dari

elekroforensisi dimasukkan ke dalam UV transiluminator UV transiluminor

dinyalakan dan pita DNA akan berpendar saat terkena sinar UV. Hasil gel

agarose saat disinari UV didokumentasikan dalam komputer.

3.4 Sumber Data

Sumber data yang digunakan dalam penulisan laporan Karya Ilmiah

Praktik Akhir (KIPA) ini adalah sebagai berikut :

1. Data Primer adalah data yang diperoleh dari hasil wawancara langsung

dengan pembimbing lapangan dan melakuan pengamatan secara

langsung dan melakukan pencatatan dari hasil observasi, dan partisipasi

aktif.

2. Data Sekunder merupakan data yang diperoleh atau dikumpulkan dari

sumber pustaka yang sudah ada. Data ini biasanya diperoleh dari

perpustakaan atau dari laporan-laporan penelitian yang terdahulu. Data

sekunder dapat disebut juga sebagai data tersedia. Dalam praktik kerja

lapangan ini data sekunder diperoleh dari berbagai literatur baik dari

instansi pemerintah (DJPB, Dinas Kelautan dan Perikanan, Badan

Litbang, LIPI, dll) maupun dari swasta (perusahaan, petani ikan, dll).

3.5 Metode Pengumpulan Data

Data yang digunakan dalam penulisan Karya Ilmiah Praktik Akhir (KIPA)

ini diperoleh dengan menggunakan metode sebagai berikut :

1. Observasi adalah pengamatan secara langsung dan pencatatan secara

sistematis terhadap gejala yang diselidiki. Dalam kerja praktik akhir ini
 37

observasi dilakukan terhadap berbagai kegiatan identifikasi virus meliputi

proses penanganan sampel, sterilisasi, persiapan alat dan bahan,

identifikasi virus , serta pelaporan hasil pemeriksaan.

2. Wawancara adalah suatu cara pengambilan data yang digunakan untuk

memperoleh informasi langsung dari staf,teknisi lapangan,teknisi lab serta

semua pihak yang berkompeten secara langsung maupun tidak langsung

terhadap pelaksanaan Karya Ilmiah Praktik Akhir (KIPA) yang

dilakukan.wawancara ini bertujuan untuk mengumpulkan data primer

terkait dengan materi kegiatan Karya Ilmiah Praktik Akhir (KIPA).

3. Berpartisipasi langsung pada setiap kegiatan yang berkaitan dengan

tujuan dari pelaksanaan Karya Ilmiah Praktik Akhir (KIPA) Partisipasi ini

adalah sebagai berikut :

a. Ikut serta dalam setiap kegiatan pemeriksaan terhadap ikan yang

terindikasi terserang penyakit.

b. Ikut serta dalam kegiatan analisa virus yang khususnya

menggunakan PCR.

c. Ikut serta dalam seluruh kegiatan yang dilakukan di laboratorium

biologi molekuler sterilisasi alat.

 38

IV. KEADAAN UMUM

4.1 Letak Geografis

Balai Uji Standar Karantina Pengendalian Mutu Dan Keamanan Hasil

Perikanan terletak Jl. Raya Mabes Hankam No.26, RW.5, Setu, Kec. Cipayung,

Kota Jakarta Timur, Daerah Khusus Ibukota Jakarta 13890 Jl. Raya Mabes

Hankam No.26, RW.5, Setu, Kec. Cipayung, Kota Jakarta Timur, Daerah Khusus

Ibukota Jakarta 13890.yang merupakan lokasi karya ilmiah praktik akhir

(KIPA).batas-batas wilayah adalah sebagai berikut :

Gambar 7. Kantor Administrasi dan Gedung Laboratorium

Sumber: https://kkp.go.id/bkipm/buskipmkh/page/1715-visi-dan-misi

4.2 Sejarah Berdirinya BUSKIPM

Balai Uji Standar Karantina Ikan (BUSKI) diresmikan pada tanggal 1

Februari 2005 berdasarkan Keputusan Menteri Kelautan dan Perikanan No. KEP

33/MEN/2004 tertanggal 30 Juli 2004. BUSKI merupakan organisasi setingkat

eselon 3a yang terdiri dari Kepala Balai, Kasubbag Tata Usaha, dan Kepala

Seksi Pelayanan Teknis. Pembentukan BUSKI dimaksudkan untuk meningkatkan

daya guna dan hasil guna pelaksanaan pengujian standar karantina ikan dengan

tugas melaksanakan pengujian yang diperlukan dalam penyiapan bahan

 39

penyusunan pengembangan teknik dan metoda serta standar uji laboratorium

karantina ikan. Selain itu BUSKI juga diharapkan dapat berfungsi sebagai tempat

pelatihan bagi petugas laboratorium lingkup UPT Pusat Karantina Ikan dan

penghasil produk/bahan diagnosa penyakit ikan. Seiring dengan pesatnya

perkembangan mobilitas perikanan serta tuntutan pasar (market) terhadap

jaminan mutu serta keamanan produk yang akan dipasarkan, khususnya pada

produk-produk perikanan yang merupakan salah satu andalan pasar ekspor

Indonesia, melalui Peraturan Presiden Nomor 24 tahun 2010 dibentuklah Badan

Karantina Ikan, Pengendalian Mutu, dan Keamanan Hasil Perikanan (BKIPM).

Menindaklanjuti Peraturan Presiden tersebut dan dalam rangka optimalisasi

pelaksanaan tugas dan fungsi karantina ikan, pengendalian mutu, dan kemanan

hasil perikanan, maka Kementerian Kelautan dan Perikanan menerbitkan

Peraturan Menteri Kelautan dan Perikanan Nomor : PER.25/MEN/2011 tanggal

26 September 2011 tentang Organisasi dan Tata kerja Unit Pelaksana Teknis

Karantina Ikan, Pengendalian Mutu, dan Keamanan Hasil Perikanan.

Sejak diterbitkannya peraturan tersebut, Balai Uji Standar Karantina Ikan

(BUSKI) berubah menjadi Balai Uji Standar Karantina Ikan, Pengendalian Mutu,

dan Keamanan Hasil Perikanan (BUSKIPM). Perubahan tersebut diikuti dengan

perubahan Struktur Organisasi, Tugas dan Fungsi yaitu Kepala Balai, Kasubbag

Tata Usaha, Kasie Pengujian HPI, Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan, dan

Kasi Bimtek dan InformasI.

 40

4.3 Visi dan Misi BUSKIPM

4.3.1 Visi

Visi Badan Karantina Ikan Pengendalian Mutu dan Keamanan Hasil

Perikanan adalah mendukung visi Kementerian Kelautan dan Perikanan dengan

memberikan jaminan Hasil perikanan yang sehat, bermutu, aman dan

terpercaya. Kaitannya dengan mandat organisasi yang diemban oleh Balai Uji

Standar Karantina Ikan, Pengendalian Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan

(BUSKIPM), sebagai laboratorium acuan maka aspek yang berkaitan dengan visi

BKIPM di atas adalah dukungan untuk mewujudkan Indonesia yang berdaulat

dan mandiri dalam memastikan produk perikanan yang aman dan bermutu .

