Nama : Cahya Dwi Notika

Kelas : TLM 2B
NIM : 2111050126
Molecular techniques of viral diagnosis
Mohammed Ahmed Mustafa1,2*
, Marwan Q AL-Samarraie3 & Marwa T. Ahmed4
Journal homepage: www.sciencearchives.org
Science Archives (2020 Vol.1 (3), 98-101

A. Latar Belakang
Covid-19 yang disebabkan oleh SARS-CoV-2 adalah contoh sempurna bagaimana infeksi
virus dapat menjadi ancaman besar bagi kesehatan dan ekonomi masyarakat global. Oleh
karena itu, untuk mengalahkan patogen virus, kita perlu mendapatkan diagnosis yang andal.
Deteksi keberadaan virus yang cepat dan akurat pada pasien penting untuk pengobatan,
pengendalian, dan pencegahan epidemi yang tepat.

B. Pendahuluan
Infeksi virus pada manusia memiliki angka kesakitan dan kematian yang sangat tinggi. Oleh
karena itu, diperlukan strategi diagnostik yang efisien untuk mendeteksi infeksi virus ini
sedini dan seakurat mungkin. Deteksi dini dan akurat keberadaan virus pada pasien
memainkan peran penting dalam memilih terapi yang tepat tepat waktu, meminimalkan biaya
terapi, meminimalkan hilangnya nyawa manusia yang tidak perlu, dan mengendalikan
penyakit. Sebaliknya, teknik molekuler telah memfasilitasi virologi diagnostik dengan
mendeteksi keberadaan asam nukleat virus dalam sampel virus.
Teknik molekuler untuk identifikasi dan karakterisasi Deteksi agen penyebab yang andal
seperti virus pada penyakit virus, urutan genetik khas pada penyakit virus, dan entitas protein
sangat diperlukan secara objektif untuk pengelolaan penyakit ini dengan mempertimbangkan
spesifisitas dan sensitivitas sebagai alat penting dalam diagnosis.
 Reaksi Rantai Polimerase
Prinsip utama PCR tergantung pada ekstraksi dan pemurnian molekul DNA
dan amplifikasi bukti dari urutan yang ditargetkan, menggunakan polimerase DNA
termostabil dan dua primer oligonukleotida spesifik. Sejak diperkenalkan, PCR mulai
digunakan untuk mendeteksi infeksi virus pada manusia dengan sensitivitas klinis
total berkisar antara 77,8% hingga 100% dan spesifisitas klinis berkisar antara 89%
hingga 100%. Laporan-laporan ini merekomendasikan bahwa PCR juga dapat
digunakan untuk mendeteksi virus pada banyak jenis spesimen.
  Transkripsi Terbalik-PCR
Sejak perkembangannya, RT-PCR telah digunakan untuk diagnosis infeksi
manusia oleh virus RNA. RT-PCR konvensional menunjukkan sensitivitas
keseluruhan mulai dari 73% hingga 100% dan spesifisitas mulai dari 99% hingga
100% dalam mendeteksi infeksi virus. virus RNA.
 Multiplex PCR
Dalam kombinasi respons yang serupa, setidaknya dua atau lebih set primer
yang disiapkan untuk amplifikasi berbagai target digunakan. Tes PCR multipleks
telah dikembangkan dan dikomersialkan untuk patogen pernapasan virus dan deteksi
infeksi virus pada sistem saraf pusat.
 PCR Waktu Nyata
Real-time PCR adalah sederhana, uji kuantitatif untuk amplifikasi urutan
DNA. PCR real-time, yang memiliki tiga fitur baru karena siklus suhu terjadi jauh
lebih cepat bekerja sama dengan uji PCR biasa, hibridisasi probe DNA spesifik
ditambahkan terus menerus selama proses amplifikasi dan pewarna fluoresen
dikogitasi ke probe dan hanya berfluoresensi saat hibridisasi terjadi. Dengan
menggunakan sistem ini, seperti Light Cycler TM dan Smart Cycler, mereka
melakukan pemantauan fluoresensi waktu nyata dengan menggunakan pewarna
fluoresen seperti SYBR-Green I, yang mengikat secara nonspesifik ke DNA untai
ganda yang sebelumnya dihasilkan selama amplifikasi PCR .
 Nested-PCR
Teknik ini menggunakan dua pasang primer amplifikasi dan dua putaran PCR.
Amplifikasi putaran pertama produk dikirimkan ke putaran kedua amplifikasi
digabungkan dengan pasangan primer kedua.

