TK2018

Kontributor :
Claritta Sukmalovelina 13018092
Priscilla Angelica 13018001

1
 Daftar Isi

Daftar Isi ......................................................................................................................... 2

Pendahuluan .................................................................................................................... 4

a. Mikroba ............................................................................................................. 4

b. Mikroskop .......................................................................................................... 4

c. Mikrobiologi ...................................................................................................... 4

d. Bioteknologi ...................................................................................................... 4

e. Klasifikasi Mikroba dan Taksonomi ................................................................. 4

Struktur Sel Mikroba....................................................................................................... 7

a. Sel Prokariotik ................................................................................................... 7

b. Sel Eukaryotik ................................................................................................... 9

Bakteri ........................................................................................................................... 11

a. Morfologi Bakteri ............................................................................................ 11

b. Bentuk Bakteri ................................................................................................. 11

c. Alat Gerak Bakteri ........................................................................................... 11

d. Reproduksi Bakteri .......................................................................................... 12

e. Spora Bakteri ................................................................................................... 13

f. Habitat Bakteri ................................................................................................. 14

g. Identifikasi Bakteri .......................................................................................... 14

h. Contoh Bakteri ................................................................................................. 15

Jamur ............................................................................................................................. 16

a. Morfologi Jamur .............................................................................................. 16

b. Reproduksi Ragi .............................................................................................. 17

c. Reproduksi Jamur ............................................................................................ 17

2
 d. Zygomycetes .................................................................................................... 18

e. Ascomycetes .................................................................................................... 19

f. Basidiomycetes ................................................................................................ 20

g. Deuteromycetes ............................................................................................... 21

h. Contoh Jamur Lainnya..................................................................................... 21

Algae ............................................................................................................................. 21

a. Variasi Algae ................................................................................................... 22

b. Reproduksi Algae ............................................................................................ 22

c. Contoh Algae ................................................................................................... 23

d. Kegunaan Algae .............................................................................................. 23

Virus.............................................................................................................................. 24

a. Morfologi Virus ............................................................................................... 24

b. Struktur Virus .................................................................................................. 24

c. Klasifikasi Virus .............................................................................................. 25

d. Bacteriophage .................................................................................................. 27

Peran Alami Mikroba .................................................................................................... 30

a. Siklus Karbon .................................................................................................. 30

b. Siklus Nitrogen ................................................................................................ 31

c. Siklus Sulfur .................................................................................................... 32

d. Mikroba dalam Limbah Industri ...................................................................... 33

Mikroba Industrial ........................................................................................................ 33

a. Pemilihan Mikroba Industrial .......................................................................... 33

b. Aplikasi Proses Mikrobial di Industri .............................................................. 33

c. Industri Enzim ................................................................................................. 34

d. Bahan Kimia dan Energi.................................................................................. 34

3
 Pendahuluan
a. Mikroba
Mikroba merupakan jasad yang bila berdiri sendiri tidak dapat terlihat tanpa bantuan
mikroskop.
Perbedaan sifat sel mikroba dengan sel jasad tingkat tinggi adalah satu sel mikroba
merupakan satu kesatuan hidup (tiap sel mengerjakan seluruh fungsi hidup jasad).
Sementara satu sel jasad tingkat tinggi merupakan satu kesatuan struktur (satu sel
hanya mengerjakan fungsi sesuai dengan jaringan dimana sel tersebut berada).
b. Mikroskop
Mikroskop dapat dibedakan jadi 2 jenis :
• Light Microscopy
Contoh : compound light microscope, phase contrast microscopy, dark field
microscopy, dan fluorescence microscopy.
• Electron Microscopy
Contoh : transmission electron microscope (TEM) dan scanning electron
microscope (SEM). TEM digunakan untuk melihat bagian dalam sel, sementara
SEM digunakan untuk menggambarkan sel secara 3D dan melihat kontur
permukaan sel.
c. Mikrobiologi
Mikrobiologi merupakan ilmu yang memperlajari mikroba / mikroorganisme / jasad
renik kecil.
Bapak Mikrobiologi : Louis Pasteur
d. Bioteknologi
Bioteknologi bukan merupakan suatu ilmu, tetapi merupakan penerapan prinsip ilmu
dan rekayasa dalam pengolahan bahan menjadi barang dan jasa menggunakan
agensia biologis.
e. Klasifikasi Mikroba dan Taksonomi
• Taksonomi : systematic arrangement of microorganism in groups or categories,
according to some definite plan.
Sistem Taksonomi Linnaeous :