Untuk itu, maka Visi pembangunan BUSKIPM Tahun 2020-2024 adalah

Memberikan Jaminan Hasil Pengujian yang berstandar Nasional dan

Internasional. Penjaminan Pengujian adalah bahwa pengujian dilakukan

berdasarkan metoda yang telah valid dan sesuai standar nasional dan

internasional sehingga memberikan jaminan bahwa hasil perikanan sehat,

bermutu dan aman konsumsi dimana mengandung arti bahwa hasil perikanan

yang bebas hama penyakit ikan karantina (Sehat), memiliki kualitas teknis sesuai

dengan persyaratan standar yang ditetapkan (Bermutu), dan tidak dalam

ambang batas yang dapat membahayakan manusia (Aman konsumsi) serta tidak

merusak kelangsungan sumber daya hayati ikan (Aman lingkungan).

 41

4.3.2 Misi

Misi BUSKIPM adalah menjalankan misi Badan Karantina Ikan,

pengendalian Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan yang terdapat dalam Renstra

BKIPM 2020 – 2024, dan dilakukan dalam rangka mencapai VISI BUSKIPM .

Oleh karena itu, Misi yang dijalankan oleh BUSKIPM adalah :

1. Meningkatkan peran BUSKIPM sebagai laboratorium acuan UPT KIPM Misi.

2. Pengembangan teknik dan metoda pengujian sesuai standar nasional dan

internasional Misi.

3. Mewujudkan BUSKIPM sebagai laboratorium reference International.

4.4 Struktur Organisasi

Gambar 8. Struktur Organisasi

 42

4.5. Tugas Pokok dan Fungsi BUSKIPM

Melaksanakan pengujian dan pengembangan teknik dan metode

pengujian karantina ikan, mutu, dan keamanan hasil perikanan dalam rangka uji

standar karantina ikan, pengendalian mutu, dan keamanan hasil perikanan

(Permen KP No. PER.25/MEN/2011 Pasal 28).

1. Pelaksanaan pengujian HPIK, mutu, dan keamanan hasil perikanan

dalam rangka uji standar HPIK, mutu, dan keamanan hasil perikanan.

2. Pengembangan teknik dan metode pengujian HPIK, mutu, dan keamanan

hasil perikanan.

3. Pelaksanaan uji profisiensi.

4. Pelaksanaan rancangan standarisasi metode pengujian karantina ikan.

pengendalian mutu, dan keamanan hasil perikanan.

5. Pembuatan koleksi standar media pembawa dan/atau HPIK.

6. Penyiapan bahan informasi dan publikasi hasil pengujian laboratorium

karantina ikan, pengendalian mutu, dan keamanan hasil perikanan.

7. Pelaksanaan kerjasama teknis laboratorium nasional dan internasional.

8. Pelaksanaan bimbingan teknis laboratorium.

9. Pengumpulan dan pengolahan data dan

10. Pelaksanaan urusan tata usaha dan rumah tangga.

4.6 Tujuan BUSKIPM

Tujuan pembangunan BUSKIPM merupakan penjabaran Visi dan Misi,

guna mendukung prioritas pembangunan kelautan dan perikanan. Tujuan

pembangunan BUSKIPM selaras dengan tujuan pembangunan BUSKIPM,

adalah :

1. Memberikan penjaminan kompetensi laboratorium UPT KIPM dalam

 43

pengujian kesehatan ikan, mutu dan keamanan hasil perikanan, serta

keamanan hayati ikan.

2. Bertambahnya Jumlah metoda pengujian yang tervalidasi sesuai standar

nasional dan internasional.

3. Mewujudkan BUSKIPM sebagai laboratorium Reference Internasional

dalam bidang pengujian kesehatan ikan dan mutu produk perikanan.

4.7 Sasaran Strategis BUSKIPM

Dengan mengacu visi, misi dan tujuan pembangunan BUSKIPM 2020-

2024, maka sasaran strategis (SS) dan kondisi outcome/impact yang diinginkan

dapat dicapai BUSKIPM dari program yang dilaksanakan, maka BUSKIPM telah

menetapkan sasaran yang mencerminkan sesuatu yang akan dicapai atau

dihasilkan oleh organisasi dalam jangka waktu tertentu yang lebih pendek.

Sasaran tersebut diusahakan dalam bentuk kuantitatif sehingga dapat diukur dan

memiliki kriteria, mengandung arti, rasional, menantang, konsisten satu terhadap

yang lainnya, spesifik dan dapat diukur. Sasaran strategis yang ingin dicapai dari

tujuan memberikan penjaminan hasil pengujian kesehatan ikan, mutu dan

keamanan hasil perikanan, serta keamanan hayati melalui peningkatan

penjaminan kesehatan ikan, mutu dan keamanan hasil perikanan serta

keamanan hayati ikan, dengan indikator pencapaian 30 parameter uji

terakreditasi ISO 17025, 30 parameter bahan acuan, 35 parameter uji profisiensi,

pengujian destruktif fishing, dan meningkatnya metoda pengujian yang tervalidasi

sesuai standar internasional adalah adanya kesetaraan metoda pengujian dalam

memberikan penjaminan kesehatan ikan, mutu dan keamanan hasil perikanan

serta keamanan hayati ikan dengan indikator pencapaian kegiatan validasi

metoda 30 metoda uji, dan 15 rancangan standar nasional Indonesia. Selain itu
 44

sasaran strategis yang ingin dicapai dari tujuan terwujudnya BUSKIPM sebagai

laboratorium reference dalam bidang pengujian kesehatan ikan dan mutu produk

perikanan adalah adanya pengakuan kompetensi laboratorium BUSKIPM di level

internasional dengan indikator pencapaian jumlah parameter yang ditetapkan

sebagai acuan internasional sistem perkarantinaan, pengendalian mutu dan

keamanan hasil perikanan yang sesuai standar.

Sasaran strategis yang ingin dicapai dari tujuan meningkatnya

pendapatan negara bukan pajak di BUSKIPM adalah Pengendalian dan

pengawasan sistem perkarantinaan, mutu dan keamanan hasil perikanan secara

profesional dan partisipatif, melalui pelayanan pengujian, uji profisiensi dan

penyediaan bahan acuan. Sasaran strategis yang ingin dicapai dari tujuan Tata

kelola Pemerintahan yang baik adalah terwujudnya sistem tata pemerintahan

yang baik berlandaskan hukum yang berlaku.