C. Kesimpulan
Pengenalan tes diagnostik berbasis asam nukleat ke dalam virologi diagnostik telah membuat
peningkatan yang luar biasa dalam deteksi infeksi virus pada manusia. Karena tes diagnostik
berbasis asam nukleat sangat sensitif dan spesifik, tes tersebut memainkan peran khusus
dalam diagnosis dan pengendalian infeksi virus. Metode diagnostik molekuler mendiagnosis
infeksi virus dengan mendeteksi RNA atau DNA virus.
 Microscopic and Molecular Detection of Theileria annulata Infection of
Cattle Khaled Mohamed El-Dakhly1*, Waleed Arafa1
, Saad Soliman Ghanem2
, Omima Ramadan
Abdel-Fatah3
, Ahmed Anwar Wahba4 in Egypt
Journal of Advances in Parasitology, Vol. 5(2) 29-34. June 2018
A. Latar Belakang
Theileria Penyakit ini disebabkan oleh hemoparasit, Theileria annulata, yang ditularkan oleh
vektor kutu, spesies Hyalomma. Berbagai tahapan termasuk makroskizon, mikroskizon, dan
merozoit ditunjukkan dalam apusan darah tipis. Penerapan PCR menjelaskan bahwa 11,44%
hewan menderita theileriosis yang ditunjukkan dengan munculnya pita diagnostik tertentu.
Sebagian besar hewan yang secara klinis positif dan semua yang positif dengan pemeriksaan
mikroskopis dan PCR dikaitkan dengan keberadaan vektor kutu.
Untuk mengurangi kerugian ekonomi yang ditimbulkan pada sapi akibat theileriosis,
perhatian dan perawatan veteriner yang cukup besar wajib dilakukan oleh otoritas dan dokter
hewan melalui pemberantasan vektor kutu dan perawatan hewan yang terinfeksi secara
berkala.

B. Pengantar
Produktivitas hewan tersebut diketahui sangat berkurang oleh penyakit parasit tick-borne,
khususnya babesiosis dan theileriosis, menyebabkan kerugian ekonomi yang cukup besar
pada skala lokal dan global dengan beberapa komplikasi Uilenberg, 1995 Theileriosis adalah
penyakit tick-borne hemoparasit serius yang disebabkan oleh apicomplexan, parasit Theileria,
menginfeksi berbagai hewan liar dan domestik dan ditularkan secara trans-stadial oleh vektor
kutu. Hyalomma di negara-negara Afrika Utara, khususnya Mesir. Secara tradisional,
diagnosis parasit Theileria didasarkan pada gejala klinis dan deteksi karakter morfologis
piroplasma di dalam sel darah merah pada apusan darah tipis pewarnaan Giemsa. Namun,
Area Studi dan Hewan Sebanyak 376 ekor sapi persilangan Balady-Friesian Mesir yang
dirawat di klinik hewan yang berbeda di provinsi El-Wadi El-Gadid di bagian barat daya
Mesir, diperiksa untuk mendeteksi parasit Theileria. Pemeriksaan Mikroskopis Apusan darah
tipis difiksasi dalam metanol selama 5 menit dan diwarnai selama 30 menit dalam larutan
Giemsa yang diencerkan dengan buffer 5%. PCR Amplifikasi DNA yang diekstraksi dari
sampel darah yang diperoleh dari sapi yang terinfeksi Theileria digunakan untuk PCR dengan
menggunakan pasangan primer spesifik, Cytob1, forward 5'-
ACTTTGGCCGTAATGTTAAAC-'3 dan reverse 5'-CTCTGGACCAACTGTTTG G-'3 yang
menargetkan amplikon 312 bp dari gen sitokrom b mitokondria.
C. Hasil
Munculnya demam tinggi dan limfadenopati umum pada hewan tersebut membuktikan
infeksi. Sementara itu, beberapa sapi yang terinfeksi menunjukkan skizon yang pecah karena
infeksi yang berkepanjangan. Secara sporadis, sel darah merah yang terinfeksi mungkin
mengandung merozoit individu. Theileria annulata menjelaskan bahwa 43 hewan menderita
theileriosis dengan target amplikon 312 bp .