4
 Kingdom – Phylum (division) – Class – Ordo – Familia – Genus – Spesies
• Binomial Nomenclature
o Terdiri dari 2 kata (genus dan spesies)
o Nama latin atau dilatinkan
o Penulisan di italic atau di garis bawah
o Kata pertama huruf kapital, kata kedua huruf kecil
Contoh :
Pennicilium chrysogenum DS17690
Genus Species Galur (strain)
• Taksonomi Whittaker (1969)
Berdasarkan :
Sifat Sel :
• Prokariotik
• Eukariotik
Cara mendapatkan
nutrisi :
• Fotosintesis
• Absorbsi
• ingesti
Terdapat 5 kingdom :
1. Monera
• Prokariotik, uniseluler, absorbs nutrisi / fotosintesis
• Reprosuksi : pembelahan sel
• Dibagi 2 :
a. Myxomonera
Filum 1 : Cyanophyta
Filum 2 : Myxobacteria
b. Mastogomonera
Filum 1 : Eubacteriaceae
Filum 2 : Actinomycota
Filum 3 : Spirochaetae

5
 2. Protista
• Eukariotik, uniseluler / multiseluler, fotosintetik / kemosintetik / gabungan
• Reproduksi : seksual dan aseksual
3. Fungi
• Eukariotik, kemosintetik
4. Plantae
5. Animalia
• Taksonomi Woese (1977)
o Dibuat berdasarkan perbandingan sequencing 16S atau 18 S rRNA.
o Menunjukkan pengelompokan berdasarkan ‘kedekatan’ antara kelompok
makhluk hidup
o Phylogenic Tree

Terdapat 3 kelompok utama (domain ) :

1. Bacteria
2. Archae
3. Eukarya

6
 Struktur Sel Mikroba
Sel dibagi menjadi sel prokaryotik dan sel eukaryotik. Sel prokaryotik tidak memiliki
membrane inti sel (membrane yang memisahkan inti sel dengan bagian sel lainnya)
sedangkan sel eukaryotik memiliki membran inti sel.
a. Sel Prokariotik
Sel prakaryotik memiliki struktur sebagai berikut.

Sel prokaryotik yang sering ditemui adalah bakteri. Secara umum, bakteri memiliki
rentang diameter 0,1-0,2 𝜇𝑚 sampai 50 𝜇𝑚.
• Kapsul
Kapsul terbentuk dari glycocalyx yang merupakan material viskos yang
menyelimuti sel. Glycocalyx merupakan polimer karbohidrat. Kapsul memliki
beragam fungsi.
• Dinding sel
Dinding sel memberikan bentuk pada sel dan merupakan selektif tansport.
Komponen utama dinding sel untuk bakteri adalah peptidoglycan. Dinding sel
mengabil 30-40% total berat sel kering. Peptidoglycan merupakan polimer yang
rigid dan kuat yang terdiri dari N-acetylglucosamine (NAG), N-acetylmuramic
acid (NAM) dan tetrapeptide (terdiri atas 4 asam amino).

7
 Terdapat perbedaan komposisi dinding sel bakteri pada gram positif dan gram
negatif. Dinding sel gram positif memiliki peptidoglycan sekitar 50% dar dinding
sel dan mengandung teichoic acid. Sedangkan, dinding sel gram negatif memiliki
peptidoglycan sekitar 5-10% dinding sel dan memliki membrane luar. Membran
luar berfungsi sebagai transport selektif, terhubung dengan dinding sel dengan
lipoprotein dan mengandung Lipopolysaccharides (LPSs) dengan komposisi
Lipid A (saturated fatty acid), polisakarida inti dan O antigen.
• Membran sitoplasma
Cytoplasmic membrane/ membran sitoplasma terdiri atas phospholipid yang
memiliki bagian non polar (hidrokarbon) dan bagian polar (phosphate). Membran
sitoplasma berfungsi sebagai integritas sel, tempat terjadinya beberapa reaksi, dan
transport (difusi dan ormosis).
• Ribosom
Robosom terdiri dari protein dan RNA dengan 30S dan 50S atau secara umum
70S. Tempat terjadinya sintesa protein terutama proses translasi.
• Inclusion
Berupa granul intraselular. Merupakan tempat penyimpanan energi atau structural
building block. Contoh: Glikogeb, Sulfir, Poli-𝛽-hidroksibutirat (PHB), dll.
• Nucleoid
Merupakan aggregat dari gen.
• Flagella
Flagella digunakan sebagai alat gerak. Flagella merupakan helics yang terdiri atas
flagellin (protein). Flagella bergerak dengan berputar. Alat gerak lainnya adalag
gas vehicle dan gliding. Struktur flagella adalah sebagai berikut.

8
 • Pili (Fimbrae)
Pili memiliki struktur menyerupai flagella tetapi lebih ramping dan pendek. Pili
digunakan bukan sebagai alat bergerak tetapi sebagai alat reproduksi seksual dan
untuk berikatan.
• Spora
Merupakan mekanisme survival bukan alat perkembangbiakan. Disebut juga
endospore. Tidak semua bakteri memiliki endosprora. Contoh bakteri yang
memiliki: Bacillus dan Clostridium.
b. Sel Eukaryotik
Memiliki ukuran diameter 2 – 100 𝜇m. Gambar sel eukaryotic sebagai berikut.