 45

V . HASIL DAN PEMBAHASAN

5.1 Penerimaan Sampel

Mekanisme pengelolaan sampel yang dilakukan di Balai Uji Standar

Karantina Pengendalian Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan saat melakukan

Karya Ilmiah Praktik Akhir (KIPA) ini dimulai dari persiapan sampel yang akan

diuji jenis virusnya. Sampel uji didapatkan dari para pengguna jasa, Setelah

customer melakukan registrasi dan telah diverifikasi oleh petugas, tahap

selanjutnya yaitu melakukan pemeriksaan dokumen dan pemeriksaan fisik serta

klinis pada ikan yang telah dikirim. Kemudian petugas mengambil beberapa

sampel ikan dan kemudian dilakukan pengkodean. Pengkodean pada sampel uji

berdasar pada nomor urut pengisian form permohonan yang sudah diisi oleh

pihak pengguna jasa Selanjutnya sampel didistribusikan ke laboratorium

bersamaan dengan formulir permohonan pengujian untuk dilakukan pemeriksaan

laboratorium. Apabila terdapat ikan sampel yang tidak memiliki formulir

permohonan pengujian sampel, maka sampel tersebut tidak akan diproses untuk

dilakukan pengujian laboratorium. Sebelum dilakukan pengujian, ikan terlebih

dahulu dilakukan proses nekropsi atau persiapan sampel. Kemudian, dilakukan

pengujian virus, sesuai dengan target uji yang tertera pada formulir permohonan

pengujian sampel. Setelah dilakukan uji laboratorium, analis laboratorium akan

mengeluarkan Lembar Hasil Pengujian (LHP) yang berisi hasil dari uji yang telah

dilakukan pada ikan sampel. Untuk lebih jelasnya, ikan sampel yang telah

didistribusikan ke laboratorium dan siap untuk diuji disajikan

Berdasarkan hasil Karya Ilmiah Praktik Akhir (KIPA) selama 2 bulan,

pengujian virus pada ikan koi dilakukan dengan metode Polymerase Chain

Reaction (PCR) konvensional. pengujian pada ikan koi sesuai dengan

permintaan pengguna jasa yaitu pengecekan virus Koi Herpesvirus (KHV).

 46

Jumlah sampel yang diamati pada pengujian ini adalah 7 sampel ikan koi

(cyprinus carpio koi),untuk jenis ikan koi dalam pengujian ini adalah ikan koi

ochiba sebanyak 2 sampel, ikan koi goromo 1 sampel, koi kohaku 1 sampel dan

sampel ikan mas 2 sampel. sampel yang diuji adalah dalam bentuk fiksatif.

5.2 Sterilisasi Alat dan Bahan

Alat dan bahan yang akan digunakan dalam pengujian penyakit,

dilakukan sterilisasi dengan tujuan menghindari kontaminasi dengan bahan lain,

menghilangkan mikroba (Shofiyani et al., 2018). Sterilisasi dilakukan dengan

mencuci terlebih dahulu alat-alat yang akan digunakan selanjutnya dikeringkan

dengan diangin-anginkan atau dilap menggunakan tisu selanjutnya alat-alat

dibungkus menggunakan kertas seperti petridish, mikrotip, serta dibungkus

menggunakan aluminium foil seperti gunting, penjepit, pestle (Armaleni et

al.,2019). Alat-alat yang telah dibungkus selanjutnya dimasukkan dalam

autolave dengan suhu 121 C dengan tekanan 1 atm selama 15 menit. sebelum

melakukan proses pengujian alat yang akan digunakan terlebih dahulu di

sterilisasi dengan cara di bawah ini :

1. Peralatan ekstraksi seperti disetting gel (gunting, pinset), pastel, dicuci

terlebih dahulu dengan menggunakan sabun cuci.

2. peralatan yang sudah dicuci,kemudian ditiriskan.

3. Setelah kering,alat-alat di bungkus dengan menggunakan alumunium foil

dan diberikan selotip berfungsi sebagai penanda sterilnya alat ketika

dimasukkan ke dalam autoclave.

4. Tube-tube dimasukkan kedalam botol tempat tube yang telah kosong,dan

pada tutup botol diberikan selotip khusus.

5. Mengisi ulang tempat tip yang telah kosong,kemudian membungkusnya

 47

dengan kertas HVS dan selotip dengan selotip khusus.

6. Mengisi botol aquadest 1000 ml.

7. Semua peralatan dan bahan ini kemudian dibawa ke ruang laboratorium

persiapan dan reagen untuk dimasukkan ke dalam autoclave untuk

sterilisasi.

5.3 Ekstraksi Sampel

Tahapan Ekstraksi terdiri dari perusakan dinding sel (lysis cell),

pelepasan membran lipid, protein, dan komponen lain serta pemurnian DNA.

Pemecahan dinding sel dapat dilakukan dengan penghancuran organ target

menggunakan gunting. Pembuangan supernatan yang terbentuk setelah proses

sentrifugasi bertujuan membuang larutan yang tidak diperlukan dalam pemurnian

DNA, lalu penambahan TE Buffer bertujuan mempertahankan bentuk DNA agar

tidak rusak. Menurut Gupta (2019). menyatakan bahwa ekstraksi merupakan

suatu metode untuk purifikasi DNA yang menggunakan metode secara fisika

maupun kimiawi yang bertujuan untuk memisahkan DNA dari membran sel,

protein, dan komponen lain.

Metode DTAB-CTAB menggunakan larutan DTAB dan CTAB yang

berfungsi sebagai detergen kationik yang kuat. Ekstraksi metode ini

menggunakan pelarut organik, seperti chloroform. Hal ini bertujuan untuk

menghilangkan protein. Selain itu metode DTAB- CTAB menghasilkan untai DNA

yang lebih baik. Metode ini sesuai untuk ekstraksi sampel yang banyak

mengandung protein ataupun garam yang dapat menghambat proses PCR,

seperti organ hepatopankreas, mata, dan mud (lumpur).Menurut Dairawan dan

Shetty (2020) menyatakan bahwa solusi untuk sampel yang memiliki konsentrasi

garam yang tinggi dan menghilangkan asam polisakarida dapat menggunakan

 48

larutan CTAB, metode ini sesuai untuk ekstraksi DNA dari bakteri yang

menghasilkan asam polisakarida tinggi, DNA dilarutkan dalam pelarut organik

dan alkohol termasuk chloroform, ekstraksi metode ini membutuhkan waktu lebih

lama.

Ekstraksi sampel merupakan salah satu tahapan identifikasi virus dengan

metode Polymerase Chain Reaction (PCR). Ekstraksi bertujuan untuk

mendapatkan DNA murni tanpa terkontaminasi dengan RNA, protein serta

komponen-komponen lain. Proses ekstraksi DNA sampel pada BUSKIPM

menggunakan metode DTAB-CTAB Adapun proses ekstraksi DNA sampai

menghasilkan template DNA. Proses ekstraksi sampel dapat dilihat di bawah ini:
 49

Proses Ekstraksi Sampel

Sampel masukkan ketube Dihancur dengan gunting

+ 600 DTAB Solution Inkubasi 75 C 5 menit

+ 700 cholorofom Vortex 20 detik

Centrifuge 12.000g 5 menit Pindahkan supernatan ke tube

baru

+ 100 CTAB dan 900 NFW/ ddH2O Vortex 20 detik

Inkubasi 75 C 5 menit Di dinginkan suhu ruang/freezer

Centrifuge 12.000g 10 menit Buang supernatan

+ 150 dissolve solution Inkubasi 75 C 5 menit

Centrifuge 12.000g 10 menit Pindahkan supernatan ke tube 1.5

+ etanol 95% Vortex 20 detik

Centrifuge 12.000g 5 menit Buang supernatant

Larutkan pellet dengan NFW

Gambar 9. Alur Ekstraksi Sampel.