D. Diskusi
El-Wadi Provinsi El-Gadid, disurvei untuk theileriosis tropis. Selanjutnya, sapi menjalani
kedua diagnosis tradisional, dengan menggunakan mikroskop cahaya apusan darah tipis
bernoda Giemsa, dan teknik molekuler, menggunakan pasangan primer tertentu. Penyelidikan
ini mengungkapkan bahwa 9,31% dari sapi yang diperiksa memiliki parasit Theileria
menggunakan film darah tipis yang diwarnai Giemsa. Di Mesir, beberapa penelitian
menyelidiki prevalensi parasit Theileria pada sapi.
mendeteksi bahwa dari 120 sapi, 31 hewan di provinsi Assiut, Sohage dan El-Wadi El-Gadid
mengandung apusan darah tipis bernoda T. Giemsa. mengungkapkan tingkat infeksi 65,6%
dengan pemeriksaan mikroskopis apusan darah tipis pada sapi yang diperiksa di provinsi El-
Wadi EL-Gadid, Assiut, El-Fayoum, El-Minia dan Sohage. Dalam kedua laporan, theileriosis
mungkin terkait dengan dominasi vektor, spesies Hyalomma, namun, dalam studi kedua,
tingkat infeksi yang lebih tinggi dapat dikaitkan dengan penggunaan pemeriksaan
mikroskopis untuk hewan tersebut pada tahap akut awal yang memungkinkan peluang besar
untuk baik piropalsma intraseluler dan badan biru Koch limfositik. annulata, pemeriksaan
mikroskopis apusan darah tipis pewarnaan Giemsa dan PCR.
Pada yang pertama, jumlah sel darah yang terinfeksi meningkat selama infeksi akut,
memungkinkan munculnya trofozoit intraseluler dengan mudah dan, akibatnya, deteksi
parasit yang andal dengan pemeriksaan mikroskopis pada apusan darah tipis bernoda Giemsa.
Diketahui bahwa PCR lebih sensitif dan spesifik daripada metode tradisional. Oleh karena
itu, penulis memperhatikan bahwa pemeriksaan mikroskopis apusan darah tipis mungkin
berguna pada infeksi akut theileriosis. pasangan primer spesifik annulata, Cytob1,
melaporkan bahwa 11,44% hewan adalah theileriosis-positif dan memiliki pita diagnostik
spesifik pada 312 bp.
mengungkapkan persentase hewan PCR-positif untuk Theileria annulata adalah 13%.
annulata ditemukan pada 9,56% sampel darah sapi yang diperiksa menggunakan PCR di
provinsi Behera, Giza, dan Sohag, Mesir. Provinsi Sohage, tercatat sensitivitas PCR
menggunakan pasangan primer Tams1 adalah 58,3%. Sementara di provinsi yang sama, El-
Wadi El-Gadid, Al-Hosary dkk. mengungkapkan bahwa PCR berbasis primer Tams1
membuktikan infeksi Theileria annulata pada 343 dari 468 spesimen darah sapi. Annulata
menggunakan PCR berbasis gen Tams1. memulihkan 68% tingkat infeksi theileriosis pada
sapi di Odisha, India menggunakan PCR.