9
• Nucleus
Merupakan tempat DNA. Dibatasi dengan membrane inti.
• Retikulum Endoplasma
Merupakan jaringan membrane yang terhubung dengan membrane sitoplasma dan
membrane inti. Terdapat Retikulum endoplasma yang kasar (terdapat ribosom)
untuk sintesa protein dan reticulum endoplasma halus yang dipakai untuk sintesa
lipid.
• Ribosom
Memilki ukuran yang lebih besar dari ribosom sel prokaryotic. Berukuran 80S
(subunit 60S dan 40S). Dibuat di nucleoli. Sebagian berikatan dengan Retikulum
Endoplasma yang memiliki fungsi mensintesa protein ekstraseluler dan sebagian
mengambang di sitoplasma dengan fungsi mensintesa protein intraseluler.
• Mitokondria
Merupakan tempat pembangkitan energi dan tempat resipirasi aerob. Terdiri dari
2 laporan membrane dnegan membrane dalam atau cristae berlipit-lipit.
• Badan golgi
Merupakan membrane yang flat dan terhubung dengan sel membrane atau
sitoplasma. Berfingsu untuk transport atau distribution center.
• Lisosom
Terdapat enzim-enzim hidrolisis seperti protease, lipase, dan phosphatase.
• Kloroplast
Tempat pembakitan energi. Kloroplast terdiri dari 2 lapis membrane (outer dan
inner membrane), thylakoid, stroma, dan granum. Tempat menampung pigmen
fotosintesis. Kloroplast kaya akan enzim ribulose biphosphate karboksilase
(RubisCO) yang berperan dalam siklus Calvin.
• Alat gerak
Ada dua alat gerak yaitu flagella (bergerak seperti cambuk) dan cilia (bergetar
terkondisi).
• Dinding sel
Bakteri terdiri atas peptidoglikan sedangkan fungi terdiri dari chitin atau dan
selulosa serga alga terdiri dari selulosa.

10
 Bakteri
a. Morfologi Bakteri
• Merupakan uniseluler
• Memiliki bentuk bulat/spherical, silindris, atau lengkung/helical/spiral
• Bisa mengalami pleomorfi (bentuk yang berbeda pada satu spesies)
b. Bentuk Bakteri
i. Bakteri bulat
• Micrococcus: bulat sendiri
• Diplococci: bulat berdua
• Streptococci: bulat nyambung-nyambung
• Tetracocci: bulat berempat
• Staphylococci: bulat menggumpal
• Sarcinae: bulat dan bergabung menjadi kubur
ii. Bakteri batang
• Bacillus: batang sendiri
• Diplobacillus: batang berdua
• Palisade: batang bergerombol
• Streptobacilli: batang saling menempel pada bagian ujung
• Trichome: seperti rantai tetapi area kotak sel-sel yang berurutan lebih besar
• Rossette: melengkung menempel antar flagella
iii. Bakteri lengkung
• Comma (vibrio)
• Spririllum
• Spriochaeta: berbentuk seperti cacing panjang
c. Alat Gerak Bakteri
Bakteri bergerak menggunakan flagella. Selain sebagai alat gerak, flagella juga
berfungsi sebagai alat unutk menempel pada permukaan. Ukuran dari flagella adalah
panjang: 15-20 𝜇𝑚 dan diameter: 12-30 nm. Tidak semua bakteri memiliki flagella.
Umumnya bakteri yang berbentuk bulat tidak memiliki flagella dan bakteri yang
berbentuk batang dan spiral memiliki bakteri.

11
 Berdasarkan posisi flagella, bakteri dibagi menjadi:
• Atrichous: tidak memiliki flagella
• Monotrikus: flagella tunggal pada salah sau ujung bakteri
• Lofotrikus: kluster/ beberapa flagella pada salah satu ujung bakteri
• Amfitrikus: flagella tunggal atau kluster pada kedua ujung bakteri
• Peritrikus: flagella pada seluruh permukaan

d. Reproduksi Bakteri
Pertumbuhan bakteri dilihat dari perbesaran dan pertambahan massa serta volume sel
dan perbanyakan jumlah sel. Reproduksi bakteri dibagi menjadi 2 yaitu aseksual dan
konjugasi.
i. Reproduksi aseksual
• Transfersal binary fission/ pembelahan biner
• Sintesa materi pembentuk dinding sel pada pertengahan selnya
ii. Konjugasi

12
 Konjugasi dilakukan dengan bantuin pili yang merupakan sub unit peotein pilin.
Pili berukuran lebih pendek dan kaku daripada flagella dan berjumlah banyak pada
sel. Pili yang membantu reproduksi seksual bakteri (konjugasi) disebut F pili atau
sex pili. Selain itu, ada pili biasa yang digunakan untuk adhesi seluler ke permukaan
atau sel sel inang.
Setiap spesies bakteri memiliki laju pertumbuhan spesifif (𝜇) dan kurva
perumbuhan sendiri.
Contoh kurva pertumbuhan.