Sumber. Data primer (2022)
 50

Alat dan bahan Yang digunakan saat ekstraksi adalah sebagai berikut :

1. Centrifuge adalah merupakan alat untuk memutar sampel pada kecepatan

tinggi. Memaksa partikel yang lebih berat terkumpul ke dasar tabung

centrifuge. Pemakaian centrifuge yang paling sering adalah untuk

memisahkan komponen sel darah dari cairannya sehingga cairannya bias

dipakai untuk pemeriksaan (anonim, 2016).

2. CTAB merupakan sejenis deterjen yang dapat mendegradasi dinding sel,

denaturasi protein, memisahkan karbohidrat (kaidah dan suprapto, 2003),

merusak membran sel dan melarutkan dna (purwantara,2001). Apabila

dinding sel terdegradasi maka semua isi sel dapat keluar termasuk dna dan

dilepaskan ke dalam buffer ekstraksi. Merchaptoetanol juga berfungsi untuk

melindungi rna dari senyawa quinon, disulphide, peroksida,poliphenoksidase

dan protein (milligan, 1992). Proses pemansan pertama bertujuan untuk

melarutkan ctab dan mercaptoetanol. Sedangkan pemanasan yang kedua

bertujuan untuk memdegradasi protein dan dinding sel.

3. Klorofrom dan Alkohol berfungsi untuk mengekstrak dan dan mengendapkan

komponen polisakarida di dalam buffer ektraksi yang mengkontaminasi

larutan dna (ningrum, 2008).

4. Inkubasi ini adalah untuk mencegah pengendapan ctab karena ctab akan

mengendap.

5. DTAB solution berfungsi sebagai untuk melisiskan membran sel pada

isolasi D N A .

6. Vortex mixer merupakan alat sederhana yang digunakan pada laboratorium

untuk melarutkan sel, mencampurkan reagen, dan mencampurkan sampel

lainnya.
 51

Gambar 10. Hasil Ekstraksi Pada Ikan Koi.

Sumber: Data Primer (2022)

5.4 Amplifikasi

Tahap selanjutnya dari proses identifikasi virus menggunakan PCR

adalah amplifikasi. Amplifikasi merupakan tahapan perbanyakan primer

oligonukleotida dari DNA. Proses amplifikasi terdiri dari tiga tahapan, yaitu

denaturasi, annealing dan extension yang diulang-ulang sebanyak 30-40 siklus.

Proses amplifikasi ini dilakukan dengan menggunakan alat yang disebut dengan

Thermal Cycler. Alat ini bertujuan untuk mempercepat proses amplifikasi,

sehingga hanya dalam waktu beberapa jam DNA dapat dicopy jutaan kali.

Namun sebelumnya perlu membuat racikan mastermix amplifikasi terlebih

dahulu. Komposisi pembuatan master mix amplifikasi menggunakan merk IQ

2000 terdiri dari master mix with (gotaq green), primer forward, primer reverse,

Nuclease Free Water (NFW), kontrol (+), KHV serta sampel. Setiap komposisi

dari ragen yang digunakan dikalikan dengan jumlah sampel, kontrol (+), kontrol

(-) untuk lebih jelasnya, komposisi reagen yang digunakan disajikan pada tabel

dibawah ini :
 52

Komposisi Master Mix Aplifikasi :

Go Taq Green 12,5 µl

Primer Forward 1 µl

Primer Reverse 1 µl

Nuclease Free Water ( NFW) 8,5 µl

DNA Sampel

Kontrol Positif

Gambar 11. Komposisi Master Mix Aplifikasi

Sumber : Data primer ((2022)

Bahan yang digunakan saat master mix adalah sebagai berikut :

1. Go taq green adalah larutan siap pakai yang telah dicampur sebelumnya

yang mengandung Taq DNA polimerase, dNTPs, MgCl2 dan buffer reaksi

yang diturunkan secara bakterial pada konsentrasi optimal untukamplifikasi

template DNA yang efisien dengan PCR.

2. Primer Forward Reverse primer adalah urutan DNA pendek yang

berhibridisasi dengan ujung kode 3 'atau untai nontemplate dan berfungsi

sebagai titik awal untuk mensintesis urutan nonkode.

3. Reverse primer berfungsi sebagai titik awal untuk mensintesis untai

komplementer dari urutan pengkodean atau urutan nonkode. Reverse

primer dirancang komplementer ke ujung 3 'dari untai pengkodean. Oleh

karena itu, ia dianil dengan ujung 3 'dari untaian kode dan memungkinkan

Taq polimerase untuk mensintesis untai antisense atau untai templat.

Karena orientasinya terbalik, primer ini diberi label sebagai primer terbalik.
 53

4. Nuclease Free Water (NFW) berfungsi sebagai pengenceran.

Proses amplifikasi Pertama-tama, microtube 0,2 ml diberi kode sampel dan

target yang diuji menggunakan spidol. Kemudian untuk komposisi reagen PCR

dimasukkan kedalam satu microtube menggunakan pipet sesuai dengan jumlah

perhitungan, begitu juga dengan komposisi yang dijadikan satu pada mikrotube

lainnya. Kemudian, campuran reagen first PCR dibagi kedalam 3 microtube

(untuk kontrol (+), kontrol (-) dan 1 sampel). Untuk kontrol (+) ditambahkan

dengan reagen kontrol (+) KHV sebanyak 2 µl, untuk kontrol (-) ditambahkan

NFW sebanyak 2 µl, sedangkan untuk sampel ditambahkan template/ hasil

ekstraksi sebanyak 2 µl. yang terdiri dari denaturasi, annealing, ekstensi, dan

final ekstensi.

Kemudian dimasukkan kedalam mesin thermal cycler selama 3 jam 36

menit. denaturasi adalah tahap penguraian utas ganda DNA menjadi utas

tunggal pada suhu tinggi, yaitu 94°C sampai 98°C. Renaturasi (membentuk DNA

untai ganda) akan terbentuk dengan cepat jika proses denaturasi berjalan tidak

sempurna, hal ini akan mengakibatkan gagalnya proses PCR (Yusuf 2010).

Tahap annealing adalah tahap penempelan primer pada DNA cetakan. Suhu

annealing tergantung pada jumlah dan komposisi nukleotida penyusun primer

(Suryanto 2003). Elongasi adalah tahap sintesis DNA yang dikatalisis oleh enzim

DNA polimerase. Suhu untuk elongasi tergantung jenis enzim yang digunakan

untuk PCR. Enzim DNA polimerase yang berasal dari mikroba Thermus

aquaticus memiliki suhu optimum 72°C (Handoyo & Rudiretna 2001).

 54

Mesin PCR Thermal Cycler

Gambar 12. Mesin PCR Thermal Cycler.

Sumber: Data Primer (2022)

5.5 Elektroforesis

Elektroforesis adalah proses pemisahan DNA hasil amplifikasi

berdasarkan berat molekul dalam medan listrik. Perpindahan molekul dalam

medan listrik tersebut dari kutub positif (kation) ke kutub negatif (anion) Prinsip

kerja elektroforesis yaitu dengan menggunakan gel agarose yang berfungsi untuk

memisahkan dan mengindentifikasi fragmen DNA atau RNA.