Death phase

Lag Stationary phase

phase

Log phase

• Lag phase: pertama kali bakteri dimasukkan dan dilihat apakah lingkungan
bakteri cocok atau tidak
• Log phase: pertumbuhan bakteri meningkat
• Stationary phase: bakteri masih bertumbuh tetapi ada juga yang mulai mati
sehingga jumlah sel yang hidup konstan
• Death phase: jumlah bakteri yang mati > hidup
e. Spora Bakteri
Pada bakteri spora dihasilkan untuk menyelamatkan diri (survival) bukan untuk
reproduksi. Spora pada bakteri disebut endospore. Berdasarkan letaknya, dapat dibagi
menjadi:
1. Sentral: spora berada di tengah sel
2. Terminal: spora berada diujung sel
3. Subterminal: spora berada di antara ujung dan tengah sel

13
f. Habitat Bakteri
Bakteri bersifat kosmopolit yang berarti hidup di berbagai lingkungan. Bakteri dapat
hidup di:
• Udara
• Air → laut, tawar, sumber air panas, antartika
• Endapat lumpur
• Tanah
• Di permukaan dan di dalam jasad lain
Bakteri bersifat heterotroph sehingga membutuhkan nutrisi atau sumber karbon.
Berdasarakan pengambilan sumber karbon, nakteri dapat dibagi menjadi:
• Saprofitik: nutrisi tidak bergantung dengan mahluk lain
• Parasitik: nutrisi mengambil dari jasad atau inang lain
• Patogenik: nutria mengambil dari inang lain dah menyebabkan kesulitan bagi
inang
g. Identifikasi Bakteri
Bakteri dapat diidentifikasi melalui pewarnaan gram, uji motilitas dan uji aerob atau
anaerob.
• Pewarnaan Gram
Pewarnaan gram dilakukan untuk membedakan antara gram positif dan gram
negatif. Perbedaan ini dilihat dari komposisi dinding sel bakteri. Bakteri gram
positif memiliki peptidoglycan sekitar 50% dari dinding sel sedangkan gram
negatif memiliki sekitar 5-10% dari dinding sel dna memiliki membrane luar.
Pewarnaan gram dilakukan dengan penambahan kristal violet, iodin, alkohol dan
safranin kepada dinding sel. Gram positif ditandai dengan hasil berwarna ungu
dan gram negative ditandai dengan hasil berwarna pink.
Pada gram positif, kristal violet akan memberikan warna ungu pada dinding sel,
iodin akan mengunci kristal violet sehingga saat diberikan alkohol kristal violet
tidak akan tercuci. Ketika diberikan sarfanin, warna tidak dapat masuk ke dinding
sel dan akhirnya terbuang sehingga warna akhir pada dinding sel adalah ungu.
Pada gram negatif, kristal violet melekat pada membrane luar, iodin akan
mengunci kristal violet pada membrane luar. Ketika diberikan alkohol, membrane

14
 luar, kristal violet dan iodin akan tercuci lalu saat diberikan sarfanin, sarfanin akan
melekat pada dinding sel maka warna akhir dari dinding sel adalah pink.
• Metode MPN (Most Probable Number
• Uji duga/perkiraan (presumptive test)
• Uji penegasan (conformative test)
• Saat menguji atau menisolasi bakteri bisa dilakukan penumbuhan bakteri dengan
keadaan tertentu (missal mengatur pemasukan oksigen, nutrisi yang diberikan)
sehingga hanya bakteri yang dibutuhkan yang dapat tumbuh.
h. Contoh Bakteri
Contoh bakteri lainnya adalah Eschericia coli (model bakteri gram negatif, paling
sering dipakai dalam industri, digunakan untuk membuat insulin dengan bantuin
rekayasa genetic), Bacillus subtilis (model bakteri gram positif dan platform untuk
produksi enzim), Bacillus thuringensis, Acetobacter aceti, Acetobacter xylinum, Lactic
Acid Bacteria, Corinebacterium glutamicum (memproduksi protein), Cyanobacteria
(melakukan fiksasi N2 dan bisa melakukan fotosintesa), Mycoplasma (bakteri yang
tidak ada dinding sel), Ricketsia (bakteri parasite), Clamydia (bakteri parasite), Bakteri
vampire dan Bdellovibrio sp (bakteri predator), bakteri magnet, bakter luminescence,
gliding bacteria.
Archaebacteria adalah bakteri yang memiliki beberapa perbedaan dari bakteri
biasanya. Perbedaan nya adalah
Perbedaan Bacteria Archaebacteria
Komposisi dinding sel Peptidoglikan Polisakarida
Membran sitoplasma Phospholipid Phytanol (alkohol panjang
dan bercabang)
Selain itu juga protein sintesa yang berbeda. Archaebacteria tinggal pada tempat yang
ekstrem. Berdasarkan sifat fisiologis dibagi menjadi:
- Metanogens
Dapat mendegraadasi senyawa organic menjadi gas metana.
- Extreme Halophiles
Tumbuh di kondisi salinitas yang tinggi. Mmeiliki dinding sel yang sangat tebal
untuk mengatasi tekanan osmotik

15
 - Extreme Thermoacidophiles
Memiliki suhu yang tinggi. Ada yang aerobic, fakultatif aerobic dan obliget anaerob

Juga terdapat beberapa bakteri lainnya:

- Actinomycetes
Bakteri yang membentuk filamen, terlihat seperti fungi. Beberapa dapat
menggunakan hidrokarcon sebagai substrat (Nocardia sp., Rhodococcus sp.), dapat
memfiksasi Nitrogen (Frankia sp.), dapat menghailkan antibiotik.
- Streptomyces
Memiliki banyak hifa udara. Memiliki 2 myselium yaitu myselium substrat
(vegetative) dan myselium udata (reproduksi) yang membentuk spora. Terdapat
berbagai macam spesies. Streptomyces hyphae memilki habitat di tanah, ada yang
hidup heterotroph, saprofit atau parasite, berperan mendegradasi berbagai senyaw
aorganik dan berperan dalam siklus mineral. Streptomyces sp. Dapat mendegradasi
senyawa organic secara aerobikk (pektin, lignin, senyawa aromatic dll), penghasil
antibiotic secara industrial.

Jamur
Jamur / kapang / fungi merupakan mikroorganisme eukariotik, tidak berklorofil, dan tidak
melakukan ingesti (absorbs nutrisi)
a. Morfologi Jamur
• Umumnya multiseluer, jamur uniseluler = ragi
• Umumnya membentuk hifa.
Berdasarkan ada tidaknya sekat, hifa ada 2 jenis, yaitu hyphae coenocytic / aseptate
(tidak bersekat) dan hyphae non-coenocytic / septate (bersekat)
Berdasarkan fungsinya, hifa ada 2 jenis, yaitu hifa substrat / vegetative (untuk
makan) dan hifa aerial / reproduksi (untuk reproduksi)
▪ Kondisi hidup : bisa di udara, air, tanah, bahan organik, rentang pH luas, kadar air
40-60%.
▪ Cara hidup : saprofit / parasit / patogenik
• Morforlogi Ragi

16
 o Bulat, ellips, bulat telur
o Tidak berflagel
o Tidak berklorofil
o Punya dimorfisme (fasa yeast (Y) dan fasa mycelial (M) / filamen (F))
b. Reproduksi Ragi
• Reproduksi Seksual

Ada 2 : isogamy (kalau terjadi antara 2 MAT yang jenisnya sama dan ukurannya
mirip) dan heterogamy
• Transversal binary fission (aseksual)
c. Reproduksi Jamur
• Reproduksi Seksual
• Fussion nukelus
• Homothallic vs heterothallic

17
 • Reproduksi Aseksual
• Spora dihasilkan melalui mitosis

d. Zygomycetes
Ciri : memiliki hifa yang berbentuk seperti akar (rhizoid)
Contoh : Rhizopus oligosporus, Rhizopus stoloniferous
• Reproduksi Seksual Zygomycetes

18
 • Daur Hidup Zygomycota

e. Ascomycetes
Ciri : tempat penyimpanan spora disebut askus
Contoh : Neurospora, truffles, Aspergillus niger, Aspergillus oryzae, ragi

19
 • Reproduksi Seksual Ascomycetes

f. Basidiomycetes
Ciri : memiliki tubuh buah yang dapat terlihat dengan mata, bersekat-sekat (gills),
tempat penyimpanan spora disebut basidium
Contoh : jamur lapuk putih (Trametes sp. , Marasmius sp.), jamur lapuk coklat
(Laetisporus sp.), Agaricus campestris, Agaricus bicolor (jamur kancing), Volvariella
volvacea (jamur merang), dsb
• Siklus Hidup Basidiomycetes

20
 • Reproduksi Seksual Basidiomycetes

g. Deuteromycetes
Disebut juga jamur imperfect (karena struktur seksualnya belum diketahui, umumnya
bereproduksi secara aseksual.
h. Contoh Jamur Lainnya
• Jamur koboi → dapat menangkap cacing (nematoda) untuk makanan
• Lichenes → simbiosis mutualisme antara fungi dengan cyanobacteria
• Mycorrhizae → simbiosis mutualisme antara fungi dengan tanaman (akar)

Algae
Algae adalah sekelompok organisme eukariot yang dapat melakukan fotosintesis. Beberapa
ciri-ciri algae:
• Memiliki klorofil
• Menggunakan CO2 sebagai sumber karbon
• Produsen oksigen terbesar
• Ada yang uniseluler/multiseluler
• Mikroskopik/makroskopik
• Polyphyletic