Dalam proses elektroforesis, gel agarose dengan kosentrasi 1,5% -2%.

Dosis pembuatan agar sesuai dengan yang dibutuhkan. Kosentrasi gel agarose

sangat mempengaruhi laju migrasi DNA pada proses elektroforesis. Menurut

Fatciyah (2011) kosentrasi Agarose yang digunakan akan menentukan besarnya

pori gel yang akan memisahkan-misahkan DNA. adapun proses elektroforesis

adalah sebagai berikut :

a) Proses Pembuatan Gel Agarose

1. Agarose Dengan Menimbang 0,75 Gram Agarose Dan Melarutkannya Dalam

50ml TAE Buffer 1x.

 55

Gambar 13. Penimbangan Agarose

Sumber: Data Primer (2022)

2. Agarose dilarutkan dengan Tris Acid EDTA (1xTAE), kemudian dipanaskan

pada microwave samapai dengan larut.

3. Pada saat suhu agarose 50 C, ditambahkan SYBr safe 4 μl/50 ml

agarosan larutan hingga merata.

4. Sel cetakan agarose dengan water pass (agar rata), selanjutnya agarose

dituangkan kedalam cetakan yang telah dilengkapi dengan sisir, dan

didiamkan sampai agarose mengeras iatu selama 10 menit.

Gambar 14. Pencetakan Agarose

Sumber: Data Primer (2022)

Agarose merupakan senyawa polisakarida berasal dari isolasi makroalga.

dalam elektroforesis, Agarose digunakan untuk mendeteksi kompleks-kompleks

antigen antibodi, dan untuk analisis molekul DNA,RNA dan molekul protein.
 56

b) Proses Running Sampel Dengan Elektroforesis

1. Sebelumnya gel yang sudah dicetak diletakan di atas tangki elektrofloresis

lalu tangki didisi dengan larutan TAE 1X sebanyak 500 ml (sampai gel

terendam).

2. sampel dimasukan dengan mikropipet ke dalam sumuran gel sebanyak 6 μl.

Gambar 15.Penyuntikan Sampel ke Sumur.

Sumber: Data Primer (2022)

3. Marker atau penanda DNA 100 bp juga dimasukan sebanyak 4 μl. Marker

diletakan di awal atau di akhir deretan sumuran gel.

4. Setelah semua sampel dimasukan atau disuntikan dalam sumuran, tutup

elektrofloresis dipasang dan listrik dihidupkan dengan voltage diatur 120 v

selama 30 menit.

Gambar 16. Running Elektroforesis.

Sumber: Data Primer (2022).
 57

Cara kerja Running Elektroforesis gel sampel DNA ditempatkan dalam

kotak gel sebelum diletakkan di sumurr. Ujung gel dengan sumur diposisikan ke

arah elektroda negatif. Bagian ujung lainnya, tanpa sumur (ke arah fragmen DNA

bermigrasi) diarahkan ke elektroda positif. Molekul bermuatan, bergerak melalui

gel saat arus listrik melewatinya yang mana arus listrik dialirkan ke seluruh gel.

Molekul bermigrasi menuju muatan berlawanan. Berikutnya, yang dimaksud

migrasi, yaitu pergerakan molekul. Molekul yang lebih kecil, bermigrasi lebih

cepat serta bergerak lebih jauh dibandingkan fragmen lebih besar. Karena itu,

molekul dipisahkan berdasarkan ukuran. Fragmen DNA bermigrasi melalui gel

saat daya dihidupkan dan gel mengalir kemudian fragmen dipisahkan

berdasarkan ukurannya Fragmen yang berukuran besar berada di bagian atas

gel (elektroda negatif, tempat dimulainya) sedangkan fragmen terkecil berada di

dekat bagian bawah (elektra positif). Setelah fragmen dipisahkan, gel dapat

diperiksa dan dilihat ukuran pita yang ditemukan. Pita, yaitu garis DNA yang

terdefinisi dengan baik pada gel. Tiap pita, berisi sejumlah besar fragmen DNA

yang berukuran sama serta berjalan ke posisi yang sama

C) Proses Pembacaan Hasil Elektroforesis

Prinsip kerja UV transilluminator adalah pembacaan hasil pada gel

agarose setelah melalui running pada mesin elektroforesis dengan sinar UV yang

dipancarkan akan memancarkan SYBR safe yang menempel pada DNA.

Sehingga DNA akan nampak melalui pancaran yang berwarna putih orange.

Komponen UV transilluminator yaitu menggunakan dua sumber cahaya, cahaya

UV dan cahaya visible, kamera pada bagian atas alat UV transilluminator

berguna sebagai alat dokumentasi hasil sehingga dapat dianalisis. Proses

menggunakan UV transilluminator harus dilakukan secara cepat untuk

menghindari penurunan kualitas gel agarose dan mengakibatkan tidak

 58

terbacanya hasil secara akurat. Menurut Widiatmoko et al., (2011) menyatakan

adanya kamera pada alat UV berguna untuk merekam dan mendokumentasikan

hasil sehingga dapat ditampilkan pada komputer,dan dapat dianalisis.

Adapun tahapan pengunaan mesin UV transilluminator ( Uvtech) sebagai

berikut:

1. Bersihkan tempat peletakan agar menggunakan akuades dan di lap.

2. Hidupkan mesin UV tekan tombol on/off kemudian tekan tombol WL

buka plikasi UVTech pada komputer..

3. Agar diletakan atau dimasukan secara perlahan agar tidak patah.

4. Pada saat meletakan agar pastikan tidak ada gelembung udara di

bawahnya, pastikan posisi agar tidak miring agar hasil gambar yang

diambil baik.

5. Setelah agar di masukan matikan tombol WL dan selanjutnya tekan

tombol UV. Pada komputer klik start exposure, sesuaikan pencahayaan

gambar, apabila gambar telah terlihat jelas klik stop exposure, dan save

sesuai kode file yang ditentukan. lalu matikan UV selanjutnya dapat

dilakukan pembacaan hasil melalui gambar yang diperoleh.

6. Setelah mesin selesai digunakan, agar dikeluarkan dan dibuang di tempat

pembuangan khusus agar.

7. Lap tempat peletakan agar dengan akuades dan matikan kembali mesin

UV.
 59

Gambar 17. Pembacaan Hasil Elektroforesis.

Sumber: Data Primer (2022)

Berdasarkan hasil Karya Ilmiah Praktik Akhir (KIPA) pengujian virus pada

ikan koi dilakukan dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR). pengujian

pada ikan koi sesuai dengan permintaan pengguna jasa yaitu pengecekan virus

Koi Herpesvirus (KHV). Jumlah sampel yang diamati pada pengujian ini adalah

sampel ikan koi (Cyprinus Carpio Koi),untuk jenis ikan koi dalam pengujian ini

ikan koi ochiba, ikan koi goromo, dan koi kohaku. sampel yang diuji adalah dalam

bentuk fiksatif (sampel sudah bercampur alkohol) Berdasarkan hasil yang telah

dilaksanakan kurang lebih selama 2 bulan, Jumlah data masuknya sampel yang

diamati pada bulan Maret dan April dapat dilihat pada tabel dibawah ini :
 60

Tabel 3. Jumlah Data Sampel KHV Pada Bulan Maret-April.