21
a. Variasi Algae
• Variasi pigmen sel : Chlorophyll a, b, c, d (hijau); Karoten (merah atau orange);
Xanthophyll (coklat); Phycobilins (phycocyanin, phycoerytrin) (merah). Algae
dapat mengandung lebih dari satu pigmen
• Pergerakan: Flagella atau tidak bergerak
• Cadangan dan simpanan produk: Karbohidrat (pati, paramylon, laminarin); Lipid
• Variasi dinding sel: Selulosa, Chitin, Silika
b. Reproduksi Algae
• Aseksual
Reproduksi aseksual dilakukan melalui: Mitosis, Pembelahan biner, Fragmentasi
filamen, dan Zoospores/
• Seksual
Reproduksi seksual hanya dilakukan jika alga berada dibawah environmental stress.
Reproduksi seksual dilakukan melalui meiosis, zoospores, plus dan minus gametes,
serta zygospore.
o Gamet
Gametophytes (organisme multiseluler haploid) menghasilkan gamet
(haploid). Peleburan gamet membentukan zyfot (diploid). Terjadi pembelahan
zygot atau mitosis yang menghasilkan organisme multiseluler diploid
(gametophytes). Gametophytes melakukan meiosis membentuk gametophytes
yang baru. Terdapat 2 fasa hidup (diploid dan haploid) yang terjadi secara
bergantian. Salah satu algae yang melakukan adalah algae merah.
o Oedogonium
Terdapat antheridium (sel jantan) dan oogonium (sel betina). Oogonium terdiri
dari satu sel telur dan antheridium menghasilkan sperma berflagel yang akan
berenang ke oogonium. Ketika keduanya bertemu akan melebur menghasilkan
zigot (2n) yang tumbuh di Oogonium. Zigot menghasilkan spora, bermeiosis
menghasilkan 4 spora haploid. Salah satu spora akan berdiferensiasi menjadi
akar sedangkan sisanya membentuk filamen. Cara ini dilakukan oleh alge hijau
berfilamen.

22
 o Konjugasi
Konjugasi adalah perpindahan semua material ke organisme lain. Yang
melakukan cara ini adalah Spirogyra. Konjugasi dapat dibagi menjadi
konjugasi scalariform (antar filamen) dan konjugasi lateral (antar fragmen).
c. Contoh Algae
• Algae Hijau
Terdiri dari organisme uniseluler, koloni, filamen dan beberapa rumput laut
multiseluler. Dinding sel terdiri atas selulosa dan menyimpan makanan dalam
bentuk pati.
Contoh: Chlorella, Chlamydomonas, Ulva (ganggang hijau).
• Diatom
Dinding sel terdiri atas silika, memiliki pigmen klorofil dan fucoxanthin, reproduksi
dengan membelah diri. Tiap pembelahan sel dapat menyebabkan ukuran sel
berubak. Berkontribusi sebanyak 20% dari total fotosintesis dunia.
• Dinoflagellata
Merupakan protiste, plankton laut, mixotropic (kombinasi antara fotosintesis dan
ingesti), dan dapat melakukan bioluminescence.
• Algae coklat
Multiseluler, menumpuk lipid. Contoh Botryococcus braunii dengan komposisi
minyak 61%
d. Kegunaan Algae
Algae dapat digunakan sebagai bahan biodiesel dengan memanfaatkan CO2 hasil
pembakaran biodiesel untuk menumbuhkan algae. Algae dapat ditumbuhkan dengan
open pond atau tabung. Selain sebagai bahan biodiesel, alge juga dapat digunakan
untuk:
• Algae merah: nori, agr, keragenan
• Alga coklat: edible seaweed, alginate
• Alga hijau: edible seaweed, Food supplement contoh Chlorella
• Subtitusi suplemen fish oil karena algae mengandung DHA dan EPA
• Bioremediasi
• Absorben logam berat

23
 • Produksi pigmen
• PSMFC
Pertumbuhan algae jika tidak dijaga dapat menyebabkan toxic algae bloom sehingga
nutrisi dan oksigen yang ada dalam badan air berkurang. Hal ini juga terjadi karena
eutrofikasi

Virus
Virus merupakan badan (bukan sel) yang dapat menginfeksi, genomenya hanya satu, DNA
atau RNA. Virus bereplikasi hanya di sel hidup.
a. Morfologi Virus
• Bersifat parasit obligat, organisme batas (antara hidup dan tidak)
• Ukuran : 20 – 300 nm
• Materi genetic : DNA atau RNA
• Memiliki protein coat (capsid)
• Tidak peka terhadap antibiotic
b. Struktur Virus

Strukur nucleocapsid ada 2 : icosahedral dan heliks

24
c. Klasifikasi Virus
• Berdasarkan Morfologi
Virus memiliki morfologi yang sangat beragam : polyhedral, helical, spherical,
filamentous, dan complex

• Berdasarkan Materi Genetik

Dibedakan berdasarkan : DNA / RNA, single stranded / double standed, lurus /
melingkar.
Baltimore classification : virus dibedakan berdasarkan cara mRNA disintesis