No. Bulan Contoh uji Bentuk uji Tanggal uji Keteranga

n
a. Ikan Mas Fiksatif 30/03/2022 Negatif (-)

Ikan Mas Fiksatif 30/03/2022 Negatif (-)

Koi Ochiba Fiksatif 30/03/2022 Negatif (-)
1. Maret
Koi Ochiba Fiksatif 30/03/2022 Negatif (-)
Koi Goromo Fiksatif 30/03/2022 Positif (+)
Kohaku Fiksatif 01/04/2022 Negatif (-)
2. April Koi Goromo Fiksatif 11/04/2022 Negatif (-)
Koi Ochiba Fiksatif 11/04/2022 Negatif (-)
Sumber : Data Primer (2022)

Menurut wasito,et.al.2013 mengungkapkan bahwa identifikasi KHV

berdasarkan isolasi virus dan uji PCR.berdasarkan hal tersebut maka penelitian

ini dilaksanakan Dengan tujuan untuk mengidentifikasi penyakit KHV dengan

metode PCR sebagai dari usaha pencegahan penyakit KHV. identifikasi KHV

dalam penelitian dengan menggunakan metode PCR ini juga dapat dilihat pada

gambar di bawah ini. hasil pemeriksaan yang dianalisis dengan menggunakan

gel agarosa,divisualisasi dengan UV pada gambar dibawah ini Adalah salah satu

dari sampel yang menunjukkan hasil positif dan negatif KHV sebagai

perbandingan untuk mengetahui sampel yang terserang KHV positif dan sampel

yang terserang negatif KHV dapat dilihat dibawah ini:

Hasil Elektroforesis Negatif KHV

Keterangan :
(M).Marker
1.Kontrol Posiif.
2. Blangko
3. Kontrol Negatif
4. Sampel.

Gambar 18. Hasil Negati Elektroforesis.

Sumber: Data Primer (2022).

Hasil Elektroforesis Positif KHV

Keterangan :
(M) marker
1. Kontrol positif
2. Blangko
3. Kontrol Positif
4. Sampel 4-6

Gambar 19. Hasil Elektroforesis Positif KHV

Sumber: Data Primer (2022).

Metode deteksi KHV dengan metode single step telah banyak digunakan.

Hasil amplifikasi KHV dengan satu step dapat dilihat pada Gambar 18. Kualitas
 61

hasil amplifikasi yang dianalisis dengan menggunakan gel agarose 1% dalam 1 x

TBE dan di elektroforesis serta divisualisasikan dengan UV transluminator,

menunjukkan hasil negatif. Hasil elektroforesis negatif (-) KHV pada sampel tidak

terdapat band yang sejajar dengan kontrol positif (409bp). Namun, jika sampel

dinyatakan positif apabila muncul band yang sejajar dengan kontrol positif

(409bp). Apabila terdapat sampel yang dinyatakan positif, perlu dilakukan

pengujian pembanding dengan laboratorium lain untuk menguji hasil tersebut.

sebanyak 3 kali dengan analis yang berbeda. Hasil dari identifikasi menunjukkan

bahwa semua ikan menunjukkan negatif KHV, terutama ikan yang tidak

menunjukkan gejala klinis terdapat pita (band) yang spesifik dengan KHV atau

terhadap kontrol positifnya, yaitu di 409 bp. Band yang tervisualisasi adalah band

dibawah 409 bp yang merupakan band host dari virus KHV yaitu bank DNA ikan

koi.

Pada gambar 19. Hasil elektroforesis positif (+) KHV, menjelaskan bahwa

Dari hasil gambar sampel ikan pada gambar diatas, bahwa ikan pada kolom 4

sampel ikan koi ochiba, pada kolom 5 sampel ikan koi ochiba, dan kolom 6

sampel ikan goromo, dapat disimpulkan kolom 4 dan kolom 5 negatif KHV karena

pada sampel tidak terdapat band yang sejajar dengan kontrol positif (409 bp).

Namun pada kolom 6 dapat dinyatakan positif (KHV) karena pada sampel ikan

terdapat band yang sejajar dengan kontrol positif.

Metode deteksi KHV dapat dilakukan dengan metode single step improve

Gray Sph. Metode ini telah banyak digunakan dan dikembangkan untuk deteksi

KHV, sedangkan metode double step atau nested belum banyak dikembangkan.

Gen KHV memiliki 2 (dua) gen yang belum pernah didapatkan pada genome

anggota herpesviridae, yaitu thymidylate kinase (TmpK) dan serine protease

inhibitor serta dapat menghasilkan empat gen pengkode protein yang sama

dengan yang diekspresikan oleh virus pox, yaitu: thymidylate kinase (TmpK),
 62

ribonucleotide reductase (RNR), thymidine kinase (TK) dan B22R-like gene

(Ilouze et al., 2006: Novita dan Koesharyani, 2009). PCR dapat digunakan untuk

mengisolasi sekuen TK dan dapat dikembangkan untuk mengamplifikasi

fragmen template DNA KHV pada 409 bp, akan tetapi tidak dapat

mengamplifikasi fragmen template CCV, CHV ataupun galur sel KF-1 (Bercovier

et al., 2008: Novita dan Koesharyani, 2009).

Deteksi Koi Herpes Virus Menggunakan Metode PCR Primer KHV yang

digunakan dalam penelitian ini adalah primer KHV F (F: 5’- GGG-TTA-CCT-GTA-

CGAG- 3’) dan primer KHV R (R: 5’-CAC-CCA-GTA-GAT-TAT- GC-3’). Kondisi

PCR untuk amplifikasi menggunakan outer primer Thymidin Kinase dilakukan

dengan pre-denaturasi pada suhu 94°C selama 5 menit dilanjutkan dengan 40

siklus (denaturasi 95°C selama 1 menit, annealing 55°C selama 1 menit, dan

elongasi 72°C selama 1 menit) kemudian post elongasi 72°C selama 10 menit

dan 4°C.

Analisa PCR yang digunakan oleh (BUSKIPM) menggunakan sekuen

thymidin kinase yang telah diisolasi dan dapat mengamplifikasi fragmen template

DNA KHV pada 409 bp tetapi tidak dapat mengamplifikasi fragment template

DNA lain (Bercovier et al., 2005).

Marker adalah sebuah penanda genetik berupa gen atau DNA urutan

dengan lokasi yang dikenal pada kromosom yang dapat digunakan untuk

mengidentifikasi sel-sel, individu atau spesies. Hal ini dapat digambarkan

sebagai variasi (yang mungkin timbul karena adanya mutasi atau perubahan

dalam lokus genetik) yang dapat diamati. Sebuah penanda genetik mungkin

menjadi urutan DNA pendek, seperti urutan yang mengelilingi sebuah perubahan

pasangan basa tunggal (polimorfisme nukleotida tunggal, SNP), atau panjang,

seperti minisatellites. Fungi marker adalah memainkan peran dalam rekayasa

genetik, karena mereka dapat digunakan untuk memproduksi normal, protein

 63

berfungsi untuk menggantikan yang rusak. Bagian yang rusak atau cacat DNA

akan dihapus dan diganti dengan identik, tetapi berfungsi, urutan gen dari

sumber lain. (Wikipedia, 2010).

Kontrol positif merupakan stok kontrol positif KHV laboratorium biologi

molekuler BUSKIPM. Dari 4 sampel berasal dari UPT dan CV. Pada gambar 4.2

M. Marker DNA lamda 100 bp- 1000 bp, 1. Kontrol positif KHV Tk (thymidin

kinase) 409 BP, 2. kontrol negatif Nuclease Free Water ( NFW ) 3. Blangko

daging ayam berfungsi agar sampel tidak terkontaminasi. 4. Sampel koi Ochiba

1, 5. Sampel koi Ochiba 2, 6. Sampel koi Goromo. Sampel ikan koi yang telah

diadaptasikan hasil pengujian pertama ini menandakan sampel negatif terserang

KHV. Sedangkan untuk sampel pengujian ke 2 sampel berasal dari UPT dan CV

Hasil Uji KHV dengan metode PCR M. Marker DNA lambda 100bp- 1000 bp, 1.

Kontrol positif KHV Tk (thymidin kinase) 409 BP, 2. kontrol negatif Nuclease Free

Water (NFW) 3. Blangko daging ayam berfungsi agar sampel tidak

terkontaminasi. 4. Sampel koi Ochiba 1, 5. Sampel koi Ochiba 2, 6. Sampel koi

Goromo. hasil pengujian kedua ini menandakan sampel positif dapat dilihat pada

sumur ke-6 terserang KHV.

Kontrol negatif hasil reaksi PCR dengan menggunakan template berupa

Nuclease Free Water (NFW) yang diperlakukan yang sama dengan hasil

ekstraksi contoh uji untuk mengetahui terjadinya suatu kontaminasi dari dalam

pada pelaksanan PCR, dan blanko yang digunakan adalah daging ayam

berfungsi untuk mengetahui sampel terjadinya suatu kontaminasi.

 VI. KESIMPULAN DAN SARAN

6.1 Kesimpulan

Kesimpulan dari Karya Ilmiah Praktik Akhir (KIPA) yang dibuat

berdasarkan kegiatan rutin di BUSKIPM adalah :

Adapun tahapan yang dilakukan dalam mengidentifikasi virus dengan

metode Polymerase Chain Reaction (PCR) yang dilakukan di laboratorium biologi

molekuler (BUSKIPM) adalah sebagai berikut :

1. Sampel adalah ikan yang berasal dari CV atau UPT yang sudah

berbentuk fiksatif.

2. Proses Polymerase Chain Reaction (PCR) terdapat 3 tahapan :

Ekstrasi,Amplifikasi,Elektroforesis dan proses pembacaan hasil UV.

3. Berdasarkan pengujian sampel yang telah dilaksanakan dapat

terdapat 8 sampel pengujian virus KHV dan hasil PCR dapat

dinyatakan 7 sampel dinyatakan negatif KHV dan terdapat 1 sampel

dinyatakan positif KHV.

65
 66

6.2 Saran

Berdasarkan kegiatan Karya Ilmiah Praktik Akhir (KIPA) di BUSKIPM

yang menjadi dasar penulisan laporan ini,dalam pendeteksian penyakit

menggunakan metode (PCR) dapat dilihat sebagai berikut :

1. Sebaiknya segala kegiatan harus dilakukan dengan hati-hati. selalu

menjaga kesterilan dari alat maupun bahan di serangkaian proses

pengujian PCR karena yang akan diamati adalah makhluk hidup yang

benar-benar tidak dapat dilihat dengan kasat mata

2. Sebaiknya menjaga kesterilan lab dan berhati-hati dalam melakukan

proses pengujian sebab hal-hal tersebut walaupun sepele tetapi bisa

memberikan hasil yang berbeda pada akhir pengamatan seperti

kontaminasi atau false positive dan negatif.

3. Sebaiknya agar yang telah disimpan terlalu lama tidak dipakai lagi

untuk proses elektroforesis, karena warna photo yang dihasilkan akan

tidak jelas/buram.

4. Kekurangan yang dihadapi ketika praktik kerja berlangsung kurang

memahami penggunaan alat dan identifikasi alat dan identifikasi virus,

maka dari itu untuk kedepannya agar lebih dibekali tentang tata cara

penggunaan alat dan mempelajari tentang identifikasi virus

 DAFTAR PUSTAKA

American Journal of Biomedical Science and Research. 8 (1).Harahap, M. R.

2018. Elektroforesis : Analisis Elektronika Terhadap Biokimia Genetika.
Jurnal Ilmiah Pendidikan Teknik Elektro. 2 (1) : 21-26.

Anonim, 2016, Fungsi Alat Centrifuge dan Penggunaannya diakses 10 Agustus

2018 pada laman http://fungsialat.blogspot.com/2016/12/fungsi-alat-
centrifuge-dan-cara.html

Ariyanto, D., Hayuningtyas, E, P., dan Syahputra, K. 2014. Koleksi,Karakterisasi,

dan Seleksi Plasma Nutfah Ikan Mas (Cyprinus carpio)Tahan Penyakit Koi
Herpes Virus

Armaleni, Nasir, dan A. Agustien. 2019. Antagonis Pseudomonas fluorescens

indigenous terhadap Ralstonia solanacearum pada Tanaman Tomat
(Lycopersicum esculentum). Jurnal Metamorfosa. 6 (1) : 119-122.

Ayu dkk, 2013. Aplikasi Vaksin Dna Koi Herpes Virus (KHV) Melalui Metode
Perendaman Dengan Dosis Yang Berbeda Dalam Upaya Pencegahan
Penyakit Pada Ikan Mas (Cyprinus Carpio). Universitas Diponegoro.

Ciptoroso, Mudjiutami E, dan Ayi S. 2012. Pemanfaatan Imunostimulan

Chromium Yeast untuk Pengendalian Penyakit pada Ikan Mas.

El-Din, M.M.M. 2011. Studi Histopatologi pada Ikan Koi yang Terinfeksi
Eksperimental (Cyprinus carpio koi) dengan Koi Herpesvirus di Japan
World Journal of Fish and Marine Science 3(3):252-259

Fatchiyah, 2011. Pelatihan analisis fingerprinting DNA tanaman dengan metode

RAPD. [Modul]. Laboratorium sentral ilmu hayati Universitas Brawijaya,
Malang.

Handoyo D., Rudiretna A. 2001. General Principles and Implementation of

Polymerase Chain Reaction. Unitas 9 (1): 7.

Hedrick, R.P.,Gilad, O., Yun, S.C., MCDowell, T.S., Waltzek, T.B., Kelley, G.E.,&
Adkison, M.A. 2008. Initial isolation and characterization of a herpes- like
virus (KHV) from koi and common carp. Bulletin Fisheries Research Agency
2: 1–7.