25
Group Characteristic Mode of mRNA production Example
I Double stranded DNA mRNA is transcribed directly form Herpes
DNA template simplex
II Single stranded DNA DNA is converted to double Canine
stranded form before RNA is pavovirus
transcribed
III Double stranded RNA mRNA is transcribed from RNA Rotavirus
genome
IV Single stranded RNA (+) Genome function as mRNA Flu
V Single stranded RNA (-) mRNA is transcribed from the Rabies
RNA genome
VI Single stranded RNA with Reverse transcriptase makes DNA HIV
reserve transcriptase from the RNA genome, DNA is
then incorporated in the host
genome, mRNA is transcribed
from the incorporated DNA
VII Double stranded DNA The viral genome is double- Hepatitis B
with reserve transcriptase stranded DNA, but viral DNA is
replicated through an RNA
intermediate, the RNA may serve

26
 directly as mRNA or as a template
to make mRNA

d. Bacteriophage
Bacteriophage adalah virus yang inangnya merupakan bakteri.
• Morfologi Bacteriophage
• Memiliki struktur icosahedral / fibrous
• Memiliki ekor

27
 • Memiliki spike
• Memiliki selongsong / amplop

• Siklus Hidup Bacteriophage

Bacteriophage memiliki 2 siklus hidup, yaitu lytic dan lysogenic cycle

o Lytic Cycle
Terdiri dari 5 tahap, yaitu adsorpsi, injeksi, sintesis protein, sintesis genome
virus, dan packaging dan pelepasan.

28
 o Lysogenic Cycle
Terdiri dari 5 tahap, yaitu adsorpsi, injeksi, integrasi genome virus ke dalam
genome inang, sintesis genome virus, dan induksi lytic cycle.

• Pemanfaatan Bacteriophage
1. Phage therapy
2. Bacteriophage display

29
 3. Vaccine carriers
4. Gene delivery (sebagai vector)
5. Food biopreservation and safety
6. Bacterial biosensing devices
7. Biofilm and bacterial growth control
8. Bacteriophage based nanomaterials
9. Corrosion control

Peran Alami Mikroba

a. Siklus Karbon

Siklus Karbon menggunakan CO2 sebagai bahan utama dari siklus. CO2 tersedia
di udara dan di air (terlarut). Siklus karbon dimulai dari fiksasi CO2 melalui
fotosintesis. Hal ini dilakukan oleh tumbuhan, alga dan bakteri yang dapat melakukan
fotosintesis (phototrophic bacteria). Proses fotosintesis meliputi reaksi terang dan
reaksi gelap. Reaksi terang dilakukan dengan bantuan sinar matahari untuk
membentuk ATP dan NADPH. NADPH dan ATP dipakai pada reaksi gelap untuk
mengubah CO2 menjadi karbohidrat dengan siklus Calvin. Reaksi yang terjadi adalah
sebagai berikut: 𝐶𝑂2 + 4𝐻 → (𝐶𝐻2 𝑂)𝑥 + 𝐻2 𝑂.Pada reaksi gelap tidak dibutuhkan

30
 dsinar matahari. Proses ini terjadi pada kloroplast. Salah satu produk samping dari
fotosintesis adalah oksigen yang digunakan oleh hewan dan mahluk lain untuk
melakukan respirasi dan menghasilkan CO2. Hewan dan mahluk lain akan memakan
tumbuhan dan pelaku fotosintesis atau hewan lainnya sehingga karbon organik
tumbuhan diubah menjadi karbon organik hewan. Ketika hewan dan tumbuhan mati,
tubuhnya akan terkubur dalam tanah menjadi karbon kompleks. Karbon kompleks
ter-dekomposisi dengan bantuan bakteri menjadi CO2 yang akan terlepas di udara.
b. Siklus Nitrogen

Siklus ini diawali dengan Nitrogen yang berada di udara. Nitogen di-fiksasi oleh
bakteri pada akar tumbuhan (contoh Rhizobium) dan bakteri yang ada di tanah
(Azotobacter, Clostridium). Saat difiksasi Nitrogen akan diubah menjadi ammonia
dengan enzim nitrogenase. Bakteri yang melakukan dapat berupa bakteri yang
memiliki hubungan simbiotik seperti Rhizobium dengan legume dan bisa juga non
simmbiotik seperti Cyanobacteria. Setelah itu terjadi proses decay/putrefaction
dimana hewan dan tumbuhan yang mati, proteinnya terdegradasi menjadi peptide

31
 dengan enzim proteinase dan peptide terdegradasi menjadi asam amino dengan
enzim peptidase. Degradasi dilakukan dengan bantuan bakteri Clostridium,
Pseudomonas, Bacillus. Dilanjutkan dengan amonifikasi dimana asam amino diubah
menjadi amonia. Amonia akan dioksidsi menjadi nitrit dengan proses nitrifikasi
dengan bantuan bakteri Nitrosomonas, Nitrosococcus dan Nitrosovibrio. Nitrit
dioksidasi menjadi NItrat dengan bantuan bakteri Nitrobacter, Nitrospina. Sebagian
Nitrat akan terasimilasi diubah menjadi ammonia lalu protein pada mahluk hidup
(biasanya hewan). Protein akan terdegradasi dengan proses decay yang sudah
dijelaskan sebelumnya. Sisa Nitrat akan tereduksi menjadi Nitrogen bebas secara
anaerobik dalam proses denitrifikasi dengan bantuan Floafobacterium denitrificans,
Pseudomonas fluorescens. Nitrogen bebas kembail ke udara.
c. Siklus Sulfur