Ilouze, M., Dishon, A., & Kotler, M. 2009. Characterization Of A Novel Virus
Causing A Lethal Disease In Carp And Koi. Microbiology and Molecular
Biology Reviews. 70 (1), 147-156 Novita, Hessy dan Isti Koesharyani. 2009.
Diagnosa

Kaidah, Suprapto, 2003. Seputar Teknologi Rekayasa Genetika. USESE (Unit for
Social and Economic Study and Evaluation), KPP IPB Baranangsiang III F6
No. 18. Bogor.

Koesharyani, A., Gardenia, L., Mufidah, T., dan Santika, A. 2017. Aplikasi Real
Time-Quantitative Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) Dalam

67
 68

Identifikasi Koi Herpesvirus Pada Ikan Mas ( Cyprinus carpio ).Jurnal Media
Akuakultur,12 (1); 45 – 53

Kurnia DR. 2010. Penyakit ikan (Koi Herpes Virus KHV) Balai Karantina dan
Kesehatan Ikan. Dinas Kelautan dan Perikanan Provinsi Jawa Tengah

MAI. 2017. Masyarakat Akuakultur Indonesia. www.aquaculture-mai.org diakses

pada 14 Desember 2017.

Milligan, et.al., 1992. Investigation of Mortalalities in the field, in: Bagenal, T.

(editor). Methods for assessement of production in freshwater. IPB
Handbook No.3(Blackwell, Oxford), pp.225-273.

Ningrum, E. P .2008. Keragaman Gejala dan Penyebab Penyakit Keriting Kuning

Cabai. Skripsi. Fakultas Pertanian Gajah Mada. Yogyakarta

Noga, Edward J. 2010. Fish disease Diagnosis and Treatment Second Edition.
lowa State University Press: Iowa.

Novita, Hessy dan Isti Koesharyani. 2009. Diagnosa Koi Herpes Virus (KHV)
Dengan Teknik Polymerase Chain Reaction Pada Ikan Mas (Cyprinus
carpio) Dengan Nested Timidine Kinase. Jurnal Riset Akuakultur, 4 (2),
233-240

Nuryati dkk, 2010. Gambaran darah ikan mas setelah divaksinasi dengan. DNA
dan diuji tantang dengan koi herpesvirus. IPB Bogor.

Nuryati, S. 2010. Pengembangan vaksin DNA penyandi glikoprotein virus KHV

(Koi Herpes Virus) menggunakan isolat lokal. [Disertasi]. Program
Pascasarjana, Institut Pertanian Bogor. Bogor.

Nuswantoro dkk, 2012. Efikasi Vaksin DNA penyandi Glikoprotein Koi

Herpesvirus GP-25 Pada Ikan Mas Stadia Benih Melalui Perendaman. UB
Malang.

Purwantara, 2001. Materi Asistensi Biomedik FK UNS. FK UNS. Semarang

Pusat Karantina Ikan. 2010. Peta daerah sebar hama dan penyakit ikan
karantina (HPIK). Pusat Karantina Ikan, Kementerian Kelautan dan
Perikanan, Jakarta. 8 hal.

Santoso, R, H. 2011. Uji Coba Penggunaan Pelet yang MengandungImunoglobul

in-Y (IG-
Y) Anti Koi Herpesvirus Sebagai PencegahPenyakit Pada Ikan Mas (Cyprin
us carpio). Skripsi. DepartemenIlmu Penyakit Hewan dan Kesehatan Masy
arakat Veteriner,Fakultas Kedokteran Hewan, IPB. Bogor

Setyorini, A. Khusnah, dan L. Widajatiningrum. 2008. Kelangsungan Hidup

Ikan Koi (Cyprinus carpio koi) yang Terinfeksi KHV (Koi Herpes Virus).
Berkala Ilmiah Perikanan. 3 (1).

SFRC. 2017. School of Forest Resources and Conservation. University

of Florida. www.sfrc.edu diakses pada 14 Desember 2017
 69

Sulistiyowati E et al. 2010. Preparasi Antigen KHV untuk pencegahan Ibfeksi

KHV pada ikan Koi (Cyprinus carpio koi). Indonesian Journal Of Veterinary
Science & Medicine. Volume 1 Nomor 2.

Sunarto, A., Rukyani, A., & Toshiaki, I. 2009. Indonesian Experience on the
Outbreak of Koi and Carp (Cyprinus carpio) Bull. Fish. Res. Agen.No. 2,
15-21.

Suryanto D. 2003. Melihat Keanekaragaman Organisme Melalui beberapa Teknik

Genetika Molekuler. USU Digital Library [terhubung berkala].
http://www.library.usu.ac.id/modules. php [07 Maret 2017]

Taukhid dan Lusiastuti, A, M. 2012. Efektivitas Penambahan Vitamin C(Ascorbic

Acid) Pada Pakan Komersial Untuk Pengendalian Penyakit Koi Herpes
Virus (KHV) Pada Ikan Mas (Cyprinus carpio). Jurnal Riset Akuakultur,5(3);
425-436

Taukhid, 2010. Induksi Kekebalan Spesifik Pada Ikan Mas, (Cyprinus carpio koi).
Terhadap Infeksi Koi Herpesvirus (KHV) Melalui Teknik Kohabitasi
Terkontrol. Universitas Padjajaran : Bandung

Wasito R. Wuryastuti H. 2011 Arti penting imunodiagnosis patologi dalam

penyakit ikan dan udang. Infovet 201: 56-57. Vol. 14 No. 1: 37-44

Widiatmoko, Widayani, M. Budiman, M. Abdullah, dan Khairurrijal. 2011. A

simple spectrophotometer using common materials and a digital
camera. Bandung : IOP Publishing Ltd. Dairawan, M. dan P.J Shetty.
2020. The Evolution of DNA Extraction Methods.

Xu, J., J. Bently, L. Beck, A. Reed, T. Miller-Morgan. J. R. Heidel, M. L. Kent,D.D.

Rockey and L. Jin. 2013. Analysis of koi herpesvirus latency in wild
common carp and oranmental koi in Oregon, USA. Journal of Virological
Methods. 187. 372-379.

Yusuf, ZK. 2010. Polymerase Chain Reaction (PCR). Jurnal Saintek. Vol 5,
Nomor 6.
 70

LAMPIRAN
lampiran 1. Proses Ektraksi

Bahan ekstraksi :

Nuclase free water (NFW) clorofom

CTAB Solution DTAB Solution

Alkohol 95%
 71

Gambar sampel

Gambar sampel
 72

lampiran 2. Proses Amplifikasi.

Go ta green primer R, Primer R,NFW

Marter mix reaning

Kontrol positif Proses reaning

 73

lampiran 3.Elektroforesis

Gel Agarose Dan Timbangan Sisir

Sbry Safe Marker

Microwave Tae
 74

Sarung Tangan

Tissu penyeimbang

Memasukkan sampel hasil elektroforesis

 75

Perkenalan Diri Saat KPA

Pamitan Saat Selesai KPA