Siklus diawali dengan Sulfur yang ada di lingkungan. Elemen sulfur dioksidasi
oleh bakteri Thiobacillus thiooxidans menjadi SO4. SO4 mengalami proses asimilasi
menjadi asam amino bersulfur, proses yang terjadi adalah absorpsi oleh tumbuhan
lalu tereduksi menjadi asam amino bersulfur. Asam amino disebut juga S organik
akan didegradasi oleh bakteri menjadi H2S dengan proses desulfurasi. SO4 juga
digunakan respirasi anaerobic sebagai elektron terminal oleh Desulfovibrio. Hasil

32
 dari respirasi ini, bakteri akan mereduksi sulfat menjadi sulfida (H2S). H2S akan
dioksidasi oleh Phototrophic bacteria (hijau dan ungu) menjadi elemen S yang
dilepaskan kembali ke udara.
d. Mikroba dalam Limbah Industri
Miroba dapat digunakan sebagai decomposer untuk mengolah limbah yang
mengandung CO2, yang mengandung C organik (dilihat dari BOD), yang mengandung
N organik (N organik → NH3 → NO2− → NO−
3 → N2 ), dan yang mengandung S.

Mikroba Industrial
a. Pemilihan Mikroba Industrial
• Aman, tidak patogen, tidak memproduksi racun
• Stabil secara genetik
• Mudah direkayasa
• Menghasilkan yield yang tinggi
• Selektif (produk samping sedikit)
• Media sederhana
• Produk mudah dikeluarkan
• GRAS (Generally Regarded as Safe) : mikroba yang umum dipakai, tidak
menimbulkan efek yang tidak diinginkan (terutama untuk industri pangan)
b. Aplikasi Proses Mikrobial di Industri
▪ Berdasarkan Tingkat Teknologinya
- Rendah
Investasi dan skala kecil, peralatan sederhana. Contoh : biogas, fermentasi
tradisional (tape), produksi jamur
- Sedang
Investasi sedang, operasi relatif tidak kompleks. Contoh : fermented food
and beverages, pestisida, crude enzymes, waste management
- Tinggi
Investasi tinggi, peralatan canggih, skill operator tinggi. Contoh : produk
kesehatan bernilai tinggi, food additives

33
 ▪ Pelangi Industri
- Red
Bidang kesehatan, contoh : obat, antibiotic, diagnostic agents, enzim
inhibitor, vaksin, steroid
- Green
Bidang pertanian
- White
Industri kimia (termasuk energi), contoh : etanol, aseton, butanol, asam-
asam organik, enzim, bahan parfum
- Blue / Grey
Bidang lingkungan (pengolahan limbah)

c. Industri Enzim
Enzim yang paling banyak diproduksi : protease, amilase, lipase. Industri yang
banyak menggunakan enzim salah satunya industri detergen
• Protease
Banyak dimanfaatkan pada industri detergen, roti, brewing, pemuatan keju
(chymosin, aspartic protease, aminopeptidase), pengolahan pangan, dan
pengolahan limbah
• Karbohidrase
Contoh : glukosa isomerase, amilase, glukoamilase, selulase, hemiselulase
d. Bahan Kimia dan Energi
• Biogas
Diperoleh dari pengolahan senyawa organik secara anaerobic oleh kultur
mikroba campuran.
Senyawa organik kompleks → asam-asam organik → CH4, CO2

34
• Bioetanol vs Biobutanol
Bioetanol Biobutanol
Energi (kJ/g) 30,6 36,7
Nilai oktan 108 (90) 100 (87)
Kelarutan Larut dalam air, tidak Tidak larut dalam air,
bercampur dengan bercampur dengan
bensin dan solar bensin dan solar
Mikroba yang Saccharomyces Clostridium
digunakan
*Bilangan oktan biobutanol lebih mendekati bilangan oktan bensin, sehingga
tidak perlu ada modifikasi mesin mobil. Namun, yield produksi biobutanol
masih sangat rendah dan banyak menghasilkan produk samping.
Bioetanol sudah berkembang hingga generasi kedua

• Asam Amino
Asam amino yang banyak diproduksi contohnya glutamat, lisin, serta asam
aspartam dan phenylalanine (produksi pemanis buatan aspartam)
• Asam-asam Organik
Contohnya asam asetat (dari fermentasi alkohol), asam sitrat (fermentasi oleh
Aspergilus niger), asam glukonat, asam itakonak, asam laktat (fermentasi oleh
Lactobacillus)
• Lain-lain
- Polihidrokialkanoat (PHA)
- Polihidrik alkohol (gliserol, xylitol, arabitol)
- Polisakarida (alginate, selulosa, kitin, xantan gum)
- Biosurfaktan dan bioemulsifier

35